BioconductorのSoftwareパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日:2019/11/01
パッケージ数:1822

1. BiocGenerics
S4 generic functions used in Bioconductor
Bioconductorで使用されるS4汎用関数

2. IRanges
Foundation of integer range manipulation in Bioconductor
Bioconductorにおける整数範囲操作の基礎

3. Biobase
Biobase: Base functions for Bioconductor
バイオベース:バイオコンダクターのための基本機能

4. S4Vectors
Foundation of vector-like and list-like containers in Bioconductor
Bioconductorでのベクター型およびリスト型コンテナの基盤

5. BiocVersion
Set the appropriate version of Bioconductor packages
適切なバージョンのBioconductorパッケージを設定する

6. AnnotationDbi
Manipulation of SQLite-based annotations in Bioconductor
BioconductorでのSQLiteベースのアノテーションの操作

7. zlibbioc
An R packaged zlib-1.2.5
Rパッケージのzlib-1.2.5

8. BiocParallel
Bioconductor facilities for parallel evaluation
並行評価のための生体導体施設

9. XVector
Foundation of external vector representation and manipulation in Bioconductor
Bioconductorにおける外部ベクトル表現と操作の基礎

10. GenomeInfoDb
Utilities for manipulating chromosome names, including modifying them to follow a particular naming style
特定の命名スタイルに従うようにそれらを修正することを含む、染色体名を操作するためのユーティリティ

11. GenomicRanges
Representation and manipulation of genomic intervals
ゲノム間隔の表現と操作

12. limma
Linear Models for Microarray Data
マイクロアレイデータのための線形モデル

13. Biostrings
Efficient manipulation of biological strings
生物学的弦の効率的な操作

14. SummarizedExperiment
SummarizedExperiment container
SummerizedExperimentコンテナ

15. DelayedArray
A unified framework for working transparently with on-disk and in-memory array-like datasets
ディスク上およびメモリ内アレイのようなデータセットを透過的に扱うための統一されたフレームワーク

16. annotate
Annotation for microarrays
マイクロアレイのアノテーション

17. Rsamtools
Binary alignment (BAM), FASTA, variant call (BCF), and tabix file import
バイナリアライメント(BAM)、FASTA、バリアントコール(BCF)、およびtabixファイルのインポート

18. genefilter
genefilter: methods for filtering genes from high-throughput experiments
genefilter:ハイスループット実験から遺伝子をフィルタリングする方法

19. GenomicAlignments
Representation and manipulation of short genomic alignments
短いゲノムアラインメントの表現と操作

20. rtracklayer
R interface to genome annotation files and the UCSC genome browser
ゲノムアノテーションファイルとUCSCゲノムブラウザへのRインタフェース

21. biomaRt
Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl)
BioMartデータベース(Ensemblなど)へのインタフェース

22. GenomicFeatures
Conveniently import and query gene models
遺伝子モデルのインポートと照会に便利

23. graph
graph: A package to handle graph data structures
graph:グラフデータ構造を扱うためのパッケージ

24. edgeR
Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R
Rにおけるデジタル遺伝子発現データの経験的分析

25. DESeq2
Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
負の二項分布に基づく示差的遺伝子発現解析

26. geneplotter
Graphics related functions for Bioconductor
Bioconductor用グラフィック関連機能

27. preprocessCore
A collection of pre-processing functions
前処理機能のコレクション

28. Rhdf5lib
hdf5 library as an R package
Rパッケージとしてのhdf5ライブラリ

29. rhdf5
R Interface to HDF5
HDF5へのRインタフェース

30. RBGL
An interface to the BOOST graph library
BOOSTグラフライブラリへのインタフェース

31. qvalue
Q-value estimation for false discovery rate control
誤発見率制御のためのQ値推定

32. affyio
Tools for parsing Affymetrix data files
Affymetrixデータファイルを解析するためのツール

33. affy
Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays
Affymetrixオリゴヌクレオチドアレイのための方法

34. Rgraphviz
Provides plotting capabilities for R graph objects
Rグラフオブジェクトにプロット機能を提供

35. BSgenome
Software infrastructure for efficient representation of full genomes and their SNPs
全ゲノムとそのSNPを効率的に表現するためのソフトウェアインフラストラクチャ

36. multtest
Resampling-based multiple hypothesis testing
リサンプリングベースの多重仮説検定

37. VariantAnnotation
Annotation of Genetic Variants
遺伝的変異のアノテーション

38. impute
impute: Imputation for microarray data
impute:マイクロアレイデータへの代入

39. ensembldb
Utilities to create and use Ensembl-based annotation databases
Ensemblベースのアノテーションデータベースを作成して使用するためのユーティリティ

40. GEOquery
Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
NCBI遺伝子発現オムニバス(GEO)からデータを取得する

41. ProtGenerics
S4 generic functions for Bioconductor proteomics infrastructure
バイオコンダクタープロテオミクスインフラストラクチャのためのS4一般的機能

42. DOSE
Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis
疾患オントロジー意味論および濃縮分析

43. fgsea
Fast Gene Set Enrichment Analysis
高速遺伝子セット濃縮分析

44. ShortRead
FASTQ input and manipulation
FASTQの入力と操作

45. clusterProfiler
statistical analysis and visualization of functional profiles for genes and gene clusters
遺伝子および遺伝子クラスターの機能的プロファイルの統計分析および可視化

46. sva
Surrogate Variable Analysis
代理変数分析

47. Rhtslib
HTSlib high-throughput sequencing library as an R package
RパッケージとしてのHTSlibハイスループットシーケンスライブラリ

48. GOSemSim
GO-terms Semantic Similarity Measures
GO用語の意味的類似度

49. AnnotationFilter
Facilities for Filtering Bioconductor Annotation Resources
バイオコンダクターの注釈リソースをフィルタリングするための機能

50. GSEABase
Gene set enrichment data structures and methods
遺伝子セット濃縮データ構造および方法

51. DESeq
Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
負の二項分布に基づく示差的遺伝子発現解析

52. enrichplot
Visualization of Functional Enrichment Result
機能強化結果の可視化

53. ComplexHeatmap
Make Complex Heatmaps
複雑なヒートマップを作成する

54. biovizBase
Basic graphic utilities for visualization of genomic data.
ゲノムデータの視覚化のための基本的なグラフィックユーティリティ

55. HDF5Array
HDF5 backend for DelayedArray objects
DelayedArrayオブジェクト用のHDF5バックエンド

56. AnnotationHub
Client to access AnnotationHub resources
AnnotationHubリソースにアクセスするためのクライアント

57. KEGGREST
Client-side REST access to KEGG
KEGGへのクライアントサイドRESTアクセス

58. DelayedMatrixStats
Functions that Apply to Rows and Columns of ‘DelayedMatrix’ Objects
‘DelayedMatrix’オブジェクトの行と列に適用される関数

59. vsn
Variance stabilization and calibration for microarray data
マイクロアレイデータのための分散安定化および較正

60. Gviz
Plotting data and annotation information along genomic coordinates
ゲノム座標に沿ってデータと注釈情報をプロットする

61. phyloseq
Handling and analysis of high-throughput microbiome census data
ハイスループットミクロバイオーム国勢調査データの取り扱いと分析

62. pathview
a tool set for pathway based data integration and visualization
経路ベースのデータ統合と可視化のためのツールセット

63. Category
Category Analysis
カテゴリー分析

64. interactiveDisplayBase
Base package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするための基本パッケージ

65. KEGGgraph
KEGGgraph: A graph approach to KEGG PATHWAY in R and Bioconductor
KEGGgraph:RとBioconductorにおけるKEGG PATHWAYへのグラフアプローチ

66. biomformat
An interface package for the BIOM file format
BIOMファイルフォーマット用のインターフェースパッケージ

67. SingleCellExperiment
S4 Classes for Single Cell Data
単一セルデータ用のS4クラス

68. pcaMethods
A collection of PCA methods
PCAメソッドのコレクション

69. AnnotationForge
Tools for building SQLite-based annotation data packages
SQLiteベースのアノテーションデータパッケージを構築するためのツール

70. illuminaio
Parsing Illumina Microarray Output Files
Illumina Microarrayの出力ファイルの解析

71. aroma.light
Light-Weight Methods for Normalization and Visualization of Microarray Data using Only Basic R Data Types
基本Rデータ型のみを用いたマイクロアレイデータの正規化と可視化のための軽量法

72. topGO
Enrichment Analysis for Gene Ontology
遺伝子オントロジーの濃縮解析

73. GOstats
Tools for manipulating GO and microarrays
GOとマイクロアレイを操作するためのツール

74. EDASeq
Exploratory Data Analysis and Normalization for RNA-Seq
RNA-Seqの探索的データ解析と正規化

75. tximport
Import and summarize transcript-level estimates for transcript- and gene-level analysis
転写産物および遺伝子レベルの解析のための転写産物レベルの推定値のインポートと要約

76. DNAcopy
DNA copy number data analysis
DNAコピー数データ解析

77. OrganismDbi
Software to enable the smooth interfacing of different database packages
異なるデータベースパッケージの円滑なインターフェースを可能にするソフトウェア

78. beachmat
Compiling Bioconductor to Handle Each Matrix Type
各マトリックスタイプを処理するための生体導体のコンパイル

79. ConsensusClusterPlus
ConsensusClusterPlus
合意クラスターClusterPlus

80. BiocStyle
Standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
ビネットやその他のBioconductor文書の標準スタイル

81. scater
Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
Rにおける遺伝子発現データのための単一細胞分析ツールキット

82. EBImage
Image processing and analysis toolbox for R
R用の画像処理および解析ツールボックス

83. minfi
Analyze Illumina Infinium DNA methylation arrays
Illumina Infinium DNAメチル化アレイの分析

84. siggenes
Multiple Testing using SAM and Efron’s Empirical Bayes Approaches
SAMとEfronの経験的ベイズアプローチを使用した多重テスト

85. biocViews
Categorized views of R package repositories
Rパッケージリポジトリのカテゴリー別ビュー

86. bumphunter
Bump Hunter
バンプハンター

87. ggtree
an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data
系統樹の共変量および他の関連データを用いた系統樹の視覚化および注釈付けのためのRパッケージ

88. gcrma
Background Adjustment Using Sequence Information
シーケンス情報を用いた背景調整

89. ggbio
Visualization tools for genomic data
ゲノムデータの可視化ツール

90. oligoClasses
Classes for high-throughput arrays supported by oligo and crlmm
oligoとcrlmmでサポートされているハイスループットアレイ用のクラス

91. TCGAbiolinks
TCGAbiolinks: An R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data
TCGA biolinks:GDCデータを用いた統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

92. monocle
Clustering, differential expression, and trajectory analysis for single- cell RNA-Seq
単細胞RNA-Seqのクラスタリング、差次的発現、および軌跡分析

93. oligo
Preprocessing tools for oligonucleotide arrays
オリゴヌクレオチドアレイ用の前処理ツール

94. affxparser
Affymetrix File Parsing SDK
Affymetrixファイル解析SDK

95. mzR
parser for netCDF, mzXML, mzData and mzML and mzIdentML files (mass spectrometry data)
netCDF、mzXML、mzData、mzML、およびmzIdentMLファイル(質量分析データ)のパーサー

96. treeio
Base Classes and Functions for Phylogenetic Tree Input and Output
系統樹入力と出力のための基本クラスと関数

97. BiocFileCache
Manage Files Across Sessions
セッション間でファイルを管理する

98. MSnbase
Base Functions and Classes for Mass Spectrometry and Proteomics
質量分析とプロテオミクスの基本関数とクラス

99. flowCore
flowCore: Basic structures for flow cytometry data
flowCore:フローサイトメトリーデータの基本構造

100. marray
Exploratory analysis for two-color spotted microarray data
二色斑点マイクロアレイデータの探索的解析

101. mzID
An mzIdentML parser for R
R用のmzIdentMLパーサー

102. affyPLM
Methods for fitting probe-level models
プローブレベルモデルの近似方法

103. graphite
GRAPH Interaction from pathway Topological Environment
経路トポロジー環境からのGRAPH相互作用

104. scran
Methods for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
単細胞RNA-Seqデータ解析のための方法

105. dada2
Accurate, high-resolution sample inference from amplicon sequencing data
アンプリコンシークエンシングデータからの正確で高分解能のサンプル推論

106. apeglm
Approximate posterior estimation for GLM coefficients
GLM係数に対する近似事後推定

107. Rsubread
Subread Sequence Alignment and Counting for R
Rに対するサブブレッド配列アラインメントおよびカウント

108. snpStats
SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods
SnpMatrixとXSnpMatrixのクラスとメソッド

109. mixOmics
Omics Data Integration Project
オミックスデータ統合プロジェクト

110. BiocNeighbors
Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
バイオコンダクタパッケージの最近傍検出

111. seqLogo
Sequence logos for DNA sequence alignments
DNA配列アラインメントのための配列ロゴ

112. maftools
Summarize, Analyze and Visualize MAF Files
MAFファイルの要約、分析、および視覚化

113. ExperimentHub
Client to access ExperimentHub resources
ExperimentHubリソースにアクセスするためのクライアント

114. gdsfmt
R Interface to CoreArray Genomic Data Structure (GDS) Files
CoreArrayゲノムデータ構造(GDS)ファイルへのRインターフェース

115. methylumi
Handle Illumina methylation data
Illuminaのメチル化データを処理する

116. xcms
LC/MS and GC/MS Data Analysis
LC / MSおよびGC / MSデータ分析

117. regioneR
Association analysis of genomic regions based on permutation tests
順列検定に基づくゲノム領域の関連解析

118. GSVA
Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data
マイクロアレイおよびRNA配列データのための遺伝子セット変動分析

119. goseq
Gene Ontology analyser for RNA-seq and other length biased data
RNA配列および他の長さの偏りのあるデータのための遺伝子オントロジーアナライザー

120. MassSpecWavelet
Mass spectrum processing by wavelet-based algorithms
ウェーブレットベースのアルゴリズムによる質量スペクトル処理

121. ReportingTools
Tools for making reports in various formats
さまざまな形式でレポートを作成するためのツール

122. ReactomePA
Reactome Pathway Analysis
Reactome Pathway Analysis

123. DECIPHER
Tools for curating, analyzing, and manipulating biological sequences
生物学的配列をキュレーション、分析、および操作するためのツール

124. ChIPseeker
ChIPseeker for ChIP peak Annotation, Comparison, and Visualization
ChIPピークの注釈、比較、および視覚化のためのChIPseeker

125. lumi
BeadArray Specific Methods for Illumina Methylation and Expression Microarrays
イルミナメチル化および発現マイクロアレイのためのBeadArray特異的方法

126. MultiAssayExperiment
Software for the integration of multi-omics experiments in Bioconductor
Bioconductorでマルチオミックス実験を統合するためのソフトウェア

127. systemPipeR
systemPipeR: NGS workflow and report generation environment
systemPipeR:NGSのワークフローとレポート作成環境

128. SNPRelate
Parallel Computing Toolset for Relatedness and Principal Component Analysis of SNP Data
SNPデータの関連性と主成分分析のための並列計算ツールセット

129. gage
Generally Applicable Gene-set Enrichment for Pathway Analysis
経路解析に一般的に適用可能な遺伝子セット濃縮

130. globaltest
Testing Groups of Covariates/Features for Association with a Response Variable, with Applications to Gene Set Testing
応答変数との関連付けのための共変量/特徴のグループのテスト、遺伝子セットテストへの応用

131. ballgown
Flexible, isoform-level differential expression analysis
柔軟なアイソフォームレベルの差次的発現分析

132. ROC
utilities for ROC, with uarray focus
uarrayに焦点を当てたROC用ユーティリティ

133. Glimma
Interactive HTML graphics
インタラクティブHTMLグラフィック

134. bsseq
Analyze, manage and store bisulfite sequencing data
バイサルファイトシーケンスデータの分析、管理、保存

135. RUVSeq
Remove Unwanted Variation from RNA-Seq Data
RNA-Seqデータから不要な変動を取り除く

136. ChIPpeakAnno
Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq, ChIP-chip experiments or any experiments resulted in large number of chromosome ranges
ChIP-seq、ChIP-chip実験またはあらゆる実験から同定されたピークのバッチ注釈

137. destiny
Creates diffusion maps
拡散マップを作成します

138. DSS
Dispersion shrinkage for sequencing data
シーケンスデータの分散収縮

139. msa
Multiple Sequence Alignment
多重配列アライメント

140. GenomicFiles
Distributed computing by file or by range
ファイルまたは範囲による分散コンピューティング

141. simpleaffy
Very simple high level analysis of Affymetrix data
Affymetrixデータの非常に単純な高レベル分析

142. DEXSeq
Inference of differential exon usage in RNA-Seq
RNA-Seqにおける異なるエクソン用法の推論

143. flowUtils
Utilities for flow cytometry
フローサイトメトリーのためのユーティリティ

144. flowViz
Visualization for flow cytometry
フローサイトメトリーのための可視化

145. IHW
Independent Hypothesis Weighting
独立仮説の重み付け

146. FlowSOM
Using self-organizing maps for visualization and interpretation of cytometry data
サイトメトリーデータの可視化と解釈のための自己組織化マップの使用

147. beadarray
Quality assessment and low-level analysis for Illumina BeadArray data
Illumina BeadArrayデータの品質評価と低レベル分析

148. DiffBind
Differential Binding Analysis of ChIP-Seq Peak Data
ChIP-Seqピークデータの微分結合解析

149. lpsymphony
Symphony integer linear programming solver in R
Rにおける交響整数線形計画法ソルバー

150. cummeRbund
Analysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks high-throughput sequencing data.
カフスリンクのハイスループットシークエンシングデータの分析、探査、操作、および視覚化。

151. BeadDataPackR
Compression of Illumina BeadArray data
Illumina BeadArrayデータの圧縮

152. MAST
Model-based Analysis of Single Cell Transcriptomics
単細胞トランスクリプトミクスのモデルベース分析

153. missMethyl
Analysing Illumina HumanMethylation BeadChip Data
Illuminaヒューマンメチル化BeadChipデータの分析

154. GenomicDataCommons
NIH / NCI Genomic Data Commons Access
NIH / NCIゲノムデータコモンズへのアクセス

155. fastseg
fastseg – a fast segmentation algorithm
fastseg – 高速セグメンテーションアルゴリズム

156. BiocSingular
Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages
バイオコンダクタパッケージのための特異値分解

157. NOISeq
Exploratory analysis and differential expression for RNA-seq data
RNA-seqデータの探索的解析と差次的発現

158. wateRmelon
Illumina 450 methylation array normalization and metrics
Illumina 450メチル化アレイの正規化と測定基準

159. DirichletMultinomial
Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data
ミクロバイオームデータのためのDirichlet‐多項混合モデル機械学習

160. metagenomeSeq
Statistical analysis for sparse high-throughput sequencing
スパースハイスループットシーケンシングのための統計解析

161. sesame
Tools For Analyzing Illumina Infinium DNA Methylation Arrays
Illumina Infinium DNAメチル化アレイを分析するためのツール

162. flowWorkspace
Infrastructure for representing and interacting with gated and ungated cytometry data sets.
ゲート付きおよびゲートなしのサイトメトリーデータセットを表現し、それと相互作用するためのインフラストラクチャ。

163. DynDoc
Dynamic document tools
動的文書ツール

164. DMRcate
Methylation array and sequencing spatial analysis methods
メチル化アレイおよび配列空間分析法

165. minet
Mutual Information NETworks
相互情報ネットワーク

166. zinbwave
Zero-Inflated Negative Binomial Model for RNA-Seq Data
RNA ‐ Seqデータのためのゼロ膨張負二項モデル

167. widgetTools
Creates an interactive tcltk widget
インタラクティブなtcltkウィジェットを作成します

168. DropletUtils
Utilities for Handling Single-Cell Droplet Data
単セル液滴データを処理するためのユーティリティ

169. EnhancedVolcano
Publication-ready volcano plots with enhanced colouring and labeling
着色とラベル付けが強化された出版準備済みの火山プロット

170. Heatplus
Heatmaps with row and/or column covariates and colored clusters
行または列、あるいはその両方の共変量とカラークラスタを使ったヒートマップ

171. ncdfFlow
ncdfFlow: A package that provides HDF5 based storage for flow cytometry data.
ncdfFlow:フローサイトメトリーデータ用のHDF5ベースのストレージを提供するパッケージ。

172. tkWidgets
R based tk widgets
Rベースのtkウィジェット

173. EBSeq
An R package for gene and isoform differential expression analysis of RNA-seq data
RNA-seqデータの遺伝子およびアイソフォームの差次的発現分析のためのRパッケージ

174. RTCGA
The Cancer Genome Atlas Data Integration
癌ゲノムアトラスデータ統合

175. survcomp
Performance Assessment and Comparison for Survival Analysis
生存分析のための性能評価と比較

176. CAMERA
Collection of annotation related methods for mass spectrometry data
質量分析データのための注釈関連方法の収集

177. rGADEM
de novo motif discovery
新しいモチーフの発見

178. methylKit
DNA methylation analysis from high-throughput bisulfite sequencing results
ハイスループットバイサルファイトシークエンシング結果からのDNAメチル化分析

179. ChAMP
Chip Analysis Methylation Pipeline for Illumina HumanMethylation450 and EPIC
イルミナのHuman Metthyl450とEPICのチップ分析メチル化パイプライン

180. SC3
Single-Cell Consensus Clustering
シングルセルコンセンサスクラスタリング

181. ArrayExpress
Access the ArrayExpress Microarray Database at EBI and build Bioconductor data structures: ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
EBIのArrayExpress Microarray Databaseにアクセスして、Bioconductorデータ構造を作成します。ExpressionSet、AffyBatch、NChannelSet

182. cytolib
C++ infrastructure for representing and interacting with the gated cytometry
ゲーテッドサイトメトリーを表現し相互作用するためのC ++基盤

183. RaggedExperiment
Representation of Sparse Experiments and Assays Across Samples
サンプル間のスパース実験とアッセイの表現

184. SPIA
Signaling Pathway Impact Analysis (SPIA) using combined evidence of pathway over-representation and unusual signaling perturbations
経路過剰表現と異常なシグナリング摂動の複合証拠を用いたシグナリング経路影響分析(SPIA)

185. arrayQualityMetrics
Quality metrics report for microarray data sets
マイクロアレイデータセットの品質メトリクスレポート

186. TFBSTools
Software Package for Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
転写因子結合部位(TFBS)解析用ソフトウェアパッケージ

187. baySeq
Empirical Bayesian analysis of patterns of differential expression in count data
カウントデータにおける差次的発現パターンの経験的ベイズ分析

188. microbiome
Microbiome Analytics
ミクロバイオーム分析

189. SRAdb
A compilation of metadata from NCBI SRA and tools
NCBI SRAとツールからのメタデータの編集

190. annaffy
Annotation tools for Affymetrix biological metadata
Affymetrixの生物学的メタデータのための注釈ツール

191. CNEr
CNE Detection and Visualization
CNEの検出と可視化

192. STRINGdb
STRINGdb (Search Tool for the Retrieval of Interacting proteins database)
STRINGdb(相互作用蛋白質データベース検索用検索ツール)

193. RProtoBufLib
C++ headers and static libraries of Protocol buffers
プロトコルバッファのC ++ヘッダとスタティックライブラリ

194. chipseq
chipseq: A package for analyzing chipseq data
chipseq:chipseqデータを分析するためのパッケージ

195. RTCGAToolbox
A new tool for exporting TCGA Firehose data
TCGA Firehoseデータをエクスポートするための新しいツール

196. ropls
PCA, PLS(-DA) and OPLS(-DA) for multivariate analysis and feature selection of omics data
多変量解析およびオミックスデータの特徴選択のためのPCA、PLS(-DA)およびOPLS(-DA)

197. RCy3
Functions to Access and Control Cytoscape
Cytoscapeにアクセスして制御するための関数

198. TCGAutils
TCGA utility functions for data management
データ管理用のTCGAユーティリティ関数

199. MotIV
Motif Identification and Validation
モチーフの同定と検証

200. ChemmineR
Cheminformatics Toolkit for R
R用のCheminformaticsツールキット

201. karyoploteR
Plot customizable linear genomes displaying arbitrary data
カスタマイズ可能な線形ゲノムをプロットして任意のデータを表示

202. bamsignals
Extract read count signals from bam files
BAMファイルから読み取りカウント信号を抽出する

203. SeqArray
Data Management of Large-scale Whole-genome Sequence Variant Calls
大規模全ゲノム配列変異体呼び出しのデータ管理

204. derfinder
Annotation-agnostic differential expression analysis of RNA-seq data at base-pair resolution via the DER Finder approach
DER Finderアプローチによる塩基対分解能でのRNA配列データのアノテーションにとらわれない示差的発現分析

205. motifStack
Plot stacked logos for single or multiple DNA, RNA and amino acid sequence
単一または複数のDNA、RNA、アミノ酸配列の積み重ねロゴをプロット

206. FEM
Identification of Functional Epigenetic Modules
機能的エピジェネティックモジュールの同定

207. safe
Significance Analysis of Function and Expression
機能と発現の有意性分析

208. AUCell
AUCell: Analysis of ‘gene set’ activity in single-cell RNA-seq data (e.g. identify cells with specific gene signatures)
AUCell:単一細胞RNA配列データ中の「遺伝子セット」活性の分析(例えば、特定の遺伝子シグネチャーを有する細胞の同定)

209. affycoretools
Functions useful for those doing repetitive analyses with Affymetrix GeneChips
Affymetrix GeneChipで繰り返し解析をする人にとって便利な機能

210. derfinderHelper
derfinder helper package
derfinderヘルパーパッケージ

211. quantsmooth
Quantile smoothing and genomic visualization of array data
配列データの分位平滑化とゲノム可視化

212. MLInterfaces
Uniform interfaces to R machine learning procedures for data in Bioconductor containers
Bioconductorコンテナ内のデータに対するR機械学習手順への統一インタフェース

213. RDAVIDWebService
An R Package for retrieving data from DAVID into R objects using Web Services API.
WebサービスAPIを使用してDAVIDからRオブジェクトにデータを取得するためのRパッケージ。

214. scde
Single Cell Differential Expression
単細胞ディファレンシャル発現

215. RankProd
Rank Product method for identifying differentially expressed genes with application in meta-analysis
メタアナリシスに応用した差次的に発現された遺伝子を同定するためのランクプロダクト法

216. ggcyto
Visualize Cytometry data with ggplot
ggplotでサイトメトリーデータを視覚化

217. recount
Explore and download data from the recount project
recountプロジェクトからデータを調べてダウンロードする

218. ELMER
Inferring Regulatory Element Landscapes and Transcription Factor Networks Using Cancer Methylomes
癌メチロームを用いた調節要素ランドスケープおよび転写因子ネットワークの推論

219. clusterExperiment
Compare Clusterings for Single-Cell Sequencing
シングルセルシーケンスのためのクラスタリングの比較

220. flowClust
Clustering for Flow Cytometry
フローサイトメトリーのためのクラスタリング

221. GWASTools
Tools for Genome Wide Association Studies
ゲノムワイド関連研究のためのツール

222. flowStats
Statistical methods for the analysis of flow cytometry data
フローサイトメトリーデータ解析のための統計的方法

223. made4
Multivariate analysis of microarray data using ADE4
ADE4を用いたマイクロアレイデータの多変量解析

224. mygene
Access MyGene.Info_ services
MyGene.Info_サービスにアクセスする

225. GENIE3
GEne Network Inference with Ensemble of trees
木のアンサンブルによるGEneネットワーク推論

226. SeqVarTools
Tools for variant data
バリアントデータ用のツール

227. pcaExplorer
Interactive Visualization of RNA-seq Data Using a Principal Components Approach
主成分分析法を用いたRNAシーケンスデータの対話型可視化

228. SSPA
General Sample Size and Power Analysis for Microarray and Next-Generation Sequencing Data
マイクロアレイおよび次世代シーケンスデータのための一般的なサンプルサイズおよび検出力分析

229. GenVisR
Genomic Visualizations in R
Rのゲノム可視化

230. genomation
Summary, annotation and visualization of genomic data
ゲノムデータの要約、注釈および視覚化

231. seqPattern
Visualising oligonucleotide patterns and motif occurrences across a set of sorted sequences
一連の分類された配列にわたるオリゴヌクレオチドパターンおよびモチーフの出現を可視化する

232. piano
Platform for integrative analysis of omics data
オミックスデータの統合分析のためのプラットフォーム

233. MotifDb
An Annotated Collection of Protein-DNA Binding Sequence Motifs
蛋白質‐DNA結合配列モチーフの注釈付きコレクション

234. Organism.dplyr
dplyr-based Access to Bioconductor Annotation Resources
バイオコンダクターアノテーションリソースへのdplyrベースのアクセス

235. AIMS
AIMS : Absolute Assignment of Breast Cancer Intrinsic Molecular Subtype
AIMS:乳がんの内因性分子サブタイプの絶対割り当て

236. pRoloc
A unifying bioinformatics framework for spatial proteomics
空間プロテオミクスのための統一バイオインフォマティクスフレームワーク

237. openCyto
Hierarchical Gating Pipeline for flow cytometry data
フローサイトメトリーデータ用の階層的ゲートパイプライン

238. InteractionSet
Base Classes for Storing Genomic Interaction Data
ゲノム相互作用データを格納するための基本クラス

239. rpx
R Interface to the ProteomeXchange Repository
ProteomeXchangeリポジトリへのRインタフェース

240. DEGseq
Identify Differentially Expressed Genes from RNA-seq data
RNA配列データから差次的に発現される遺伝子を同定する

241. GlobalAncova
Global test for groups of variables via model comparisons
モデル比較による変数グループの大域検定

242. RcisTarget
RcisTarget: Identify transcription factor binding motifs enriched on a gene list
RcisTarget:遺伝子リストに富む転写因子結合モチーフを同定する

243. Sushi
Tools for visualizing genomics data
ゲノミクスデータを視覚化するためのツール

244. rols
An R interface to the Ontology Lookup Service
オントロジー検索サービスへのRインターフェース

245. MSstats
Protein Significance Analysis in DDA, SRM and DIA for Label-free or Label-based Proteomics Experiments
無標識または標識ベースのプロテオミクス実験のためのDDA、SRMおよびDIAにおけるタンパク質有意性分析

246. Rbowtie
R bowtie wrapper
Rボウタイラッパー

247. Mfuzz
Soft clustering of time series gene expression data
時系列遺伝子発現データのソフトクラスタリング

248. Rdisop
Decomposition of Isotopic Patterns
同位体パターンの分解

249. ctc
Cluster and Tree Conversion.
クラスタとツリーの変換

250. EnrichmentBrowser
Seamless navigation through combined results of set-based and network-based enrichment analysis
セットベースおよびネットワークベースの濃縮分析の結果を組み合わせたシームレスなナビゲーション

251. supraHex
supraHex: a supra-hexagonal map for analysing tabular omics data
supraHex:表形式のオミクスデータを分析するための超六角形マップ

252. prada
Data analysis for cell-based functional assays
細胞ベースの機能アッセイのためのデータ解析

253. QuasR
Quantify and Annotate Short Reads in R
Rでの短い読み取りの数量化と注釈付け

254. copynumber
Segmentation of single- and multi-track copy number data by penalized least squares regression.
ペナルティ付き最小二乗回帰による単一および複数トラックコピー数データのセグメンテーション

255. genefu
Computation of Gene Expression-Based Signatures in Breast Cancer
乳癌における遺伝子発現に基づくサインの計算

256. Icens
NPMLE for Censored and Truncated Data
打ち切りおよび打ち切りデータ用のNPMLE

257. BiocCheck
Bioconductor-specific package checks
バイオコンダクター固有のパッケージチェック

258. maSigPro
Significant Gene Expression Profile Differences in Time Course Gene Expression Data
経時的遺伝子発現データにおける有意な遺伝子発現プロファイルの違い

259. ReadqPCR
Read qPCR data
qPCRデータを読み込む

260. UniProt.ws
R Interface to UniProt Web Services
UniProt WebサービスへのRインタフェース

261. LEA
LEA: an R package for Landscape and Ecological Association Studies
LEA:景観および生態学的関連研究のためのRパッケージ

262. GenomicScores
Infrastructure to work with genomewide position-specific scores
ゲノムワイドな位置特異的スコアを扱うための基盤

263. NormqPCR
Functions for normalisation of RT-qPCR data
RT-qPCRデータの正規化機能

264. RnBeads
RnBeads
RnBeads

265. ChIPQC
Quality metrics for ChIPseq data
ChIPseqデータの品質指標

266. Ringo
R Investigation of ChIP-chip Oligoarrays
ChIPチップオリゴアレイの研究

267. motifmatchr
Fast Motif Matching in R
Rでの高速モチーフマッチング

268. GDCRNATools
GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC
GDCRNATools:GDCでのlncRNA、mRNA、およびmiRNAデータの統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

269. ALDEx2
Analysis Of Differential Abundance Taking Sample Variation Into Account
サンプル変動を考慮に入れた微分存在量の分析

270. qusage
qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
qusage:遺伝子発現のための定量的集合分析

271. affyQCReport
QC Report Generation for affyBatch objects
affyBatchオブジェクトのQCレポート生成

272. csaw
ChIP-Seq Analysis with Windows
WindowsによるChIP-Seq解析

273. DRIMSeq
Differential transcript usage and tuQTL analyses with Dirichlet-multinomial model in RNA-seq
RNA配列におけるDirichlet多項モデルを用いた示差転写産物使用法およびtuQTL分析

274. singscore
Rank-based single-sample gene set scoring method
ランクベースの単一サンプル遺伝子セット採点法

275. splatter
Simple Simulation of Single-cell RNA Sequencing Data
シングルセルRNAシーケンスデータの簡単なシミュレーション

276. BioNet
Routines for the functional analysis of biological networks
生物学的ネットワークの機能解析のためのルーチン

277. exomeCopy
Copy number variant detection from exome sequencing read depth
エキソーム配列読み取り深度からのコピー数変異検出

278. GEOmetadb
A compilation of metadata from NCBI GEO
NCBI GEOからのメタデータの編集

279. gwascat
representing and modeling data in the EMBL-EBI GWAS catalog
EMBL-EBI GWASカタログのデータの表現とモデリング

280. trackViewer
A R/Bioconductor package with web interface for drawing elegant interactive tracks or lollipop plot to facilitate integrated analysis of multi-omics data
マルチオミックスデータの統合分析を容易にするためにエレガントなインタラクティブなトラックやロリポッププロットを描画するためのWebインターフェースを備えたR / Bioconductorパッケージ

281. DEGreport
Report of DEG analysis
DEG分析レポート

282. DEP
Differential Enrichment analysis of Proteomics data
プロテオミクスデータの示差濃縮分析

283. TCC
TCC: Differential expression analysis for tag count data with robust normalization strategies
TCC:ロバスト正規化戦略によるタグカウントデータのための示差発現分析

284. EGSEA
Ensemble of Gene Set Enrichment Analyses
遺伝子セット濃縮解析のアンサンブル

285. hpar
Human Protein Atlas in R
Rにおけるヒトタンパク質アトラス

286. biocGraph
Graph examples and use cases in Bioinformatics
バイオインフォマティクスのグラフ例と使用例

287. CGHbase
CGHbase: Base functions and classes for arrayCGH data analysis.
CGHbase:arrayCGHデータ解析のための基本関数とクラス

288. annotatr
Annotation of Genomic Regions to Genomic Annotations
ゲノムアノテーションへのゲノムリージョンのアノテーション

289. slingshot
Tools for ordering single-cell sequencing
シングルセルシーケンスを注文するためのツール

290. cellHTS2
Analysis of cell-based screens – revised version of cellHTS
セルベーススクリーンの分析 – cellHTSの改訂版

291. flowAI
Automatic and interactive quality control for flow cytometry data
フローサイトメトリーデータのための自動およびインタラクティブな品質管理

292. bioDist
Different distance measures
さまざまな距離測定

293. GeneOverlap
Test and visualize gene overlaps
重複遺伝子のテストと可視化

294. sangerseqR
Tools for Sanger Sequencing Data in R
Rのサンガーシーケンスデータ用ツール

295. viper
Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis
濃縮レギュロン分析によるタンパク質活性の仮想推論

296. gQTLstats
gQTLstats: computationally efficient analysis for eQTL and allied studies
gQTLstats:eQTLとその関連研究のための計算効率の良い解析

297. Repitools
Epigenomic tools
エピゲノムツール

298. SNPchip
Visualizations for copy number alterations
コピー数変更の視覚化

299. GLAD
Gain and Loss Analysis of DNA
DNAの損益分析

300. PGSEA
Parametric Gene Set Enrichment Analysis
パラメトリック遺伝子セット濃縮解析

301. ATACseqQC
ATAC-seq Quality Control
ATAC-seq品質管理

302. hopach
Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid (HOPACH)
階層的順序分割と折りたたみハイブリッド(HOPACH)

303. M3Drop
Michaelis-Menten Modelling of Dropouts in single-cell RNASeq
単一細胞RNASeqにおけるドロップアウトのミカエリス – メンテンモデリング

304. MSGFplus
An interface between R and MS-GF+
RとMS-GF +の間のインターフェース

305. cqn
Conditional quantile normalization
条件付き分位点正規化

306. OmicCircos
High-quality circular visualization of omics data
オミックスデータの高品質な円形可視化

307. MutationalPatterns
Comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
突然変異プロセスの包括的なゲノムワイド解析

308. DEFormats
Differential gene expression data formats converter
差次的遺伝子発現データフォーマットコンバータ

309. PADOG
Pathway Analysis with Down-weighting of Overlapping Genes (PADOG)
重複遺伝子の重み付けを下げた経路解析(PADOG)

310. HilbertVis
Hilbert curve visualization
ヒルベルト曲線の可視化

311. CATALYST
Cytometry dATa anALYSis Tools
サイトメトリーデータ分析ツール

312. genomeIntervals
Operations on genomic intervals
ゲノム間隔に対する操作

313. CGHcall
Calling aberrations for array CGH tumor profiles.
アレイCGH腫ようプロファイルのための呼び出し異常

314. GenomeGraphs
Plotting genomic information from Ensembl
Ensemblからのゲノム情報のプロット

315. debrowser
Interactive Differential Expresion Analysis Browser
対話型微分表現分析ブラウザ

316. SeqGSEA
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) of RNA-Seq Data: integrating differential expression and splicing
RNA ‐ Seqデータの遺伝子セット濃縮分析(GSEA):差次的発現とスプライシングの統合

317. variancePartition
Quantify and interpret divers of variation in multilevel gene expression experiments
多レベル遺伝子発現実験における変動の多様性の定量化と解釈

318. pathifier
Quantify deregulation of pathways in cancer
癌における経路の規制緩和の定量化

319. plier
Implements the Affymetrix PLIER algorithm
Affymetrix PLIERアルゴリズムを実装します

320. erma
epigenomic road map adventures
エピゲノムロードマップの冒険

321. GENESIS
GENetic EStimation and Inference in Structured samples (GENESIS): Statistical methods for analyzing genetic data from samples with population structure and/or relatedness
構造化サンプルにおける遺伝的推定および推論(GENESIS):母集団構造および/または関連性を持つサンプルからの遺伝的データを分析するための統計的方法

322. esATAC
An Easy-to-use Systematic pipeline for ATACseq data analysis
ATACseqデータ解析のための使いやすい系統的パイプライン

323. MSnID
Utilities for Exploration and Assessment of Confidence of LC-MSn Proteomics Identifications
LC ‐ MSnプロテオミクス同定の信頼性の探査と評価のための有用性

324. TCGAbiolinksGUI
“TCGAbiolinksGUI: A Graphical User Interface to analyze cancer molecular and clinical data”
「TCGAbiolinksGUI:癌の分子および臨床データを分析するためのグラフィカルユーザーインターフェース」

325. ChemmineOB
R interface to a subset of OpenBabel functionalities
OpenBabel機能のサブセットへのRインターフェース

326. splots
Visualization of high-throughput assays in microtitre plate or slide format
マイクロタイタープレートまたはスライドフォーマットでのハイスループットアッセイの可視化

327. frma
Frozen RMA and Barcode
冷凍RMAとバーコード

328. iSEE
Interactive SummarizedExperiment Explorer
インタラクティブ要約実験エクスプローラ

329. SCnorm
Normalization of single cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データの正規化

330. sSeq
Shrinkage estimation of dispersion in Negative Binomial models for RNA-seq experiments with small sample size
サンプルサイズが小さいRNAシーケンス実験のための負の二項モデルにおける分散の収縮推定

331. SomaticSignatures
Somatic Signatures
体性のある署名

332. scmap
A tool for unsupervised projection of single cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データの教師なし投影のためのツール

333. HTSFilter
Filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
複製されたハイスループットトランスクリプトームシーケンスデータのフィルタリング

334. QDNAseq
Quantitative DNA sequencing for chromosomal aberrations
染色体異常のための定量的DNA配列決定

335. KEGGprofile
An annotation and visualization package for multi-types and multi-groups expression data in KEGG pathway
KEGG経路におけるマルチタイプおよびマルチグループ発現データのための注釈および可視化パッケージ

336. SGSeq
Splice event prediction and quantification from RNA-seq data
RNA ‐ seqデータからのスプライスイベント予測と定量化

337. gQTLBase
gQTLBase: infrastructure for eQTL, mQTL and similar studies
gQTLBase:eQTL、mQTLおよび類似の研究のためのインフラストラクチャ

338. CEMiTool
Co-expression Modules identification Tool
共発現モジュール同定ツール

339. flowMeans
Non-parametric Flow Cytometry Data Gating
ノンパラメトリックフローサイトメトリーデータゲーティング

340. plyranges
A fluent interface for manipulating GenomicRanges
GenomicRangesを操作するための流暢なインターフェース

341. heatmaps
Flexible Heatmaps for Functional Genomics and Sequence Features
機能的ゲノミクスと配列特徴のための柔軟なヒートマップ

342. cn.mops
cn.mops – Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data
cn.mops – NGSデータにおけるCNV検出のためのPoissonsの混合

343. msmsEDA
Exploratory Data Analysis of LC-MS/MS data by spectral counts
スペクトルカウントによるLC-MS / MSデータの探索的データ分析

344. ROTS
Reproducibility-Optimized Test Statistic
再現性最適化検定統計

345. TSCAN
TSCAN: Tools for Single-Cell ANalysis
TSCAN:シングルセル分析用ツール

346. lfa
Logistic Factor Analysis for Categorical Data
カテゴリカルデータのロジスティック因子分析

347. Rbowtie2
An R Wrapper for Bowtie2 and AdapterRemoval
Bowtie2およびAdapterRemoval用のRラッパー

348. HMMcopy
Copy number prediction with correction for GC and mappability bias for HTS data
GCの補正とHTSデータのマッピング可能性バイアスによるコピー数予測

349. isobar
Analysis and quantitation of isobarically tagged MSMS proteomics data
同重体タグ付きMSMSプロテオミクスデータの分析と定量

350. logicFS
Identification of SNP Interactions
SNP相互作用の同定

351. scone
Single Cell Overview of Normalized Expression data
正規化発現データの単一細胞概要

352. chromVAR
Chromatin Variation Across Regions
地域間のクロマチン変動

353. flowDensity
Sequential Flow Cytometry Data Gating
逐次フローサイトメトリーデータゲーティング

354. BRAIN
Baffling Recursive Algorithm for Isotope distributioN calculations
同位体分布計算のためのバッフル再帰アルゴリズム

355. CNTools
Convert segment data into a region by sample matrix to allow for other high level computational analyses.
他の高レベルの計算解析を可能にするために、セグメントデータをサンプル行列によって領域に変換します。

356. HiTC
High Throughput Chromosome Conformation Capture analysis
ハイスループット染色体コンフォメーション捕獲分析

357. biobroom
Turn Bioconductor objects into tidy data frames
Bioconductorオブジェクトをきれいなデータフレームに変換

358. cleaver
Cleavage of Polypeptide Sequences
ポリペプチド配列の切断

359. Harman
The removal of batch effects from datasets using a PCA and constrained optimisation based technique
PCAと制約付き最適化に基づく技術を用いたデータセットからのバッチ効果の除去

360. pvca
Principal Variance Component Analysis (PVCA)
主成分分散成分分析(PVCA)

361. fmcsR
Mismatch Tolerant Maximum Common Substructure Searching
ミスマッチ許容最大共通部分構造検索

362. gaia
GAIA: An R package for genomic analysis of significant chromosomal aberrations.
GAIA:著しい染色体異常のゲノム解析のためのRパッケージ

363. MeSHDbi
DBI to construct MeSH-related package from sqlite file
sqliteファイルからMeSH関連パッケージを構築するためのDBI

364. rTANDEM
Interfaces the tandem protein identification algorithm in R
Rにおけるタンデムタンパク質同定アルゴリズムとのインターフェース

365. HTSanalyzeR
Gene set over-representation, enrichment and network analyses for high-throughput screens
ハイスループットスクリーニングのための遺伝子セットの過剰表示、濃縮およびネットワーク分析

366. MLSeq
Machine Learning Interface for RNA-Seq Data
RNA-Seqデータ用の機械学習インタフェース

367. HTqPCR
Automated analysis of high-throughput qPCR data
ハイスループットqPCRデータの自動分析

368. rGREAT
Client for GREAT Analysis
GREAT分析用クライアント

369. IsoformSwitchAnalyzeR
An R package to Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and Isoform Switches with Functional Consequences (from RNA-seq data)
機能的帰結を伴うオルタナティブスプライシングおよびアイソフォームスイッチを同定、注釈および可視化するためのRパッケージ(RNA配列データから)

370. SAGx
Statistical Analysis of the GeneChip
GeneChipの統計解析

371. agilp
Agilent expression array processing package
Agilent発現アレイ処理パッケージ

372. easyRNASeq
Count summarization and normalization for RNA-Seq data
RNA-Seqデータの集計と正規化

373. scDD
Mixture modeling of single-cell RNA-seq data to identify genes with differential distributions
分布の異なる遺伝子を同定するための単一細胞RNAシーケンスデータの混合モデリング

374. genoset
A RangedSummarizedExperiment with methods for copy number analysis
コピー数分析のためのメソッドを持つRangedSummarizedExperiment

375. Cardinal
A mass spectrometry imaging toolbox for statistical analysis
統計分析のための質量分析イメージングツールボックス

376. GOexpress
Visualise microarray and RNAseq data using gene ontology annotations
遺伝子オントロジーアノテーションを使用してマイクロアレイおよびRNAseqデータを視覚化する

377. muscle
Multiple Sequence Alignment with MUSCLE
MUSCLEによる複数配列アライメント

378. BHC
Bayesian Hierarchical Clustering
ベイジアン階層的クラスタリング

379. CODEX
A Normalization and Copy Number Variation Detection Method for Whole Exome Sequencing
全エキソーム配列決定のための正規化およびコピー数変動検出法

380. diffcyt
Differential discovery in high-dimensional cytometry via high-resolution clustering
高分解能クラスタリングによる高次元サイトメトリーにおける示差的発見

381. iClusterPlus
Integrative clustering of multi-type genomic data
多型ゲノムデータの統合的クラスタリング

382. convert
Convert Microarray Data Objects
マイクロアレイデータオブジェクトの変換

383. makecdfenv
CDF Environment Maker
CDF環境メーカー

384. qrqc
Quick Read Quality Control
クイックリード品質管理

385. Linnorm
Linear model and normality based transformation method (Linnorm)
線形モデルと正規性ベースの変換方法(Linnorm)

386. ENmix
Data preprocessing and quality control for Illumina HumanMethylation450 and MethylationEPIC BeadChip
Illumina Human Methylization 450およびMethylationEPIC BeadChipのデータ前処理と品質管理

387. crlmm
Genotype Calling (CRLMM) and Copy Number Analysis tool for Affymetrix SNP 5.0 and 6.0 and Illumina arrays
Affymetrix SNP 5.0および6.0ならびにIlluminaアレイ用の遺伝子型呼び出し(CRLMM)およびコピー数分析ツール

388. GSAR
Gene Set Analysis in R
Rにおける遺伝子セット分析

389. RDRToolbox
A package for nonlinear dimension reduction with Isomap and LLE.
IsomapとLLEによる非線形次元縮小のためのパッケージ。

390. seqplots
An interactive tool for visualizing NGS signals and sequence motif densities along genomic features using average plots and heatmaps
平均プロットとヒートマップを用いてゲノム特徴に沿ってNGSシグナルと配列モチーフ密度を可視化するための対話型ツール

391. SCAN.UPC
Single-channel array normalization (SCAN) and Universal exPression Codes (UPC)
シングルチャンネルアレイ正規化(SCAN)とユニバーサルエクスプレッションコード(UPC)

392. RNASeqPower
Sample size for RNAseq studies
RNAseq研究用のサンプルサイズ

393. SplicingGraphs
Create, manipulate, visualize splicing graphs, and assign RNA-seq reads to them
スプライシンググラフの作成、操作、視覚化、そしてRNA-seqリードの割り当て

394. Wrench
Wrench normalization for sparse count data
スパースカウントデータのレンチ正規化

395. RedeR
Interactive visualization and manipulation of nested networks
ネストネットワークの対話型可視化と操作

396. aCGH
Classes and functions for Array Comparative Genomic Hybridization data.
アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションデータのクラスと機能

397. msmsTests
LC-MS/MS Differential Expression Tests
LC-MS / MSディファレンシャル発現試験

398. PharmacoGx
Analysis of Large-Scale Pharmacogenomic Data
大規模薬理ゲノム学データの解析

399. RTN
Reconstruction of transcriptional networks and analysis of master regulators
転写ネットワークの再構築とマスターレギュレーターの解析

400. sigPathway
Pathway Analysis
経路解析

401. interactiveDisplay
Package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするためのパッケージ

402. PROcess
Ciphergen SELDI-TOF Processing
サイファージェンSELDI-TOF処理

403. qpgraph
Estimation of genetic and molecular regulatory networks from high-throughput genomics data
ハイスループットゲノミクスデータからの遺伝的および分子的調節ネットワークの推定

404. rBiopaxParser
Parses BioPax files and represents them in R
BioPaxファイルを解析してRで表します

405. JunctionSeq
JunctionSeq: A Utility for Detection of Differential Exon and Splice-Junction Usage in RNA-Seq data
JunctionSeq:RNA ‐ Seqデータにおける差動エクソンおよびスプライス – ジャンクション使用法の検出のための有用性

406. Rcpi
Molecular Informatics Toolkit for Compound-Protein Interaction in Drug Discovery
創薬における化合物 – タンパク質相互作用のための分子情報ツールキット

407. CellNOptR
Training of boolean logic models of signalling networks using prior knowledge networks and perturbation data
事前知識ネットワークと摂動データを用いたシグナリングネットワークのブール論理モデルの訓練

408. EnrichedHeatmap
Making Enriched Heatmaps
強化ヒートマップの作成

409. matter
A framework for rapid prototyping with binary data on disk
ディスク上のバイナリデータを用いたラピッドプロトタイピングのためのフレームワーク

410. BASiCS
Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing data
単一細胞配列決定データのベイズ分析

411. BitSeq
Transcript expression inference and differential expression analysis for RNA-seq data
RNA-seqデータのための転写物発現推論および差次的発現分析

412. twilight
Estimation of local false discovery rate
ローカル誤発見率の推定

413. BioSeqClass
Classification for Biological Sequences
生物学的シーケンスの分類

414. DeconRNASeq
Deconvolution of Heterogeneous Tissue Samples for mRNA-Seq data
mRNA-Seqデータのための異種組織サンプルのデコンボリューション

415. microRNA
Data and functions for dealing with microRNAs
マイクロRNAを取り扱うためのデータと機能

416. CSAR
Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data
ChIP-seqデータ解析のための統計ツール

417. snm
Supervised Normalization of Microarrays
マイクロアレイの教師付き正規化

418. regionReport
Generate HTML or PDF reports for a set of genomic regions or DESeq2/edgeR results
一連のゲノム領域またはDESeq2 / edgeR結果についてのHTMLまたはPDFレポートを生成します。

419. clusterStab
Compute cluster stability scores for microarray data
マイクロアレイデータのクラスター安定性スコアを計算する

420. customProDB
Generate customized protein database from NGS data, with a focus on RNA-Seq data, for proteomics search
プロテオミクス検索のための、RNA-Seqデータに焦点を当てた、NGSデータからのカスタマイズされたタンパク質データベースの生成

421. GenomicInteractions
R package for handling genomic interaction data
ゲノム相互作用データを扱うためのRパッケージ

422. goProfiles
goProfiles: an R package for the statistical analysis of functional profiles
goProfiles:機能プロファイルの統計解析用のRパッケージ

423. gpls
Classification using generalized partial least squares
一般化部分最小二乗法を用いた分類

424. OCplus
Operating characteristics plus sample size and local fdr for microarray experiments
マイクロアレイ実験のための操作特性とサンプルサイズおよび局所fdr

425. PICS
Probabilistic inference of ChIP-seq
ChIP-seqの確率的推論

426. puma
Propagating Uncertainty in Microarray Analysis(including Affymetrix tranditional 3′ arrays and exon arrays and Human Transcriptome Array 2.0)
マイクロアレイ解析における不確実性の伝播(Affymetrix tranditional 3 ‘arrayおよびexon array、Human Transcriptome Array 2.0を含む)

427. EBarrays
Unified Approach for Simultaneous Gene Clustering and Differential Expression Identification
同時遺伝子クラスタリングと差次的発現同定のための統一的アプローチ

428. ensemblVEP
R Interface to Ensembl Variant Effect Predictor
Ensembl Variant Effect PredictorへのRインタフェース

429. flowClean
flowClean
フロークリーン

430. flowPeaks
An R package for flow data clustering
フローデータクラスタリングのためのRパッケージ

431. girafe
Genome Intervals and Read Alignments for Functional Exploration
機能探索のためのゲノム間隔とリードアラインメント

432. rWikiPathways
rWikiPathways – R client library for the WikiPathways API
rWikiPathways – WikiPathways API用のRクライアントライブラリ

433. synapter
Label-free data analysis pipeline for optimal identification and quantitation
最適な同定と定量のためのラベルフリーデータ分析パイプライン

434. decontam
Identify Contaminants in Marker-gene and Metagenomics Sequencing Data
マーカー遺伝子とメタゲノミクスのシーケンスデータから汚染物質を特定する

435. IPO
Automated Optimization of XCMS Data Processing parameters
XCMSデータ処理パラメータの自動最適化

436. MAGeCKFlute
Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens
プールされたCRISPR機能的遺伝的スクリーニングのための統合分析パイプライン

437. Mulcom
Calculates Mulcom test
マルコム検定を計算します

438. OrderedList
Similarities of Ordered Gene Lists
順序付き遺伝子リストの類似性

439. polyester
Simulate RNA-seq reads
RNAシークリードをシミュレートする

440. TCseq
Time course sequencing data analysis
タイムコースシーケンスデータ解析

441. ChIPsim
Simulation of ChIP-seq experiments
ChIP-seq実験のシミュレーション

442. IPPD
Isotopic peak pattern deconvolution for Protein Mass Spectrometry by template matching
テンプレートマッチングによるタンパク質質量分析のための同位体ピークパターンデコンボリューション

443. a4Core
Automated Affymetrix Array Analysis Core Package
自動Affymetrixアレイ解析コアパッケージ

444. ChIPseqR
Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data
ハイスループットシーケンスデータにおけるタンパク質結合部位の同定

445. chopsticks
The ‘snp.matrix’ and ‘X.snp.matrix’ Classes
‘snp.matrix’と ‘X.snp.matrix’クラス

446. CopywriteR
Copy number information from targeted sequencing using off-target reads
オフターゲットリードを使用したターゲットシークエンシングからの番号情報のコピー

447. CRISPRseek
Design of target-specific guide RNAs in CRISPR-Cas9, genome-editing systems
CRISPR-Cas9、ゲノム編集システムにおける標的特異的ガイドRNAの設計

448. CytoML
A GatingML Interface for Cross Platform Cytometry Data Sharing
クロスプラットフォームサイトメトリーデータ共有のためのGatingMLインタフェース

449. MSGFgui
A shiny GUI for MSGFplus
MSGFplus用の光沢のあるGUI

450. BiSeq
Processing and analyzing bisulfite sequencing data
バイサルファイトシーケンスデータの処理と解析

451. flowCL
Semantic labelling of flow cytometric cell populations
フローサイトメトリー細胞集団の意味的標識

452. ImpulseDE2
Differential expression analysis of longitudinal count data sets
縦方向計数データセットの差次的発現分析

453. PureCN
Copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing
標的化短リードシークエンシングを用いたコピー数コーリングとSNV分類

454. CMA
Synthesis of microarray-based classification
マイクロアレイに基づく分類の合成

455. fabia
FABIA: Factor Analysis for Bicluster Acquisition
FABIA:バイクラスター獲得のための因子分析

456. genbankr
Parsing GenBank files into semantically useful objects
意味的に有用なオブジェクトへのGenBankファイルの解析

457. DMRcaller
Differentially Methylated Regions caller
異なるメチル化領域の呼び出し元

458. dmrseq
Detection and inference of differentially methylated regions from Whole Genome Bisulfite Sequencing
全ゲノム亜硫酸水素塩配列決定からの異なってメチル化された領域の検出と推論

459. flowFP
Fingerprinting for Flow Cytometry
フローサイトメトリーのためのフィンガープリント

460. kebabs
Kernel-Based Analysis Of Biological Sequences
生物学的配列の核に基づく分析

461. chimeraviz
Visualization tools for gene fusions
遺伝子融合のための可視化ツール

462. pcot2
Principal Coordinates and Hotelling’s T-Square method
主座標とホテリングのT二乗法

463. r3Cseq
Analysis of Chromosome Conformation Capture and Next-generation Sequencing (3C-seq)
染色体コンフォメーション捕捉と次世代シークエンシング(3C-seq)の解析

464. CoGAPS
Coordinated Gene Activity in Pattern Sets
パターンセットにおける協調的遺伝子活性

465. DAPAR
Tools for the Differential Analysis of Proteins Abundance with R
Rとのタンパク質存在量の示差分析のためのツール

466. gtrellis
Genome Level Trellis Layout
ゲノムレベルトレリスレイアウト

467. a4Preproc
Automated Affymetrix Array Analysis Preprocessing Package
自動Affymetrixアレイ解析前処理パッケージ

468. ASpli
Analysis of alternative splicing using RNA-Seq
RNA-Seqを用いたオルタナティブスプライシングの解析

469. CancerSubtypes
Cancer subtypes identification, validation and visualization based on multiple genomic data sets
複数のゲノムデータセットに基づく癌サブタイプの同定、検証および可視化

470. ddCt
The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)
定量的リアルタイムPCR(qRT-PCR)の分析のためのddCtアルゴリズム

471. GRmetrics
Calculate growth-rate inhibition (GR) metrics
成長率抑制(GR)メトリックを計算する

472. hypergraph
A package providing hypergraph data structures
ハイパーグラフデータ構造を提供するパッケージ

473. LOLA
Locus overlap analysis for enrichment of genomic ranges
ゲノム範囲の濃縮のための遺伝子座重複分析

474. pdInfoBuilder
Platform Design Information Package Builder
プラットフォーム設計情報パッケージビルダー

475. chipenrich
Gene Set Enrichment For ChIP-seq Peak Data
ChIP-seqピークデータのための遺伝子セット濃縮

476. GSEAlm
Linear Model Toolset for Gene Set Enrichment Analysis
遺伝子セット濃縮分析のための線形モデルツールセット

477. SamSPECTRAL
Identifies cell population in flow cytometry data.
フローサイトメトリーデータで細胞集団を識別します。

478. shinyMethyl
Interactive visualization for Illumina methylation arrays
Illuminaメチル化アレイ用の対話型可視化

479. affycomp
Graphics Toolbox for Assessment of Affymetrix Expression Measures
Affymetrix発現測定の評価のためのグラフィックスツールボックス

480. affylmGUI
GUI for limma Package with Affymetrix Microarrays
Affymetrixマイクロアレイを備えたlimmaパッケージ用のGUI

481. CountClust
Clustering and Visualizing RNA-Seq Expression Data using Grade of Membership Models
グレードのメンバーシップモデルを用いたRNA-Seq発現データのクラスター化および可視化

482. AneuFinder
Analysis of Copy Number Variation in Single-Cell-Sequencing Data
単一細胞配列決定データにおけるコピー数変動の分析

483. MethylMix
MethylMix: Identifying methylation driven cancer genes
メチルミックス:メチル化駆動癌遺伝子の同定

484. segmentSeq
Methods for identifying small RNA loci from high-throughput sequencing data
ハイスループットシークエンシングデータから小型RNA遺伝子座を同定する方法

485. SpeCond
Condition specific detection from expression data
発現データからの条件特異的検出

486. statTarget
Statistical Analysis of Molecular Profiles
分子プロファイルの統計解析

487. annotationTools
Annotate microarrays and perform cross-species gene expression analyses using flat file databases.
フラットファイルデータベースを使用してマイクロアレイに注釈を付け、異種間遺伝子発現解析を実施する。

488. apComplex
Estimate protein complex membership using AP-MS protein data
AP-MSタンパク質データを使用したタンパク質複合体メンバーシップの推定

489. cicero
Precict cis-co-accessibility from single-cell chromatin accessibility data
単細胞クロマチンアクセシビリティデータからの正確なシス – コ – アクセシビリティ

490. CNORode
ODE add-on to CellNOptR
CellNOptRへのODEアドオン

491. CrispRVariants
Tools for counting and visualising mutations in a target location
標的位置の突然変異を数えて視覚化するためのツール

492. GeneticsPed
Pedigree and genetic relationship functions
血統と遺伝的関係の機能

493. MEDIPS
DNA IP-seq data analysis
DNA IPシーケンスデータ解析

494. miRNAtap
miRNAtap: microRNA Targets – Aggregated Predictions
miRNAtap:マイクロRNAターゲット – 集計予測

495. SIMLR
Single-cell Interpretation via Multi-kernel LeaRning (SIMLR)
マルチカーネル学習(SIMLR)による単一セルの解釈

496. synergyfinder
Calculate and Visualize Synergy Scores for Drug Combinations
薬物併用の相乗効果スコアを計算して可視化する

497. vidger
Create rapid visualizations of RNAseq data in R
RでRNAseqデータを素早く視覚化する

498. zFPKM
A suite of functions to facilitate zFPKM transformations
zFPKM変換を容易にするための一連の機能

499. scPipe
pipeline for single cell RNA-seq data analysis
単一細胞RNA配列データ解析のためのパイプライン

500. bacon
Controlling bias and inflation in association studies using the empirical null distribution
経験的ヌル分布を用いた関連研究におけるバイアスとインフレーションの制御

501. cydar
Using Mass Cytometry for Differential Abundance Analyses
示差存在量分析のためのマスサイトメトリーの使用

502. GGBase
GGBase infrastructure for genetics of gene expression package GGtools
遺伝子発現パッケージGGtoolsの遺伝学のためのGGBase基盤

503. methyAnalysis
DNA methylation data analysis and visualization
DNAメチル化データ解析と可視化

504. rhdf5client
Access HDF5 content from h5serv
h5servからHDF5コンテンツにアクセスする

505. RnaSeqSampleSize
RnaSeqSampleSize
RnaSeqSampleSize

506. soGGi
Visualise ChIP-seq, MNase-seq and motif occurrence as aggregate plots Summarised Over Grouped Genomic Intervals
ChIP-seq、MNase-seq、およびモチーフの出現を集約プロットとして視覚化する

507. AnnotationHubData
Transform public data resources into Bioconductor Data Structures
公開データリソースをBioconductorデータ構造に変換する

508. CAGEr
Analysis of CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) sequencing data for precise mapping of transcription start sites and promoterome mining
転写開始部位とプロモーターマイニングの正確なマッピングのためのCAGE(Cap Analysis of Gene Expression)配列決定データの解析

509. EBSeqHMM
Bayesian analysis for identifying gene or isoform expression changes in ordered RNA-seq experiments
順序付けられたRNA配列実験における遺伝子またはイソ型発現変化を同定するためのベイズ分析

510. edge
Extraction of Differential Gene Expression
差次的遺伝子発現の抽出

511. REDseq
Analysis of high-throughput sequencing data processed by restriction enzyme digestion
制限酵素消化によって処理されたハイスループット配列決定データの分析

512. tweeDEseq
RNA-seq data analysis using the Poisson-Tweedie family of distributions
Poisson-Tweedie族の分布を用いたRNA-seqデータ解析

513. coseq
Co-Expression Analysis of Sequencing Data
配列決定データの共発現分析

514. GeneAnswers
Integrated Interpretation of Genes
遺伝子の統合解釈

515. GOSim
Computation of functional similarities between GO terms and gene products; GO enrichment analysis
GO用語と遺伝子産物の間の機能的類似性の計算GO濃縮分析

516. TitanCNA
Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing of tumours
腫瘍の全ゲノム配列決定からのサブクローンコピー数とLOH予測

517. TPP
Analyze thermal proteome profiling (TPP) experiments
サーマルプロテオームプロファイリング(TPP)実験の分析

518. M3C
Monte Carlo Reference-based Consensus Clustering
モンテカルロ参照に基づくコンセンサスクラスタリング

519. philr
Phylogenetic partitioning based ILR transform for metagenomics data
メタゲノミクスデータのための系統分類に基づくILR変換

520. compcodeR
RNAseq data simulation, differential expression analysis and performance comparison of differential expression methods
RNAseqデータシミュレーション、差次的発現分析および差次的発現方法の性能比較

521. DNABarcodes
A tool for creating and analysing DNA barcodes used in Next Generation Sequencing multiplexing experiments
次世代シーケンシング多重実験で使用されるDNAバーコードを作成し分析するためのツール

522. EpiDISH
Epigenetic Dissection of Intra-Sample-Heterogeneity
標本内不均一性のエピジェネティック解剖

523. FGNet
Functional Gene Networks derived from biological enrichment analyses
生物学的濃縮分析から導いた機能的遺伝子ネットワーク

524. plgem
Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)
べき乗則グローバルエラーモデル(PLGEM)を用いてマイクロアレイおよびプロテオミクスデータセットにおける差次的発現を検出する

525. SpidermiR
SpidermiR: An R/Bioconductor package for integrative network analysis with miRNA data
SpidermiR:miRNAデータを用いた統合的ネットワーク分析のためのR / Bioconductorパッケージ

526. cellTree
Inference and visualisation of Single-Cell RNA-seq data as a hierarchical tree structure
階層的木構造としての単一細胞RNA配列データの推論と可視化

527. EasyqpcR
EasyqpcR for low-throughput real-time quantitative PCR data analysis
低スループットのリアルタイム定量的PCRデータ解析のためのEasyqpcR

528. nem
(Dynamic) Nested Effects Models and Deterministic Effects Propagation Networks to reconstruct phenotypic hierarchies
表現型階層を再構築するための(動的)入れ子効果モデルと決定論的効果伝播ネットワーク

529. Rqc
Quality Control Tool for High-Throughput Sequencing Data
ハイスループットシーケンスデータのための品質管理ツール

530. tximeta
Transcript Quantification Import with Automatic Metadata
自動メタデータを使用したトランスクリプト定量化インポート

531. BatchQC
Batch Effects Quality Control Software
バッチ効果品質管理ソフトウェア

532. CoverageView
Coverage visualization package for R
R用カバレッジ視覚化パッケージ

533. GOsummaries
Word cloud summaries of GO enrichment analysis
GO濃縮分析のワードクラウド要約

534. Prostar
Provides a GUI for DAPAR
DAPAR用のGUIを提供します

535. restfulSE
Access matrix-like HDF5 server content or BigQuery content through a SummarizedExperiment interface
SummarizedExperimentインターフェースを介してマトリックスのようなHDF5サーバーコンテンツまたはBigQueryコンテンツにアクセスする

536. RIPSeeker
RIPSeeker: a statistical package for identifying protein-associated transcripts from RIP-seq experiments
RIPSeeker:RIP ‐ seq実験から蛋白質関連転写物を同定するための統計的パッケージ

537. ArrayTools
geneChip Analysis Package
遺伝子チップ解析パッケージ

538. BicARE
Biclustering Analysis and Results Exploration
バイクラスタリング分析と結果の調査

539. metaMS
MS-Based Metabolomics Annotation Pipeline
MSベースのメタボロミクスアノテーションパイプライン

540. PWMEnrich
PWM enrichment analysis
PWMエンリッチメント解析

541. subSeq
Subsampling of high-throughput sequencing count data
ハイスループットシーケンスカウントデータのサブサンプリング

542. bioassayR
Cross-target analysis of small molecule bioactivity
小分子生物活性のクロスターゲット分析

543. COMPASS
Combinatorial Polyfunctionality Analysis of Single Cells
単一細胞のコンビナトリアル多機能解析

544. exomePeak
exome-based anlaysis of MeRIP-Seq data: peak calling and differential analysis
MeRIP ‐ Seqデータのエキソームに基づく分析:ピーク呼び出しと微分分析

545. flowTrans
Parameter Optimization for Flow Cytometry Data Transformation
フローサイトメトリーデータ変換のためのパラメータ最適化

546. motifRG
A package for discriminative motif discovery, designed for high throughput sequencing dataset
ハイスループットシークエンシングデータセット用に設計された、識別モチーフ発見のためのパッケージ

547. msPurity
Automated Evaluation of Precursor Ion Purity for Mass Spectrometry Based Fragmentation in Metabolomics
メタボロミクスにおける質量分析に基づくフラグメンテーションのための前駆イオン純度の自動評価

548. VariantTools
Tools for Exploratory Analysis of Variant Calls
バリアントコールの探索的分析のためのツール

549. AgiMicroRna
Processing and Differential Expression Analysis of Agilent microRNA chips
AgilentマイクロRNAチップのプロセシングと差次的発現解析

550. BayesPeak
Bayesian Analysis of ChIP-seq Data
ChIP-seqデータのベイズ解析

551. erccdashboard
Assess Differential Gene Expression Experiments with ERCC Controls
ERCCコントロールを用いた差次的遺伝子発現実験の評価

552. gespeR
Gene-Specific Phenotype EstimatoR
遺伝子特異的表現型の推定

553. iBBiG
Iterative Binary Biclustering of Genesets
Genesetsの反復バイナリーバイクラスター化

554. phenoTest
Tools to test association between gene expression and phenotype in a way that is efficient, structured, fast and scalable. We also provide tools to do GSEA (Gene set enrichment analysis) and copy number variation.
効率的で構造化された、高速でスケーラブルな方法で遺伝子発現と表現型の間の関連性をテストするためのツール。また、GSEA(遺伝子セット濃縮解析)やコピー数のバリエーションを行うためのツールも提供しています。

555. progeny
Pathway RespOnsive GENes for activity inference from gene expression
遺伝子発現からの活性推定のためのPathway RespOnsive GENes

556. scfind
A search tool for single cell RNA-seq data by gene lists
遺伝子リストによる単一細胞RNA配列データの検索ツール

557. a4Base
Automated Affymetrix Array Analysis Base Package
自動Affymetrixアレイ解析ベースパッケージ

558. DEsingle
DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データにおける3種類の差次的発現を検出するためのDEsingle

559. diffloop
Identifying differential DNA loops from chromatin topology data
クロマチントポロジーデータからの異なるDNAループの同定

560. gmapR
An R interface to the GMAP/GSNAP/GSTRUCT suite
GMAP / GSNAP / GSTRUCTスイートへのRインターフェース

561. psichomics
Graphical Interface for Alternative Splicing Quantification, Analysis and Visualisation
オルタナティブスプライシングの定量化、分析および可視化のためのグラフィカルインターフェース

562. quantro
A test for when to use quantile normalization
分位点正規化をいつ使用するかのテスト

563. seqTools
Analysis of nucleotide, sequence and quality content on fastq files
fastqファイルのヌクレオチド、配列および品質の内容の分析

564. amplican
Automated analysis of CRISPR experiments
CRISPR実験の自動分析

565. AnnotationFuncs
Annotation translation functions
アノテーション翻訳機能

566. Basic4Cseq
Basic4Cseq: an R/Bioconductor package for analyzing 4C-seq data
Basic 4 C seq:4 C配列データを分析するためのR / Bioconductorパッケージ

567. conumee
Enhanced copy-number variation analysis using Illumina DNA methylation arrays
Illumina DNAメチル化アレイを用いた増強コピー数変動分析

568. GOTHiC
Binomial test for Hi-C data analysis
Hi-Cデータ解析のための二項検定

569. Pigengene
Infers biological signatures from gene expression data
遺伝子発現データから生物学的サインを推測する

570. GGtools
software and data for analyses in genetics of gene expression
遺伝子発現の遺伝学における分析のためのソフトウェアおよびデータ

571. iCOBRA
Comparison and Visualization of Ranking and Assignment Methods
ランキングと割り当て方法の比較と視覚化

572. MAIT
Statistical Analysis of Metabolomic Data
メタボロームデータの統計解析

573. multiMiR
Integration of multiple microRNA-target databases with their disease and drug associations
複数のマイクロRNA標的データベースとそれらの疾患および薬物関連性との統合

574. RGSEA
Random Gene Set Enrichment Analysis
ランダム遺伝子セット濃縮分析

575. DEDS
Differential Expression via Distance Summary for Microarray Data
マイクロアレイデータの距離要約による微分表現

576. Guitar
Guitar
ギター

577. paxtoolsr
PaxtoolsR: Access Pathways from Multiple Databases through BioPAX and Pathway Commons
PaxtoolsR:BioPAXとPathway Commonsを介した複数のデータベースからのアクセス経路

578. pcaGoPromoter
pcaGoPromoter is used to analyze DNA micro array data
pcaGoPromoterはDNAマイクロアレイデータの解析に使用されます

579. GOfuncR
Gene ontology enrichment using FUNC
FUNCを用いた遺伝子オントロジー濃縮

580. ldblock
data structures for linkage disequilibrium measures in populations
集団における連鎖不均衡測度のためのデータ構造

581. multiClust
multiClust: An R-package for Identifying Biologically Relevant Clusters in Cancer Transcriptome Profiles
multiClust:癌トランスクリプトームプロファイルにおける生物学的関連クラスターを同定するためのRパッケージ

582. MultiDataSet
Implementation of MultiDataSet and ResultSet
MultiDataSetとResultSetの実装

583. QUBIC
An R package for qualitative biclustering in support of gene co-expression analyses
遺伝子共発現解析を支援する定性的バイクラスタリングのためのRパッケージ

584. Rchemcpp
Similarity measures for chemical compounds
化合物の類似度

585. chromPlot
Global visualization tool of genomic data
ゲノムデータのグローバル可視化ツール

586. qcmetrics
A Framework for Quality Control
品質管理のための枠組み

587. sevenbridges
Seven Bridges Platform API Client and Common Workflow Language Tool Builder in R
Rの7つの橋プラットフォームAPIクライアントと共通ワークフロー言語ツールビルダー

588. deepSNV
Detection of subclonal SNVs in deep sequencing data.
ディープシーケンシングデータにおけるサブクローンSNVの検出

589. IdeoViz
Plots data (continuous/discrete) along chromosomal ideogram
染色体表意文字に沿ってデータ(連続/離散)をプロットする

590. mosaics
MOSAiCS (MOdel-based one and two Sample Analysis and Inference for ChIP-Seq)
MOSAiCS(MOIPベースの1サンプルと2サンプルの分析とChIP-Seqの推論)

591. wiggleplotr
Make read coverage plots from BigWig files
BigWigファイルから読み取りカバレッジプロットを作成する

592. cellity
Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data
シングルセルRNAシーケンスデータの品質管理

593. flowMerge
Cluster Merging for Flow Cytometry Data
フローサイトメトリーデータのためのクラスタ併合

594. gaga
GaGa hierarchical model for high-throughput data analysis
ハイスループットデータ解析のためのGaGa階層モデル

595. meshr
Tools for conducting enrichment analysis of MeSH
MeSHの濃縮分析を行うためのツール

596. metaseqR
An R package for the analysis and result reporting of RNA-Seq data by combining multiple statistical algorithms.
複数の統計的アルゴリズムを組み合わせてRNA-Seqデータを分析および結果を報告するためのRパッケージ。

597. NanoStringDiff
Differential Expression Analysis of NanoString nCounter Data
NanoString nCounterデータの微分発現解析

598. anota2seq
Generally applicable transcriptome-wide analysis of translational efficiency using anota2seq
anota2seqを用いた、トランスクリプトームワイドな翻訳効率の解析

599. BgeeDB
Annotation and gene expression data retrieval from Bgee database
Bgeeデータベースからの注釈と遺伝子発現データの検索

600. ideal
Interactive Differential Expression AnaLysis
インタラクティブな差次的発現分析

601. LBE
Estimation of the false discovery rate.
誤発見率の推定

602. metagenomeFeatures
Exploration of marker-gene sequence taxonomic annotations
マーカー – 遺伝子配列分類学的注釈の探査

603. rsbml
R support for SBML, using libsbml
libsbmlを使用したSBMLのRサポート

604. ctsGE
Clustering of Time Series Gene Expression data
時系列遺伝子発現データのクラスタリング

605. DBChIP
Differential Binding of Transcription Factor with ChIP-seq
転写因子とChIP-seqとの示差的結合

606. HilbertCurve
Making 2D Hilbert Curve
2Dヒルベルト曲線の作成

607. limmaGUI
GUI for limma Package With Two Color Microarrays
2色マイクロアレイを用いたlimmaパッケージ用のGUI

608. netbiov
A package for visualizing complex biological network
複雑な生物学的ネットワークを視覚化するためのパッケージ

609. PAPi
Predict metabolic pathway activity based on metabolomics data
メタボロミクスデータに基づく代謝経路活性の予測

610. rqubic
Qualitative biclustering algorithm for expression data analysis in R
Rにおける発現データ解析のための定性的バイクラスタリングアルゴリズム

611. CGEN
An R package for analysis of case-control studies in genetic epidemiology
遺伝疫学における症例対照研究の分析のためのRパッケージ

612. ClassifyR
A framework for cross-validated classification problems, with applications to differential variability and differential distribution testing
交差検定分類問題のためのフレームワーク、微分変動性および微分分布検定への応用

613. geNetClassifier
Classify diseases and build associated gene networks using gene expression profiles
遺伝子発現プロファイルを使用して疾患を分類し、関連遺伝子ネットワークを構築する

614. ImmuneSpaceR
A Thin Wrapper around the ImmuneSpace Database
ImmuneSpaceデータベースを中心とした薄いラッパー

615. MIRA
Methylation-Based Inference of Regulatory Activity
メチル化に基づく調節活性の推定

616. tilingArray
Transcript mapping with high-density oligonucleotide tiling arrays
高密度オリゴヌクレオチドタイリングアレイによる転写物マッピング

617. ToPASeq
Topology-based pathway analysis of RNA-seq data
RNAシーケンスデータのトポロジーベース経路解析

618. ACME
Algorithms for Calculating Microarray Enrichment (ACME)
マイクロアレイ濃縮度計算のためのアルゴリズム(ACME)

619. Anaquin
Statistical analysis of sequins
スパンコールの統計解析

620. CNORfeeder
Integration of CellNOptR to add missing links
足りないリンクを追加するためのCellNOptRの統合

621. dupRadar
Assessment of duplication rates in RNA-Seq datasets
RNA-Seqデータセットにおける重複率の評価

622. gCrisprTools
Suite of Functions for Pooled Crispr Screen QC and Analysis
プールされたCrisprスクリーンQCと分析のための機能一式

623. MergeMaid
Merge Maid
マージメイド

624. metabomxtr
A package to run mixture models for truncated metabolomics data with normal or lognormal distributions
正規分布または対数正規分布を持つ切り捨てられたメタボロミクスデータの混合モデルを実行するためのパッケージ

625. MetaNeighbor
Single cell replicability analysis
単細胞複製性解析

626. QUALIFIER
Quality Control of Gated Flow Cytometry Experiments
ゲートフローサイトメトリー実験の品質管理

627. arrayQuality
Assessing array quality on spotted arrays
スポットアレイのアレイ品質の評価

628. casper
Characterization of Alternative Splicing based on Paired-End Reads
ペアエンドリードに基づくオルタナティブスプライシングの特性化

629. HiCcompare
HiCcompare: Joint normalization and comparative analysis of multiple Hi-C datasets
HiCcompare:複数のHi-Cデータセットの共同正規化と比較分析

630. Oscope
Oscope – A statistical pipeline for identifying oscillatory genes in unsynchronized single cell RNA-seq
Oscope – 非同期単一細胞RNA配列における振動遺伝子を同定するための統計的パイプライン

631. ssize
Estimate Microarray Sample Size
マイクロアレイサンプルサイズの推定

632. BioQC
Detect tissue heterogeneity in expression profiles with gene sets
遺伝子セットを用いて発現プロファイルの組織不均一性を検出

633. BrowserViz
BrowserViz: interactive R/browser graphics using websockets and JSON
BrowserViz:ウェブソケットとJSONを使ったインタラクティブなR /ブラウザグラフィック

634. HIBAG
HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging
属性バギングを用いたHLA遺伝子型の代入

635. imageHTS
Analysis of high-throughput microscopy-based screens
ハイスループット顕微鏡ベーススクリーンの分析

636. INSPEcT
Analysis of 4sU-seq and RNA-seq time-course data
4sU-seqおよびRNA-seqタイムコースデータの解析

637. isomiRs
Analyze isomiRs and miRNAs from small RNA-seq
small RNA-seqからisomiRとmiRNAを分析

638. MGFR
Marker Gene Finder in RNA-seq data
RNA-seqデータ中のMarker Gene Finder

639. PROPER
PROspective Power Evaluation for RNAseq
RNAseqの見込み電力評価

640. rnaSeqMap
rnaSeq secondary analyses
rnaSeq二次解析

641. signeR
Empirical Bayesian approach to mutational signature discovery
突然変異シグネチャ発見への経験的ベイジアンアプローチ

642. batchelor
Single-Cell Batch Correction Methods
単細胞バッチ補正法

643. BioCor
Functional similarities
機能的な類似点

644. derfinderPlot
Plotting functions for derfinder
derfinderのためのプロット関数

645. goTools
Functions for Gene Ontology database
遺伝子オントロジーデータベースの機能

646. mfa
Bayesian hierarchical mixture of factor analyzers for modelling genomic bifurcations
ゲノム分岐をモデル化するための因子分析器のベイジアン階層混合

647. ndexr
NDEx R client library
NDEx Rクライアントライブラリ

648. ORFik
Open Reading Frames in Genomics
ゲノミクスにおけるオープンリーディングフレーム

649. rbsurv
Robust likelihood-based survival modeling with microarray data
マイクロアレイデータを用いたロバストな尤度ベース生存モデル

650. stageR
stageR: stage-wise analysis of high throughput gene expression data in R
stageR:Rにおけるハイスループット遺伝子発現データの段階的分析

651. switchde
Switch-like differential expression across single-cell trajectories
単細胞軌跡にわたるスイッチ様差次的発現

652. affypdnn
Probe Dependent Nearest Neighbours (PDNN) for the affy package
affyパッケージ用のProbe Dependent Nearest Neighbors(PDNN)

653. ccfindR
Cancer Clone Finder
癌クローンファインダー

654. Chicago
CHiCAGO: Capture Hi-C Analysis of Genomic Organization
CHiCAGO:ゲノム構成のHi-C解析をキャプチャする

655. diffHic
Differential Analyis of Hi-C Data
Hi-Cデータの微分解析

656. flowMatch
Matching and meta-clustering in flow cytometry
フローサイトメトリーにおけるマッチングとメタクラスタリング

657. GUIDEseq
GUIDE-seq analysis pipeline
GUIDE-seq分析パイプライン

658. IntEREst
Intron-Exon Retention Estimator
イントロン – エクソン保持推定量

659. IVAS
Identification of genetic Variants affecting Alternative Splicing
オルタナティブスプライシングに影響を及ぼす遺伝的変異体の同定

660. manta
Microbial Assemblage Normalized Transcript Analysis
微生物集合正規化転写分析

661. rgsepd
Gene Set Enrichment / Projection Displays
遺伝子セット濃縮/投影ディスプレイ

662. SMITE
Significance-based Modules Integrating the Transcriptome and Epigenome
トランスクリプトームとエピゲノムを統合する有意性に基づくモジュール

663. bioCancer
Interactive Multi-Omics Cancers Data Visualization and Analysis
対話型マルチオミックスキャンセラによるデータの可視化と分析

664. GeneMeta
MetaAnalysis for High Throughput Experiments
ハイスループット実験のためのメタアナリシス

665. NanoStringQCPro
Quality metrics and data processing methods for NanoString mRNA gene expression data
NanoString mRNA遺伝子発現データのための品質測定基準とデータ処理方法

666. readat
Functionality to Read and Manipulate SomaLogic ADAT files
SomaLogic ADATファイルの読み取りと操作の機能

667. sights
Statistics and dIagnostic Graphs for HTS
HTSの統計と診断グラフ

668. transcriptR
An Integrative Tool for ChIP- And RNA-Seq Based Primary Transcripts Detection and Quantification
ChIPおよびRNA ‐ Seqに基づく一次転写産物検出および定量化のための統合的ツール

669. TRONCO
TRONCO, an R package for TRanslational ONCOlogy
TRONCOLLATION ONCOlogy用のRパッケージ、TRONCO

670. vbmp
Variational Bayesian Multinomial Probit Regression
変分ベイズ多項プロビット回帰

671. wavClusteR
Sensitive and highly resolved identification of RNA-protein interaction sites in PAR-CLIP data
PAR ‐ CLIPデータにおけるRNA‐蛋白質相互作用部位の高感度で高分解能の同定

672. XBSeq
Test for differential expression for RNA-seq data
RNA-seqデータの差次的発現をテストする

673. attract
Methods to Find the Gene Expression Modules that Represent the Drivers of Kauffman’s Attractor Landscape
カウフマンのアトラクタランドスケープのドライバを表す遺伝子発現モジュールを見つける方法

674. BiocOncoTK
Bioconductor components for general cancer genomics
一般的ながんゲノミクスのためのバイオコンダクターコンポーネント

675. ENCODExplorer
A compilation of ENCODE metadata
ENCODEメタデータの編集

676. MCbiclust
Massive correlating biclusters for gene expression data and associated methods
遺伝子発現データと関連方法のための大規模相関二クラスタ

677. proBAMr
Generating SAM file for PSMs in shotgun proteomics data
ショットガンプロテオミクスデータにおけるPSM用のSAMファイルの生成

678. RMassBank
Workflow to process tandem MS files and build MassBank records
タンデムMSファイルを処理し、MassBankレコードを構築するためのワークフロー

679. rRDP
Interface to the RDP Classifier
RDPクラシファイアへのインタフェース

680. STAN
The Genomic STate ANnotation Package
ゲノム状態アノテーションパッケージ

681. BCRANK
Predicting binding site consensus from ranked DNA sequences
ランク付けされたDNA配列から結合部位コンセンサスを予測する

682. clipper
Gene Set Analysis Exploiting Pathway Topology
経路トポロジーを利用する遺伝子セット分析

683. DNAshapeR
High-throughput prediction of DNA shape features
DNA形状特徴のハイスループット予測

684. flowBin
Combining multitube flow cytometry data by binning
ビニングによるマルチチューブフローサイトメトリーデータの結合

685. flowCHIC
Analyze flow cytometric data using histogram information
ヒストグラム情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

686. MiRaGE
MiRNA Ranking by Gene Expression
遺伝子発現によるmiRNAランキング

687. omicade4
Multiple co-inertia analysis of omics datasets
オミックスデータセットの多重共慣性解析

688. RTCA
Open-source toolkit to analyse data from xCELLigence System (RTCA)
xCELLigenceシステム(RTCA)からのデータを分析するためのオープンソースのツールキット

689. seqcombo
Visualization Tool for Sequence Recombination and Reassortment
配列組換えと再分類のための可視化ツール

690. SIAMCAT
Statistical Inference of Associations between Microbial Communities And host phenoTypes
微生物群集と宿主表現型の間の関連の統計的推論

691. SIMAT
GC-SIM-MS data processing and alaysis tool
GC-SIM-MSデータ処理および分析ツール

692. TargetSearch
A package for the analysis of GC-MS metabolite profiling data
GC ‐ MS代謝産物プロファイリングデータの分析のためのパッケージ

693. TransView
Read density map construction and accession. Visualization of ChIPSeq and RNASeq data sets
密度マップの作成と登録を読んでください。 ChIPSeqおよびRNASeqデータセットの可視化

694. BiRewire
High-performing routines for the randomization of a bipartite graph (or a binary event matrix), undirected and directed signed graph preserving degree distribution (or marginal totals)
2部グラフ(または2値事象行列)、無向および有向符号付きグラフ保存次数分布(または周辺合計)のランダム化のための高性能ルーチン

695. ChIPSeqSpike
ChIP-Seq data scaling according to spike-in control
スパイクイン制御によるChIP-Seqデータスケーリング

696. cogena
co-expressed gene-set enrichment analysis
同時発現遺伝子セット濃縮解析

697. flowBeads
flowBeads: Analysis of flow bead data
flowBeads:フロービーズデータの解析

698. parody
Parametric And Resistant Outlier DYtection
パラメトリックで抵抗性の異常値検出

699. TissueEnrich
Tissue-specific gene enrichment analysis
組織特異的遺伝子濃縮解析

700. yarn
YARN: Robust Multi-Condition RNA-Seq Preprocessing and Normalization
YARN:ロバスト多条件RNA-Seq前処理と正規化

701. a4
Automated Affymetrix Array Analysis Umbrella Package
自動Affymetrixアレイ解析アンブレラパッケージ

702. EmpiricalBrownsMethod
Uses Brown’s method to combine p-values from dependent tests
ブラウンの方法を使用して従属テストからのp値を結合します

703. FindMyFriends
Microbial Comparative Genomics in R
Rにおける微生物比較ゲノム

704. hipathia
HiPathia: High-throughput Pathway Analysis
HiPathia:ハイスループット経路解析

705. OPWeight
Optimal p-value weighting with independent information
独立情報を用いた最適p値重み付け

706. prebs
Probe region expression estimation for RNA-seq data for improved microarray comparability
改善されたマイクロアレイ比較可能性のためのRNA配列データのためのプローブ領域発現推定

707. PSICQUIC
Proteomics Standard Initiative Common QUery InterfaCe
プロテオミクス標準化イニシアチブ共通QUERYインターフェース

708. ROntoTools
R Onto-Tools suite
R Onto-Toolsスイート

709. RpsiXML
R interface to PSI-MI 2.5 files
PSI-MI 2.5ファイルへのRインタフェース

710. singleCellTK
Interactive Analysis of Single Cell RNA-Seq Data
単細胞RNA-Seqデータのインタラクティブ解析

711. ssviz
A small RNA-seq visualizer and analysis toolkit
小型のRNAシークビジュアライザおよび解析ツールキット

712. trio
Testing of SNPs and SNP Interactions in Case-Parent Trio Studies
症例 – 親トリオ研究におけるSNPおよびSNP相互作用の試験

713. a4Reporting
Automated Affymetrix Array Analysis Reporting Package
自動Affymetrixアレイ解析レポーティングパッケージ

714. bcSeq
Fast Sequence Mapping in High-Throughput shRNA and CRISPR Screens
ハイスループットshRNAおよびCRISPRスクリーニングにおける高速シーケンスマッピング

715. BUMHMM
Computational pipeline for computing probability of modification from structure probing experiment data
構造探査実験データからの修正確率を計算するための計算パイプライン

716. chromstaR
Combinatorial and Differential Chromatin State Analysis for ChIP-Seq Data
ChIP-Seqデータのための組み合わせおよび示差クロマチン状態分析

717. coMET
coMET: visualisation of regional epigenome-wide association scan (EWAS) results and DNA co-methylation patterns
coMET:地域エピゲノムワイド関連スキャン(EWAS)結果とDNA共メチル化パターンの可視化

718. DeepBlueR
DeepBlueR
DeepBlueR

719. discordant
The Discordant Method: A Novel Approach for Differential Correlation
不一致法:微分相関のための新しいアプローチ

720. epivizr
R Interface to epiviz web app
epiviz WebアプリへのRインターフェース

721. epivizrData
Data Management API for epiviz interactive visualization app
epivizインタラクティブ可視化アプリのためのデータ管理API

722. epivizrServer
WebSocket server infrastructure for epivizr apps and packages
epivizrアプリケーションおよびパッケージ用のWebSocketサーバーインフラストラクチャ

723. HelloRanges
Introduce *Ranges to bedtools users
Bedtoolsユーザーに* Rangesを導入する

724. InterMineR
R Interface with InterMine-Powered Databases
InterMine搭載データベースとのRインタフェース

725. MWASTools
MWASTools: an integrated pipeline to perform metabolome-wide association studies
MWASTools:メタボロームワイド関連研究を行うための統合パイプライン

726. PathwaySplice
An R Package for Unbiased Splicing Pathway Analysis
不偏スプライシング経路解析のためのRパッケージ

727. rain
Rhythmicity Analysis Incorporating Non-parametric Methods
ノンパラメトリック法を取り入れたリズム解析

728. RiboProfiling
Ribosome Profiling Data Analysis: from BAM to Data Representation and Interpretation
リボソームプロファイリングデータ解析:BAMからデータ表現および解釈へ

729. TFEA.ChIP
Analyze Transcription Factor Enrichment
転写因子濃縮を分析する

730. timecourse
Statistical Analysis for Developmental Microarray Time Course Data
発達マイクロアレイ時間経過データのための統計解析

731. a4Classif
Automated Affymetrix Array Analysis Classification Package
自動Affymetrixアレイ解析分類パッケージ

732. ABarray
Microarray QA and statistical data analysis for Applied Biosystems Genome Survey Microrarray (AB1700) gene expression data.
Applied Biosystems Genome Survey Microrarray(AB1700)遺伝子発現データのためのマイクロアレイQAおよび統計データ分析。

733. CRImage
CRImage a package to classify cells and calculate tumour cellularity
細胞を分類して腫瘍細胞数を計算するためのパッケージのCRIイメージ

734. metaArray
Integration of Microarray Data for Meta-analysis
メタ分析のためのマイクロアレイデータの統合

735. myvariant
Accesses MyVariant.info variant query and annotation services
MyVariant.infoのバリアントクエリおよび注釈サービスにアクセスする

736. OmaDB
R wrapper for the OMA REST API
OMA REST APIのRラッパー

737. RNAinteract
Estimate Pairwise Interactions from multidimensional features
多次元特徴からの対相互作用の推定

738. RNAither
Statistical analysis of high-throughput RNAi screens
ハイスループットRNAiスクリーニングの統計解析

739. Sconify
A toolkit for performing KNN-based statistics for flow and mass cytometry data
フローおよびマスサイトメトリーデータについてKNNベースの統計を実行するためのツールキット

740. seqCAT
High Throughput Sequencing Cell Authentication Toolkit
ハイスループットシーケンスセル認証ツールキット

741. tracktables
Build IGV tracks and HTML reports
IGVトラックとHTMLレポートを作成する

742. BiFET
Bias-free Footprint Enrichment Test
バイアスフリーフットプリント強化テスト

743. ExpressionAtlas
Download datasets from EMBL-EBI Expression Atlas
EMBL-EBI Expression Atlasからデータセットをダウンロードする

744. FamAgg
Pedigree Analysis and Familial Aggregation
血統分析と家族の集計

745. FELLA
Interpretation and enrichment for metabolomics data
メタボロミクスデータの解釈と濃縮

746. GeneNetworkBuilder
GeneNetworkBuilder: a bioconductor package for building regulatory network using ChIP-chip/ChIP-seq data and Gene Expression Data
GeneNetworkBuilder:ChIPチップ/ ChIPシーケンスデータと遺伝子発現データを用いて規制ネットワークを構築するためのバイオコンダクターパッケージ

747. hyperdraw
Visualizing Hypergaphs
ハイパーガフの視覚化

748. methylPipe
Base resolution DNA methylation data analysis
塩基分解DNAメチル化データ解析

749. MethylSeekR
Segmentation of Bis-seq data
Bis-seqデータのセグメンテーション

750. mgsa
Model-based gene set analysis
モデルベース遺伝子セット解析

751. phenopath
Genomic trajectories with heterogeneous genetic and environmental backgrounds
異種の遺伝的および環境的背景を持つゲノムの軌跡

752. recoup
An R package for the creation of complex genomic profile plots
複雑なゲノムプロファイルプロット作成用のRパッケージ

753. regsplice
L1-regularization based methods for detection of differential splicing
ディファレンシャルスプライシングの検出のためのL1正則化ベースの方法

754. SPLINTER
Splice Interpreter Of Transcripts
トランスクリプトのスプライスインタプリタ

755. AffyCompatible
Affymetrix GeneChip software compatibility
Affymetrix GeneChipソフトウェアの互換性

756. CNORdt
Add-on to CellNOptR: Discretized time treatments
CellNOptRへのアドオン:離散化時間処理

757. flowTime
Annotation and analysis of biological dynamical systems using flow cytometry
フローサイトメトリーを用いた生体力学系のアノテーションと解析

758. MLP
MLP
MLP

759. OmicsMarkeR
Classification and Feature Selection for ‘Omics’ Datasets
「オミックス」データセットの分類と特徴選択

760. oposSOM
Comprehensive analysis of transciptome data
トランスクリプトームデータの包括的な分析

761. savR
Parse and analyze Illumina SAV files
Illumina SAVファイルの解析と分析

762. VanillaICE
A Hidden Markov Model for high throughput genotyping arrays
ハイスループットジェノタイピングアレイのための隠れマルコフモデル

763. ABAEnrichment
Gene expression enrichment in human brain regions
ヒト脳領域における遺伝子発現濃縮

764. BaseSpaceR
R SDK for BaseSpace RESTful API
BaseSpace RESTful API用R SDK

765. BEARscc
BEARscc (Bayesian ERCC Assesstment of Robustness of Single Cell Clusters)
BEARscc(ベイズのERCCによる単一セルクラスタの堅牢性の評価)

766. BridgeDbR
Code for using BridgeDb identifier mapping framework from within R
R内からBridgeDb識別子マッピングフレームワークを使用するためのコード

767. ccmap
Combination Connectivity Mapping
組み合わせ接続性マッピング

768. contiBAIT
Improves Early Build Genome Assemblies using Strand-Seq Data
Strand-Seqデータを使用して早期構築ゲノムアセンブリを改善する

769. CoRegNet
CoRegNet : reconstruction and integrated analysis of co-regulatory networks
CoRegNet:共同規制ネットワークの再構築と統合分析

770. dcGSA
Distance-correlation based Gene Set Analysis for longitudinal gene expression profiles
縦方向遺伝子発現プロファイルのための距離相関に基づく遺伝子セット分析

771. Doscheda
A DownStream Chemo-Proteomics Analysis Pipeline
ダウンストリーム化学プロテオミクス分析パイプライン

772. flowType
Phenotyping Flow Cytometry Assays
表現型検査フローサイトメトリーアッセイ

773. GeneStructureTools
Tools for spliced gene structure manipulation and analysis
スプライス遺伝子構造の操作と解析のためのツール

774. genomes
Genome sequencing project metadata
ゲノムシークエンシングプロジェクトのメタデータ

775. motifbreakR
A Package For Predicting The Disruptiveness Of Single Nucleotide Polymorphisms On Transcription Factor Binding Sites
転写因子結合部位における一塩基多型の破壊性を予測するためのパッケージ

776. nucleR
Nucleosome positioning package for R
R用ヌクレオソーム位置決めパッケージ

777. pqsfinder
Identification of potential quadruplex forming sequences
潜在的四重鎖形成配列の同定

778. RPA
RPA: Robust Probabilistic Averaging for probe-level analysis
RPA:プローブレベル分析のためのロバスト確率平均

779. DaMiRseq
Data Mining for RNA-seq data: normalization, feature selection and classification
RNA配列データのためのデータマイニング:正規化、特徴選択および分類

780. GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking
再現性のあるGSEAベンチマーク

781. hiAnnotator
Functions for annotating GRanges objects
GRangesオブジェクトに注釈を付けるための関数

782. IMAS
Integrative analysis of Multi-omics data for Alternative Splicing
オルタナティブスプライシングのためのマルチオミックスデータの統合分析

783. maanova
Tools for analyzing Micro Array experiments
マイクロアレイ実験を解析するためのツール

784. mCSEA
Methylated CpGs Set Enrichment Analysis
メチル化CpGsセット濃縮分析

785. MSstatsTMT
Protein Significance Analysis in shotgun mass spectrometry-based proteomic experiments with tandem mass tag (TMT) labeling
タンデム質量タグ(TMT)標識を用いたショットガン質量分析に基づくプロテオーム実験における蛋白質有意性分析

786. NetPathMiner
NetPathMiner for Biological Network Construction, Path Mining and Visualization
生物学的ネットワーク構築、パスマイニングおよび可視化のためのNetPathMiner

787. omicRexposome
Exposome and omic data associatin and integration analysis
エクスポソームおよびオミックスデータの関連付けおよび統合分析

788. openPrimeR
Multiplex PCR Primer Design and Analysis
マルチプレックスPCRプライマー設計および分析

789. RRHO
Inference on agreement between ordered lists
順序付きリスト間の一致に関する推論

790. RVS
Computes estimates of the probability of related individuals sharing a rare variant
関連する個人が稀な変異を共有する確率の推定値を計算します

791. SWATH2stats
Transform and Filter SWATH Data for Statistical Packages
統計パッケージ用のSWATHデータの変換とフィルタリング

792. YAPSA
Yet Another Package for Signature Analysis
シグネチャ分析のためのさらに別のパッケージ

793. yaqcaffy
Affymetrix expression data quality control and reproducibility analysis
Affymetrix発現データの品質管理と再現性分析

794. CNVtools
A package to test genetic association with CNV data
CNVデータとの遺伝的関連性をテストするためのパッケージ

795. drawProteins
Package to Draw Protein Schematics from Uniprot API output
Uniprot APIの出力からProtein Schematicsを描画するためのパッケージ

796. GateFinder
Projection-based Gating Strategy Optimization for Flow and Mass Cytometry
フローおよびマスサイトメトリーのための射影に基づくゲーティング戦略の最適化

797. hicrep
Measuring the reproducibility of Hi-C data
Hi-Cデータの再現性測定

798. keggorthology
graph support for KO, KEGG Orthology
KO、KEGG Orthologyのグラフサポート

799. MaxContrastProjection
Perform a maximum contrast projection of 3D images along the z-dimension into 2D
z次元に沿って3D画像を2Dに最大コントラスト投影する

800. MEIGOR
MEIGO – MEtaheuristics for bIoinformatics Global Optimization
MEIGO – バイオインフォマティクスの大域的最適化のための計測ヒューリスティックス

801. meshes
MeSH Enrichment and Semantic analyses
MeSHエンリッチメントとセマンティック分析

802. MethPed
A DNA methylation classifier tool for the identification of pediatric brain tumor subtypes
小児脳腫瘍サブタイプの同定のためのDNAメチル化分類ツール

803. omicplotR
Visual Exploration of Omic Datasets Using a Shiny App
光沢のあるアプリを使ったオーミックデータセットの視覚的探査

804. Rcade
R-based analysis of ChIP-seq And Differential Expression – a tool for integrating a count-based ChIP-seq analysis with differential expression summary data
ChIP-seqと微分発現のRベース解析 – カウントベースのChIP-seq解析と微分発現サマリーデータを統合するためのツール

805. runibic
runibic: row-based biclustering algorithm for analysis of gene expression data in R
runibic:Rにおける遺伝子発現データの解析のための行ベースバイクラスタリングアルゴリズム

806. SDAMS
Differential Abundant Analysis for Metabolomics and Proteomics Data
メタボロミクスおよびプロテオミクスデータのための示差豊富分析

807. SummarizedBenchmark
Classes and methods for performing benchmark comparisons
ベンチマーク比較を実行するためのクラスと方法

808. uSORT
uSORT: A self-refining ordering pipeline for gene selection
uSORT:遺伝子選択のための自己精製順序付けパイプライン

809. acde
Artificial Components Detection of Differentially Expressed Genes
特異的に発現している遺伝子の人工成分検出

810. beadarraySNP
Normalization and reporting of Illumina SNP bead arrays
Illumina SNPビーズアレイの正規化と報告

811. BiocPkgTools
Collection of simple tools for learning about Bioc Packages
Biocパッケージについて学ぶためのシンプルなツール集

812. cghMCR
Find chromosome regions showing common gains/losses
一般的な増減を示す染色体領域を見つける

813. chimera
A package for secondary analysis of fusion products
核融合生成物の二次分析用パッケージ

814. COHCAP
CpG Island Analysis Pipeline for Illumina Methylation Array and Targeted BS-Seq Data
イルミナメチル化アレイ用CpGアイランド分析パイプラインとターゲットBS-Seqデータ

815. covEB
Empirical Bayes estimate of block diagonal covariance matrices
ブロック対角共分散行列の経験的ベイズ推定

816. DEScan2
Differential Enrichment Scan 2
示差濃縮スキャン2

817. EDDA
Experimental Design in Differential Abundance analysis
微分存在量分析における実験計画

818. GeneticsDesign
Functions for designing genetics studies
遺伝学研究をデザインするための機能

819. LPE
Methods for analyzing microarray data using Local Pooled Error (LPE) method
Local Pooled Error(LPE)法を用いたマイクロアレイデータの解析方法

820. MIMOSA
Mixture Models for Single-Cell Assays
シングルセルアッセイの混合モデル

821. PREDA
Position Related Data Analysis
ポジション関連データ分析

822. rCGH
Comprehensive Pipeline for Analyzing and Visualizing Array-Based CGH Data
アレイベースCGHデータの解析と可視化のための包括的なパイプライン

823. sampleClassifier
Sample Classifier
サンプル分類器

824. synlet
Hits Selection for Synthetic Lethal RNAi Screen Data
合成致死RNAiスクリーンデータのためのヒット選択

825. TEQC
Quality control for target capture experiments
標的捕捉実験のための品質管理

826. alsace
ALS for the Automatic Chemical Exploration of mixtures
混合物の自動化学探査のためのALS

827. BiocWorkflowTools
Tools to aid the development of Bioconductor Workflow packages
Bioconductorワークフローパッケージの開発を支援するツール

828. CausalR
Causal network analysis methods
因果ネットワーク分析法

829. dexus
DEXUS – Identifying Differential Expression in RNA-Seq Studies with Unknown Conditions or without Replicates
DEXUS – 未知条件または複製なしのRNA-Seq研究における差次的発現の同定

830. eisa
Expression data analysis via the Iterative Signature Algorithm
反復署名アルゴリズムによる発現データ分析

831. HybridMTest
Hybrid Multiple Testing
ハイブリッドマルチテスト

832. mdp
Molecular Degree of Perturbation calculates scores for transcriptome data samples based on their perturbation from controls
分子摂動度は、コントロールからの摂動に基づいてトランスクリプトームデータサンプルのスコアを計算します。

833. msgbsR
msgbsR: methylation sensitive genotyping by sequencing (MS-GBS) R functions
msgbsR:配列決定によるメチル化感受性遺伝子型判定(MS-GBS)R機能

834. pkgDepTools
Package Dependency Tools
パッケージ依存関係ツール

835. ScISI
In Silico Interactome
インシリコインタラクトーム

836. SPEM
S-system parameter estimation method
Sシステムパラメータ推定法

837. STROMA4
Assign Properties to TNBC Patients
TNBC患者にプロパティを割り当てる

838. ABSSeq
ABSSeq: a new RNA-Seq analysis method based on modelling absolute expression differences
ABSSeq:絶対発現差のモデリングに基づく新しいRNA ‐ Seq分析法

839. biosigner
Signature discovery from omics data
オミックスデータからの署名発見

840. ccrepe
ccrepe_and_nc.score
ccrepe_and_nc.score

841. CHRONOS
CHRONOS: A time-varying method for microRNA-mediated sub-pathway enrichment analysis
CHRONOS:マイクロRNA媒介サブ経路濃縮分析のための時変法

842. crossmeta
Cross Platform Meta-Analysis of Microarray Data
マイクロアレイデータのクロスプラットフォームメタ分析

843. FourCSeq
Package analyse 4C sequencing data
パッケージ分析4Cシーケンスデータ

844. GOFunction
GO-function: deriving biologcially relevant functions from statistically significant functions
GO機能:統計的に有意な機能から生物学的に関連する機能を導き出す

845. IONiseR
Quality Assessment Tools for Oxford Nanopore MinION data
オックスフォードナノポアMinIONデータの品質評価ツール

846. metagene
A package to produce metagene plots
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ

847. OutlierD
Outlier detection using quantile regression on the M-A scatterplots of high-throughput data
ハイスループットデータのM ‐ A散布図に対する分位点回帰を用いた異常値検出

848. PAA
PAA (Protein Array Analyzer)
PAA(プロテインアレイアナライザー)

849. pandaR
PANDA Algorithm
PANDAアルゴリズム

850. pogos
PharmacOGenomics Ontology Support
Pharmacogenomicsオントロジーサポート

851. riboSeqR
Analysis of sequencing data from ribosome profiling experiments
リボソームプロファイリング実験からの配列決定データの分析

852. seqsetvis
Set Based Visualizations for Next-Gen Sequencing Data
次世代シーケンスデータのための集合ベースの可視化

853. slalom
Factorial Latent Variable Modeling of Single-Cell RNA-Seq Data
単細胞RNA ‐ Seqデータの階乗潜在変数モデリング

854. Trendy
Breakpoint analysis of time-course expression data
経時的発現データのブレークポイント解析

855. Uniquorn
Identification of cancer cell lines based on their weighted mutational/ variational fingerprint
それらの加重突然変異/変異フィンガープリントに基づく癌細胞株の同定

856. weaver
Tools and extensions for processing Sweave documents
Sweave文書を処理するためのツールと拡張

857. AMOUNTAIN
Active modules for multilayer weighted gene co-expression networks: a continuous optimization approach
多層加重遺伝子共発現ネットワークのためのアクティブモジュール:連続最適化アプローチ

858. ASSIGN
Adaptive Signature Selection and InteGratioN (ASSIGN)
適応型シグネチャ選択と統合(ASSIGN)

859. BEAT
BEAT – BS-Seq Epimutation Analysis Toolkit
BEAT – BS-Seqエピミュテーション解析ツールキット

860. CNVPanelizer
Reliable CNV detection in targeted sequencing applications
標的シークエンシング用途における信頼できるCNV検出

861. compEpiTools
Tools for computational epigenomics
計算エピゲノミクスのためのツール

862. CompGO
An R pipeline for .bed file annotation, comparing GO term enrichment between gene sets and data visualisation
遺伝子セットとデータ可視化の間のGO用語濃縮を比較する.bedファイル注釈のためのRパイプライン

863. GenoGAM
A GAM based framework for analysis of ChIP-Seq data
ChIP ‐ Seqデータ解析のためのGAMベースのフレームワーク

864. LineagePulse
Differential expression analysis and model fitting for single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データのための示差的発現分析とモデルフィッティング

865. MetaCyto
MetaCyto: A package for meta-analysis of cytometry data
MetaCyto:サイトメトリーデータのメタ分析のためのパッケージ

866. MethylAid
Visual and interactive quality control of large Illumina DNA Methylation array data sets
大規模なイルミナDNAメチル化アレイデータセットの視覚的およびインタラクティブな品質管理

867. pRolocGUI
Interactive visualisation of spatial proteomics data
空間プロテオミクスデータの対話型可視化

868. RTNduals
Analysis of co-regulation and inference of ‘dual regulons’
「二重レギュロン」の共調節と推論の分析

869. scmeth
Functions to conduct quality control analysis in methylation data
メチル化データの品質管理分析を行う機能

870. Streamer
Enabling stream processing of large files
大きなファイルのストリーム処理を有効にする

871. tenXplore
ontological exploration of scRNA-seq of 1.3 million mouse neurons from 10x genomics
10倍ゲノミクスからの130万マウスニューロンのscRNAシーケンスのオントロジー探査

872. AllelicImbalance
Investigates Allele Specific Expression
対立遺伝子特異的発現を調査する

873. altcdfenvs
alternative CDF environments (aka probeset mappings)
代替CDF環境(別名プローブセット・マッピング)

874. ASICS
Automatic Statistical Identification in Complex Spectra
複素スペクトルにおける自動統計的同定

875. ASSET
An R package for subset-based association analysis of heterogeneous traits and subtypes
異種形質とサブタイプのサブセットに基づく関連分析のためのRパッケージ

876. BEclear
Correction of batch effects in DNA methylation data
DNAメチル化データにおけるバッチ効果の補正

877. canceR
A Graphical User Interface for accessing and modeling the Cancer Genomics Data of MSKCC
MSKCCの癌ゲノムデータにアクセスしモデリングするためのグラフィカルユーザインタフェース

878. FitHiC
Confidence estimation for intra-chromosomal contact maps
染色体内接触マップの信頼性推定

879. Genominator
Analyze, manage and store genomic data
ゲノムデータの分析、管理、保存

880. mdgsa
Multi Dimensional Gene Set Analysis.
多次元遺伝子セット分析

881. miRBaseConverter
A comprehensive and high-efficiency tool for converting and retrieving the information of miRNAs in different miRBase versions
異なるmiRBaseバージョンのmiRNAの情報を変換および取得するための包括的で高効率のツール

882. PANR
Posterior association networks and functional modules inferred from rich phenotypes of gene perturbations
遺伝子摂動の豊富な表現型から推論される事後関連ネットワークと機能モジュール

883. sincell
R package for the statistical assessment of cell state hierarchies from single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データからの細胞状態階層の統計的評価のためのRパッケージ

884. tofsims
Import, process and analysis of Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry (ToF-SIMS) imaging data
飛行時間型二次イオン質量分析(ToF-SIMS)イメージングデータのインポート、処理、および分析

885. AffyExpress
Affymetrix Quality Assessment and Analysis Tool
Affymetrix品質評価分析ツール

886. anota
ANalysis Of Translational Activity (ANOTA).
翻訳活性の分析(アノタ)。

887. cbaf
Automated functions for comparing various data from cbioportal.org
cbioportal.orgからのさまざまなデータを比較するための自動化機能

888. doppelgangR
Identify likely duplicate samples from genomic or meta-data
ゲノムデータまたはメタデータから重複する可能性のあるサンプルを特定する

889. oneSENSE
One-Dimensional Soli-Expression by Nonlinear Stochastic Embedding (OneSENSE)
非線形確率埋め込みによる一次元ソリ表現(OneSENSE)

890. PhenStat
Statistical analysis of phenotypic data
表現型データの統計解析

891. ppiStats
Protein-Protein Interaction Statistical Package
タンパク質 – タンパク質相互作用統計パッケージ

892. Roleswitch
Infer miRNA-mRNA interactions using paired expression data from a single sample
単一サンプルからの対になった発現データを用いてmiRNA-mRNA相互作用を推論する

893. RSVSim
RSVSim: an R/Bioconductor package for the simulation of structural variations
RSVSim:構造変化のシミュレーションのためのR / Bioconductorパッケージ

894. srnadiff
Differential Expression of Small RNA-Seq
低分子RNAシーケンスの差次的発現

895. alpine
alpine
高山

896. BiGGR
Constraint based modeling in R using metabolic reconstruction databases
代謝再構成データベースを用いたRにおける制約ベースモデリング

897. CALIB
Calibration model for estimating absolute expression levels from microarray data
マイクロアレイデータから絶対発現レベルを推定するための較正モデル

898. ChromHeatMap
Heat map plotting by genome coordinate
ゲノム座標によるヒートマッププロット

899. DriverNet
Drivernet: uncovering somatic driver mutations modulating transcriptional networks in cancer
Drivernet:癌における転写ネットワークを調節する体細胞ドライバー変異の発見

900. groHMM
GRO-seq Analysis Pipeline
GRO-seq分析パイプライン

901. iPAC
Identification of Protein Amino acid Clustering
タンパク質アミノ酸クラスタリングの同定

902. Pviz
Peptide Annotation and Data Visualization using Gviz
Gvizを用いたペプチドアノテーションとデータの可視化

903. RbcBook1
Support for Springer monograph on Bioconductor
バイオコンダクターのSpringerモノグラフのサポート

904. roar
Identify differential APA usage from RNA-seq alignments
RNA-seqアライメントからのAPA使用量の差を特定する

905. SLqPCR
Functions for analysis of real-time quantitative PCR data at SIRS-Lab GmbH
SIRS-Lab GmbHのリアルタイム定量PCRデータ解析機能

906. snapCGH
Segmentation, normalisation and processing of aCGH data.
aCGHデータのセグメンテーション、正規化および処理

907. timescape
Patient Clonal Timescapes
患者のクローンタイムスケープ

908. BPRMeth
Model higher-order methylation profiles
高次メチル化プロファイルのモデル化

909. CGHregions
Dimension Reduction for Array CGH Data with Minimal Information Loss.
最小限の情報損失で配列CGHデータの次元削減

910. CNAnorm
A normalization method for Copy Number Aberration in cancer samples
癌試料におけるコピー数異常の正規化法

911. GeneExpressionSignature
Gene Expression Signature based Similarity Metric
遺伝子発現シグネチャに基づく類似性計量

912. InTAD
Search for correlation between epigenetic signals and gene expression in TADs
TADにおけるエピジェネティックシグナルと遺伝子発現の間の相関関係の探索

913. miRNApath
miRNApath: Pathway Enrichment for miRNA Expression Data
miRNApath:miRNA発現データのための経路濃縮

914. OSAT
OSAT: Optimal Sample Assignment Tool
OSAT:最適サンプル割当ツール

915. RBioinf
RBioinf
RBioinf

916. rcellminer
rcellminer: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines
rcellminer:NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

917. RTNsurvival
Survival analysis using transcriptional networks inferred by the RTN package
RTNパッケージにより推論される転写ネットワークを用いた生存分析

918. sigaR
Statistics for Integrative Genomics Analyses in R
Rにおける統合的ゲノム解析のための統計

919. xps
Processing and Analysis of Affymetrix Oligonucleotide Arrays including Exon Arrays, Whole Genome Arrays and Plate Arrays
エキソンアレイ、全ゲノムアレイおよびプレートアレイを含むAffymetrixオリゴヌクレオチドアレイの処理および分析

920. BiocCaseStudies
BiocCaseStudies: Support for the Case Studies Monograph
BiocCaseStudies:ケーススタディモノグラフのサポート

921. BufferedMatrix
A matrix data storage object held in temporary files
一時ファイルに保持されているマトリックスデータストレージオブジェクト

922. cellscape
Explores single cell copy number profiles in the context of a single cell tree
シングルセルツリーのコンテキストでシングルセルコピー数プロファイルを調べます

923. cleanUpdTSeq
This package classifies putative polyadenylation sites as true or false/internally oligodT primed
このパッケージは、推定ポリアデニル化部位を真または偽/内部オリゴヌクレオチドプライミングとして分類する。

924. genphen
A tool for quantification of associations between genotypes and phenotypes in genome wide association studies (GWAS) with Bayesian inference and statistical learning
ベイズ推定および統計的学習を用いたゲノムワイド関連研究(GWAS)における遺伝子型と表現型の間の関連の定量化のためのツール

925. gsean
Gene Set Enrichment Analysis with Networks
ネットワークを用いた遺伝子セット濃縮解析

926. LMGene
LMGene Software for Data Transformation and Identification of Differentially Expressed Genes in Gene Expression Arrays
遺伝子発現アレイにおけるデータ変換および発現の異なる遺伝子の同定のためのLMGeneソフトウェア

927. LymphoSeq
Analyze high-throughput sequencing of T and B cell receptors
TおよびB細胞受容体のハイスループットシークエンシングを解析する

928. MetaboSignal
MetaboSignal: a network-based approach to overlay and explore metabolic and signaling KEGG pathways
MetaboSignal:代謝およびシグナル伝達KEGG経路を重ねて探索するためのネットワークベースのアプローチ

929. metaSeq
Meta-analysis of RNA-Seq count data in multiple studies
複数の研究におけるRNA-Seqカウントデータのメタ分析

930. miRLAB
Dry lab for exploring miRNA-mRNA relationships
miRNA-mRNA関係を調査するためのドライラボ

931. Polyfit
Add-on to DESeq to improve p-values and q-values
p値とq値を改善するためのDESeqへのアドオン

932. samExploreR
samExploreR package: high-performance read summarisation to count vectors with avaliability of sequencing depth reduction simulation
samExploreRパッケージ:シーケンシング深さ減少シミュレーションの可能性を持つベクトルをカウントするための高性能読み取り要約

933. seqbias
Estimation of per-position bias in high-throughput sequencing data
ハイスループット配列決定データにおける位置ごとの偏りの推定

934. sizepower
Sample Size and Power Calculation in Micorarray Studies
Micorarray研究における標本サイズと検出力の計算

935. affyContam
structured corruption of affymetrix cel file data
affymetrix celファイルデータの構造化された破損

936. AffyRNADegradation
Analyze and correct probe positional bias in microarray data due to RNA degradation
RNA分解によるマイクロアレイデータ中のプローブ位置の偏りの分析と修正

937. ArrayTV
Implementation of wave correction for arrays
アレイのための波補正の実装

938. CancerMutationAnalysis
Cancer mutation analysis
癌変異解析

939. charm
Analysis of DNA methylation data from CHARM microarrays
CHARMマイクロアレイからのDNAメチル化データの分析

940. cisPath
Visualization and management of the protein-protein interaction networks.
蛋白質 – 蛋白質相互作用ネットワークの可視化と管理

941. clippda
A package for the clinical proteomic profiling data analysis
臨床プロテオームプロファイリングデータ分析のためのパッケージ

942. codelink
Manipulation of Codelink microarray data
Codelinkマイクロアレイデータの操作

943. copa
Functions to perform cancer outlier profile analysis.
がん異常値プロファイル分析を実行するための機能。

944. ExperimentHubData
Add resources to ExperimentHub
ExperimentHubにリソースを追加する

945. Logolas
EDLogo Plots Featuring String Logos and Adaptive Scaling of Position-Weight Matrices
文字列ロゴと位置重み行列の適応スケーリングを特徴とするEDLogoプロット

946. MineICA
Analysis of an ICA decomposition obtained on genomics data
ゲノミクスデータから得られたICA分解の分析

947. Path2PPI
Prediction of pathway-related protein-protein interaction networks
経路関連タンパク質 – タンパク質相互作用ネットワークの予測

948. QuaternaryProd
Computes the Quaternary Dot Product Scoring Statistic for Signed and Unsigned Causal Graphs
符号付きおよび符号なしの因果グラフの4次ドット積スコアを計算する

949. switchBox
Utilities to train and validate classifiers based on pair switching using the K-Top-Scoring-Pair (KTSP) algorithm
K-Top-Scoring-Pair(KTSP)アルゴリズムを使用したペア切り替えに基づく分類器の学習と検証のためのユーティリティ

950. ADaCGH2
Analysis of big data from aCGH experiments using parallel computing and ff objects
並列計算とffオブジェクトを用いたaCGH実験からのビッグデータの解析

951. affyPara
Parallelized preprocessing methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays
Affymetrixオリゴヌクレオチドアレイのための並列化前処理法

952. AGDEX
Agreement of Differential Expression Analysis
差次的発現分析の合意

953. ASEB
Predict Acetylated Lysine Sites
アセチル化リジン部位の予測

954. cellGrowth
Fitting cell population growth models
細胞集団増殖モデルの適合

955. CFAssay
Statistical analysis for the Colony Formation Assay
コロニー形成アッセイのための統計分析

956. CorMut
Detect the correlated mutations based on selection pressure
選択圧に基づいて相関突然変異を検出する

957. esetVis
Visualizations of expressionSet Bioconductor object
expressionSetのビジュアライゼーションBioconductorオブジェクト

958. flowVS
Variance stabilization in flow cytometry (and microarrays)
フローサイトメトリー(およびマイクロアレイ)における分散安定化

959. iCNV
Integrated Copy Number Variation detection
統合コピー数の変動検出

960. Metab
Metab: An R Package for a High-Throughput Analysis of Metabolomics Data Generated by GC-MS.
Metab GC ‐ MSによって生成されたメタボロミクスデータのハイスループット分析のためのRパッケージ

961. PECA
Probe-level Expression Change Averaging
プローブレベルの発現変化の平均化

962. RITAN
Rapid Integration of Term Annotation and Network resources
用語注釈とネットワークリソースの迅速な統合

963. RUVnormalize
RUV for normalization of expression array data
式配列データの正規化のためのRUV

964. shinyTANDEM
Provides a GUI for rTANDEM
rTANDEM用のGUIを提供します

965. adSplit
Annotation-Driven Clustering
アノテーション駆動型クラスタリング

966. anamiR
An integrated analysis package of miRNA and mRNA expression data
miRNAとmRNA発現データの統合解析パッケージ

967. ASGSCA
Association Studies for multiple SNPs and multiple traits using Generalized Structured Equation Models
一般化構造化方程式モデルを用いた多重SNPおよび多重形質の関連研究

968. birta
Bayesian Inference of Regulation of Transcriptional Activity
転写活性調節のベイズ推定

969. cancerclass
Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data
高次元分子データからの診断テストの開発と検証

970. clst
Classification by local similarity threshold
局所類似度しきい値による分類

971. epivizrStandalone
Run Epiviz Interactive Genomic Data Visualization App within R
R内でEpiviz Interactiveのゲノムデータ可視化アプリケーションを実行する

972. farms
FARMS – Factor Analysis for Robust Microarray Summarization
FARMS – ロバストマイクロアレイ要約のための因子分析

973. ffpe
Quality assessment and control for FFPE microarray expression data
FFPEマイクロアレイ発現データの品質評価と管理

974. FlowRepositoryR
FlowRepository R Interface
FlowRepository Rインターフェース

975. GraphPAC
Identification of Mutational Clusters in Proteins via a Graph Theoretical Approach.
グラフ理論的アプローチによる蛋白質中の突然変異クラスターの同定

976. GRENITS
Gene Regulatory Network Inference Using Time Series
時系列を用いた遺伝子制御ネットワークの推論

977. LowMACA
LowMACA – Low frequency Mutation Analysis via Consensus Alignment
LowMACA – コンセンサスアライメントによる低頻度変異解析

978. motifcounter
R package for analysing TFBSs in DNA sequences
DNA配列中のTFBSを分析するためのRパッケージ

979. NarrowPeaks
Shape-based Analysis of Variation in ChIP-seq using Functional PCA
機能的PCAを用いたChIP-seqの変動の形状ベース分析

980. nondetects
Non-detects in qPCR data
qPCRデータで検出されない

981. OncoSimulR
Forward Genetic Simulation of Cancer Progression with Epistasis
エピスタシスを伴う癌進行の順方向遺伝的シミュレーション

982. PathoStat
PathoStat Statistical Microbiome Analysis Package
PathoStat統計マイクロバイオーム解析パッケージ

983. Pbase
Manipulating and exploring protein and proteomics data
タンパク質およびプロテオミクスデータの操作と調査

984. qpcrNorm
Data-driven normalization strategies for high-throughput qPCR data.
ハイスループットqPCRデータのためのデータ駆動型正規化戦略

985. RCyjs
Display and manipulate graphs in cytoscape.js
cytoscape.jsでグラフを表示および操作する

986. Rhisat2
R Wrapper for HISAT2 Aligner
HISAT2アライナ用Rラッパー

987. rTRM
Identification of transcriptional regulatory modules from PPI networks
PPIネットワークからの転写調節モジュールの同定

988. RUVcorr
Removal of unwanted variation for gene-gene correlations and related analysis
遺伝子間相関および関連分析のための不要な変異の除去

989. SBMLR
SBML-R Interface and Analysis Tools
SBML-Rインタフェースと解析ツール

990. seq2pathway
a novel tool for functional gene-set (or termed as pathway) analysis of next-generation sequencing data
次世代シークエンシングデータの機能的遺伝子セット(または経路と呼ばれる)分析のための新しいツール

991. TargetScore
TargetScore: Infer microRNA targets using microRNA-overexpression data and sequence information
TargetScore:マイクロRNA過剰発現データおよび配列情報を用いたマイクロRNA標的の推論

992. TMixClust
Time Series Clustering of Gene Expression with Gaussian Mixed-Effects Models and Smoothing Splines
ガウス混合効果モデルと平滑化スプラインを用いた遺伝子発現の時系列クラスタリング

993. TxRegInfra
Metadata management for multiomic specification of transcriptional regulatory networks
転写調節ネットワークのマルチミック仕様に対するメタデータ管理

994. affyILM
Linear Model of background subtraction and the Langmuir isotherm
バックグラウンド減算の線形モデルとLangmuir等温式

995. BADER
Bayesian Analysis of Differential Expression in RNA Sequencing Data
RNA配列決定データにおける差次的発現のベイズ分析

996. basecallQC
Working with Illumina Basecalling and Demultiplexing input and output files
Illumina BasecallingおよびDemultiplexingの入力ファイルと出力ファイルの操作

997. bgx
Bayesian Gene eXpression
ベイジアン遺伝子発現

998. bigmelon
Illumina methylation array analysis for large experiments
大規模実験のためのイルミナメチル化アレイ分析

999. BioNetStat
Biological Network Analysis
生物学的ネットワーク分析

1000. chromswitch
An R package to detect chromatin state switches from epigenomic data
エピゲノムデータからクロマチン状態スイッチを検出するためのRパッケージ

1001. coRdon
Codon Usage Analysis and Prediction of Gene Expressivity
コドン使用分析および遺伝子発現性の予測

1002. DiffLogo
DiffLogo: A comparative visualisation of biooligomer motifs
DiffLogo:バイオオリゴマーモチーフの比較可視化

1003. epigenomix
Epigenetic and gene transcription data normalization and integration with mixture models
エピジェネティックおよび遺伝子転写データの正規化および混合モデルとの統合

1004. frmaTools
Frozen RMA Tools
冷凍RMAツール

1005. FunciSNP
Integrating Functional Non-coding Datasets with Genetic Association Studies to Identify Candidate Regulatory SNPs
機能的非コード化データセットと遺伝的関連研究との統合による候補調節SNPの同定

1006. h5vc
Managing alignment tallies using a hdf5 backend
hdf5バックエンドを使ったアライメント集計の管理

1007. hmdbQuery
utilities for exploration of human metabolome database
ヒトメタボロームデータベースの探索のためのユーティリティ

1008. iterativeBMA
The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) algorithm
反復ベイズモデル平均化(BMA)アルゴリズム

1009. LOBSTAHS
Lipid and Oxylipin Biomarker Screening through Adduct Hierarchy Sequences
付加物階層配列による脂質およびオキシリピンバイオマーカースクリーニング

1010. metavizr
R Interface to the metaviz web app for interactive metagenomics data analysis and visualization
対話型メタゲノミクスデータ分析および可視化のためのmetaviz Webアプリケーションへのインタフェース

1011. mogsa
Multiple omics data integrative clustering and gene set analysis
多重オミックスデータ統合的クラスタリングと遺伝子セット分析

1012. netresponse
Functional Network Analysis
機能ネットワーク解析

1013. normr
Normalization and difference calling in ChIP-seq data
ChIP-seqデータにおける正規化と差分呼び出し

1014. panp
Presence-Absence Calls from Negative Strand Matching Probesets
マイナス鎖マッチングプローブセットからの不在呼び出し

1015. PGA
An package for identification of novel peptides by customized database derived from RNA-Seq
RNA-Seq由来のカスタマイズされたデータベースによる新規ペプチドの同定のためのパッケージ

1016. staRank
Stability Ranking
安定性ランキング

1017. artMS
Analytical R tools for Mass Spectrometry
質量分析用分析Rツール

1018. BLMA
BLMA: A package for bi-level meta-analysis
BLMA:バイレベルメタアナリシスのためのパッケージ

1019. BufferedMatrixMethods
Microarray Data related methods that utlize BufferedMatrix objects
BufferedMatrixオブジェクトを利用したマイクロアレイデータ関連メソッド

1020. cellbaseR
Querying annotation data from the high performance Cellbase web
高性能Cellbase Webからの注釈データの照会

1021. Clonality
Clonality testing
クローン性テスト

1022. CoCiteStats
Different test statistics based on co-citation.
共引用に基づくさまざまな検定統計

1023. DEqMS
a tool to perform statistical analysis of differential protein expression for quantitative proteomics data.
定量的プロテオミクスデータのための示差的タンパク質発現の統計的分析を行うためのツール。

1024. EventPointer
An effective identification of alternative splicing events using junction arrays and RNA-Seq data
ジャンクションアレイとRNA ‐ Seqデータを用いたオルタナティブスプライシング事象の効果的同定

1025. factDesign
Factorial designed microarray experiment analysis
要因計画マイクロアレイ実験分析

1026. methylGSA
Gene Set Analysis Using the Outcome of Differential Methylation
示差メチル化の結果を用いた遺伝子セット分析

1027. OUTRIDER
OUTRIDER – OUTlier in RNA-Seq fInDER
OUTRIDER – RNA-Seq fInDERの異常値

1028. PathNet
An R package for pathway analysis using topological information
位相情報を用いた経路解析のためのRパッケージ

1029. plateCore
Statistical tools and data structures for plate-based flow cytometry
プレートベースフローサイトメトリーのための統計的ツールとデータ構造

1030. PPInfer
Inferring functionally related proteins using protein interaction networks
タンパク質相互作用ネットワークを用いた機能的に関連したタンパク質の推論

1031. SANTA
Spatial Analysis of Network Associations
ネットワークアソシエーションの空間分析

1032. universalmotif
Import, Modify, and Export Motifs with R
Rを使用したモチーフのインポート、変更、およびエクスポート

1033. VariantFiltering
Filtering of coding and non-coding genetic variants
コーディングおよび非コーディングの遺伝的変異体のフィルタリング

1034. BAC
Bayesian Analysis of Chip-chip experiment
チップ – チップ実験のベイズ分析

1035. celaref
Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference
参照による単一細胞RNAseq細胞クラスター標識

1036. ChIPComp
Quantitative comparison of multiple ChIP-seq datasets
複数のChIP-seqデータセットの定量的比較

1037. DART
Denoising Algorithm based on Relevance network Topology
関連性ネットワークトポロジーに基づく雑音除去アルゴリズム

1038. EBcoexpress
EBcoexpress for Differential Co-Expression Analysis
示差共発現分析のためのEBcoexpress

1039. EGAD
Extending guilt by association by degree
学位による協会による罪悪感の拡大

1040. fCI
f-divergence Cutoff Index for Differential Expression Analysis in Transcriptomics and Proteomics
トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスにおける示差発現分析のためのf発散カットオフ指数

1041. FRGEpistasis
Epistasis Analysis for Quantitative Traits by Functional Regression Model
機能的回帰モデルによる量的形質のエピスタシス解析

1042. GeneSelectMMD
Gene selection based on the marginal distributions of gene profiles that characterized by a mixture of three-component multivariate distributions
三成分多変量分布の混合を特徴とする遺伝子プロファイルの周辺分布に基づく遺伝子選択

1043. GraphAlignment
GraphAlignment
GraphAlignment

1044. MBASED
Package containing functions for ASE analysis using Meta-analysis Based Allele-Specific Expression Detection
メタ分析に基づく対立遺伝子特異的発現検出を用いたASE分析のための機能を含むパッケージ

1045. Mergeomics
Integrative network analysis of omics data
オミックスデータの統合ネットワーク分析

1046. MoonlightR
Identify oncogenes and tumor suppressor genes from omics data
オミックスデータから癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子を同定する

1047. nethet
A bioconductor package for high-dimensional exploration of biological network heterogeneity
生物学的ネットワーク不均一性の高次元探査のためのバイオコンダクタパッケージ

1048. ontoProc
processing of ontologies of anatomy, cell lines, and so on
解剖学、細胞株などのオントロジーの処理

1049. pepXMLTab
Parsing pepXML files and filter based on peptide FDR.
pepXMLファイルの解析とペプチドFDRに基づくフィルタ。

1050. RCAS
RNA Centric Annotation System
RNA中心アノテーションシステム

1051. rDGIdb
R Wrapper for DGIdb
DGIdb用Rラッパー

1052. REMP
Repetitive Element Methylation Prediction
反復要素メチル化予測

1053. seqCNA
Copy number analysis of high-throughput sequencing cancer data
ハイスループット配列決定癌データのコピー数分析

1054. SpacePAC
Identification of Mutational Clusters in 3D Protein Space via Simulation.
シミュレーションによる3D蛋白質空間における突然変異クラスターの同定

1055. SVAPLSseq
SVAPLSseq-An R package to estimate the hidden factors of unwanted variability and adjust for them to enable a more powerful and accurate differential expression analysis based on RNAseq data
SVAPLSseq – 望まれない変動の隠れた要因を推定し、それらを調整してRNAseqデータに基づくより強力で正確な示差的発現分析を可能にするRパッケージ

1056. antiProfiles
Implementation of gene expression anti-profiles
遺伝子発現アンチプロファイルの実装

1057. ARRmNormalization
Adaptive Robust Regression normalization for Illumina methylation data
Illuminaメチル化データのための適応ロバスト回帰正規化

1058. bayNorm
Single-cell RNA sequencing data normalization
単一細胞RNA配列決定データの正規化

1059. categoryCompare
Meta-analysis of high-throughput experiments using feature annotations
特徴注釈を用いたハイスループット実験のメタ分析

1060. Clomial
Infers clonal composition of a tumor
腫瘍のクローン構成を推測します

1061. cn.farms
cn.FARMS – factor analysis for copy number estimation
cn.FARMS – コピー数推定のための因子分析

1062. cnvGSA
Gene Set Analysis of (Rare) Copy Number Variants
(希)コピー数変異体の遺伝子セット分析

1063. DEsubs
DEsubs: an R package for flexible identification of differentially expressed subpathways using RNA-seq expression experiments
DEsubs:RNA ‐ seq発現実験を用いた差次的発現サブ経路の柔軟な同定のためのRパッケージ

1064. InPAS
InPAS: a bioconductor package for the identification of novel alternative PolyAdenylation Sites (PAS) using RNA-seq data
InPAS:RNA配列データを用いた新規代替ポリアデニル化部位(PAS)の同定のためのバイオコンダクタパッケージ

1065. intansv
Integrative analysis of structural variations
構造変化の統合分析

1066. lmdme
Linear Model decomposition for Designed Multivariate Experiments
設計された多変量実験のための線形モデル分解

1067. M3D
Identifies differentially methylated regions across testing groups
テストグループ間で異なるメチル化領域を識別

1068. maigesPack
Functions to handle cDNA microarray data, including several methods of data analysis
データ解析のいくつかの方法を含むcDNAマイクロアレイデータを扱うための機能

1069. mdqc
Mahalanobis Distance Quality Control for microarrays
マイクロアレイのためのマハラノビス距離品質管理

1070. MetCirc
Navigating mass spectral similarity in high-resolution MS/MS metabolomics data
高分解能MS / MSメタボロミクスデータにおけるマススペクトル類似性のナビゲート

1071. miRNAmeConverter
Convert miRNA Names to Different miRBase Versions
miRNA名を異なるmiRBaseバージョンに変換する

1072. NADfinder
Call wide peaks for sequencing data
シーケンシングデータの広いピークを呼び出す

1073. npGSEA
Permutation approximation methods for gene set enrichment analysis (non-permutation GSEA)
遺伝子セット濃縮解析のための順列近似法(非順列GSEA)

1074. Pi
Leveraging Genetic Evidence to Prioritise Drug Targets at the Gene and Pathway Level
遺伝子および経路レベルで薬物標的を優先させるための遺伝的証拠の活用

1075. ramwas
Fast Methylome-Wide Association Study Pipeline for Enrichment Platforms
濃縮プラットフォームのための高速メチロームワイド関連研究パイプライン

1076. SELEX
Functions for analyzing SELEX-seq data
SELEX-seqデータ解析機能

1077. STATegRa
Classes and methods for multi-omics data integration
マルチオミックスデータ統合のためのクラスと方法

1078. tspair
Top Scoring Pairs for Microarray Classification
マイクロアレイ分類のためのトップスコアリングペア

1079. bgafun
BGAfun A method to identify specifity determining residues in protein families
BGAfunタンパク質ファミリーの特異性決定残基を同定する方法

1080. biosvd
Package for high-throughput data processing, outlier detection, noise removal and dynamic modeling
ハイスループットデータ処理、異常値検出、ノイズ除去、動的モデリング用のパッケージ

1081. bridge
Bayesian Robust Inference for Differential Gene Expression
差分遺伝子発現のためのベイズロバスト推論

1082. BubbleTree
BubbleTree: an intuitive visualization to elucidate tumoral aneuploidy and clonality in somatic mosaicism using next generation sequencing data
BubbleTree:次世代シーケンシングデータを用いた体細胞モザイクにおける腫瘍異数性とクローン性を解明するための直感的可視化

1083. BUS
Gene network reconstruction
遺伝子ネットワーク再構築

1084. caOmicsV
Visualization of multi-dimentional cancer genomics data
多次元がんゲノミクスデータの可視化

1085. chromDraw
chromDraw is a R package for drawing the schemes of karyotypes in the linear and circular fashion.
chromDrawは、核型のスキームを線型と円形で描画するためのRパッケージです。

1086. cobindR
Finding Co-occuring motifs of transcription factor binding sites
転写因子結合部位の共起モチーフの発見

1087. cosmiq
cosmiq – COmbining Single Masses Into Quantities
cosmiq – 単一の質量を量に合わせる

1088. CVE
Cancer Variant Explorer
がんバリアントエクスプローラー

1089. diffuStats
Diffusion scores on biological networks
生物学的ネットワーク上の拡散スコア

1090. diggit
Inference of Genetic Variants Driving Cellular Phenotypes
細胞表現型を駆動する遺伝的変異体の推論

1091. EMDomics
Earth Mover’s Distance for Differential Analysis of Genomics Data
ゲノミクスデータの示差分析のためのEarth Moverの距離

1092. ExpressionView
Visualize biclusters identified in gene expression data
遺伝子発現データで同定された二クラスターを可視化

1093. fdrame
FDR adjustments of Microarray Experiments (FDR-AME)
マイクロアレイ実験のFDR調整(FDR-AME)

1094. flowFit
Estimate proliferation in cell-tracking dye studies
細胞追跡色素研究における増殖の推定

1095. flowMap
Mapping cell populations in flow cytometry data for cross-sample comparisons using the Friedman-Rafsky Test
Friedman-Rafsky検定を用いたクロスサンプル比較のためのフローサイトメトリーデータにおける細胞集団のマッピング

1096. flowPlots
flowPlots: analysis plots and data class for gated flow cytometry data
flowPlots:ゲートフローサイトメトリーデータの解析プロットとデータクラス

1097. GDSArray
Representing GDS files as array-like objects
GDSファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

1098. genArise
Microarray Analysis tool
マイクロアレイ解析ツール

1099. goSTAG
A tool to use GO Subtrees to Tag and Annotate Genes within a set
GOサブツリーを使用してセット内の遺伝子にタグ付けおよび注釈を付けるためのツール

1100. GreyListChIP
Grey Lists — Mask Artefact Regions Based on ChIP Inputs
グレーリスト – ChIP入力に基づいてアーチファクト領域をマスク

1101. iCARE
A Tool for Individualized Coherent Absolute Risk Estimation (iCARE)
個別化コヒーレント絶対リスク推定(iCARE)のためのツール

1102. LoomExperiment
LoomExperiment container
LoomExperimentコンテナ

1103. LPEadj
A correction of the local pooled error (LPE) method to replace the asymptotic variance adjustment with an unbiased adjustment based on sample size.
漸近分散調整をサンプルサイズに基づく不偏調整で置き換えるための局所プール誤差(LPE)法の修正

1104. LVSmiRNA
LVS normalization for Agilent miRNA data
Agilent miRNAデータのLVS正規化

1105. MassArray
Analytical Tools for MassArray Data
MassArrayデータ用の解析ツール

1106. metaCCA
Summary Statistics-Based Multivariate Meta-Analysis of Genome-Wide Association Studies Using Canonical Correlation Analysis
正準相関分析を用いたゲノムワイド関連研究の要約統計ベース多変量メタ分析

1107. methVisual
Methods for visualization and statistics on DNA methylation data
DNAメチル化データに関する可視化と統計の方法

1108. MODA
MODA: MOdule Differential Analysis for weighted gene co-expression network
MODA:加重遺伝子共発現ネットワークのための分子差分解析

1109. NCIgraph
Pathways from the NCI Pathways Database
NCI Pathwaysデータベースからの経路

1110. netbenchmark
Benchmarking of several gene network inference methods
いくつかの遺伝子ネットワーク推論法のベンチマーク

1111. networkBMA
Regression-based network inference using Bayesian Model Averaging
ベイズモデル平均化を用いた回帰ベースネットワーク推論

1112. NuPoP
An R package for nucleosome positioning prediction
ヌクレオソーム位置決め予測のためのRパッケージ

1113. panelcn.mops
CNV detection tool for targeted NGS panel data
ターゲットNGSパネルデータ用のCNV検出ツール

1114. procoil
Prediction of Oligomerization of Coiled Coil Proteins
コイルドコイルタンパク質のオリゴマー化の予測

1115. rama
Robust Analysis of MicroArrays
マイクロアレイのロバスト解析

1116. RCASPAR
A package for survival time prediction based on a piecewise baseline hazard Cox regression model.
区分ベースラインハザードCox回帰モデルに基づく生存期間予測のためのパッケージ

1117. RchyOptimyx
Optimyzed Cellular Hierarchies for Flow Cytometry
フローサイトメトリーのための最適化細胞階層

1118. RGalaxy
Make an R function available in the Galaxy web platform
Galaxy WebプラットフォームでR機能を使用可能にする

1119. BAGS
A Bayesian Approach for Geneset Selection
遺伝子セット選択のためのベイジアンアプローチ

1120. BasicSTARRseq
Basic peak calling on STARR-seq data
STARR-seqデータに対する基本ピーク呼び出し

1121. BBCAnalyzer
BBCAnalyzer: an R/Bioconductor package for visualizing base counts
BBCAnalyzer:塩基数を可視化するためのR / Bioconductorパッケージ

1122. BrainStars
query gene expression data and plots from BrainStars (B*)
BrainStars(B *)の遺伝子発現データとプロットを検索する

1123. CellMapper
Predict genes expressed selectively in specific cell types
特定の細胞型で選択的に発現される遺伝子を予測する

1124. CexoR
An R package to uncover high-resolution protein-DNA interactions in ChIP-exo replicates
ChIP ‐ exoレプリケートにおける高分解能蛋白質‐DNA相互作用を明らかにするためのRパッケージ

1125. clstutils
Tools for performing taxonomic assignment.
分類割り当てを実行するためのツール。

1126. CNORfuzzy
Addon to CellNOptR: Fuzzy Logic
CellNOptRへのアドオン:ファジィ論理

1127. CNVrd2
CNVrd2: a read depth-based method to detect and genotype complex common copy number variants from next generation sequencing data.
CNVrd 2次世代シーケンシングデータから複雑な共通コピー数の変異を検出し遺伝子型を決定するための読み取り深度に基づく方法

1128. coexnet
coexnet: An R package to build CO-EXpression NETworks from Microarray Data
coexnet:Microarray DataからCO-Expressネットワークを構築するためのRパッケージ

1129. CSSP
ChIP-Seq Statistical Power
ChIP-Seq統計パワー

1130. cycle
Significance of periodic expression pattern in time-series data
時系列データにおける周期的発現パターンの意義

1131. DeMAND
DeMAND
デマンド

1132. DrugVsDisease
Comparison of disease and drug profiles using Gene set Enrichment Analysis
遺伝子セット濃縮分析を用いた疾患と薬物プロファイルの比較

1133. ecolitk
Meta-data and tools for E. coli
大腸菌のメタデータとツール

1134. ELBOW
ELBOW – Evaluating foLd change By the lOgit Way
エルボー – lOgit Wayによる変化の評価

1135. ENVISIONQuery
Retrieval from the ENVISION bioinformatics data portal into R
ENVISIONバイオインフォマティクスデータポータルからRへの検索

1136. ExiMiR
R functions for the normalization of Exiqon miRNA array data
Exiqon miRNAアレイデータの正規化のためのR関数

1137. flagme
Analysis of Metabolomics GC/MS Data
メタボロミクスGC / MSデータの分析

1138. geneRecommender
A gene recommender algorithm to identify genes coexpressed with a query set of genes
遺伝子の質問セットと共発現した遺伝子を同定するための遺伝子推奨アルゴリズム

1139. HELP
Tools for HELP data analysis
HELPデータ解析用ツール

1140. hierGWAS
Asessing statistical significance in predictive GWA studies
予測GWA研究における統計的有意性の評価

1141. iSeq
Bayesian Hierarchical Modeling of ChIP-seq Data Through Hidden Ising Models
隠れイジングモデルによるChIP ‐ seqデータのベイジアン階層モデリング

1142. KEGGlincs
Visualize all edges within a KEGG pathway and overlay LINCS data
KEGG経路内のすべてのエッジを可視化してLINCSデータをオーバーレイする

1143. les
Identifying Differential Effects in Tiling Microarray Data
タイリングマイクロアレイデータにおける差異的効果の同定

1144. LiquidAssociation
LiquidAssociation
リキッドアソシエーション

1145. MCRestimate
Misclassification error estimation with cross-validation
交差検定による誤分類誤差推定

1146. MGFM
Marker Gene Finder in Microarray gene expression data
マイクロアレイ遺伝子発現データ中のマーカー遺伝子ファインダー

1147. MSstatsQC
Longitudinal system suitability monitoring and quality control for proteomic experiments
プロテオミクス実験のための縦断的システム適合性モニタリングと品質管理

1148. OTUbase
Provides structure and functions for the analysis of OTU data
OTUデータの分析のための構造と機能を提供します

1149. paircompviz
Multiple comparison test visualization
多重比較テストの視覚化

1150. qsea
IP-seq data analysis and vizualization
IP-seqデータ解析と視覚化

1151. R453Plus1Toolbox
A package for importing and analyzing data from Roche’s Genome Sequencer System
RocheのGenome Sequencer Systemからデータをインポートして分析するためのパッケージ

1152. randPack
Randomization routines for Clinical Trials
臨床試験の無作為化ルーチン

1153. SigCheck
Check a gene signature’s prognostic performance against random signatures, known signatures, and permuted data/metadata
ランダムシグネチャ、既知のシグネチャ、および置換されたデータ/メタデータに対する遺伝子シグネチャの予後性能をチェックする

1154. SLGI
Synthetic Lethal Genetic Interaction
合成致死遺伝的相互作用

1155. TarSeqQC
TARgeted SEQuencing Experiment Quality Control
ターゲットシークエンス実験の品質管理

1156. TimeSeriesExperiment
Analysis for short time-series data
短い時系列データの分析

1157. TSRchitect
Promoter identification from large-scale TSS profiling data
大規模TSSプロファイリングデータからのプロモーター同定

1158. AnalysisPageServer
A framework for sharing interactive data and plots from R through the web
対話的なデータとプロットをWeb経由でRから共有するためのフレームワーク

1159. BaalChIP
BaalChIP: Bayesian analysis of allele-specific transcription factor binding in cancer genomes
BaalChIP:癌ゲノムにおける対立遺伝子特異的転写因子結合のベイズ分析

1160. biotmle
Targeted Learning with Moderated Statistics for Biomarker Discovery
バイオマーカー発見のための適度な統計を用いた標的学習

1161. blima
Tools for the preprocessing and analysis of the Illumina microarrays on the detector (bead) level
イルミナのマイクロアレイを検出器(ビーズ)レベルで前処理および分析するためのツール

1162. CAGEfightR
Analysis of Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data using Bioconductor
Bioconductorを使用した遺伝子発現のキャップ分析(CAGE)データの分析

1163. chroGPS
chroGPS2: Generation, visualization and differential analysis of epigenome maps
chroGPS2:エピゲノムマップの生成、可視化および微分解析

1164. consensusSeekeR
Detection of consensus regions inside a group of experiences using genomic positions and genomic ranges
ゲノム位置とゲノム範囲を用いた経験群内のコンセンサス領域の検出

1165. DEGraph
Two-sample tests on a graph
グラフ上の2標本検定

1166. deltaGseg
deltaGseg
deltaGseg

1167. dyebias
The GASSCO method for correcting for slide-dependent gene-specific dye bias
スライド依存性遺伝子特異的染料バイアスを補正するためのGASSCO法

1168. flipflop
Fast lasso-based isoform prediction as a flow problem
流れ問題としての高速ななげなわベースのアイソフォーム予測

1169. flowCyBar
Analyze flow cytometric data using gate information
ゲート情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

1170. flowPloidy
Analyze flow cytometer data to determine sample ploidy
サンプル倍数性を決定するためにフローサイトメーターのデータを分析する

1171. genoCN
genotyping and copy number study tools
ジェノタイピングおよびコピー数調査ツール

1172. GenomicTuples
Representation and Manipulation of Genomic Tuples
ゲノムタプルの表現と操作

1173. GRridge
Better prediction by use of co-data: Adaptive group-regularized ridge regression
共データの使用によるより良い予測:適応型グループ正則化リッジ回帰

1174. GSCA
GSCA: Gene Set Context Analysis
GSCA:遺伝子セットコンテキスト分析

1175. hapFabia
hapFabia: Identification of very short segments of identity by descent (IBD) characterized by rare variants in large sequencing data
hapFabia:大規模シークエンシングデータにおけるまれな変異体を特徴とする家系による非常に短いセグメントの同一性(IBD)の同定

1176. immunoClust
immunoClust – Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry
immunoClust – フローサイトメトリーにおける個体数検出のための自動パイプライン

1177. massiR
massiR: MicroArray Sample Sex Identifier
massiR:MicroArrayサンプルの性別識別子

1178. MBCB
MBCB (Model-based Background Correction for Beadarray)
MBCB(Beadarray用のモデルベースの背景補正)

1179. PanVizGenerator
Generate PanViz visualisations from your pangenome
pangenomeからPanVizビジュアライゼーションを生成する

1180. pepStat
Statistical analysis of peptide microarrays
ペプチドマイクロアレイの統計解析

1181. PLPE
Local Pooled Error Test for Differential Expression with Paired High-throughput Data
一対のハイスループットデータを用いた微分発現のための局所プールエラーテスト

1182. proFIA
Preprocessing of FIA-HRMS data
FIA-HRMSデータの前処理

1183. PSEA
Population-Specific Expression Analysis.
集団特異的発現分析

1184. specL
specL – Prepare Peptide Spectrum Matches for Use in Targeted Proteomics
specL – ターゲットプロテオミクスで使用するためのペプチドスペクトルマッチの準備

1185. Starr
Simple tiling array analysis of Affymetrix ChIP-chip data
Affymetrix ChIPチップデータの単純タイリングアレイ解析

1186. ANF
Affinity Network Fusion for Complex Patient Clustering
複雑な患者クラスタリングのための親和性ネットワーク融合

1187. arrayMvout
multivariate outlier detection for expression array QA
式配列QAのための多変量異常値検出

1188. BadRegionFinder
BadRegionFinder: an R/Bioconductor package for identifying regions with bad coverage
BadRegionFinder:カバレッジの悪い地域を特定するためのR / Bioconductorパッケージ

1189. banocc
Bayesian ANalysis Of Compositional Covariance
組成共分散のベイズ分析

1190. BioMVCClass
Model-View-Controller (MVC) Classes That Use Biobase
バイオベースを使用するModel-View-Controller(MVC)クラス

1191. CancerInSilico
An R interface for computational modeling of tumor progression
腫瘍進行の計算モデリングのためのRインタフェース

1192. CINdex
Chromosome Instability Index
染色体不安定性指数

1193. clonotypeR
High throughput analysis of T cell antigen receptor sequences
T細胞抗原受容体配列のハイスループット分析

1194. clustComp
Clustering Comparison Package
クラスタリング比較パッケージ

1195. coGPS
cancer outlier Gene Profile Sets
癌異常値遺伝子プロファイルセット

1196. cpvSNP
Gene set analysis methods for SNP association p-values that lie in genes in given gene sets
与えられた遺伝子セットの遺伝子にあるSNP関連p値のための遺伝子セット分析法

1197. DFP
Gene Selection
遺伝子選択

1198. DTA
Dynamic Transcriptome Analysis
動的トランスクリプトーム解析

1199. eiR
Accelerated similarity searching of small molecules
小分子の加速類似検索

1200. gaggle
Broadcast data between R and Gaggle
RとGaggleの間でデータをブロードキャストする

1201. GEM
GEM: fast association study for the interplay of Gene, Environment and Methylation
GEM:遺伝子、環境およびメチル化の相互作用に関する高速連想研究

1202. GraphAT
Graph Theoretic Association Tests
グラフ理論連想検定

1203. GSRI
Gene Set Regulation Index
遺伝子セット調節指数

1204. idiogram
idiogram
熟語

1205. iterativeBMAsurv
The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) Algorithm For Survival Analysis
生存分析のための反復ベイズモデル平均化(BMA)アルゴリズム

1206. lol
Lots Of Lasso
なげなわ

1207. macat
MicroArray Chromosome Analysis Tool
マイクロアレイ染色体分析ツール

1208. methylMnM
detect different methylation level (DMR)
異なるメチル化レベル(DMR)を検出

1209. netReg
Network-Regularized Regression Models
ネットワーク正則化回帰モデル

1210. OLIN
Optimized local intensity-dependent normalisation of two-color microarrays
2色マイクロアレイの最適化局所強度依存正規化

1211. omicsPrint
Cross omic genetic fingerprinting
クロスオミック遺伝的フィンガープリント法

1212. PCpheno
Phenotypes and cellular organizational units
表現型と細胞組織単位

1213. proteoQC
An R package for proteomics data quality control
プロテオミクスデータ品質管理のためのRパッケージ

1214. psygenet2r
psygenet2r – An R package for querying PsyGeNET and to perform comorbidity studies in psychiatric disorders
psygenet2r – PsyGeNETへの問い合わせと精神障害における共存症研究を行うためのRパッケージ

1215. pvac
PCA-based gene filtering for Affymetrix arrays
Affymetrixアレイ用のPCAベースの遺伝子フィルタリング

1216. pwOmics
Pathway-based data integration of omics data
オミックスデータの経路ベースのデータ統合

1217. R4RNA
An R package for RNA visualization and analysis
RNAの可視化と解析のためのRパッケージ

1218. Rmagpie
MicroArray Gene-expression-based Program In Error rate estimation
MicroArray遺伝子発現ベースプログラムにおける誤り率推定

1219. RTopper
This package is designed to perform Gene Set Analysis across multiple genomic platforms
このパッケージは、複数のゲノムプラットフォームにわたってGene Set Analysisを実行するように設計されています。

1220. SNPediaR
Query data from SNPedia
SNPediaからデータを問い合わせる

1221. sRAP
Simplified RNA-Seq Analysis Pipeline
簡易RNA-Seq解析パイプライン

1222. TDARACNE
Network reverse engineering from time course data.
時間経過データからのネットワークリバースエンジニアリング

1223. webbioc
Bioconductor Web Interface
バイオコンダクターウェブインターフェース

1224. yamss
Tools for high-throughput metabolomics
ハイスループットメタボロミクスのためのツール

1225. annmap
Genome annotation and visualisation package pertaining to Affymetrix arrays and NGS analysis.
Affymetrix配列とNGS分析に関連するゲノム注釈と可視化パッケージ。

1226. biomvRCNS
Copy Number study and Segmentation for multivariate biological data
多変量生物学データのコピー数研究とセグメンテーション

1227. CellTrails
Reconstruction, visualization and analysis of branching trajectories
分岐軌跡の再構成、可視化および分析

1228. consensusDE
RNA-seq analysis using multiple algorithms
多重アルゴリズムを用いたRNA配列解析

1229. Cormotif
Correlation Motif Fit
相関モチーフフィット

1230. CORREP
Multivariate Correlation Estimator and Statistical Inference Procedures.
多変量相関推定量と統計的推論手順

1231. diffGeneAnalysis
Performs differential gene expression Analysis
遺伝子発現差解析を実行します

1232. DupChecker
a package for checking high-throughput genomic data redundancy in meta-analysis
メタ分析におけるハイスループットゲノムデータの冗長性をチェックするためのパッケージ

1233. fastLiquidAssociation
functions for genome-wide application of Liquid Association
Liquid Associationのゲノムワイドな応用のための機能

1234. FISHalyseR
FISHalyseR a package for automated FISH quantification
FISHalyseR自動FISH定量化のためのパッケージ

1235. garfield
GWAS Analysis of Regulatory or Functional Information Enrichment with LD correction
LD補正による規制または機能情報強化のGWAS分析

1236. GeneRegionScan
GeneRegionScan
GeneRegionScan

1237. GEOsubmission
Prepares microarray data for submission to GEO
GEOに提出するためのマイクロアレイデータを準備する

1238. GOpro
Find the most characteristic gene ontology terms for groups of human genes
ヒト遺伝子群のための最も特徴的な遺伝子オントロジー用語を見つける

1239. GSReg
Gene Set Regulation (GS-Reg)
遺伝子セット制御(GS-Reg)

1240. igvR
igvR: integrative genomics viewer
igvR:統合ゲノミクスビューア

1241. ImpulseDE
Detection of DE genes in time series data using impulse models
インパルスモデルを用いた時系列データ中のDE遺伝子の検出

1242. inveRsion
Inversions in genotype data
遺伝子型データの反転

1243. maCorrPlot
Visualize artificial correlation in microarray data
マイクロアレイデータ中の人工的な相関関係を可視化する

1244. MADSEQ
Mosaic Aneuploidy Detection and Quantification using Massive Parallel Sequencing Data
大規模並列シーケンスデータを用いたモザイク異数性検出と定量化

1245. martini
GWAS Incorporating Networks
GWASを組み込んだネットワーク

1246. MEAL
Perform methylation analysis
メチル化分析を実行する

1247. methimpute
Imputation-guided re-construction of complete methylomes from WGBS data
WGBSデータからの完全メチロームの補完誘導再構築

1248. MIGSA
Massive and Integrative Gene Set Analysis
大規模かつ統合的な遺伝子セット分析

1249. MVCClass
Model-View-Controller (MVC) Classes
Model-View-Controller(MVC)クラス

1250. Onassis
OnASSIs Ontology Annotation and Semantic SImilarity software
OnASSIのオントロジー注釈と意味的類似性ソフトウェア

1251. pathRender
Render molecular pathways
分子経路をレンダリングする

1252. podkat
Position-Dependent Kernel Association Test
位置依存カーネルアソシエーションテスト

1253. QuartPAC
Identification of mutational clusters in protein quaternary structures.
蛋白質四次構造における突然変異クラスターの同定

1254. RefPlus
A function set for the Extrapolation Strategy (RMA+) and Extrapolation Averaging (RMA++) methods.
外挿戦略(RMA +)および外挿平均(RMA ++)メソッド用の関数セット。

1255. Risa
Converting experimental metadata from ISA-tab into Bioconductor data structures
実験的メタデータをISAタブからBioconductorデータ構造に変換する

1256. rnaseqcomp
Benchmarks for RNA-seq Quantification Pipelines
RNAシーケンス定量パイプラインのベンチマーク

1257. Rnits
R Normalization and Inference of Time Series data
時系列データの正規化と推論

1258. sagenhaft
Collection of functions for reading and comparing SAGE libraries
SAGEライブラリーを読んで比較するための関数集

1259. sapFinder
A package for variant peptides detection and visualization in shotgun proteomics.
ショットガンプロテオミクスにおける変異体ペプチド検出と可視化のためのパッケージ

1260. splineTimeR
Time-course differential gene expression data analysis using spline regression models followed by gene association network reconstruction
スプライン回帰モデルとそれに続く遺伝子関連ネットワーク再構築を用いた経時的微分遺伝子発現データ解析

1261. triplex
Search and visualize intramolecular triplex-forming sequences in DNA
DNA中の分子内三重鎖形成配列を検索し可視化する

1262. UNDO
Unsupervised Deconvolution of Tumor-Stromal Mixed Expressions
腫瘍 – 間質混合式の教師なしデコンボリューション

1263. ASAFE
Ancestry Specific Allele Frequency Estimation
祖先特異的対立遺伝子頻度推定

1264. bigmemoryExtras
An extension of the bigmemory package with added safety, convenience, and a factor class
追加された安全性、便利さ、および要素クラスを備えたbigmemoryパッケージの拡張

1265. BiocSklearn
interface to python sklearn via Rstudio reticulate
Rstudioを介したpython sklearnへのインタフェース

1266. CGHnormaliter
Normalization of array CGH data with imbalanced aberrations.
不均衡な収差を伴うアレイCGHデータの正規化

1267. ClusterSignificance
The ClusterSignificance package provides tools to assess if class clusters in dimensionality reduced data representations have a separation different from permuted data
ClusterSignificanceパッケージは、次元削減データ表現のクラスクラスタが置換データと異なる分離を持つかどうかを評価するためのツールを提供します。

1268. daMA
Efficient design and analysis of factorial two-colour microarray data
階乗2色マイクロアレイデータの効率的設計と解析

1269. DChIPRep
DChIPRep – Analysis of chromatin modification ChIP-Seq data with replication
DChIPRep – 複製によるクロマチン修飾ChIP-Seqデータの解析

1270. DominoEffect
Identification and Annotation of Protein Hotspot Residues
蛋白質ホットスポット残基の同定と注釈

1271. geecc
Gene Set Enrichment Analysis Extended to Contingency Cubes
コンティンジェンシーキューブに拡張された遺伝子セット濃縮分析

1272. geneXtendeR
Optimized Functional Annotation Of ChIP-seq Data
ChIP-seqデータの最適化された機能的注釈

1273. gprege
Gaussian Process Ranking and Estimation of Gene Expression time-series
ガウス過程ランキングと遺伝子発現時系列の推定

1274. HEM
Heterogeneous error model for identification of differentially expressed genes under multiple conditions
多重条件下で差次的に発現された遺伝子の同定のための不均一誤差モデル

1275. IsoGeneGUI
A graphical user interface to conduct a dose-response analysis of microarray data
マイクロアレイデータの用量反応分析を行うためのグラフィカルユーザーインターフェース

1276. IWTomics
Interval-Wise Testing for Omics Data
オミックスデータのための区間ごとのテスト

1277. maPredictDSC
Phenotype prediction using microarray data: approach of the best overall team in the IMPROVER Diagnostic Signature Challenge
マイクロアレイデータを用いた表現型予測:IMPROVER診断シグネチャチャレンジにおける最良の総合チームのアプローチ

1278. MiPP
Misclassification Penalized Posterior Classification
誤分類ペナルティ後分類

1279. mirIntegrator
Integrating microRNA expression into signaling pathways for pathway analysis
経路分析のためのシグナル伝達経路へのマイクロRNA発現の統合

1280. Mirsynergy
Mirsynergy
Mirsynergy

1281. Prize
Prize: an R package for prioritization estimation based on analytic hierarchy process
賞:分析的階層プロセスに基づく優先順位推定のためのRパッケージ

1282. PROMISE
PRojection Onto the Most Interesting Statistical Evidence
最も興味深い統計的証拠への射影

1283. Rtreemix
Rtreemix: Mutagenetic trees mixture models.
Rtreemix:変異原性木混合モデル

1284. SIM
Integrated Analysis on two human genomic datasets
2つのヒトゲノムデータセットに関する統合分析

1285. tigre
Transcription factor Inference through Gaussian process Reconstruction of Expression
ガウス過程による転写因子推論表現の再構築

1286. tRanslatome
Comparison between multiple levels of gene expression
複数レベルの遺伝子発現間の比較

1287. Vega
An R package for copy number data segmentation
コピー数データセグメンテーションのためのRパッケージ

1288. CAnD
Perform Chromosomal Ancestry Differences (CAnD) Analyses
染色体祖先の違い(CAnD)解析を実行する

1289. consensusOV
Gene expression-based subtype classification for high-grade serous ovarian cancer
高悪性度漿液性卵巣癌に対する遺伝子発現に基づくサブタイプ分類

1290. COSNet
Cost Sensitive Network for node label prediction on graphs with highly unbalanced labelings
非常に不均衡なラベル付けを用いたグラフ上のノードラベル予測のためのコストに敏感なネットワーク

1291. countsimQC
Compare Characteristic Features of Count Data Sets
カウントデータセットの特徴の比較

1292. dks
The double Kolmogorov-Smirnov package for evaluating multiple testing procedures.
多重試験法を評価するための二重コルモゴロフ – スミルノフパッケージ

1293. DMRforPairs
DMRforPairs: identifying Differentially Methylated Regions between unique samples using array based methylation profiles
DMRforPairs:アレイベースのメチル化プロファイルを用いたユニークなサンプル間の異なるメチル化領域の同定

1294. dualKS
Dual KS Discriminant Analysis and Classification
二重KS判別分析および分類

1295. flowcatchR
Tools to analyze in vivo microscopy imaging data focused on tracking flowing blood cells
流動血球の追跡に焦点を当てたin vivo顕微鏡イメージングデータを分析するためのツール

1296. FunChIP
Clustering and Alignment of ChIP-Seq peaks based on their shapes
形状に基づくChIP-Seqピークのクラスタリングと整列

1297. gcatest
Genotype Conditional Association TEST
遺伝子型条件付き関連テスト

1298. GeneGeneInteR
Tools for Testing Gene-Gene Interaction at the Gene Level
遺伝子レベルで遺伝子間相互作用をテストするためのツール

1299. geneplast
Evolutionary and plasticity analysis of orthologous groups
オルソログ基の進化論的および塑性解析

1300. geneRxCluster
gRx Differential Clustering
gRx差分クラスタリング

1301. genotypeeval
QA/QC of a gVCF or VCF file
gVCFまたはVCFファイルのQA / QC

1302. GenRank
Candidate gene prioritization based on convergent evidence
収束証拠に基づく候補遺伝子優先順位付け

1303. Harshlight
A “corrective make-up” program for microarray chips
マイクロアレイチップ用の「修正メークアップ」プログラム

1304. HDTD
Statistical Inference about the Mean Matrix and the Covariance Matrices in High-Dimensional Transposable Data (HDTD)
高次元転置データ(HDTD)における平均行列と共分散行列に関する統計的推論

1305. iCheck
QC Pipeline and Data Analysis Tools for High-Dimensional Illumina mRNA Expression Data
高次元イルミナmRNA発現データのためのQCパイプラインとデータ分析ツール

1306. KCsmart
Multi sample aCGH analysis package using kernel convolution
カーネルコンボリューションを用いたマルチサンプルaCGH解析パッケージ

1307. kimod
A k-tables approach to integrate multiple Omics-Data
複数のOmics-Dataを統合するためのkテーブルアプローチ

1308. lapmix
Laplace Mixture Model in Microarray Experiments
マイクロアレイ実験におけるラプラス混合モデル

1309. LedPred
Learning from DNA to Predict Enhancers
DNAからエンハンサーを予測するための学習

1310. logitT
logit-t Package
logit-tパッケージ

1311. MmPalateMiRNA
Murine Palate miRNA Expression Analysis
マウス口蓋miRNA発現解析

1312. MultiMed
Testing multiple biological mediators simultaneously
複数の生物学的メディエータを同時にテストする

1313. pathVar
Methods to Find Pathways with Significantly Different Variability
有意に異なる変動性を有する経路を見出す方法

1314. pint
Pairwise INTegration of functional genomics data
機能的ゲノムデータのペアワイズ統合

1315. plw
Probe level Locally moderated Weighted t-tests.
プローブレベルローカルでモデレートされた加重t検定。

1316. RImmPort
RImmPort: Enabling Ready-for-analysis Immunology Research Data
RImmPort:分析可能免疫学研究データの実現

1317. RmiR
Package to work with miRNAs and miRNA targets with R
RでmiRNAおよびmiRNAターゲットを操作するためのパッケージ

1318. SISPA
SISPA: Method for Sample Integrated Set Profile Analysis
SISPA:サンプル統合集合プロファイル解析のための方法

1319. sscore
S-Score Algorithm for Affymetrix Oligonucleotide Microarrays
AffymetrixオリゴヌクレオチドマイクロアレイのためのSスコアアルゴリズム

1320. transcriptogramer
Transcriptional analysis based on transcriptograms
トランスクリプトグラムに基づく転写分析

1321. CAFE
Chromosmal Aberrations Finder in Expression data
発現データにおける色収差の検出

1322. ChIPexoQual
ChIPexoQual
ChIPexoQual

1323. clusterSeq
Clustering of high-throughput sequencing data by identifying co-expression patterns
共発現パターンの同定によるハイスループット配列決定データのクラスタリング

1324. CNPBayes
Bayesian mixture models for copy number polymorphisms
コピー数多型のためのベイズ混合モデル

1325. dagLogo
dagLogo: a bioconductor package for visualizeing conserved amino acid sequence pattern in groups based on probability theory
dagLogo:確率論に基づいた群における保存アミノ酸配列パターンを可視化するためのバイオコンダクターパッケージ

1326. gcapc
GC Aware Peak Caller
GC対応ピーク発信者

1327. gCMAP
Tools for Connectivity Map-like analyses
コネクティビティマップのような分析のためのツール

1328. GeneBreak
Gene Break Detection
遺伝子破壊検出

1329. GISPA
GISPA: Method for Gene Integrated Set Profile Analysis
GISPA:遺伝子統合セットプロファイル解析のための方法

1330. globalSeq
Global Test for Counts
カウントのグローバルテスト

1331. GSALightning
Fast Permutation-based Gene Set Analysis
高速順列に基づく遺伝子セット分析

1332. iASeq
iASeq: integrating multiple sequencing datasets for detecting allele-specific events
iASeq:対立遺伝子特異的事象を検出するための複数の配列決定データセットの統合

1333. iChip
Bayesian Modeling of ChIP-chip Data Through Hidden Ising Models
隠れイジングモデルによるチップデータのベイズモデリング

1334. iGC
An integrated analysis package of Gene expression and Copy number alteration
遺伝子発現とコピー数改変の統合分析パッケージ

1335. MANOR
CGH Micro-Array NORmalization
CGHマイクロアレイ正規化

1336. MantelCorr
Compute Mantel Cluster Correlations
マントルクラスター相関の計算

1337. mapscape
mapscape
mapscape

1338. maskBAD
Masking probes with binding affinity differences
結合親和性が異なるマスキングプローブ

1339. mBPCR
Bayesian Piecewise Constant Regression for DNA copy number estimation
DNAコピー数推定のためのベイジアン区分定数回帰

1340. metahdep
Hierarchical Dependence in Meta-Analysis
メタ分析における階層的依存

1341. MiChip
MiChip Parsing and Summarizing Functions
MiChipの構文解析および要約機能

1342. MMDiff2
Statistical Testing for ChIP-Seq data sets
ChIP-Seqデータセットの統計的検定

1343. mpra
Analyze massively parallel reporter assays
超並列レポーターアッセイの分析

1344. NetSAM
Network Seriation And Modularization
ネットワークのセレーションとモジュール化

1345. netSmooth
Network smoothing for scRNAseq
scRNAseqのネットワーク平滑化

1346. nnNorm
Spatial and intensity based normalization of cDNA microarray data based on robust neural nets
ロバストニューラルネットに基づくcDNAマイクロアレイデータの空間的および強度ベースの正規化

1347. OLINgui
Graphical user interface for OLIN
OLINのグラフィカルユーザインタフェース

1348. oppar
Outlier profile and pathway analysis in R
Rにおける異常値プロファイルと経路解析

1349. pgca
PGCA: An Algorithm to Link Protein Groups Created from MS/MS Data
PGCA:MS / MSデータから作成した蛋白質群をリンクするためのアルゴリズム

1350. phantasus
Visual and interactive gene expression analysis
視覚的およびインタラクティブな遺伝子発現解析

1351. phosphonormalizer
Compensates for the bias introduced by median normalization in phosphoproteomics
ホスホプロテオミクスにおける中央値正規化によって導入されたバイアスを補正します

1352. PING
Probabilistic inference for Nucleosome Positioning with MNase-based or Sonicated Short-read Data
MNaseベースまたは超音波処理された短読データによるヌクレオソーム位置決めのための確率的推論

1353. plethy
R framework for exploration and analysis of respirometry data
呼吸測定データの調査と分析のためのRフレームワーク

1354. ProteomicsAnnotationHubData
Transform public proteomics data resources into Bioconductor Data Structures
公共のプロテオミクスデータリソースをバイオコンダクターデータ構造に変換する

1355. RandomWalkRestartMH
Random walk with restart on multiplex and heterogeneous Networks
マルチプレックスおよび異種ネットワークでの再起動を伴うランダムウォーク

1356. RareVariantVis
A suite for analysis of rare genomic variants in whole genome sequencing data
全ゲノム配列決定データにおけるまれなゲノム変異体の分析のためのスイート

1357. ReQON
Recalibrating Quality Of Nucleotides
ヌクレオチドの品質の再調整

1358. rexposome
Exposome exploration and outcome data analysis
エクスポソーム探査と結果データ分析

1359. rfPred
Assign rfPred functional prediction scores to a missense variants list
rfPred機能予測スコアをミスセンス変異体リストに割り当てる

1360. RIVER
R package for RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation)
RIVER用Rパッケージ(RNA情報による変異制御効果)

1361. RLMM
A Genotype Calling Algorithm for Affymetrix SNP Arrays
Affymetrix SNPアレイのための遺伝子型コーリングアルゴリズム

1362. simulatorZ
Simulator for Collections of Independent Genomic Data Sets
独立したゲノムデータセットの収集のためのシミュレータ

1363. SMAP
A Segmental Maximum A Posteriori Approach to Array-CGH Copy Number Profiling
アレイCGHコピー数プロファイリングへの部分最大事後アプローチ

1364. StarBioTrek
StarBioTrek
StarBioTrek

1365. topdownr
Investigation of Fragmentation Conditions in Top-Down Proteomics
トップダウンプロテオミクスにおける断片化条件の調査

1366. TVTB
TVTB: The VCF Tool Box
TVTB:VCFツールボックス

1367. twoddpcr
Classify 2-d Droplet Digital PCR (ddPCR) data and quantify the number of starting molecules
二次元液滴デジタルPCR(ddPCR)データの分類と出発分子数の定量化

1368. XDE
XDE: a Bayesian hierarchical model for cross-study analysis of differential gene expression
XDE:差次的遺伝子発現のクロススタディ分析のためのベイジアン階層モデル

1369. BayesKnockdown
BayesKnockdown: Posterior Probabilities for Edges from Knockdown Data
ベイズノックダウン:ノックダウンデータからのエッジの事後確率

1370. BDMMAcorrect
Meta-analysis for the metagenomic read counts data from different cohorts
メタゲノム読みのメタ分析は異なるコホートからのデータを数える

1371. bnbc
Bandwise normalization and batch correction of Hi-C data
Hi-Cデータのバンドごとの正規化と一括補正

1372. branchpointer
Prediction of intronic splicing branchpoints
イントロンスプライシング分岐点の予測

1373. CCPROMISE
PROMISE analysis with Canonical Correlation for Two Forms of High Dimensional Genetic Data
2つの形式の高次元遺伝データのための正準相関を用いたPROMISE分析

1374. CytoDx
Robust prediction of clinical outcomes using cytometry data without cell gating
細胞ゲーティングなしのサイトメトリーデータを用いた臨床転帰のロバスト予測

1375. diffcoexp
Differential Co-expression Analysis
示差共発現分析

1376. DMRScan
Detection of Differentially Methylated Regions
異なるメチル化領域の検出

1377. eegc
Engineering Evaluation by Gene Categorization (eegc)
遺伝子分類による工学的評価(eegc)

1378. epiNEM
epiNEM
epiNEM

1379. eudysbiome
Cartesian plot and contingency test on 16S Microbial data
16 S微生物データに関するデカルトプロットと分割テスト

1380. fCCAC
functional Canonical Correlation Analysis to evaluate Covariance between nucleic acid sequencing datasets
核酸配列決定データセット間の共分散を評価するための機能的正準相関分析

1381. focalCall
Detection of focal aberrations in DNA copy number data
DNAコピー数データにおける焦点異常の検出

1382. geneAttribution
Identification of candidate genes associated with genetic variation
遺伝的変異に関連する候補遺伝子の同定

1383. GMRP
GWAS-based Mendelian Randomization and Path Analyses
GWASに基づくメンデルランダム化と経路解析

1384. IMMAN
Interlog protein network reconstruction by Mapping and Mining ANalysis
マッピングおよびマイニング分析によるインターログタンパク質ネットワーク再構築

1385. ITALICS
ITALICS
ITALICS

1386. iterClust
Iterative Clustering
反復クラスタリング

1387. joda
JODA algorithm for quantifying gene deregulation using knowledge
知識を用いた遺伝子規制緩和を定量化するためのJODAアルゴリズム

1388. mAPKL
A Hybrid Feature Selection method for gene expression data
遺伝子発現データのためのハイブリッド特徴選択法

1389. matchBox
Utilities to compute, compare, and plot the agreement between ordered vectors of features (ie. distinct genomic experiments). The package includes Correspondence-At-the-TOP (CAT) analysis.
特徴の順序付けられたベクトル間の一致を計算し、比較し、そしてプロットするための有用性(すなわち、異なるゲノム実験)。このパッケージには、CAT対応分析が含まれています。

1390. mcaGUI
Microbial Community Analysis GUI
微生物群集分析GUI

1391. MethTargetedNGS
Perform Methylation Analysis on Next Generation Sequencing Data
次世代シーケンスデータでメチル化解析を実行する

1392. MetNet
Inferring metabolic networks from untargeted high-resolution mass spectrometry data
非標的高分解能質量分析データからの代謝ネットワークの推論

1393. mitoODE
Implementation of the differential equation model described in “Dynamical modelling of phenotypes in a genome-wide RNAi live-cell imaging assay”
「全ゲノムRNAi生細胞イメージングアッセイにおける表現型の動的モデリング」に記載されている微分方程式モデルの実行

1394. MoPS
MoPS – Model-based Periodicity Screening
MoPS – モデルベースの周期性スクリーニング

1395. multiOmicsViz
Plot the effect of one omics data on other omics data along the chromosome
染色体に沿って、あるオミックスデータの他のオミックスデータへの影響をプロットする

1396. OncoScore
A tool to identify potentially oncogenic genes
潜在的に発癌性の遺伝子を同定するためのツール

1397. openPrimeRui
Shiny Application for Multiplex PCR Primer Design and Analysis
マルチプレックスPCRプライマー設計と解析のための光沢のあるアプリケーション

1398. PepsNMR
Pre-process 1H-NMR FID signals
1 H-NMR FIDシグナルの前処理

1399. pickgene
Adaptive Gene Picking for Microarray Expression Data Analysis
マイクロアレイ発現データ解析のための適応遺伝子ピッキング

1400. plrs
Piecewise Linear Regression Splines (PLRS) for the association between DNA copy number and gene expression
DNAコピー数と遺伝子発現の間の関連のための区分的線形回帰スプライン(PLRS)

1401. RJMCMCNucleosomes
Bayesian hierarchical model for genome-wide nucleosome positioning with high-throughput short-read data (MNase-Seq)
ハイスループット・ショートリードデータを用いたゲノムワイドなヌクレオソームポジショニングのためのベイジアン階層モデル(MNase-Seq)

1402. similaRpeak
Metrics to estimate a level of similarity between two ChIP-Seq profiles
2つのChIP-Seqプロファイル間の類似性レベルを推定するためのメトリック

1403. SNAGEE
Signal-to-Noise applied to Gene Expression Experiments
遺伝子発現実験に適用したSN比

1404. spkTools
Methods for Spike-in Arrays
スパイクイン配列のメソッド

1405. stepNorm
Stepwise normalization functions for cDNA microarrays
cDNAマイクロアレイのための段階的正規化関数

1406. SwimR
SwimR: A Suite of Analytical Tools for Quantification of C. elegans Swimming Behavior
SwimR:線虫の水泳行動の定量化のための一連の分析ツール

1407. TFutils
TFutils
TFutils

1408. TnT
Interactive Visualization for Genomic Features
ゲノム機能のための対話型可視化

1409. trigger
Transcriptional Regulatory Inference from Genetics of Gene ExpRession
遺伝子発現の遺伝学からの転写調節推論

1410. covRNA
Multivariate Analysis of Transcriptomic Data
トランスクリプトームデータの多変量解析

1411. crisprseekplus
crisprseekplus
クリスプ・エププラス

1412. DMCHMM
Differentially Methylated CpG using Hidden Markov Model
隠れマルコフモデルを用いた示差的メチル化CpG

1413. EBSEA
Exon Based Strategy for Expression Analysis of genes
遺伝子の発現解析のためのエクソンに基づく戦略

1414. ERSSA
Empirical RNA-seq Sample Size Analysis
経験的RNA-seqサンプルサイズ分析

1415. GA4GHclient
A Bioconductor package for accessing GA4GH API data servers
GA4GH APIデータサーバーにアクセスするためのBioconductorパッケージ

1416. GAprediction
Prediction of gestational age with Illumina HumanMethylation450 data
Illumina HumanMethilation450データを用いた妊娠期間の予測

1417. GeneGA
Design gene based on both mRNA secondary structure and codon usage bias using Genetic algorithm
遺伝的アルゴリズムを用いたmRNA二次構造とコドン使用頻度バイアスの両方に基づく遺伝子設計

1418. GEWIST
Gene Environment Wide Interaction Search Threshold
遺伝子環境ワイド相互作用検索閾値

1419. ibh
Interaction Based Homogeneity for Evaluating Gene Lists
遺伝子リストを評価するための相互作用に基づく均一性

1420. IdMappingAnalysis
ID Mapping Analysis
IDマッピング分析

1421. INPower
An R package for computing the number of susceptibility SNPs
磁化率SNPの数を計算するためのRパッケージ

1422. lpNet
Linear Programming Model for Network Inference
ネットワーク推論のための線形計画モデル

1423. MeasurementError.cor
Measurement Error model estimate for correlation coefficient
相関係数の測定誤差モデルの推定

1424. MEDME
Modelling Experimental Data from MeDIP Enrichment
MeDIP濃縮からの実験データのモデリング

1425. methInheritSim
Simulating Whole-Genome Inherited Bisulphite Sequencing Data
全ゲノム遺伝亜硫酸水素塩配列決定データのシミュレーション

1426. methylInheritance
Permutation-Based Analysis associating Conserved Differentially Methylated Elements Across Multiple Generations to a Treatment Effect
複数世代にわたる保存された差別的にメチル化された要素を治療効果に関連付ける順列に基づく分析

1427. MinimumDistance
A Package for De Novo CNV Detection in Case-Parent Trios
ケース – 親トリオにおけるデノボCNV検出のためのパッケージ

1428. miRcomp
Tools to assess and compare miRNA expression estimatation methods
miRNA発現推定法を評価および比較するためのツール

1429. MPFE
Estimation of the amplicon methylation pattern distribution from bisulphite sequencing data
重亜硫酸塩シークエンシングデータからのアンプリコンメチル化パターン分布の推定

1430. multiscan
R package for combining multiple scans
複数のスキャンを組み合わせるためのRパッケージ

1431. NBSplice
Negative Binomial Models to detect Differential Splicing
差動スプライシングを検出するための負の二項モデル

1432. occugene
Functions for Multinomial Occupancy Distribution
多項占有分布のための関数

1433. OGSA
Outlier Gene Set Analysis
異常値遺伝子セット分析

1434. PCAN
Phenotype Consensus ANalysis (PCAN)
表現型コンセンサス分析(PCAN)

1435. PowerExplorer
Power Estimation Tool for RNA-Seq and proteomics data
RNA-Seqおよびプロテオミクスデータ用のパワー推定ツール

1436. proteinProfiles
Protein Profiling
タンパク質プロファイリング

1437. ProteoMM
Multi-Dataset Model-based Differential Expression Proteomics Analysis Platform
マルチデータセットモデルに基づく差次的発現プロテオミクス分析プラットフォーム

1438. Rariant
Identification and Assessment of Single Nucleotide Variants through Shifts in Non-Consensus Base Call Frequencies
非コンセンサスベースコール周波数におけるシフトによる単一ヌクレオチド変異体の同定と評価

1439. RBM
RBM: a R package for microarray and RNA-Seq data analysis
RBM:マイクロアレイおよびRNA-Seqデータ解析用のRパッケージ

1440. RefNet
A queryable collection of molecular interactions, from many sources
多くの情報源からの問い合わせ可能な分子間相互作用のコレクション

1441. RNAprobR
An R package for analysis of massive parallel sequencing based RNA structure probing data
大規模並列配列決定に基づくRNA構造プロービングデータの分析のためのRパッケージ

1442. rqt
rqt: utilities for gene-level meta-analysis
rqt:遺伝子レベルのメタ分析のためのユーティリティ

1443. SimBindProfiles
Similar Binding Profiles
同様の結合プロファイル

1444. splicegear
splicegear
スプライスギア

1445. ternarynet
Ternary Network Estimation
三値ネットワーク推定

1446. triform
Triform finds enriched regions (peaks) in transcription factor ChIP-sequencing data
Triformは転写因子ChIP配列決定データにおいて濃縮領域(ピーク)を見出す

1447. TurboNorm
A fast scatterplot smoother suitable for microarray normalization
マイクロアレイ正規化に適した高速散布図スムーザー

1448. unifiedWMWqPCR
Unified Wilcoxon-Mann Whitney Test for testing differential expression in qPCR data
qPCRデータにおける差次的発現を試験するための統一Wilcoxon-Mann Whitney検定

1449. compartmap
A/B compartment inference from ATAC-seq and methylation array data
ATACシーケンスとメチル化アレイデータからのA / Bコンパートメント推論

1450. dSimer
Integration of Disease Similarity Methods
疾患類似性手法の統合

1451. iasva
Iteratively Adjusted Surrogate Variable Analysis
反復的に調整された代理変数分析

1452. IdMappingRetrieval
ID Mapping Data Retrieval
IDマッピングデータの取得

1453. infercnv
Infer Copy Number Variation from Single-Cell RNA-Seq Data
単一細胞RNA配列データからのコピー数変動の推定

1454. ISoLDE
Integrative Statistics of alleLe Dependent Expression
アレル依存性発現の統合統計

1455. messina
Single-gene classifiers and outlier-resistant detection of differential expression for two-group and survival problems.
二群問題および生存問題のための単一遺伝子分類器および差次的発現の異常値耐性検出

1456. MPRAnalyze
Statistical Analysis of MPRA data
MPRAデータの統計解析

1457. NTW
Predict gene network using an Ordinary Differential Equation (ODE) based method
常微分方程式(ODE)に基づく方法を用いた遺伝子ネットワークの予測

1458. PCAtools
PCAtools: everything Principal Components Analysis
PCAtools:すべて主成分分析

1459. R3CPET
3CPET: Finding Co-factor Complexes in Chia-PET experiment using a Hierarchical Dirichlet Process
3CPET:階層的ディリクレ過程を用いたChia ‐ PET実験における補因子複合体の発見

1460. reb
Regional Expression Biases
地域表現バイアス

1461. rTRMui
A shiny user interface for rTRM
rTRM用の光沢のあるユーザーインターフェース

1462. scsR
SiRNA correction for seed mediated off-target effect
種子媒介オフターゲット効果のためのSiRNA補正

1463. SigFuge
SigFuge
SigFuge

1464. SPONGE
Sparse Partial Correlations On Gene Expression
遺伝子発現に関するまばらな部分相関

1465. spotSegmentation
Microarray Spot Segmentation and Gridding for Blocks of Microarray Spots
マイクロアレイスポットのブロックに対するマイクロアレイスポットセグメンテーションおよびグリッド化

1466. sscu
Strength of Selected Codon Usage
選択されたコドン使用法の強度

1467. SwathXtend
SWATH extended library generation and statistical data analysis
SWATH拡張ライブラリー生成と統計データ分析

1468. swfdr
Science-wise false discovery rate and proportion of true null hypotheses estimation
科学的に誤った発見率と真の帰無仮説推定の割合

1469. traseR
GWAS trait-associated SNP enrichment analyses in genomic intervals
ゲノム間隔におけるGWAS形質関連SNP濃縮分析

1470. VegaMC
VegaMC: A Package Implementing a Variational Piecewise Smooth Model for Identification of Driver Chromosomal Imbalances in Cancer
VegaMC:癌におけるドライバー染色体不均衡の同定のための変分区分平滑モデルを実装するパッケージ

1471. waveTiling
Wavelet-Based Models for Tiling Array Transcriptome Analysis
タイリングアレイトランスクリプトーム解析のためのウェーブレットベースモデル

1472. XINA
Multiplexes isobaric mass tagged-based kinetics data for network analysis
ネットワーク解析のための多重同重体質量タグ付けに基づく速度論データ

1473. adaptest
Data-Adaptive Statistics for High-Dimensional Multiple Testing
高次元多重検定のためのデータ適応統計

1474. CONFESS
Cell OrderiNg by FluorEScence Signal
蛍光シグナルによる細胞配列

1475. Director
A dynamic visualization tool of multi-level data
多値データの動的可視化ツール

1476. geneClassifiers
Application of gene classifiers
遺伝子分類子の応用

1477. hiReadsProcessor
Functions to process LM-PCR reads from 454/Illumina data
454 / IlluminaのデータからLM-PCR読み取りを処理する機能

1478. IMPCdata
Retrieves data from IMPC database
IMPCデータベースからデータを取得します

1479. LINC
co-expression of lincRNAs and protein-coding genes
lincRNAとタンパク質コード遺伝子の共発現

1480. MatrixRider
Obtain total affinity and occupancies for binding site matrices on a given sequence
与えられた配列上の結合部位マトリックスに対する総親和性と占有率を求める

1481. MBAmethyl
Model-based analysis of DNA methylation data
DNAメチル化データのモデルベース分析

1482. MSstatsQCgui
A graphical user interface for MSstatsQC package
MSstatsQCパッケージ用のグラフィカルユーザーインターフェース

1483. nucleoSim
Generate synthetic nucleosome maps
合成ヌクレオソームマップを作成する

1484. odseq
Outlier detection in multiple sequence alignments
多重配列アラインメントにおける異常値検出

1485. oncomix
Identifying Genes Overexpressed in Subsets of Tumors from Tumor-Normal mRNA Expression Data
腫瘍正常mRNA発現データからの腫瘍のサブセットにおいて過剰発現される遺伝子の同定

1486. parglms
support for parallelized estimation of GLMs/GEEs
GLM / GEEの並列推定のサポート

1487. pathprint
Pathway fingerprinting for analysis of gene expression arrays
遺伝子発現アレイの分析のための経路フィンガープリンティング

1488. pmm
Parallel Mixed Model
並列混合モデル

1489. RGraph2js
Convert a Graph into a D3js Script
グラフをD3jsスクリプトに変換する

1490. SemDist
Information Accretion-based Function Predictor Evaluation
情報付加に基づく機能予測評価

1491. SEPA
SEPA
SEPA

1492. signet
signet: Selection Inference in Gene NETworks
signet:Gene NETworksにおける選択推論

1493. sparseDOSSA
Sparse Data Observations for Simulating Synthetic Abundance
合成存在量をシミュレートするためのスパースデータ観測

1494. spikeLI
Affymetrix Spike-in Langmuir Isotherm Data Analysis Tool
Affymetrix Spike-in Langmuir等温線データ解析ツール

1495. SQUADD
Add-on of the SQUAD Software
SQUADソフトウェアのアドオン

1496. TIN
Transcriptome instability analysis
トランスクリプトーム不安定性解析

1497. TypeInfo
Optional Type Specification Prototype
オプションの型指定プロトタイプ

1498. xmapbridge
Export plotting files to the xmapBridge for visualisation in X:Map
X:Mapで視覚化するためにプロットファイルをxmapBridgeにエクスポートする

1499. kissDE
Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data
RNA-Seqデータ中の条件特異的変異体を検索する

1500. MBttest
Multiple Beta t-Tests
多重ベータt検定

1501. methyvim
Targeted, Robust, and Model-free Differential Methylation Analysis
標的化、ロバスト、およびモデルフリーの差分メチル化分析

1502. mimager
mimager: The Microarray Imager
mimager:マイクロアレイイメージャー

1503. pcxn
Exploring, analyzing and visualizing functions utilizing the pcxnData package
pcxnDataパッケージを利用した機能の調査、分析、および視覚化

1504. SeqSQC
A bioconductor package for sample quality check with next generation sequencing data
次世代シークエンシングデータによるサンプル品質チェックのためのバイオコンダクタパッケージ

1505. SparseSignatures
SparseSignatures
スパースシグネチャ

1506. ChIPanalyser
ChIPanalyser: Predicting Transcription Factor Binding Sites
ChIPanalyser:転写因子結合部位の予測

1507. CTDquerier
Package for CTDbase data query, visualization and downstream analysis
CTDbaseデータクエリ、可視化およびダウンストリーム分析用のパッケージ

1508. epivizrChart
R interface to epiviz web components
epiviz WebコンポーネントへのRインターフェース

1509. funtooNorm
Normalization Procedure for Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit
Infinium Human Methylization 450 BeadChipキットの正規化手順

1510. GA4GHshiny
Shiny application for interacting with GA4GH-based data servers
GA4GHベースのデータサーバと対話するための光沢のあるアプリケーション

1511. icetea
Integrating Cap Enrichment with Transcript Expression Analysis
転写産物発現解析とキャップ濃縮の統合

1512. Imetagene
A graphical interface for the metagene package
メタゲンパッケージのためのグラフィカルインターフェース

1513. ivygapSE
A SummarizedExperiment for Ivy-GAP data
Ivy-GAPデータの要約実験

1514. miRmine
Data package with miRNA-seq datasets from miRmine database as RangedSummarizedExperiment
RangedSummarizedExperimentとしてのmiRmineデータベースからのmiRNA-seqデータセットを含むデータパッケージ

1515. netprioR
A model for network-based prioritisation of genes
ネットワークベースの遺伝子優先順位付けのためのモデル

1516. normalize450K
Preprocessing of Illumina Infinium 450K data
Illumina Infinium 450Kデータの前処理

1517. Rgin
gin in R
Rのジン

1518. rHVDM
Hidden Variable Dynamic Modeling
隠れ変数動的モデリング

1519. RSeqAn
R SeqAn
R SeqAn

1520. sevenC
Computational Chromosome Conformation Capture by Correlation of ChIP-seq at CTCF motifs
CTCFモチーフでのChIP ‐ seqの相関による染色体の立体配座計算

1521. sigsquared
Gene signature generation for functionally validated signaling pathways
機能的に検証されたシグナル伝達経路のための遺伝子サイン生成

1522. skewr
Visualize Intensities Produced by Illumina’s Human Methylation 450k BeadChip
イルミナのヒトメチル化による強度の可視化450k BeadChip

1523. slinky
Putting the fun in LINCS L1000 data analysis
LINCS L1000データ解析に面白さを

1524. SNPhood
SNPhood: Investigate, quantify and visualise the epigenomic neighbourhood of SNPs using NGS data
SNPhood:NGSデータを使用してSNPのエピゲノム近傍を調査、定量化、および視覚化する

1525. ClusterJudge
Judging Quality of Clustering Methods using Mutual Information
相互情報量を用いたクラスタリング手法の品質判定

1526. DEComplexDisease
A tool for differential expression analysis and DEGs based investigation to complex diseases by bi-clustering analysis
バイクラスタリング分析による複雑な疾患に対する差次的発現分析およびDEGに基づく調査のためのツール

1527. gpart
Human genome partitioning of dense sequencing data by identifying haplotype blocks
ハプロタイプブロックの同定による高密度配列決定データのヒトゲノム分割

1528. POST
Projection onto Orthogonal Space Testing for High Dimensional Data
高次元データのための直交空間試験への射影

1529. powerTCR
Model-Based Comparative Analysis of the TCR Repertoire
TCRレパートリーのモデルベース比較分析

1530. PROPS
PRObabilistic Pathway Score (PROPS)
確率的経路スコア(PROPS)

1531. Rmmquant
RNA-Seq multi-mapping Reads Quantification Tool
RNA-Seqマルチマッピングによる定量ツールの読み取り

1532. semisup
Semi-Supervised Mixture Model
半教師付き混合モデル

1533. SRGnet
SRGnet: An R package for studying synergistic response to gene mutations from transcriptomics data from transcriptomics data
SRGnet:トランスクリプトミクスデータからのトランスクリプトームデータからの遺伝子変異に対する相乗的応答を研究するためのRパッケージ

1534. birte
Bayesian Inference of Regulatory Influence on Expression (biRte)
発現に対する調節的影響のベイズ推定(biRte)

1535. CellScore
Tool for Evaluation of Cell Identity from Transcription Profiles
転写プロファイルから細胞の同一性を評価するためのツール

1536. iBMQ
integrated Bayesian Modeling of eQTL data
eQTLデータの統合ベイズモデリング

1537. profileScoreDist
Profile score distributions
プロファイルスコア分布

1538. RGMQL
GenoMetric Query Language for R/Bioconductor
R / Bioconductor用のジェノメトリッククエリ言語

1539. vulcan
VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks
ネットワークを利用したVirtUaL ChIP-Seqデータ解析

1540. CHARGE
CHARGE: CHromosome Assessment in R from Gene Expression data
CHARGE:遺伝子発現データからのRにおける染色体評価

1541. ChIPXpress
ChIPXpress: enhanced transcription factor target gene identification from ChIP-seq and ChIP-chip data using publicly available gene expression profiles
ChIPXpress:公に入手可能な遺伝子発現プロファイルを用いたChIP-seqおよびChIP-chipデータからの転写因子標的遺伝子同定の強化

1542. COCOA
Coordinate Covariation Analysis
座標共変動分析

1543. ddPCRclust
Clustering algorithm for ddPCR data
ddPCRデータのためのクラスタリングアルゴリズム

1544. ExCluster
ExCluster robustly detects differentially expressed exons between two conditions of RNA-seq data, requiring at least two independent biological replicates per condition
ExClusterはRNA-seqデータの2つの条件間で差次的に発現されたエクソンをロバストに検出するため、条件ごとに少なくとも2つの独立した生物学的複製が必要です

1545. gep2pep
Creation and Analysis of Pathway Expression Profiles (PEPs)
経路発現プロファイル(PEP)の作成と分析

1546. IntramiRExploreR
Predicting Targets for Drosophila Intragenic miRNAs
ショウジョウバエ遺伝子内miRNAの標的予測

1547. NormalyzerDE
Evaluation of normalization methods and calculation of differential expression analysis statistics
正規化法の評価と差次的発現分析統計の計算

1548. perturbatr
Statistical Analysis of High-Throughput Genetic Perturbation Screens
高スループット遺伝的摂動スクリーンの統計解析

1549. Scale4C
Scale4C: an R/Bioconductor package for scale-space transformation of 4C-seq data
Scale 4 C:4 Cシーケンスデータのスケール空間変換のためのR / Bioconductorパッケージ

1550. vtpnet
variant-transcription factor-phenotype networks
変異転写因子表現型ネットワーク

1551. iteremoval
Iteration removal method for feature selection
特徴選択のための反復除去法

1552. SEPIRA
Systems EPigenomics Inference of Regulatory Activity
システムエピゲノミクス規制活動の推論

1553. TFARM
Transcription Factors Association Rules Miner
転写因子アソシエーションルールマイナー

1554. TTMap
Two-Tier Mapper: a clustering tool based on topological data analysis
二層マッパー:トポロジーデータ解析に基づくクラスタリングツール

1555. GARS
GARS: Genetic Algorithm for the identification of Robust Subsets of variables in high-dimensional and challenging datasets
GARS:高次元で挑戦的なデータセットにおける変数のロバストなサブセットの同定のための遺伝的アルゴリズム

1556. loci2path
Loci2path: regulatory annotation of genomic intervals based on tissue-specific expression QTLs
Loci2path:組織特異的発現QTLに基づくゲノム間隔の規制注釈

1557. MACPET
Model based analysis for paired-end data
ペアエンドデータのモデルベース分析

1558. MDTS
Detection of de novo deletion in targeted sequencing trios
標的シークエンシングトリオにおけるde novo欠失の検出

1559. RNAdecay
Maximum Likelihood Decay Modeling of RNA Degradation Data
RNA分解データの最尤減衰モデリング

1560. scoreInvHap
Get inversion status in predefined regions
事前定義された地域のインバージョンステータスを取得する

1561. TFHAZ
Transcription Factor High Accumulation Zones
転写因子高集積ゾーン

1562. FCBF
Fast Correlation Based Filter for Feature Selection
特徴選択のための高速相関ベースのフィルタ

1563. HilbertVisGUI
HilbertVisGUI
HilbertVisGUI

1564. missRows
Handling Missing Individuals in Multi-Omics Data Integration
マルチオミックスデータ統合における行方不明者の処理

1565. tRNAscanImport
Importing a tRNAscan-SE result file as GRanges object
tRNAscan-SE結果ファイルをGRangesオブジェクトとしてインポートする

1566. ChIC
Quality Control Pipeline for ChIP-Seq Data
ChIP-Seqデータの品質管理パイプライン

1567. scFeatureFilter
A correlation-based method for quality filtering of single-cell RNAseq data
単一細胞RNAseqデータの品質フィルタリングのための相関に基づく方法

1568. transite
RNA-binding protein motif analysis
RNA結合タンパク質モチーフ解析

1569. trena
Fit transcriptional regulatory networks using gene expression, priors, machine learning
遺伝子発現、事前知識、機械学習を使用して転写制御ネットワークを適合させる

1570. ArrayExpressHTS
ArrayExpress High Throughput Sequencing Processing Pipeline
ArrayExpressハイスループットシーケンス処理パイプライン

1571. sigFeature
sigFeature: Significant feature selection using SVM-RFE & t-statistic
sigFeature:SVM-RFEとt統計量を使った重要な特徴選択

1572. BGmix
Bayesian models for differential gene expression
示差的遺伝子発現のためのベイズモデル

1573. consensus
Cross-platform consensus analysis of genomic measurements via interlaboratory testing method
実験室間試験法によるゲノム測定のクロスプラットフォームコンセンサス分析

1574. explorase
GUI for exploratory data analysis of systems biology data
システム生物学データの探索的データ分析のためのGUI

1575. scruff
Single Cell RNA-Seq UMI Filtering Facilitator (scruff)
シングルセルRNA-Seq UMIフィルタリング促進剤(scruff)

1576. maser
Mapping Alternative Splicing Events to pRoteins
オルタナティブスプライシングイベントのpタンパク質へのマッピング

1577. predictionet
Inference for predictive networks designed for (but not limited to) genomic data
ゲノムデータ用に設計された(しかしこれに限定されない)予測ネットワークの推論

1578. qPLEXanalyzer
Tools for qPLEX-RIME data analysis
qPLEX-RIMEデータ解析用ツール

1579. SICtools
Find SNV/Indel differences between two bam files with near relationship
近い関係にある2つのBAMファイル間のSNV / Indelの違いを見つける

1580. ACE
Absolute Copy Number Estimation from Low-coverage Whole Genome Sequencing
低カバレッジ全ゲノム配列決定からの絶対コピー数推定

1581. FastqCleaner
A Shiny Application for Quality Control, Filtering and Trimming of FASTQ Files
FASTQファイルの品質管理、フィルタリング、トリミングのための光沢のあるアプリケーション

1582. gwasurvivr
gwasurvivr: an R package for genome wide survival analysis
gwasurvivr:全ゲノム生存分析のためのRパッケージ

1583. gCMAPWeb
A web interface for gene-set enrichment analyses
遺伝子セット濃縮解析のためのWebインターフェース

1584. CAMTHC
Convex Analysis of Mixtures for Tissue Heterogeneity Characterization
組織不均一性キャラクタリゼーションのための混合物の凸解析

1585. HTSeqGenie
A NGS analysis pipeline.
NGS分析パイプライン

1586. IsoCorrectoR
Correction for natural isotope abundance and tracer purity in MS and MS/MS data from stable isotope labeling experiments
安定同位体標識実験からのMSおよびMS / MSデータにおける天然同位体存在量およびトレーサ純度の補正

1587. LRBaseDbi
DBI to construct LRBase-related package
LRBase関連パッケージを構築するためのDBI

1588. glmSparseNet
Network Centrality Metrics for Elastic-Net Regularized Models
Elastic Net正則化モデルのためのネットワーク中心性メトリクス

1589. HPAanalyze
Retrieve and analyze data from the Human Protein Atlas
Human Protein Atlasからデータを取得して分析する

1590. FoldGO
Package for Fold-specific GO Terms Recognition
フォールド固有のGO用語認識のためのパッケージ

1591. multiHiCcompare
Normalize and detect differences between Hi-C datasets when replicates of each experimental condition are available
各実験条件の複製が利用可能な場合、Hi-Cデータセット間の差異を正規化して検出する

1592. appreci8R
appreci8R: an R/Bioconductor package for filtering SNVs and short indels with high sensitivity and high PPV
apprec8R:高感度と高PPVでSNVと短いインデルをフィルタリングするためのR / Bioconductorパッケージ

1593. cTRAP
Identification of candidate causal perturbations from differential gene expression data
示差的遺伝子発現データからの候補原因摂動の同定

1594. plotGrouper
Shiny app GUI wrapper for ggplot with built-in statistical analysis
統計解析を内蔵したggplot用の光沢のあるアプリGUIラッパー

1595. QSutils
Quasispecies Diversity
準種の多様性

1596. abseqR
Reporting and data analysis functionalities for Rep-Seq datasets of antibody libraries
抗体ライブラリーのRep-Seqデータセットのための報告およびデータ分析機能

1597. RNASeqR
RNASeqR: an R package for automated two-group RNA-Seq analysis workflow
RNASeqR:自動化2グループRNA ‐ Seq分析ワークフローのためのRパッケージ

1598. AssessORF
Assess Gene Predictions Using Proteomics and Evolutionary Conservation
プロテオミクスと進化的保存を用いた遺伝子予測の評価

1599. INDEED
An Implementation of Integrated Differential Expression and Differential Network Analysis for Biomarker Candidate Selection
バイオマーカー候補選択のための統合された微分発現と微分ネットワーク解析の実装

1600. sparsenetgls
Using Gaussian graphical structue learning estimation in generalized least squared regression for multivariate normal regression
多変量正規回帰のための一般化最小二乗回帰におけるガウスグラフィカル構造学習推定の使用

1601. tRNA
Analyzing tRNA sequences and structures
tRNAの配列と構造の解析

1602. Ularcirc
Shiny app for canonical and back splicing analysis (i.e. circular and mRNA analysis)
標準およびバックスプライシング分析(すなわち、環状およびmRNA分析)のための光沢のあるアプリ

1603. breakpointR
Find breakpoints in Strand-seq data
Strand-seqデータでブレークポイントを見つける

1604. KinSwingR
KinSwingR: network-based kinase activity prediction
KinSwingR:ネットワークベースのキナーゼ活性予測

1605. brainImageR
A Framework for visualizing gene set enrichment throughout neurodevelopment
神経発達を通して遺伝子セット濃縮を可視化するためのフレームワーク

1606. OMICsPCA
An R package for quantitative integration and analysis of multiple omics assays from heterogeneous samples
不均一試料からの多重オミックスアッセイの定量的統合および分析のためのRパッケージ

1607. AffiXcan
A Functional Approach To Impute Genetically Regulated Expression
遺伝的に調節された発現を妨害するための機能的アプローチ

1608. BUScorrect
Batch Effects Correction with Unknown Subtypes
不明なサブタイプによるバッチ効果の修正

1609. miRSM
Inferring miRNA sponge modules by integrating expression data and miRNA-target binding information
発現データとmiRNA標的結合情報の統合によるmiRNAスポンジモジュールの推論

1610. MOFA
Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
マルチオミクス因子分析(MOFA)

1611. GeneAccord
Detection of clonally exclusive gene or pathway pairs in a cohort of cancer patients
癌患者のコホートにおけるクローン的に排他的な遺伝子または経路ペアの検出

1612. HiCBricks
Framework for Storing and Accessing Hi-C Data Through HDF Files
HDFファイルを介したHi-Cデータの保存とアクセスのためのフレームワーク

1613. HIREewas
Detection of cell-type-specific risk-CpG sites in epigenome-wide association studies
エピゲノムワイド関連研究における細胞型特異的リスクCpG部位の検出

1614. levi
Landscape Expression Visualization Interface
ランドスケープ表現可視化インタフェース

1615. MTseeker
Bioconductor Tools for Human Mitochondrial Variant Analysis
ヒトミトコンドリア変異体解析のためのバイオコンダクターツール

1616. primirTSS
Prediction of pri-miRNA Transcription Start Site
プリmiRNA転写開始部位の予測

1617. SCBN
A statistical normalization method and differential expression analysis for RNA-seq data between different species
異なる種間のRNA配列データのための統計的正規化法と差次的発現分析

1618. GIGSEA
Genotype Imputed Gene Set Enrichment Analysis
遺伝子型帰属遺伝子セット濃縮解析

1619. ipdDb
IPD IMGT/HLA and IPD KIR database for Homo sapiens
ホモサピエンスのためのIPD IMGT / HLAおよびIPD KIRデータベース

1620. scMerge
scMerge: Merging multiple batches of scRNA-seq data
scMerge:scRNA-seqデータの複数のバッチをマージする

1621. hierinf
Hierarchical Inference
階層推論

1622. NeighborNet
Neighbor_net analysis
ネイバーネット分析

1623. nuCpos
An R package for prediction of nucleosome positions
ヌクレオソーム位置の予測のためのRパッケージ

1624. onlineFDR
Online FDR control
オンラインFDR管理

1625. SIMD
Statistical Inferences with MeDIP-seq Data (SIMD) to infer the methylation level for each CpG site
各CpG部位のメチル化レベルを推測するためのMeDIP-seqデータ(SIMD)による統計的推論

1626. condcomp
Condition Comparison in scRNA-seq Data
scRNA-seqデータにおける条件比較

1627. MetID
Network-based prioritization of putative metabolite IDs
推定代謝産物IDのネットワークベースの優先順位付け

1628. strandCheckR
Calculate strandness information of a bam file
BAMファイルの撚り情報を計算する

1629. REBET
The subREgion-based BurdEn Test (REBET)
サブリージョンベースのBurdEnテスト(REBET)

1630. scTensor
Detection of cell-cell interaction from single-cell RNA-seq dataset by tensor decomposition
テンソル分解による単一細胞RNAシーケンスデータセットからの細胞間相互作用の検出

1631. CHETAH
Fast and accurate scRNA-seq cell type identification
迅速かつ正確なscRNA-seq細胞型同定

1632. mlm4omics
Multilevel Model for Multivariate Responses with Missing Values
欠損値を持つ多変量応答のためのマルチレベルモデル

1633. tRNAdbImport
Importing from tRNAdb and mitotRNAdb as GRanges objects
GRangesオブジェクトとしてのtRNA dbおよびmitotRNA dbからのインポート

1634. CluMSID
Clustering of MS2 Spectra for Metabolite Identification
代謝物同定のためのMS 2スペクトルのクラスタ化

1635. deco
Decomposing Heterogeneous Cohorts using Omic Data Profiling
オミックデータプロファイリングを用いた異種コホートの分解

1636. DelayedDataFrame
Delayed operation on DataFrame using standard DataFrame metaphor
標準のDataFrameメタファーを使用したDataFrameの遅延操作

1637. DeMixT
Cell type-specific deconvolution of heterogeneous tumor samples with two or three components using expression data from RNAseq or microarray platforms
RNAseqまたはマイクロアレイプラットフォームからの発現データを用いた2または3成分による不均一腫瘍試料の細胞型特異的デコンボリューション

1638. pathwayPCA
Integrative Pathway Analysis with Modern PCA Methodology and Gene Selection
現代のPCA方法論と遺伝子選択による統合的経路分析

1639. topconfects
Top Confident Effect Sizes
自信を持って効果的なサイズ

1640. VCFArray
Representing on-disk / remote VCF files as array-like objects
ディスク上/リモートのVCFファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

1641. ADAM
ADAM: Activity and Diversity Analysis Module
ADAM:活動および多様性分析モジュール

1642. celda
CEllular Latent Dirichlet Allocation
細胞潜伏ディリクレ配分

1643. CNVRanger
Summarization and expression/phenotype association of CNV ranges
CNV範囲の要約および発現/表現型の関連

1644. IsoCorrectoRGUI
Graphical User Interface for IsoCorrectoR
IsoCorrectoRのグラフィカルユーザーインターフェース

1645. Rcwl
Wrap Command Tools and Pipelines Using CWL
CWLを使用したコマンドツールとパイプラインのラップ

1646. rScudo
Signature-based Clustering for Diagnostic Purposes
診断目的のためのシグネチャベースのクラスタリング

1647. SingleR
Reference-Based Single-Cell RNA-Seq Annotation
参照ベースの単一セルRNA-Seqアノテーション

1648. cytofast
cytofast – A quick visualization and analysis tool for CyTOF data
cytofast – CyTOFデータ用の迅速な可視化および解析ツール

1649. decompTumor2Sig
Decomposition of individual tumors into mutational signatures by signature refitting
シグネチャ再調整による個々の腫瘍の突然変異シグネチャへの分解

1650. mbkmeans
Mini-batch K-means Clustering for Single-Cell RNA-seq
単一細胞RNA配列のためのミニバッチK平均クラスタリング

1651. StructuralVariantAnnotation
Variant annotations for structural variants
構造バリアントのバリアントアノテーション

1652. ssrch
a simple search engine
単純な検索エンジン

1653. adductomicsR
Processing of adductomic mass spectral datasets
付加体質量スペクトルデータセットの処理

1654. hypeR
Hyper Enrichment
ハイパーエンリッチメント

1655. ngsReports
Load FastqQC reports and other NGS related files
FastqQCレポートと他のNGS関連ファイルをロードする

1656. PrecisionTrialDrawer
A Tool to Analyze and Design NGS Based Custom Gene Panels
NGSベースのカスタム遺伝子パネルを分析および設計するためのツール

1657. proBatch
Tools for Diagnostics and Corrections of Batch Effects in Proteomics
プロテオミクスにおけるバッチ効果の診断と修正のためのツール

1658. atSNP
Affinity test for identifying regulatory SNPs
調節性SNPを同定するための親和性試験

1659. bigPint
Big multivariate data plotted interactively
対話的にプロットされた大きな多変量データ

1660. graper
Adaptive penalization in high-dimensional regression and classification with external covariates using variational Bayes
変分ベイズを用いた外部共変量による高次元回帰と分類における適応ペナルティ化

1661. HumanTranscriptomeCompendium
Tools to work with a Compendium of 181000 human transcriptome sequencing studies
181000のヒトトランスクリプトームシークエンシング研究の概要を扱うツール

1662. miRspongeR
Identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules
miRNAスポンジ相互作用ネットワークとモジュールの同定と分析

1663. OmicsLonDA
Omics Longitudinal Differential Analysis
オミックス縦断的微分解析

1664. phemd
Phenotypic EMD for comparison of single-cell samples
単細胞試料の比較のための表現型EMD

1665. projectR
Functions for the projection of weights from PCA, CoGAPS, NMF, correlation, and clustering
PCA、CoGAPS、NMF、相関、およびクラスタリングから重みを射影するための関数

1666. qsmooth
Smooth quantile normalization
滑らかな分位点正規化

1667. RCM
Fit row-column association models with the negative binomial distribution for the microbiome
ミクロバイオームに対する負の二項分布を用いた行 – 列連関モデルの適合

1668. scRecover
scRecover for imputation of single-cell RNA-seq data
sc – シングルセルRNAシーケンスデータの代入のためのリカバリ

1669. SMAD
Statistical Modelling of AP-MS Data (SMAD)
AP-MSデータの統計的モデリング(SMAD)

1670. alevinQC
Generate QC Reports For Alevin Output
Alevin出力用のQCレポートを生成する

1671. CellBench
Construct Benchmarks for Single Cell Analysis Methods
単細胞分析法のベンチマーク構築

1672. DNABarcodeCompatibility
A Tool for Optimizing Combinations of DNA Barcodes Used in Multiplexed Experiments on Next Generation Sequencing Platforms
次世代シーケンシングプラットフォームでの多重実験で使用されるDNAバーコードの組み合わせを最適化するためのツール

1673. fishpond
Fishpond: differential transcript and gene expression with inferential replicates
魚応答:推論的複製を用いた示差的転写産物および遺伝子発現

1674. scds
In-Silico Annotation of Doublets for Single Cell RNA Sequencing Data
単一細胞RNA配列決定データのためのダブレットのインシリコ注釈

1675. AMARETTO
Regulatory Network Inference and Driver Gene Evaluation using Integrative Multi-Omics Analysis and Penalized Regression
統合マルチオミックス解析とペナルティ回帰を用いた規制ネットワーク推論とドライバー遺伝子評価

1676. dcanr
Differential co-expression/association network analysis
差次的共発現/会合ネットワーク分析

1677. epihet
Determining Epigenetic Heterogeneity from Bisulfite Sequencing Data
亜硫酸水素塩配列決定データからのエピジェネティックな不均一性の決定

1678. PrInCE
Predicting Interactomes from Co-Elution
共溶出からのインタラクトームの予測

1679. BANDITS
BANDITS: Bayesian ANalysis of DIfferenTial Splicing
BANDITS:差別的スプライシングのベイズ分析

1680. BioMM
BioMM: Biological-informed Multi-stage Machine learning framework for phenotype prediction using omics data
BioMM:オミックスデータを用いた表現型予測のための生物情報に基づく多段階機械学習フレームワーク

1681. cola
A Framework for Consensus and Hierarchical Partitioning
合意と階層的分割のためのフレームワーク

1682. DepecheR
Determination of essential phenotypic elements of clusters in high-dimensional entities
高次元実体におけるクラスターの必須表現型要素の決定

1683. doseR
doseR
doseR

1684. Melissa
Bayesian clustering and imputationa of single cell methylomes
単細胞メチロームのベイジアンクラスタリングと代入

1685. Modstrings
Implementation of Biostrings to work with nucleotide sequences containing modified nucleotides
修飾ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列を扱うためのバイオストリングの実装

1686. OVESEG
OVESEG-test to detect tissue/cell-specific markers
組織/細胞特異的マーカーを検出するためのOVESEGテスト

1687. PAIRADISE
PAIRADISE: Paired analysis of differential isoform expression
ペアレディ:異なるアイソフォーム発現のペア解析

1688. PAST
Pathway Association Study Tool (PAST)
パスウェイアソシエーション研究ツール(PAST)

1689. VennDetail
A package for visualization and extract details
視覚化と抽出の詳細のためのパッケージ

1690. ADAMgui
Activity and Diversity Analysis Module Graphical User Interface
活動および多様性分析モジュールのグラフィカルユーザーインターフェース

1691. animalcules
Interactive microbiome analysis toolkit
対話型マイクロバイオーム分析ツールキット

1692. CellMixS
Evaluate Cellspecific Mixing
細胞特異的混合を評価する

1693. CopyNumberPlots
Create Copy-Number Plots using karyoploteR functionality
karyoploteR機能を使ってコピー数プロットを作成する

1694. divergence
Divergence: Functionality for assessing omics data by divergence with respect to a baseline
発散:ベースラインに関して発散によってオミックスデータを評価するための機能

1695. GAPGOM
GAPGOM (novel Gene Annotation Prediction and other GO Metrics)
GAPGOM(新規遺伝子アノテーション予測およびその他のGOメトリクス)

1696. HCABrowser
Browse the Human Cell Atlas data portal
Human Cell Atlasデータポータルを閲覧する

1697. lipidr
Lipidomics Analysis Workflow in R
Rのリピドミクス分析ワークフロー

1698. pipeFrame
Pipeline framework for bioinformatics in R
Rにおけるバイオインフォマティクスのためのパイプラインフレームワーク

1699. profileplyr
Visualization and annotation of read signal over genomic ranges with profileplyr
profileplyrによるゲノム範囲にわたる読み取りシグナルの可視化と注釈

1700. qckitfastq
FASTQ Quality Control
FASTQ品質管理

1701. RcwlPipelines
Bioinformatics pipelines based on Rcwl
Rcwlに基づくバイオインフォマティクスパイプライン

1702. rmelting
R Interface to MELTING 5
MELTING 5へのRインターフェース

1703. scAlign
An alignment and integration method for single cell genomics
単細胞ゲノミクスのためのアラインメントと統合法

1704. SpectralTAD
SpectralTAD: Hierarchical TAD detection using spectral clustering
SpectralTAD:スペクトルクラスタリングを用いた階層的TAD検出

1705. TPP2D
FDR-controlled analysis of 2D-TPP experiments
2D ‐ TPP実験のFDR制御解析

1706. DiscoRhythm
Interactive Workflow for Discovering Rhythmicity in Biological Data
生物学的データにおける律動性を発見するための対話型ワークフロー

1707. enrichTF
Transcription Factors Enrichment Analysis
転写因子濃縮分析

1708. mnem
Mixture Nested Effects Models
混合ネスト効果モデル

1709. netboost
Network Analysis Supported by Boosting
ブースティングでサポートされるネットワーク分析

1710. pram
Pooling RNA-seq datasets for assembling transcript models
転写物モデルを組み立てるためのプールRNAシーケンスデータセット

1711. Structstrings
Implementation of the dot bracket annotations with Biostrings
バイオストリングを使用したドットブラケット注釈の実装

1712. SubCellBarCode
SubCellBarCode: Integrated workflow for robust mapping and visualizing whole human spatial proteome
SubCellBarCode:ロバストマッピングと全ヒト空間プロテオームの視覚化のための統合ワークフロー

1713. survtype
Subtype Identification with Survival Data
生存データによるサブタイプの識別

1714. Xeva
Analysis of patient-derived xenograft (PDX) data
患者由来異種移植片(PDX)データの分析

1715. CoRegFlux
CoRegFlux
CoRegFlux

1716. evaluomeR
Evaluation of Bioinformatics Metrics
バイオインフォマティクスメトリクスの評価

1717. GNET2
Constructing gene regulatory networks from expression data through functional module inference
機能モジュール推論による発現データからの遺伝子調節ネットワークの構築

1718. nanotatoR
nanotatoR: next generation structural variant annotation and classification
nanatoR:次世代構造変異アノテーションと分類

1719. NBAMSeq
Negative Binomial Additive Model for RNA-Seq Data
RNA ‐ Seqデータのための負の二項加法モデル

1720. PoTRA
PoTRA: Pathways of Topological Rank Analysis
PoTRA:トポロジカルランク分析の経路

1721. SpatialCPie
Cluster analysis of Spatial Transcriptomics data
空間トランスクリプトミクスデータのクラスター分析

1722. metagene2
A package to produce metagene plots
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ

1723. RepViz
Replicate oriented Visualization of a genomic region
ゲノム領域の複製指向の可視化

1724. sitePath
Detection of sites with fixation of amino acid substitutions in protein evolution
蛋白質進化におけるアミノ酸置換の固定を伴う部位の検出

1725. sRACIPE
Systems biology tool to simulate gene regulatory circuits
遺伝子調節回路をシミュレートするためのシステム生物学ツール

1726. SynMut
SynMut: Designing Synonymously Mutated Sequences with Different Genomic Signatures
SynMut:異なるゲノムシグネチャを持つ同義変異配列の設計

1727. TreeSummarizedExperiment
TreeSummarizedExperiment: a S4 Class for Data with Tree Structures
TreeSummarizedExperiment:木構造を持つデータ用のS4クラス

1728. TNBC.CMS
TNBC.CMS: Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes
TNBC.CMS:TNBCコンセンサス分子サブタイプの予測

1729. GladiaTOX
R Package for Processing High Content Screening data
ハイコンテントスクリーニングデータ処理用Rパッケージ

1730. SQLDataFrame
Representation of SQL database in DataFrame metaphor
DataFrameメタファーでのSQLデータベースの表現

1731. MetaVolcanoR
Gene expression meta-analysis visualization tool
遺伝子発現メタ分析視覚化ツール

1732. KnowSeq
A R package to extract knowledge by using RNA-seq raw files
RNA-seq rawファイルを使用して知識を抽出するRパッケージ

1733. TOAST
Tools for the analysis of heterogeneous tissues
異種組織の分析のためのツール

1734. gpuMagic
An openCL compiler with the capacity to compile R functions and run the code on GPU
R関数をコンパイルしてGPUでコードを実行する能力を持つopenCLコンパイラー

1735. RNAmodR
Detection of post-transcriptional modifications in high throughput sequencing data
ハイスループットシーケンシングデータの転写後修飾の検出

1736. SBGNview
Overlay omics data onto SBGN pathway diagram
オミクスデータをSBGN経路図にオーバーレイする

1737. ViSEAGO
ViSEAGO: a Bioconductor package for clustering biological functions using Gene Ontology and semantic similarity
ViSEAGO:Gene Ontologyとセマンティック類似性を使用して生物学的機能をクラスタリングするためのBioconductorパッケージ

1738. XCIR
XCI-inference
XCI推論

1739. BUSpaRse
kallisto | bustools R utilities
カリスト| bustools Rユーティリティ

1740. MMAPPR2
Mutation Mapping Analysis Pipeline for Pooled RNA-Seq
プールされたRNA-Seqの突然変異マッピング分析パイプライン

1741. RNAmodR.AlkAnilineSeq
Detection of m7G, m3C and D modification by AlkAnilineSeq
AlkAnilineSeqによるm7G、m3C、およびD修飾の検出

1742. RNAmodR.ML
Detecting patterns of post-transcriptional modifications using machine learning
機械学習を使用した転写後修飾のパターンの検出

1743. RNAmodR.RiboMethSeq
Detection of 2′-O methylations by RiboMethSeq
RiboMethSeqによる2′-Oメチル化の検出

1744. AWFisher
An R package for fast computing for adaptively weighted fisher’s method
適応的に重み付けされたフィッシャーの方法のための高速計算のためのRパッケージ

1745. circRNAprofiler
circRNAprofiler: An R-Based Computational Framework for the Downstream Analysis of Circular RNAs
circRNAprofiler:円形RNAの下流解析のためのRベースの計算フレームワーク

1746. Maaslin2
Maaslin2
マースリン2

1747. SCANVIS
SCANVIS – a tool for SCoring, ANnotating and VISualizing splice junctions
SCANVIS-スプライスジャンクションのスコアリング、注釈付け、視覚化のためのツール

1748. scGPS
A complete analysis of single cell subpopulations, from identifying subpopulations to analysing their relationship (scGPS = single cell Global Predictions of Subpopulation)
亜集団の特定からそれらの関係の分析までの単一細胞亜集団の完全な分析(scGPS =単一細胞亜集団のグローバル予測)

1749. AlphaBeta
Computational inference of epimutation rates and spectra from high-throughput DNA methylation data in plants
植物におけるハイスループットDNAメチル化データからのエピミューテーション率とスペクトルの計算的推論

1750. Autotuner
Automated parameter selection for untargeted metabolomics data processing
非ターゲットメタボロミクスデータ処理用の自動パラメーター選択

1751. brendaDb
The BRENDA Enzyme Database
BRENDA酵素データベース

1752. fcScan
fcScan for detecting clusters of coordinates with user defined options
ユーザー定義オプションを使用して座標のクラスターを検出するためのfcScan

1753. gemini
GEMINI: Variational inference approach to infer genetic interactions from pairwise CRISPR screens
GEMINI:ペアワイズCRISPRスクリーンから遺伝的相互作用を推測する変分推論アプローチ

1754. GenomicOZone
Delineate outstanding genomic zones of differential gene activity
差次的な遺伝子活性の顕著なゲノムゾーンを描く

1755. HiLDA
Conducting statistical inference on comparing the mutational exposures of mutational signatures by using hierarchical latent Dirichlet allocation
階層型潜在ディリクレ割り当てを使用して、突然変異シグネチャの突然変異暴露を比較する統計的推論を実施する

1756. IgGeneUsage
Differential gene usage in immune repertoires
免疫レパートリーにおける異なる遺伝子使用

1757. muscat
Multi-sample multi-group scRNA-seq data analysis tools
マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ分析ツール

1758. ncGTW
Alignment of LC-MS Profiles by Neighbor-wise Compound-specific Graphical Time Warping with Misalignment Detection
LC-MSプロファイルのアライメントは、アライメントのずれを検出したネイバーワイズ化合物固有のグラフィカルタイムワーピングによる。

1759. PhyloProfile
PhyloProfile
PhyloProfile

1760. proDA
Differential Abundance Analysis of Label-Free Mass Spectrometry Data
ラベルフリー質量分析データの示差存在量分析

1761. scBFA
A dimensionality reduction tool using gene detection pattern to mitigate noisy expression profile of scRNA-seq
scRNA-seqのノイズのある発現プロファイルを緩和するための遺伝子検出パターンを使用した次元削減ツール

1762. SigsPack
Mutational Signature Estimation for Single Samples
単一サンプルの変異シグネチャ推定

1763. VariantExperiment
A RangedSummarizedExperiment Container for VCF/GDS Data with GDS Backend
GDSバックエンドを使用したVCF / GDSデータ用のRangedSummarizedExperimentコンテナー

1764. APAlyzer
A toolkit for APA analysis using RNA-seq data
RNA-seqデータを使用したAPA分析のためのツールキット

1765. calm
Covariate Assisted Large-scale Multiple testing
共変量支援大規模複数テスト

1766. CrossICC
An Interactive Consensus Clustering Framework for Multi-platform Data Analysis
マルチプラットフォームのデータ分析のためのインタラクティブなコンセンサスクラスタリングフレームワーク

1767. debCAM
Deconvolution by Convex Analysis of Mixtures
混合物の凸解析によるデコンボリューション

1768. deltaCaptureC
This Package Discovers Meso-scale Chromatin Remodeling from 3C Data
このパッケージは、3Cデータからメソスケールクロマチンリモデリングを検出します

1769. gramm4R
Generalized correlation analysis and model construction strategy for metabolome and microbiome
メタボロームとミクロビオームの一般化相関分析とモデル構築戦略

1770. idr2d
Irreproducible Discovery Rate for Genomic Interactions Data
ゲノム相互作用データの再現性のない発見率

1771. microbiomeDASim
Microbiome Differential Abundance Simulation
ミクロビオームの微分存在量シミュレーション

1772. MOSim
Multi-Omics Simulation (MOSim)
マルチオミックスシミュレーション(MOSim)

1773. Qtlizer
Qtlizer: comprehensive QTL annotation of GWAS results
Qtlizer:GWAS結果の包括的なQTLアノテーション

1774. SEtools
SEtools: tools for working with SummarizedExperiment
SEtools:SummarizedExperimentを操作するためのツール

1775. SharedObject
Sharing R objects across multiple R processes without memory duplication
メモリの重複なしに複数のRプロセスでRオブジェクトを共有する

1776. sojourner
sojourner: An R package for statistical analysis of single molecule trajectories
sojourner:単一分子軌道の統計分析のためのRパッケージ

1777. ALPS
AnaLysis routines for ePigenomicS data
ePigenomicSデータ用のAnaLysisルーチン

1778. ASpediaFI
ASpedia-FI: Functional Interaction Analysis of Alternative Splicing Events
ASpedia-FI:代替スプライシングイベントの機能的相互作用分析

1779. BiocSet
Representing Different Biological Sets
異なる生物学的セットの表現

1780. BioTIP
BioTIP: An R package for characterization of Biological Tipping-Point
BioTIP:生物学的転換点の特性化のためのRパッケージ

1781. biscuiteer
Convenience Functions for Biscuit
ビスケットの便利な機能

1782. blacksheepr
Outlier Analysis for pairwise differential comparison
ペアワイズ差分比較の外れ値分析

1783. brainflowprobes
Plots and annotation for choosing BrainFlow target probe sequence
BrainFlowターゲットプローブシーケンスを選択するためのプロットと注釈

1784. CNVfilteR
Identifies false positives of CNV calling tools by using SNV calls
SNV呼び出しを使用して、CNV呼び出しツールの誤検知を識別します

1785. DEWSeq
Differential Expressed Windows Based on Negative Binomial Distribution
負の二項分布に基づく差分表現ウィンドウ

1786. DMCFB
Differentially Methylated Cytosines via a Bayesian Functional Approach
ベイジアン機能的アプローチによる差別的にメチル化されたシトシン

1787. fcoex
FCBF-based Co-Expression Networks for Single Cells
単一セル用のFCBFベースの共発現ネットワーク

1788. flowSpecs
Tools for processing of high-dimensional cytometry data
高次元のサイトメトリーデータを処理するためのツール

1789. flowSpy
A Toolkit for Flow And Mass Cytometry Data
フローおよびマスサイトメトリーデータのツールキット

1790. GCSscore
GCSscore: an R package for microarray analysis for Affymetrix/Thermo Fisher arrays
GCSscore:Affymetrix / Thermo Fisherアレイのマイクロアレイ分析用Rパッケージ

1791. GmicR
Combines WGCNA and xCell readouts with bayesian network learrning to generate a Gene-Module Immune-Cell network (GMIC)
WGCNAおよびxCell読み取り値とベイジアンネットワーク学習を組み合わせて、Gene-Module Immune-Cellネットワーク(GMIC)を生成します

1792. gscreend
Analysis of pooled genetic screens
プールされた遺伝子スクリーニングの分析

1793. HCAExplorer
Browse the Human Cell Atlas data portal
Human Cell Atlasデータポータルを閲覧する

1794. LinkHD
LinkHD: a versatile framework to explore and integrate heterogeneous data
LinkHD:異種データを調査および統合するための汎用フレームワーク

1795. lionessR
Modeling networks for individual samples using LIONESS
LIONESSを使用した個々のサンプルのネットワークのモデリング

1796. MACSQuantifyR
Fast treatment of MACSQuantify FACS data
MACSQuantify FACSデータの高速処理

1797. MBQN
Mean/Median-balanced quantile normalization
平均/中央値バランスのとれたクォンタイル正規化

1798. MEB
A Minimum Enclosing Ball (MEB) method to detect differential expression genes for RNA-seq data
RNA-seqデータの差次的発現遺伝子を検出するための最小包囲ボール(MEB)メソッド

1799. MethCP
Differential methylation anlsysis for bisulfite sequencing data
亜硫酸水素塩配列決定データのための示差的メチル化解析

1800. methrix
Fast and efficient summarization of generic bedGraph files from Bisufite sequencing
Bisufiteシーケンスからの一般的なbedGraphファイルの高速かつ効率的な要約

1801. methylCC
Estimate the cell composition of whole blood in DNA methylation samples
DNAメチル化サンプルの全血の細胞組成を推定する

1802. MMUPHin
Meta-analysis Methods with Uniform Pipeline for Heterogeneity in Microbiome Studies
ミクロビオーム研究における不均一性のための均一パイプラインを用いたメタ分析法

1803. MSstatsSampleSize
Simulation tool for optimal design of high-dimensional MS-based proteomics experiment
高次元MSベースのプロテオミクス実験の最適設計のためのシミュレーションツール

1804. OmnipathR
Import Omnipath network
Omnipathネットワークをインポートする

1805. oppti
Outlier Protein and Phosphosite Target Identifier
外れ値のタンパク質とリン酸のターゲット識別子

1806. peakPantheR
Peak Picking and Annotation of High Resolution Experiments
高解像度実験のピーク選択と注釈付け

1807. PERFect
Permutation filtration for microbiome data
ミクロビオームデータの順列フィルタリング

1808. pulsedSilac
Analysis of pulsed-SILAC quantitative proteomics data
パルスドSILAC定量的プロテオミクスデータの分析

1809. pwrEWAS
A user-friendly tool for comprehensive power estimation for epigenome wide association studies (EWAS)
エピゲノムワイド関連研究(EWAS)の包括的パワー推定のためのユーザーフレンドリーなツール

1810. ReactomeGSA
Client for the Reactome Analysis Service for comparative multi-omics gene set analysis
比較マルチオミクス遺伝子セット分析用のReactome Analysis Serviceのクライアント

1811. RNAsense
Analysis of Time-Resolved RNA-Seq Data
時間分解RNA-Seqデータの分析

1812. SAIGEgds
Scalable Implementation of Generalized mixed models using GDS files in PheWAS
PheWASのGDSファイルを使用した一般化混合モデルのスケーラブルな実装

1813. scDblFinder
scDblFinder
scDblFinder

1814. schex
Hexbin plots for single cell omics data
単一セルオミックスデータのHexbinプロット

1815. scPCA
Sparse Contrastive Principal Component Analysis
疎な主成分分析

1816. scTGIF
Cell type annotation for unannotated single-cell RNA-Seq data
注釈なしの単一細胞RNA-Seqデータの細胞タイプ注釈

1817. signatureSearch
Environment for Gene Expression Searching Combined with Functional Enrichment Analysis
機能強化分析と組み合わせた遺伝子発現検索環境

1818. Spaniel
Spatial Transcriptomics Analysis
空間トランスクリプトミクス分析

1819. ssPATHS
ssPATHS: Single Sample PATHway Score
ssPATHS:単一サンプルPATHwayスコア

1820. target
Predict Combined Function of Transcription Factors
転写因子の複合機能を予測する

1821. tradeSeq
trajectory-based differential expression analysis for sequencing data
シーケンスデータの軌跡ベースの微分発現解析

1822. waddR
Statistical Test for Detecting Differential Distributions Based on the Wasserstein Metric
Wassersteinメトリックに基づく微分分布を検出するための統計的検定

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