Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧

BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日：	2025/12/01
パッケージ数：	435

1. TCGAbiolinksGUI.data: Data for the TCGAbiolinksGUI package

TCGAbiolinksGUIパッケージのデータ

2. celldex: Reference Index for Cell Types

セルタイプの参照インデックス

3. ALL: A data package

データパッケージ

4. HSMMSingleCell: Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts (HSMM)

ヒト骨格筋筋芽細胞（HSMM）を区別するための単一細胞RNA-Seq

5. geneLenDataBase: Lengths of mRNA transcripts for a number of genomes

いくつかのゲノムのmRNA転写産物の長さ

6. airway: RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq in airway smooth muscle cells, by Himes et al PLoS One 2014

気道平滑筋細胞におけるRNA-SeqのRangedSummarizedExperiment、Himes et alによるPLoS One 2014

7. scRNAseq: A Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

公共のシングルセルRNAシーケンスデータセットのコレクション

8. tximportData: tximportData

tximportData

9. pasilla: Data package with per-exon and per-gene read counts of RNA-seq samples of Pasilla knock-down by Brooks et al., Genome Research 2011.

Brooksら、Genome Research 2011によるPasillaノックダウンのRNA配列サンプルのエクソン単位および遺伝子単位の読み取りカウントを含むデータパッケージ。

10. bcellViper: Human B-cell transcriptional interactome and normal human B-cell expression data

ヒトB細胞転写インタラクトームと正常ヒトB細胞発現データ

11. dorothea: Collection Of Human And Mouse TF Regulons

ヒトおよびマウスTFレギュロンのコレクション

12. sesameData: Supporting Data for SeSAMe Package

SeSAMeパッケージのサポートデータ

13. msigdb: An ExperimentHub Package for the Molecular Signatures Database (MSigDB)

Molecular Signatures Database (MSigDB)のExperimentHubパッケージ

14. ChAMPdata: Data Packages for ChAMP package

ChAMPパッケージ用データパッケージ

15. RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14: Aligned reads from RNAseq experiment: Transcription profiling by high throughput sequencing of HNRNPC knockdown and control HeLa cells

RNAseq実験からの整列リード：HNRNPCノックダウンおよび対照HeLa細胞のハイスループットシークエンシングによる転写プロファイリング

16. GSVAdata: Data employed in the vignette of the GSVA package

GSVAパッケージのビネットで採用されているデータ

17. Illumina450ProbeVariants.db: Annotation Package combining variant data from 1000 Genomes Project for Illumina HumanMethylation450 Bead Chip probes

イルミナのための1000のゲノムプロジェクトからの変形データを結合している注釈パッケージヒトメチル化450ビーズチッププローブ

18. msdata: Various Mass Spectrometry raw data example files

各種質量分析生データサンプルファイル

19. minfiData: Example data for the Illumina Methylation 450k array

Illumina Methylation 450kアレイのデータ例

20. TENxPBMCData: PBMC data from 10X Genomics

10X GenomicsのPBMCデータ

21. affydata: Affymetrix Data for Demonstration Purpose

デモ目的のAffymetrixデータ

22. depmap: Cancer Dependency Map Data Package

がん依存マップデータパッケージ

23. bladderbatch: Bladder gene expression data illustrating batch effects

バッチ効果を説明する膀胱遺伝子発現データ

24. pasillaBamSubset: Subset of BAM files from “Pasilla” experiment

「Pasilla」実験からのBAMファイルのサブセット

25. curatedMetagenomicData: Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

ヒトミクロバイオームの管理メタゲノムデータ

26. faahKO: Saghatelian et al. (2004) FAAH knockout LC/MS data

サガテリアン他（2004）FAAHノックアウトLC / MSデータ

27. spatialLIBD: LIBD Visium spatial transcriptomics human pilot data inspector

LIBD Visium 空間トランスクリプトノミクスヒトパイロットデータインスペクター

28. FlowSorted.Blood.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted blood cell populations

選別された血球集団に関するIllumina HumanMethilationデータ

29. golubEsets: exprSets for golub leukemia data

ゴルブ白血病データのexprSet

30. gageData: Auxillary data for gage package

ゲージパッケージの補助データ

31. DMRcatedata: Data Package for DMRcate package

DMRcateパッケージ用データパッケージ

32. pRolocdata: Data accompanying the pRoloc package

pRolocパッケージに付随するデータ

33. STexampleData: Collection of spatially resolved transcriptomics datasets in SpatialExperiment Bioconductor format

SpatialExperiment Bioconductorフォーマットの空間的に分解されたトランスクリプトームデータセットのコレクション

34. FlowSorted.Blood.EPIC: Illumina EPIC data on immunomagnetic sorted peripheral adult blood cells

免疫磁気選別末梢成人血液細胞に関するIllumina EPICデータ

35. RTCGA.clinical: Clinical datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの臨床データセット

36. KEGGdzPathwaysGEO: KEGG Disease Datasets from GEO

GEOのKEGG病データセット

37. CLL: A Package for CLL Gene Expression Data

CLL遺伝子発現データのためのパッケージ

37. curatedTCGAData: Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

MultiAssayExperimentオブジェクトとしての癌ゲノムアトラス（TCGA）からのキュレーションデータ

39. ALLMLL: A subset of arrays from a large acute lymphoblastic leukemia (ALL) study

大急性リンパ芽球性白血病（ALL）研究からのアレイのサブセット

40. systemPipeRdata: systemPipeRdata: NGS workflow templates and sample data

systemPipeRdata：NGSワークフローテンプレートとサンプルデータ

41. humanStemCell: Human Stem Cells time course experiment

ヒト幹細胞タイムコース実験

42. SpikeInSubset: Part of Affymetrix’s Spike-In Experiment Data

Affymetrixのスパイクイン実験データの一部

43. zebrafishRNASeq: Zebrafish RNA-Seq Experimental Data from Ferreira et al. (2014)

FerreiraらからのゼブラフィッシュRNA-Seq実験データ。（2014年）

44. fission: RangedSummarizedExperiment for time course RNA-Seq of fission yeast in response to stress, by Leong et al., Nat Commun 2014.

ストレスに応じた分裂酵母の経時的RNA-Seqの範囲拡大実験、Leong et al。、Nat Commun 2014による。

45. flowWorkspaceData: A data package containing two flowJo, one diva xml workspace and the associated fcs files as well as three GatingSets for testing the flowWorkspace, openCyto and CytoML packages.

flowWorkspace、openCytoおよびCytoMLパッケージをテストするための2つのflowJo、1つのdiva xmlワークスペース、および関連するfcsファイル、ならびに3つのGatingSetを含むデータパッケージ。

46. MOFAdata: Data package for Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)

マルチオミクス因子分析（MOFA）用データパッケージ

47. macrophage: Human macrophage immune response

ヒトマクロファージ免疫応答

48. ELMER.data: Data for the ELMER package

ELMERパッケージのデータ

49. RnBeads.hg38: RnBeads.hg38

RnBeads.hg38

50. methylclockData: Data for methylclock package

Methylclockパッケージ用データ

51. QDNAseq.hg19: QDNAseq bin annotation for hg19

hg19のQDNAseq binアノテーション

52. MouseGastrulationData: Single-Cell Transcriptomics Data across Mouse Gastrulation and Early Organogenesis

マウスの原腸形成と初期器官形成における単一細胞のトランスクリプトミクスデータ

53. RforProteomics: Companion package to the ‘Using R and Bioconductor for proteomics data analysis’ publication

「プロテオミクスデータ分析のためのRおよびバイオコンダクターの使用」出版物へのコンパニオンパッケージ

54. breastCancerVDX: Gene expression datasets published by Wang et al. [2005] and Minn et al. [2007] (VDX).

Wangらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]およびMinn et al。 [2007]（VDX）。

55. tweeDEseqCountData: RNA-seq count data employed in the vignette of the tweeDEseq package

tweeDEseqパッケージのビネットで採用されているRNA-seqカウントデータ

56. ewceData: The ewceData package provides reference data required for ewce

ewceData パッケージは、ewce に必要なリファレンスデータを提供します。

57. DropletTestFiles: Test Files for Single-Cell Droplet Utilities

シングルセル液滴ユーティリティ用テストファイル

57. HDCytoData: Collection of high-dimensional cytometry benchmark datasets in Bioconductor object formats

Bioconductorオブジェクトフォーマットでの高次元サイトメトリーベンチマークデータセットの収集

59. JASPAR2014: Data package for JASPAR

JASPAR用データパッケージ

60. JASPAR2016: Data package for JASPAR 2016

JASPAR 2016用データパッケージ

60. muscData: Multi-sample multi-group scRNA-seq data

マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ

62. RnBeads.hg19: RnBeads.hg19

RnBeads.hg19

63. RTCGA.rnaseq: Rna-seq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRna-seqデータセット

64. estrogen: Microarray dataset that can be used as example for 2×2 factorial designs

2×2の要因計画の例として使用できるマイクロアレイデータセット

65. AffymetrixDataTestFiles: Affymetrix data files (CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI) for testing

テスト用Affymetrixデータファイル（CEL、CDF、CHP、EXP、PGF、PSI）

65. breastCancerMAINZ: Gene expression dataset published by Schmidt et al. [2008] (MAINZ).

Schmidtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2008]（MAINZ）。

67. breastCancerUPP: Gene expression dataset published by Miller et al. [2005] (UPP).

Millerらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]（UPP）。

68. hapmap100kxba: Sample data – Hapmap 100K XBA Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K XBA Affymetrix

68. yeastNagalakshmi: Yeast genome RNA sequencing data based on Nagalakshmi et. al.

Nagalakshmiらに基づく酵母ゲノムRNA配列決定データ。 al。

70. RTCGA.mRNA: mRNA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmRNAデータセット

71. microbiomeDataSets: Experiment Hub based microbiome datasets

Experiment Hubベースのマイクロバイオームデータセット

72. breastCancerNKI: Genexpression dataset published by van’t Veer et al. [2002] and van de Vijver et al. [2002] (NKI).

van’t Veerらによって発表された遺伝子発現データセット。 [2002]およびvan de Vijver et al。 [2002]（NKI）。

72. minfiDataEPIC: Example data for the Illumina Methylation EPIC array

Illumina Methylation EPICアレイのデータ例

74. breastCancerTRANSBIG: Gene expression dataset published by Desmedt et al. [2007] (TRANSBIG).

Desmedtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（TRANSBIG）

74. fibroEset: exprSet for Karaman et al. (2003) fibroblasts data

KaramanらのexprSet。（2003）線維芽細胞データ

74. h5vcData: Example data for the h5vc package

h5vcパッケージのデータ例

74. yeastRNASeq: Yeast RNA-Seq Experimental Data from Lee et al. 2008

Leeらの酵母RNA-Seq実験データ。 2008年

78. DLBCL: Diffuse large B-cell lymphoma expression data

びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の発現データ

79. EGSEAdata: Gene set collections for the EGSEA package

EGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

79. TENxBrainData: Data from the 10X 1.3 Million Brain Cell Study

10×130万の脳細胞研究からのデータ

81. bsseqData: Example whole genome bisulfite data for the bsseq package

bsseqパッケージの全ゲノム亜硫酸水素塩データの例

82. chipenrich.data: Companion package to chipenrich

chipenrichのコンパニオンパッケージ

83. leukemiasEset: Leukemia’s microarray gene expression data (expressionSet).

白血病のマイクロアレイ遺伝子発現データ（expressionSet）。

84. curatedOvarianData: Clinically Annotated Data for the Ovarian Cancer Transcriptome

卵巣癌トランスクリプトームの臨床的注釈付きデータ

84. DAPARdata: Data accompanying the DAPAR and Prostar packages

DAPARおよびProstarパッケージに付随するデータ

86. maqcExpression4plex: Sample Expression Data – MAQC / HG18 – NimbleGen

サンプル発現データ – MAQC / HG18 – NimbleGen

87. AneuFinderData: WGSCS Data for Demonstration Purposes

デモンストレーション目的のWGSCSデータ

87. breastCancerUNT: Gene expression dataset published by Sotiriou et al. [2007] (UNT).

Sotiriouらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（UNT）。

89. GWASdata: Data used in the examples and vignettes of the GWASTools package

GWASToolsパッケージの例とビネットで使用されているデータ

89. SpikeIn: Affymetrix Spike-In Experiment Data

Affymetrixスパイクイン実験データ

91. gcspikelite: Spike-in data for GC/MS data and methods within flagme

GC / MSデータのスパイクインデータとflagme内のメソッド

92. rcellminerData: rcellminerData: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines

rcellminerData：NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

93. genomationData: Experimental data for showing functionalities of the genomation package

genomationパッケージの機能を示すための実験データ

94. hapmapsnp6: Sample data – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

94. leeBamViews: leeBamViews — multiple yeast RNAseq samples excerpted from Lee 2009

leeBamViews – Lee 2009から抜粋した複数の酵母RNAseqサンプル

96. CCl4: Carbon Tetrachloride (CCl4) treated hepatocytes

四塩化炭素（CCl 4）処理肝細胞

96. SFEData: Example SpatialFeatureExperiment datasets

SpatialFeatureExperimentのデータセット例

98. IlluminaDataTestFiles: Illumina microarray files (IDAT) for testing

テスト用のIlluminaマイクロアレイファイル（IDAT）

99. Hiiragi2013: Cell-to-cell expression variability followed by signal reinforcement progressively segregates early mouse lineages

細胞間発現変動とそれに続くシグナル強化は初期マウス系統を漸進的に分離する

99. yeastCC: Spellman et al. (1998) and Pramila/Breeden (2006) yeast cell cycle microarray data

スペルマン等。（1998）およびPramila / Breeden（2006）酵母細胞周期マイクロアレイデータ

101. derfinderData: Processed BigWigs from BrainSpan for examples

例としてBrainSpanのProcessed BigWigs

101. mosaicsExample: Example data for the mosaics package, which implements MOSAiCS and MOSAiCS-HMM, a statistical framework to analyze one-sample or two-sample ChIP-seq data for transcription factor binding and histone modification

MOSAiCSおよびMOSAiCS-HMMを実装するモザイクパッケージのデータ例、転写因子結合およびヒストン修飾について1サンプルまたは2サンプルのChIP-seqデータを分析するための統計的フレームワーク

103. crisprScoreData: Pre-trained models for the crisprScore package

crisprScoreパッケージのための事前学習済みモデル

104. KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO: Disease Datasets from GEO

GEOの疾病データセット

104. SBGNview.data: Demo gene expression datasets for SBGNview package

SBGNviewパッケージの遺伝子発現データセットのデモ

106. lungExpression: ExpressionSets for Parmigiani et al., 2004 Clinical Cancer Research paper

Parmigiani et al。、2004臨床癌研究論文のための発現セット

107. curatedBladderData: Bladder Cancer Gene Expression Analysis

膀胱癌遺伝子発現解析

107. yeastExpData: Yeast Experimental Data

酵母実験データ

109. ccdata: Data for Combination Connectivity Mapping (ccmap) Package

組み合わせ接続マッピング（ccmap）パッケージのデータ

109. RnaSeqSampleSizeData: RnaSeqSampleSizeData

RnaSeqSampleSizeData

111. CardinalWorkflows: Datasets and workflows for the Cardinal mass spectrometry imaging package

Cardinal質量分析イメージングパッケージのデータセットとワークフロー

111. easierData: easier internal data and exemplary dataset from IMvigor210CoreBiologies package

IMvigor210CoreBiologiesパッケージの内部データと例示データセットをより簡単にする

111. lumiBarnes: Barnes Benchmark Illumina Tissues Titration Data

Barnes Benchmark Illuminaが滴定データを組織化

111. RnBeads.mm10: RnBeads.mm10

RnBeads.mm10

115. RTCGA.mutations: Mutations datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの突然変異データセット

116. Affyhgu133Plus2Expr: Affyhgu133Plus2Expr (GPL570) Expression Data Package

Affyhgu133Plus2Expr（GPL570）発現データパッケージ

116. Fletcher2013b: Master regulators of FGFR2 signalling and breast cancer risk

FGFR2シグナル伝達と乳がんリスクの主な調節因子

118. BloodCancerMultiOmics2017: “Drug-perturbation-based stratification of blood cancer” by Dietrich S, Oles M, Lu J et al. – experimental data and complete analysis

「薬物摂動に基づく血液癌の層別化」、ＤｉｅｔｒｉｃｈＳ、ＯｌｅｓＭ、ＬｕＪｅｔａｌ。 – 実験データと完全な解析

118. imcdatasets: Collection of publicly available imaging mass cytometry (IMC) datasets

公開されているイメージングマスサイトメトリー（IMC）データセットのコレクション

120. harbChIP: Experimental Data Package: harbChIP

実験データパッケージ：harbChIP

120. RTCGA.miRNASeq: miRNASeq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmiRNASeqデータセット

122. ChIPXpressData: ChIPXpress Pre-built Databases

ChIPXpressの構築済みデータベース

122. hapmapsnp5: Sample data – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

122. MEDIPSData: Example data for MEDIPS and QSEA packages

MEDIPSおよびQSEAパッケージのデータ例

122. PWMEnrich.Hsapiens.background: H. sapiens background for PWMEnrich

PWMEnrichのH. sapiens背景

122. RnBeads.mm9: RnBeads.mm9

RnBeads.mm9

127. signatureSearchData: Datasets for signatureSearch package

signatureSearchパッケージのデータセット

128. beadarrayExampleData: Example data for the beadarray package

beadarrayパッケージのデータ例

128. curatedBreastData: Curated breast cancer gene expression data with survival and treatment information

生存および治療情報を含むキュレーション乳がん遺伝子発現データ

128. HCAData: Accessing The Datasets Of The Human Cell Atlas in R/Bioconductor

R / Bioconductorでのヒト細胞アトラスのデータセットへのアクセス

131. Neve2006: expression and CGH data on breast cancer cell lines

乳癌細胞株の発現とCGHデータ

131. NxtIRFdata: Data for NxtIRF

NxtIRFのデータ

131. TCGAMethylation450k: The Cancer Genome Atlas Illumina 450k methylation example data

Cancer Genome Atlas Illumina 450kメチル化データの例

134. hapmap100khind: Sample data – Hapmap 100K HIND Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K HIND Affymetrix

134. RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp: RcisTarget motif databases for human (hg19) – Subset of 4.6k motifs

ヒト用RcisTargetモチーフデータベース（hg19） – 4.6kモチーフのサブセット

136. ecoliLeucine: Experimental data with Affymetrix E. coli chips

Affymetrix E. coliチップによる実験データ

136. MAQCsubset: Experimental Data Package: MAQCsubset

実験データパッケージ：MAQCsubset

136. TBX20BamSubset: Subset of BAM files from the “TBX20” experiment

「TBX20」実験からのBAMファイルのサブセット

139. antiProfilesData: Normal colon and cancer preprocessed affy data for antiProfile building.

通常の結腸癌および癌は抗プロファイル構築のための前処理されたアフィニティーデータです。

139. beta7: Rodriguez et al. (2004) Differential Gene Expression by Memory/Effector T Helper Cells Bearing the Gut-Homing Receptor Integrin alpha4 beta7.

ロドリゲス等。（2004）腸ホーミング受容体インテグリンα4β7を有する記憶/エフェクターTヘルパー細胞による示差的遺伝子発現。

139. dressCheck: data and software for checking Dressman JCO 25(5) 2007

Dressman JCO 25（5）2007をチェックするためのデータとソフトウェア

139. HMP16SData: 16S rRNA Sequencing Data from the Human Microbiome Project

Human Microbiome Projectの16S rRNAシーケンスデータ

143. HelloRangesData: Data for the HelloRanges tutorial vignette

HelloRangesチュートリアルビネットのデータ

143. ITALICSData: ITALICSData

ITALICSData

143. mCSEAdata: Data package for mCSEA package

mCSEAパッケージ用データパッケージ

143. pumadata: Various data sets for use with the puma package

pumaパッケージで使用するためのさまざまなデータセット

147. mammaPrintData: RGLists from the Glas and Buyse breast cancer studies

GlasとBuyseの乳がん研究のRGLists

147. RMassBankData: Test dataset for RMassBank

RMassBank用テストデータセット

149. cMap2data: Connectivity Map (version 2) Data

接続マップ（バージョン2）データ

149. ProData: SELDI-TOF data of Breast cancer samples

乳がんサンプルのSELDI-TOFデータ

151. ConnectivityMap: Functional connections between drugs, genes and diseases as revealed by common gene-expression changes

一般的な遺伝子発現変化によって明らかにされた薬物、遺伝子および疾患間の機能的関連

151. davidTiling: Data and analysis scripts for David, Huber et al. yeast tiling array paper

David、Huber他のためのデータと分析スクリプト。イーストタイリングアレイ紙

151. kidpack: DKFZ kidney package

DKFZ腎臓パッケージ

151. miRNATarget: gene target tabale of miRNA for human/mouse used for MiRaGE package

MiRaGEパッケージに使用されるヒト/マウス用のmiRNAの遺伝子標的一覧

151. PWMEnrich.Dmelanogaster.background: D. melanogaster background for PWMEnrich

D. melanogasterのPWMEnrich背景

151. TabulaMurisSenisData: Bulk and single-cell RNA-seq data from the Tabula Muris Senis project

Tabula Muris SenisプロジェクトのバルクおよびシングルセルのRNA-seqデータ

157. AmpAffyExample: Example of Amplified Data

増幅データの例

157. COSMIC.67: COSMIC.67

コスミック67

157. GSBenchMark: Gene Set Benchmark

遺伝子セットベンチマーク

157. HEEBOdata: HEEBO set and HEEBO controls.

HEEBOセットとHEEBOコントロール。

157. RUVnormalizeData: Gender data for the RUVnormalize package

RUVnormalizeパッケージの性別データ

157. simpIntLists: The package contains BioGRID interactions for various organisms in a simple format

このパッケージには、さまざまな生物に対するBioGRIDインタラクションが単純な形式で含まれています

163. aracne.networks: ARACNe-inferred gene networks from TCGA tumor datasets

TCGA腫瘍データセットからのARACNe推定遺伝子ネットワーク

163. DuoClustering2018: Data, Clustering Results and Visualization Functions From Duò et al (2018)

Duòet al（2018）のデータ、クラスタリング結果および可視化関数

163. QDNAseq.mm10: Bin annotation mm10

ビンアノテーションmm10

163. SNAGEEdata: SNAGEE data

SNAGEEデータ

167. breakpointRdata: Strand-seq data for demonstration purposes

デモンストレーション用のストランドシーケンスデータ

167. cancerdata: Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data: Datasets

高次元分子データからの診断テストの開発と検証：データセット

167. gaschYHS: ExpressionSet for response of yeast to heat shock and other environmental stresses

熱ショックおよび他の環境ストレスに対する酵母の応答のためのExpressionSet

167. HiCDataHumanIMR90: Human IMR90 Fibroblast HiC data from Dixon et al. 2012

ＤｉｘｏｎらからのヒトＩＭＲ９０線維芽細胞ＨｉＣデータ。 2012年

167. MEEBOdata: MEEBO set and MEEBO controls.

MEEBOセットとMEEBOコントロール。

167. SomaticCancerAlterations: Somatic Cancer Alterations

体細胞がんの変化

173. bronchialIL13: time course experiment involving il13

il13を含む時間経過実験

173. grndata: Synthetic Expression Data for Gene Regulatory Network Inference

遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ

173. LungCancerLines: Reads from Two Lung Cancer Cell Lines

2つの肺がん細胞株から読み取る

173. metaMSdata: Example CDF data for the metaMS package

metaMSパッケージのCDFデータの例

177. COPDSexualDimorphism.data: Data to support sexually dimorphic and COPD differential analysis for gene expression and methylation.

遺伝子発現およびメチル化についての性的二型およびCOPD示差分析を裏付けるデータ。

177. hapmap500knsp: Sample data – Hapmap 500K NSP Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K NSP Affymetrix

177. hapmap500ksty: Sample data – Hapmap 500K STY Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K STY Affymetrix

177. seqc: RNA-seq data generated from SEQC (MAQC-III) study

SEQC（MAQC-III）試験から得られたRNA-seqデータ

181. affycompData: affycomp data

affycompデータ

181. Fletcher2013a: Gene expression data from breast cancer cells under FGFR2 signalling perturbation

FGFR2シグナリング摂動下の乳癌細胞からの遺伝子発現データ

181. mvoutData: affy and illumina raw data for assessing outlier detector performance

異常値検出器の性能を評価するためのAffyおよびIlluminaの生データ

181. TCGAWorkflowData: Data for TCGA Workflow

TCGAワークフローのデータ

185. Affymoe4302Expr: Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array (GPL1261) Expression Data Package

Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array（GPL1261）発現データパッケージ

186. BeadArrayUseCases: Analysing Illumina BeadArray expression data using Bioconductor

Bioconductorを使用したIllumina BeadArray発現データの分析

186. brgedata: Exposures, Gene Expression and Methylation data for ilustration purpouses

小話パープルハウスの曝露、遺伝子発現およびメチル化データ

186. FlowSorted.DLPFC.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted frontal cortex cell populations

分類された前頭皮質細胞集団に関するイルミナのヒトメチル化データ

186. frmaExampleData: Frma Example Data

医薬品サンプルデータ

190. chromstaRData: ChIP-seq data for Demonstration Purposes

デモンストレーション目的のChIP-seqデータ

190. colonCA: exprSet for Alon et al. (1999) colon cancer data

AlonらのexprSet。（1999）大腸がんデータ

190. dyebiasexamples: Example data for the dyebias package, which implements the GASSCO method.

GASSCO法を実行するdyebiasパッケージのデータ例。

190. shinyMethylData: Example dataset of input data for shinyMethyl

shinyMethylの入力データのサンプルデータセット

190. stemHypoxia: Differentiation of Human Embryonic Stem Cells under Hypoxia gene expression dataset by Prado-Lopez et al. (2010)

Prado-Lopez等による低酸素遺伝子発現データセットの下でのヒト胚性幹細胞の分化。（2010年）

190. XhybCasneuf: EBI/PSB cross-hybridisation study package

EBI / PSBクロスハイブリダイゼーション研究パッケージ

196. TargetSearchData: Example GC-MS data for TargetSearch Package

TargetSearchパッケージのGC-MSデータの例

197. ARRmData: Example dataset for normalization of Illumina 450k Methylation data

Illumina 450kメチル化データの正規化のためのサンプルデータセット

197. HD2013SGI: Mapping genetic interactions in human cancer cells with RNAi and multiparametric phenotyping

RNAiとマルチパラメトリック表現型を用いたヒト癌細胞における遺伝的相互作用のマッピング

197. PREDAsampledata: expression and copy number data on clear cell renal carcinoma samples

明細胞腎癌サンプルの発現とコピー数のデータ

197. tinesath1probe: Probe sequence data for microarrays of type tinesath1

タイプtinesath1のマイクロアレイ用のプローブシーケンスデータ

201. CopyhelpeR: Helper files for CopywriteR

CopywriteRのためのヘルパーファイル

201. FANTOM3and4CAGE: CAGE data from FANTOM3 and FANTOM4 projects

FANTOM3とFANTOM4プロジェクトからのケージデータ

201. ReactomeGSA.data: Companion data package for the ReactomeGSA package

ReactomeGSAパッケージのコンパニオンデータパッケージ

201. tinesath1cdf: tinesath1cdf

tinesath1cdf

201. WES.1KG.WUGSC: Whole Exome Sequencing (WES) of chromosome 22 401st to 500th exon from the 1000 Genomes (1KG) Project by the Washington University Genome Sequencing Center (WUGSC).

ワシントン大学ゲノムシークエンシングセンター（WUGSC）による1000ゲノム（1KG）プロジェクトからの22番染色体の401番目から500番目のエキソンの全エキソーム配列決定（WES）。

206. Affyhgu133aExpr: Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96) Expression Data Package

Affymetrix Human hgu133a Array（GPL96）発現データパッケージ

206. EatonEtAlChIPseq: ChIP-seq data of ORC-binding sites in Yeast excerpted from Eaton et al. 2010

酵母のORC結合部位のChIP-seqデータは、Eatonらから引用。 2010年

206. LungCancerACvsSCCGEO: A lung cancer dataset that can be used with maPredictDSC package for developing outcome prediction models from Affymetrix CEL files.

Affymetrix CELファイルからの転帰予測モデルを開発するためにmaPredictDSCパッケージと共に使用できる肺癌データセット。

206. OMICsPCAdata: Supporting data for package OMICsPCA

パッケージOMICsPCAの補助データ

206. pepDat: Peptide microarray data package

ペプチドマイクロアレイデータパッケージ

206. SingleCellMultiModal: Integrating Multi-modal Single Cell Experiment datasets

マルチモーダル単細胞実験データセットの統合

212. DeSousa2013: Poor prognosis colon cancer is defined by a molecularly distinct subtype and precursor lesion

予後不良の大腸癌は分子的に異なるサブタイプおよび前駆病変によって定義される

212. DrugVsDiseasedata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

212. ffpeExampleData: Illumina DASL example microarray data

Illumina DASLサンプルマイクロアレイデータ

212. minionSummaryData: Summarised MinION sequencing data published by Ashton et al. 2015

Ashtonらによって公表された要約されたMinION配列決定データ。 2015年

212. mtbls2: MetaboLights MTBLS2: Comparative LC/MS-based profiling of silver nitrate-treated Arabidopsis thaliana leaves of wild-type and cyp79B2 cyp79B3 double knockout plants. Böttcher et al. (2004)

MetaboLights MTBLS2野生型およびcyp79B2 cyp79B3二重ノックアウト植物の硝酸銀処理Arabidopsis thaliana葉のLC / MSに基づく比較プロファイリングベッチャー等。（2004年）

212. prebsdata: Data for ‘prebs’ package

‘prebs’パッケージのデータ

212. rRDPData: Database for the Default RDP Classifier

デフォルトのRDP分類子用のデータベース

212. TabulaMurisData: 10x And SmartSeq2 Data From The Tabula Muris Consortium

Tabula Murisコンソーシアムの10倍およびSmartSeq 2データ

212. TENxVisiumData: Visium spatial gene expression data by 10X Genomics

10X Genomics社のVisium空間遺伝子発現データ

221. hgu2beta7: A data package containing annotation data for hgu2beta7

hgu2beta7のアノテーションデータを含むデータパッケージ

221. plotgardenerData: Datasets and test data files for the plotgardener package

plotgardenerパッケージのデータセットとテストデータファイル

221. seq2pathway.data: data set for R package seq2pathway

Rパッケージseq2pathwayのデータセット

224. FlowSorted.CordBlood.450k: Illumina 450k data on sorted cord blood cells

分類された臍帯血細胞に関するIllumina 450kデータ

224. seventyGeneData: ExpressionSets from the van’t Veer and Van de Vijver breast cancer studies

van’t VeerとVan de Vijverの乳がん研究のExpressionSets

224. timecoursedata: A data package for timecourse RNA-seq and microarray gene expression data sets

タイムコースRNA-seqおよびマイクロアレイ遺伝子発現データセットのためのデータパッケージ

227. HIVcDNAvantWout03: T cell line infections with HIV-1 LAI (BRU)

HIV-1 LAI（BRU）によるT細胞株感染

227. RnBeads.rn5: RnBeads.rn5

RnBeads.rn5

229. MSMB: Data sets for the book ‘Modern Statistics for Biology’

本「生物学のための現代統計学」のためのデータセット

229. PasillaTranscriptExpr: Data package with transcript expression obtained with kallisto from pasilla knock-down RNA-Seq data from Brooks et al.

BrooksらからのpasillaノックダウンRNA-Seqデータからのカリストを用いて得られた転写物発現を有するデータパッケージ。

229. PWMEnrich.Mmusculus.background: M. musculus background for PWMEnrich

PWMEnrichのM. musculus背景

229. RegParallel: Standard regression functions in R enabled for parallel processing over large data-frames

大きなデータフレームでの並列処理を可能にするRの標準回帰関数

229. yeastGSData: Yeast Gold Standard Data

酵母ゴールドスタンダードデータ

234. HMP2Data: 16s rRNA sequencing data from the Human Microbiome Project 2

Human Microbiome Project 2の16秒rRNAシーケンスデータ

234. RTCGA.CNV: CNV (Copy-number variation) datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのCNV（コピー数変動）データセット

234. WGSmapp: Mappability tracks of Whole-genome Sequencing from the ENCODE Project

ENCODEプロジェクトの全ゲノムシークエンシングのマッピングトラック

237. Affyhgu133A2Expr: Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array (GPL571) Expression Data Package

Affymetrix Human Genome U133A 2.0アレイ（GPL571）発現データパッケージ

237. FIs: Human Functional Interactions (FIs) for splineTimeR package

splineTimeRパッケージの人間機能的相互作用（FI）

237. FlowSorted.CordBloodCombined.450k: Illumina 450k/EPIC data on FACS and MACS umbilical blood cells

FACSおよびMACS臍帯血細胞に関するIllumina 450k / EPICデータ

237. GenomicDistributionsData: Reference data for GenomicDistributions package

GenomicDistributionsパッケージのリファレンスデータ

237. RTCGA.methylation: Methylation datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectのメチル化データセット

237. SomatiCAData: An example cancer whole genome sequencing data for the SomatiCA package

SomatiCAパッケージのための癌全ゲノム配列決定データの例

237. TargetScoreData: TargetScoreData

TargetScoreData

244. blimaTestingData: Data for testing of the package blima.

パッケージblimaのテストのためのデータ。

244. cnvGSAdata: Data used in the vignette of the cnvGSA package

cnvGSAパッケージのビネットで使用されているデータ

244. DvDdata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

244. fabiaData: Data sets for FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition)

FABIA（バイクラスター取得のための因子分析）のデータセット

244. HiContactsData: HiContacts companion data package

HiContactsコンパニオンデータパッケージ

244. LiebermanAidenHiC2009: Selected data from the HiC paper of E. Lieberman-Aiden et al. in Science (2009)

E. Lieberman-AidenらのHiC論文から選択されたデータ。科学の中で（2009）

244. PathNetData: Experimental data for the PathNet package

PathNetパッケージの実験データ

244. pd.atdschip.tiling: Platform Design Info for Affymetrix Atdschip_tiling

Affymetrix Atdschip_tilingのプラットフォーム設計情報

244. rheumaticConditionWOLLBOLD: Normalized gene expression dataset published by Wollbold et al. [2009] (WOLLBOLD).

Wollboldらによって公開された正規化遺伝子発現データセット。 [2009]（WOLLBOLD）

244. tissueTreg: TWGBS and RNA-seq data from tissue T regulatory cells from mice

マウスの組織T制御細胞からのTWGBSおよびRNA配列データ

254. GeuvadisTranscriptExpr: Data package with transcript expression and bi-allelic genotypes from the GEUVADIS project

GEUVADISプロジェクトからの転写産物発現および二対立遺伝子型を含むデータパッケージ

254. NCIgraphData: Data for the NCIgraph software package

NCIgraphソフトウェアパッケージのデータ

254. ptairData: PTR-TOF-MS volatolomics raw datasets from exhaled air and cell culture headspace

呼気および細胞培養ヘッドスペースからのPTR-TOF-MS volatolomics生データセット

257. ChimpHumanBrainData: Chimp and human brain data package

チンパンジーと人間の脳のデータパッケージ

257. healthyFlowData: Healthy dataset used by the flowMatch package

flowMatchパッケージで使用される健全なデータセット

257. MMDiffBamSubset: Example ChIP-Seq data for the MMDiff package

MMDiffパッケージのChIP-Seqデータの例

260. DonaPLLP2013: Supplementary data package for Dona et al. (2013) containing example images and tables

Donaらのための補足データパッケージ。画像と表の例を含む（2013）

260. KOdata: LINCS Knock-Out Data Package

LINCSノックアウトデータパッケージ

260. lydata: Example Dataset for crossmeta Package

crossmetaパッケージのデータセット例

263. Iyer517: exprSets for Iyer, Eisen et all 1999 Science paper

Iyer、Eisen、その他1999年版全文

263. msd16s: Healthy and moderate to severe diarrhea 16S expression data

健康で中等度から重度の下痢16S発現データ

265. biotmleData: Example experimental microarray data set for the “biotmle” R package

「biotmle」Rパッケージ用の実験用マイクロアレイデータセットの例

265. chipseqDBData: Data for the chipseqDB Workflow

chipseqDBワークフローのデータ

265. RTCGA.RPPA: RPPA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRPPAデータセット

265. SCLCBam: Sequence data from chromosome 4 of a small-cell lung tumor

小細胞肺腫瘍の4番染色体からの配列データ

269. HiCDataLymphoblast: Human lymphoblastoid HiC data from Lieberman-Aiden et al. 2009

Lieberman-Aidenらからのヒトリンパ芽細胞質HiCデータ。 2009年

269. MerfishData: Collection of public MERFISH datasets

公開されているMERFISHデータセットのコレクション

269. MethylAidData: MethylAid-summarized data for 2800 Illumina 450k array samples and 2620 EPIC array samples

2800 Illumina 450kアレイサンプルおよび2620 EPICアレイサンプルのメチルエイド要約データ

269. miRcompData: Data used in the miRcomp package

miRcompパッケージで使用されるデータ

269. NGScopyData: Subset of BAM files of human tumor and pooled normal sequencing data (Zhao et al. 2014) for the NGScopy package

NGScopyパッケージ用のヒト腫瘍のBAMファイルのサブセットおよびプールされた正常な配列決定データ（Zhao et al。2014）

269. PCHiCdata: Promoter Capture Hi-C data

プロモーターキャプチャーHi-Cデータ

269. scpdata: Single-Cell Proteomics Data Package

シングルセルプロテオミクスデータパッケージ

276. COHCAPanno: Annotations for City of Hope CpG Island Analysis Pipeline

希望都市CpGアイランド分析パイプラインのアノテーション

276. hgu133plus2barcodevecs: hgu133plus2 data for barcode

バーコードのhgu133plus2データ

276. prostateCancerCamcap: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

276. RTCGA.PANCAN12: PanCan 12 from Genome Cancer Browser

ゲノムがんブラウザからPanCan 12

276. serumStimulation: serumStimulation is a data package which is used by examples in package pcaGoPromoter

bloodStimulationは、パッケージpcaGoPromoterの例で使用されるデータパッケージです。

276. SNAData: Social Networks Analysis Data Examples

ソーシャルネットワーク分析データの例

282. hgu133plus2CellScore: CellScore Standard Cell Types Expression Dataset [hgu133plus2]

CellScoreスタンダードセルタイプExpression Dataset [hgu133plus2]

282. IHWpaper: Reproduce figures in IHW paper

IHW紙に図を再現する

282. M3DExampleData: M3Drop Example Data

M3Dropサンプルデータ

282. PepsNMRData: Datasets for the PepsNMR package

PepsNMRパッケージ用のデータセット

282. RITANdata: This package contains the annotation and network data sets

このパッケージはアノテーションとネットワークデータセットを含みます

282. Single.mTEC.Transcriptomes: Single Cell Transcriptome Data and Analysis of Mouse mTEC cells

マウスmTEC細胞の単細胞トランスクリプトームデータおよび分析

282. TCGAcrcmRNA: TCGA CRC 450 mRNA dataset

TCGA CRC 450 mRNAデータセット

289. diggitdata: Example data for the diggit package

diggitパッケージのデータ例

289. ListerEtAlBSseq: BS-seq data of H1 and IMR90 cell line excerpted from Lister et al. 2009

Ｈ１細胞株およびＩＭＲ９０細胞株のＢＳ配列データは、Ｌｉｓｔｅｒｅｔａｌ。 2009年

289. orthosData: Data for the orthos package

orthosパッケージのデータ

292. SNPhoodData: Additional and more complex example data for the SNPhood package

SNPhoodパッケージの追加のより複雑な例のデータ

293. ASICSdata: Example of 1D NMR spectra data for ASICS package

ASICSパッケージの1次元NMRスペクトルデータの例

293. msPurityData: Fragmentation spectral libraries and data to test the msPurity package

msPurityパッケージをテストするためのフラグメンテーションスペクトルライブラリとデータ

293. RRBSdata: An RRBS data set with 12 samples and 10,000 simulated DMRs

12個のサンプルと10,000個の模擬DMRを含むRRBSデータセット

293. topdownrdata: Example Files for the topdownr R Package

topdownr Rパッケージのサンプルファイル

297. NanoporeRNASeq: Nanopore RNA-Seq Example data

ナノポアRNA-Seq例データ

298. biscuiteerData: Data Package for Biscuiteer

Biscuiteerのデータパッケージ

298. GSE62944: GEO accession data GSE62944 as a SummarizedExperiment

要約実験としてのGEO登録データGSE62944

298. prostateCancerGrasso: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

298. tartare: Raw ground spectra recorded on Thermo Fisher Scientific mass spectrometers

Thermo Fisher Scientific質量分析計で記録された生の地上スペクトル

302. MouseThymusAgeing: Single-cell Transcriptomics Data of the Ageing Mouse Thymus

加齢マウス胸腺のシングルセル・トランスクリプトミクスデータ

302. SpatialDatasets: Collection of spatial omics datasets

空間オミックスデータセットのコレクション

304. AshkenazimSonChr21: Annotated variants on the chromosome 21, human genome 19, Ashkenazim Trio son sample

染色体21、ヒトゲノム19、Ashkenazim Trio sonサンプル上の注釈付き変異体

305. ChIPexoQualExample: Example data for the ChIPexoQual package, which implements a quality control pipeline for ChIP-exo data

ChIP-exoデータの品質管理パイプラインを実装するChIPexoQualパッケージのデータ例

305. CRCL18: CRC cell line dataset

CRC細胞株データセット

305. DExMAdata: Data package for DExMA package

DExMAパッケージのデータパッケージ

305. HCATonsilData: Provide programmatic access to the tonsil cell atlas datasets

扁桃細胞アトラスデータセットへのプログラムによるアクセスを提供

305. MUGAExampleData: Example {M}ouse {U}niversal {G}enotyping {A}rray data for genome reconstruction and quantitative trait locus mapping.

ゲノムの再構築および量的形質遺伝子座マッピングのための{A}配列データ{A}配列解析{M}または{U}ユニバーサル{G}。

305. optimalFlowData: optimalFlowData

最適フローデータ

311. adductData: Data from untargeted MS of modifications to Cys34 of serum albumin

血清アルブミンのCys34に対する修飾の非標的MSからのデータ

311. furrowSeg: Furrow Segmentation

溝セグメンテーション

311. HarmanData: Data for the Harman package

Harmanパッケージのデータ

311. mouse4302barcodevecs: mouse4302 data for barcode

バーコードのmouse4302データ

311. nullrangesData: ExperimentHub datasets for the nullranges package

nullrangesパッケージのExperimentHubデータセット

311. scMultiome: Collection of Public Single-Cell Multiome (scATAC + scRNAseq) Datasets

公開されているシングルセルマルチオーム（scatac + scRNAseq）データセット集

311. SVM2CRMdata: An example dataset for use with the SVM2CRM package

SVM2CRMパッケージで使用するサンプルデータセット

318. flowPloidyData: Example Flow Cytometry Data

フローサイトメトリーデータの例

319. scTHI.data: The package contains examples of single cell data used in vignettes and examples of the scTHI package; data contain both tumor cells and immune cells from public dataset of glioma

このパッケージには、ビネットで使用された単細胞データの例とscTHIパッケージの例が含まれています；データには、グリオーマの公開データセットからの腫瘍細胞と免疫細胞の両方が含まれています

319. TimerQuant: Timer Quantification

タイマー定量化

321. BioImageDbs: Bio- and biomedical imaging dataset for machine learning and deep learning (for ExperimentHub)

機械学習や深層学習のためのバイオ・生物医学画像データセット（ExperimentHub用

321. CluMSIDdata: Data for the CluMSID package

CluMSIDパッケージのデータ

321. epimutacionsData: Data for epimutacions package

epimutacionsパッケージのデータ

321. OnassisJavaLibs: OnassisJavaLibs, java libraries to run conceptmapper and semantic similarity

OnassisJavaLibs、conceptmapperとセマンティックの類似性を実行するためのJavaライブラリ

325. EpiMix.data: Data for the EpiMix package

EpiMixパッケージのデータ

325. hgu133abarcodevecs: hgu133a data for barcode

バーコードのhgu133aデータ

325. scanMiRData: miRNA Affinity models for the scanMiR package

scanMiRパッケージ用miRNAアフィニティモデル

325. vulcandata: VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks, dummy dataset

ネットワークを用いたVirtUaL ChIP-Seqデータ解析、ダミーデータセット

329. prostateCancerTaylor: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

329. QUBICdata: Data employed in the vignette of the QUBIC package

QUBICパッケージのビネットで採用されているデータ

331. BeadSorted.Saliva.EPIC: Illumina EPIC data on BeadSorted adult saliva cells

ビーズソーティングされた成人唾液細胞のIllumina EPICデータ

331. bodymapRat: Experimental dataset from the rat BodyMap project

ラットBodyMapプロジェクトからの実験データセット

331. CopyNeutralIMA: Copy Neutral Illumina Methylation Arrays

中性イルミナメチル化アレイのコピー

331. SubcellularSpatialData: Annotated spatial transcriptomics datasets from 10x Xenium, NanoString CosMx and BGI STOmics.

10x Xenium、NanoString CosMx、BGI STOmicsの空間トランスクリプトミクスデータセットに注釈を付けた。

335. CONFESSdata: Example dataset for CONFESS package

CONFESSパッケージ用のデータセットの例

335. FlowSorted.CordBloodNorway.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted cord blood cell populations

選別された臍帯血細胞集団のIllumina Humanメチル化データ

335. MetaGxBreast: Transcriptomic Breast Cancer Datasets

トランスクリプトーム乳がんデータセット

335. microRNAome: SummarizedExperiment for the microRNAome project

microRNAomeプロジェクトの要約実験

335. msqc1: Sigma mix MSQC1 data

シグマミックスMSQC1データ

335. nanotubes: Mouse nanotube CAGE data

マウスナノチューブCAGEデータ

335. qPLEXdata: Data accompanying qPLEXanalyzer package

qPLEXanalyzerパッケージに付随するデータ

335. sampleClassifierData: Pre-processed data for use with the sampleClassifier package

sampleClassifierパッケージで使用するための前処理済みデータ

335. VariantToolsData: Data for the VariantTools tutorial

VariantToolsチュートリアルのデータ

344. NetActivityData: Data required for getting the gene set scores with NetActivity package

NetActivityパッケージで遺伝子セットスコアを取得するために必要なデータ

344. prostateCancerStockholm: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

344. prostateCancerVarambally: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

344. RGMQLlib: RGMQLlib, java libraries to run GMQL scala API

RGMQLlib、GMQL scala APIを実行するためのJavaライブラリ

344. RNAmodR.Data: Example data for the RNAmodR package

RNAmodRパッケージのデータ例

344. TCGAcrcmiRNA: TCGA CRC 450 miRNA dataset

TCGA CRC 450 miRNAデータセット

350. diffloopdata: Example ChIA-PET Datasets for the diffloop Package

diffloopパッケージ用のChIA-PETデータセットの例

350. oct4: Conditional knockdown of OCT4 in mouse ESCs

マウスESCにおけるOCT4の条件付きノックダウン

350. PtH2O2lipids: P. tricornutum HPLC-ESI-MS Lipid Data from van Creveld et al. (2015)

Ｐ．（2015年）

350. tofsimsData: Import, process and analysis of ToF-SIMS imaging data

ToF-SIMSイメージングデータのインポート、処理、分析

354. cfToolsData: ExperimentHub data for the cfTools package

cfToolsパッケージのExperimentHubデータ

354. fourDNData: 4DN data package

4DNデータパッケージ

354. octad.db: Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD) database

Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)データベース

357. CellMapperData: Pre-processed data for use with the CellMapper package

CellMapperパッケージで使用するための前処理済みデータ

357. clustifyrdatahub: External data sets for clustifyr in ExperimentHub

ExperimentHubにあるclustifyrの外部データセット

357. DNAZooData: DNA Zoo data package

DNA Zooデータパッケージ

357. GIGSEAdata: Gene set collections for the GIGSEA package

GIGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

357. NestLink: NestLink an R data package to guide through Engineered Peptide Barcodes for In-Depth Analyzes of Binding Protein Ensembles

結合タンパク質アンサンブルの詳細な分析のための人工ペプチドバーコードをガイドするためのRデータパッケージのNestLink

357. spqnData: Data for the spqn package

spqn パッケージのデータ

363. curatedAdipoRNA: A Curated RNA-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションRNA-Seqデータセット

363. gpaExample: Example data for the GPA package (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)

GPAパッケージ（Pleiotropyとアノテーションを組み込んだ遺伝学的解析）のデータ例

363. MicrobiomeBenchmarkData: Datasets for benchmarking in microbiome research

マイクロバイオーム研究のベンチマーク用データセット

366. TENxBUSData: Single cell dataset from 10x in BUS format

BUS形式の10xの単一セルデータセット

367. CytoMethIC: DNA methylation-based classification and regression

DNAメチル化に基づく分類と回帰

367. gDRtestData: gDRtestData – R data package with testing dose reponse data

gDRtestData – 用量反応データをテストするための R データパッケージ

367. HumanAffyData: GEO accession GSE64985 and ArrayExpress accession E-MTAB-62 as ExpressionSet objects

ExpressionSetオブジェクトとしてのGEO登録GSE64985およびArrayExpress登録E-MTAB-62

370. EpipwR.data: EpipwR.data: Reference data for EpipwR

EpipwR.data: EpipwRの参照データ

370. gDNAinRNAseqData: RNA-seq data with different levels of gDNA contamination

gDNAコンタミネーションレベルの異なるRNA-seqデータ

370. TMExplorer: A Collection of Tumour Microenvironment Single-cell RNA Sequencing Datasets and Correspodnding Metadata

腫瘍微小環境単細胞RNAシークエンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

373. MACSdata: Test datasets for the MACSr package

MACSrパッケージのテストデータセット

373. marinerData: ExperimentHub data for the mariner package

マリナーパッケージのExperimentHubデータ

373. WeberDivechaLCdata: Spatially-resolved transcriptomics and single-nucleus RNA-sequencing data from the locus coeruleus (LC) in postmortem human brain samples

ヒト死後脳サンプルにおける青斑核（LC）の空間分解トランスクリプトミクスおよび単一核RNAシーケンスデータ

373. xcoredata: data package for xcore

xcore用データパッケージ

377. BioPlex: R-side access to BioPlex protein-protein interaction data

BioPlexタンパク質相互作用データへのR側からのアクセス

377. LRcellTypeMarkers: Marker gene information for LRcell R Bioconductor package

LRcell R Bioconductorパッケージのマーカー遺伝子情報

377. TENxXeniumData: Collection of Xenium spatial data by 10X genomics

10X genomicsによるXenium空間データの収集

377. TumourMethData: A Collection of DNA Methylation Datasets for Human Tumour Samples and Matching Normal Samples

ヒト腫瘍サンプルとそれにマッチする正常サンプルのDNAメチル化データセット集

381. GSE13015: GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

381. HarmonizedTCGAData: Processed Harmonized TCGA Data of Five Selected Cancer Types

選択された5つの癌の種類に関する処理済みの調和TCGAデータ

381. multiWGCNAdata: Data Package for multiWGCNA

multiWGCNA用データパッケージ

381. raerdata: A collection of datasets for use with raer package

raerパッケージで使用するためのデータセット集

381. scATAC.Explorer: A Collection of Single-cell ATAC Sequencing Datasets and Corresponding Metadata

シングルセルATACシーケンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

381. VectraPolarisData: Vectra Polaris and Vectra 3 multiplex single-cell imaging data

Vectra PolarisおよびVectra 3マルチプレックスシングルセルイメージングデータ

387. AssessORFData: Data and Files for the AssessORF Package

AssessORFパッケージのデータとファイル

387. curatedTBData: Curation of existing 49 tuberculosis transcriptomic studies

既存の49結核トランスクリプトーム研究のキュレーション

387. mcsurvdata: Meta cohort survival data

メタコホート生存データ

387. SimBenchData: SimBenchData: a collection of 35 single-cell RNA-seq data covering a wide range of data characteristics

SimBenchData: 幅広いデータ特性を網羅した35個のシングルセルRNA-seqデータのコレクション

387. SingleMoleculeFootprintingData: Data supporting the SingleMoleculeFootprinting pkg

SingleMoleculeFootprinting pkgのサポートデータ

392. celarefData: Processed scRNA data for celaref Vignette – cell labelling by reference

celaref Vignetteのために処理されたscRNAデータ – 参照による細胞標識

392. CLLmethylation: Methylation data of primary CLL samples in PACE project

PACEプロジェクトにおける主要CLLサンプルのメチル化データ

392. curatedAdipoArray: A Curated Microarrays Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1) Under Genetic and Pharmacological Perturbations

MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)の遺伝的および薬理学的摂動下でのキュレーションマイクロアレイデータセット

392. curatedPCaData: Curated Prostate Cancer Data

キュレーションされた前立腺がんデータ

392. emtdata: An ExperimentHub Package for data sets with an Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)

Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)を伴うデータセットのためのExperimentHubパッケージ

392. etec16s: Individual-specific changes in the human gut microbiota after challenge with enterotoxigenic Escherichia coli and subsequent ciprofloxacin treatment

腸管毒素原性大腸菌による攻撃およびその後のシプロフロキサシン処理後のヒト腸内微生物叢の個体特異的変化

392. GSE103322: GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

392. HighlyReplicatedRNASeq: Collection of Bulk RNA-Seq Experiments With Many Replicates

多数のレプリケートを用いたバルクRNA-Seq実験集

392. PhyloProfileData: Data package for phylogenetic profile analysis using PhyloProfile tool

PhyloProfileツールを使用した系統プロファイル分析用のデータパッケージ

392. scaeData: Data Package for SingleCellAlleleExperiment

SingleCellAlleleExperiment用データパッケージ

402. curatedAdipoChIP: A Curated ChIP-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションされたChIP-Seqデータセット

402. FieldEffectCrc: Tumor, tumor-adjacent normal, and healthy colorectal transcriptomes as SummarizedExperiment objects

SummarizedExperimentオブジェクトとしての腫瘍、腫瘍に隣接した正常な大腸直腸トランスクリプトーム、および健康な大腸直腸トランスクリプトーム

402. preciseTADhub: Pre-trained random forest models obtained using preciseTAD

preciseTADを用いて事前に学習させたランダムフォレストモデル

402. smokingMouse: Provides access to smokingMouse project data

smokingMouseプロジェクトデータへのアクセスを提供

406. MetaScope: Tools and functions for preprocessing 16S and metagenomic sequencing microbiome data

16Sおよびメタゲノム配列のマイクロバイオームデータを前処理するためのツールおよび機能

406. MethylSeqData: Collection of Public DNA Methylation Sequencing Datasets

公的DNAメチル化塩基配列決定データセットの収集

406. ObMiTi: Ob/ob Mice Data on Normal and High Fat Diet

通常の食事と高脂肪食を摂取したOb/obマウスのデータ

409. bugphyzz: A harmonized data resource and software for enrichment analysis of microbial physiologies

微生物生理学の濃縮分析のための調和のとれたデータリソースとソフトウェア

409. GSE159526: Placental cell DNA methylation data from GEO accession GSE159526

GEOアクセッションGSE159526からの胎盤細胞のDNAメチル化データ

409. MouseAgingData: Multi-omics data access for studies investigating the effects of aging

老化の影響を調べる研究のためのマルチオミクスデータアクセス

409. muleaData: Genes Sets for Functional Enrichment Analysis with the ‘mulea’ R Package

「mulea」Rパッケージによる機能強化解析のための遺伝子セット

409. ProteinGymR: Programmatic access to ProteinGym datasets in R/Bioconductor

R/BioconductorのProteinGymデータセットへのプログラムによるアクセス

414. healthyControlsPresenceChecker: Dowloads A Gene Expression Dataset From GEO And Checks If It Contains Data Of Healthy Controls Or Not

GEOから遺伝子発現データセットをダウンロードし、健康なコントロールのデータが含まれているかどうかをチェックするツール

414. HiBED: HiBED

HiBED

414. tuberculosis: Tuberculosis Gene Expression Data for Machine Learning

機械学習のための結核遺伝子発現データ

417. CoSIAdata: VST normalized RNA-Sequencing data with annotations for multiple species samples from Bgee

Bgeeの複数種サンプルのアノテーション付きVST正規化RNAシーケンサーデータ

417. eoPredData: ExperimentHub package containing model data for predicting preeclampsia status for based on plcaental DNA methylation profile

plcaental DNAメチル化プロファイルに基づく子癇前症の状態を予測するためのモデルデータを含むExperimentHubパッケージ

417. LegATo: LegATo: Longitudinal mEtaGenomic Analysis Toolkit

LegATo:縦断的mEtaゲノム解析ツールキット

417. MetaGxPancreas: Transcriptomic Pancreatic Cancer Datasets

トランスクリプトーム膵臓癌データセット

417. spatialDmelxsim: Spatial allelic expression counts for fly cross embryo

ハエの交配胚の空間的対立遺伝子発現カウント

422. JohnsonKinaseData: Kinase PWMs based on data published by Johnson et al. 2023 (doi:10.1038/s41586-022-05575-3)

Johnsonら2023（doi:10.1038/s41586-022-05575-3）が発表したデータに基づくキナーゼPWM

423. humanHippocampus2024: Access to SRT and snRNA-seq data from spatial_HPC project

spatial_HPCプロジェクトからのSRTおよびsnRNA-seqデータへのアクセス

423. TransOmicsData: A collection of trans-omics datasets across various biological systems

様々な生物系にわたるトランスオミクスデータセットのコレクション

425. homosapienDEE2CellScore: Example Data Package for CellScore

CellScore用データパッケージ例

426. MetaGxOvarian: Transcriptomic Ovarian Cancer Datasets

トランスクリプトーム卵巣癌データセット

427. muSpaData: Multi-sample multi-group spatially resolved transcriptomic data

複数サンプル、複数グループの空間分解トランスクリプトームデータ

428. TENET.ExperimentHub: Experiment data for the TENET package

TENETパッケージの実験データ

429. curatedCRCData: Colorectal Cancer Gene Expression Analysis

大腸癌遺伝子発現解析

430. CENTREprecomputed: Hub package for the precomputed data of CENTRE and example data

CENTRE の事前計算済みデータおよびサンプルデータ用ハブパッケージ

431. AWAggregatorData: Attribute-Weighted Aggregation Data

属性重み付け集約データ

432. iModMixData: Data for iModMix Package

iModMixパッケージ用データ

433. ChIPDBData: ChIP-seq Target Databases for TFEA.ChIP

TFEA.ChIP 用 ChIP-seq ターゲットデータベース

434. nmrdata: Example 1d NMR Data for Metabolic Profiling

代謝プロファイリングのための1d NMRデータの例

435. DoReMiTra: Orchestrating Blood Radiation Transcriptomic Data

血液放射線トランスクリプトミクスデータのオーケストレーション

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