パッケージ確認日: | 2024/10/01 |
パッケージ数: | 2300 |
適切なバージョンのBioconductorパッケージを設定する
特定の命名スタイルに従うようにそれらを修正することを含む、染色体名を操作するためのユーティリティ
Bioconductorで使用されるS4汎用関数
Bioconductorでのベクター型およびリスト型コンテナの基盤
Rパッケージのzlib-1.2.5
Bioconductorにおける整数範囲操作の基礎
Bioconductorにおける外部ベクトル表現と操作の基礎
バイオベース:バイオコンダクターのための基本機能
生物学的弦の効率的な操作
ゲノム間隔の表現と操作
ディスク上およびメモリ内アレイのようなデータセットを透過的に扱うための統一されたフレームワーク
並行評価のための生体導体施設
S4 行列型オブジェクトで動作する一般的なサマリー統計関数
SummerizedExperimentコンテナ
Bioconductorにおける配列のようなコンテナの基礎
KEGGへのクライアントサイドRESTアクセス
BioconductorでのSQLiteベースのアノテーションの操作
マイクロアレイデータのための線形モデル
多次元スパース配列の効率的なインメモリ表現
セッション間でファイルを管理する
RパッケージとしてのHTSlibハイスループットシーケンスライブラリ
短いゲノムアラインメントの表現と操作
Rパッケージとしてのhdf5ライブラリ
BioMartデータベース(Ensemblなど)へのインタフェース
バイナリアライメント(BAM)、FASTA、バリアントコール(BCF)、およびtabixファイルのインポート
Rにおけるデジタル遺伝子発現データの経験的分析
ゲノムアノテーションファイルとUCSCゲノムブラウザへのRインタフェース
負の二項分布に基づく示差的遺伝子発現解析
系統樹の共変量および他の関連データを用いた系統樹の視覚化および注釈付けのためのRパッケージ
遺伝子モデルのインポートと照会に便利
系統樹入力と出力のための基本クラスと関数
HDF5へのRインタフェース
バイオインダクターパッケージの標準入出力
HDF5 圧縮フィルタ
graph:グラフデータ構造を扱うためのパッケージ
遺伝子および遺伝子クラスターの機能的プロファイルの統計分析および可視化
マイクロアレイのアノテーション
疾患オントロジー意味論および濃縮分析
機能強化結果の可視化
誤発見率制御のためのQ値推定
高速遺伝子セット濃縮分析
GO用語の意味的類似度
全ゲノムとそのSNPを効率的に表現するためのソフトウェアインフラストラクチャ
‘DelayedMatrix’オブジェクトの行と列に適用される関数
各マトリックスタイプを処理するための生体導体のコンパイル
疎な行列の行と列の要約統計量
単一セルデータ用のS4クラス
複雑なヒートマップを作成する
前処理機能のコレクション
DelayedArrayオブジェクト用のHDF5バックエンド
genefilter:ハイスループット実験から遺伝子をフィルタリングする方法
リサンプリングベースの多重仮説検定
遺伝的変異のアノテーション
バイオコンダクタパッケージのための特異値分解
スケーリングされた値とセンターリングされた値のDelayedMatrixの作成
バイオコンダクタープロテオミクスインフラストラクチャのためのS4一般的機能
AnnotationHubリソースにアクセスするためのクライアント
バイオコンダクターの注釈リソースをフィルタリングするための機能
バイオコンダクタパッケージの最近傍検出
impute:マイクロアレイデータへの代入
Ensemblベースのアノテーションデータベースを作成して使用するためのユーティリティ
Rグラフオブジェクトにプロット機能を提供
シングルセルRNA-Seq解析ユーティリティ
BOOSTグラフライブラリへのインタフェース
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするための基本パッケージ
NCBI遺伝子発現オムニバス(GEO)からデータを取得する
遺伝子セット濃縮データ構造および方法
UCSCゲノムブラウザからデータを取得するための低レベルユーティリティ
Affymetrixオリゴヌクレオチドアレイのための方法
Affymetrixデータファイルを解析するためのツール
ExperimentHubリソースにアクセスするためのクライアント
代理変数分析
Rにおける遺伝子発現データのための単一細胞分析ツールキット
Bioconductor用グラフィック関連機能
ビネットやその他のBioconductor文書の標準スタイル
マイクロアレイおよびRNA配列データのための遺伝子セット変動分析
FASTQの入力と操作
Bioconductorパッケージ開発のための一般的なユーティリティ関数
Bioconductorでマルチオミックス実験を統合するためのソフトウェア
KEGGgraph:RとBioconductorにおけるKEGG PATHWAYへのグラフアプローチ
BIOMファイルフォーマット用のインターフェースパッケージ
ハイスループットミクロバイオーム国勢調査データの取り扱いと分析
ゲノムデータの視覚化のための基本的なグラフィックユーティリティ
PCAメソッドのコレクション
マイクロアレイデータのための分散安定化および較正
バイオインダクターのためのクラスタリングアルゴリズム
DNAコピー数データ解析
差分解析のP値に関するメタアナリシス
単細胞RNA-Seqデータ解析のための方法
ミクロバイオームデータのためのDirichlet‐多項混合モデル機械学習
着色とラベル付けが強化された出版準備済みの火山プロット
経路ベースのデータ統合と可視化のためのツールセット
バイオコンダクターパッケージ内のPythonのバージョンをフリーズさせる
Rパッケージリポジトリのカテゴリー別ビュー
ガンマ・ポアソン一般化線形モデルのフィット
参照ベースの単一セルRNA-Seqアノテーション
キャッシュディレクトリの有効期限の管理
バジリスク インストール ユーティリティ
単細胞バッチ補正法
ゲノム座標に沿ってデータと注釈情報をプロットする
DNA配列アラインメントのための配列ロゴ
TCGA biolinks:GDCデータを用いた統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ
質量分析データのためのコアな利用法
回帰残差のDelayedMatrixの作成
GLM係数に対する近似事後推定
SAMとEfronの経験的ベイズアプローチを使用した多重テスト
netCDF、mzXML、mzData、mzML、およびmzIdentMLファイル(質量分析データ)のパーサー
転写産物および遺伝子レベルの解析のための転写産物レベルの推定値のインポートと要約
転写因子結合部位(TFBS)解析用ソフトウェアパッケージ
CNEの検出と可視化
質量分析とプロテオミクスの基本関数とクラス
異なるデータベースパッケージの円滑なインターフェースを可能にするソフトウェア
R用のmzIdentMLパーサー
単細胞RNA-Seqのクラスタリング、差次的発現、および軌跡分析
経路トポロジー環境からのGRAPH相互作用
合意クラスターClusterPlus
遺伝子オントロジーの濃縮解析
Illumina Microarrayの出力ファイルの解析
flowCore:フローサイトメトリーデータの基本構造
生物学的配列をキュレーション、分析、および操作するためのツール
バンプハンター
ゲーテッドサイトメトリーを表現し相互作用するためのC ++基盤
非線形次元削減による密度保存型データの可視化
プロトコルバッファのC ++ヘッダとスタティックライブラリ
オミックスデータ統合プロジェクト
R用の画像処理および解析ツールボックス
単セル液滴データを処理するためのユーティリティ
MAFファイルの要約、分析、および視覚化
Reactome Pathway Analysis
Illumina Infinium DNAメチル化アレイの分析
SQLiteベースのアノテーションデータパッケージを構築するためのツール
S4空間実験を扱うクラス
AUCell:単一細胞RNA配列データ中の「遺伝子セット」活性の分析(例えば、特定の遺伝子シグネチャーを有する細胞の同定)
SnpMatrixとXSnpMatrixのクラスとメソッド
アンプリコンシークエンシングデータからの正確で高分解能のサンプル推論
Rに対するサブブレッド配列アラインメントおよびカウント
ゲノムデータの可視化ツール
単細胞トランスクリプトミクスのモデルベース分析
CoreArrayゲノムデータ構造(GDS)ファイルへのRインターフェース
順列検定に基づくゲノム領域の関連解析
基本Rデータ型のみを用いたマイクロアレイデータの正規化と可視化のための軽量法
ウェーブレットベースのアルゴリズムによる質量スペクトル処理
シングルセルの軌跡解析ユーティリティ
カテゴリー分析
ゲノム相互作用データを格納するための基本クラス
二色斑点マイクロアレイデータの探索的解析
LC / MSおよびGC / MSデータ分析
応答変数との関連付けのための共変量/特徴のグループのテスト、遺伝子セットテストへの応用
ChIPピークの注釈、比較、および視覚化のためのChIPseeker
質量分析データの定量的特徴
質量分析データのためのスペクトルインフラストラクチャ
RNA-Seqの探索的データ解析と正規化
GOとマイクロアレイを操作するためのツール
TreeSummarizedExperiment:木構造を持つデータ用のS4クラス
oligoとcrlmmでサポートされているハイスループットアレイ用のクラス
質量分析機能のための機能性
マーカー遺伝子とメタゲノミクスのシーケンスデータから汚染物質を特定する
スパースハイスループットシーケンシングのための統計解析
ミクロバイオーム分析
スパースカウントデータのレンチ正規化
オリゴヌクレオチドアレイ用の前処理ツール
SNPデータの関連性と主成分分析のための並列計算ツールセット
バイオコンダクター固有のパッケージチェック
Affymetrixファイル解析SDK
メタボロミクスデータの活用法
多重配列アライメント
RNA-Seqにおける異なるエクソン用法の推論
マイクロバイオーム解析
Illuminaのメチル化データを処理する
シングルセルシーケンスを注文するためのツール
scDblFinder
バイサルファイトシーケンスデータの分析、管理、保存
ユーザーフレンドリーなシングルセルおよびバルク RNA シーケンシングの可視化
Rでの高速モチーフマッチング
ペアワイズ配列アラインメントの実行
シーケンス情報を用いた背景調整
ランクベースの単一サンプル遺伝子セット採点法
単一細胞データに対するランクベースのシグネチャーエンリッチメント解析
ファイルまたは範囲による分散コンピューティング
Rベースのtkウィジェット
インタラクティブなtcltkウィジェットを作成します
動的文書ツール
ゲート付きおよびゲートなしのサイトメトリーデータセットを表現し、それと相互作用するためのインフラストラクチャ。
GenomicRangesを操作するための流暢なインターフェース
MultiDataSetとResultSetの実装
RNA配列および他の長さの偏りのあるデータのための遺伝子オントロジーアナライザー
質量分析実験のためのインフラストラクチャ
時系列遺伝子発現データのソフトクラスタリング
バイアス補正を用いたマイクロバイオーム組成物の解析
多変量解析およびオミックスデータの特徴選択のためのPCA、PLS(-DA)およびOPLS(-DA)
PCAtools:すべて主成分分析
STRINGdb(相互作用蛋白質データベース検索用検索ツール)
インタラクティブHTMLグラフィック
木のアンサンブルによるGEneネットワーク推論
systemPipeR:NGSのワークフローとレポート作成環境
サンプル変動を考慮に入れた微分存在量の分析
scRNA-seqオブジェクト間の変換
NIH / NCIゲノムデータコモンズへのアクセス
イルミナメチル化および発現マイクロアレイのためのBeadArray特異的方法
プローブレベルモデルの近似方法
地域間のクロマチン変動
自動メタデータを使用したトランスクリプト定量化インポート
ncdfFlow:フローサイトメトリーデータ用のHDF5ベースのストレージを提供するパッケージ。
生存分析のための性能評価と比較
サイトメトリーデータの可視化と解釈のための自己組織化マップの使用
BAMファイルから読み取りカウント信号を抽出する
モデル比較による変数グループの大域検定
ChIP-Seqピークデータの微分結合解析
単一細胞RNA配列データからのコピー数変動の推定
Rにおける交響整数線形計画法ソルバー
uarrayに焦点を当てたROC用ユーティリティ
カーネル遺伝子重み密度推定を用いた単細胞データの可視化
GWASからの要約統計の標準化
「ggtree」の円形やその他のレイアウトツリーにGeomレイヤーを追加するRパッケージ
フローサイトメトリーのための可視化
Bioconductorのオブジェクトをファイルに保存
遺伝子セットと統計を切り離すパッケージ
ChIP-seq、ChIP-chip実験またはあらゆる実験から同定されたピークのバッチ注釈
ファイルからのアーティファクトの読み込みと保存
マースリン2
グレーリスト – ChIP入力に基づいてアーチファクト領域をマスク
レンジ関連の成果物をファイルから読み込みと保存
Illuminaヒューマンメチル化BeadChipデータの分析
Cytoscapeにアクセスして制御するための関数
SummarizedExperimentsをファイルから読み込んで保存
サンプル間のスパース実験とアッセイの表現
ゲノムアノテーションからTxDbオブジェクトを作成するツール
多レベル遺伝子発現実験における変動の多様性の定量化と解釈
RNA-Seqデータから不要な変動を取り除く
Alabaster Frameworkのためのスキーマ
大規模全ゲノム配列変異体呼び出しのデータ管理
RNA ‐ Seqデータのためのゼロ膨張負二項モデル
Rのサンガーシーケンスデータ用ツール
メチル化アレイおよび配列空間分析法
ggplotでサイトメトリーデータを視覚化
カスタマイズ可能な線形ゲノムをプロットして任意のデータを表示
シーケンスデータの分散収縮
データ管理用のTCGAユーティリティ関数
RcisTarget:遺伝子リストに富む転写因子結合モチーフを同定する
フローサイトメトリーのためのクラスタリング
経路解析に一般的に適用可能な遺伝子セット濃縮
R用のCheminformaticsツールキット
相互情報ネットワーク
機能的なエンリッチメントの結果を簡素化
ペプチドスペクトルのマッチングの処理と管理
Illumina 450メチル化アレイの正規化と測定基準
fastseg – 高速セグメンテーションアルゴリズム
石膏REST APIへのインターフェース
Illumina Infinium DNAメチル化アレイを分析するためのツール
単一または複数のDNA、RNA、アミノ酸配列の積み重ねロゴをプロット
Illumina BeadArrayデータの品質評価と低レベル分析
独立仮説の重み付け
モンテカルロ参照に基づくコンセンサスクラスタリング
一連の分類された配列にわたるオリゴヌクレオチドパターンおよびモチーフの出現を可視化する
濃縮レギュロン分析によるタンパク質活性の仮想推論
細胞潜伏ディリクレ配分
さまざまな形式でレポートを作成するためのツール
ゲノムワイドな位置特異的スコアを扱うための基盤
拡散マップを作成します
蛋白質‐DNA結合配列モチーフの注釈付きコレクション
GREAT分析用クライアント
フローサイトメトリーデータ用の階層的ゲートパイプライン
ゲノムデータの要約、注釈および視覚化
柔軟なアイソフォームレベルの差次的発現分析
Illumina BeadArrayデータの圧縮
経路過剰表現と異常なシグナリング摂動の複合証拠を用いたシグナリング経路影響分析(SPIA)
機能と発現の有意性分析
chipseq:chipseqデータを分析するためのパッケージ
ハイスループットバイサルファイトシークエンシング結果からのDNAメチル化分析
単一細胞RNASeqにおけるドロップアウトのミカエリス – メンテンモデリング
TSCAN:シングルセル分析用ツール
EMBL-EBI GWASカタログのデータの表現とモデリング
RNAの可視化と解析のためのRパッケージ
配列データの分位平滑化とゲノム可視化
LoomExperimentコンテナ
標本内不均一性のエピジェネティック解剖
ゲノムワイド関連研究のためのツール
WindowsによるChIP-Seq解析
DEG分析レポート
イルミナのHuman Metthyl450とEPICのチップ分析メチル化パイプライン
セットベースおよびネットワークベースの濃縮分析の結果を組み合わせたシームレスなナビゲーション
Rを使用したモチーフのインポート、変更、およびエクスポート
RNA-seqデータの探索的解析と差次的発現
強化ヒートマップの作成
DER Finderアプローチによる塩基対分解能でのRNA配列データのアノテーションにとらわれない示差的発現分析
マイクロバイオームバイオマーカー探索のためのLEfSE法のR実装
AnVIL計算環境のバイオインダクター
derfinderヘルパーパッケージ
TCGA Firehoseデータをエクスポートするための新しいツール
癌ゲノムアトラスデータ統合
Non-Scalarな物体のBumpy Matrix
フローサイトメトリーデータのための自動およびインタラクティブな品質管理
Omnipathネットワークをインポートする
サイトメトリーデータ分析ツール
scMerge:scRNA-seqデータの複数のバッチをマージする
マイクロバイオームの解析、可視化、バイオマーカー発見のためのRパッケージ
LEA:景観および生態学的関連研究のためのRパッケージ
「ggplot2」を使った多重配列アライメントのプロット
質量分析データのための注釈関連方法の収集
フローサイトメトリーデータ解析のための統計的方法
Rボウタイラッパー
マルチオミックスデータの統合分析を容易にするためにエレガントなインタラクティブなトラックやロリポッププロットを描画するためのWebインターフェースを備えたR / Bioconductorパッケージ
シーケンスデータの軌跡ベースの微分発現解析
プロテオミクスデータの示差濃縮分析
リデュース+可視化GO
単一細胞RNA配列決定データのためのダブレットのインシリコ注釈
無標識または標識ベースのプロテオミクス実験のためのDDA、SRMおよびDIAにおけるタンパク質有意性分析
マイクロアレイデータセットの品質メトリクスレポート
マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ分析ツール
ゲノムアノテーションへのゲノムリージョンのアノテーション
打ち切りおよび打ち切りデータ用のNPMLE
オミックスデータの統合分析のためのプラットフォーム
マルチオミックス要因分析v2
主成分分析法を用いたRNAシーケンスデータの対話型可視化
各種質量分析信号処理ツールからMSstatsフォーマットへのデータのインポート
インタラクティブ要約実験エクスプローラ
重複遺伝子のテストと可視化
クロスプラットフォームサイトメトリーデータ共有のためのGatingMLインタフェース
カウントデータにおける差次的発現パターンの経験的ベイズ分析
supraHex:表形式のオミクスデータを分析するための超六角形マップ
オントロジー検索サービスへのRインターフェース
RNA-seqデータからの腫瘍免疫コンテクストの定量化
バリアントデータ用のツール
シングルセルRNAシーケンスデータの簡単なシミュレーション
同位体パターンの分解
cBioPortalのウェブリソースからデータを公開し、利用可能にします。
単一細胞RNA配列のためのミニバッチK平均クラスタリング
Mascot Generic Format (mgf)ファイル用の質量分析データバックエンド
EBIのArrayExpress Microarray Databaseにアクセスして、Bioconductorデータ構造を作成します。ExpressionSet、AffyBatch、NChannelSet
CGHbase:arrayCGHデータ解析のための基本関数とクラス
行または列、あるいはその両方の共変量とカラークラスタを使ったヒートマップ
バイオコンダクターアノテーションリソースへのdplyrベースのアクセス
UniProt WebサービスへのRインタフェース
遺伝子発現からの活性推定のためのPathway RespOnsive GENes
単細胞免疫受容体プロファイリングのためのツールキット
AIMS:乳がんの内因性分子サブタイプの絶対割り当て
乳癌における遺伝子発現に基づくサインの計算
Bioconductorコンテナ内のデータに対するR機械学習手順への統一インタフェース
NanoString GeoMx Tools
NCBI SRAとツールからのメタデータの編集
Affymetrix GeneChipで繰り返し解析をする人にとって便利な機能
R の CMap ツール
濃縮のための簡単なシングルセル分析プラットフォーム
インタラクティブな複雑なヒートマップの作成
recountプロジェクトからデータを調べてダウンロードする
NanoString nCounterツール
qusage:遺伝子発現のための定量的集合分析
高分解能クラスタリングによる高次元サイトメトリーにおける示差的発見
アレイCGH腫ようプロファイルのための呼び出し異常
RNA-seqデータの遺伝子およびアイソフォームの差次的発現分析のためのRパッケージ
rWikiPathways – WikiPathways API用のRクライアントライブラリ
微生物叢バイオマーカー分析ツールキット
異種組織の分析のためのツール
シングルセルコンセンサスクラスタリング
SingleCellExperimentをファイルから読み込んで保存
ATAC-seq品質管理
ゲノム相互作用データを扱うためのRパッケージ
多型ゲノムデータの統合的クラスタリング
染色体異常のための定量的DNA配列決定
TCRレパートリーのモデルベース比較分析
他の ‘Gx’ パッケージの基礎となるクラスと関数
プールされたCRISPR機能的遺伝的スクリーニングのための統合分析パイプライン
公開データリソースをBioconductorデータ構造に変換する
ChIPseqデータの品質指標
eds: Alevin EDSフォーマット用ローレベルリーダー
分位点正規化をいつ使用するかのテスト
Rでの短い読み取りの数量化と注釈付け
構造化サンプルにおける遺伝的推定および推論(GENESIS):母集団構造および/または関連性を持つサンプルからの遺伝的データを分析するための統計的方法
TidyverseにSummarizedExperimentをもたらす
シングルセルシーケンスのためのクラスタリングの比較
ChIP-seq、MNase-seq、およびモチーフの出現を集約プロットとして視覚化する
単細胞ディファレンシャル発現
MyGene.Info_サービスにアクセスする
階層的順序分割と折りたたみハイブリッド(HOPACH)
ネストネットワークの対話型可視化と操作
Rの座標ベースのゲノム可視化パッケージ
MUSCLEによる複数配列アライメント
交差検定分類問題のためのフレームワーク、微分変動性および微分分布検定への応用
突然変異プロセスの包括的なゲノムワイド解析
Rでの高度に多重化されたイメージングサイトメトリーデータの可視化
種間での遺伝子マッピング
FUNCを用いた遺伝子オントロジー濃縮
RNA ‐ seqデータからのスプライスイベント予測と定量化
OpenBabel機能のサブセットへのRインターフェース
recount3プロジェクトからのデータの探索とダウンロード
RNA配列におけるDirichlet多項モデルを用いた示差転写産物使用法およびtuQTL分析
NIST mspファイル用質量分析データバックエンド
Bowtie2およびAdapterRemoval用のRラッパー
新しいモチーフの発見
ゲノム範囲の濃縮のための遺伝子座重複分析
ProteomeXchangeリポジトリへのRインタフェース
GDCRNATools:GDCでのlncRNA、mRNA、およびmiRNAデータの統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ
生物ネットワーク再構築オムニバス
差動発現解析と機能的エンリッチメント解析からの結果の分析と統合を楽しむ
エピゲノムツール
ExperimentHubにリソースを追加する
機能的ゲノミクスと配列特徴のための柔軟なヒートマップ
RnBeads
カテゴリカルデータのロジスティック因子分析
スペクトルカウントによるLC-MS / MSデータの探索的データ分析
メタアナリシスに応用した差次的に発現された遺伝子を同定するためのランクプロダクト法
パターンセットにおける協調的遺伝子活性
条件付き分位点正規化
グラフ上でのDifferential neighbourhood abundanceテスト
タンデム質量タグ(TMT)標識を用いたショットガン質量分析に基づくプロテオーム実験における蛋白質有意性分析
クラスタとツリーの変換
ggplot2によるKEGGパスウェイの可視化
GCの補正とHTSデータのマッピング可能性バイアスによるコピー数予測
ロングリードRNA-Seqデータのためのリファレンスガイドによるアイソフォーム再構成と定量化
大規模薬理ゲノム学データの解析
生物学的ネットワークの機能解析のためのルーチン
LC ‐ MSnプロテオミクス同定の信頼性の探査と評価のための有用性
HiCcompare:複数のHi-Cデータセットの共同正規化と比較分析
異なる生物学的セットの表現
ミスマッチ許容最大共通部分構造検索
LC-MS / MSディファレンシャル発現試験
バルクおよびシングルセルRNAシーケンスアプリケーションのための転写物使用量の差のスケーラブルな分析
Rのゲノム可視化
Affymetrixの生物学的メタデータのための注釈ツール
単細胞RNA-Seqデータのインタラクティブ解析
Rにおけるヒトタンパク質アトラス
魚応答:推論的複製を用いた示差的転写産物および遺伝子発現
ハイスループットシーケンスデータのための品質管理ツール
ADE4を用いたマイクロアレイデータの多変量解析
Affymetrix SNP 5.0および6.0ならびにIlluminaアレイ用の遺伝子型呼び出し(CRLMM)およびコピー数分析ツール
重複遺伝子の重み付けを下げた経路解析(PADOG)
空間プロテオミクスのための統一バイオインフォマティクスフレームワーク
sqliteファイルからMeSH関連パッケージを構築するためのDBI
逐次フローサイトメトリーデータゲーティング
機能的帰結を伴うオルタナティブスプライシングおよびアイソフォームスイッチを同定、注釈および可視化するためのRパッケージ(RNA配列データから)
cn.mops – NGSデータにおけるCNV検出のためのPoissonsの混合
さまざまな距離測定
pfamのドメインアイソタイプの同定
経時的遺伝子発現データにおける有意な遺伝子発現プロファイルの違い
解剖学、細胞株などのオントロジーの処理
効率化されたバルク転写解析のためのフレンドリーな整頓ラッパー
差次的遺伝子発現データフォーマットコンバータ
単一細胞RNA配列データの教師なし投影のためのツール
シングルセルRNAseqデータ解析による細胞シグナル伝達
別個: 階層的並べ替え検定を用いた差分分析のための手法
多重コレスポンデンス解析によるシングルセル遺伝子シグネチャの偏りのない抽出
化合物アノテーションデータベースの作成と利用
マイクロバイオーム解析結果のプロットと可視化
SPOTlight`: 空間トランスクリプトミクスデコンボリューション
単一細胞RNA配列データにおける3種類の差次的発現を検出するためのDEsingle
NCBI GEOからのメタデータの編集
マルチカーネル学習(SIMLR)による単一セルの解釈
ラベルフリー質量分析データの示差存在量分析
主成分分散成分分析(PVCA)
Bioconductorパッケージのパッケージとプロジェクトのセットアップを自動化
回帰混合モデルを用いたオリゴバーコードscRNA-seqデータの多重化解除
視覚化と抽出の詳細のためのパッケージ
三輪車 細胞周期の伝達可能な表現と推論
mRNA-Seqデータのための異種組織サンプルのデコンボリューション
高次元データの小点数分析法
空間トランスクリプトームのクラスタリングと解像度向上
カフスリンクのハイスループットシークエンシングデータの分析、探査、操作、および視覚化。
線形モデルと正規性ベースの変換方法(Linnorm)
メタボロミクスデータのアノテーションのためのユーティリティ
複数のマイクロRNA標的データベースとそれらの疾患および薬物関連性との統合
OMA REST APIのRラッパー
高品質なサイトメトリーデータのピークベースの選択
profileplyrによるゲノム範囲にわたる読み取りシグナルの可視化と注釈
単一セルオミックスデータのHexbinプロット
構造バリアントのバリアントアノテーション
定量的プロテオミクスデータのための示差的タンパク質発現の統計的分析を行うためのツール。
Illumina Human Methylization 450およびMethylationEPIC BeadChipのデータ前処理と品質管理
誤発見率の推定
セルベーススクリーンの分析 – cellHTSの改訂版
機能強化分析と組み合わせた遺伝子発現検索環境
イメージングマスサイトメトリーデータの解析方法
比較マルチオミクス遺伝子セット分析用のReactome Analysis Serviceのクライアント
HISAT2アライナ用Rラッパー
アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションデータのクラスと機能
同時遺伝子クラスタリングと差次的発現同定のための統一的アプローチ
DNAの損益分析
sigFeature:SVM-RFEとt統計量を使った重要な特徴選択
複製されたハイスループットトランスクリプトームシーケンスデータのフィルタリング
ディスク上のバイナリデータを用いたラピッドプロトタイピングのためのフレームワーク
Orbitrapデータへの直接アクセスとその先
R Onto-Toolsスイート
再現性最適化検定統計
単細胞クロマチンアクセシビリティデータからの正確なシス – コ – アクセシビリティ
MEME Suiteを用いたモチーフマッチング、比較、およびde novo discovery
TidyverseにSingleCellExperimentをもたらす
ハイスループットジェノタイピングアレイのための隠れマルコフモデル
拡張共発現解析のためのパイプライン
転写因子結合部位における一塩基多型の破壊性を予測するためのパッケージ
マイクロタイタープレートまたはスライドフォーマットでのハイスループットアッセイの可視化
OUTRIDER – RNA-Seq fInDERの異常値
示差共発現分析
修飾ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列を扱うためのバイオストリングの実装
qPCRデータを読み込む
フロークリーン
全ゲノム亜硫酸水素塩配列決定からの異なってメチル化された領域の検出と推論
Uniprot APIの出力からProtein Schematicsを描画するためのパッケージ
カウントデータセットの特徴の比較
TCC:ロバスト正規化戦略によるタグカウントデータのための示差発現分析
Bioconductorオブジェクトをきれいなデータフレームに変換
カリスト| bustools Rユーティリティ
一般化部分最小二乗法を用いた分類
ゲノミクスにおけるオープンリーディングフレーム
薬物併用の相乗効果スコアを計算して可視化する
翻訳後修飾の統計的特徴付け
胎盤のDNAメチル化解析ツール
ポリペプチド配列の切断
ランキングと割り当て方法の比較と視覚化
PWMエンリッチメント解析
バイオインフォマティクスのグラフ例と使用例
化学・生物系データベースに接続するためのライブラリと開発フレームワーク「biodb
EMBL-EBI Expression Atlasからデータセットをダウンロードする
空間ヒートマップ
組織特異的遺伝子濃縮解析
Bioconductorを使用した遺伝子発現のキャップ分析(CAGE)データの分析
事前知識ネットワークと摂動データを用いたシグナリングネットワークのブール論理モデルの訓練
多重オミックスデータ統合的クラスタリングと遺伝子セット分析
空間・バルク遺伝子発現データからの混合細胞のデコンボリューション
オミクスデータをSBGN経路図にオーバーレイする
ロバスト分散成分検定によるRNA-seqデータの差分発現解析
Rのリピドミクス分析ワークフロー
Cepoによる安定性の異なる遺伝子の同定
FABIA:バイクラスター獲得のための因子分析
オミックスデータの高品質な円形可視化
in situサイトメトリーデータの空間解析
RNA-Seqデータの集計と正規化
ヒルベルト曲線の可視化
統計分析のための質量分析イメージングツールボックス
マイクロアレイデータのクロスプラットフォームメタ分析
フローデータクラスタリングのためのRパッケージ
ハイスループットゲノミクスデータからの遺伝的および分子的調節ネットワークの推定
sangeranalyseR: Rでのサンガー配列データ解析のための関数群
体性のある署名
stageR:Rにおけるハイスループット遺伝子発現データの段階的分析
ゲノム間隔に対する操作
注釈なしの単一細胞RNA-Seqデータの細胞タイプ注釈
自動Affymetrixアレイ解析前処理パッケージ
メタゲノミクスデータのための系統分類に基づくILR変換
コドン使用分析および遺伝子発現性の予測
CDF環境メーカー
視覚的およびインタラクティブな遺伝子発現解析
癌メチロームを用いた調節要素ランドスケープおよび転写因子ネットワークの推論
ブートストラッピングや共変量マッチングによるヌルレンジの生成
統一されたインターフェースで、セットのエンリッチメント解析を指揮する
GWAS結果の可視化ツール
Bioconductorワークフローパッケージの開発を支援するツール
対話型微分表現分析ブラウザ
Expression Weighted Celltype Enrichment
KO、KEGG Orthologyのグラフサポート
転写ネットワークの再構築とマスターレギュレーターの解析
BigWigファイルから読み取りカバレッジプロットを作成する
Elastic Net正則化モデルのためのネットワーク中心性メトリクス
PCAと制約付き最適化に基づく技術を用いたデータセットからのバッチ効果の除去
タイムコースシーケンスデータ解析
正準相関分析を用いたゲノムワイド関連研究の要約統計ベース多変量メタ分析
各実験条件の複製が利用可能な場合、Hi-Cデータセット間の差異を正規化して検出する
シングルセルRNA-seqデータ解析のための統計的手法
サンプルサイズが小さいRNAシーケンス実験のための負の二項モデルにおける分散の収縮推定
PPIネットワークからの転写調節モジュールの同定
自信を持って効果的なサイズ
バリアントコールの探索的分析のためのツール
次世代シーケンシング多重実験で使用されるDNAバーコードを作成し分析するためのツール
GMAP / GSNAP / GSTRUCTスイートへのRインターフェース
正規化法の評価と差次的発現分析統計の計算
マイクロアレイの教師付き正規化
BrowserViz:ウェブソケットとJSONを使ったインタラクティブなR /ブラウザグラフィック
ゲノムデータのグローバル可視化ツール
GDSファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する
BioPaxファイルを解析してRで表します
自動Affymetrixアレイ解析コアパッケージ
small RNA-seqからisomiRとmiRNAを分析
滑らかな分位点正規化
RNA ‐ Seqデータの遺伝子セット濃縮分析(GSEA):差次的発現とスプライシングの統合
バルクおよびシングルセルRNAシーケンシングデータのためのセミパラメトリックシミュレーションツール
MAGAR: DNAメチル化とジェノタイピングデータからメチル化定量的形質遺伝子(methQTL)を計算するRパッケージ
オミックスデータセットの多重共慣性解析
単一細胞配列決定データのベイズ分析
遺伝子セット濃縮解析のアンサンブル
CRISPR gRNA の On-Target および Off-Target スコアリング アルゴリズム
SEtools:SummarizedExperimentを操作するためのツール
デザインマトリクスのグラフィカルな探究
RT-qPCRデータの正規化機能
Rにおけるバイオインフォマティクスのためのパイプラインフレームワーク
標的化短リードシークエンシングを用いたコピー数コーリングとSNV分類
ハイパーグラフデータ構造を提供するパッケージ
ChIP-seqピークデータのための遺伝子セット濃縮
ディープシーケンシングデータにおけるサブクローンSNVの検出
RNA配列データから差次的に発現される遺伝子を同定する
Ensembl Variant Effect PredictorへのRインタフェース
フローサイトメトリーのためのフィンガープリント
R側からBugSigDBで公開されている微生物シグネチャーにアクセス可能
CRISPR gRNA設計のための塩基機能およびクラス
CRISPR-Cas9、ゲノム編集システムにおける標的特異的ガイドRNAの設計
シングルセルRNAシーケンスデータにおける細胞タイプ予測のための事前学習済み学習モデル
転写開始部位とプロモーターマイニングの正確なマッピングのためのCAGE(Cap Analysis of Gene Expression)配列決定データの解析
Illumina DNAメチル化アレイを用いた増強コピー数変動分析
MWASTools:メタボロームワイド関連研究を行うための統合パイプライン
Biocパッケージについて学ぶためのシンプルなツール集
空間的に分解されたトランスクリプトミクスデータの可視化機能
HiPathia:ハイスループット経路解析
マイクロRNAを取り扱うためのデータと機能
メモリの重複なしに複数のRプロセスでRオブジェクトを共有する
ノンパラメトリックフローサイトメトリーデータゲーティング
RNA-Seqデータ用の機械学習インタフェース
タイムコースRNASeqデータ解析のためのRパッケージ
マルチプレックスPCRプライマー設計および分析
シングルチャンネルアレイ正規化(SCAN)とユニバーサルエクスプレッションコード(UPC)
sfのSpatialExperimentとSimple Featuresの統合
ゲノムデータまたはメタデータから重複する可能性のあるサンプルを特定する
タンパク質相互作用ネットワークを用いた機能的に関連したタンパク質の推論
バイオインダクターの書籍でコンテンツを再利用する
質量分析に基づくシングルセルプロテオミクスデータ解析
バイオストリングを使用したドットブラケット注釈の実装
モジュールのレパートリー分析を行い、フィンガープリント表現を生成するためのRパッケージです
h5servからHDF5コンテンツにアクセスする
複数レベルの遺伝子発現間の比較
karyoploteR機能を使ってコピー数プロットを作成する
sechm SummarizedExperimentからの複雑なヒートマップの作成
miRNAtap:マイクロRNAターゲット – 集計予測
混合ネスト効果モデル
クラスベースのテンプレートを使ったRの統計
自動Affymetrixアレイ解析ベースパッケージ
CRISPR gRNA スペーサー配列の Bowtie ベースのアライメント
冷凍RMAとバーコード
Shinyをベースにした、オミックスデータのための対話的なデータ品質の調査
Methylclock – DNAメチル化ベースの時計
MLP
RNAseq研究用のサンプルサイズ
統合マルチオミックス解析とペナルティ回帰を用いた規制ネットワーク推論とドライバー遺伝子評価
対話型マイクロバイオーム分析ツールキット
アソシエーションプロット
Hi-Cデータのバンドごとの正規化と一括補正
ヒト遺伝子群のための最も特徴的な遺伝子オントロジー用語を見つける
RでHi-Cファイルを操作するためのBioconductorクラス
Herperパッケージは、Rからcondaパッケージと環境をインストールおよび管理するためのシンプルなツールセットです。
HDFファイルを介したHi-Cデータの保存とアクセスのためのフレームワーク
MeSHエンリッチメントとセマンティック分析
libsbmlを使用したSBMLのRサポート
フローサイトメトリーデータで細胞集団を識別します。
ADAM:活動および多様性分析モジュール
バイサルファイトシーケンスデータの処理と解析
マイクロアレイデータオブジェクトの変換
epiNEM
遺伝子発現プロファイルを使用して疾患を分類し、関連遺伝子ネットワークを構築する
ハイスループットqPCRデータの自動分析
生物学的配列の核に基づく分析
次世代シークエンシングデータの機能的遺伝子セット(または経路と呼ばれる)分析のための新しいツール
地理空間から空間オミックスへ
整数VALUEプログラミングを用いたネットワーク識別(遺伝子発現データからの)のためのCAusal推論ツール
derfinderのためのプロット関数
iSEE 拡張機能:データ点を六角形のビンにまとめる機能
定量的LC-MSプロテオミクスのためのロバストな統計的推論
劣化補正のための高品質サロゲート変数解析の生成
遺伝子共発現解析を支援する定性的バイクラスタリングのためのRパッケージ
epivizrアプリケーションおよびパッケージ用のWebSocketサーバーインフラストラクチャ
がんの進化の縦断的解析(LACE
MOSAiCS(MOIPベースの1サンプルと2サンプルの分析とChIP-Seqの推論)
超高速でオールインワンのFastqプリプロセッサ(品質管理、アダプタ、低品質とpolyXトリミング)とUMIシーケンス解析)。
高密度オリゴヌクレオチドタイリングアレイによる転写物マッピング
配列決定データの共発現分析
iSEE for the Bioconductor ExperimentHub
MeSHの濃縮分析を行うためのツール
ビニングされたモチーフの濃縮分析と視覚化
Poisson-Tweedie族の分布を用いたRNA-seqデータ解析
tRNAの配列と構造の解析
細胞クラスターを用いたシングルセルRNA-seqのためのクラシファイア
Rによるマーカー自動スクリーニングツール
RNA中心アノテーションシステム
IGVトラックとHTMLレポートを作成する
共発現モジュール同定ツール
フローサイトメトリーデータのためのクラスタ併合
ラベルフリー質量分析ペプチドのインピュテーション
メタボロミクスデータの要約、フィルタリング、インポート、正規化のためのパッケージ
オミックスデータの経路ベースのデータ統合
コンセンサス独立成分分析
差次的共発現/会合ネットワーク分析
GSEAベースのパスウェイエンリッチメントとマルチオミックスデータ統合の組み合わせ
質量分析イメージングファイルの読み書き
RNA-seqデータからのシステム免疫応答の推定
GRaNIE: クロマチンアクセシビリティとRNA-seqデータを用いたエンハンサーを含む細胞種特異的な遺伝子制御ネットワークの再構築
ホモサピエンスのためのIPD IMGT / HLAおよびIPD KIRデータベース
lisaClust 空間的な関連性を示す局所指標のクラスタリング
ドリームを用いた線形(混合)モデリングによる発現差に対応した遺伝子セット解析
遺伝子発現データから濃縮解析結果に基づいて推論されたベイジアンネットワークをプロット
遺伝子セット濃縮分析を用いた疾患と薬物プロファイルの比較
Bis-seqデータのセグメンテーション
RでZarrファイルを読み込む
単一サンプル指向性パスウェイ摂動解析
AgilentマイクロRNAチップのプロセシングと差次的発現解析
ヌクレアーゼとベースエディターのためのCRISPR gRNAの包括的な設計
1 H-NMR FIDシグナルの前処理
分布の異なる遺伝子を同定するための単一細胞RNAシーケンスデータの混合モデリング
単一細胞RNA配列データ解析のためのパイプライン
単細胞RNA ‐ Seqデータの階乗潜在変数モデリング
python openTSNEライブラリのRラッパー
高分解能ゲノミクスデータの効率的な解析のためのツール
標的位置の突然変異を数えて視覚化するためのツール
epivizインタラクティブ可視化アプリのためのデータ管理API
ハイスループット染色体コンフォメーション捕獲分析
XCMSデータ処理パラメータの自動最適化
インシリコ法を用いた近親マウスの遺伝的ファインマップ法の開発
効率的で構造化された、高速でスケーラブルな方法で遺伝子発現と表現型の間の関連性をテストするためのツール。また、GSEA(遺伝子セット濃縮解析)やコピー数のバリエーションを行うためのツールも提供しています。
YARN:ロバスト多条件RNA-Seq前処理と正規化
バイクラスタリング分析と結果の調査
Rとのタンパク質存在量の示差分析のためのツール
ChIP-seqデータにおける正規化と差分呼び出し
2種間のオルソログとトランスポーザブルエレメントの相関を推定するRパッケージ
ViSEAGO:Gene Ontologyとセマンティック類似性を使用して生物学的機能をクラスタリングするためのBioconductorパッケージ
Bedtoolsユーザーに* Rangesを導入する
個別化コヒーレント絶対リスク推定(iCARE)のためのツール
デンドログラムの可視化と複数の情報層の挿入に代わるもの
ゲノムレベルトレリスレイアウト
マルチセルラー空間分解トランスクリプトミクスデータのリファレンスフリー細胞タイプデコンボリューション
スポットアレイのアレイ品質の評価
単細胞分析法のベンチマーク構築
他の高レベルの計算解析を可能にするために、セグメントデータをサンプル行列によって領域に変換します。
シグネチャ再調整による個々の腫瘍の突然変異シグネチャへの分解
ブラウンの方法を使用して従属テストからのp値を結合します
タンパク質アミノ酸クラスタリングの同定
一連のゲノム領域またはDESeq2 / edgeR結果についてのHTMLまたはPDFレポートを生成します。
シングルセル速度のためのツールキット
RNA-seqデータの前処理、解析、レポーティング
ハイブリッドマルチテスト
SummarizedExperimentインターフェースを介してマトリックスのようなHDF5サーバーコンテンツまたはBigQueryコンテンツにアクセスする
SGCP: 遺伝子共発現ネットワークにおける自己学習アプローチを用いた遺伝子クラスタリングのための半教師付きパイプライン
合意と階層的分割のためのフレームワーク
epiviz WebアプリへのRインターフェース
ギター
オルタナティブスプライシングイベントのpタンパク質へのマッピング
ミクロビオーム研究における不均一性のための均一パイプラインを用いたメタ分析法
最適な同定と定量のためのラベルフリーデータ分析パイプライン
Bgeeデータベースからの注釈と遺伝子発現データの検索
塩基分解DNAメチル化データ解析
濃縮プラットフォームのための高速メチロームワイド関連研究パイプライン
フラットファイルデータベースを使用してマイクロアレイに注釈を付け、異種間遺伝子発現解析を実施する。
メタボロミクスデータの解釈と濃縮
IsomapとLLEによる非線形次元縮小のためのパッケージ。
インソースLC / MSメタボロミクスデータの同位体、付加物、およびフラグメンテーション付加物の注釈
Human Protein Atlasからデータを取得して分析する
MSA2distは、DNAStringSetまたはAAStringSetの全配列間のペアワイズ距離をカスタムスコア行列を用いて計算し、コドンベースの解析を行う。
PANDAアルゴリズム
ゲノム座標によるヒートマッププロット
CNV範囲の要約および発現/表現型の関連
goProfiles:機能プロファイルの統計解析用のRパッケージ
MetaboSignal:代謝およびシグナル伝達KEGG経路を重ねて探索するためのネットワークベースのアプローチ
バイオフォーマットへのRインターフェース
属性バギングを用いたHLA遺伝子型の代入
Synteny ネットワークの推論と解析
遺伝子セットを用いて発現プロファイルの組織不均一性を検出
2部グラフ(または2値事象行列)、無向および有向符号付きグラフ保存次数分布(または周辺合計)のランダム化のための高性能ルーチン
Rで分類学的エンリッチメント分析のための競合バランス
Genesetsの反復バイナリーバイクラスター化
テンソル分解による単一細胞RNAシーケンスデータセットからの細胞間相互作用の検出
同位体分布計算のためのバッフル再帰アルゴリズム
高次元分子データからの診断テストの開発と検証
RNA配列データのためのデータマイニング:正規化、特徴選択および分類
RNAシークリードをシミュレートする
ナノストリング社のDSPデータの空間トランスクリプトーム解析(Rによる
シングルセルゲノミクスデータの汚染除去
ゲシュタルトの原理で統一された多次元ビジュアライゼーション
LRBase関連パッケージを構築するためのDBI
メガデプスBigWigとBAM関連のユーティリティ
MSベースのメタボロミクスアノテーションパイプライン
scRNA-seqの負の二項モデル
RNA ‐ Seqデータのための負の二項加法モデル
fastqファイルのヌクレオチド、配列および品質の内容の分析
微生物群集と宿主表現型の間の関連の統計的推論
適応型シグネチャ選択と統合(ASSIGN)
AFT回帰とFMRの有限混合物における変数選択
メチル化に基づく調節活性の推定
遺伝子発現データから生物学的サインを推測する
メタボロミクスデータセットのピークマトリックス処理とシグナルバッチ補正
次世代シークエンシングデータによるサンプル品質チェックのためのバイオコンダクタパッケージ
K-Top-Scoring-Pair(KTSP)アルゴリズムを使用したペア切り替えに基づく分類器の学習と検証のためのユーティリティ
ABSSeq:絶対発現差のモデリングに基づく新しいRNA ‐ Seq分析法
affymetrix celファイルデータの構造化された破損
代替CDF環境(別名プローブセット・マッピング)
高悪性度漿液性卵巣癌に対する遺伝子発現に基づくサブタイプ分類
バルクRNA-seqデータの*in silico*デコンボリューションのためのメソッドの迅速なベンチマーク
Bioconductor Hubsを作成・利用するためのユーティリティー
マイクロバイオームの機能的濃縮解析のためのR/shinyパッケージ
自動Affymetrixアレイ解析レポーティングパッケージ
膵臓腺癌ツールキット
創薬における化合物 – タンパク質相互作用のための分子情報ツールキット
自動Affymetrixアレイ解析分類パッケージ
Affymetrix配列とNGS分析に関連するゲノム注釈と可視化パッケージ。
CRISPR gRNAのための可視化機能
プラットフォーム設計情報パッケージビルダー
GRangesオブジェクトとしてのtRNA dbおよびmitotRNA dbからのインポート
BSgenomeデータパッケージのフォージ
マイクロアレイに基づく分類の合成
RNA-Seqデータセットにおける重複率の評価
Rのエクソン-イントロン分割解析(EISA)
RNA-SeqデータからRAreスプライシングイベントを探す
ハイパーガフの視覚化
Affymetrix PLIERアルゴリズムを実装します
BANDITS:差別的スプライシングのベイズ分析
安定同位体標識実験からのMSおよびMS / MSデータにおける天然同位体存在量およびトレーサ純度の補正
示差メチル化の結果を用いた遺伝子セット分析
NCI Pathwaysデータベースからの経路
ホスホプロテオミクスデータを包括的に解析するための手法とツールのセット
ChIP-seqの確率的推論
ハイスループットシーケンシングデータの転写後修飾の検出
FEAture SelcTion (FEAST) for Single-cell clustering
生物学的濃縮分析から導いた機能的遺伝子ネットワーク
RでRNAseqデータを素早く視覚化する
igvR:統合ゲノミクスビューア
癌における経路の規制緩和の定量化
べき乗則グローバルエラーモデル(PLGEM)を用いてマイクロアレイおよびプロテオミクスデータセットにおける差次的発現を検出する
正規化発現データの単一細胞概要
ChIP-seqデータの最適化された機能的注釈
アイシーイーユニバース
アレイベースCGHデータの解析と可視化のための包括的なパイプライン
Reactomeコンテンツサービスのインターフェース
メタボロミクスをはじめとするオミックスのデータ処理・解析ツール
zFPKM変換を容易にするための一連の機能
転移性元素の解析
GA4GH APIデータサーバーにアクセスするためのBioconductorパッケージ
DNA IPシーケンスデータ解析
質量分析データの前処理と統計解析のためのユーザーフレンドリーなワークフロー
PCA、CoGAPS、NMF、相関、およびクラスタリングから重みを射影するための関数
遺伝子融合のための可視化ツール
MACS: ChIP-Seqのモデルベース解析
scRNA-seqデータの品質管理のための柔軟で確率的な測定基準
空間分解されたトランスクリプトームデータから空間的に変化する遺伝子をスケーラブルに同定することができます。
ゲノム領域の複製指向の可視化
Illuminaメチル化アレイ用の対話型可視化
組織の空間画像解析
GRangesオブジェクトに注釈を付けるための関数
バッチ効果品質管理ソフトウェア
全エキソーム配列決定のための正規化およびコピー数変動検出法
GO用語と遺伝子産物の間の機能的類似性の計算GO濃縮分析
メチル化CpGsセット濃縮分析
モデルベース遺伝子セット解析
疾患オントロジーを用いたサポートベクターマシンによる腫瘍識別mRNAシグネチャーの同定
ローカル誤発見率の推定
異種形質とサブタイプのサブセットに基づく関連分析のためのRパッケージ
このパッケージは、推定ポリアデニル化部位を真または偽/内部オリゴヌクレオチドプライミングとして分類する。
Hi-Cデータの微分解析
HiContacts クールファイルへのRインターフェース
バイナリーアラインメントマップ(BAM)ファイルのOpenMPベースのマルチスレッド逐次プロファイリング用C++ライブラリ
単一細胞RNA配列データの正規化
経験的ヌル分布を用いた関連研究におけるバイアスとインフレーションの制御
薬剤反応データを処理するためのヘルパー関数を含むパッケージ
オルソログ基の進化論的および塑性解析
タンデムMSファイルを処理し、MassBankレコードを構築するためのワークフロー
RPA:プローブレベル分析のためのロバスト確率平均
シーケンスのファイルへの保存と読み込み
対立遺伝子特異的発現を調査する
ハイスループットデータ解析のためのGaGa階層モデル
A/B区画検出と差分解析
バイオコンダクターのSpringerモノグラフのサポート
CWLを使用したコマンドツールとパイプラインのラップ
実験的メタデータをISAタブからBioconductorデータ構造に変換する
RNA-Seqを用いたオルタナティブスプライシングの解析
三成分多変量分布の混合を特徴とする遺伝子プロファイルの周辺分布に基づく遺伝子選択
グラフ理論的アプローチによる蛋白質中の突然変異クラスターの同定
インタラクティブな差次的発現分析
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするためのパッケージ
MSstats プロテオミクス実験の統計解析のためのGUI
潜在的四重鎖形成配列の同定
最も興味深い統計的証拠への射影
Rcwlに基づくバイオインフォマティクスパイプライン
エクスポソーム探査と結果データ分析
SpatialDEのRラッパー
時間対蛍光分析に基づいた、正確かつ正確な自動外れ事象除去とファイルのフラグ付け
ハイスループット実験のためのメタアナリシス
マイクロアレイのためのマハラノビス距離品質管理
異なるmiRBaseバージョンのmiRNAの情報を変換および取得するための包括的で高効率のツール
パラメトリックで抵抗性の異常値検出
サーマルプロテオームプロファイリング(TPP)実験の分析
差次的遺伝子発現の抽出
BWA-backtrackおよびBWA-MEMアライナー用Rラッパー
遺伝子制御装置の濃縮解析
シングルセルデータの組成と不均一性のアウトライアを考慮したロバストな推定
細胞データセットにアクセスできるcellxgeneデータポータル
ゲノム位置とゲノム範囲を用いた経験群内のコンセンサス領域の検出
フローサイトメトリー(およびマイクロアレイ)における分散安定化
血統と遺伝的関係の機能
PathoStat統計マイクロバイオーム解析パッケージ
マルチプレックスおよび異種ネットワークでの再起動を伴うランダムウォーク
高次メチル化プロファイルのモデル化
ccrepe_and_nc.score
Rのための対話型マルチチャンネル画像ビューア
Rにおける遺伝子セット分析
Model-View-Controller(MVC)クラス
PhIP-Seq実験用コンテナ
品質管理のための枠組み
活動および多様性分析モジュールのグラフィカルユーザーインターフェース
経路トポロジーを利用する遺伝子セット分析
ゲノム全体に分布する特徴のサマリーとプロットの作成
GEOとTCGAで様々な種類のデータを処理
マイクロアレイ解析における不確実性の伝播(Affymetrix tranditional 3 ‘arrayおよびexon array、Human Transcriptome Array 2.0を含む)
症例 – 親トリオ研究におけるSNPおよびSNP相互作用の試験
セットエンリッチメント解析結果の可視化
フローサイトメトリーデータ解析パイプラインの自動化・可視化
エピゲノムロードマップの冒険
シミュレーションによる3D蛋白質空間における突然変異クラスターの同定
Affymetrix発現測定の評価のためのグラフィックスツールボックス
apprec8R:高感度と高PPVでSNVと短いインデルをフィルタリングするためのR / Bioconductorパッケージ
フローサイトメトリーおよびマスサイトメトリー実験のための条件付き差分解析
R SeqAn
Rで簡単、最適化、高精度な代替スプライシング解析
分子プロファイルの統計解析
多層加重遺伝子共発現ネットワークのためのアクティブモジュール:連続最適化アプローチ
オミックスデータからの署名発見
RNAseqまたはマイクロアレイプラットフォームからの発現データを用いた2または3成分による不均一腫瘍試料の細胞型特異的デコンボリューション
メチルミックス:メチル化駆動癌遺伝子の同定
シングルセルデータセットからバルクRNA-seqデータセットをシミュレートする
mRNAエピジェネティクスシークエンス解析用ツールボックス
患者由来異種移植片(PDX)データの分析
バリアントデータのファイルへの保存と読み込み
一時ファイルに保持されているマトリックスデータストレージオブジェクト
迅速かつ正確なscRNA-seq細胞型同定
CHiCAGO:ゲノム構成のHi-C解析をキャプチャする
マーカーエンリッチメントモデリング(MEM)
2Dヒルベルト曲線の作成
RnaSeqSampleSize
MSKCCの癌ゲノムデータにアクセスしモデリングするためのグラフィカルユーザインタフェース
複数のゲノムデータセットに基づく癌サブタイプの同定、検証および可視化
タイリングマイクロアレイデータにおける差異的効果の同定
nanatoR:次世代構造変異アノテーションと分類
ネットワークのセレーションとモジュール化
Cytoscape Exchange (CX) フォーマットを実装したRパッケージ
Agilent発現アレイ処理パッケージ
MultiAssayExperimentsのロードとセーブ
癌クローンファインダー
ChIPXpress:公に入手可能な遺伝子発現プロファイルを用いたChIP-seqおよびChIP-chipデータからの転写因子標的遺伝子同定の強化
‘snp.matrix’と ‘X.snp.matrix’クラス
局所類似度しきい値による分類
MeRIP-Seqのバイアスを考慮したピーク呼び出しと定量化
大規模なイルミナDNAメチル化アレイデータセットの視覚的およびインタラクティブな品質管理
2色マイクロアレイの最適化局所強度依存正規化
マイクロアレイサンプルサイズの推定
プロテオミクスと進化的保存を用いた遺伝子予測の評価
ディファレンシャル・トポロジー、プログレッション、ディファレンシャル
定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)の分析のためのddCtアルゴリズム
ゲノム分岐をモデル化するための因子分析器のベイジアン階層混合
NanoString nCounterデータの微分発現解析
ノンパラメトリック法を取り入れたリズム解析
スプライシンググラフの作成、操作、視覚化、そしてRNA-seqリードの割り当て
低カバレッジ全ゲノム配列決定からの絶対コピー数推定
CellNOptRへのODEアドオン
プロテオミクス検索のための、RNA-Seqデータに焦点を当てた、NGSデータからのカスタマイズされたタンパク質データベースの生成
ランダム値の遅延配列
ATACseqデータ解析のための使いやすい系統的パイプライン
機能探索のためのゲノム間隔とリードアラインメント
InterMine搭載データベースとのRインタフェース
単細胞複製性解析
Oscope – 非同期単一細胞RNA配列における振動遺伝子を同定するための統計的パイプライン
制限酵素消化によって処理されたハイスループット配列決定データの分析
リボソームプロファイリングデータ解析:BAMからデータ表現および解釈へ
示差存在量分析のためのマスサイトメトリーの使用
gwasurvivr:全ゲノム生存分析のためのRパッケージ
Local Pooled Error(LPE)法を用いたマイクロアレイデータの解析方法
疫学・環境メタボロミクスデータセットから生理活性を持つ可能性のある代謝的特徴を優先的に抽出する
マイクロバイオームデータのシミュレーション
multiClust:癌トランスクリプトームプロファイルにおける生物学的関連クラスターを同定するためのRパッケージ
PaxtoolsR:BioPAXとPathway Commonsを介した複数のデータベースからのアクセス経路
異種の遺伝的および環境的背景を持つゲノムの軌跡
サイファージェンSELDI-TOF処理
空間プロテオミクスデータの対話型可視化
順序付きリスト間の一致に関する推論
疎な主成分分析
コーディングおよび非コーディングの遺伝的変異体のフィルタリング
マイクロアレイ濃縮度計算のためのアルゴリズム(ACME)
Affymetrixマイクロアレイを備えたlimmaパッケージ用のGUI
単一細胞配列決定データにおけるコピー数変動の分析
複素スペクトルにおける自動統計的同定
ChIP-Seqデータのための組み合わせおよび示差クロマチン状態分析
hdf5バックエンドを使ったアライメント集計の管理
染色体コンフォメーション捕捉と次世代シークエンシング(3C-seq)の解析
PheWASのGDSファイルを使用した一般化混合モデルのスケーラブルな実装
異なる種間のRNA配列データのための統計的正規化法と差次的発現分析
SpotClean は空間的トランスクリプトミクスデータにおけるスポットスワッピングを調整する
自動Affymetrixアレイ解析アンブレラパッケージ
空間オミックスデータのファイルへの保存と読み込み
翻訳活性の分析(アノタ)。
生物学的ネットワーク分析
最小限の情報損失で配列CGHデータの次元削減
組成オミックスモデルに基づく視覚的統合
フローサイトメトリーデータ変換のためのパラメータ最適化
Multiview Intercellular SpaTialモデリングフレームワーク
「二重レギュロン」の共調節と推論の分析
BumpyMatricesのファイルへの保存と読み込み
CiteFuse: CITE-seqデータのマルチモーダル解析
同時発現遺伝子セット濃縮解析
cosmiq – 単一の質量を量に合わせる
用量反応データのインポートを扱うパッケージ
遺伝子特異的表現型の推定
遺伝子オントロジーアノテーションを使用してマイクロアレイおよびRNAseqデータを視覚化する
ハイパーエンリッチメント
SNP相互作用の同定
RNAseqの見込み電力評価
準種の多様性
scanMiR
シグネチャ分析のためのさらに別のパッケージ
Alevin出力用のQCレポートを生成する
BASiCSのStan実装
マイクロバイオームデータを用いたディファレンシャルアバンダンス法のベンチマーク
biodbChebi: ChEBIデータベースに接続するためのライブラリ
ハイスループットシーケンスデータにおけるタンパク質結合部位の同定
動的トランスクリプトーム解析
成長率抑制(GR)メトリックを計算する
集団における連鎖不均衡測度のためのデータ構造
MyVariant.infoのバリアントクエリおよび注釈サービスにアクセスする
TFutils
CRISPR実験の自動分析
ChIP-seq実験のシミュレーション
高次元実体におけるクラスターの必須表現型要素の決定
AnnotationDbiインターフェースを使用したエピトランスクリプトーム情報の保存とアクセス
Hi-Cダイレクトコーラープラス
同重体タグ付きMSMSプロテオミクスデータの分析と定量
リキッドアソシエーション
メチル化分析を実行する
Bisufiteシーケンスからの一般的なbedGraphファイルの高速かつ効率的な要約
トランスクリプトームデータの包括的な分析
タイムコース・マルチオミックスのデータ統合
遺伝子セットエンリッチメント解析のテキストのトークン化
単一細胞RNA配列決定データの正規化
構造探査実験データからの修正確率を計算するための計算パイプライン
RNAseqデータシミュレーション、差次的発現分析および差次的発現方法の性能比較
遺伝子分類による工学的評価(eegc)
薬剤の用量反応データを処理・解析するための処理関数とインターフェース
遺伝子発現シグネチャに基づく類似性計量
メタボロームデータの統計解析
変異シグネチャ包括的解析ツールキット
Rにおける発現データ解析のための定性的バイクラスタリングアルゴリズム
GDSファイルによる大規模なシングルセルRNA-seqデータの操作
変分ベイズ多項プロビット回帰
Applied Biosystems Genome Survey Microrarray(AB1700)遺伝子発現データのためのマイクロアレイQAおよび統計データ分析。
バックグラウンド減算の線形モデルとLangmuir等温式
AnnotationHubとExperimentHubのリソースをインタラクティブに表示
機能的な類似点
調節性影響因子を用いた転写因子の共発現と部分相関・情報理論解析
CO発現テーブルのANalysis
dagLogo:確率論に基づいた群における保存アミノ酸配列パターンを可視化するためのバイオコンダクターパッケージ
不一致法:微分相関のための新しいアプローチ
異なるメチル化領域の呼び出し元
FASTQファイルの品質管理、フィルタリング、トリミングのための光沢のあるアプリケーション
Hi-Cデータ解析のための二項検定
再現性のあるGSEAベンチマーク
NanoString nCounterデータ解析のための簡単なパイプライン
ペアレディ:異なるアイソフォーム発現のペア解析
ポジション関連データ分析
亜集団の特定からそれらの関係の分析までの単一細胞亜集団の完全な分析(scGPS =単一細胞亜集団のグローバル予測)
組成共分散のベイズ分析
ベイジアン階層的クラスタリング
細胞を分類して腫瘍細胞数を計算するためのパッケージのCRIイメージ
深層学習を用いた、配列に基づく化合物とタンパク質の相互作用とネットワーク
スプライス遺伝子構造の操作と解析のためのツール
マイクロバイオーム探索アプリ
ケース – 親トリオにおけるデノボCNV検出のためのパッケージ
オックスフォード・ナノポア・シーケンシングによるメトレーションデータの可視化
ターゲットNGSパネルデータ用のCNV検出ツール
配列要素の異なるアーキテクチャを識別する
質量分析用分析Rツール
R内からBridgeDb識別子マッピングフレームワークを使用するためのコード
組み合わせ接続性マッピング
単一細胞のコンビナトリアル多機能解析
構造変化の統合分析
オルタナティブスプライシングに影響を及ぼす遺伝的変異体の同定
メチル化データの可視化
R用ヌクレオソーム位置決めパッケージ
DAPAR用のGUIを提供します
psygenet2r – PsyGeNETへの問い合わせと精神障害における共存症研究を行うためのRパッケージ
リボソームプロファイリングの品質管理
単純な検索エンジン
TADCompare.差動TADの同定と特性評価
anota2seqを用いた、トランスクリプトームワイドな翻訳効率の解析
イントロンスプライシング分岐点の予測
高性能Cellbase Webからの注釈データの照会
マイクロアレイデータのクラスター安定性スコアを計算する
coMET:地域エピゲノムワイド関連スキャン(EWAS)結果とDNA共メチル化パターンの可視化
遺伝子セット濃縮分析のための線形モデルツールセット
GUIDE-seq分析パイプライン
付加物階層配列による脂質およびオキシリピンバイオマーカースクリーニング
メタボロミクスワークベンチ
オミックスデータから癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子を同定する
ショットガン質量分析ベースのプロテオミクス実験におけるLiP意義分析
プロテオミクス実験のための縦断的システム適合性モニタリングと品質管理
マルチデータセットモデルに基づく差次的発現プロテオミクス分析プラットフォーム
Gvizを用いたペプチドアノテーションとデータの可視化
多次元特徴からの対相互作用の推定
scDataviz:シングルセルのデータを用いた解析とその下流の解析
調節性SNPを同定するための親和性試験
細胞特異的混合を評価する
CRISPR gRNA設計のためのcrisprVerseエコシステムの容易なインストールとロード
DNA形状特徴のハイスループット予測
ERCCコントロールを用いた差次的遺伝子発現実験の評価
高分解能MS / MSメタボロミクスデータにおけるマススペクトル類似性のナビゲート
ゲノミクスデータから得られたICA分解の分析
MassBankレコードファイルの質量分析データバックエンド
マイクロアレイ実験のための操作特性とサンプルサイズおよび局所fdr
順序付き遺伝子リストの類似性
空間トランスクリプトミクス分析
SpectralTAD:スペクトルクラスタリングを用いた階層的TAD検出
腫瘍の全ゲノム配列決定からのサブクローンコピー数とLOH予測
カウフマンのアトラクタランドスケープのドライバを表す遺伝子発現モジュールを見つける方法
一般的ながんゲノミクスのためのバイオコンダクターコンポーネント
単一細胞データの対応付け解析
ChIP-seqデータ解析のための統計ツール
示差共発現分析のためのEBcoexpress
ChIP-Seqデータを扱うための追加機能
高次元のサイトメトリーデータを処理するためのツール
GEO Accessionを含むENA Fastqsのダウンロード
DGIdb用Rラッパー
runibic:Rにおける遺伝子発現データの解析のための行ベースバイクラスタリングアルゴリズム
スーパーバイズド・ミューテーション・シグネチャー
患者のクローンタイムスケープ
トップダウンプロテオミクスにおける断片化条件の調査
並列計算とffオブジェクトを用いたaCGH実験からのビッグデータの解析
小分子生物活性のクロスターゲット分析
座標共変動分析
Codelinkマイクロアレイデータの操作
細胞ゲーティングなしのサイトメトリーデータを用いた臨床転帰のロバスト予測
冷凍RMAツール
GeneNetworkBuilder:ChIPチップ/ ChIPシーケンスデータと遺伝子発現データを用いて規制ネットワークを構築するためのバイオコンダクターパッケージ
MetaCyto:サイトメトリーデータのメタ分析のためのパッケージ
MethylSig. WGBSとRRBSデータのための差分メチル化試験
現代のPCA方法論と遺伝子選択による統合的経路分析
脂質略号のパースと正規化
次世代シーケンスデータのための集合ベースの可視化
Sシステムパラメータ推定法
標的捕捉実験のための品質管理
ガンマ・ポアソンモデルのための分散安定化変換
BioTIP:生物学的転換点の特性化のためのRパッケージ
血統分析と家族の集計
FLAMES: 長時間読み取られたデータの完全長トランスクリプトームスプライシングおよび変異分析
GRO-seq分析パイプライン
InterCellar: シングルセル・トランスクリプトミクスにおける細胞間コミュニケーションをインタラクティブに解析・探索するためのR-Shinyアプリ
オックスフォードナノポアMinIONデータの品質評価ツール
異なるメチル化レベル(DMR)を検出
メタボロミクスにおける質量分析に基づくフラグメンテーションのための前駆イオン純度の自動評価
FastqQCレポートと他のNGS関連ファイルをロードする
PaIRKAT
PhyloProfile
regutools: RegulonDB からのデータ抽出のための R パッケージ
複数のDNA配列のアラインメントから縮退したオリゴを設計する。
テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出
ガウス過程による転写因子推論表現の再構築
変異転写因子表現型ネットワーク
circRNAprofiler:円形RNAの下流解析のためのRベースの計算フレームワーク
蛍光シグナルによる細胞配列
他の局所的な遺伝子に関して、差次的に発現する遺伝子を特定
expressionSetのビジュアライゼーションBioconductorオブジェクト
Rによるインタラクティブなサイトメトリーゲーティング
ゲノムシークエンシングプロジェクトのメタデータ
多変量非線形回帰を用いた超並列細胞診実験の拡張
2色マイクロアレイを用いたlimmaパッケージ用のGUI
ネットワーク推論のための線形計画モデル
多領域由来の腫瘍生検から体細胞変化を介して癌の進化を解剖するためのツールキット
OSAT:最適サンプル割当ツール
オルタナティブスプライシングの定量化、分析および可視化のためのグラフィカルインターフェース
RocheのGenome Sequencer Systemからデータをインポートして分析するためのパッケージ
突然変異シグネチャ発見への経験的ベイジアンアプローチ
アノテーション駆動型クラスタリング
マルチサブジェクトscRNA-seqのための差分遺伝子発現解析
ランク付けされたDNA配列から結合部位コンセンサスを予測する
対話型マルチオミックスキャンセラによるデータの可視化と分析
発現データにおける色収差の検出
染色体不安定性指数
ddPCRデータのためのクラスタリングアルゴリズム
生物学的ネットワーク上の拡散スコア
差次的な遺伝子活性の顕著なゲノムゾーンを描く
マイクロアレイチップ用の「修正メークアップ」プログラム
ヒトメタボロームデータベースの探索のためのユーティリティ
マイクロバイオームデータセットにおけるバッチ効果の評価と補正
空間トランスクリプトミクスデータの分子レベルでの保存の優先順位付け
マルチミックバッチ効果補正
LC-MSプロファイルのアライメントは、アライメントのずれを検出したネイバーワイズ化合物固有のグラフィカルタイムワーピングによる。
マイナス鎖マッチングプローブセットからの不在呼び出し
符号付きおよび符号なしの因果グラフの4次ドット積スコアを計算する
空間トランスクリプトミクスデータのクラスター分析
適応型ドロップアウトインピュータ(ADImpute)
BubbleTree:次世代シーケンシングデータを用いた体細胞モザイクにおける腫瘍異数性とクローン性を解明するための直感的可視化
特徴注釈を用いたハイスループット実験のメタ分析
参照による単一細胞RNAseq細胞クラスター標識
足りないリンクを追加するためのCellNOptRの統合
ゲノミクスデータの示差分析のためのEarth Moverの距離
VCFおよびFastaファイルに対する系統、距離およびその他の計算
GeoMx RNAデータにおけるカウントモデルベースの差分発現と正規化
miRNA-mRNA関係を調査するためのドライラボ
マルコム検定を計算します
マルチモーダルシングルセル解析手法
機能ネットワーク解析
qPLEX-RIMEデータ解析用ツール
cytoscape.jsでグラフを表示および操作する
発現データからの条件特異的検出
GC ‐ MS代謝産物プロファイリングデータの分析のためのパッケージ
発達マイクロアレイ時間経過データのための統計解析
ChIPおよびRNA ‐ Seqに基づく一次転写産物検出および定量化のための統合的ツール
tRNAscan-SE結果ファイルをGRangesオブジェクトとしてインポートする
TRONCOLLATION ONCOlogy用のRパッケージ、TRONCO
このパッケージは、液体生検からの全ゲノムシークエンシングデータの特徴付けと可視化を支援します。
計算エピゲノミクスのためのツール
コンコーデックス係数を計算
示差的遺伝子発現データからの候補原因摂動の同定
ノイズの多いGBS(genotyping by sequencing)データのエラー修正ツール
イントロン – エクソン保持推定量
シングルセルRNA-Seqに基づく遺伝子相互作用ネットワークの包括的解析
DNAメチル化サンプルの全血の細胞組成を推定する
NDEx Rクライアントライブラリ
ヌクレオソーム位置決め予測のためのRパッケージ
MNaseベースまたは超音波処理された短読データによるヌクレオソーム位置決めのための確率的推論
植物転写因子の同定と分類
改善されたマイクロアレイ比較可能性のためのRNA配列データのためのプローブ領域発現推定
rcellminer:NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答
DNAメチル化アレイデータベースへのアクセスと解析
SpidermiR:miRNAデータを用いた統合的ネットワーク分析のためのR / Bioconductorパッケージ
XDE:差次的遺伝子発現のクロススタディ分析のためのベイジアン階層モデル
RNA-seqデータを使用したAPA分析のためのツールキット
DNAメチル化データにおけるバッチ効果の補正
Rstudioを介したpython sklearnへのインタフェース
BLMA:バイレベルメタアナリシスのためのパッケージ
多重アルゴリズムを用いたRNA配列解析
COSMOS (Causal Oriented Search of Multi-Omic Space)
FFPEマイクロアレイ発現データの品質評価と管理
階層型潜在ディリクレ割り当てを使用して、突然変異シグネチャの突然変異暴露を比較する統計的推論を実施する
全ゲノム遺伝亜硫酸水素塩配列決定データのシミュレーション
ミトコンドリア変異および体細胞変異を用いたシングルセルRNA-Seqデータにおけるクローン集団の同定
マイクロアレイデータを用いたロバストな尤度ベース生存モデル
マルチ組織転写年齢計算機
空間的な関連性に関連した細胞の状態の変化を特定するためのパッケージ
TBパスウェイシグネチャを用いたRA-Seqデータのプロファイル
転写因子濃縮を分析する
HDF5バックマトリックス用beachmatバインディング
代謝再構成データベースを用いたRにおける制約ベースモデリング
不均衡な収差を伴うアレイCGHデータの正規化
CellNOptRへのアドオン:ファジィ論理
Bioconductor Experimentオブジェクトでデータのサブセットを管理する
ビニングによるマルチチューブフローサイトメトリーデータの結合
フローサイトメトリーにおけるマッチングとメタクラスタリング
gDR suiteのスタイル要件を備えたパッケージ
ハイクール
染色体表意文字に沿ってデータ(連続/離散)をプロットする
4sU-seqおよびRNA-seqタイムコースデータの解析
KEGG経路内のすべてのエッジを可視化してLINCSデータをオーバーレイする
複数の研究におけるRNA-Seqカウントデータのメタ分析
遺伝子発現によるmiRNAランキング
熱プロテオームプロファイリング実験のための応答曲線のノンパラメトリック解析
反復要素メチル化予測
用語注釈とネットワークリソースの迅速な統合
MicroArray遺伝子発現ベースプログラムにおける誤り率推定
scClassify: 単細胞階層分類
ハイスループットシークエンシングデータから小型RNA遺伝子座を同定する方法
大規模トキシコゲノムデータの解析
NMR用自動スペクトル処理システム
遺伝子セット選択のためのベイジアンアプローチ
ビスケットの便利な機能
ChIPexoQual
Shinyアプリを用いた単細胞エピゲノミクスデータセットの解析
比較ゲノム解析の系統的な品質チェック
R用カバレッジ視覚化パッケージ
因果関係の差分に基づくパスウェイエンリッチメント
流動血球の追跡に焦点を当てたin vivo顕微鏡イメージングデータを分析するためのツール
InPAS:RNA配列データを用いた新規代替ポリアデニル化部位(PAS)の同定のためのバイオコンダクタパッケージ
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ
経路分析のためのシグナル伝達経路へのマイクロRNA発現の統合
SQLベースの質量分析データバックエンド
生物学的ネットワーク不均一性の高次元探査のためのバイオコンダクタパッケージ
位相情報を用いた経路解析のためのRパッケージ
FASTQ品質管理
式配列データの正規化のためのRUV
メチル化データの品質管理分析を行う機能
簡単なセルセグメンテーションを行うためのパッケージ
Micorarray研究における標本サイズと検出力の計算
ナノストリングGeoMxデータからオミックデータを空間的にオーバーレイ
スプライン回帰モデルとそれに続く遺伝子関連ネットワーク再構築を用いた経時的微分遺伝子発現データ解析
ハイスループットシーケンスカウントデータのサブサンプリング
SWATH拡張ライブラリー生成と統計データ分析
ガウス混合効果モデルと平滑化スプラインを用いた遺伝子発現の時系列クラスタリング
細胞型特異的な対立遺伝子の不均衡の差分
Illumina BasecallingおよびDemultiplexingの入力ファイルと出力ファイルの操作
Basic 4 C seq:4 C配列データを分析するためのR / Bioconductorパッケージ
Rによる生物学的ネットワーク解析
ペアワイズ差分比較の外れ値分析
一般的な増減を示す染色体領域を見つける
複合アノテーションデータベースのカスタマイズとクエリ
示差濃縮スキャン2
小分子の加速類似検索
MPRAデータの統計解析
msgbsR:配列決定によるメチル化感受性遺伝子型判定(MS-GBS)R機能
PAA(プロテインアレイアナライザー)
大規模ラジオ・ゲノムデータの解析
ランダム遺伝子セット濃縮分析
MELTING 5へのRインターフェース
サンプル分類器
SBML-Rインタフェースと解析ツール
シングルセルRNA-Seq UMIフィルタリング促進剤(scruff)
シャイニー・エピコ
差次的発現分析の合意
AP-MSタンパク質データを使用したタンパク質複合体メンバーシップの推定
Illuminaメチル化データのための適応ロバスト回帰正規化
アセチル化リジン部位の予測
BaseSpace RESTful API用R SDK
ベイジアン遺伝子発現
biodbKegg: KEGGデータベースへの接続用ライブラリ
因果ネットワーク分析法
癌試料におけるコピー数異常の正規化法
(希)コピー数変異体の遺伝子セット分析
相関モチーフフィット
Omicプロファイルのシミュレーションとデコンボリューション
グラフ上の2標本検定
重複遺伝子の同定と分類
染色体内接触マップの信頼性推定
GA4GHベースのデータサーバと対話するための光沢のあるアプリケーション
454 / IlluminaのデータからLM-PCR読み取りを処理する機能
immunoClust – フローサイトメトリーにおける個体数検出のための自動パイプライン
オミックスデータのための区間ごとのテスト
遺伝子転写におけるDNAメチル化領域または部位の調節能の評価
複数世代にわたる保存された差別的にメチル化された要素を治療効果に関連付ける順列に基づく分析
mimager:マイクロアレイイメージャー
パスウェイの相互作用群を制御するmiRNAの検出
Rの7つの橋プラットフォームAPIクライアントと共通ワークフロー言語ツールビルダー
科学的に誤った発見率と真の帰無仮説推定の割合
TargetScore:マイクロRNA過剰発現データおよび配列情報を用いたマイクロRNA標的の推論
腫瘍 – 間質混合式の教師なしデコンボリューション
特異的に発現している遺伝子の人工成分検出
式配列QAのための多変量異常値検出
RNA配列決定データにおける差次的発現のベイズ分析
大規模実験のためのイルミナメチル化アレイ分析
ChIP ‐ exoレプリケートにおける高分解能蛋白質‐DNA相互作用を明らかにするためのRパッケージ
臨床プロテオームプロファイリングデータ分析のためのパッケージ
代謝物同定のためのMS 2スペクトルのクラスタ化
CellNOptRへのアドオン:離散化時間処理
DiffLogo:バイオオリゴマーモチーフの比較可視化
大腸菌のメタデータとツール
ジャンクションアレイとRNA ‐ Seqデータを用いたオルタナティブスプライシング事象の効果的同定
サンプル倍数性を決定するためにフローサイトメーターのデータを分析する
フローサイトメトリーを用いた生体力学系のアノテーションと解析
GEOに提出するためのマイクロアレイデータを準備する
WGCNAおよびxCell読み取り値とベイジアンネットワーク学習を組み合わせて、Gene-Module Immune-Cellネットワーク(GMIC)を生成します
グラフ理論連想検定
TおよびB細胞受容体のハイスループットシークエンシングを解析する
オミックスデータの統合ネットワーク分析
RNA-seqデータ中のMarker Gene Finder
miRNApath:miRNA発現データのための経路濃縮
ハイスループットqPCRデータのためのデータ駆動型正規化戦略
RDPクラシファイアへのインタフェース
シングルセルRNAseqのShynyアプリパッケージ
systemPipeShiny.ワークフロー管理と可視化のためのインタラクティブなフレームワーク
TVTB:VCFツールボックス
RNA分解によるマイクロアレイデータ中のプローブ位置の偏りの分析と修正
単一細胞データのための機能アノテーション駆動型教師なしクラスタリング
細胞DNAバーコード解析ツールキット
特定の細胞型で選択的に発現される遺伝子を予測する
遺伝疫学における症例対照研究の分析のためのRパッケージ
cn.FARMS – コピー数推定のための因子分析
関連性ネットワークトポロジーに基づく雑音除去アルゴリズム
標準のDataFrameメタファーを使用したDataFrameの遅延操作
遺伝子選択
生物学的データにおける律動性を発見するための対話型ワークフロー
遺伝子型条件付き関連テスト
遺伝的変異に関連する候補遺伝子の同定
GeneRegionScan
gRx差分クラスタリング
パブリックデータベースとの比較によるRNA-seq実験の解釈
遺伝子セットのエンリッチメント解析結果を生物学的に理解する
高速な階層型グラフベースのクラスタリング手法
反復的に調整された代理変数分析
Rの本質的に乱れたタンパク質のプロファイリングと解析
カーネルコンボリューションを用いたマルチサンプルaCGH解析パッケージ
LC-MSメタボロミクスの特徴的な測定値を組み合わせる方法
mirTarRnaSeq
質量分析データをExperimentHubに掲載
scRNAseqのネットワーク平滑化
多重配列アラインメントにおける異常値検出
潜在的に発癌性の遺伝子を同定するためのツール
OTUデータの分析のための構造と機能を提供します
プローブレベルの発現変化の平均化
コイルドコイルタンパク質のオリゴマー化の予測
IP-seqデータ解析と視覚化
RBioinf
RiboMethSeqによる2′-Oメチル化の検出
RNAシーケンス定量パイプラインのベンチマーク
RSVSim:構造変化のシミュレーションのためのR / Bioconductorパッケージ
rTRM用の光沢のあるユーザーインターフェース
scFeatures 疾病予後予測のための単一細胞・空間データのマルチビュー表現
ハイスループットシーケンスセル認証ツールキット
遺伝子調節回路をシミュレートするためのシステム生物学ツール
大きなファイルのストリーム処理を有効にする
系統樹ネットワークの視覚化
DNA中の分子内三重鎖形成配列を検索し可視化する
マイクロアレイ正規化に適した高速散布図スムーザー
ネットワークを利用したVirtUaL ChIP-Seqデータ解析
ハイスループットメタボロミクスのためのツール
遺伝子発現アンチプロファイルの実装
多変量生物学データのコピー数研究とセグメンテーション
バイオマーカー発見のための適度な統計を用いた標的学習
シングルセルRNAシーケンスデータの品質管理
複数のChIP-seqデータセットの定量的比較
CNVrd 2次世代シーケンシングデータから複雑な共通コピー数の変異を検出し遺伝子型を決定するための読み取り深度に基づく方法
カーネルベースのスコアテストを用いた差分発現
ダウンストリーム化学プロテオミクス分析パイプライン
学位による協会による罪悪感の拡大
要因計画マイクロアレイ実験分析
ユーザー定義オプションを使用して座標のクラスターを検出するためのfcScan
flowBeads:フロービーズデータの解析
遺伝子破壊検出
遺伝子オントロジーデータベースの機能
磁化率SNPの数を計算するためのRパッケージ
組織/細胞特異的マーカーを検出するためのOVESEGテスト
分子経路をレンダリングする
遺伝子および経路レベルで薬物標的を優先させるための遺伝的証拠の活用
RNA-Seqデータからプロモーター活性を推定する
全ゲノム配列決定データにおけるまれなゲノム変異体の分析のためのスイート
ミクロバイオームに対する負の二項分布を用いた行 – 列連関モデルの適合
複数サンプルのピークキャリング
RNA-seqアライメントからのAPA使用量の差を特定する
RTNパッケージにより推論される転写ネットワークを用いた生存分析
単細胞高次試験
RでChromHMMを呼び出してクロマチンセグメンテーション解析を行う
SIRS-Lab GmbHのリアルタイム定量PCRデータ解析機能
TAP-seqのためのターゲット化されたscRNA-seqプライマー設計
遺伝子発現の遺伝学からの転写調節推論
標準およびバックスプライシング分析(すなわち、環状およびmRNA分析)のための光沢のあるアプリ
PAR ‐ CLIPデータにおけるRNA‐蛋白質相互作用部位の高感度で高分解能の同定
バイオコンダクターウェブインターフェース
ATAC-seqのための転写因子エンリッチメント解析
biodbHmdb: HMDBデータベースへの接続用ライブラリ
バイオベースを使用するModel-View-Controller(MVC)クラス
Strand-seqデータでブレークポイントを見つける
cbioportal.orgからのさまざまなデータを比較するための自動化機能
2つの形式の高次元遺伝データのための正準相関を用いたPROMISE分析
ChIPanalyser:転写因子結合部位の予測
CHRONOS:マイクロRNA媒介サブ経路濃縮分析のための時変法
クラスタリング比較パッケージ
標的シークエンシング用途における信頼できるCNV検出
混合物の凸解析によるデコンボリューション
発現の違いによるメタアナリシス
スライド依存性遺伝子特異的染料バイアスを補正するためのGASSCO法
エピジェネティックおよび遺伝子転写データの正規化および混合モデルとの統合
キュレーションされた遺伝子発現データおよび差分発現解析にアクセスするためのGemmaのRestful API用ラッパー
GEOexplorer: 遺伝子発現解析と可視化のためのR/Bioconductorパッケージ
GOサブツリーを使用してセット内の遺伝子にタグ付けおよび注釈を付けるためのツール
遺伝子セット調節指数
Human Cell Atlas Data Coordinating Platformを探る
統合コピー数の変動検出
ITALICS
潜在埋め込み多変量回帰
マルチコントラスト遺伝子セットエンリッチメント解析
サーモフィッシャーサイエンティフィック社の生ファイルを読むための質量分析バックエンド
MsQuality – SpectraおよびMsExperimentオブジェクトから品質メトリックを計算
遺伝子セット濃縮解析のための順列近似法(非順列GSEA)
不均一試料からの多重オミックスアッセイの定量的統合および分析のためのRパッケージ
マルチプレックスPCRプライマー設計と解析のための光沢のあるアプリケーション
Rにおける異常値プロファイルと経路解析
多重比較テストの視覚化
表現型データの統計解析
シングルセルRNA-seqのシミュレーション、パワー評価、およびサンプルサイズの推奨
蛋白質四次構造における突然変異クラスターの同定
AlkAnilineSeqによるm7G、m3C、およびD修飾の検出
Rとの熱近接共集合
Scale 4 C:4 Cシーケンスデータのスケール空間変換のためのR / Bioconductorパッケージ
SCANVIS-スプライスジャンクションのスコアリング、注釈付け、視覚化のためのツール
単細胞DNAシークエンシングのための正規化・コピー数推定法
安定性ランキング
RNA結合タンパク質モチーフ解析
適応的に重み付けされたフィッシャーの方法のための高速計算のためのRパッケージ
BaalChIP:癌ゲノムにおける対立遺伝子特異的転写因子結合のベイズ分析
ハイスループットshRNAおよびCRISPRスクリーニングにおける高速シーケンスマッピング
BEAT – BS-Seqエピミュテーション解析ツールキット
摂動実験の間接測定値からの論理モデルの学習
候補遺伝子マイナー
単一細胞データからのクローン同定
遅延操作のHDF5ファイルへの保存
エピゲノムワイド関連研究での共メチル化領域および差次メチル化領域の正確な同定
時系列データにおける周期的発現パターンの意義
転写因子濃縮分析
隠れマルコフモデルを用いたエピゲノムRベース解析
DNAメチル化データのロバストアウトライアー識別
R内でEpiviz Interactiveのゲノムデータ可視化アプリケーションを実行する
フローおよびマスサイトメトリーのための射影に基づくゲーティング戦略の最適化
Sorensen-Diceの非類似度とGene Ontology (GO)に基づく統計的推論
遺伝子セット制御(GS-Reg)
予測GWA研究における統計的有意性の評価
インタラクティブなCircos Plotの生成
シーケンスデータにおけるカタエギの検出、特徴づけ、可視化
RNA-Seqデータ中の条件特異的変異体を検索する
結合親和性が異なるマスキングプローブ
与えられた配列上の結合部位マトリックスに対する総親和性と占有率を求める
DNAコピー数推定のためのベイジアン区分定数回帰
RNAの代謝パスウェイ解析
メタボロミクスデータのパスウェイ検定を加重順列検定を用いて行う
複数の統計アルゴリズムを組み合わせたRNA-Seqデータの解析と結果報告のためのRパッケージ
WGBSデータからの完全メチロームの補完誘導再構築
マイクロアレイ遺伝子発現データ中のマーカー遺伝子ファインダー
誤分類ペナルティ後分類
multiWGCNA
エクスポソームおよびオミックスデータの関連付けおよび統合分析
pepXMLファイルの解析とペプチドFDRに基づくフィルタ。
位置依存カーネルアソシエーションテスト
xCELLigenceシステム(RTCA)からのデータを分析するためのオープンソースのツールキット
SELEX-seqデータ解析機能
マルチオミックスデータ統合のためのクラスと方法
TCGAデータをMultiAssayExperimentとしてTerra上でOpenAccessする。
トランスクリプトグラムに基づく転写分析
細胞内局在の差分をベイズ法で解析するためのRパッケージ
バイアスフリーフットプリント強化テスト
BufferedMatrixオブジェクトを利用したマイクロアレイデータ関連メソッド
ペアエンドリードに基づくオルタナティブスプライシングの特性化
分類割り当てを実行するためのツール。
時系列遺伝子発現データのクラスタリング
CyTOFデータに対して、正規化した細胞にラベルを付け、各ラベルに確率を割り当てる
負の二項分布に基づく差分表現ウィンドウ
scRNA-seqデータに対する細胞タイプのアノテーション
epiviz WebコンポーネントへのRインターフェース
ヒストグラム情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する
Infinium Human Methylization 450 BeadChipキットの正規化手順
GARS:高次元で挑戦的なデータセットにおける変数のロバストなサブセットの同定のための遺伝的アルゴリズム
プールされたCrisprスクリーンQCと分析のための機能一式
次世代シーケンスデータのプロファイルをゲノム特徴でプロット
GSCA:遺伝子セットコンテキスト分析
ネットワークを用いた遺伝子セット濃縮解析
IsoCorrectoRのグラフィカルユーザーインターフェース
反復ベイズモデル平均化(BMA)アルゴリズム
マイクロアレイデータを用いた表現型予測:IMPROVER診断シグネチャチャレンジにおける最良の総合チームのアプローチ
massiR:MicroArrayサンプルの性別識別子
超並列レポーターアッセイの分析
シーケンシングデータの広いピークを呼び出す
メソッドを統合します。PANDA、LIONESS、CONDOR、ALPACA、SAMBAR、MONSTER、OTTER、EGRET、およびYARNを1つのワークフローに統合します。
光沢のあるアプリを使ったオーミックデータセットの視覚的探査
クロスオミック遺伝的フィンガープリント法
エピスタシスを伴う癌進行の順方向遺伝的シミュレーション
Pack-TYPE Transposable Elementsのde novoアノテーション
並列混合モデル
preciseTAD:精密なTAD境界予測のための機械学習フレームワーク
このパッケージは、複数のゲノムプラットフォームにわたってGene Set Analysisを実行するように設計されています。
scReClassify: シングルセルRNA-seqデータのポストホック細胞タイプ分類
SigFuge
2つのヒトゲノムデータセットに関する統合分析
2つのChIP-Seqプロファイル間の類似性レベルを推定するためのメトリック
Single Molecule Footprinting(SMF)データの解析ツール
SNPhood:NGSデータを使用してSNPのエピゲノム近傍を調査、定量化、および視覚化する
組織画像のための空間点データシミュレータ
specL – ターゲットプロテオミクスで使用するためのペプチドスペクトルマッチの準備
Cytoscapeによる3Dトランスオムネットワーク可視化ツールセット
経時的発現データのブレークポイント解析
UMI4Cats. UMI-4Cクロマチン接触データの処理、解析、可視化
ディスク上/リモートのVCFファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する
Sweave文書を処理するためのツールと拡張
抗体ライブラリーのRep-Seqデータセットのための報告およびデータ分析機能
AnVILワークスペースにパッケージなどのリソースを公開する
一般化構造化方程式モデルを用いた多重SNPおよび多重形質の関連研究
biodbNci, 米国国立がん研究所CACTUSデータベースへの接続用ライブラリ
遺伝子ネットワーク再構築
SNV呼び出しを使用して、CNV呼び出しツールの誤検知を識別します
DAMEを見つける – 微分的に対立的にMEthylatedされた領域
蛋白質ホットスポット残基の同定と注釈
薬物-標的相互作用
アンサンブルモデルを用いたメチル化関連ブロックに基づく疾患進行予測
Exiqon miRNAアレイデータの正規化のためのR関数
代謝データとトランスクリプトームデータの機能解析
FOBIオントロジーを操作するためのツール
Illumina HumanMethilation450データを用いた妊娠期間の予測
ggtree’を用いて「デンドログラム」を描画する
時系列を用いた遺伝子制御ネットワークの推論
熟語
CGHマイクロアレイ正規化
miRNA名を異なるmiRBaseバージョンに変換する
MultiAssayExperimentオブジェクトのシリアライズ
多拠点多目的クリスプ/キャスデザイン
遺伝子発現データから観察されない摂動を推測する
生物学的ネットワーク構築、パスマイニングおよび可視化のためのNetPathMiner
qPCRデータで検出されない
最適フロー
経路関連タンパク質 – タンパク質相互作用ネットワークの予測
表現型コンセンサス分析(PCAN)
Pharmacogenomicsオントロジーサポート
プリmiRNA転写開始部位の予測
Rbec: 合成微生物群集からのアンプリコンシークエンスデータの解析ツール
RBM:マイクロアレイおよびRNA-Seqデータ解析用のRパッケージ
Rtreemix:変異原性木混合モデル
事前定義された地域のインバージョンステータスを取得する
単一細胞RNA配列データからの細胞状態階層の統計的評価のためのRパッケージ
トランスクリプトのスプライスインタプリタ
低分子RNAシーケンスの差次的発現
stJoincount – クラスタ間の空間的相関を定量化するための結合数統計量
構造バリアントからの逆転写された転写産物の検出
視覚化と解釈のための軌跡関数
uSORT:遺伝子選択のための自己精製順序付けパイプライン
付加体質量スペクトルデータセットの処理
遺伝的に調節された発現を妨害するための機能的アプローチ
スパンコールの統計解析
BBCAnalyzer:塩基数を可視化するためのR / Bioconductorパッケージ
iCLIPデータに基づく結合部位の定義
高次元サイトメトリーにおける右打ち切り共変量を用いたディファレンシャル・アバンダンス解析
クローン進化を可視化する技術
癌異常値遺伝子プロファイルセット
クロスオーバー解析と遺伝地図の構築
がん異常値プロファイル分析を実行するための機能。
異なる生物種と組織における調査
与えられた遺伝子セットの遺伝子にあるSNP関連p値のための遺伝子セット分析法
類似性マトリックスで変換された差分組成分析
DEsubs:RNA ‐ seq発現実験を用いた差次的発現サブ経路の柔軟な同定のためのRパッケージ
線形(混合)モデルを用いたシングルセルデータのコホートスケール差分発現解析
Drivernet:癌における転写ネットワークを調節する体細胞ドライバー変異の発見
エピアルルを考慮した高速メチル化レポーター
経験的RNA-seqサンプルサイズ分析
マイクロアレイ実験のFDR調整(FDR-AME)
NGSデータのためのFFPE人工キメラリードフィルター
GEM:遺伝子、環境およびメチル化の相互作用に関する高速連想研究
hapFabia:大規模シークエンシングデータにおけるまれな変異体を特徴とする家系による非常に短いセグメントの同一性(IBD)の同定
HELPデータ解析用ツール
遺伝子発現とコピー数改変の統合分析パッケージ
オルタナティブスプライシングのためのマルチオミックスデータの統合分析
RNA-seq rawファイルを使用して知識を抽出するRパッケージ
ミクロビオームの微分存在量シミュレーション
CE-MS(/MS)データの効率的なモビリティスケール変換
MODA:加重遺伝子共発現ネットワークのための分子差分解析
マルチオミックスシミュレーション(MOSim)
DNA配列中のTFBSを分析するためのRパッケージ
ロバストニューラルネットに基づくcDNAマイクロアレイデータの空間的および強度ベースの正規化
常微分方程式(ODE)に基づく方法を用いた遺伝子ネットワークの予測
高解像度実験のピーク選択と注釈付け
遺伝子オントロジーとKEGG経路のアノテーションと豊富さのプロット
共溶出からのインタラクトームの予測
rfPred機能予測スコアをミスセンス変異体リストに割り当てる
ハイスループット・ショートリードデータを用いたゲノムワイドなヌクレオソームポジショニングのためのベイジアン階層モデル(MNase-Seq)
RNA編集部位と超編集領域の統計的解析
遺伝子間相関および関連分析のための不要な変異の除去
ランダムシグネチャ、既知のシグネチャ、および置換されたデータ/メタデータに対する遺伝子シグネチャの予後性能をチェックする
R/Bioconductor 発現数の迅速なクエリを行うためのSnaptronとのインターフェースのためのパッケージ
構造的バリアントコールからのNUMT検出
統計パッケージ用のSWATHデータの変換とフィルタリング
データ可視化用ツール
ターゲット・デコイ・アプローチを評価するための診断プロット
TileDBをDelayedArrayバックエンドとして使用する
母集団におけるスプライシングのバリエーションの定量化と可視化
BadRegionFinder:カバレッジの悪い地域を特定するためのR / Bioconductorパッケージ
STARR-seqデータに対する基本ピーク呼び出し
ベイズノックダウン:ノックダウンデータからのエッジの事後確率
Rによるベイズ推定
イルミナのマイクロアレイを検出器(ビーズ)レベルで前処理および分析するためのツール
クラスタリング手順を用いた二倍体領域プロファイルのリフィット
ClusterSignificanceパッケージは、次元削減データ表現のクラスクラスタが置換データと異なる分離を持つかどうかを評価するためのツールを提供します。
過剰なゼロを占める細胞型特異的な空間可変遺伝子の同定
Human Cell Atlasへのクエリー
階乗2色マイクロアレイデータの効率的設計と解析
DESpace: 空間的に変化する遺伝子を発見するフレームワーク
シングルセルmRNAシーケンスデータの正規化
メタボロミクスGC / MSデータの分析
flowPlots:ゲートフローサイトメトリーデータの解析プロットとデータクラス
機能的回帰モデルによる量的形質のエピスタシス解析
マイクロアレイ解析ツール
scRNA-Seqにおけるゲノム不安定性の推定
GraphAlignment
微分発現解析に関連するパネル用のiSEEエクステンション
Loci2path:組織特異的発現QTLに基づくゲノム間隔の規制注釈
メカニズムを考慮したインピュテーション
GWASを組み込んだネットワーク
二群問題および生存問題のための単一遺伝子分類器および差次的発現の異常値耐性検出
メタ分析における階層的依存
アッセイの特性評価:Limit of blanc(LoB)およびLimit of detection(LOD)の推定
複数の生物学的条件と異なる時点のRNA-seq生カウントを解析するためのRパッケージ
合成ヌクレオソームマップを作成する
OLINのグラフィカルユーザインタフェース
オミックスデータの後処理と一変量解析
臨床試験の無作為化ルーチン
遺伝子相互作用情報の統合による再重み付けLasso-Cox
RNA-Seqマルチマッピングによる定量ツールの読み取り
sc – シングルセルRNAシーケンスデータの代入のためのリカバリ
バイオオントロジーにおける意味的類似性
トランスクリプトームとエピゲノムを統合する有意性に基づくモジュール
バイサルファイトシークエンスのスムーズなモデリング
単細胞軌跡にわたるスイッチ様差次的発現
テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出の高機能パッケージ
二層マッパー:トポロジーデータ解析に基づくクラスタリングツール
井戸プレートメーカー
祖先特異的対立遺伝子頻度推定
BEARscc(ベイズのERCCによる単一セルクラスタの堅牢性の評価)
分岐軌跡の再構成、可視化および分析
chromDrawは、核型のスキームを線型と円形で描画するためのRパッケージです。
蛋白質 – 蛋白質相互作用ネットワークの可視化と管理
腫瘍のクローン構成を推測します
トランスクリプトームデータの多変量解析
BWA による CRISPR gRNA スペーサー配列のアライメント
deltaGseg
遺伝子発現差解析を実行します
Liquid Associationのゲノムワイドな応用のための機能
核酸配列決定データセット間の共分散を評価するための機能的正準相関分析
マルチオミクスデータに基づいて影響力のあるTFやターゲットを見つける
LD補正による規制または機能情報強化のGWAS分析
遺伝子レベルで遺伝子間相互作用をテストするためのツール
遺伝子の質問セットと共発現した遺伝子を同定するための遺伝子推奨アルゴリズム
ジェノタイピングおよびコピー数調査ツール
種の自己増殖のためのGWAS
転写産物発現解析とキャップ濃縮の統合
TADにおけるエピジェネティックシグナルと遺伝子発現の間の相関関係の探索
LinkHD:異種データを調査および統合するための汎用フレームワーク
設計された多変量実験のための線形モデル分解
マリナー Hi-Csを探検
分子摂動度は、コントロールからの摂動に基づいてトランスクリプトームデータサンプルのスコアを計算します。
正規分布または対数正規分布を持つ切り捨てられたメタボロミクスデータの混合モデルを実行するためのパッケージ
マルチオミックマスターレギュレータ解析
遺伝子摂動の豊富な表現型から推論される事後関連ネットワークと機能モジュール
一対のハイスループットデータを用いた微分発現のための局所プールエラーテスト
転写物モデルを組み立てるためのプールRNAシーケンスデータセット
複雑なゲノムプロファイルプロット作成用のRパッケージ
scRNA-seqのノイズのある発現プロファイルを緩和するための遺伝子検出パターンを使用した次元削減ツール
フローおよびマスサイトメトリーデータについてKNNベースの統計を実行するためのツールキット
メタボロミクスおよびプロテオミクスデータのための示差豊富分析
配列組換えと再分類のための可視化ツール
GC-SIM-MSデータ処理および分析ツール
遺伝子発現実験に適用したSN比
小型のRNAシークビジュアライザおよび解析ツールキット
cDNAマイクロアレイのための段階的正規化関数
シンテニーオブジェクトを扱うためのツール
三値ネットワーク推定
Cytometry Cluster Hierarchy and Proportions to Parent
ベースペアレベルでのシーケンスカバレッジの臨床評価のためのインタラクティブなグラフィカルアプリケーション
それらの加重突然変異/変異フィンガープリントに基づく癌細胞株の同定
Vプロットを作成し、フットプリントプロファイルを計算するためのツールセット
X:Mapで視覚化するためにプロットファイルをxmapBridgeにエクスポートする
植物におけるハイスループットDNAメチル化データからのエピミューテーション率とスペクトルの計算的推論
細胞バーコーディングデータを解析する機能
scRNA-seqデータのUnknow Subtypesによるバッチ効果補正
相互情報量を用いたクラスタリング手法の品質判定
共引用に基づくさまざまな検定統計
コンプレックス・プロファイリング解析パッケージ
CTDbaseデータクエリ、可視化およびダウンストリーム分析用のパッケージ
DegNorm: RNA-seqデータの分解正規化
scRNA-seqデータからの制御された遺伝子の差分化
ゲート情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する
多重条件下で差次的に発現された遺伝子の同定のための不均一誤差モデル
ImmuneSpaceデータベースを中心とした薄いラッパー
ゲノミクス次世代シークエンシングリードから特定された遺伝子治療ベクター挿入部位のデータを解析して、クローン追跡研究に役立てる
マイクロアレイデータ中の人工的な相関関係を可視化する
大規模並列シーケンスデータを用いたモザイク異数性検出と定量化
特徴の順序付けられたベクトル間の一致を計算し、比較し、そしてプロットするための有用性(すなわち、異なるゲノム実験)。このパッケージには、CAT対応分析が含まれています。
メタ分析に基づく対立遺伝子特異的発現検出を用いたASE分析のための機能を含むパッケージ
MBCB(Beadarray用のモデルベースの背景補正)
平均/中央値バランスのとれたクォンタイル正規化
遺伝子発現データと関連方法のための大規模相関二クラスタ
MeDIP濃縮からの実験データのモデリング
MEIGO – バイオインフォマティクスの大域的最適化のための計測ヒューリスティックス
推定代謝産物IDのネットワークベースの優先順位付け
複数の生物学的メディエータを同時にテストする
Open Cancer TherApeutic Discovery(OCTAD)(オープンキャンサー・セラピューティック・ディスカバリー
ゲノム領域間のオーバーラップを計算、視覚化、解析する
オミクスプロファイリングのためのサンプルのランダム化
プロテインマイクロアレイのデータ管理とインタラクティブな可視化
Affymetrixアレイ用のPCAベースの遺伝子フィルタリング
3CPET:階層的ディリクレ過程を用いたChia ‐ PET実験における補因子複合体の発見
グラフをD3jsスクリプトに変換する
リボソームプロファイリング実験からの配列決定データの分析
機械学習を使用した転写後修飾のパターンの検出
時系列データの正規化と推論
遺伝子発現をモデル化するためのランクベースのアプローチ
SAGEライブラリーを読んで比較するための関数集
scanMiRシャイニーアプリケーション
CB2が液滴ベースのシングルセルRNAシーケンシングデータにおける細胞検出力を向上させる
蛋白質進化におけるアミノ酸置換の固定を伴う部位の検出
スパースシグネチャ
転写因子の複合機能を予測する
密度マップの作成と登録を読んでください。 ChIPSeqおよびRNASeqデータセットの可視化
二次元液滴デジタルPCR(ddPCR)データの分類と出発分子数の定量化
cBioPortal for Cancer Genomicsへのインポートに適したデータおよびメタデータファイルの生成、管理、編集
円形ゲノムのRNA-seqデータをエンドツーエンドで解析するためのツールキット
コピー数の視覚化
動的プログラミングに基づくMS2クロマトグラムのアライメント
細胞表現型を駆動する遺伝的変異体の推論
隠れマルコフモデルを用いた示差的メチル化CpG
与えられたエンハンサーに対するほ乳類の推定オルソログの同定
バイオインフォマティクスメトリクスの評価
GC対応ピーク発信者
RNA-seqデータにおけるゲノムDNAコンタミネーションを評価するための診断法
カウントのグローバルテスト
GWASに基づくメンデルランダム化と経路解析
NGS分析パイプライン
遺伝子リストを評価するための相互作用に基づく均一性
高次元イルミナmRNA発現データのためのQCパイプラインとデータ分析ツール
隠れイジングモデルによるチップデータのベイズモデリング
小児脳腫瘍サブタイプの同定のためのDNAメチル化分類ツール
MiChipの構文解析および要約機能
miRNA発現推定法を評価および比較するためのツール
複数のスキャンを組み合わせるためのRパッケージ
CNVデータの二次解析(HRDなど)
多因子分析を用いた個別化マルチオーミック経路偏差スコア
pipeComp pipelineベンチマークフレームワーク
RNAシーケンスのための確率的な外れ値の同定 一般化線形モデル
ショットガンプロテオミクスデータにおけるPSM用のSAMファイルの生成
確率的経路スコア(PROPS)
地域主成分分析による地域メチル化の要約
RegioneReloaded: ゲノム領域セットに対する多重アソシエーション
RIVER用Rパッケージ(RNA情報による変異制御効果)
HTSの統計と診断グラフ
スパイクイン配列のメソッド
SubCellBarCode:ロバストマッピングと全ヒト空間プロテオームの視覚化のための統合ワークフロー
生存データによるサブタイプの識別
転写因子高集積ゾーン
VegaMC:癌におけるドライバー染色体不均衡の同定のための変分区分平滑モデルを実装するパッケージ
重み付き行列操作,重み付きまたは疎なデータを用いた変動成分の検出
Bisulfite-seq OutlieR mEthylation At singLe-sIte reSolution(バイサルファイトseqアウトリエールメチル化、シングルサイトソリューション
転写プロファイルから細胞の同一性を評価するためのツール
共発現パターンの同定によるハイスループット配列決定データのクラスタリング
diffUTR: ディファレンシャルエクソンと3′ UTRの使用を効率化する
再現性のある計算研究の改善のためのレポート作成を支援します。
カスタムトランスクリプトームの機能的アノテーション
トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスにおける示差発現分析のためのf発散カットオフ指数
ゲノムタプルの表現と操作
経路発現プロファイル(PEP)の作成と分析
遺伝子組み換え作物や編集された細胞株における複雑なゲノム変異のシームレスな可視化
高速順列に基づく遺伝子セット分析
iASeq:対立遺伝子特異的事象を検出するための複数の配列決定データセットの統合
ゲノム相互作用データの再現性のない発見率
KinSwingR:ネットワークベースのキナーゼ活性予測
マイクロアレイ実験におけるラプラス混合モデル
LIONESSを使用した個々のサンプルのネットワークのモデリング
最大ランクの再現性
MassArrayデータ用の解析ツール
相関係数の測定誤差モデルの推定
マルチオミックスデータ統合における行方不明者の処理
腫瘍正常mRNA発現データからの腫瘍のサブセットにおいて過剰発現される遺伝子の同定
遺伝子制御ネットワーク解析のための時間的および多重PageRank
正則化回帰法を用いたパスウェイエンリッチメント
タンパク質プロファイリング
ゲノムバリアント、スプライスジャンクション、マニュアル配列からカスタマイズされたタンパク質バリアントデータベースの生成
ディファレンシャルスプライシングの検出のためのL1正則化ベースの方法
RESOLVE: がんゲノムからの変異シグネチャーを効率的に解析するためのRパッケージ
Affymetrix SNPアレイのための遺伝子型コーリングアルゴリズム
scRNA-seqデータの定量的な視覚的探索
Scifer: サンガー配列の単一細胞免疫グロブリンフィルタリング
BAMファイルの撚り情報を計算する
ゲノム間隔におけるGWAS形質関連SNP濃縮分析
AnnotationHubのためのMassBankアノテーションリソース
複雑な患者クラスタリングのための親和性ネットワーク融合
クロスプラットフォームのオミックス解析の生成と直観化
非対称なサンプル内変換
Rからのバイオツリーツールの使用
BRENDA酵素データベース
CIMICE-R: (マルコフ)連鎖法による癌の進化の予測
細胞の色素沈着や複雑性を利用した植物プランクトンの個体識別
CyTOF実験のパワー解析
多重試験法を評価するための二重コルモゴロフ – スミルノフパッケージ
ベイジアン機能的アプローチによる差別的にメチル化されたシトシン
GEMINI:ペアワイズCRISPRスクリーンから遺伝的相互作用を推測する変分推論アプローチ
機能モジュール推論による発現データからの遺伝子調節ネットワークの構築
R関数をコンパイルしてGPUでコードを実行する能力を持つopenCLコンパイラー
Rによる空間的細胞近傍スキャン
宿主-病原体間相互作用予測
隠れイジングモデルによるChIP ‐ seqデータのベイジアン階層モデリング
生存分析のための反復ベイズモデル平均化(BMA)アルゴリズム
Ivy-GAPデータの要約実験
遺伝子制御ネットワークにおけるモチーフ解析
mapscape
単細胞メチロームのベイジアンクラスタリングと代入
非標的高分解能質量分析データからの代謝ネットワークの推論
免疫ゲノミクスデータの取り扱いと関連性解析のためのRパッケージ
ChIP-Seqデータセットの統計的検定
omicsViewerを用いたSummarizedExperssionSetまたはExpressionSetの対話的・探索的な可視化
独立情報を用いた最適p値重み付け
ヌクレオチド配列からオープンリーディングフレームを予測する
ペプチドマイクロアレイの統計解析
定量的メタボロミクスデータ処理ツール
Qtlizer:GWAS結果の包括的なQTLアノテーション
区分ベースラインハザードCox回帰モデルに基づく生存期間予測のためのパッケージ
同時推論のための折りたたまれたヌル分布のリサンプリング
再利用可能で再現性の高いデータ管理
診断目的のためのシグネチャベースのクラスタリング
関連する個人が稀な変異を共有する確率の推定値を計算します
プロモーター配列アーキテクチャのダウンストリーム解析とHTMLレポート作成
表現力の低い特徴のフィルタリング
機能的に検証されたシグナル伝達経路のための遺伝子サイン生成
SNPediaからデータを問い合わせる
DataFrameメタファーでのSQLデータベースの表現
10X Genomicsファイルのインポート方法
時間に敏感なmicroRNA-mRNA統合・解析・ネットワーク生成ツール
2D ‐ TPP実験のFDR制御解析
特徴量に基づく分散感受性の高い定量的クラスタリング
NHGRI AnVIL (anvilproject.org)の利用費用を取得して報告する機能を提供します。
biodbNcbi, NCBIデータベースへの接続用ライブラリ
biodbUniprot: Uniprotデータベースへの接続用ライブラリ
不明なサブタイプによるバッチ効果の修正
ブロック対角共分散行列の経験的ベイズ推定
縦方向遺伝子発現プロファイルのための距離相関に基づく遺伝子セット分析
FISHalyseR自動FISH定量化のためのパッケージ
IMCデータセットにおける相関に基づく多視点自己組織化マップクラスタリング
遺伝子分類子の応用
遺伝子環境ワイド相互作用検索閾値
単一細胞データの可視化
変分ベイズを用いた外部共変量による高次元回帰と分類における適応ペナルティ化
インデルを用いた系統の追跡
Logistic/linear Regressionを用いた細胞型変化の差分解析
多重ベータt検定
次世代シーケンスデータでメチル化解析を実行する
MOGAMUN:多重生物ネットワークにおけるアクティブモジュールを見つけるための多目的遺伝的アルゴリズム
ヌクレオソーム位置の予測のためのRパッケージ
GLM / GEEの並列推定のサポート
ホスホプロテオミクスにおける中央値正規化によって導入されたバイアスを補正します
マイクロアレイ発現データ解析のための適応遺伝子ピッキング
サブリージョンベースのBurdEnテスト(REBET)
ゲノミクスにおけるインタラクティブな視覚化
RolDE ロバストな縦断的差分発現
ネットワークアソシエーションの空間分析
単細胞RNA-seqデータから発現変化を評価するための構成モデル
単一細胞RNAseqデータの品質フィルタリングのための相関に基づく方法
半教師付き混合モデル
CTCFモチーフでのChIP ‐ seqの相関による染色体の立体配座計算
転写癌シグネチャーの実装
単一サンプルの変異シグネチャ推定
各CpG部位のメチル化レベルを推測するためのMeDIP-seqデータ(SIMD)による統計的推論
転写因子アソシエーションルールマイナー
Tomo-seqデータ解析
オプションの型指定プロトタイプ
Wassersteinメトリックに基づく微分分布を検出するための統計的検定
修飾されたオリゴヌクレオチド配列を効率的に操作する
BG2を用いた非ガウス型データに対するベイズGWAS解析の実行
ccImpute: シングルセルRNA-seqデータにおけるドロップアウトイベントをインプットするための正確かつスケーラブルなコンセンサスクラスタリングに基づくアプローチ (https://doi.org/10.1186/s12859-022-04814-8)
シングルセルツリーのコンテキストでシングルセルコピー数プロファイルを調べます
コピー数バリアントメトリクス
実験室間試験法によるゲノム測定のクロスプラットフォームコンセンサス分析
マトリックスレーキングによるデータの正規化
非常に不均衡なラベル付けを用いたグラフ上のノードラベル予測のためのコストに敏感なネットワーク
テンソルのスパース・アウトオブコア演算・分解のためのRパッケージ
このパッケージは、3Cデータからメソスケールクロマチンリモデリングを検出します
デマンド
doseR
遺伝子の発現解析のためのエクソンに基づく戦略
EpiMix: DNAメチル化の集団レベル解析のための統合的ツール
エピジェネティックシグナルからスタックプロファイルのヒートマップを作成
Fisher’s Test for Enrichment and Depletion of User-Defined Pathways(ユーザー定義パスウェイの濃縮と枯渇に関するフィッシャーの検定
マーカーの頻度を考慮したフローサイトメトリーデータにおける差異のある細胞集団の識別
ハイコンテントスクリーニングデータ処理用Rパッケージ
GPA (Pleiotropyとアノテーションを取り入れた遺伝学的解析)
マッピングおよびマイニング分析によるインターログタンパク質ネットワーク再構築
多様な免疫遺伝子を扱うためのツール
ショウジョウバエ遺伝子内miRNAの標的予測
個体別ceLll型レファレンスツール
ゲノムパワー調査・評価のためのMeRIP-Seqデータ解析
遺伝子発現メタ分析視覚化ツール
タンパク質結合近位のRNA構造を見分ける
NoRCE. ノンコーディングRNAセットのCisアノテーションとエンリッチメント
多項占有分布のための関数
統計解析を内蔵したggplot用の光沢のあるアプリGUIラッパー
プロファイルスコア分布
Ribo-seqデータの差分パターン解析
Ribo ファイルのための R インターフェース
単一細胞および空間オミクスのための現実的なin silicoデータ生成と統計モデル推論の統一されたフレームワーク
シングルセルRNA-seqデータセットを階層的なアノテーションでインタラクティブに探索・可視化するR/Bioconductorパッケージ
AP-MSデータの統計的モデリング(SMAD)
選択されたコドン使用法の強度
合成致死RNAiスクリーンデータのためのヒット選択
トランスクリプトーム不安定性解析
10X V(D)Jデータ用の解析ツール
biodbExpasy, Expasy ENZYMEデータベースへの接続用ライブラリ
細胞間相互作用を可視化するプロット
コロニー形成アッセイのための統計分析
チップシーク信号の定量化パイプライン
ペアエンドシーケンスを用いた遺伝子融合の同定
因子グラフに基づく階層的アンサンブル法
形状に基づくChIP-Seqピークのクラスタリングと整列
遺伝的アルゴリズムを用いたmRNA二次構造とコドン使用頻度バイアスの両方に基づく遺伝子設計
DEE2 RNA発現データセットへのプログラムによるアクセス
Rの統計解析と生存解析を用いたゲノミクスエクスプローラー
癌における予後遺伝子発現シグネチャーの同定と研究のための進化的フレームワーク
欠損値を処理し、より多くのデータを利用可能にする
エピゲノムワイド関連研究における細胞型特異的リスクCpG部位の検出
181000のヒトトランスクリプトームシークエンシング研究の概要を扱うツール
免疫レパートリーにおける異なる遺伝子使用
マントルクラスター相関の計算
バイクラスタリングによる分子シグネチャーの同定
ノンコーディングRNAのためのRツールキット
ネットワークベースの遺伝子優先順位付けのためのモデル
Illumina Infinium 450Kデータの前処理
pcxnDataパッケージを利用した機能の調査、分析、および視覚化
scRNA-seqデータを用いた**p**r**e***細胞周期の**p**r**e***進行予測のためのスーパーバイズド・アプローチ
PGCA:MS / MSデータから作成した蛋白質群をリンクするためのアルゴリズム
PTR-TOF-MSデータの前処理
エピゲノムデータの統合的な可視化
R / Bioconductor用のジェノメトリッククエリ言語
遺伝子セット濃縮/投影ディスプレイ
GDSファイルとSeuratを用いた大規模なシングルセルRNA-seqデータ解析
Rからscvi-toolsへの実験的なインファーフェイス
情報付加に基づく機能予測評価
様々なソースや生物からのシンプルかつ完全なタブ区切りのゲノムアノテーションを簡単に提供するためのRパッケージです。
多変量正規回帰のための一般化最小二乗回帰におけるガウスグラフィカル構造学習推定の使用
Affymetrix Spike-in Langmuir等温線データ解析ツール
SynMut:異なるゲノムシグネチャを持つ同義変異配列の設計
異なる対立遺伝子表現のトランスクリプトーム解析
T細胞受容体/免疫グロブリンプロファイラー(TRIP)
CoGAPSを用いたscatacseqデータの解析ツール
Illumina SNPビーズアレイの正規化と報告
細胞の追跡、細胞の軌跡の分析、移動統計の計算
miRNAと競合RNA(ceRNA)の相互作用の制御シミュレータ
無細胞DNA(cfDNA)のハイスループットシーケンスからのフラグメント長解析パッケージ
CLIPデータの視覚化のためのパッケージ
異なるメチル化領域の検出
HiC/HiChIP/HiCARデータから相互作用ノードを検出するためのR/Bioconductorパッケージ
プールされた遺伝子スクリーニングの分析
高次元転置データ(HDTD)における平均行列と共分散行列に関する統計的推論
DNAメチル化データと遺伝子発現を単一の遺伝子ネットワークで統合
データセットのカスタムコレクションへのランディングページ用iSEEエクステンション
DNAからエンハンサーを予測するための学習
次世代シーケンサーによる排水サンプル中のSARS-CoV-2系統の検出
mbQTL: SNP-TaxaによるmGWAS解析のためのパッケージ
標的シークエンシングトリオにおけるde novo欠失の検出
RNA-seqデータの差次的発現遺伝子を検出するための最小包囲ボール(MEB)メソッド
オミックスデータから癌遺伝子と癌抑制遺伝子を同定
ハイスループットな遺伝子型・フェノタイプ関連の再現性の高い解析のためのロバストでスケーラブルなソフトウェアパッケージ
DNAメチル化ドロップレットデジタルPCRのポジティブドロップレットコーリング
Rifi’ マイクロアレイやRNAseqで解析されたリファンピシン時系列データの任意解析
RImmPort:分析可能免疫学研究データの実現
アミノ酸配列の低次元比較行列作成機能
細胞間DNAメチル化不均質性のベイズモデリング
パープレキシシティに基づく測定とクロスバリデーションを用いた突然変異シグネチャの数の選択
同様の結合プロファイル
空間分位正規化
VeloViz: 細胞の状態を可視化するためのRNA速度情報付き2Dエンベッディング
空間トランスクリプトーム・クラスタリング
Rを用いたFHIRの取り込みと変換の図解
無細胞DNA研究のためのインフォマティクスツール
ゲノム間隔ツールの比較:ゲノムおよびエピゲノムデータセットに関する、自動化された、完全で再現性のある明確なレポートを提供
RNA構造体プロファイリングデータからの反応性の異なる領域の特定
epidecodeR: エピジェネティックおよびエピトランスクリプトーム制御のための機能探索ツール
16 S微生物データに関するデカルトプロットと分割テスト
不均一性誘起前処理ツール
eQTLデータの統合ベイズモデリング
マイクロバイオーム解析における絶対量のロバスト推論
IMPCデータベースからデータを取得します
TWASとコロカライゼーション解析の統合による遺伝子セットのエンリッチメント解析
ランドスケープ表現可視化インタフェース
筋エピジェネティック年齢検査
腫瘍サンプルと正常サンプルのスプライシングイベントの比較
パスウェイアソシエーション研究ツール(PAST)
DNA配列中のk-merの周期的な出現を同定するためのツールセット
ゲノム相互作用へのtidy動詞の拡張
空間トランスクリプトミクスデータを用いた関心領域の調査およびクロスリージョン解析の実行
rqt:遺伝子レベルのメタ分析のためのユーティリティ
相関性のある配列モチーフとマルチモチーフドメインの発見のためのサフィックス配列カーネルスムージング
散布図のハッチングパターンを作成
近い関係にある2つのBAMファイル間のSNV / Indelの違いを見つける
ベイズ因子計算を用いた空間トランスクリプトミクス前処理データにおけるLOHの証拠の評価
トランスクリプトームCUTteR
変分オートエンコーダを使用した遺伝子発現データのサンプルの生成
Viral Evolution ReconStructiOn(VERSO)
xcore発現レギュレータ推論
Alabasterフレームワークのアンブレラ
BioconductorによるQuartoブックの作成、コンテナ化、出版、バージョン管理
単細胞免疫受容体レパートリーのデータ構造、クラスタリング、テスト(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)
遺伝子共発現の違い
生体外薬物反応アッセイと薬物タンパク質プロファイリングを統合した腫瘍特異的な癌依存性の推定
多値データの動的可視化ツール
シングルセルRNA-Seq細胞型発見における複製性の向上
遺伝子発現変動解析(GEVA)
graph-GPA: GWASの結果の優先順位付けと多面的アーキテクチャの調査のためのグラフモデル
遺伝子型帰属遺伝子セット濃縮解析
バイオマーカー候補選択のための統合された微分発現と微分ネットワーク解析の実装
反復クラスター法による微生物相の安定性評価
Microbial community dIversity and Network Analysis(微生物群集の多様性とネットワーク分析
モチーフやChIP-seq実験から結合部位を検出し、条件間で結合部位を比較することができます。
MSstatsQCパッケージ用のグラフィカルユーザーインターフェース
オンラインFDR管理
外れ値のタンパク質とリン酸のターゲット識別子
遺伝子セット濃縮解析のためのDGEとDGSのペアリング解析
アレイおよびNGSデータにおける稀な異常メチル化領域の検出
Reactome Graph Databaseのインターフェース
時間分解RNA-Seqデータの分析
SCFA:コンセンサス因子分析によるサブタイプ化
単一細胞のRNAシークエンシングデータから、細胞クラスター間の有意に活性化されたリガンド-受容体相互作用の同定
FFPE組織用NGSリードシミュレータ
scRNA-Seqデータにおける各細胞のパスウェイスコアを算出
イルミナのヒトメチル化による強度の可視化450k BeadChip
クロマチン相互作用データから濃縮されたモチーフペアの同定
遺伝子発現に関するまばらな部分相関
StarBioTrek
Summix Rパッケージ
10倍ゲノミクスからの130万マウスニューロンのscRNAシーケンスのオントロジー探査
Tomo-seqデータ解析のためのRパッケージ
TOP 遺伝子発現プラットフォーム間で互換性のあるモデルを構築
単一核RNA-seqデータからTotal RNA Expression Genesを発見するためのツール
qPCRデータにおける差次的発現を試験するための統一Wilcoxon-Mann Whitney検定
GDSバックエンドを使用したVCF / GDSデータ用のRangedSummarizedExperimentコンテナー
ネットワーク解析のための多重同重体質量タグ付けに基づく速度論データ
シングルセルRNA-seqの分類のために特徴的な遺伝子を選択するためのカテゴリーエンコーディング手法
共変量支援大規模複数テスト
免疫受容体レパートリーのクラスタリング
Strand-Seqデータを使用して早期構築ゲノムアセンブリを改善する
多変量相関推定量と統計的推論手順
発散:ベースラインに関して発散によってオミックスデータを評価するための機能
次世代シーケンシングプラットフォームでの多重実験で使用されるDNAバーコードの組み合わせを最適化するためのツール
機能的濃縮結果から生物学的ネットワークへ
MACSQuantify FACSデータの高速処理
重亜硫酸塩シークエンシングデータからのアンプリコンメチル化パターン分布の推定
ネットワークベースの患者分類器
アイソフォームの不均一性と曖昧さがある場合のトランスクリプトームエレメントの共局在化解析
単一細胞RNAシーケンシングデータの差異分布をモデル化および特定するための統計的フレームワーク
ssPATHS:単一サンプルPATHwayスコア
TNBC.CMS:TNBCコンセンサス分子サブタイプの予測
自動遺伝子発現用のRパッケージであるBgeeCallは世代を呼ぶ
CTexploreRの付属データ
GADGETS法を用いた核家族研究におけるmulti-snp効果を同定するためのRパッケージ
ExClusterはRNA-seqデータの2つの条件間で差次的に発現されたエクソンをロバストに検出するため、条件ごとに少なくとも2つの独立した生物学的複製が必要です
階層推論
異なるメチル化領域の検出のためのベイジアン隠れマルコフモデル
ILoReg: scRNA-Seqデータからの高分解能細胞集団同定ツール
パスウェイ解析関連パネル用iSEE拡張機能
アレル依存性発現の統合統計
遺伝子発現データからの遺伝子制御ネットワークの推論
遺伝暗号を維持したままmRNPコードを変更してスプライスサイトの使用法を変更する
ディープラーニングのフレームワークから遺伝子セットのスコアを計算する
RNA-Seqカウントマトリックスのロードとアノテーション
BiocParallelのバックエンドに「redis」を提供
RETROFIT:空間トランスクリプトミクスにおける細胞混合物の参照フリーデコンボリューション
Rfam データベースへの R インターフェース
「rifiComparative」は、2つの異なる条件のrifiの出力を比較
分類器を評価するための受信機動作特性部分面積指数
セマンティックMEDLINEデータベースへのインターフェース
ハイスループット生物学的スクリーニングを実行するためのパッケージ
セルフリーMeDIPのスパイクインキャリブレーション
surfaltrによる表面蛋白質アイソフォームの膜トポロジーの迅速な比較
古いシリアル化されたS4インスタンスの検索・修正
VarCon: SNVの隣接するヌクレオチドを検索するためのRパッケージ
タンパク質-タンパク質相互作用の重み付け
NGSデータ中のバリアント/遺伝子の接合性を予測するパッケージ
Terra/AnVILワークスペースに実装されたワークフローを実行
m6Aboost
メタゲノムの存在量と組成に基づくビン分け
トランスクリプトームクラスタリング自動解析のための機械学習ツール
バッチ構造を持つ高次元データのためのランダム回転法
希少バリアント遺伝子データのシミュレーション
シングルセルRNAシーケンシングデータのためのランク制約付き類似性学習
教師なしで腫瘍のサブセットで発現が低下している遺伝子の同定
ヌクレオチドの品質の再調整
ハイスループットなシーケンシングスクリーンにおけるリードのカウントについて
遺伝子ライブラリのナノポアリードから正確なコンセンサス配列を得る
トランスクリプトームデータのスプライシング多様性解析
ベンチマーク比較を実行するためのクラスと方法
減数分裂時の二本鎖切断修復の解析を自動化するRパッケージ
BrainFlowターゲットプローブシーケンスを選択するためのプロットと注釈
順序付けられたRNA配列実験における遺伝子またはイソ型発現変化を同定するためのベイズ分析
特徴選択のための高速相関ベースのフィルタ
Friedman-Rafsky検定を用いたクロスサンプル比較のためのフローサイトメトリーデータにおける細胞集団のマッピング
組織切片のFISH画像からDNAコピー数を定量化するためのポアソンモデル
Deep Generative Modelsによるタンパク質配列の生成
発現データとmiRNA標的結合情報の統合によるmiRNAスポンジモジュールの推論
ブースティングでサポートされるネットワーク分析
罰則付き一般化最小二乗モデルのフィット
PhenoGeneRanker: 遺伝子と表現型の優先順位付けツール
SQUADソフトウェアのアドオン
このパッケージは、遺伝子発現パターンの時系列および擬似時系列における方向性を発見する
biodbLipidmaps: Lipidmaps構造データベースに接続するためのライブラリ
セルハッシュとSNPを用いたscRNAseqの多重化解除
エピジェネティックデータセットの比較、ベンチマーク、QC
R情報対策の実施
個人レベルで摂動されたパスウェイを検出するiPathパイプライン
DNAメチル化データのモデルベース分析
アレイCGHコピー数プロファイリングへの部分最大事後アプローチ
クロスバリデーションによる変異シグネチャの数の選択
一般的なファイル形式を保存するラッパー
FARMS – ロバストマイクロアレイ要約のための因子分析
FeatSeekR 教師なし特徴選択のためのRパッケージ
DNAのアーベル群表現間の自動多型性を計算する
scRNA-Seqデータにおける集団レベルの表現
反復クラスタリング
腫瘍変異の合成致死性パートナーを予測する
マルチオミックスネットワークデータとSummay-Level GWASデータの統合
外挿戦略(RMA +)および外挿平均(RMA ++)メソッド用の関数セット。
Rによる密度による空間的細胞型相互相関
ゲノムリフトオーバーを実行するRパッケージ
EDIRデータベースで特定遺伝子を検索
インタラクティブなアプリケーションのための高速機能濃縮
原子遷移ネットワークにおける活性代謝モジュールの発見
gDRスイートの R パッケージのアンブレラパッケージ
差分発現の4wayプロット
ゲノム相互作用データのためのベン図
データ解析のいくつかの方法を含むcDNAマイクロアレイデータを扱うための機能
MICSQTL (Multi-omic deconvolution, Integration and Cell-type-specific Quantitative Trait Loci)
バルクとシングルセルの統合実験コンテナ
NIPALS法による多重共慣性解析
条件付き変分オートエンコーダを用いた分散分解のためのRパッケージ
集団特異的発現分析
RNA分解データの最尤減衰モデリング
変異ホットスポットに基づくターゲットシーケンスパネルデザイン
バシリスクとあられ
RangedSummarizedExperimentとしてのmiRmineデータベースからのmiRNA-seqデータセットを含むデータパッケージ
染色体に沿って、あるオミックスデータの他のオミックスデータへの影響をプロットする
NEUralネットワークベースのシングルセルアノテーションツール
がん配列からの遺伝的祖先の正確な推定
HilbertVisGUI
QTL要約統計とメタデータのためのS4クラス
CNVを含む領域の統計的解析
BioCartaパスウェイイメージ
候補ドライバー解析
CoRegNet:共同規制ネットワークの再構築と統合分析
RNA編集ツール
差次的発現のインタラクティブグラフ
クラスタリング偏差指数(CDI)
階層的エピトープpROtein biNding
miRNAスポンジ相互作用ネットワークとモジュールの同定と分析
プロテミックデータの品質管理
MSstatsによるLarge than Memoryデータの前処理
シングルセルRNA-seqデータを用いた局所的異数性細胞の推定
ゲノム機能のための対話型可視化
adverSCarial:敵対的攻撃に対するscRNA-seq分類器の脆弱性を生成・解析
IsoBayes:ベイズ解析による単一アイソフォームタンパク質推定法
RNAシーケンス研究における共変量データのインプット
回転に基づく遺伝子セット解析
フローサイトメトリーデータ解析パイプラインの可視化用GUI
マルチオミックス(タイムコース)ネットワークベースの統合と解釈
ミクロビオームデータの順列フィルタリング
CNVs Callingの結果を組み合わせ、分析し、解釈するための関数のフレームワーク
ATACシーケンスとメチル化アレイデータからのA / Bコンパートメント推論
インタラクティブなCRISPRスクリーニングの可視化、探索、比較、フィルタリングのためのShinyアプリケーション
フォールド固有のGO用語認識のためのパッケージ
無細胞DNAと白血球で観察された変異を生殖細胞系、造血細胞系、体細胞系に層別化
基本的なローカルアライメント検索ツールのRインターフェース
compSPOT:有意に変異したゲノムのホットスポットを同定・比較するツール
単細胞試料の比較のための表現型EMD
合成存在量をシミュレートするためのスパースデータ観測
Rによる熱シフト解析
メタゲノム読みのメタ分析は異なるコホートからのデータを数える
ハイブリッドとその子孫のRNA-seqデータの比較解析
マイクロRNAと遺伝子発現を統合してパスウェイの複雑性を解読する
PLSDAバッチ
LinuxのRでcollectlを使用して、Rプロセスのリソース消費量を測定するのに役立つ
RLSeq: R-loopマッピングデータの解析パッケージ
免疫遺伝子のアレルレベルと機能レベルを持つシングルセルデータのためのS4クラス
pythonサブサンプリング/スケッチアルゴリズム用Rインターフェース
マルチオミクスデータの統合的解析による制御ネットワークの推定
配列データ中の結合モチーフに関する主要なテストを実行
修正TF-IDFに基づくスコアリングとマーカー選択法
Bioconductorパッケージで長い検定を扱う
クリスプ・エププラス
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ
TNBC患者にプロパティを割り当てる
異なる遺伝子セット間の距離の定義と可視化
プロテアーゼマッピング
tidyomicsエコシステムの容易なインストールとロード
レトロウイルス統合パターン解析ツール(RIPAT)
スケーラブルな異常スプライシングと発現の検索
RでAlphaMissenseデータリソースにアクセスする
FDA有害事象報告システムのためのRインターフェース
RとShinyのためのスケーラブルでインタラクティブなゲノミクスデータ可視化のための文法ベースのツールキット
TidyverseにSpatialExperimentをもたらす
ClustAll:複雑な疾患における患者グループを見つけるためのデータ駆動型戦略
RNA-Seq結果の解析と解釈
有意に異なる変動性を有する経路を見出す方法
ProgenetixのRラッパー
smoothclust
宿主とウイルスのタンパク質間相互作用を予測するための事前学習された配列埋め込みに基づく深層学習フレームワーク
特徴ランキングのための影響点検出
ネイバーネット分析
がん精巣遺伝子の探索
dPeak (ChIP-seq解析におけるピークのデコンボリューション)
プログラムされたリボソームフレームシフトイベントをmRNA/cDNAから検出BLASTX出力
EBI MGnifyメタゲノミクスリソースへのRインターフェース
マスサイトメトリーデータにおけるスピルオーバー補正
木による階層的バッチ効果調整
Shynyを介してキュレーションされたCRISPR gRNAを探索
単一細胞エピゲノムデータからの遺伝子制御ネットワーク推定
igvShiny:Integrative Genomics Viewer(IGV-統合ゲノムデータの可視化と探索のための対話型ツール)のラッパー
iSEEインスタンス起動時の初期状態作成の効率化
細胞サイズスケールファクター正規化バルク・トランスクリプトミクス・デコンボリューション実験のためのフレームワーク
超並列フローサイトメトリーXplorer(MAPFX): 超並列サイトメトリー実験データ解析ツールボックス
非線形確率埋め込みによる一次元ソリ表現(OneSENSE)
関心のあるフィーチャーに関するゲノムカバレッジの抽出と集約
β値DNAメチル化データのメチル化部位と領域の同定のための隠れマルコフモデルアプローチ
異なる単一細胞サンプルからのクラスターの類似性をfoldchangesを用いて計算
コンセンサスによる差異存在解析
ツリー内の最適なシグナルレベルを見つけるアルゴリズム
10X Space RangerパイプラインからのVisiumデータのインポート
癌体細胞突然変異の包括的な濾過と選択のためのRパッケージ
腫瘍進行の計算モデリングのためのRインタフェース
差分データからのDEGとCREの確率的関連付け
プロット、微分、グラフ関数を追加したepiregulonのコンパニオンパッケージ
遺伝子同定マッパー
ASCA/APCAファミリーに基づく高次元設計データの線形モデリングのためのRパッケージ
プールされたRNA-Seqの突然変異マッピング分析パイプライン
モバイルRNA RNAモビロームと集団規模の変化を調べる
Term-SeqデータからのPEaksのポアソン同定
トポロジーデータ解析からMapperを用いた表現型の同定
空間トランスクリプトミクスデータにおける平均-分散関係への対応
空間的に変動する遺伝子を検出するための薄板モデル
バリアントのセットを使って参照配列のセットを修正する
何がベストかを探るためのより良い方法
細胞種特異的パワー評価
サイトメトリーサンプルの低次元投影
DNAメチル化データの欠損値推定
血統関数
シングルセルミトコンドリア変異解析ツール
空間的相互作用マーカー
表面タンパク質の予測と同定
BREW3Rに関連するRパッケージ
差分NOMe-seq解析
「ggtree」を用いた系統的空間の可視化
ヘリコバクター・ピロリゲノムの分類
3Dゲノム相互作用解析ツールセット
メチル化と転写活性が強く関連するゲノム領域の発見
遺伝子制御ネットワークと細胞間相互作用に導かれたマルチモダリティ単一細胞データのシミュレーション
simPIC:シングルセルATACシーケンスデータのペア挿入カウントの柔軟なシミュレーション
空間トランスクリプトミクスのための空間を考慮した品質管理
NGSトリオデータによる片親不分離の検出
DNAメチロームデータセットの機能解析
マルチステートQTLデータ解析のためのツールキット
マルチオミックス・データ統合
Damsel:DamIDのエンド・トゥ・エンド解析
水素重水素交換質量分析実験の品質管理用Rパッケージ
MOSt:頻繁に使用される有用な発現差関数
オービトラップ質量分析データを高速かつカラフルに表示