Bioconductor Softwareパッケージ一覧

BioconductorのSoftwareパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日：2023/06/01
パッケージ数：2230

1. BiocGenerics
S4 generic functions used in Bioconductor
Bioconductorで使用されるS4汎用関数

2. S4Vectors
Foundation of vector-like and list-like containers in Bioconductor
Bioconductorでのベクター型およびリスト型コンテナの基盤

3. BiocVersion
Set the appropriate version of Bioconductor packages
適切なバージョンのBioconductorパッケージを設定する

4. GenomeInfoDb
Utilities for manipulating chromosome names, including modifying them to follow a particular naming style
特定の命名スタイルに従うようにそれらを修正することを含む、染色体名を操作するためのユーティリティ

5. IRanges
Foundation of integer range manipulation in Bioconductor
Bioconductorにおける整数範囲操作の基礎

6. Biobase
Biobase: Base functions for Bioconductor
バイオベース：バイオコンダクターのための基本機能

7. zlibbioc
An R packaged zlib-1.2.5
Rパッケージのzlib-1.2.5

8. XVector
Foundation of external vector representation and manipulation in Bioconductor
Bioconductorにおける外部ベクトル表現と操作の基礎

9. BiocParallel
Bioconductor facilities for parallel evaluation
並行評価のための生体導体施設

10. Biostrings
Efficient manipulation of biological strings
生物学的弦の効率的な操作

11. DelayedArray
A unified framework for working transparently with on-disk and in-memory array-like datasets
ディスク上およびメモリ内アレイのようなデータセットを透過的に扱うための統一されたフレームワーク

12. GenomicRanges
Representation and manipulation of genomic intervals
ゲノム間隔の表現と操作

13. MatrixGenerics
S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects
S4 行列型オブジェクトで動作する一般的なサマリー統計関数

14. limma
Linear Models for Microarray Data
マイクロアレイデータのための線形モデル

15. SummarizedExperiment
SummarizedExperiment container
SummerizedExperimentコンテナ

16. AnnotationDbi
Manipulation of SQLite-based annotations in Bioconductor
BioconductorでのSQLiteベースのアノテーションの操作

17. KEGGREST
Client-side REST access to KEGG
KEGGへのクライアントサイドRESTアクセス

18. annotate
Annotation for microarrays
マイクロアレイのアノテーション

19. BiocFileCache
Manage Files Across Sessions
セッション間でファイルを管理する

20. GenomicAlignments
Representation and manipulation of short genomic alignments
短いゲノムアラインメントの表現と操作

21. Rhtslib
HTSlib high-throughput sequencing library as an R package
RパッケージとしてのHTSlibハイスループットシーケンスライブラリ

22. edgeR
Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R
Rにおけるデジタル遺伝子発現データの経験的分析

23. Rsamtools
Binary alignment (BAM), FASTA, variant call (BCF), and tabix file import
バイナリアライメント（BAM）、FASTA、バリアントコール（BCF）、およびtabixファイルのインポート

24. biomaRt
Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl)
BioMartデータベース（Ensemblなど）へのインタフェース

25. genefilter
genefilter: methods for filtering genes from high-throughput experiments
genefilter：ハイスループット実験から遺伝子をフィルタリングする方法

26. Rhdf5lib
hdf5 library as an R package
Rパッケージとしてのhdf5ライブラリ

27. rtracklayer
R interface to genome annotation files and the UCSC genome browser
ゲノムアノテーションファイルとUCSCゲノムブラウザへのRインタフェース

28. DESeq2
Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution
負の二項分布に基づく示差的遺伝子発現解析

29. graph
graph: A package to handle graph data structures
graph：グラフデータ構造を扱うためのパッケージ

30. geneplotter
Graphics related functions for Bioconductor
Bioconductor用グラフィック関連機能

31. rhdf5
R Interface to HDF5
HDF5へのRインタフェース

32. GenomicFeatures
Conveniently import and query gene models
遺伝子モデルのインポートと照会に便利

33. ggtree
an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data
系統樹の共変量および他の関連データを用いた系統樹の視覚化および注釈付けのためのRパッケージ

34. treeio
Base Classes and Functions for Phylogenetic Tree Input and Output
系統樹入力と出力のための基本クラスと関数

35. rhdf5filters
HDF5 Compression Filters
HDF5 圧縮フィルタ

36. BiocIO
Standard Input and Output for Bioconductor Packages
バイオインダクターパッケージの標準入出力

37. qvalue
Q-value estimation for false discovery rate control
誤発見率制御のためのQ値推定

38. preprocessCore
A collection of pre-processing functions
前処理機能のコレクション

39. enrichplot
Visualization of Functional Enrichment Result
機能強化結果の可視化

40. fgsea
Fast Gene Set Enrichment Analysis
高速遺伝子セット濃縮分析

41. DelayedMatrixStats
Functions that Apply to Rows and Columns of ‘DelayedMatrix’ Objects
‘DelayedMatrix’オブジェクトの行と列に適用される関数

42. DOSE
Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis
疾患オントロジー意味論および濃縮分析

43. clusterProfiler
statistical analysis and visualization of functional profiles for genes and gene clusters
遺伝子および遺伝子クラスターの機能的プロファイルの統計分析および可視化

44. GOSemSim
GO-terms Semantic Similarity Measures
GO用語の意味的類似度

45. sparseMatrixStats
Summary Statistics for Rows and Columns of Sparse Matrices
疎な行列の行と列の要約統計量

46. SingleCellExperiment
S4 Classes for Single Cell Data
単一セルデータ用のS4クラス

47. ComplexHeatmap
Make Complex Heatmaps
複雑なヒートマップを作成する

48. beachmat
Compiling Bioconductor to Handle Each Matrix Type
各マトリックスタイプを処理するための生体導体のコンパイル

49. BSgenome
Software infrastructure for efficient representation of full genomes and their SNPs
全ゲノムとそのSNPを効率的に表現するためのソフトウェアインフラストラクチャ

50. HDF5Array
HDF5 backend for DelayedArray objects
DelayedArrayオブジェクト用のHDF5バックエンド

51. multtest
Resampling-based multiple hypothesis testing
リサンプリングベースの多重仮説検定

52. BiocSingular
Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages
バイオコンダクタパッケージのための特異値分解

53. ScaledMatrix
Creating a DelayedMatrix of Scaled and Centered Values
スケーリングされた値とセンターリングされた値のDelayedMatrixの作成

54. ProtGenerics
S4 generic functions for Bioconductor proteomics infrastructure
バイオコンダクタープロテオミクスインフラストラクチャのためのS4一般的機能

55. impute
impute: Imputation for microarray data
impute：マイクロアレイデータへの代入

56. Rgraphviz
Provides plotting capabilities for R graph objects
Rグラフオブジェクトにプロット機能を提供

57. RBGL
An interface to the BOOST graph library
BOOSTグラフライブラリへのインタフェース

58. GEOquery
Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)
NCBI遺伝子発現オムニバス（GEO）からデータを取得する

59. AnnotationHub
Client to access AnnotationHub resources
AnnotationHubリソースにアクセスするためのクライアント

60. ensembldb
Utilities to create and use Ensembl-based annotation databases
Ensemblベースのアノテーションデータベースを作成して使用するためのユーティリティ

61. affyio
Tools for parsing Affymetrix data files
Affymetrixデータファイルを解析するためのツール

62. interactiveDisplayBase
Base package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするための基本パッケージ

63. affy
Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays
Affymetrixオリゴヌクレオチドアレイのための方法

64. AnnotationFilter
Facilities for Filtering Bioconductor Annotation Resources
バイオコンダクターの注釈リソースをフィルタリングするための機能

65. scuttle
Single-Cell RNA-Seq Analysis Utilities
シングルセルRNA-Seq解析ユーティリティ

66. BiocNeighbors
Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages
バイオコンダクタパッケージの最近傍検出

67. GSEABase
Gene set enrichment data structures and methods
遺伝子セット濃縮データ構造および方法

68. VariantAnnotation
Annotation of Genetic Variants
遺伝的変異のアノテーション

69. BiocStyle
Standard styles for vignettes and other Bioconductor documents
ビネットやその他のBioconductor文書の標準スタイル

70. sva
Surrogate Variable Analysis
代理変数分析

71. ShortRead
FASTQ input and manipulation
FASTQの入力と操作

72. ExperimentHub
Client to access ExperimentHub resources
ExperimentHubリソースにアクセスするためのクライアント

73. scater
Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R
Rにおける遺伝子発現データのための単一細胞分析ツールキット

74. KEGGgraph
KEGGgraph: A graph approach to KEGG PATHWAY in R and Bioconductor
KEGGgraph：RとBioconductorにおけるKEGG PATHWAYへのグラフアプローチ

75. vsn
Variance stabilization and calibration for microarray data
マイクロアレイデータのための分散安定化および較正

76. biovizBase
Basic graphic utilities for visualization of genomic data.
ゲノムデータの視覚化のための基本的なグラフィックユーティリティ

77. GSVA
Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data
マイクロアレイおよびRNA配列データのための遺伝子セット変動分析

78. biomformat
An interface package for the BIOM file format
BIOMファイルフォーマット用のインターフェースパッケージ

79. pcaMethods
A collection of PCA methods
PCAメソッドのコレクション

80. phyloseq
Handling and analysis of high-throughput microbiome census data
ハイスループットミクロバイオーム国勢調査データの取り扱いと分析

81. pathview
a tool set for pathway based data integration and visualization
経路ベースのデータ統合と可視化のためのツールセット

82. DNAcopy
DNA copy number data analysis
DNAコピー数データ解析

83. biocViews
Categorized views of R package repositories
Rパッケージリポジトリのカテゴリー別ビュー

84. scran
Methods for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
単細胞RNA-Seqデータ解析のための方法

85. bluster
Clustering Algorithms for Bioconductor
バイオインダクターのためのクラスタリングアルゴリズム

86. EnhancedVolcano
Publication-ready volcano plots with enhanced colouring and labeling
着色とラベル付けが強化された出版準備済みの火山プロット

87. metapod
Meta-Analyses on P-Values of Differential Analyses
差分解析のP値に関するメタアナリシス

88. Gviz
Plotting data and annotation information along genomic coordinates
ゲノム座標に沿ってデータと注釈情報をプロットする

89. tximport
Import and summarize transcript-level estimates for transcript- and gene-level analysis
転写産物および遺伝子レベルの解析のための転写産物レベルの推定値のインポートと要約

90. apeglm
Approximate posterior estimation for GLM coefficients
GLM係数に対する近似事後推定

91. batchelor
Single-Cell Batch Correction Methods
単細胞バッチ補正法

92. TCGAbiolinks
TCGAbiolinks: An R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data
TCGA biolinks：GDCデータを用いた統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

93. MultiAssayExperiment
Software for the integration of multi-omics experiments in Bioconductor
Bioconductorでマルチオミックス実験を統合するためのソフトウェア

94. ResidualMatrix
Creating a DelayedMatrix of Regression Residuals
回帰残差のDelayedMatrixの作成

95. MSnbase
Base Functions and Classes for Mass Spectrometry and Proteomics
質量分析とプロテオミクスの基本関数とクラス

96. SingleR
Reference-Based Single-Cell RNA-Seq Annotation
参照ベースの単一セルRNA-Seqアノテーション

97. OrganismDbi
Software to enable the smooth interfacing of different database packages
異なるデータベースパッケージの円滑なインターフェースを可能にするソフトウェア

98. topGO
Enrichment Analysis for Gene Ontology
遺伝子オントロジーの濃縮解析

99. ConsensusClusterPlus
ConsensusClusterPlus
合意クラスターClusterPlus

100. mzR
parser for netCDF, mzXML, mzData and mzML and mzIdentML files (mass spectrometry data)
netCDF、mzXML、mzData、mzML、およびmzIdentMLファイル（質量分析データ）のパーサー

101. mixOmics
Omics Data Integration Project
オミックスデータ統合プロジェクト

102. siggenes
Multiple Testing using SAM and Efron’s Empirical Bayes Approaches
SAMとEfronの経験的ベイズアプローチを使用した多重テスト

103. illuminaio
Parsing Illumina Microarray Output Files
Illumina Microarrayの出力ファイルの解析

104. MsCoreUtils
Core Utils for Mass Spectrometry Data
質量分析データのためのコアな利用法

105. monocle
Clustering, differential expression, and trajectory analysis for single- cell RNA-Seq
単細胞RNA-Seqのクラスタリング、差次的発現、および軌跡分析

106. maftools
Summarize, Analyze and Visualize MAF Files
MAFファイルの要約、分析、および視覚化

107. mzID
An mzIdentML parser for R
R用のmzIdentMLパーサー

108. AnnotationForge
Tools for building SQLite-based annotation data packages
SQLiteベースのアノテーションデータパッケージを構築するためのツール

109. DirichletMultinomial
Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data
ミクロバイオームデータのためのDirichlet‐多項混合モデル機械学習

110. bumphunter
Bump Hunter
バンプハンター

111. graphite
GRAPH Interaction from pathway Topological Environment
経路トポロジー環境からのGRAPH相互作用

112. cytolib
C++ infrastructure for representing and interacting with the gated cytometry
ゲーテッドサイトメトリーを表現し相互作用するためのC ++基盤

113. Rsubread
Subread Sequence Alignment and Counting for R
Ｒに対するサブブレッド配列アラインメントおよびカウント

114. EBImage
Image processing and analysis toolbox for R
R用の画像処理および解析ツールボックス

115. flowCore
flowCore: Basic structures for flow cytometry data
flowCore：フローサイトメトリーデータの基本構造

116. dada2
Accurate, high-resolution sample inference from amplicon sequencing data
アンプリコンシークエンシングデータからの正確で高分解能のサンプル推論

117. RProtoBufLib
C++ headers and static libraries of Protocol buffers
プロトコルバッファのC ++ヘッダとスタティックライブラリ

118. DropletUtils
Utilities for Handling Single-Cell Droplet Data
単セル液滴データを処理するためのユーティリティ

119. seqLogo
Sequence logos for DNA sequence alignments
DNA配列アラインメントのための配列ロゴ

120. minfi
Analyze Illumina Infinium DNA methylation arrays
Illumina Infinium DNAメチル化アレイの分析

121. DECIPHER
Tools for curating, analyzing, and manipulating biological sequences
生物学的配列をキュレーション、分析、および操作するためのツール

122. ggbio
Visualization tools for genomic data
ゲノムデータの可視化ツール

123. Category
Category Analysis
カテゴリー分析

124. ReactomePA
Reactome Pathway Analysis
Reactome Pathway Analysis

125. regioneR
Association analysis of genomic regions based on permutation tests
順列検定に基づくゲノム領域の関連解析

126. gdsfmt
R Interface to CoreArray Genomic Data Structure (GDS) Files
CoreArrayゲノムデータ構造（GDS）ファイルへのRインターフェース

127. aroma.light
Light-Weight Methods for Normalization and Visualization of Microarray Data using Only Basic R Data Types
基本Rデータ型のみを用いたマイクロアレイデータの正規化と可視化のための軽量法

128. snpStats
SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods
SnpMatrixとXSnpMatrixのクラスとメソッド

129. ChIPseeker
ChIPseeker for ChIP peak Annotation, Comparison, and Visualization
ChIPピークの注釈、比較、および視覚化のためのChIPseeker

130. GOstats
Tools for manipulating GO and microarrays
GOとマイクロアレイを操作するためのツール

131. marray
Exploratory analysis for two-color spotted microarray data
二色斑点マイクロアレイデータの探索的解析

132. AUCell
AUCell: Analysis of ‘gene set’ activity in single-cell RNA-seq data (e.g. identify cells with specific gene signatures)
AUCell：単一細胞RNA配列データ中の「遺伝子セット」活性の分析（例えば、特定の遺伝子シグネチャーを有する細胞の同定）

133. MAST
Model-based Analysis of Single Cell Transcriptomics
単細胞トランスクリプトミクスのモデルベース分析

134. glmGamPoi
Fit a Gamma-Poisson Generalized Linear Model
ガンマ・ポアソン一般化線形モデルのフィット

135. EDASeq
Exploratory Data Analysis and Normalization for RNA-Seq
RNA-Seqの探索的データ解析と正規化

136. TFBSTools
Software Package for Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis
転写因子結合部位（TFBS）解析用ソフトウェアパッケージ

137. CNEr
CNE Detection and Visualization
CNEの検出と可視化

138. microbiome
Microbiome Analytics
ミクロバイオーム分析

139. BiocCheck
Bioconductor-specific package checks
バイオコンダクター固有のパッケージチェック

140. oligoClasses
Classes for high-throughput arrays supported by oligo and crlmm
oligoとcrlmmでサポートされているハイスループットアレイ用のクラス

141. oligo
Preprocessing tools for oligonucleotide arrays
オリゴヌクレオチドアレイ用の前処理ツール

142. MassSpecWavelet
Mass spectrum processing by wavelet-based algorithms
ウェーブレットベースのアルゴリズムによる質量スペクトル処理

143. affxparser
Affymetrix File Parsing SDK
Affymetrixファイル解析SDK

144. gcrma
Background Adjustment Using Sequence Information
シーケンス情報を用いた背景調整

145. basilisk
Freezing Python Versions Inside Bioconductor Packages
バイオコンダクターパッケージ内のPythonのバージョンをフリーズさせる

146. affyPLM
Methods for fitting probe-level models
プローブレベルモデルの近似方法

147. ncdfFlow
ncdfFlow: A package that provides HDF5 based storage for flow cytometry data.
ncdfFlow：フローサイトメトリーデータ用のHDF5ベースのストレージを提供するパッケージ。

148. globaltest
Testing Groups of Covariates/Features for Association with a Response Variable, with Applications to Gene Set Testing
応答変数との関連付けのための共変量/特徴のグループのテスト、遺伝子セットテストへの応用

149. flowWorkspace
Infrastructure for representing and interacting with gated and ungated cytometry data sets.
ゲート付きおよびゲートなしのサイトメトリーデータセットを表現し、それと相互作用するためのインフラストラクチャ。

150. basilisk.utils
Basilisk Installation Utilities
バジリスク インストール ユーティリティ

151. methylumi
Handle Illumina methylation data
Illuminaのメチル化データを処理する

152. SNPRelate
Parallel Computing Toolset for Relatedness and Principal Component Analysis of SNP Data
SNPデータの関連性と主成分分析のための並列計算ツールセット

153. xcms
LC/MS and GC/MS Data Analysis
LC / MSおよびGC / MSデータ分析

154. dir.expiry
Managing Expiration for Cache Directories
キャッシュディレクトリの有効期限の管理

155. InteractionSet
Base Classes for Storing Genomic Interaction Data
ゲノム相互作用データを格納するための基本クラス

156. flowViz
Visualization for flow cytometry
フローサイトメトリーのための可視化

157. TrajectoryUtils
Single-Cell Trajectory Analysis Utilities
シングルセルの軌跡解析ユーティリティ

158. bsseq
Analyze, manage and store bisulfite sequencing data
バイサルファイトシーケンスデータの分析、管理、保存

159. Glimma
Interactive HTML graphics
インタラクティブHTMLグラフィック

160. goseq
Gene Ontology analyser for RNA-seq and other length biased data
RNA配列および他の長さの偏りのあるデータのための遺伝子オントロジーアナライザー

161. msa
Multiple Sequence Alignment
多重配列アライメント

162. DEXSeq
Inference of differential exon usage in RNA-Seq
RNA-Seqにおける異なるエクソン用法の推論

163. systemPipeR
systemPipeR: NGS workflow and report generation environment
systemPipeR：NGSのワークフローとレポート作成環境

164. ggcyto
Visualize Cytometry data with ggplot
ggplotでサイトメトリーデータを視覚化

165. slingshot
Tools for ordering single-cell sequencing
シングルセルシーケンスを注文するためのツール

166. MsFeatures
Functionality for Mass Spectrometry Features
質量分析機能のための機能性

167. M3C
Monte Carlo Reference-based Consensus Clustering
モンテカルロ参照に基づくコンセンサスクラスタリング

168. BiocBaseUtils
General utility functions for developing Bioconductor packages
Bioconductorパッケージ開発のための一般的なユーティリティ関数

169. lpsymphony
Symphony integer linear programming solver in R
Rにおける交響整数線形計画法ソルバー

170. lumi
BeadArray Specific Methods for Illumina Methylation and Expression Microarrays
イルミナメチル化および発現マイクロアレイのためのBeadArray特異的方法

171. ROC
utilities for ROC, with uarray focus
uarrayに焦点を当てたROC用ユーティリティ

172. GenomicDataCommons
NIH / NCI Genomic Data Commons Access
NIH / NCIゲノムデータコモンズへのアクセス

173. DiffBind
Differential Binding Analysis of ChIP-Seq Peak Data
ChIP-Seqピークデータの微分結合解析

174. DynDoc
Dynamic document tools
動的文書ツール

175. widgetTools
Creates an interactive tcltk widget
インタラクティブなtcltkウィジェットを作成します

176. tximeta
Transcript Quantification Import with Automatic Metadata
自動メタデータを使用したトランスクリプト定量化インポート

177. Wrench
Wrench normalization for sparse count data
スパースカウントデータのレンチ正規化

178. metagenomeSeq
Statistical analysis for sparse high-throughput sequencing
スパースハイスループットシーケンシングのための統計解析

179. tkWidgets
R based tk widgets
Rベースのtkウィジェット

180. flowClust
Clustering for Flow Cytometry
フローサイトメトリーのためのクラスタリング

181. DSS
Dispersion shrinkage for sequencing data
シーケンスデータの分散収縮

182. openCyto
Hierarchical Gating Pipeline for flow cytometry data
フローサイトメトリーデータ用の階層的ゲートパイプライン

183. PCAtools
PCAtools: everything Principal Components Analysis
PCAtools：すべて主成分分析

184. motifmatchr
Fast Motif Matching in R
Rでの高速モチーフマッチング

185. flowStats
Statistical methods for the analysis of flow cytometry data
フローサイトメトリーデータ解析のための統計的方法

186. bamsignals
Extract read count signals from bam files
BAMファイルから読み取りカウント信号を抽出する

187. gage
Generally Applicable Gene-set Enrichment for Pathway Analysis
経路解析に一般的に適用可能な遺伝子セット濃縮

188. chromVAR
Chromatin Variation Across Regions
地域間のクロマチン変動

189. decontam
Identify Contaminants in Marker-gene and Metagenomics Sequencing Data
マーカー遺伝子とメタゲノミクスのシーケンスデータから汚染物質を特定する

190. missMethyl
Analysing Illumina HumanMethylation BeadChip Data
Illuminaヒューマンメチル化BeadChipデータの分析

191. CytoML
A GatingML Interface for Cross Platform Cytometry Data Sharing
クロスプラットフォームサイトメトリーデータ共有のためのGatingMLインタフェース

192. FlowSOM
Using self-organizing maps for visualization and interpretation of cytometry data
サイトメトリーデータの可視化と解釈のための自己組織化マップの使用

193. infercnv
Infer Copy Number Variation from Single-Cell RNA-Seq Data
単一細胞RNA配列データからのコピー数変動の推定

194. plyranges
A fluent interface for manipulating GenomicRanges
GenomicRangesを操作するための流暢なインターフェース

195. GENIE3
GEne Network Inference with Ensemble of trees
木のアンサンブルによるGEneネットワーク推論

196. GenomicFiles
Distributed computing by file or by range
ファイルまたは範囲による分散コンピューティング

197. ChIPpeakAnno
Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq, ChIP-chip experiments or any experiments resulted in large number of chromosome ranges
ChIP-seq、ChIP-chip実験またはあらゆる実験から同定されたピークのバッチ注釈

198. RcisTarget
RcisTarget: Identify transcription factor binding motifs enriched on a gene list
RcisTarget：遺伝子リストに富む転写因子結合モチーフを同定する

199. singscore
Rank-based single-sample gene set scoring method
ランクベースの単一サンプル遺伝子セット採点法

200. Mfuzz
Soft clustering of time series gene expression data
時系列遺伝子発現データのソフトクラスタリング

201. RUVSeq
Remove Unwanted Variation from RNA-Seq Data
RNA-Seqデータから不要な変動を取り除く

202. scDblFinder
scDblFinder
scDblFinder

203. RaggedExperiment
Representation of Sparse Experiments and Assays Across Samples
サンプル間のスパース実験とアッセイの表現

204. STRINGdb
STRINGdb (Search Tool for the Retrieval of Interacting proteins database)
STRINGdb（相互作用蛋白質データベース検索用検索ツール）

205. DMRcate
Methylation array and sequencing spatial analysis methods
メチル化アレイおよび配列空間分析法

206. survcomp
Performance Assessment and Comparison for Survival Analysis
生存分析のための性能評価と比較

207. SeqArray
Data Management of Large-scale Whole-genome Sequence Variant Calls
大規模全ゲノム配列変異体呼び出しのデータ管理

208. GreyListChIP
Grey Lists — Mask Artefact Regions Based on ChIP Inputs
グレーリスト – ChIP入力に基づいてアーチファクト領域をマスク

209. ANCOMBC
Analysis of compositions of microbiomes with bias correction
バイアス補正を用いたマイクロバイオーム組成物の解析

210. ALDEx2
Analysis Of Differential Abundance Taking Sample Variation Into Account
サンプル変動を考慮に入れた微分存在量の分析

211. karyoploteR
Plot customizable linear genomes displaying arbitrary data
カスタマイズ可能な線形ゲノムをプロットして任意のデータを表示

212. ggtreeExtra
An R Package To Add Geom Layers On Circular Or Other Layout Tree Of “ggtree”
「ggtree」の円形やその他のレイアウトツリーにGeomレイヤーを追加するRパッケージ

213. TreeSummarizedExperiment
TreeSummarizedExperiment: a S4 Class for Data with Tree Structures
TreeSummarizedExperiment：木構造を持つデータ用のS4クラス

214. ropls
PCA, PLS(-DA) and OPLS(-DA) for multivariate analysis and feature selection of omics data
多変量解析およびオミックスデータの特徴選択のためのPCA、PLS（-DA）およびOPLS（-DA）

215. SpatialExperiment
S4 Class for Spatial Experiments handling
S4空間実験を扱うクラス

216. MultiDataSet
Implementation of MultiDataSet and ResultSet
MultiDataSetとResultSetの実装

217. ReportingTools
Tools for making reports in various formats
さまざまな形式でレポートを作成するためのツール

218. wateRmelon
Illumina 450 methylation array normalization and metrics
Illumina 450メチル化アレイの正規化と測定基準

219. mia
Microbiome analysis
マイクロバイオーム解析

220. TCGAutils
TCGA utility functions for data management
データ管理用のTCGAユーティリティ関数

221. Nebulosa
Single-Cell Data Visualisation Using Kernel Gene-Weighted Density Estimation
カーネル遺伝子重み密度推定を用いた単細胞データの可視化

222. dittoSeq
User Friendly Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Visualization
ユーザーフレンドリーなシングルセルおよびバルク RNA シーケンシングの可視化

223. RCy3
Functions to Access and Control Cytoscape
Cytoscapeにアクセスして制御するための関数

224. destiny
Creates diffusion maps
拡散マップを作成します

225. fastseg
fastseg – a fast segmentation algorithm
fastseg – 高速セグメンテーションアルゴリズム

226. BeadDataPackR
Compression of Illumina BeadArray data
Illumina BeadArrayデータの圧縮

227. beadarray
Quality assessment and low-level analysis for Illumina BeadArray data
Illumina BeadArrayデータの品質評価と低レベル分析

228. zinbwave
Zero-Inflated Negative Binomial Model for RNA-Seq Data
RNA ‐ Seqデータのためのゼロ膨張負二項モデル

229. GlobalAncova
Global test for groups of variables via model comparisons
モデル比較による変数グループの大域検定

230. quantsmooth
Quantile smoothing and genomic visualization of array data
配列データの分位平滑化とゲノム可視化

231. ChemmineR
Cheminformatics Toolkit for R
R用のCheminformaticsツールキット

232. viper
Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis
濃縮レギュロン分析によるタンパク質活性の仮想推論

233. ChAMP
Chip Analysis Methylation Pipeline for Illumina HumanMethylation450 and EPIC
イルミナのHuman Metthyl450とEPICのチップ分析メチル化パイプライン

234. zellkonverter
Conversion Between scRNA-seq Objects
scRNA-seqオブジェクト間の変換

235. GWASTools
Tools for Genome Wide Association Studies
ゲノムワイド関連研究のためのツール

236. AnVIL
Bioconductor on the AnVIL compute environment
AnVIL計算環境のバイオインダクター

237. IHW
Independent Hypothesis Weighting
独立仮説の重み付け

238. motifStack
Plot stacked logos for single or multiple DNA, RNA and amino acid sequence
単一または複数のDNA、RNA、アミノ酸配列の積み重ねロゴをプロット

239. ballgown
Flexible, isoform-level differential expression analysis
柔軟なアイソフォームレベルの差次的発現分析

240. minet
Mutual Information NETworks
相互情報ネットワーク

241. seqPattern
Visualising oligonucleotide patterns and motif occurrences across a set of sorted sequences
一連の分類された配列にわたるオリゴヌクレオチドパターンおよびモチーフの出現を可視化する

242. Ringo
R Investigation of ChIP-chip Oligoarrays
ChIPチップオリゴアレイの研究

243. genomation
Summary, annotation and visualization of genomic data
ゲノムデータの要約、注釈および視覚化

244. RTCGAToolbox
A new tool for exporting TCGA Firehose data
TCGA Firehoseデータをエクスポートするための新しいツール

245. Repitools
Epigenomic tools
エピゲノムツール

246. baySeq
Empirical Bayesian analysis of patterns of differential expression in count data
カウントデータにおける差次的発現パターンの経験的ベイズ分析

247. methylKit
DNA methylation analysis from high-throughput bisulfite sequencing results
ハイスループットバイサルファイトシークエンシング結果からのDNAメチル化分析

248. NOISeq
Exploratory analysis and differential expression for RNA-seq data
RNA-seqデータの探索的解析と差次的発現

249. variancePartition
Quantify and interpret divers of variation in multilevel gene expression experiments
多レベル遺伝子発現実験における変動の多様性の定量化と解釈

250. UCell
Rank-based signature enrichment analysis for single-cell data
単一細胞データに対するランクベースのシグネチャーエンリッチメント解析

251. chipseq
chipseq: A package for analyzing chipseq data
chipseq：chipseqデータを分析するためのパッケージ

252. RTCGA
The Cancer Genome Atlas Data Integration
癌ゲノムアトラスデータ統合

253. arrayQualityMetrics
Quality metrics report for microarray data sets
マイクロアレイデータセットの品質メトリクスレポート

254. scds
In-Silico Annotation of Doublets for Single Cell RNA Sequencing Data
単一細胞RNA配列決定データのためのダブレットのインシリコ注釈

255. R4RNA
An R package for RNA visualization and analysis
RNAの可視化と解析のためのRパッケージ

256. ArrayExpress
Access the ArrayExpress Microarray Database at EBI and build Bioconductor data structures: ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet
EBIのArrayExpress Microarray Databaseにアクセスして、Bioconductorデータ構造を作成します。ExpressionSet、AffyBatch、NChannelSet

257. MotifDb
An Annotated Collection of Protein-DNA Binding Sequence Motifs
蛋白質‐DNA結合配列モチーフの注釈付きコレクション

258. rGREAT
Client for GREAT Analysis
GREAT分析用クライアント

259. DEGreport
Report of DEG analysis
DEG分析レポート

260. Maaslin2
Maaslin2
マースリン2

261. derfinder
Annotation-agnostic differential expression analysis of RNA-seq data at base-pair resolution via the DER Finder approach
DER Finderアプローチによる塩基対分解能でのRNA配列データのアノテーションにとらわれない示差的発現分析

262. derfinderHelper
derfinder helper package
derfinderヘルパーパッケージ

263. flowAI
Automatic and interactive quality control for flow cytometry data
フローサイトメトリーデータのための自動およびインタラクティブな品質管理

264. DepecheR
Determination of essential phenotypic elements of clusters in high-dimensional entities
高次元実体におけるクラスターの必須表現型要素の決定

265. SPIA
Signaling Pathway Impact Analysis (SPIA) using combined evidence of pathway over-representation and unusual signaling perturbations
経路過剰表現と異常なシグナリング摂動の複合証拠を用いたシグナリング経路影響分析（SPIA）

266. Rdisop
Decomposition of Isotopic Patterns
同位体パターンの分解

267. DEP
Differential Enrichment analysis of Proteomics data
プロテオミクスデータの示差濃縮分析

268. CAMERA
Collection of annotation related methods for mass spectrometry data
質量分析データのための注釈関連方法の収集

269. GenomicScores
Infrastructure to work with genomewide position-specific scores
ゲノムワイドな位置特異的スコアを扱うための基盤

270. SeqVarTools
Tools for variant data
バリアントデータ用のツール

271. LEA
LEA: an R package for Landscape and Ecological Association Studies
LEA：景観および生態学的関連研究のためのRパッケージ

272. sesame
Tools For Analyzing Illumina Infinium DNA Methylation Arrays
Illumina Infinium DNAメチル化アレイを分析するためのツール

273. Spectra
Spectra Infrastructure for Mass Spectrometry Data
質量分析データのためのスペクトルインフラストラクチャ

274. annotatr
Annotation of Genomic Regions to Genomic Annotations
ゲノムアノテーションへのゲノムリージョンのアノテーション

275. Rbowtie
R bowtie wrapper
Rボウタイラッパー

276. scmap
A tool for unsupervised projection of single cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データの教師なし投影のためのツール

277. GenVisR
Genomic Visualizations in R
Rのゲノム可視化

278. EnrichedHeatmap
Making Enriched Heatmaps
強化ヒートマップの作成

279. M3Drop
Michaelis-Menten Modelling of Dropouts in single-cell RNASeq
単一細胞RNASeqにおけるドロップアウトのミカエリス – メンテンモデリング

280. gwascat
representing and modeling data in the EMBL-EBI GWAS catalog
EMBL-EBI GWASカタログのデータの表現とモデリング

281. safe
Significance Analysis of Function and Expression
機能と発現の有意性分析

282. SC3
Single-Cell Consensus Clustering
シングルセルコンセンサスクラスタリング

283. universalmotif
Import, Modify, and Export Motifs with R
Rを使用したモチーフのインポート、変更、およびエクスポート

284. QFeatures
Quantitative features for mass spectrometry data
質量分析データの定量的特徴

285. CATALYST
Cytometry dATa anALYSis Tools
サイトメトリーデータ分析ツール

286. copynumber
Segmentation of single- and multi-track copy number data by penalized least squares regression.
ペナルティ付き最小二乗回帰による単一および複数トラックコピー数データのセグメンテーション

287. pcaExplorer
Interactive Visualization of RNA-seq Data Using a Principal Components Approach
主成分分析法を用いたRNAシーケンスデータの対話型可視化

288. MSstats
Protein Significance Analysis in DDA, SRM and DIA for Label-free or Label-based Proteomics Experiments
無標識または標識ベースのプロテオミクス実験のためのDDA、SRMおよびDIAにおけるタンパク質有意性分析

289. decoupleR
Package to decouple gene sets from statistics
遺伝子セットと統計を切り離すパッケージ

290. recount
Explore and download data from the recount project
recountプロジェクトからデータを調べてダウンロードする

291. mbkmeans
Mini-batch K-means Clustering for Single-Cell RNA-seq
単一細胞RNA配列のためのミニバッチK平均クラスタリング

292. TSCAN
TSCAN: Tools for Single-Cell ANalysis
TSCAN：シングルセル分析用ツール

293. sangerseqR
Tools for Sanger Sequencing Data in R
Rのサンガーシーケンスデータ用ツール

294. rGADEM
de novo motif discovery
新しいモチーフの発見

295. DRIMSeq
Differential transcript usage and tuQTL analyses with Dirichlet-multinomial model in RNA-seq
RNA配列におけるDirichlet多項モデルを用いた示差転写産物使用法およびtuQTL分析

296. MutationalPatterns
Comprehensive genome-wide analysis of mutational processes
突然変異プロセスの包括的なゲノムワイド解析

297. splatter
Simple Simulation of Single-cell RNA Sequencing Data
シングルセルRNAシーケンスデータの簡単なシミュレーション

298. fishpond
Fishpond: differential transcript and gene expression with inferential replicates
魚応答：推論的複製を用いた示差的転写産物および遺伝子発現

299. affycoretools
Functions useful for those doing repetitive analyses with Affymetrix GeneChips
Affymetrix GeneChipで繰り返し解析をする人にとって便利な機能

300. lfa
Logistic Factor Analysis for Categorical Data
カテゴリカルデータのロジスティック因子分析

301. ChIPQC
Quality metrics for ChIPseq data
ChIPseqデータの品質指標

302. Organism.dplyr
dplyr-based Access to Bioconductor Annotation Resources
バイオコンダクターアノテーションリソースへのdplyrベースのアクセス

303. tradeSeq
trajectory-based differential expression analysis for sequencing data
シーケンスデータの軌跡ベースの微分発現解析

304. LoomExperiment
LoomExperiment container
LoomExperimentコンテナ

305. Heatplus
Heatmaps with row and/or column covariates and colored clusters
行または列、あるいはその両方の共変量とカラークラスタを使ったヒートマップ

306. SRAdb
A compilation of metadata from NCBI SRA and tools
NCBI SRAとツールからのメタデータの編集

307. AIMS
AIMS : Absolute Assignment of Breast Cancer Intrinsic Molecular Subtype
AIMS：乳がんの内因性分子サブタイプの絶対割り当て

308. piano
Platform for integrative analysis of omics data
オミックスデータの統合分析のためのプラットフォーム

309. qusage
qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression
qusage：遺伝子発現のための定量的集合分析

310. EBSeq
An R package for gene and isoform differential expression analysis of RNA-seq data
RNA-seqデータの遺伝子およびアイソフォームの差次的発現分析のためのRパッケージ

311. mygene
Access MyGene.Info_ services
MyGene.Info_サービスにアクセスする

312. genefu
Computation of Gene Expression-Based Signatures in Breast Cancer
乳癌における遺伝子発現に基づくサインの計算

313. CGHbase
CGHbase: Base functions and classes for arrayCGH data analysis.
CGHbase：arrayCGHデータ解析のための基本関数とクラス

314. supraHex
supraHex: a supra-hexagonal map for analysing tabular omics data
supraHex：表形式のオミクスデータを分析するための超六角形マップ

315. celda
CEllular Latent Dirichlet Allocation
細胞潜伏ディリクレ配分

316. OmnipathR
Import Omnipath network
Omnipathネットワークをインポートする

317. cBioPortalData
Exposes and makes available data from the cBioPortal web resources
cBioPortalのウェブリソースからデータを公開し、利用可能にします。

318. csaw
ChIP-Seq Analysis with Windows
WindowsによるChIP-Seq解析

319. progeny
Pathway RespOnsive GENes for activity inference from gene expression
遺伝子発現からの活性推定のためのPathway RespOnsive GENes

320. ggmsa
Plot Multiple Sequence Alignment using ‘ggplot2’
「ggplot2」を使った多重配列アライメントのプロット

321. MicrobiotaProcess
an R package for analysis, visualization and biomarker discovery of microbiome
マイクロバイオームの解析、可視化、バイオマーカー発見のためのRパッケージ

322. MSstatsConvert
Import Data from Various Mass Spectrometry Signal Processing Tools to MSstats Format
各種質量分析信号処理ツールからMSstatsフォーマットへのデータのインポート

323. ATACseqQC
ATAC-seq Quality Control
ATAC-seq品質管理

324. QuasR
Quantify and Annotate Short Reads in R
Rでの短い読み取りの数量化と注釈付け

325. simplifyEnrichment
Simplify Functional Enrichment Results
機能的なエンリッチメントの結果を簡素化

326. scde
Single Cell Differential Expression
単細胞ディファレンシャル発現

327. scMerge
scMerge: Merging multiple batches of scRNA-seq data
scMerge：scRNA-seqデータの複数のバッチをマージする

328. CGHcall
Calling aberrations for array CGH tumor profiles.
アレイCGH腫ようプロファイルのための呼び出し異常

329. MOFA2
Multi-Omics Factor Analysis v2
マルチオミックス要因分析v2

330. powerTCR
Model-Based Comparative Analysis of the TCR Repertoire
TCRレパートリーのモデルベース比較分析

331. iClusterPlus
Integrative clustering of multi-type genomic data
多型ゲノムデータの統合的クラスタリング

332. clusterExperiment
Compare Clusterings for Single-Cell Sequencing
シングルセルシーケンスのためのクラスタリングの比較

333. UniProt.ws
R Interface to UniProt Web Services
UniProt WebサービスへのRインタフェース

334. MAGeCKFlute
Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens
プールされたCRISPR機能的遺伝的スクリーニングのための統合分析パイプライン

335. rWikiPathways
rWikiPathways – R client library for the WikiPathways API
rWikiPathways – WikiPathways API用のRクライアントライブラリ

336. GENESIS
GENetic EStimation and Inference in Structured samples (GENESIS): Statistical methods for analyzing genetic data from samples with population structure and/or relatedness
構造化サンプルにおける遺伝的推定および推論（GENESIS）：母集団構造および/または関連性を持つサンプルからの遺伝的データを分析するための統計的方法

337. BumpyMatrix
Bumpy Matrix of Non-Scalar Objects
Non-Scalarな物体のBumpy Matrix

338. trackViewer
A R/Bioconductor package with web interface for drawing elegant interactive tracks or lollipop plot to facilitate integrated analysis of multi-omics data
マルチオミックスデータの統合分析を容易にするためにエレガントなインタラクティブなトラックやロリポッププロットを描画するためのWebインターフェースを備えたR / Bioconductorパッケージ

339. QDNAseq
Quantitative DNA sequencing for chromosomal aberrations
染色体異常のための定量的DNA配列決定

340. EnrichmentBrowser
Seamless navigation through combined results of set-based and network-based enrichment analysis
セットベースおよびネットワークベースの濃縮分析の結果を組み合わせたシームレスなナビゲーション

341. rols
An R interface to the Ontology Lookup Service
オントロジー検索サービスへのRインターフェース

342. LBE
Estimation of the false discovery rate.
誤発見率の推定

343. rrvgo
Reduce + Visualize GO
リデュース＋可視化GO

344. recount3
Explore and download data from the recount3 project
recount3プロジェクトからのデータの探索とダウンロード

345. MLInterfaces
Uniform interfaces to R machine learning procedures for data in Bioconductor containers
Bioconductorコンテナ内のデータに対するR機械学習手順への統一インタフェース

346. ctc
Cluster and Tree Conversion.
クラスタとツリーの変換

347. GDCRNATools
GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC
GDCRNATools：GDCでのlncRNA、mRNA、およびmiRNAデータの統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

348. DEsingle
DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データにおける3種類の差次的発現を検出するためのDEsingle

349. Rbowtie2
An R Wrapper for Bowtie2 and AdapterRemoval
Bowtie2およびAdapterRemoval用のRラッパー

350. iSEE
Interactive SummarizedExperiment Explorer
インタラクティブ要約実験エクスプローラ

351. Icens
NPMLE for Censored and Truncated Data
打ち切りおよび打ち切りデータ用のNPMLE

352. cmapR
CMap Tools in R
R の CMap ツール

353. rpx
R Interface to the ProteomeXchange Repository
ProteomeXchangeリポジトリへのRインタフェース

354. GeneOverlap
Test and visualize gene overlaps
重複遺伝子のテストと可視化

355. EpiDISH
Epigenetic Dissection of Intra-Sample-Heterogeneity
標本内不均一性のエピジェネティック解剖

356. SGSeq
Splice event prediction and quantification from RNA-seq data
RNA ‐ seqデータからのスプライスイベント予測と定量化

357. TCC
TCC: Differential expression analysis for tag count data with robust normalization strategies
TCC：ロバスト正規化戦略によるタグカウントデータのための示差発現分析

358. scRepertoire
A toolkit for single-cell immune receptor profiling
単細胞免疫受容体プロファイリングのためのツールキット

359. maSigPro
Significant Gene Expression Profile Differences in Time Course Gene Expression Data
経時的遺伝子発現データにおける有意な遺伝子発現プロファイルの違い

360. soGGi
Visualise ChIP-seq, MNase-seq and motif occurrence as aggregate plots Summarised Over Grouped Genomic Intervals
ChIP-seq、MNase-seq、およびモチーフの出現を集約プロットとして視覚化する

361. RankProd
Rank Product method for identifying differentially expressed genes with application in meta-analysis
メタアナリシスに応用した差次的に発現された遺伝子を同定するためのランクプロダクト法

362. heatmaps
Flexible Heatmaps for Functional Genomics and Sequence Features
機能的ゲノミクスと配列特徴のための柔軟なヒートマップ

363. HMMcopy
Copy number prediction with correction for GC and mappability bias for HTS data
GCの補正とHTSデータのマッピング可能性バイアスによるコピー数予測

364. MsBackendMgf
Mass Spectrometry Data Backend for Mascot Generic Format (mgf) Files
Mascot Generic Format (mgf)ファイル用の質量分析データバックエンド

365. GLAD
Gain and Loss Analysis of DNA
DNAの損益分析

366. cummeRbund
Analysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks high-throughput sequencing data.
カフスリンクのハイスループットシークエンシングデータの分析、探査、操作、および視覚化。

367. MungeSumstats
Standardise summary statistics from GWAS
GWASからの要約統計の標準化

368. densvis
Density-Preserving Data Visualization via Non-Linear Dimensionality Reduction
非線形次元削減による密度保存型データの可視化

369. microbiomeMarker
microbiome biomarker analysis toolkit
微生物叢バイオマーカー分析ツールキット

370. BioNet
Routines for the functional analysis of biological networks
生物学的ネットワークの機能解析のためのルーチン

371. ELMER
Inferring Regulatory Element Landscapes and Transcription Factor Networks Using Cancer Methylomes
癌メチロームを用いた調節要素ランドスケープおよび転写因子ネットワークの推論

372. NanoStringNCTools
NanoString nCounter Tools
NanoString nCounterツール

373. diffcyt
Differential discovery in high-dimensional cytometry via high-resolution clustering
高分解能クラスタリングによる高次元サイトメトリーにおける示差的発見

374. IsoformSwitchAnalyzeR
An R package to Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and Isoform Switches with Functional Consequences (from RNA-seq data)
機能的帰結を伴うオルタナティブスプライシングおよびアイソフォームスイッチを同定、注釈および可視化するためのRパッケージ（RNA配列データから）

375. cqn
Conditional quantile normalization
条件付き分位点正規化

376. InteractiveComplexHeatmap
Make Interactive Complex Heatmaps
インタラクティブな複雑なヒートマップの作成

377. hpar
Human Protein Atlas in R
Rにおけるヒトタンパク質アトラス

378. made4
Multivariate analysis of microarray data using ADE4
ADE4を用いたマイクロアレイデータの多変量解析

379. pvca
Principal Variance Component Analysis (PVCA)
主成分分散成分分析（PVCA）

380. MetaboCoreUtils
Core Utils for Metabolomics Data
メタボロミクスデータの活用法

381. RedeR
Interactive visualization and manipulation of nested networks
ネストネットワークの対話型可視化と操作

382. GeomxTools
NanoString GeoMx Tools
NanoString GeoMx Tools

383. bambu
Reference-guided isoform reconstruction and quantification for long read RNA-Seq data
ロングリードRNA-Seqデータのためのリファレンスガイドによるアイソフォーム再構成と定量化

384. annaffy
Annotation tools for Affymetrix biological metadata
Affymetrixの生物学的メタデータのための注釈ツール

385. ReadqPCR
Read qPCR data
qPCRデータを読み込む

386. exomeCopy
Copy number variant detection from exome sequencing read depth
エキソーム配列読み取り深度からのコピー数変異検出

387. pRoloc
A unifying bioinformatics framework for spatial proteomics
空間プロテオミクスのための統一バイオインフォマティクスフレームワーク

388. AnnotationHubData
Transform public data resources into Bioconductor Data Structures
公開データリソースをBioconductorデータ構造に変換する

389. GenomicInteractions
R package for handling genomic interaction data
ゲノム相互作用データを扱うためのRパッケージ

390. lefser
R implementation of the LEfSE method for microbiome biomarker discovery
マイクロバイオームバイオマーカー探索のためのLEfSE法のR実装

391. multiMiR
Integration of multiple microRNA-target databases with their disease and drug associations
複数のマイクロRNA標的データベースとそれらの疾患および薬物関連性との統合

392. ChemmineOB
R interface to a subset of OpenBabel functionalities
OpenBabel機能のサブセットへのRインターフェース

393. muscat
Multi-sample multi-group scRNA-seq data analysis tools
マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ分析ツール

394. escape
Easy single cell analysis platform for enrichment
濃縮のための簡単なシングルセル分析プラットフォーム

395. BUSpaRse
kallisto | bustools R utilities
カリスト| bustools Rユーティリティ

396. DEFormats
Differential gene expression data formats converter
差次的遺伝子発現データフォーマットコンバータ

397. hopach
Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid (HOPACH)
階層的順序分割と折りたたみハイブリッド（HOPACH）

398. quantro
A test for when to use quantile normalization
分位点正規化をいつ使用するかのテスト

399. NormqPCR
Functions for normalisation of RT-qPCR data
RT-qPCRデータの正規化機能

400. quantiseqr
Quantification of the Tumor Immune contexture from RNA-seq data
RNA-seqデータからの腫瘍免疫コンテクストの定量化

401. Rqc
Quality Control Tool for High-Throughput Sequencing Data
ハイスループットシーケンスデータのための品質管理ツール

402. flowClean
flowClean
フロークリーン

403. SIMLR
Single-cell Interpretation via Multi-kernel LeaRning (SIMLR)
マルチカーネル学習（SIMLR）による単一セルの解釈

404. CancerSubtypes
Cancer subtypes identification, validation and visualization based on multiple genomic data sets
複数のゲノムデータセットに基づく癌サブタイプの同定、検証および可視化

405. GOfuncR
Gene ontology enrichment using FUNC
FUNCを用いた遺伝子オントロジー濃縮

406. bioDist
Different distance measures
さまざまな距離測定

407. DEqMS
a tool to perform statistical analysis of differential protein expression for quantitative proteomics data.
定量的プロテオミクスデータのための示差的タンパク質発現の統計的分析を行うためのツール。

408. ReactomeGSA
Client for the Reactome Analysis Service for comparative multi-omics gene set analysis
比較マルチオミクス遺伝子セット分析用のReactome Analysis Serviceのクライアント

409. MeSHDbi
DBI to construct MeSH-related package from sqlite file
sqliteファイルからMeSH関連パッケージを構築するためのDBI

410. fmcsR
Mismatch Tolerant Maximum Common Substructure Searching
ミスマッチ許容最大共通部分構造検索

411. muscle
Multiple Sequence Alignment with MUSCLE
MUSCLEによる複数配列アライメント

412. cicero
Precict cis-co-accessibility from single-cell chromatin accessibility data
単細胞クロマチンアクセシビリティデータからの正確なシス – コ – アクセシビリティ

413. MSstatsTMT
Protein Significance Analysis in shotgun mass spectrometry-based proteomic experiments with tandem mass tag (TMT) labeling
タンデム質量タグ（TMT）標識を用いたショットガン質量分析に基づくプロテオーム実験における蛋白質有意性分析

414. CompoundDb
Creating and Using (Chemical) Compound Annotation Databases
化合物アノテーションデータベースの作成と利用

415. RnBeads
RnBeads
RnBeads

416. DEGseq
Identify Differentially Expressed Genes from RNA-seq data
RNA配列データから差次的に発現される遺伝子を同定する

417. GEOmetadb
A compilation of metadata from NCBI GEO
NCBI GEOからのメタデータの編集

418. CoreGx
Classes and Functions to Serve as the Basis for Other ‘Gx’ Packages
他の ‘Gx’ パッケージの基礎となるクラスと関数

419. philr
Phylogenetic partitioning based ILR transform for metagenomics data
メタゲノミクスデータのための系統分類に基づくILR変換

420. cn.mops
cn.mops – Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data
cn.mops – NGSデータにおけるCNV検出のためのPoissonsの混合

421. flowDensity
Sequential Flow Cytometry Data Gating
逐次フローサイトメトリーデータゲーティング

422. OmicCircos
High-quality circular visualization of omics data
オミックスデータの高品質な円形可視化

423. orthogene
Interspecies gene mapping
種間での遺伝子マッピング

424. genbankr
Parsing GenBank files into semantically useful objects
意味的に有用なオブジェクトへのGenBankファイルの解析

425. PADOG
Pathway Analysis with Down-weighting of Overlapping Genes (PADOG)
重複遺伝子の重み付けを下げた経路解析（PADOG）

426. Rhisat2
R Wrapper for HISAT2 Aligner
HISAT2アライナ用Rラッパー

427. BiocSet
Representing Different Biological Sets
異なる生物学的セットの表現

428. ExperimentHubData
Add resources to ExperimentHub
ExperimentHubにリソースを追加する

429. cytomapper
Visualization of highly multiplexed imaging cytometry data in R
Rでの高度に多重化されたイメージングサイトメトリーデータの可視化

430. DeconRNASeq
Deconvolution of Heterogeneous Tissue Samples for mRNA-Seq data
mRNA-Seqデータのための異種組織サンプルのデコンボリューション

431. MetaboAnnotation
Utilities for Annotation of Metabolomics Data
メタボロミクスデータのアノテーションのためのユーティリティ

432. TOAST
Tools for the analysis of heterogeneous tissues
異種組織の分析のためのツール

433. biobroom
Turn Bioconductor objects into tidy data frames
Bioconductorオブジェクトをきれいなデータフレームに変換

434. VennDetail
A package for visualization and extract details
視覚化と抽出の詳細のためのパッケージ

435. synergyfinder
Calculate and Visualize Synergy Scores for Drug Combinations
薬物併用の相乗効果スコアを計算して可視化する

436. HTSFilter
Filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data
複製されたハイスループットトランスクリプトームシーケンスデータのフィルタリング

437. singleCellTK
Interactive Analysis of Single Cell RNA-Seq Data
単細胞RNA-Seqデータのインタラクティブ解析

438. stageR
stageR: stage-wise analysis of high throughput gene expression data in R
stageR：Rにおけるハイスループット遺伝子発現データの段階的分析

439. cleaver
Cleavage of Polypeptide Sequences
ポリペプチド配列の切断

440. ENmix
Data preprocessing and quality control for Illumina HumanMethylation450 and MethylationEPIC BeadChip
Illumina Human Methylization 450およびMethylationEPIC BeadChipのデータ前処理と品質管理

441. msmsEDA
Exploratory Data Analysis of LC-MS/MS data by spectral counts
スペクトルカウントによるLC-MS / MSデータの探索的データ分析

442. BayesSpace
Clustering and Resolution Enhancement of Spatial Transcriptomes
空間トランスクリプトームのクラスタリングと解像度向上

443. EGSEA
Ensemble of Gene Set Enrichment Analyses
遺伝子セット濃縮解析のアンサンブル

444. OUTRIDER
OUTRIDER – OUTlier in RNA-Seq fInDER
OUTRIDER – RNA-Seq fInDERの異常値

445. miloR
Differential neighbourhood abundance testing on a graph
グラフ上でのDifferential neighbourhood abundanceテスト

446. profileplyr
Visualization and annotation of read signal over genomic ranges with profileplyr
profileplyrによるゲノム範囲にわたる読み取りシグナルの可視化と注釈

447. PharmacoGx
Analysis of Large-Scale Pharmacogenomic Data
大規模薬理ゲノム学データの解析

448. biocthis
Automate package and project setup for Bioconductor packages
Bioconductorパッケージのパッケージとプロジェクトのセットアップを自動化

449. LOLA
Locus overlap analysis for enrichment of genomic ranges
ゲノム範囲の濃縮のための遺伝子座重複分析

450. ROTS
Reproducibility-Optimized Test Statistic
再現性最適化検定統計

451. BiocWorkflowTools
Tools to aid the development of Bioconductor Workflow packages
Bioconductorワークフローパッケージの開発を支援するツール

452. msmsTests
LC-MS/MS Differential Expression Tests
LC-MS / MSディファレンシャル発現試験

453. rawrr
Direct Access to Orbitrap Data and Beyond
Orbitrapデータへの直接アクセスとその先

454. HiCcompare
HiCcompare: Joint normalization and comparative analysis of multiple Hi-C datasets
HiCcompare：複数のHi-Cデータセットの共同正規化と比較分析

455. pathifier
Quantify deregulation of pathways in cancer
癌における経路の規制緩和の定量化

456. HilbertVis
Hilbert curve visualization
ヒルベルト曲線の可視化

457. sigFeature
sigFeature: Significant feature selection using SVM-RFE & t-statistic
sigFeature：SVM-RFEとt統計量を使った重要な特徴選択

458. memes
motif matching, comparison, and de novo discovery using the MEME Suite
MEME Suiteを用いたモチーフマッチング、比較、およびde novo discovery

459. ORFik
Open Reading Frames in Genomics
ゲノミクスにおけるオープンリーディングフレーム

460. proDA
Differential Abundance Analysis of Label-Free Mass Spectrometry Data
ラベルフリー質量分析データの示差存在量分析

461. miaViz
Microbiome Analysis Plotting and Visualization
マイクロバイオーム解析結果のプロットと可視化

462. rBiopaxParser
Parses BioPax files and represents them in R
BioPaxファイルを解析してRで表します

463. HTqPCR
Automated analysis of high-throughput qPCR data
ハイスループットqPCRデータの自動分析

464. drawProteins
Package to Draw Protein Schematics from Uniprot API output
Uniprot APIの出力からProtein Schematicsを描画するためのパッケージ

465. AgiMicroRna
Processing and Differential Expression Analysis of Agilent microRNA chips
AgilentマイクロRNAチップのプロセシングと差次的発現解析

466. CEMiTool
Co-expression Modules identification Tool
共発現モジュール同定ツール

467. plotgardener
Coordinate-Based Genomic Visualization Package for R
Rの座標ベースのゲノム可視化パッケージ

468. cellxgenedp
Discover and Access Single Cell Data Sets in the cellxgene Data Portal
細胞データセットにアクセスできるcellxgeneデータポータル

469. Linnorm
Linear model and normality based transformation method (Linnorm)
線形モデルと正規性ベースの変換方法（Linnorm）

470. MSnID
Utilities for Exploration and Assessment of Confidence of LC-MSn Proteomics Identifications
LC ‐ MSnプロテオミクス同定の信頼性の探査と評価のための有用性

471. PureCN
Copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing
標的化短リードシークエンシングを用いたコピー数コーリングとSNV分類

472. sangeranalyseR
sangeranalyseR: a suite of functions for the analysis of Sanger sequence data in R
sangeranalyseR: Rでのサンガー配列データ解析のための関数群

473. topconfects
Top Confident Effect Sizes
自信を持って効果的なサイズ

474. snm
Supervised Normalization of Microarrays
マイクロアレイの教師付き正規化

475. SomaticSignatures
Somatic Signatures
体性のある署名

476. DNABarcodes
A tool for creating and analysing DNA barcodes used in Next Generation Sequencing multiplexing experiments
次世代シーケンシング多重実験で使用されるDNAバーコードを作成し分析するためのツール

477. scDD
Mixture modeling of single-cell RNA-seq data to identify genes with differential distributions
分布の異なる遺伝子を同定するための単一細胞RNAシーケンスデータの混合モデリング

478. sSeq
Shrinkage estimation of dispersion in Negative Binomial models for RNA-seq experiments with small sample size
サンプルサイズが小さいRNAシーケンス実験のための負の二項モデルにおける分散の収縮推定

479. BRGenomics
Tools for the Efficient Analysis of High-Resolution Genomics Data
高分解能ゲノミクスデータの効率的な解析のためのツール

480. miRBaseConverter
A comprehensive and high-efficiency tool for converting and retrieving the information of miRNAs in different miRBase versions
異なるmiRBaseバージョンのmiRNAの情報を変換および取得するための包括的で高効率のツール

481. clustifyr
Classifier for Single-cell RNA-seq Using Cell Clusters
細胞クラスターを用いたシングルセルRNA-seqのためのクラシファイア

482. Harman
The removal of batch effects from datasets using a PCA and constrained optimisation based technique
PCAと制約付き最適化に基づく技術を用いたデータセットからのバッチ効果の除去

483. SingleCellSignalR
Cell Signalling Using Single Cell RNAseq Data Analysis
シングルセルRNAseqデータ解析による細胞シグナル伝達

484. StructuralVariantAnnotation
Variant annotations for structural variants
構造バリアントのバリアントアノテーション

485. iCOBRA
Comparison and Visualization of Ranking and Assignment Methods
ランキングと割り当て方法の比較と視覚化

486. EBarrays
Unified Approach for Simultaneous Gene Clustering and Differential Expression Identification
同時遺伝子クラスタリングと差次的発現同定のための統一的アプローチ

487. fabia
FABIA: Factor Analysis for Bicluster Acquisition
FABIA：バイクラスター獲得のための因子分析

488. MethylSeekR
Segmentation of Bis-seq data
Bis-seqデータのセグメンテーション

489. tidySummarizedExperiment
Brings SummarizedExperiment to the Tidyverse
TidyverseにSummarizedExperimentをもたらす

490. aCGH
Classes and functions for Array Comparative Genomic Hybridization data.
アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションデータのクラスと機能

491. IPO
Automated Optimization of XCMS Data Processing parameters
XCMSデータ処理パラメータの自動最適化

492. RNASeqPower
Sample size for RNAseq studies
RNAseq研究用のサンプルサイズ

493. splots
Visualization of high-throughput assays in microtitre plate or slide format
マイクロタイタープレートまたはスライドフォーマットでのハイスループットアッセイの可視化

494. tidybulk
Friendly tidy wrappers for streamlined bulk transcriptional analysis
効率化されたバルク転写解析のためのフレンドリーな整頓ラッパー

495. normr
Normalization and difference calling in ChIP-seq data
ChIP-seqデータにおける正規化と差分呼び出し

496. dmrseq
Detection and inference of differentially methylated regions from Whole Genome Bisulfite Sequencing
全ゲノム亜硫酸水素塩配列決定からの異なってメチル化された領域の検出と推論

497. schex
Hexbin plots for single cell omics data
単一セルオミックスデータのHexbinプロット

498. plier
Implements the Affymetrix PLIER algorithm
Affymetrix PLIERアルゴリズムを実装します

499. genomeIntervals
Operations on genomic intervals
ゲノム間隔に対する操作

500. SpatialDecon
Deconvolution of mixed cells from spatial and/or bulk gene expression data
空間・バルク遺伝子発現データからの混合細胞のデコンボリューション

501. tracktables
Build IGV tracks and HTML reports
IGVトラックとHTMLレポートを作成する

502. cola
A Framework for Consensus and Hierarchical Partitioning
合意と階層的分割のためのフレームワーク

503. conumee
Enhanced copy-number variation analysis using Illumina DNA methylation arrays
Illumina DNAメチル化アレイを用いた増強コピー数変動分析

504. rebook
Re-using Content in Bioconductor Books
バイオインダクターの書籍でコンテンツを再利用する

505. debrowser
Interactive Differential Expresion Analysis Browser
対話型微分表現分析ブラウザ

506. ensemblVEP
R Interface to Ensembl Variant Effect Predictor
Ensembl Variant Effect PredictorへのRインタフェース

507. BrowserViz
BrowserViz: interactive R/browser graphics using websockets and JSON
BrowserViz：ウェブソケットとJSONを使ったインタラクティブなR /ブラウザグラフィック

508. CMA
Synthesis of microarray-based classification
マイクロアレイに基づく分類の合成

509. HiTC
High Throughput Chromosome Conformation Capture analysis
ハイスループット染色体コンフォメーション捕獲分析

510. MLSeq
Machine Learning Interface for RNA-Seq Data
RNA-Seqデータ用の機械学習インタフェース

511. SPOTlight
`SPOTlight`: Spatial Transcriptomics Deconvolution
SPOTlight`: 空間トランスクリプトミクスデコンボリューション

512. TCseq
Time course sequencing data analysis
タイムコースシーケンスデータ解析

513. ViSEAGO
ViSEAGO: a Bioconductor package for clustering biological functions using Gene Ontology and semantic similarity
ViSEAGO：Gene Ontologyとセマンティック類似性を使用して生物学的機能をクラスタリングするためのBioconductorパッケージ

514. convert
Convert Microarray Data Objects
マイクロアレイデータオブジェクトの変換

515. coRdon
Codon Usage Analysis and Prediction of Gene Expressivity
コドン使用分析および遺伝子発現性の予測

516. microRNA
Data and functions for dealing with microRNAs
マイクロRNAを取り扱うためのデータと機能

517. pipeFrame
Pipeline framework for bioinformatics in R
Rにおけるバイオインフォマティクスのためのパイプラインフレームワーク

518. CARNIVAL
A CAusal Reasoning tool for Network Identification (from gene expression data) using Integer VALue programming
整数VALUEプログラミングを用いたネットワーク識別（遺伝子発現データからの）のためのCAusal推論ツール

519. GOSim
Computation of functional similarities between GO terms and gene products; GO enrichment analysis
GO用語と遺伝子産物の間の機能的類似性の計算GO濃縮分析

520. meshes
MeSH Enrichment and Semantic analyses
MeSHエンリッチメントとセマンティック分析

521. wiggleplotr
Make read coverage plots from BigWig files
BigWigファイルから読み取りカバレッジプロットを作成する

522. FELLA
Interpretation and enrichment for metabolomics data
メタボロミクスデータの解釈と濃縮

523. matter
A framework for rapid prototyping with binary data on disk
ディスク上のバイナリデータを用いたラピッドプロトタイピングのためのフレームワーク

524. qpgraph
Estimation of genetic and molecular regulatory networks from high-throughput genomics data
ハイスループットゲノミクスデータからの遺伝的および分子的調節ネットワークの推定

525. cellHTS2
Analysis of cell-based screens – revised version of cellHTS
セルベーススクリーンの分析 – cellHTSの改訂版

526. flowPeaks
An R package for flow data clustering
フローデータクラスタリングのためのRパッケージ

527. polyester
Simulate RNA-seq reads
RNAシークリードをシミュレートする

528. sigPathway
Pathway Analysis
経路解析

529. gtrellis
Genome Level Trellis Layout
ゲノムレベルトレリスレイアウト

530. Cardinal
A mass spectrometry imaging toolbox for statistical analysis
統計分析のための質量分析イメージングツールボックス

531. CelliD
Unbiased Extraction of Single Cell gene signatures using Multiple Correspondence Analysis
多重コレスポンデンス解析によるシングルセル遺伝子シグネチャの偏りのない抽出

532. Rcpi
Molecular Informatics Toolkit for Compound-Protein Interaction in Drug Discovery
創薬における化合物 – タンパク質相互作用のための分子情報ツールキット

533. BASiCS
Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing data
単一細胞配列決定データのベイズ分析

534. FRASER
Find RAre Splicing Events in RNA-Seq Data
RNA-SeqデータからRAreスプライシングイベントを探す

535. MethylMix
MethylMix: Identifying methylation driven cancer genes
メチルミックス：メチル化駆動癌遺伝子の同定

536. mogsa
Multiple omics data integrative clustering and gene set analysis
多重オミックスデータ統合的クラスタリングと遺伝子セット分析

537. RTN
Reconstruction of transcriptional networks and analysis of master regulators
転写ネットワークの再構築とマスターレギュレーターの解析

538. kebabs
Kernel-Based Analysis Of Biological Sequences
生物学的配列の核に基づく分析

539. SIAMCAT
Statistical Inference of Associations between Microbial Communities And host phenoTypes
微生物群集と宿主表現型の間の関連の統計的推論

540. a4Preproc
Automated Affymetrix Array Analysis Preprocessing Package
自動Affymetrixアレイ解析前処理パッケージ

541. agilp
Agilent expression array processing package
Agilent発現アレイ処理パッケージ

542. crlmm
Genotype Calling (CRLMM) and Copy Number Analysis tool for Affymetrix SNP 5.0 and 6.0 and Illumina arrays
Affymetrix SNP 5.0および6.0ならびにIlluminaアレイ用の遺伝子型呼び出し（CRLMM）およびコピー数分析ツール

543. DAPAR
Tools for the Differential Analysis of Proteins Abundance with R
Rとのタンパク質存在量の示差分析のためのツール

544. miRNAtap
miRNAtap: microRNA Targets – Aggregated Predictions
miRNAtap：マイクロRNAターゲット – 集計予測

545. BHC
Bayesian Hierarchical Clustering
ベイジアン階層的クラスタリング

546. distinct
distinct: a method for differential analyses via hierarchical permutation tests
別個: 階層的並べ替え検定を用いた差分分析のための手法

547. GSAR
Gene Set Analysis in R
Rにおける遺伝子セット分析

548. lipidr
Lipidomics Analysis Workflow in R
Rのリピドミクス分析ワークフロー

549. makecdfenv
CDF Environment Maker
CDF環境メーカー

550. methylGSA
Gene Set Analysis Using the Outcome of Differential Methylation
示差メチル化の結果を用いた遺伝子セット分析

551. NormalyzerDE
Evaluation of normalization methods and calculation of differential expression analysis statistics
正規化法の評価と差次的発現分析統計の計算

552. BatchQC
Batch Effects Quality Control Software
バッチ効果品質管理ソフトウェア

553. GeneTonic
Enjoy Analyzing And Integrating The Results From Differential Expression Analysis And Functional Enrichment Analysis
差動発現解析と機能的エンリッチメント解析からの結果の分析と統合を楽しむ

554. MEDIPS
DNA IP-seq data analysis
DNA IPシーケンスデータ解析

555. planet
Placental DNA methylation analysis tools
胎盤のDNAメチル化解析ツール

556. Rfastp
An Ultra-Fast and All-in-One Fastq Preprocessor (Quality Control, Adapter, low quality and polyX trimming) and UMI Sequence Parsing).
超高速でオールインワンのFastqプリプロセッサ（品質管理、アダプタ、低品質とpolyXトリミング）とUMIシーケンス解析）。

557. CellBench
Construct Benchmarks for Single Cell Analysis Methods
単細胞分析法のベンチマーク構築

558. imcRtools
Methods for imaging mass cytometry data analysis
イメージングマスサイトメトリーデータの解析方法

559. ontoProc
processing of ontologies of anatomy, cell lines, and so on
解剖学、細胞株などのオントロジーの処理

560. CRISPRseek
Design of target-specific guide RNAs in CRISPR-Cas9, genome-editing systems
CRISPR-Cas9、ゲノム編集システムにおける標的特異的ガイドRNAの設計

561. granulator
Rapid benchmarking of methods for *in silico* deconvolution of bulk RNA-seq data
バルクRNA-seqデータの*in silico*デコンボリューションのためのメソッドの迅速なベンチマーク

562. Guitar
Guitar
ギター

563. scry
Small-Count Analysis Methods for High-Dimensional Data
高次元データの小点数分析法

564. snifter
R wrapper for the python openTSNE library
python openTSNEライブラリのRラッパー

565. tidySingleCellExperiment
Brings SingleCellExperiment to the Tidyverse
TidyverseにSingleCellExperimentをもたらす

566. arrayQuality
Assessing array quality on spotted arrays
スポットアレイのアレイ品質の評価

567. BiocPkgTools
Collection of simple tools for learning about Bioc Packages
Biocパッケージについて学ぶためのシンプルなツール集

568. ExploreModelMatrix
Graphical Exploration of Design Matrices
デザインマトリクスのグラフィカルな探究

569. paxtoolsr
PaxtoolsR: Access Pathways from Multiple Databases through BioPAX and Pathway Commons
PaxtoolsR：BioPAXとPathway Commonsを介した複数のデータベースからのアクセス経路

570. QUBIC
An R package for qualitative biclustering in support of gene co-expression analyses
遺伝子共発現解析を支援する定性的バイクラスタリングのためのRパッケージ

571. BioQC
Detect tissue heterogeneity in expression profiles with gene sets
遺伝子セットを用いて発現プロファイルの組織不均一性を検出

572. ccrepe
ccrepe_and_nc.score
ccrepe_and_nc.score

573. EWCE
Expression Weighted Celltype Enrichment
Expression Weighted Celltype Enrichment

574. methylclock
Methylclock – DNA methylation-based clocks
Methylclock – DNAメチル化ベースの時計

575. PeacoQC
Peak-based selection of high quality cytometry data
高品質なサイトメトリーデータのピークベースの選択

576. edge
Extraction of Differential Gene Expression
差次的遺伝子発現の抽出

577. hypeR
Hyper Enrichment
ハイパーエンリッチメント

578. seqTools
Analysis of nucleotide, sequence and quality content on fastq files
fastqファイルのヌクレオチド、配列および品質の内容の分析

579. flowMeans
Non-parametric Flow Cytometry Data Gating
ノンパラメトリックフローサイトメトリーデータゲーティング

580. gpls
Classification using generalized partial least squares
一般化部分最小二乗法を用いた分類

581. mosaics
MOSAiCS (MOdel-based one and two Sample Analysis and Inference for ChIP-Seq)
MOSAiCS（MOIPベースの1サンプルと2サンプルの分析とChIP-Seqの推論）

582. omicade4
Multiple co-inertia analysis of omics datasets
オミックスデータセットの多重共慣性解析

583. SamSPECTRAL
Identifies cell population in flow cytometry data.
フローサイトメトリーデータで細胞集団を識別します。

584. BRAIN
Baffling Recursive Algorithm for Isotope distributioN calculations
同位体分布計算のためのバッフル再帰アルゴリズム

585. VariantTools
Tools for Exploratory Analysis of Variant Calls
バリアントコールの探索的分析のためのツール

586. biodb
biodb, a library and a development framework for connecting to chemical and biological databases
化学・生物系データベースに接続するためのライブラリと開発フレームワーク「biodb

587. CAGEr
Analysis of CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) sequencing data for precise mapping of transcription start sites and promoterome mining
転写開始部位とプロモーターマイニングの正確なマッピングのためのCAGE（Cap Analysis of Gene Expression）配列決定データの解析

588. exomePeak2
Bias Awared Peak Calling and Quantification for MeRIP-Seq
MeRIP-Seqのバイアスを考慮したピーク呼び出しと定量化

589. ExpressionAtlas
Download datasets from EMBL-EBI Expression Atlas
EMBL-EBI Expression Atlasからデータセットをダウンロードする

590. pandaR
PANDA Algorithm
PANDAアルゴリズム

591. a4Core
Automated Affymetrix Array Analysis Core Package
自動Affymetrixアレイ解析コアパッケージ

592. diffHic
Differential Analyis of Hi-C Data
Hi-Cデータの微分解析

593. mgsa
Model-based gene set analysis
モデルベース遺伝子セット解析

594. Modstrings
Implementation of Biostrings to work with nucleotide sequences containing modified nucleotides
修飾ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列を扱うためのバイオストリングの実装

595. regionReport
Generate HTML or PDF reports for a set of genomic regions or DESeq2/edgeR results
一連のゲノム領域またはDESeq2 / edgeR結果についてのHTMLまたはPDFレポートを生成します。

596. TreeAndLeaf
An alternative to dendrogram visualization and insertion of multiple layers of information
デンドログラムの可視化と複数の情報層の挿入に代わるもの

597. yarn
YARN: Robust Multi-Condition RNA-Seq Preprocessing and Normalization
YARN：ロバスト多条件RNA-Seq前処理と正規化

598. HIBAG
HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging
属性バギングを用いたHLA遺伝子型の代入

599. iCARE
A Tool for Individualized Coherent Absolute Risk Estimation (iCARE)
個別化コヒーレント絶対リスク推定（iCARE）のためのツール

600. maser
Mapping Alternative Splicing Events to pRoteins
オルタナティブスプライシングイベントのpタンパク質へのマッピング

601. metaMS
MS-Based Metabolomics Annotation Pipeline
MSベースのメタボロミクスアノテーションパイプライン

602. scone
Single Cell Overview of Normalized Expression data
正規化発現データの単一細胞概要

603. zFPKM
A suite of functions to facilitate zFPKM transformations
zFPKM変換を容易にするための一連の機能

604. GeneticsPed
Pedigree and genetic relationship functions
血統と遺伝的関係の機能

605. HPAanalyze
Retrieve and analyze data from the Human Protein Atlas
Human Protein Atlasからデータを取得して分析する

606. megadepth
megadepth: BigWig and BAM related utilities
メガデプスBigWigとBAM関連のユーティリティ

607. pathwayPCA
Integrative Pathway Analysis with Modern PCA Methodology and Gene Selection
現代のPCA方法論と遺伝子選択による統合的経路分析

608. pdInfoBuilder
Platform Design Information Package Builder
プラットフォーム設計情報パッケージビルダー

609. qrqc
Quick Read Quality Control
クイックリード品質管理

610. velociraptor
Toolkit for Single-Cell Velocity
シングルセル速度のためのツールキット

611. deepSNV
Detection of subclonal SNVs in deep sequencing data.
ディープシーケンシングデータにおけるサブクローンSNVの検出

612. frma
Frozen RMA and Barcode
冷凍RMAとバーコード

613. statTarget
Statistical Analysis of Molecular Profiles
分子プロファイルの統計解析

614. twilight
Estimation of local false discovery rate
ローカル誤発見率の推定

615. animalcules
Interactive microbiome analysis toolkit
対話型マイクロバイオーム分析ツールキット

616. BicARE
Biclustering Analysis and Results Exploration
バイクラスタリング分析と結果の調査

617. dupRadar
Assessment of duplication rates in RNA-Seq datasets
RNA-Seqデータセットにおける重複率の評価

618. GWENA
Pipeline for augmented co-expression analysis
拡張共発現解析のためのパイプライン

619. SCnorm
Normalization of single cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データの正規化

620. CopyNumberPlots
Create Copy-Number Plots using karyoploteR functionality
karyoploteR機能を使ってコピー数プロットを作成する

621. pmp
Peak Matrix Processing and signal batch correction for metabolomics datasets
メタボロミクスデータセットのピークマトリックス処理とシグナルバッチ補正

622. puma
Propagating Uncertainty in Microarray Analysis(including Affymetrix tranditional 3′ arrays and exon arrays and Human Transcriptome Array 2.0)
マイクロアレイ解析における不確実性の伝播（Affymetrix tranditional 3 ‘arrayおよびexon array、Human Transcriptome Array 2.0を含む）

623. tricycle
tricycle: Transferable Representation and Inference of cell cycle
三輪車 細胞周期の伝達可能な表現と推論

624. CNTools
Convert segment data into a region by sample matrix to allow for other high level computational analyses.
他の高レベルの計算解析を可能にするために、セグメントデータをサンプル行列によって領域に変換します。

625. iBBiG
Iterative Binary Biclustering of Genesets
Genesetsの反復バイナリーバイクラスター化

626. igvR
igvR: integrative genomics viewer
igvR：統合ゲノミクスビューア

627. RDRToolbox
A package for nonlinear dimension reduction with Isomap and LLE.
IsomapとLLEによる非線形次元縮小のためのパッケージ。

628. coseq
Co-Expression Analysis of Sequencing Data
配列決定データの共発現分析

629. geNetClassifier
Classify diseases and build associated gene networks using gene expression profiles
遺伝子発現プロファイルを使用して疾患を分類し、関連遺伝子ネットワークを構築する

630. MetaboSignal
MetaboSignal: a network-based approach to overlay and explore metabolic and signaling KEGG pathways
MetaboSignal：代謝およびシグナル伝達KEGG経路を重ねて探索するためのネットワークベースのアプローチ

631. miQC
Flexible, probabilistic metrics for quality control of scRNA-seq data
scRNA-seqデータの品質管理のための柔軟で確率的な測定基準

632. MWASTools
MWASTools: an integrated pipeline to perform metabolome-wide association studies
MWASTools：メタボロームワイド関連研究を行うための統合パイプライン

633. proBatch
Tools for Diagnostics and Corrections of Batch Effects in Proteomics
プロテオミクスにおけるバッチ効果の診断と修正のためのツール

634. struct
Statistics in R Using Class-based Templates
クラスベースのテンプレートを使ったRの統計

635. tweeDEseq
RNA-seq data analysis using the Poisson-Tweedie family of distributions
Poisson-Tweedie族の分布を用いたRNA-seqデータ解析

636. vidger
Create rapid visualizations of RNAseq data in R
RでRNAseqデータを素早く視覚化する

637. bacon
Controlling bias and inflation in association studies using the empirical null distribution
経験的ヌル分布を用いた関連研究におけるバイアスとインフレーションの制御

638. BioNERO
Biological Network Reconstruction Omnibus
生物ネットワーク再構築オムニバス

639. MSstatsPTM
Statistical Characterization of Post-translational Modifications
翻訳後修飾の統計的特徴付け

640. NanoStringDiff
Differential Expression Analysis of NanoString nCounter Data
NanoString nCounterデータの微分発現解析

641. openPrimeR
Multiplex PCR Primer Design and Analysis
マルチプレックスPCRプライマー設計および分析

642. spicyR
Spatial analysis of in situ cytometry data
in situサイトメトリーデータの空間解析

643. switchBox
Utilities to train and validate classifiers based on pair switching using the K-Top-Scoring-Pair (KTSP) algorithm
K-Top-Scoring-Pair（KTSP）アルゴリズムを使用したペア切り替えに基づく分類器の学習と検証のためのユーティリティ

644. BiRewire
High-performing routines for the randomization of a bipartite graph (or a binary event matrix), undirected and directed signed graph preserving degree distribution (or marginal totals)
2部グラフ（または2値事象行列）、無向および有向符号付きグラフ保存次数分布（または周辺合計）のランダム化のための高性能ルーチン

645. clusterStab
Compute cluster stability scores for microarray data
マイクロアレイデータのクラスター安定性スコアを計算する

646. CSAR
Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data
ChIP-seqデータ解析のための統計ツール

647. girafe
Genome Intervals and Read Alignments for Functional Exploration
機能探索のためのゲノム間隔とリードアラインメント

648. HelloRanges
Introduce *Ranges to bedtools users
Bedtoolsユーザーに* Rangesを導入する

649. MMUPHin
Meta-analysis Methods with Uniform Pipeline for Heterogeneity in Microbiome Studies
ミクロビオーム研究における不均一性のための均一パイプラインを用いたメタ分析法

650. motifbreakR
A Package For Predicting The Disruptiveness Of Single Nucleotide Polymorphisms On Transcription Factor Binding Sites
転写因子結合部位における一塩基多型の破壊性を予測するためのパッケージ

651. msqrob2
Robust statistical inference for quantitative LC-MS proteomics
定量的LC-MSプロテオミクスのためのロバストな統計的推論

652. OCplus
Operating characteristics plus sample size and local fdr for microarray experiments
マイクロアレイ実験のための操作特性とサンプルサイズおよび局所fdr

653. r3Cseq
Analysis of Chromosome Conformation Capture and Next-generation Sequencing (3C-seq)
染色体コンフォメーション捕捉と次世代シークエンシング（3C-seq）の解析

654. RandomWalkRestartMH
Random walk with restart on multiplex and heterogeneous Networks
マルチプレックスおよび異種ネットワークでの再起動を伴うランダムウォーク

655. RbcBook1
Support for Springer monograph on Bioconductor
バイオコンダクターのSpringerモノグラフのサポート

656. GOexpress
Visualise microarray and RNAseq data using gene ontology annotations
遺伝子オントロジーアノテーションを使用してマイクロアレイおよびRNAseqデータを視覚化する

657. OrderedList
Similarities of Ordered Gene Lists
順序付き遺伝子リストの類似性

658. ROntoTools
R Onto-Tools suite
R Onto-Toolsスイート

659. satuRn
Scalable Analysis of Differential Transcript Usage for Bulk and Single-Cell RNA-sequencing Applications
バルクおよびシングルセルRNAシーケンスアプリケーションのための転写物使用量の差のスケーラブルな分析

660. sechm
sechm: Complex Heatmaps from a SummarizedExperiment
sechm SummarizedExperimentからの複雑なヒートマップの作成

661. TissueEnrich
Tissue-specific gene enrichment analysis
組織特異的遺伝子濃縮解析

662. a4Base
Automated Affymetrix Array Analysis Base Package
自動Affymetrixアレイ解析ベースパッケージ

663. CellNOptR
Training of boolean logic models of signalling networks using prior knowledge networks and perturbation data
事前知識ネットワークと摂動データを用いたシグナリングネットワークのブール論理モデルの訓練

664. chipenrich
Gene Set Enrichment For ChIP-seq Peak Data
ChIP-seqピークデータのための遺伝子セット濃縮

665. ChIPseqR
Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data
ハイスループットシーケンスデータにおけるタンパク質結合部位の同定

666. ddCt
The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)
定量的リアルタイムPCR（qRT-PCR）の分析のためのddCtアルゴリズム

667. eisaR
Exon-Intron Split Analysis (EISA) in R
Rのエクソン-イントロン分割解析(EISA)

668. PWMEnrich
PWM enrichment analysis
PWMエンリッチメント解析

669. RnaSeqSampleSize
RnaSeqSampleSize
RnaSeqSampleSize

670. biocGraph
Graph examples and use cases in Bioinformatics
バイオインフォマティクスのグラフ例と使用例

671. glmSparseNet
Network Centrality Metrics for Elastic-Net Regularized Models
Elastic Net正則化モデルのためのネットワーク中心性メトリクス

672. phenopath
Genomic trajectories with heterogeneous genetic and environmental backgrounds
異種の遺伝的および環境的背景を持つゲノムの軌跡

673. PROcess
Ciphergen SELDI-TOF Processing
サイファージェンSELDI-TOF処理

674. ABSSeq
ABSSeq: a new RNA-Seq analysis method based on modelling absolute expression differences
ABSSeq：絶対発現差のモデリングに基づく新しいRNA ‐ Seq分析法

675. BgeeDB
Annotation and gene expression data retrieval from Bgee database
Bgeeデータベースからの注釈と遺伝子発現データの検索

676. ChIPsim
Simulation of ChIP-seq experiments
ChIP-seq実験のシミュレーション

677. dearseq
Differential Expression Analysis for RNA-seq data through a robust variance component test
ロバスト分散成分検定によるRNA-seqデータの差分発現解析

678. derfinderPlot
Plotting functions for derfinder
derfinderのためのプロット関数

679. discordant
The Discordant Method: A Novel Approach for Differential Correlation
不一致法：微分相関のための新しいアプローチ

680. meshr
Tools for conducting enrichment analysis of MeSH
MeSHの濃縮分析を行うためのツール

681. RRHO
Inference on agreement between ordered lists
順序付きリスト間の一致に関する推論

682. bugsigdbr
R-side access to published microbial signatures from BugSigDB
R側からBugSigDBで公開されている微生物シグネチャーにアクセス可能

683. Chicago
CHiCAGO: Capture Hi-C Analysis of Genomic Organization
CHiCAGO：ゲノム構成のHi-C解析をキャプチャする

684. chopsticks
The ‘snp.matrix’ and ‘X.snp.matrix’ Classes
‘snp.matrix’と ‘X.snp.matrix’クラス

685. consensusSeekeR
Detection of consensus regions inside a group of experiences using genomic positions and genomic ranges
ゲノム位置とゲノム範囲を用いた経験群内のコンセンサス領域の検出

686. FEAST
FEAture SelcTion (FEAST) for Single-cell clustering
FEAture SelcTion (FEAST) for Single-cell clustering

687. ideal
Interactive Differential Expression AnaLysis
インタラクティブな差次的発現分析

688. PICS
Probabilistic inference of ChIP-seq
ChIP-seqの確率的推論

689. sparrow
Take command of set enrichment analyses through a unified interface
統一されたインターフェースで、セットのエンリッチメント解析を指揮する

690. alpine
alpine
高山

691. cogena
co-expressed gene-set enrichment analysis
同時発現遺伝子セット濃縮解析

692. esATAC
An Easy-to-use Systematic pipeline for ATACseq data analysis
ATACseqデータ解析のための使いやすい系統的パイプライン

693. HubPub
Utilities to create and use Bioconductor Hubs
Bioconductor Hubsを作成・利用するためのユーティリティー

694. lisaClust
lisaClust: Clustering of Local Indicators of Spatial Association
lisaClust 空間的な関連性を示す局所指標のクラスタリング

695. rsbml
R support for SBML, using libsbml
libsbmlを使用したSBMLのRサポート

696. Structstrings
Implementation of the dot bracket annotations with Biostrings
バイオストリングを使用したドットブラケット注釈の実装

697. CiteFuse
CiteFuse: multi-modal analysis of CITE-seq data
CiteFuse: CITE-seqデータのマルチモーダル解析

698. CrispRVariants
Tools for counting and visualising mutations in a target location
標的位置の突然変異を数えて視覚化するためのツール

699. FastqCleaner
A Shiny Application for Quality Control, Filtering and Trimming of FASTQ Files
FASTQファイルの品質管理、フィルタリング、トリミングのための光沢のあるアプリケーション

700. flowVS
Variance stabilization in flow cytometry (and microarrays)
フローサイトメトリー（およびマイクロアレイ）における分散安定化

701. Herper
The Herper package is a simple toolset to install and manage conda packages and environments from R
Herperパッケージは、Rからcondaパッケージと環境をインストールおよび管理するためのシンプルなツールセットです。

702. OmaDB
R wrapper for the OMA REST API
OMA REST APIのRラッパー

703. PhosR
A set of methods and tools for comprehensive analysis of phosphoproteomics data
ホスホプロテオミクスデータを包括的に解析するための手法とツールのセット

704. REDseq
Analysis of high-throughput sequencing data processed by restriction enzyme digestion
制限酵素消化によって処理されたハイスループット配列決定データの分析

705. SEtools
SEtools: tools for working with SummarizedExperiment
SEtools：SummarizedExperimentを操作するためのツール

706. signatureSearch
Environment for Gene Expression Searching Combined with Functional Enrichment Analysis
機能強化分析と組み合わせた遺伝子発現検索環境

707. ccfindR
Cancer Clone Finder
癌クローンファインダー

708. GenomicDistributions
Produces Summaries and Plots of Features Distributed Across Genomes
ゲノム全体に分布する特徴のサマリーとプロットの作成

709. isobar
Analysis and quantitation of isobarically tagged MSMS proteomics data
同重体タグ付きMSMSプロテオミクスデータの分析と定量

710. Mulcom
Calculates Mulcom test
マルコム検定を計算します

711. multiGSEA
Combining GSEA-based pathway enrichment with multi omics data integration
GSEAベースのパスウェイエンリッチメントとマルチオミックスデータ統合の組み合わせ

712. trio
Testing of SNPs and SNP Interactions in Case-Parent Trio Studies
症例 – 親トリオ研究におけるSNPおよびSNP相互作用の試験

713. clipper
Gene Set Analysis Exploiting Pathway Topology
経路トポロジーを利用する遺伝子セット分析

714. cydar
Using Mass Cytometry for Differential Abundance Analyses
示差存在量分析のためのマスサイトメトリーの使用

715. GDSArray
Representing GDS files as array-like objects
GDSファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

716. hypergraph
A package providing hypergraph data structures
ハイパーグラフデータ構造を提供するパッケージ

717. keggorthology
graph support for KO, KEGG Orthology
KO、KEGG Orthologyのグラフサポート

718. multiHiCcompare
Normalize and detect differences between Hi-C datasets when replicates of each experimental condition are available
各実験条件の複製が利用可能な場合、Hi-Cデータセット間の差異を正規化して検出する

719. PROPER
PROspective Power Evaluation for RNAseq
RNAseqの見込み電力評価

720. SplicingGraphs
Create, manipulate, visualize splicing graphs, and assign RNA-seq reads to them
スプライシンググラフの作成、操作、視覚化、そしてRNA-seqリードの割り当て

721. alevinQC
Generate QC Reports For Alevin Output
Alevin出力用のQCレポートを生成する

722. ASSET
An R package for subset-based association analysis of heterogeneous traits and subtypes
異種形質とサブタイプのサブセットに基づく関連分析のためのRパッケージ

723. epivizrServer
WebSocket server infrastructure for epivizr apps and packages
epivizrアプリケーションおよびパッケージ用のWebSocketサーバーインフラストラクチャ

724. interactiveDisplay
Package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects
Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするためのパッケージ

725. iSEEu
iSEE Universe
アイシーイーユニバース

726. logicFS
Identification of SNP Interactions
SNP相互作用の同定

727. mfa
Bayesian hierarchical mixture of factor analyzers for modelling genomic bifurcations
ゲノム分岐をモデル化するための因子分析器のベイジアン階層混合

728. annotationTools
Annotate microarrays and perform cross-species gene expression analyses using flat file databases.
フラットファイルデータベースを使用してマイクロアレイに注釈を付け、異種間遺伝子発現解析を実施する。

729. chromPlot
Global visualization tool of genomic data
ゲノムデータのグローバル可視化ツール

730. goProfiles
goProfiles: an R package for the statistical analysis of functional profiles
goProfiles：機能プロファイルの統計解析用のRパッケージ

731. gwasurvivr
gwasurvivr: an R package for genome wide survival analysis
gwasurvivr：全ゲノム生存分析のためのRパッケージ

732. monaLisa
Binned Motif Enrichment Analysis and Visualization
ビニングされたモチーフの濃縮分析と視覚化

733. PSMatch
Handling and Managing Peptide Spectrum Matches
ペプチドスペクトルのマッチングの処理と管理

734. segmentSeq
Methods for identifying small RNA loci from high-throughput sequencing data
ハイスループットシークエンシングデータから小型RNA遺伝子座を同定する方法

735. shinyMethyl
Interactive visualization for Illumina methylation arrays
Illuminaメチル化アレイ用の対話型可視化

736. SpeCond
Condition specific detection from expression data
発現データからの条件特異的検出

737. flowFP
Fingerprinting for Flow Cytometry
フローサイトメトリーのためのフィンガープリント

738. GRmetrics
Calculate growth-rate inhibition (GR) metrics
成長率抑制（GR）メトリックを計算する

739. NanoStringQCPro
Quality metrics and data processing methods for NanoString mRNA gene expression data
NanoString mRNA遺伝子発現データのための品質測定基準とデータ処理方法

740. chromstaR
Combinatorial and Differential Chromatin State Analysis for ChIP-Seq Data
ChIP-Seqデータのための組み合わせおよび示差クロマチン状態分析

741. countsimQC
Compare Characteristic Features of Count Data Sets
カウントデータセットの特徴の比較

742. dcanr
Differential co-expression/association network analysis
差次的共発現/会合ネットワーク分析

743. easier
Estimate Systems Immune Response from RNA-seq data
RNA-seqデータからのシステム免疫応答の推定

744. EmpiricalBrownsMethod
Uses Brown’s method to combine p-values from dependent tests
ブラウンの方法を使用して従属テストからのp値を結合します

745. HybridMTest
Hybrid Multiple Testing
ハイブリッドマルチテスト

746. rain
Rhythmicity Analysis Incorporating Non-parametric Methods
ノンパラメトリック法を取り入れたリズム解析

747. ReactomeContentService4R
Interface for the Reactome Content Service
Reactomeコンテンツサービスのインターフェース

748. ssize
Estimate Microarray Sample Size
マイクロアレイサンプルサイズの推定

749. tRNA
Analyzing tRNA sequences and structures
tRNAの配列と構造の解析

750. AneuFinder
Analysis of Copy Number Variation in Single-Cell-Sequencing Data
単一細胞配列決定データにおけるコピー数変動の分析

751. bayNorm
Single-cell RNA sequencing data normalization
単一細胞RNA配列決定データの正規化

752. bigPint
Big multivariate data plotted interactively
対話的にプロットされた大きな多変量データ

753. FCBF
Fast Correlation Based Filter for Feature Selection
特徴選択のための高速相関ベースのフィルタ

754. gmapR
An R interface to the GMAP/GSNAP/GSTRUCT suite
GMAP / GSNAP / GSTRUCTスイートへのRインターフェース

755. Pi
Leveraging Genetic Evidence to Prioritise Drug Targets at the Gene and Pathway Level
遺伝子および経路レベルで薬物標的を優先させるための遺伝的証拠の活用

756. Prostar
Provides a GUI for DAPAR
DAPAR用のGUIを提供します

757. RMassBank
Workflow to process tandem MS files and build MassBank records
タンデムMSファイルを処理し、MassBankレコードを構築するためのワークフロー

758. scPipe
pipeline for single cell RNA-seq data analysis
単一細胞RNA配列データ解析のためのパイプライン

759. Spaniel
Spatial Transcriptomics Analysis
空間トランスクリプトミクス分析

760. tilingArray
Transcript mapping with high-density oligonucleotide tiling arrays
高密度オリゴヌクレオチドタイリングアレイによる転写物マッピング

761. YAPSA
Yet Another Package for Signature Analysis
シグネチャ分析のためのさらに別のパッケージ

762. ASpli
Analysis of alternative splicing using RNA-Seq
RNA-Seqを用いたオルタナティブスプライシングの解析

763. chimeraviz
Visualization tools for gene fusions
遺伝子融合のための可視化ツール

764. CODEX
A Normalization and Copy Number Variation Detection Method for Whole Exome Sequencing
全エキソーム配列決定のための正規化およびコピー数変動検出法

765. ngsReports
Load FastqQC reports and other NGS related files
FastqQCレポートと他のNGS関連ファイルをロードする

766. PREDA
Position Related Data Analysis
ポジション関連データ分析

767. SBGNview
Overlay omics data onto SBGN pathway diagram
オミクスデータをSBGN経路図にオーバーレイする

768. SCAN.UPC
Single-channel array normalization (SCAN) and Universal exPression Codes (UPC)
シングルチャンネルアレイ正規化（SCAN）とユニバーサルエクスプレッションコード（UPC）

769. a4Reporting
Automated Affymetrix Array Analysis Reporting Package
自動Affymetrixアレイ解析レポーティングパッケージ

770. ACME
Algorithms for Calculating Microarray Enrichment (ACME)
マイクロアレイ濃縮度計算のためのアルゴリズム（ACME）

771. CAGEfightR
Analysis of Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data using Bioconductor
Bioconductorを使用した遺伝子発現のキャップ分析（CAGE）データの分析

772. CNVRanger
Summarization and expression/phenotype association of CNV ranges
CNV範囲の要約および発現/表現型の関連

773. compcodeR
RNAseq data simulation, differential expression analysis and performance comparison of differential expression methods
RNAseqデータシミュレーション、差次的発現分析および差次的発現方法の性能比較

774. crisprScore
On-Target and Off-Target Scoring Algorithms for CRISPR gRNAs
CRISPR gRNA の On-Target および Off-Target スコアリング アルゴリズム

775. decompTumor2Sig
Decomposition of individual tumors into mutational signatures by signature refitting
シグネチャ再調整による個々の腫瘍の突然変異シグネチャへの分解

776. DNAshapeR
High-throughput prediction of DNA shape features
DNA形状特徴のハイスループット予測

777. FGNet
Functional Gene Networks derived from biological enrichment analyses
生物学的濃縮分析から導いた機能的遺伝子ネットワーク

778. flowCut
Precise and Accurate Automated Removal of Outlier Events and Flagging of Files Based on Time Versus Fluorescence Analysis
時間対蛍光分析に基づいた、正確かつ正確な自動外れ事象除去とファイルのフラグ付け

779. nondetects
Non-detects in qPCR data
qPCRデータで検出されない

780. PepsNMR
Pre-process 1H-NMR FID signals
1 H-NMR FIDシグナルの前処理

781. SPONGE
Sparse Partial Correlations On Gene Expression
遺伝子発現に関するまばらな部分相関

782. acde
Artificial Components Detection of Differentially Expressed Genes
特異的に発現している遺伝子の人工成分検出

783. ACE
Absolute Copy Number Estimation from Low-coverage Whole Genome Sequencing
低カバレッジ全ゲノム配列決定からの絶対コピー数推定

784. crisprBowtie
Bowtie-based alignment of CRISPR gRNA spacer sequences
CRISPR gRNA スペーサー配列の Bowtie ベースのアライメント

785. HilbertCurve
Making 2D Hilbert Curve
2Dヒルベルト曲線の作成

786. MetaVolcanoR
Gene expression meta-analysis visualization tool
遺伝子発現メタ分析視覚化ツール

787. PAIRADISE
PAIRADISE: Paired analysis of differential isoform expression
ペアレディ：異なるアイソフォーム発現のペア解析

788. phenoTest
Tools to test association between gene expression and phenotype in a way that is efficient, structured, fast and scalable. We also provide tools to do GSEA (Gene set enrichment analysis) and copy number variation.
効率的で構造化された、高速でスケーラブルな方法で遺伝子発現と表現型の間の関連性をテストするためのツール。また、GSEA（遺伝子セット濃縮解析）やコピー数のバリエーションを行うためのツールも提供しています。

789. TPP
Analyze thermal proteome profiling (TPP) experiments
サーマルプロテオームプロファイリング（TPP）実験の分析

790. cliqueMS
Annotation of Isotopes, Adducts and Fragmentation Adducts for in-Source LC/MS Metabolomics Data
インソースLC / MSメタボロミクスデータの同位体、付加物、およびフラグメンテーション付加物の注釈

791. DMRcaller
Differentially Methylated Regions caller
異なるメチル化領域の呼び出し元

792. InterCellar
InterCellar: an R-Shiny app for interactive analysis and exploration of cell-cell communication in single-cell transcriptomics
InterCellar: シングルセル・トランスクリプトミクスにおける細胞間コミュニケーションをインタラクティブに解析・探索するためのR-Shinyアプリ

793. Pigengene
Infers biological signatures from gene expression data
遺伝子発現データから生物学的サインを推測する

794. pRolocGUI
Interactive visualisation of spatial proteomics data
空間プロテオミクスデータの対話型可視化

795. psichomics
Graphical Interface for Alternative Splicing Quantification, Analysis and Visualisation
オルタナティブスプライシングの定量化、分析および可視化のためのグラフィカルインターフェース

796. scp
Mass Spectrometry-Based Single-Cell Proteomics Data Analysis
質量分析に基づくシングルセルプロテオミクスデータ解析

797. timescape
Patient Clonal Timescapes
患者のクローンタイムスケープ

798. ASSIGN
Adaptive Signature Selection and InteGratioN (ASSIGN)
適応型シグネチャ選択と統合（ASSIGN）

799. biosigner
Signature discovery from omics data
オミックスデータからの署名発見

800. ccmap
Combination Connectivity Mapping
組み合わせ接続性マッピング

801. celaref
Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference
参照による単一細胞RNAseq細胞クラスター標識

802. diffcoexp
Differential Co-expression Analysis
示差共発現分析

803. erma
epigenomic road map adventures
エピゲノムロードマップの冒険

804. FamAgg
Pedigree Analysis and Familial Aggregation
血統分析と家族の集計

805. MACSr
MACS: Model-based Analysis for ChIP-Seq
MACS: ChIP-Seqのモデルベース解析

806. MLP
MLP
MLP

807. mnem
Mixture Nested Effects Models
混合ネスト効果モデル

808. phantasus
Visual and interactive gene expression analysis
視覚的およびインタラクティブな遺伝子発現解析

809. rcellminer
rcellminer: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines
rcellminer：NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

810. rDGIdb
R Wrapper for DGIdb
DGIdb用Rラッパー

811. SpatialCPie
Cluster analysis of Spatial Transcriptomics data
空間トランスクリプトミクスデータのクラスター分析

812. SPsimSeq
Semi-parametric simulation tool for bulk and single-cell RNA sequencing data
バルクおよびシングルセルRNAシーケンシングデータのためのセミパラメトリックシミュレーションツール

813. AMOUNTAIN
Active modules for multilayer weighted gene co-expression networks: a continuous optimization approach
多層加重遺伝子共発現ネットワークのためのアクティブモジュール：連続最適化アプローチ

814. Cepo
Cepo for the identification of differentially stable genes
Cepoによる安定性の異なる遺伝子の同定

815. crossmeta
Cross Platform Meta-Analysis of Microarray Data
マイクロアレイデータのクロスプラットフォームメタ分析

816. GSEAlm
Linear Model Toolset for Gene Set Enrichment Analysis
遺伝子セット濃縮分析のための線形モデルツールセット

817. HiCDCPlus
Hi-C Direct Caller Plus
Hi-Cダイレクトコーラープラス

818. hmdbQuery
utilities for exploration of human metabolome database
ヒトメタボロームデータベースの探索のためのユーティリティ

819. mCSEA
Methylated CpGs Set Enrichment Analysis
メチル化CpGsセット濃縮分析

820. MesKit
A tool kit for dissecting cancer evolution from multi-region derived tumor biopsies via somatic alterations
多領域由来の腫瘍生検から体細胞変化を介して癌の進化を解剖するためのツールキット

821. metaCCA
Summary Statistics-Based Multivariate Meta-Analysis of Genome-Wide Association Studies Using Canonical Correlation Analysis
正準相関分析を用いたゲノムワイド関連研究の要約統計ベース多変量メタ分析

822. MicrobiomeProfiler
An R/shiny package for microbiome functional enrichment analysis
マイクロバイオームの機能的濃縮解析のためのR/shinyパッケージ

823. rCGH
Comprehensive Pipeline for Analyzing and Visualizing Array-Based CGH Data
アレイベースCGHデータの解析と可視化のための包括的なパイプライン

824. RefPlus
A function set for the Extrapolation Strategy (RMA+) and Extrapolation Averaging (RMA++) methods.
外挿戦略（RMA +）および外挿平均（RMA ++）メソッド用の関数セット。

825. rexposome
Exposome exploration and outcome data analysis
エクスポソーム探査と結果データ分析

826. RGSEA
Random Gene Set Enrichment Analysis
ランダム遺伝子セット濃縮分析

827. scPCA
Sparse Contrastive Principal Component Analysis
疎な主成分分析

828. structToolbox
Data processing & analysis tools for Metabolomics and other omics
メタボロミクスをはじめとするオミックスのデータ処理・解析ツール

829. AlpsNMR
Automated spectraL Processing System for NMR
NMR用自動スペクトル処理システム

830. BEclear
Correction of batch effects in DNA methylation data
DNAメチル化データにおけるバッチ効果の補正

831. ClassifyR
A framework for cross-validated classification problems, with applications to differential variability and differential distribution testing
交差検定分類問題のためのフレームワーク、微分変動性および微分分布検定への応用

832. CNORode
ODE add-on to CellNOptR
CellNOptRへのODEアドオン

833. coMET
coMET: visualisation of regional epigenome-wide association scan (EWAS) results and DNA co-methylation patterns
coMET：地域エピゲノムワイド関連スキャン（EWAS）結果とDNA共メチル化パターンの可視化

834. DaMiRseq
Data Mining for RNA-seq data: normalization, feature selection and classification
RNA配列データのためのデータマイニング：正規化、特徴選択および分類

835. DiffLogo
DiffLogo: A comparative visualisation of biooligomer motifs
DiffLogo：バイオオリゴマーモチーフの比較可視化

836. GeoDiff
Count model based differential expression and normalization on GeoMx RNA data
GeoMx RNAデータにおけるカウントモデルベースの差分発現と正規化

837. netbiov
A package for visualizing complex biological network
複雑な生物学的ネットワークを視覚化するためのパッケージ

838. signeR
Empirical Bayesian approach to mutational signature discovery
突然変異シグネチャ発見への経験的ベイジアンアプローチ

839. affycomp
Graphics Toolbox for Assessment of Affymetrix Expression Measures
Affymetrix発現測定の評価のためのグラフィックスツールボックス

840. artMS
Analytical R tools for Mass Spectrometry
質量分析用分析Rツール

841. BridgeDbR
Code for using BridgeDb identifier mapping framework from within R
R内からBridgeDb識別子マッピングフレームワークを使用するためのコード

842. enrichTF
Transcription Factors Enrichment Analysis
転写因子濃縮分析

843. geneplast
Evolutionary and plasticity analysis of orthologous groups
オルソログ基の進化論的および塑性解析

844. ggspavis
Visualization functions for spatially resolved transcriptomics data
空間的に分解されたトランスクリプトミクスデータの可視化機能

845. h5vc
Managing alignment tallies using a hdf5 backend
hdf5バックエンドを使ったアライメント集計の管理

846. MEAL
Perform methylation analysis
メチル化分析を実行する

847. msPurity
Automated Evaluation of Precursor Ion Purity for Mass Spectrometry Based Fragmentation in Metabolomics
メタボロミクスにおける質量分析に基づくフラグメンテーションのための前駆イオン純度の自動評価

848. ndexr
NDEx R client library
NDEx Rクライアントライブラリ

849. PPInfer
Inferring functionally related proteins using protein interaction networks
タンパク質相互作用ネットワークを用いた機能的に関連したタンパク質の推論

850. pqsfinder
Identification of potential quadruplex forming sequences
潜在的四重鎖形成配列の同定

851. ramwas
Fast Methylome-Wide Association Study Pipeline for Enrichment Platforms
濃縮プラットフォームのための高速メチロームワイド関連研究パイプライン

852. BiSeq
Processing and analyzing bisulfite sequencing data
バイサルファイトシーケンスデータの処理と解析

853. CGEN
An R package for analysis of case-control studies in genetic epidemiology
遺伝疫学における症例対照研究の分析のためのRパッケージ

854. CoRegNet
CoRegNet : reconstruction and integrated analysis of co-regulatory networks
CoRegNet：共同規制ネットワークの再構築と統合分析

855. customProDB
Generate customized protein database from NGS data, with a focus on RNA-Seq data, for proteomics search
プロテオミクス検索のための、RNA-Seqデータに焦点を当てた、NGSデータからのカスタマイズされたタンパク質データベースの生成

856. DeMixT
Cell type-specific deconvolution of heterogeneous tumor samples with two or three components using expression data from RNAseq or microarray platforms
RNAseqまたはマイクロアレイプラットフォームからの発現データを用いた2または3成分による不均一腫瘍試料の細胞型特異的デコンボリューション

857. hiAnnotator
Functions for annotating GRanges objects
GRangesオブジェクトに注釈を付けるための関数

858. MetaNeighbor
Single cell replicability analysis
単細胞複製性解析

859. MsBackendMassbank
Mass Spectrometry Data Backend for MassBank record Files
MassBankレコードファイルの質量分析データバックエンド

860. panelcn.mops
CNV detection tool for targeted NGS panel data
ターゲットNGSパネルデータ用のCNV検出ツール

861. Rbwa
R wrapper for BWA-backtrack and BWA-MEM aligners
BWA-backtrackおよびBWA-MEMアライナー用Rラッパー

862. RCX
R package implementing the Cytoscape Exchange (CX) format
Cytoscape Exchange (CX) フォーマットを実装したRパッケージ

863. RSeqAn
R SeqAn
R SeqAn

864. scAnnotatR
Pretrained learning models for cell type prediction on single cell RNA-sequencing data
シングルセルRNAシーケンスデータにおける細胞タイプ予測のための事前学習済み学習モデル

865. scClassify
scClassify: single-cell Hierarchical Classification
scClassify: 単細胞階層分類

866. a4
Automated Affymetrix Array Analysis Umbrella Package
自動Affymetrixアレイ解析アンブレラパッケージ

867. ADImpute
Adaptive Dropout Imputer (ADImpute)
適応型ドロップアウトインピュータ（ADImpute）

868. AllelicImbalance
Investigates Allele Specific Expression
対立遺伝子特異的発現を調査する

869. amplican
Automated analysis of CRISPR experiments
CRISPR実験の自動分析

870. CeTF
Coexpression for Transcription Factors using Regulatory Impact Factors and Partial Correlation and Information Theory analysis
調節性影響因子を用いた転写因子の共発現と部分相関・情報理論解析

871. COMPASS
Combinatorial Polyfunctionality Analysis of Single Cells
単一細胞のコンビナトリアル多機能解析

872. CRImage
CRImage a package to classify cells and calculate tumour cellularity
細胞を分類して腫瘍細胞数を計算するためのパッケージのCRIイメージ

873. easyRNASeq
Count summarization and normalization for RNA-Seq data
RNA-Seqデータの集計と正規化

874. farms
FARMS – Factor Analysis for Robust Microarray Summarization
FARMS – ロバストマイクロアレイ要約のための因子分析

875. gespeR
Gene-Specific Phenotype EstimatoR
遺伝子特異的表現型の推定

876. methrix
Fast and efficient summarization of generic bedGraph files from Bisufite sequencing
Bisufiteシーケンスからの一般的なbedGraphファイルの高速かつ効率的な要約

877. QuaternaryProd
Computes the Quaternary Dot Product Scoring Statistic for Signed and Unsigned Causal Graphs
符号付きおよび符号なしの因果グラフの4次ドット積スコアを計算する

878. RNAAgeCalc
A multi-tissue transcriptional age calculator
マルチ組織転写年齢計算機

879. RNAmodR
Detection of post-transcriptional modifications in high throughput sequencing data
ハイスループットシーケンシングデータの転写後修飾の検出

880. TitanCNA
Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing of tumours
腫瘍の全ゲノム配列決定からのサブクローンコピー数とLOH予測

881. a4Classif
Automated Affymetrix Array Analysis Classification Package
自動Affymetrixアレイ解析分類パッケージ

882. ASICS
Automatic Statistical Identification in Complex Spectra
複素スペクトルにおける自動統計的同定

883. BADER
Bayesian Analysis of Differential Expression in RNA Sequencing Data
RNA配列決定データにおける差次的発現のベイズ分析

884. BiocSklearn
interface to python sklearn via Rstudio reticulate
Rstudioを介したpython sklearnへのインタフェース

885. BufferedMatrix
A matrix data storage object held in temporary files
一時ファイルに保持されているマトリックスデータストレージオブジェクト

886. CHETAH
Fast and accurate scRNA-seq cell type identification
迅速かつ正確なscRNA-seq細胞型同定

887. corral
Correspondence Analysis for Single Cell Data
単一細胞データの対応付け解析

888. diffuStats
Diffusion scores on biological networks
生物学的ネットワーク上の拡散スコア

889. DiscoRhythm
Interactive Workflow for Discovering Rhythmicity in Biological Data
生物学的データにおける律動性を発見するための対話型ワークフロー

890. eds
eds: Low-level reader for Alevin EDS format
eds: Alevin EDSフォーマット用ローレベルリーダー

891. epiNEM
epiNEM
epiNEM

892. esetVis
Visualizations of expressionSet Bioconductor object
expressionSetのビジュアライゼーションBioconductorオブジェクト

893. fmrs
Variable Selection in Finite Mixture of AFT Regression and FMR
AFT回帰とFMRの有限混合物における変数選択

894. GeneMeta
MetaAnalysis for High Throughput Experiments
ハイスループット実験のためのメタアナリシス

895. GOsummaries
Word cloud summaries of GO enrichment analysis
GO濃縮分析のワードクラウド要約

896. LymphoSeq
Analyze high-throughput sequencing of T and B cell receptors
TおよびB細胞受容体のハイスループットシークエンシングを解析する

897. mistyR
Multiview Intercellular SpaTial modeling framework
Multiview Intercellular SpaTialモデリングフレームワーク

898. myvariant
Accesses MyVariant.info variant query and annotation services
MyVariant.infoのバリアントクエリおよび注釈サービスにアクセスする

899. NanoMethViz
Visualise methlation data from Oxford Nanopore sequencing
オックスフォード・ナノポア・シーケンシングによるメトレーションデータの可視化

900. oposSOM
Comprehensive analysis of transciptome data
トランスクリプトームデータの包括的な分析

901. TRONCO
TRONCO, an R package for TRanslational ONCOlogy
TRONCOLLATION ONCOlogy用のRパッケージ、TRONCO

902. CellMixS
Evaluate Cellspecific Mixing
細胞特異的混合を評価する

903. condiments
Differential Topology, Progression and Differentiation
ディファレンシャル・トポロジー、プログレッション、ディファレンシャル

904. CopywriteR
Copy number information from targeted sequencing using off-target reads
オフターゲットリードを使用したターゲットシークエンシングからの番号情報のコピー

905. CoverageView
Coverage visualization package for R
R用カバレッジ視覚化パッケージ

906. epivizrData
Data Management API for epiviz interactive visualization app
epivizインタラクティブ可視化アプリのためのデータ管理API

907. fcoex
FCBF-based Co-Expression Networks for Single Cells
単一セル用のFCBFベースの共発現ネットワーク

908. GeneStructureTools
Tools for spliced gene structure manipulation and analysis
スプライス遺伝子構造の操作と解析のためのツール

909. maanova
Tools for analyzing Micro Array experiments
マイクロアレイ実験を解析するためのツール

910. MAIT
Statistical Analysis of Metabolomic Data
メタボロームデータの統計解析

911. multiClust
multiClust: An R-package for Identifying Biologically Relevant Clusters in Cancer Transcriptome Profiles
multiClust：癌トランスクリプトームプロファイルにおける生物学的関連クラスターを同定するためのRパッケージ

912. NetPathMiner
NetPathMiner for Biological Network Construction, Path Mining and Visualization
生物学的ネットワーク構築、パスマイニングおよび可視化のためのNetPathMiner

913. plgem
Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)
べき乗則グローバルエラーモデル（PLGEM）を用いてマイクロアレイおよびプロテオミクスデータセットにおける差次的発現を検出する

914. SpectralTAD
SpectralTAD: Hierarchical TAD detection using spectral clustering
SpectralTAD：スペクトルクラスタリングを用いた階層的TAD検出

915. cancerclass
Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data
高次元分子データからの診断テストの開発と検証

916. cellbaseR
Querying annotation data from the high performance Cellbase web
高性能Cellbase Webからの注釈データの照会

917. circRNAprofiler
circRNAprofiler: An R-Based Computational Framework for the Downstream Analysis of Circular RNAs
circRNAprofiler：円形RNAの下流解析のためのRベースの計算フレームワーク

918. crisprBase
Base functions and classes for CRISPR gRNA design
CRISPR gRNA設計のための塩基機能およびクラス

919. EBSeqHMM
Bayesian analysis for identifying gene or isoform expression changes in ordered RNA-seq experiments
順序付けられたRNA配列実験における遺伝子またはイソ型発現変化を同定するためのベイズ分析

920. ffpe
Quality assessment and control for FFPE microarray expression data
FFPEマイクロアレイ発現データの品質評価と管理

921. FitHiC
Confidence estimation for intra-chromosomal contact maps
染色体内接触マップの信頼性推定

922. hipathia
HiPathia: High-throughput Pathway Analysis
HiPathia：ハイスループット経路解析

923. IdeoViz
Plots data (continuous/discrete) along chromosomal ideogram
染色体表意文字に沿ってデータ（連続/離散）をプロットする

924. MEIGOR
MEIGO – MEtaheuristics for bIoinformatics Global Optimization
MEIGO – バイオインフォマティクスの大域的最適化のための計測ヒューリスティックス

925. mitch
Multi-Contrast Gene Set Enrichment Analysis
マルチコントラスト遺伝子セットエンリッチメント解析

926. ProteoMM
Multi-Dataset Model-based Differential Expression Proteomics Analysis Platform
マルチデータセットモデルに基づく差次的発現プロテオミクス分析プラットフォーム

927. rmelting
R Interface to MELTING 5
MELTING 5へのRインターフェース

928. rqubic
Qualitative biclustering algorithm for expression data analysis in R
Rにおける発現データ解析のための定性的バイクラスタリングアルゴリズム

929. scDataviz
scDataviz: single cell dataviz and downstream analyses
scDataviz:シングルセルのデータを用いた解析とその下流の解析

930. seqCNA
Copy number analysis of high-throughput sequencing cancer data
ハイスループット配列決定癌データのコピー数分析

931. SeqGSEA
Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) of RNA-Seq Data: integrating differential expression and splicing
RNA ‐ Seqデータの遺伝子セット濃縮分析（GSEA）：差次的発現とスプライシングの統合

932. sevenbridges
Seven Bridges Platform API Client and Common Workflow Language Tool Builder in R
Rの7つの橋プラットフォームAPIクライアントと共通ワークフロー言語ツールビルダー

933. SharedObject
Sharing R objects across multiple R processes without memory duplication
メモリの重複なしに複数のRプロセスでRオブジェクトを共有する

934. spatialDE
R wrapper for SpatialDE
SpatialDEのRラッパー

935. vissE
Visualising Set Enrichment Analysis Results
セットエンリッチメント解析結果の可視化

936. affylmGUI
GUI for limma Package with Affymetrix Microarrays
Affymetrixマイクロアレイを備えたlimmaパッケージ用のGUI

937. APAlyzer
A toolkit for APA analysis using RNA-seq data
RNA-seqデータを使用したAPA分析のためのツールキット

938. BCRANK
Predicting binding site consensus from ranked DNA sequences
ランク付けされたDNA配列から結合部位コンセンサスを予測する

939. bioassayR
Cross-target analysis of small molecule bioactivity
小分子生物活性のクロスターゲット分析

940. BioNetStat
Biological Network Analysis
生物学的ネットワーク分析

941. branchpointer
Prediction of intronic splicing branchpoints
イントロンスプライシング分岐点の予測

942. CGHregions
Dimension Reduction for Array CGH Data with Minimal Information Loss.
最小限の情報損失で配列CGHデータの次元削減

943. CluMSID
Clustering of MS2 Spectra for Metabolite Identification
代謝物同定のためのMS 2スペクトルのクラスタ化

944. EBcoexpress
EBcoexpress for Differential Co-Expression Analysis
示差共発現分析のためのEBcoexpress

945. erccdashboard
Assess Differential Gene Expression Experiments with ERCC Controls
ERCCコントロールを用いた差次的遺伝子発現実験の評価

946. GEOexplorer
GEOexplorer: an R/Bioconductor package for gene expression analysis and visualisation
GEOexplorer: 遺伝子発現解析と可視化のためのR/Bioconductorパッケージ

947. GSEABenchmarkeR
Reproducible GSEA Benchmarking
再現性のあるGSEAベンチマーク

948. hca
Exploring the Human Cell Atlas Data Coordinating Platform
Human Cell Atlas Data Coordinating Platformを探る

949. interacCircos
The Generation of Interactive Circos Plot
インタラクティブなCircos Plotの生成

950. LPE
Methods for analyzing microarray data using Local Pooled Error (LPE) method
Local Pooled Error（LPE）法を用いたマイクロアレイデータの解析方法

951. metagene
A package to produce metagene plots
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ

952. methylSig
MethylSig: Differential Methylation Testing for WGBS and RRBS Data
MethylSig. WGBSとRRBSデータのための差分メチル化試験

953. odseq
Outlier detection in multiple sequence alignments
多重配列アラインメントにおける異常値検出

954. POMA
User-friendly Workflow for Pre-processing and Statistical Analysis of Mass Spectrometry Data
質量分析データの前処理と統計解析のためのユーザーフレンドリーなワークフロー

955. RCAS
RNA Centric Annotation System
RNA中心アノテーションシステム

956. runibic
runibic: row-based biclustering algorithm for analysis of gene expression data in R
runibic：Rにおける遺伝子発現データの解析のための行ベースバイクラスタリングアルゴリズム

957. savR
Parse and analyze Illumina SAV files
Illumina SAVファイルの解析と分析

958. anota
ANalysis Of Translational Activity (ANOTA).
翻訳活性の分析（アノタ）。

959. cosmosR
COSMOS (Causal Oriented Search of Multi-Omic Space)
COSMOS (Causal Oriented Search of Multi-Omic Space)

960. EMDomics
Earth Mover’s Distance for Differential Analysis of Genomics Data
ゲノミクスデータの示差分析のためのEarth Moverの距離

961. epivizr
R Interface to epiviz web app
epiviz WebアプリへのRインターフェース

962. flowMerge
Cluster Merging for Flow Cytometry Data
フローサイトメトリーデータのためのクラスタ併合

963. flowTrans
Parameter Optimization for Flow Cytometry Data Transformation
フローサイトメトリーデータ変換のためのパラメータ最適化

964. genomes
Genome sequencing project metadata
ゲノムシークエンシングプロジェクトのメタデータ

965. ImmuneSpaceR
A Thin Wrapper around the ImmuneSpace Database
ImmuneSpaceデータベースを中心とした薄いラッパー

966. IONiseR
Quality Assessment Tools for Oxford Nanopore MinION data
オックスフォードナノポアMinIONデータの品質評価ツール

967. metaseqR2
An R package for the analysis and result reporting of RNA-Seq data by combining multiple statistical algorithms
複数の統計アルゴリズムを組み合わせたRNA-Seqデータの解析と結果報告のためのRパッケージ

968. microbiomeExplorer
Microbiome Exploration App
マイクロバイオーム探索アプリ

969. ompBAM
C++ Library for OpenMP-based multi-threaded sequential profiling of Binary Alignment Map (BAM) files
バイナリーアラインメントマップ（BAM）ファイルのOpenMPベースのマルチスレッド逐次プロファイリング用C++ライブラリ

970. projectR
Functions for the projection of weights from PCA, CoGAPS, NMF, correlation, and clustering
PCA、CoGAPS、NMF、相関、およびクラスタリングから重みを射影するための関数

971. qsea
IP-seq data analysis and vizualization
IP-seqデータ解析と視覚化

972. ribosomeProfilingQC
Ribosome Profiling Quality Control
リボソームプロファイリングの品質管理

973. SCBN
A statistical normalization method and differential expression analysis for RNA-seq data between different species
異なる種間のRNA配列データのための統計的正規化法と差次的発現分析

974. SpidermiR
SpidermiR: An R/Bioconductor package for integrative network analysis with miRNA data
SpidermiR：miRNAデータを用いた統合的ネットワーク分析のためのR / Bioconductorパッケージ

975. STdeconvolve
Reference-free Cell-Type Deconvolution of Multi-Cellular Spatially Resolved Transcriptomics Data
マルチセルラー空間分解トランスクリプトミクスデータのリファレンスフリー細胞タイプデコンボリューション

976. systemPipeShiny
systemPipeShiny: An Interactive Framework for Workflow Management and Visualization
systemPipeShiny.ワークフロー管理と可視化のためのインタラクティブなフレームワーク

977. timeOmics
Time-Course Multi-Omics data integration
タイムコース・マルチオミックスのデータ統合

978. VanillaICE
A Hidden Markov Model for high throughput genotyping arrays
ハイスループットジェノタイピングアレイのための隠れマルコフモデル

979. vbmp
Variational Bayesian Multinomial Probit Regression
変分ベイズ多項プロビット回帰

980. ABarray
Microarray QA and statistical data analysis for Applied Biosystems Genome Survey Microrarray (AB1700) gene expression data.
Applied Biosystems Genome Survey Microrarray（AB1700）遺伝子発現データのためのマイクロアレイQAおよび統計データ分析。

981. BANDITS
BANDITS: Bayesian ANalysis of DIfferenTial Splicing
BANDITS：差別的スプライシングのベイズ分析

982. BaseSpaceR
R SDK for BaseSpace RESTful API
BaseSpace RESTful API用R SDK

983. BiocOncoTK
Bioconductor components for general cancer genomics
一般的ながんゲノミクスのためのバイオコンダクターコンポーネント

984. CausalR
Causal network analysis methods
因果ネットワーク分析法

985. CFAssay
Statistical analysis for the Colony Formation Assay
コロニー形成アッセイのための統計分析

986. CGHnormaliter
Normalization of array CGH data with imbalanced aberrations.
不均衡な収差を伴うアレイCGHデータの正規化

987. CORREP
Multivariate Correlation Estimator and Statistical Inference Procedures.
多変量相関推定量と統計的推論手順

988. DART
Denoising Algorithm based on Relevance network Topology
関連性ネットワークトポロジーに基づく雑音除去アルゴリズム

989. EGAD
Extending guilt by association by degree
学位による協会による罪悪感の拡大

990. groHMM
GRO-seq Analysis Pipeline
GRO-seq分析パイプライン

991. GSALightning
Fast Permutation-based Gene Set Analysis
高速順列に基づく遺伝子セット分析

992. GSEAmining
Make Biological Sense of Gene Set Enrichment Analysis Outputs
遺伝子セットのエンリッチメント解析結果を生物学的に理解する

993. hermes
Preprocessing, analyzing, and reporting of RNA-seq data
RNA-seqデータの前処理、解析、レポーティング

994. HGC
A fast hierarchical graph-based clustering method
高速な階層型グラフベースのクラスタリング手法

995. hyperdraw
Visualizing Hypergaphs
ハイパーガフの視覚化

996. Mergeomics
Integrative network analysis of omics data
オミックスデータの統合ネットワーク分析

997. metagene2
A package to produce metagene plots
メタゲンプロットを作成するためのパッケージ

998. methylCC
Estimate the cell composition of whole blood in DNA methylation samples
DNAメチル化サンプルの全血の細胞組成を推定する

999. methylPipe
Base resolution DNA methylation data analysis
塩基分解DNAメチル化データ解析

1000. MIRA
Methylation-Based Inference of Regulatory Activity
メチル化に基づく調節活性の推定

1001. netresponse
Functional Network Analysis
機能ネットワーク解析

1002. nucleR
Nucleosome positioning package for R
R用ヌクレオソーム位置決めパッケージ

1003. RegEnrich
Gene regulator enrichment analysis
遺伝子制御装置の濃縮解析

1004. RiboProfiling
Ribosome Profiling Data Analysis: from BAM to Data Representation and Interpretation
リボソームプロファイリングデータ解析：BAMからデータ表現および解釈へ

1005. SBMLR
SBML-R Interface and Analysis Tools
SBML-Rインタフェースと解析ツール

1006. subSeq
Subsampling of high-throughput sequencing count data
ハイスループットシーケンスカウントデータのサブサンプリング

1007. TADCompare
TADCompare: Identification and characterization of differential TADs
TADCompare.差動TADの同定と特性評価

1008. timecourse
Statistical Analysis for Developmental Microarray Time Course Data
発達マイクロアレイ時間経過データのための統計解析

1009. altcdfenvs
alternative CDF environments (aka probeset mappings)
代替CDF環境（別名プローブセット・マッピング）

1010. antiProfiles
Implementation of gene expression anti-profiles
遺伝子発現アンチプロファイルの実装

1011. ASEB
Predict Acetylated Lysine Sites
アセチル化リジン部位の予測

1012. ASGSCA
Association Studies for multiple SNPs and multiple traits using Generalized Structured Equation Models
一般化構造化方程式モデルを用いた多重SNPおよび多重形質の関連研究

1013. BioCor
Functional similarities
機能的な類似点

1014. biodbKegg
biodbKegg, a library for connecting to the KEGG Database
biodbKegg: KEGGデータベースへの接続用ライブラリ

1015. cghMCR
Find chromosome regions showing common gains/losses
一般的な増減を示す染色体領域を見つける

1016. dagLogo
dagLogo: a bioconductor package for visualizeing conserved amino acid sequence pattern in groups based on probability theory
dagLogo：確率論に基づいた群における保存アミノ酸配列パターンを可視化するためのバイオコンダクターパッケージ

1017. gaga
GaGa hierarchical model for high-throughput data analysis
ハイスループットデータ解析のためのGaGa階層モデル

1018. GeneNetworkBuilder
GeneNetworkBuilder: a bioconductor package for building regulatory network using ChIP-chip/ChIP-seq data and Gene Expression Data
GeneNetworkBuilder：ChIPチップ/ ChIPシーケンスデータと遺伝子発現データを用いて規制ネットワークを構築するためのバイオコンダクターパッケージ

1019. goTools
Functions for Gene Ontology database
遺伝子オントロジーデータベースの機能

1020. GraphAlignment
GraphAlignment
GraphAlignment

1021. GUIDEseq
GUIDE-seq analysis pipeline
GUIDE-seq分析パイプライン

1022. HiCBricks
Framework for Storing and Accessing Hi-C Data Through HDF Files
HDFファイルを介したHi-Cデータの保存とアクセスのためのフレームワーク

1023. IsoCorrectoR
Correction for natural isotope abundance and tracer purity in MS and MS/MS data from stable isotope labeling experiments
安定同位体標識実験からのMSおよびMS / MSデータにおける天然同位体存在量およびトレーサ純度の補正

1024. metabolomicsWorkbenchR
Metabolomics Workbench in R
メタボロミクスワークベンチ

1025. metaSeq
Meta-analysis of RNA-Seq count data in multiple studies
複数の研究におけるRNA-Seqカウントデータのメタ分析

1026. MethReg
Assessing the regulatory potential of DNA methylation regions or sites on gene transcription
遺伝子転写におけるDNAメチル化領域または部位の調節能の評価

1027. MineICA
Analysis of an ICA decomposition obtained on genomics data
ゲノミクスデータから得られたICA分解の分析

1028. miRNApath
miRNApath: Pathway Enrichment for miRNA Expression Data
miRNApath：miRNA発現データのための経路濃縮

1029. MsBackendMsp
Mass Spectrometry Data Backend for NIST msp Files
NIST mspファイル用質量分析データバックエンド

1030. parody
Parametric And Resistant Outlier DYtection
パラメトリックで抵抗性の異常値検出

1031. PERFect
Permutation filtration for microbiome data
ミクロビオームデータの順列フィルタリング

1032. PloGO2
Plot Gene Ontology and KEGG pathway Annotation and Abundance
遺伝子オントロジーとKEGG経路のアノテーションと豊富さのプロット

1033. qckitfastq
FASTQ Quality Control
FASTQ品質管理

1034. scHOT
single-cell higher order testing
単細胞高次試験

1035. snapCGH
Segmentation, normalisation and processing of aCGH data.
aCGHデータのセグメンテーション、正規化および処理

1036. SPEM
S-system parameter estimation method
Sシステムパラメータ推定法

1037. splineTimeR
Time-course differential gene expression data analysis using spline regression models followed by gene association network reconstruction
スプライン回帰モデルとそれに続く遺伝子関連ネットワーク再構築を用いた経時的微分遺伝子発現データ解析

1038. TargetSearch
A package for the analysis of GC-MS metabolite profiling data
GC ‐ MS代謝産物プロファイリングデータの分析のためのパッケージ

1039. TMixClust
Time Series Clustering of Gene Expression with Gaussian Mixed-Effects Models and Smoothing Splines
ガウス混合効果モデルと平滑化スプラインを用いた遺伝子発現の時系列クラスタリング

1040. anota2seq
Generally applicable transcriptome-wide analysis of translational efficiency using anota2seq
anota2seqを用いた、トランスクリプトームワイドな翻訳効率の解析

1041. beadarraySNP
Normalization and reporting of Illumina SNP bead arrays
Illumina SNPビーズアレイの正規化と報告

1042. ChromHeatMap
Heat map plotting by genome coordinate
ゲノム座標によるヒートマッププロット

1043. COHCAP
CpG Island Analysis Pipeline for Illumina Methylation Array and Targeted BS-Seq Data
イルミナメチル化アレイ用CpGアイランド分析パイプラインとターゲットBS-Seqデータ

1044. CSSP
ChIP-Seq Statistical Power
ChIP-Seq統計パワー

1045. daMA
Efficient design and analysis of factorial two-colour microarray data
階乗2色マイクロアレイデータの効率的設計と解析

1046. limmaGUI
GUI for limma Package With Two Color Microarrays
2色マイクロアレイを用いたlimmaパッケージ用のGUI

1047. methimpute
Imputation-guided re-construction of complete methylomes from WGBS data
WGBSデータからの完全メチロームの補完誘導再構築

1048. moanin
An R Package for Time Course RNASeq Data Analysis
タイムコースRNASeqデータ解析のためのRパッケージ

1049. msImpute
Imputation of label-free mass spectrometry peptides
ラベルフリー質量分析ペプチドのインピュテーション

1050. MVCClass
Model-View-Controller (MVC) Classes
Model-View-Controller（MVC）クラス

1051. NuPoP
An R package for nucleosome positioning prediction
ヌクレオソーム位置決め予測のためのRパッケージ

1052. OSAT
OSAT: Optimal Sample Assignment Tool
OSAT：最適サンプル割当ツール

1053. PhyloProfile
PhyloProfile
PhyloProfile

1054. RBioinf
RBioinf
RBioinf

1055. rbsurv
Robust likelihood-based survival modeling with microarray data
マイクロアレイデータを用いたロバストな尤度ベース生存モデル

1056. rnaseqcomp
Benchmarks for RNA-seq Quantification Pipelines
RNAシーケンス定量パイプラインのベンチマーク

1057. SAIGEgds
Scalable Implementation of Generalized mixed models using GDS files in PheWAS
PheWASのGDSファイルを使用した一般化混合モデルのスケーラブルな実装

1058. sizepower
Sample Size and Power Calculation in Micorarray Studies
Micorarray研究における標本サイズと検出力の計算

1059. SwathXtend
SWATH extended library generation and statistical data analysis
SWATH拡張ライブラリー生成と統計データ分析

1060. TFEA.ChIP
Analyze Transcription Factor Enrichment
転写因子濃縮を分析する

1061. adSplit
Annotation-Driven Clustering
アノテーション駆動型クラスタリング

1062. bigmelon
Illumina methylation array analysis for large experiments
大規模実験のためのイルミナメチル化アレイ分析

1063. bioCancer
Interactive Multi-Omics Cancers Data Visualization and Analysis
対話型マルチオミックスキャンセラによるデータの可視化と分析

1064. BloodGen3Module
This R package for performing module repertoire analyses and generating fingerprint representations
モジュールのレパートリー分析を行い、フィンガープリント表現を生成するためのRパッケージです

1065. CHRONOS
CHRONOS: A time-varying method for microRNA-mediated sub-pathway enrichment analysis
CHRONOS：マイクロRNA媒介サブ経路濃縮分析のための時変法

1066. coGPS
cancer outlier Gene Profile Sets
癌異常値遺伝子プロファイルセット

1067. compEpiTools
Tools for computational epigenomics
計算エピゲノミクスのためのツール

1068. DriverNet
Drivernet: uncovering somatic driver mutations modulating transcriptional networks in cancer
Drivernet：癌における転写ネットワークを調節する体細胞ドライバー変異の発見

1069. EventPointer
An effective identification of alternative splicing events using junction arrays and RNA-Seq data
ジャンクションアレイとRNA ‐ Seqデータを用いたオルタナティブスプライシング事象の効果的同定

1070. garfield
GWAS Analysis of Regulatory or Functional Information Enrichment with LD correction
LD補正による規制または機能情報強化のGWAS分析

1071. InterMineR
R Interface with InterMine-Powered Databases
InterMine搭載データベースとのRインタフェース

1072. mdqc
Mahalanobis Distance Quality Control for microarrays
マイクロアレイのためのマハラノビス距離品質管理

1073. miRspongeR
Identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules
miRNAスポンジ相互作用ネットワークとモジュールの同定と分析

1074. NanoTube
An Easy Pipeline for NanoString nCounter Data Analysis
NanoString nCounterデータ解析のための簡単なパイプライン

1075. Oscope
Oscope – A statistical pipeline for identifying oscillatory genes in unsynchronized single cell RNA-seq
Oscope – 非同期単一細胞RNA配列における振動遺伝子を同定するための統計的パイプライン

1076. qsmooth
Smooth quantile normalization
滑らかな分位点正規化

1077. REMP
Repetitive Element Methylation Prediction
反復要素メチル化予測

1078. SCANVIS
SCANVIS – a tool for SCoring, ANnotating and VISualizing splice junctions
SCANVIS-スプライスジャンクションのスコアリング、注釈付け、視覚化のためのツール

1079. TEQC
Quality control for target capture experiments
標的捕捉実験のための品質管理

1080. tRNAscanImport
Importing a tRNAscan-SE result file as GRanges object
tRNAscan-SE結果ファイルをGRangesオブジェクトとしてインポートする

1081. weaver
Tools and extensions for processing Sweave documents
Sweave文書を処理するためのツールと拡張

1082. ADAM
ADAM: Activity and Diversity Analysis Module
ADAM：活動および多様性分析モジュール

1083. affyContam
structured corruption of affymetrix cel file data
affymetrix celファイルデータの構造化された破損

1084. AffyRNADegradation
Analyze and correct probe positional bias in microarray data due to RNA degradation
RNA分解によるマイクロアレイデータ中のプローブ位置の偏りの分析と修正

1085. aggregateBioVar
Differential Gene Expression Analysis for Multi-subject scRNA-seq
マルチサブジェクトscRNA-seqのための差分遺伝子発現解析

1086. ARRmNormalization
Adaptive Robust Regression normalization for Illumina methylation data
Illuminaメチル化データのための適応ロバスト回帰正規化

1087. atSNP
Affinity test for identifying regulatory SNPs
調節性SNPを同定するための親和性試験

1088. basecallQC
Working with Illumina Basecalling and Demultiplexing input and output files
Illumina BasecallingおよびDemultiplexingの入力ファイルと出力ファイルの操作

1089. biscuiteer
Convenience Functions for Biscuit
ビスケットの便利な機能

1090. cisPath
Visualization and management of the protein-protein interaction networks.
蛋白質 – 蛋白質相互作用ネットワークの可視化と管理

1091. Clonality
Clonality testing
クローン性テスト

1092. clst
Classification by local similarity threshold
局所類似度しきい値による分類

1093. codelink
Manipulation of Codelink microarray data
Codelinkマイクロアレイデータの操作

1094. COSNet
Cost Sensitive Network for node label prediction on graphs with highly unbalanced labelings
非常に不均衡なラベル付けを用いたグラフ上のノードラベル予測のためのコストに敏感なネットワーク

1095. debCAM
Deconvolution by Convex Analysis of Mixtures
混合物の凸解析によるデコンボリューション

1096. DTA
Dynamic Transcriptome Analysis
動的トランスクリプトーム解析

1097. fdrame
FDR adjustments of Microarray Experiments (FDR-AME)
マイクロアレイ実験のFDR調整（FDR-AME）

1098. getDEE2
Programmatic access to the DEE2 RNA expression dataset
DEE2 RNA発現データセットへのプログラムによるアクセス

1099. idpr
Profiling and Analyzing Intrinsically Disordered Proteins in R
Rの本質的に乱れたタンパク質のプロファイリングと解析

1100. IVAS
Identification of genetic Variants affecting Alternative Splicing
オルタナティブスプライシングに影響を及ぼす遺伝的変異体の同定

1101. les
Identifying Differential Effects in Tiling Microarray Data
タイリングマイクロアレイデータにおける差異的効果の同定

1102. MassArray
Analytical Tools for MassArray Data
MassArrayデータ用の解析ツール

1103. MatrixQCvis
Shiny-based interactive data-quality exploration for omics data
Shinyをベースにした、オミックスデータのための対話的なデータ品質の調査

1104. MethylAid
Visual and interactive quality control of large Illumina DNA Methylation array data sets
大規模なイルミナDNAメチル化アレイデータセットの視覚的およびインタラクティブな品質管理

1105. MSA2dist
MSA2dist calculates pairwise distances between all sequences of a DNAStringSet or a AAStringSet using a custom score matrix and conducts codon based analysis
MSA2distは、DNAStringSetまたはAAStringSetの全配列間のペアワイズ距離をカスタムスコア行列を用いて計算し、コドンベースの解析を行う。

1106. mumosa
Multi-Modal Single-Cell Analysis Methods
マルチモーダルシングルセル解析手法

1107. musicatk
Mutational Signature Comprehensive Analysis Toolkit
変異シグネチャ包括的解析ツールキット

1108. nullranges
Generation of null ranges via bootstrapping or covariate matching
ブートストラッピングや共変量マッチングによるヌルレンジの生成

1109. OncoSimulR
Forward Genetic Simulation of Cancer Progression with Epistasis
エピスタシスを伴う癌進行の順方向遺伝的シミュレーション

1110. openPrimeRui
Shiny Application for Multiplex PCR Primer Design and Analysis
マルチプレックスPCRプライマー設計と解析のための光沢のあるアプリケーション

1111. qcmetrics
A Framework for Quality Control
品質管理のための枠組み

1112. RLassoCox
A reweighted Lasso-Cox by integrating gene interaction information
遺伝子相互作用情報の統合による再重み付けLasso-Cox

1113. rTRM
Identification of transcriptional regulatory modules from PPI networks
PPIネットワークからの転写調節モジュールの同定

1114. seqsetvis
Set Based Visualizations for Next-Gen Sequencing Data
次世代シーケンスデータのための集合ベースの可視化

1115. snapcount
R/Bioconductor Package for interfacing with Snaptron for rapid querying of expression counts
R/Bioconductor 発現数の迅速なクエリを行うためのSnaptronとのインターフェースのためのパッケージ

1116. tscR
A time series clustering package combining slope and Frechet distances
傾きとフレッシェ距離を組み合わせた時系列クラスタリングパッケージ

1117. abseqR
Reporting and data analysis functionalities for Rep-Seq datasets of antibody libraries
抗体ライブラリーのRep-Seqデータセットのための報告およびデータ分析機能

1118. apComplex
Estimate protein complex membership using AP-MS protein data
AP-MSタンパク質データを使用したタンパク質複合体メンバーシップの推定

1119. BDMMAcorrect
Meta-analysis for the metagenomic read counts data from different cohorts
メタゲノム読みのメタ分析は異なるコホートからのデータを数える

1120. bgx
Bayesian Gene eXpression
ベイジアン遺伝子発現

1121. biobtreeR
Using biobtree tool from R
Rからのバイオツリーツールの使用

1122. canceR
A Graphical User Interface for accessing and modeling the Cancer Genomics Data of MSKCC
MSKCCの癌ゲノムデータにアクセスしモデリングするためのグラフィカルユーザインタフェース

1123. CellaRepertorium
Data structures, clustering and testing for single cell immune receptor repertoires (scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)
単細胞免疫受容体レパートリーのデータ構造、クラスタリング、テスト(scRNAseq RepSeq/AIRR-seq)

1124. clustComp
Clustering Comparison Package
クラスタリング比較パッケージ

1125. CNAnorm
A normalization method for Copy Number Aberration in cancer samples
癌試料におけるコピー数異常の正規化法

1126. CNVgears
A Framework of Functions to Combine, Analize and Interpret CNVs Calling Results
CNVs Callingの結果を組み合わせ、分析し、解釈するための関数のフレームワーク

1127. consensusOV
Gene expression-based subtype classification for high-grade serous ovarian cancer
高悪性度漿液性卵巣癌に対する遺伝子発現に基づくサブタイプ分類

1128. CytoGLMM
Conditional Differential Analysis for Flow and Mass Cytometry Experiments
フローサイトメトリーおよびマスサイトメトリー実験のための条件付き差分解析

1129. drugTargetInteractions
Drug-Target Interactions
薬物-標的相互作用

1130. fastreeR
Phylogenetic, Distance and Other Calculations on VCF and Fasta Files
VCFおよびFastaファイルに対する系統、距離およびその他の計算

1131. GAprediction
Prediction of gestational age with Illumina HumanMethylation450 data
Illumina HumanMethilation450データを用いた妊娠期間の予測

1132. GeneBreak
Gene Break Detection
遺伝子破壊検出

1133. GeneSelectMMD
Gene selection based on the marginal distributions of gene profiles that characterized by a mixture of three-component multivariate distributions
三成分多変量分布の混合を特徴とする遺伝子プロファイルの周辺分布に基づく遺伝子選択

1134. GEOfastq
Downloads ENA Fastqs With GEO Accessions
GEO Accessionを含むENA Fastqsのダウンロード

1135. globalSeq
Global Test for Counts
カウントのグローバルテスト

1136. GOTHiC
Binomial test for Hi-C data analysis
Hi-Cデータ解析のための二項検定

1137. HDTD
Statistical Inference about the Mean Matrix and the Covariance Matrices in High-Dimensional Transposable Data (HDTD)
高次元転置データ（HDTD）における平均行列と共分散行列に関する統計的推論

1138. isomiRs
Analyze isomiRs and miRNAs from small RNA-seq
small RNA-seqからisomiRとmiRNAを分析

1139. LOBSTAHS
Lipid and Oxylipin Biomarker Screening through Adduct Hierarchy Sequences
付加物階層配列による脂質およびオキシリピンバイオマーカースクリーニング

1140. miRNAmeConverter
Convert miRNA Names to Different miRBase Versions
miRNA名を異なるmiRBaseバージョンに変換する

1141. MOMA
Multi Omic Master Regulator Analysis
マルチオミックマスターレギュレータ解析

1142. multiOmicsViz
Plot the effect of one omics data on other omics data along the chromosome
染色体に沿って、あるオミックスデータの他のオミックスデータへの影響をプロットする

1143. PathNet
An R package for pathway analysis using topological information
位相情報を用いた経路解析のためのRパッケージ

1144. PECA
Probe-level Expression Change Averaging
プローブレベルの発現変化の平均化

1145. pepXMLTab
Parsing pepXML files and filter based on peptide FDR.
pepXMLファイルの解析とペプチドFDRに基づくフィルタ。

1146. pkgDepTools
Package Dependency Tools
パッケージ依存関係ツール

1147. pwrEWAS
A user-friendly tool for comprehensive power estimation for epigenome wide association studies (EWAS)
エピゲノムワイド関連研究（EWAS）の包括的パワー推定のためのユーザーフレンドリーなツール

1148. rhdf5client
Access HDF5 content from h5serv
h5servからHDF5コンテンツにアクセスする

1149. riboSeqR
Analysis of sequencing data from ribosome profiling experiments
リボソームプロファイリング実験からの配列決定データの分析

1150. RTNsurvival
Survival analysis using transcriptional networks inferred by the RTN package
RTNパッケージにより推論される転写ネットワークを用いた生存分析

1151. scmeth
Functions to conduct quality control analysis in methylation data
メチル化データの品質管理分析を行う機能

1152. seqbias
Estimation of per-position bias in high-throughput sequencing data
ハイスループット配列決定データにおける位置ごとの偏りの推定

1153. similaRpeak
Metrics to estimate a level of similarity between two ChIP-Seq profiles
2つのChIP-Seqプロファイル間の類似性レベルを推定するためのメトリック

1154. sincell
R package for the statistical assessment of cell state hierarchies from single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データからの細胞状態階層の統計的評価のためのRパッケージ

1155. SLqPCR
Functions for analysis of real-time quantitative PCR data at SIRS-Lab GmbH
SIRS-Lab GmbHのリアルタイム定量PCRデータ解析機能

1156. specL
specL – Prepare Peptide Spectrum Matches for Use in Targeted Proteomics
specL – ターゲットプロテオミクスで使用するためのペプチドスペクトルマッチの準備

1157. AMARETTO
Regulatory Network Inference and Driver Gene Evaluation using Integrative Multi-Omics Analysis and Penalized Regression
統合マルチオミックス解析とペナルティ回帰を用いた規制ネットワーク推論とドライバー遺伝子評価

1158. Anaquin
Statistical analysis of sequins
スパンコールの統計解析

1159. ANF
Affinity Network Fusion for Complex Patient Clustering
複雑な患者クラスタリングのための親和性ネットワーク融合

1160. ASURAT
Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data
単一細胞データのための機能アノテーション駆動型教師なしクラスタリング

1161. atena
Analysis of Transposable Elements
転移性元素の解析

1162. AWFisher
An R package for fast computing for adaptively weighted fisher’s method
適応的に重み付けされたフィッシャーの方法のための高速計算のためのRパッケージ

1163. ChromSCape
Analysis of single-cell epigenomics datasets with a Shiny App
Shinyアプリを用いた単細胞エピゲノミクスデータセットの解析

1164. CINdex
Chromosome Instability Index
染色体不安定性指数

1165. clstutils
Tools for performing taxonomic assignment.
分類割り当てを実行するためのツール。

1166. ClusterJudge
Judging Quality of Clustering Methods using Mutual Information
相互情報量を用いたクラスタリング手法の品質判定

1167. CNORfeeder
Integration of CellNOptR to add missing links
足りないリンクを追加するためのCellNOptRの統合

1168. CNVfilteR
Identifies false positives of CNV calling tools by using SNV calls
SNV呼び出しを使用して、CNV呼び出しツールの誤検知を識別します

1169. CNVPanelizer
Reliable CNV detection in targeted sequencing applications
標的シークエンシング用途における信頼できるCNV検出

1170. DelayedDataFrame
Delayed operation on DataFrame using standard DataFrame metaphor
標準のDataFrameメタファーを使用したDataFrameの遅延操作

1171. DeMAND
DeMAND
デマンド

1172. doppelgangR
Identify likely duplicate samples from genomic or meta-data
ゲノムデータまたはメタデータから重複する可能性のあるサンプルを特定する

1173. epivizrStandalone
Run Epiviz Interactive Genomic Data Visualization App within R
R内でEpiviz Interactiveのゲノムデータ可視化アプリケーションを実行する

1174. fCI
f-divergence Cutoff Index for Differential Expression Analysis in Transcriptomics and Proteomics
トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスにおける示差発現分析のためのf発散カットオフ指数

1175. flowMap
Mapping cell populations in flow cytometry data for cross-sample comparisons using the Friedman-Rafsky Test
Friedman-Rafsky検定を用いたクロスサンプル比較のためのフローサイトメトリーデータにおける細胞集団のマッピング

1176. flowSpecs
Tools for processing of high-dimensional cytometry data
高次元のサイトメトリーデータを処理するためのツール

1177. gcatest
Genotype Conditional Association TEST
遺伝子型条件付き関連テスト

1178. GEM
GEM: fast association study for the interplay of Gene, Environment and Methylation
GEM：遺伝子、環境およびメチル化の相互作用に関する高速連想研究

1179. GeneExpressionSignature
Gene Expression Signature based Similarity Metric
遺伝子発現シグネチャに基づく類似性計量

1180. genoCN
genotyping and copy number study tools
ジェノタイピングおよびコピー数調査ツール

1181. graper
Adaptive penalization in high-dimensional regression and classification with external covariates using variational Bayes
変分ベイズを用いた外部共変量による高次元回帰と分類における適応ペナルティ化

1182. GRENITS
Gene Regulatory Network Inference Using Time Series
時系列を用いた遺伝子制御ネットワークの推論

1183. hierGWAS
Asessing statistical significance in predictive GWA studies
予測GWA研究における統計的有意性の評価

1184. hiReadsProcessor
Functions to process LM-PCR reads from 454/Illumina data
454 / IlluminaのデータからLM-PCR読み取りを処理する機能

1185. intansv
Integrative analysis of structural variations
構造変化の統合分析

1186. ISAnalytics
Analyze gene therapy vector insertion sites data identified from genomics next generation sequencing reads for clonal tracking studies
ゲノミクス次世代シークエンシングリードから特定された遺伝子治療ベクター挿入部位のデータを解析して、クローン追跡研究に役立てる

1187. lionessR
Modeling networks for individual samples using LIONESS
LIONESSを使用した個々のサンプルのネットワークのモデリング

1188. mdp
Molecular Degree of Perturbation calculates scores for transcriptome data samples based on their perturbation from controls
分子摂動度は、コントロールからの摂動に基づいてトランスクリプトームデータサンプルのスコアを計算します。

1189. MetaCyto
MetaCyto: A package for meta-analysis of cytometry data
MetaCyto：サイトメトリーデータのメタ分析のためのパッケージ

1190. metapone
Conducts pathway test of metabolomics data using a weighted permutation test
メタボロミクスデータのパスウェイ検定を加重順列検定を用いて行う

1191. PAA
PAA (Protein Array Analyzer)
PAA（プロテインアレイアナライザー）

1192. Path2PPI
Prediction of pathway-related protein-protein interaction networks
経路関連タンパク質 – タンパク質相互作用ネットワークの予測

1193. peakPantheR
Peak Picking and Annotation of High Resolution Experiments
高解像度実験のピーク選択と注釈付け

1194. Pviz
Peptide Annotation and Data Visualization using Gviz
Gvizを用いたペプチドアノテーションとデータの可視化

1195. qPLEXanalyzer
Tools for qPLEX-RIME data analysis
qPLEX-RIMEデータ解析用ツール

1196. scruff
Single Cell RNA-Seq UMI Filtering Facilitator (scruff)
シングルセルRNA-Seq UMIフィルタリング促進剤（scruff）

1197. scTensor
Detection of cell-cell interaction from single-cell RNA-seq dataset by tensor decomposition
テンソル分解による単一細胞RNAシーケンスデータセットからの細胞間相互作用の検出

1198. TargetScore
TargetScore: Infer microRNA targets using microRNA-overexpression data and sequence information
TargetScore：マイクロRNA過剰発現データおよび配列情報を用いたマイクロRNA標的の推論

1199. transcriptogramer
Transcriptional analysis based on transcriptograms
トランスクリプトグラムに基づく転写分析

1200. ADAMgui
Activity and Diversity Analysis Module Graphical User Interface
活動および多様性分析モジュールのグラフィカルユーザーインターフェース

1201. Basic4Cseq
Basic4Cseq: an R/Bioconductor package for analyzing 4C-seq data
Basic 4 C seq：4 C配列データを分析するためのR / Bioconductorパッケージ

1202. BGmix
Bayesian models for differential gene expression
示差的遺伝子発現のためのベイズモデル

1203. BPRMeth
Model higher-order methylation profiles
高次メチル化プロファイルのモデル化

1204. cTRAP
Identification of candidate causal perturbations from differential gene expression data
示差的遺伝子発現データからの候補原因摂動の同定

1205. DeepBlueR
DeepBlueR
DeepBlueR

1206. DEWSeq
Differential Expressed Windows Based on Negative Binomial Distribution
負の二項分布に基づく差分表現ウィンドウ

1207. diggit
Inference of Genetic Variants Driving Cellular Phenotypes
細胞表現型を駆動する遺伝的変異体の推論

1208. ggmanh
Visualization Tool for GWAS Result
GWAS結果の可視化ツール

1209. GGPA
graph-GPA: A graphical model for prioritizing GWAS results and investigating pleiotropic architecture
graph-GPA: GWASの結果の優先順位付けと多面的アーキテクチャの調査のためのグラフモデル

1210. GRaNIE
GRaNIE: Reconstruction cell type specific gene regulatory networks including enhancers using chromatin accessibility and RNA-seq data
GRaNIE: クロマチンアクセシビリティとRNA-seqデータを用いたエンハンサーを含む細胞種特異的な遺伝子制御ネットワークの再構築

1211. ibh
Interaction Based Homogeneity for Evaluating Gene Lists
遺伝子リストを評価するための相互作用に基づく均一性

1212. idr2d
Irreproducible Discovery Rate for Genomic Interactions Data
ゲノム相互作用データの再現性のない発見率

1213. IMMAN
Interlog protein network reconstruction by Mapping and Mining ANalysis
マッピングおよびマイニング分析によるインターログタンパク質ネットワーク再構築

1214. INSPEcT
Analysis of 4sU-seq and RNA-seq time-course data
4sU-seqおよびRNA-seqタイムコースデータの解析

1215. KEGGlincs
Visualize all edges within a KEGG pathway and overlay LINCS data
KEGG経路内のすべてのエッジを可視化してLINCSデータをオーバーレイする

1216. KnowSeq
A R package to extract knowledge by using RNA-seq raw files
RNA-seq rawファイルを使用して知識を抽出するRパッケージ

1217. ldblock
data structures for linkage disequilibrium measures in populations
集団における連鎖不均衡測度のためのデータ構造

1218. maCorrPlot
Visualize artificial correlation in microarray data
マイクロアレイデータ中の人工的な相関関係を可視化する

1219. maigesPack
Functions to handle cDNA microarray data, including several methods of data analysis
データ解析のいくつかの方法を含むcDNAマイクロアレイデータを扱うための機能

1220. methylInheritance
Permutation-Based Analysis associating Conserved Differentially Methylated Elements Across Multiple Generations to a Treatment Effect
複数世代にわたる保存された差別的にメチル化された要素を治療効果に関連付ける順列に基づく分析

1221. MetNet
Inferring metabolic networks from untargeted high-resolution mass spectrometry data
非標的高分解能質量分析データからの代謝ネットワークの推論

1222. mirTarRnaSeq
mirTarRnaSeq
mirTarRnaSeq

1223. MODA
MODA: MOdule Differential Analysis for weighted gene co-expression network
MODA：加重遺伝子共発現ネットワークのための分子差分解析

1224. MoonlightR
Identify oncogenes and tumor suppressor genes from omics data
オミックスデータから癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子を同定する

1225. MultiBaC
Multiomic Batch effect Correction
マルチミックバッチ効果補正

1226. MultiMed
Testing multiple biological mediators simultaneously
複数の生物学的メディエータを同時にテストする

1227. nnSVG
Scalable identification of spatially variable genes in spatially-resolved transcriptomics data
空間分解されたトランスクリプトームデータから空間的に変化する遺伝子をスケーラブルに同定することができます。

1228. PCAN
Phenotype Consensus ANalysis (PCAN)
表現型コンセンサス分析（PCAN）

1229. proActiv
Estimate Promoter Activity from RNA-Seq data
RNA-Seqデータからプロモーター活性を推定する

1230. RBM
RBM: a R package for microarray and RNA-Seq data analysis
RBM：マイクロアレイおよびRNA-Seqデータ解析用のRパッケージ

1231. roar
Identify differential APA usage from RNA-seq alignments
RNA-seqアライメントからのAPA使用量の差を特定する

1232. RTNduals
Analysis of co-regulation and inference of ‘dual regulons’
「二重レギュロン」の共調節と推論の分析

1233. RUVcorr
Removal of unwanted variation for gene-gene correlations and related analysis
遺伝子間相関および関連分析のための不要な変異の除去

1234. RUVnormalize
RUV for normalization of expression array data
式配列データの正規化のためのRUV

1235. shinyepico
ShinyÉPICo
シャイニー・エピコ

1236. survtype
Subtype Identification with Survival Data
生存データによるサブタイプの識別

1237. SynExtend
Tools for Working With Synteny Objects
シンテニーオブジェクトを扱うためのツール

1238. ttgsea
Tokenizing Text of Gene Set Enrichment Analysis
遺伝子セットエンリッチメント解析のテキストのトークン化

1239. ADaCGH2
Analysis of big data from aCGH experiments using parallel computing and ff objects
並列計算とffオブジェクトを用いたaCGH実験からのビッグデータの解析

1240. AGDEX
Agreement of Differential Expression Analysis
差次的発現分析の合意

1241. ASAFE
Ancestry Specific Allele Frequency Estimation
祖先特異的対立遺伝子頻度推定

1242. attract
Methods to Find the Gene Expression Modules that Represent the Drivers of Kauffman’s Attractor Landscape
カウフマンのアトラクタランドスケープのドライバを表す遺伝子発現モジュールを見つける方法

1243. BaalChIP
BaalChIP: Bayesian analysis of allele-specific transcription factor binding in cancer genomes
BaalChIP：癌ゲノムにおける対立遺伝子特異的転写因子結合のベイズ分析

1244. BiocDockerManager
Access Bioconductor docker images
Bioconductor の docker イメージにアクセスする

1245. BufferedMatrixMethods
Microarray Data related methods that utlize BufferedMatrix objects
BufferedMatrixオブジェクトを利用したマイクロアレイデータ関連メソッド

1246. calm
Covariate Assisted Large-scale Multiple testing
共変量支援大規模複数テスト

1247. casper
Characterization of Alternative Splicing based on Paired-End Reads
ペアエンドリードに基づくオルタナティブスプライシングの特性化

1248. cellscape
Explores single cell copy number profiles in the context of a single cell tree
シングルセルツリーのコンテキストでシングルセルコピー数プロファイルを調べます

1249. CONSTANd
Data normalization by matrix raking
マトリックスレーキングによるデータの正規化

1250. DelayedRandomArray
Delayed Arrays of Random Values
ランダム値の遅延配列

1251. demuxmix
Demultiplexing oligo-barcoded scRNA-seq data using regression mixture models
回帰混合モデルを用いたオリゴバーコードscRNA-seqデータの多重化解除

1252. EpiTxDb
Storing and accessing epitranscriptomic information using the AnnotationDbi interface
AnnotationDbiインターフェースを使用したエピトランスクリプトーム情報の保存とアクセス

1253. gCrisprTools
Suite of Functions for Pooled Crispr Screen QC and Analysis
プールされたCrisprスクリーンQCと分析のための機能一式

1254. gemini
GEMINI: Variational inference approach to infer genetic interactions from pairwise CRISPR screens
GEMINI：ペアワイズCRISPRスクリーンから遺伝的相互作用を推測する変分推論アプローチ

1255. genArise
Microarray Analysis tool
マイクロアレイ解析ツール

1256. GenomicSuperSignature
Interpretation of RNA-seq experiments through robust, efficient comparison to public databases
パブリックデータベースとの比較によるRNA-seq実験の解釈

1257. GmicR
Combines WGCNA and xCell readouts with bayesian network learrning to generate a Gene-Module Immune-Cell network (GMIC)
WGCNAおよびxCell読み取り値とベイジアンネットワーク学習を組み合わせて、Gene-Module Immune-Cellネットワーク（GMIC）を生成します

1258. GWAS.BAYES
GWAS for Selfing Species
種の自己増殖のためのGWAS

1259. iGC
An integrated analysis package of Gene expression and Copy number alteration
遺伝子発現とコピー数改変の統合分析パッケージ

1260. INPower
An R package for computing the number of susceptibility SNPs
磁化率SNPの数を計算するためのRパッケージ

1261. iPAC
Identification of Protein Amino acid Clustering
タンパク質アミノ酸クラスタリングの同定

1262. iSeq
Bayesian Hierarchical Modeling of ChIP-seq Data Through Hidden Ising Models
隠れイジングモデルによるChIP ‐ seqデータのベイジアン階層モデリング

1263. iterativeBMA
The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) algorithm
反復ベイズモデル平均化（BMA）アルゴリズム

1264. lmdme
Linear Model decomposition for Designed Multivariate Experiments
設計された多変量実験のための線形モデル分解

1265. LRBaseDbi
DBI to construct LRBase-related package
LRBase関連パッケージを構築するためのDBI

1266. metahdep
Hierarchical Dependence in Meta-Analysis
メタ分析における階層的依存

1267. PhIPData
Container for PhIP-Seq Experiments
PhIP-Seq実験用コンテナ

1268. plotGrouper
Shiny app GUI wrapper for ggplot with built-in statistical analysis
統計解析を内蔵したggplot用の光沢のあるアプリGUIラッパー

1269. podkat
Position-Dependent Kernel Association Test
位置依存カーネルアソシエーションテスト

1270. QuartPAC
Identification of mutational clusters in protein quaternary structures.
蛋白質四次構造における突然変異クラスターの同定

1271. rgoslin
Lipid Shorthand Name Parsing and Normalization
脂質略号のパースと正規化

1272. Risa
Converting experimental metadata from ISA-tab into Bioconductor data structures
実験的メタデータをISAタブからBioconductorデータ構造に変換する

1273. RITAN
Rapid Integration of Term Annotation and Network resources
用語注釈とネットワークリソースの迅速な統合

1274. sights
Statistics and dIagnostic Graphs for HTS
HTSの統計と診断グラフ

1275. SparseSignatures
SparseSignatures
スパースシグネチャ

1276. ssrch
a simple search engine
単純な検索エンジン

1277. tanggle
Visualization of Phylogenetic Networks
系統樹ネットワークの視覚化

1278. TAPseq
Targeted scRNA-seq primer design for TAP-seq
TAP-seqのためのターゲット化されたscRNA-seqプライマー設計

1279. TBSignatureProfiler
Profile RA-Seq Data Using TB Pathway Signatures
TBパスウェイシグネチャを用いたRA-Seqデータのプロファイル

1280. VariantFiltering
Filtering of coding and non-coding genetic variants
コーディングおよび非コーディングの遺伝的変異体のフィルタリング

1281. veloviz
VeloViz: RNA-velocity informed 2D embeddings for visualizing cell state trajectories
VeloViz: 細胞の状態を可視化するためのRNA速度情報付き2Dエンベッディング

1282. waddR
Statistical Test for Detecting Differential Distributions Based on the Wasserstein Metric
Wassersteinメトリックに基づく微分分布を検出するための統計的検定

1283. adductomicsR
Processing of adductomic mass spectral datasets
付加体質量スペクトルデータセットの処理

1284. affyILM
Linear Model of background subtraction and the Langmuir isotherm
バックグラウンド減算の線形モデルとLangmuir等温式

1285. APL
Association Plots
アソシエーションプロット

1286. autonomics
Generifying and intuifying cross-platform omics analysis
クロスプラットフォームのオミックス解析の生成と直観化

1287. BadRegionFinder
BadRegionFinder: an R/Bioconductor package for identifying regions with bad coverage
BadRegionFinder：カバレッジの悪い地域を特定するためのR / Bioconductorパッケージ

1288. banocc
Bayesian ANalysis Of Compositional Covariance
組成共分散のベイズ分析

1289. BasicSTARRseq
Basic peak calling on STARR-seq data
STARR-seqデータに対する基本ピーク呼び出し

1290. bcSeq
Fast Sequence Mapping in High-Throughput shRNA and CRISPR Screens
ハイスループットshRNAおよびCRISPRスクリーニングにおける高速シーケンスマッピング

1291. BgeeCall
Automatic RNA-Seq present/absent gene expression calls generation
自動遺伝子発現用のRパッケージであるBgeeCallは世代を呼ぶ

1292. BiGGR
Constraint based modeling in R using metabolic reconstruction databases
代謝再構成データベースを用いたRにおける制約ベースモデリング

1293. blacksheepr
Outlier Analysis for pairwise differential comparison
ペアワイズ差分比較の外れ値分析

1294. brendaDb
The BRENDA Enzyme Database
BRENDA酵素データベース

1295. BubbleTree
BubbleTree: an intuitive visualization to elucidate tumoral aneuploidy and clonality in somatic mosaicism using next generation sequencing data
BubbleTree：次世代シーケンシングデータを用いた体細胞モザイクにおける腫瘍異数性とクローン性を解明するための直感的可視化

1296. BUS
Gene network reconstruction
遺伝子ネットワーク再構築

1297. CellTrails
Reconstruction, visualization and analysis of branching trajectories
分岐軌跡の再構成、可視化および分析

1298. ChIPComp
Quantitative comparison of multiple ChIP-seq datasets
複数のChIP-seqデータセットの定量的比較

1299. ClusterSignificance
The ClusterSignificance package provides tools to assess if class clusters in dimensionality reduced data representations have a separation different from permuted data
ClusterSignificanceパッケージは、次元削減データ表現のクラスクラスタが置換データと異なる分離を持つかどうかを評価するためのツールを提供します。

1300. CNORdt
Add-on to CellNOptR: Discretized time treatments
CellNOptRへのアドオン：離散化時間処理

1301. CNORfuzzy
Addon to CellNOptR: Fuzzy Logic
CellNOptRへのアドオン：ファジィ論理

1302. COCOA
Coordinate Covariation Analysis
座標共変動分析

1303. consensus
Cross-platform consensus analysis of genomic measurements via interlaboratory testing method
実験室間試験法によるゲノム測定のクロスプラットフォームコンセンサス分析

1304. ctsGE
Clustering of Time Series Gene Expression data
時系列遺伝子発現データのクラスタリング

1305. DegNorm
DegNorm: degradation normalization for RNA-seq data
DegNorm: RNA-seqデータの分解正規化

1306. DIAlignR
Dynamic Programming Based Alignment of MS2 Chromatograms
動的プログラミングに基づくMS2クロマトグラムのアライメント

1307. EpiCompare
Comparison, Benchmarking & QC of Epigenetic Datasets
エピジェネティックデータセットの比較、ベンチマーク、QC

1308. FLAMES
FLAMES; Full Length Transcriptome Splicing and Mutation Analysis for Long-Read Data
FLAMES: 長時間読み取られたデータの完全長トランスクリプトームスプライシングおよび変異分析

1309. flowPlots
flowPlots: analysis plots and data class for gated flow cytometry data
flowPlots：ゲートフローサイトメトリーデータの解析プロットとデータクラス

1310. frmaTools
Frozen RMA Tools
冷凍RMAツール

1311. GA4GHclient
A Bioconductor package for accessing GA4GH API data servers
GA4GH APIデータサーバーにアクセスするためのBioconductorパッケージ

1312. gcapc
GC Aware Peak Caller
GC対応ピーク発信者

1313. GCSscore
GCSscore: an R package for microarray analysis for Affymetrix/Thermo Fisher arrays
GCSscore：Affymetrix / Thermo Fisherアレイのマイクロアレイ分析用Rパッケージ

1314. GIGSEA
Genotype Imputed Gene Set Enrichment Analysis
遺伝子型帰属遺伝子セット濃縮解析

1315. GOpro
Find the most characteristic gene ontology terms for groups of human genes
ヒト遺伝子群のための最も特徴的な遺伝子オントロジー用語を見つける

1316. goSTAG
A tool to use GO Subtrees to Tag and Annotate Genes within a set
GOサブツリーを使用してセット内の遺伝子にタグ付けおよび注釈を付けるためのツール

1317. GRridge
Better prediction by use of co-data: Adaptive group-regularized ridge regression
共データの使用によるより良い予測：適応型グループ正則化リッジ回帰

1318. gscreend
Analysis of pooled genetic screens
プールされた遺伝子スクリーニングの分析

1319. HIREewas
Detection of cell-type-specific risk-CpG sites in epigenome-wide association studies
エピゲノムワイド関連研究における細胞型特異的リスクCpG部位の検出

1320. idiogram
idiogram
熟語

1321. ISoLDE
Integrative Statistics of alleLe Dependent Expression
アレル依存性発現の統合統計

1322. iterativeBMAsurv
The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) Algorithm For Survival Analysis
生存分析のための反復ベイズモデル平均化（BMA）アルゴリズム

1323. martini
GWAS Incorporating Networks
GWASを組み込んだネットワーク

1324. miaSim
Microbiome Data Simulation
マイクロバイオームデータのシミュレーション

1325. MIMOSA
Mixture Models for Single-Cell Assays
シングルセルアッセイの混合モデル

1326. MPRAnalyze
Statistical Analysis of MPRA data
MPRAデータの統計解析

1327. MSPrep
Package for Summarizing, Filtering, Imputing, and Normalizing Metabolomics Data
メタボロミクスデータの要約、フィルタリング、インポート、正規化のためのパッケージ

1328. NCIgraph
Pathways from the NCI Pathways Database
NCI Pathwaysデータベースからの経路

1329. nethet
A bioconductor package for high-dimensional exploration of biological network heterogeneity
生物学的ネットワーク不均一性の高次元探査のためのバイオコンダクタパッケージ

1330. NewWave
Negative binomial model for scRNA-seq
scRNA-seqの負の二項モデル

1331. NoRCE
NoRCE: Noncoding RNA Sets Cis Annotation and Enrichment
NoRCE. ノンコーディングRNAセットのCisアノテーションとエンリッチメント

1332. nuCpos
An R package for prediction of nucleosome positions
ヌクレオソーム位置の予測のためのRパッケージ

1333. OLIN
Optimized local intensity-dependent normalisation of two-color microarrays
2色マイクロアレイの最適化局所強度依存正規化

1334. onlineFDR
Online FDR control
オンラインFDR管理

1335. OpenStats
A Robust and Scalable Software Package for Reproducible Analysis of High-Throughput genotype-phenotype association
ハイスループットな遺伝子型・フェノタイプ関連の再現性の高い解析のためのロバストでスケーラブルなソフトウェアパッケージ

1336. psygenet2r
psygenet2r – An R package for querying PsyGeNET and to perform comorbidity studies in psychiatric disorders
psygenet2r – PsyGeNETへの問い合わせと精神障害における共存症研究を行うためのRパッケージ

1337. R453Plus1Toolbox
A package for importing and analyzing data from Roche’s Genome Sequencer System
RocheのGenome Sequencer Systemからデータをインポートして分析するためのパッケージ

1338. randPack
Randomization routines for Clinical Trials
臨床試験の無作為化ルーチン

1339. RCyjs
Display and manipulate graphs in cytoscape.js
cytoscape.jsでグラフを表示および操作する

1340. RLMM
A Genotype Calling Algorithm for Affymetrix SNP Arrays
Affymetrix SNPアレイのための遺伝子型コーリングアルゴリズム

1341. RSVSim
RSVSim: an R/Bioconductor package for the simulation of structural variations
RSVSim：構造変化のシミュレーションのためのR / Bioconductorパッケージ

1342. Rtreemix
Rtreemix: Mutagenetic trees mixture models.
Rtreemix：変異原性木混合モデル

1343. SANTA
Spatial Analysis of Network Associations
ネットワークアソシエーションの空間分析

1344. SMAP
A Segmental Maximum A Posteriori Approach to Array-CGH Copy Number Profiling
アレイCGHコピー数プロファイリングへの部分最大事後アプローチ

1345. SNAGEE
Signal-to-Noise applied to Gene Expression Experiments
遺伝子発現実験に適用したSN比

1346. SpatialFeatureExperiment
Integrating SpatialExperiment with Simple Features in sf
sfのSpatialExperimentとSimple Featuresの統合

1347. spatialHeatmap
spatialHeatmap
空間ヒートマップ

1348. STATegRa
Classes and methods for multi-omics data integration
マルチオミックスデータ統合のためのクラスと方法

1349. Streamer
Enabling stream processing of large files
大きなファイルのストリーム処理を有効にする

1350. SWATH2stats
Transform and Filter SWATH Data for Statistical Packages
統計パッケージ用のSWATHデータの変換とフィルタリング

1351. topdownr
Investigation of Fragmentation Conditions in Top-Down Proteomics
トップダウンプロテオミクスにおける断片化条件の調査

1352. transcriptR
An Integrative Tool for ChIP- And RNA-Seq Based Primary Transcripts Detection and Quantification
ChIPおよびRNA ‐ Seqに基づく一次転写産物検出および定量化のための統合的ツール

1353. Trendy
Breakpoint analysis of time-course expression data
経時的発現データのブレークポイント解析

1354. tRNAdbImport
Importing from tRNAdb and mitotRNAdb as GRanges objects
GRangesオブジェクトとしてのtRNA dbおよびmitotRNA dbからのインポート

1355. wpm
Well Plate Maker
井戸プレートメーカー

1356. AnVILBilling
Provide functions to retrieve and report on usage expenses in NHGRI AnVIL (anvilproject.org).
NHGRI AnVIL (anvilproject.org)の利用費用を取得して報告する機能を提供します。

1357. appreci8R
appreci8R: an R/Bioconductor package for filtering SNVs and short indels with high sensitivity and high PPV
apprec8R：高感度と高PPVでSNVと短いインデルをフィルタリングするためのR / Bioconductorパッケージ

1358. AssessORF
Assess Gene Predictions Using Proteomics and Evolutionary Conservation
プロテオミクスと進化的保存を用いた遺伝子予測の評価

1359. BAGS
A Bayesian Approach for Geneset Selection
遺伝子セット選択のためのベイジアンアプローチ

1360. BioMVCClass
Model-View-Controller (MVC) Classes That Use Biobase
バイオベースを使用するModel-View-Controller（MVC）クラス

1361. BioTIP
BioTIP: An R package for characterization of Biological Tipping-Point
BioTIP：生物学的転換点の特性化のためのRパッケージ

1362. BLMA
BLMA: A package for bi-level meta-analysis
BLMA：バイレベルメタアナリシスのためのパッケージ

1363. breakpointR
Find breakpoints in Strand-seq data
Strand-seqデータでブレークポイントを見つける

1364. categoryCompare
Meta-analysis of high-throughput experiments using feature annotations
特徴注釈を用いたハイスループット実験のメタ分析

1365. cellity
Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data
シングルセルRNAシーケンスデータの品質管理

1366. cellmigRation
Track Cells, Analyze Cell Trajectories and Compute Migration Statistics
細胞の追跡、細胞の軌跡の分析、移動統計の計算

1367. cn.farms
cn.FARMS – factor analysis for copy number estimation
cn.FARMS – コピー数推定のための因子分析

1368. ComPrAn
Complexome Profiling Analysis package
コンプレックス・プロファイリング解析パッケージ

1369. copa
Functions to perform cancer outlier profile analysis.
がん異常値プロファイル分析を実行するための機能。

1370. dasper
Detecting abberant splicing events from RNA-sequencing data
RNAシーケンスデータからアベラントスプライシングイベントの検出

1371. deconvR
Simulation and Deconvolution of Omic Profiles
Omicプロファイルのシミュレーションとデコンボリューション

1372. DEGraph
Two-sample tests on a graph
グラフ上の2標本検定

1373. DEsubs
DEsubs: an R package for flexible identification of differentially expressed subpathways using RNA-seq expression experiments
DEsubs：RNA ‐ seq発現実験を用いた差次的発現サブ経路の柔軟な同定のためのRパッケージ

1374. DExMA
Differential Expression Meta-Analysis
発現の違いによるメタアナリシス

1375. diffGeneAnalysis
Performs differential gene expression Analysis
遺伝子発現差解析を実行します

1376. easyreporting
Helps creating report for improving Reproducible computational Research
再現性のある計算研究の改善のためのレポート作成を支援します。

1377. enhancerHomologSearch
Identification of putative mammalian orthologs to given enhancer
与えられたエンハンサーに対するほ乳類の推定オルソログの同定

1378. ExiMiR
R functions for the normalization of Exiqon miRNA array data
Exiqon miRNAアレイデータの正規化のためのR関数

1379. factDesign
Factorial designed microarray experiment analysis
要因計画マイクロアレイ実験分析

1380. flowCyBar
Analyze flow cytometric data using gate information
ゲート情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

1381. FRGEpistasis
Epistasis Analysis for Quantitative Traits by Functional Regression Model
機能的回帰モデルによる量的形質のエピスタシス解析

1382. GEWIST
Gene Environment Wide Interaction Search Threshold
遺伝子環境ワイド相互作用検索閾値

1383. GSCA
GSCA: Gene Set Context Analysis
GSCA：遺伝子セットコンテキスト分析

1384. gsean
Gene Set Enrichment Analysis with Networks
ネットワークを用いた遺伝子セット濃縮解析

1385. GSRI
Gene Set Regulation Index
遺伝子セット調節指数

1386. HEM
Heterogeneous error model for identification of differentially expressed genes under multiple conditions
多重条件下で差次的に発現された遺伝子の同定のための不均一誤差モデル

1387. iASeq
iASeq: integrating multiple sequencing datasets for detecting allele-specific events
iASeq：対立遺伝子特異的事象を検出するための複数の配列決定データセットの統合

1388. imageHTS
Analysis of high-throughput microscopy-based screens
ハイスループット顕微鏡ベーススクリーンの分析

1389. immunoClust
immunoClust – Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry
immunoClust – フローサイトメトリーにおける個体数検出のための自動パイプライン

1390. infinityFlow
Augmenting Massively Parallel Cytometry Experiments Using Multivariate Non-Linear Regressions
多変量非線形回帰を用いた超並列細胞診実験の拡張

1391. Informeasure
R implementation of Information measures
R情報対策の実施

1392. IntEREst
Intron-Exon Retention Estimator
イントロン – エクソン保持推定量

1393. IntramiRExploreR
Predicting Targets for Drosophila Intragenic miRNAs
ショウジョウバエ遺伝子内miRNAの標的予測

1394. iterClust
Iterative Clustering
反復クラスタリング

1395. KinSwingR
KinSwingR: network-based kinase activity prediction
KinSwingR：ネットワークベースのキナーゼ活性予測

1396. MBASED
Package containing functions for ASE analysis using Meta-analysis Based Allele-Specific Expression Detection
メタ分析に基づく対立遺伝子特異的発現検出を用いたASE分析のための機能を含むパッケージ

1397. MeasurementError.cor
Measurement Error model estimate for correlation coefficient
相関係数の測定誤差モデルの推定

1398. Metab
Metab: An R Package for a High-Throughput Analysis of Metabolomics Data Generated by GC-MS.
Metab GC ‐ MSによって生成されたメタボロミクスデータのハイスループット分析のためのRパッケージ

1399. midasHLA
R package for immunogenomics data handling and association analysis
免疫ゲノミクスデータの取り扱いと関連性解析のためのRパッケージ

1400. miRLAB
Dry lab for exploring miRNA-mRNA relationships
miRNA-mRNA関係を調査するためのドライラボ

1401. PathoStat
PathoStat Statistical Microbiome Analysis Package
PathoStat統計マイクロバイオーム解析パッケージ

1402. pwOmics
Pathway-based data integration of omics data
オミックスデータの経路ベースのデータ統合

1403. qpcrNorm
Data-driven normalization strategies for high-throughput qPCR data.
ハイスループットqPCRデータのためのデータ駆動型正規化戦略

1404. Rcwl
Wrap Command Tools and Pipelines Using CWL
CWLを使用したコマンドツールとパイプラインのラップ

1405. rprimer
Design Degenerate Oligos from a Multiple DNA Sequence Alignment
複数のDNA配列のアラインメントから縮退したオリゴを設計する。

1406. seqcombo
Visualization Tool for Sequence Recombination and Reassortment
配列組換えと再分類のための可視化ツール

1407. SNPediaR
Query data from SNPedia
SNPediaからデータを問い合わせる

1408. sscore
S-Score Algorithm for Affymetrix Oligonucleotide Microarrays
AffymetrixオリゴヌクレオチドマイクロアレイのためのSスコアアルゴリズム

1409. standR
Spatial transcriptome analyses of Nanostring’s DSP data in R
ナノストリング社のDSPデータの空間トランスクリプトーム解析（Rによる

1410. swfdr
Science-wise false discovery rate and proportion of true null hypotheses estimation
科学的に誤った発見率と真の帰無仮説推定の割合

1411. TNBC.CMS
TNBC.CMS: Prediction of TNBC Consensus Molecular Subtypes
TNBC.CMS：TNBCコンセンサス分子サブタイプの予測

1412. webbioc
Bioconductor Web Interface
バイオコンダクターウェブインターフェース

1413. XDE
XDE: a Bayesian hierarchical model for cross-study analysis of differential gene expression
XDE：差次的遺伝子発現のクロススタディ分析のためのベイジアン階層モデル

1414. AffiXcan
A Functional Approach To Impute Genetically Regulated Expression
遺伝的に調節された発現を妨害するための機能的アプローチ

1415. AlphaBeta
Computational inference of epimutation rates and spectra from high-throughput DNA methylation data in plants
植物におけるハイスループットDNAメチル化データからのエピミューテーション率とスペクトルの計算的推論

1416. arrayMvout
multivariate outlier detection for expression array QA
式配列QAのための多変量異常値検出

1417. BiFET
Bias-free Footprint Enrichment Test
バイアスフリーフットプリント強化テスト

1418. biotmle
Targeted Learning with Moderated Statistics for Biomarker Discovery
バイオマーカー発見のための適度な統計を用いた標的学習

1419. blima
Tools for the preprocessing and analysis of the Illumina microarrays on the detector (bead) level
イルミナのマイクロアレイを検出器（ビーズ）レベルで前処理および分析するためのツール

1420. bnbc
Bandwise normalization and batch correction of Hi-C data
Hi-Cデータのバンドごとの正規化と一括補正

1421. CellMapper
Predict genes expressed selectively in specific cell types
特定の細胞型で選択的に発現される遺伝子を予測する

1422. ChIPexoQual
ChIPexoQual
ChIPexoQual

1423. cleanUpdTSeq
This package classifies putative polyadenylation sites as true or false/internally oligodT primed
このパッケージは、推定ポリアデニル化部位を真または偽／内部オリゴヌクレオチドプライミングとして分類する。

1424. Clomial
Infers clonal composition of a tumor
腫瘍のクローン構成を推測します

1425. compartmap
A/B compartment inference from ATAC-seq and methylation array data
ATACシーケンスとメチル化アレイデータからのA / Bコンパートメント推論

1426. CytoDx
Robust prediction of clinical outcomes using cytometry data without cell gating
細胞ゲーティングなしのサイトメトリーデータを用いた臨床転帰のロバスト予測

1427. dce
Pathway Enrichment Based on Differential Causal Effects
因果関係の差分に基づくパスウェイエンリッチメント

1428. deltaGseg
deltaGseg
deltaGseg

1429. dyebias
The GASSCO method for correcting for slide-dependent gene-specific dye bias
スライド依存性遺伝子特異的染料バイアスを補正するためのGASSCO法

1430. ecolitk
Meta-data and tools for E. coli
大腸菌のメタデータとツール

1431. flowBin
Combining multitube flow cytometry data by binning
ビニングによるマルチチューブフローサイトメトリーデータの結合

1432. flowPloidy
Analyze flow cytometer data to determine sample ploidy
サンプル倍数性を決定するためにフローサイトメーターのデータを分析する

1433. FoldGO
Package for Fold-specific GO Terms Recognition
フォールド固有のGO用語認識のためのパッケージ

1434. GateFinder
Projection-based Gating Strategy Optimization for Flow and Mass Cytometry
フローおよびマスサイトメトリーのための射影に基づくゲーティング戦略の最適化

1435. gpuMagic
An openCL compiler with the capacity to compile R functions and run the code on GPU
R関数をコンパイルしてGPUでコードを実行する能力を持つopenCLコンパイラー

1436. HPAStainR
Queries the Human Protein Atlas Staining Data for Multiple Proteins and Genes
ヒトタンパク質アトラスの複数のタンパク質と遺伝子の染色データを照会する

1437. HPiP
Host-Pathogen Interaction Prediction
宿主-病原体間相互作用予測

1438. immunotation
Tools for working with diverse immune genes
多様な免疫遺伝子を扱うためのツール

1439. IMPCdata
Retrieves data from IMPC database
IMPCデータベースからデータを取得します

1440. KBoost
Inference of gene regulatory networks from gene expression data
遺伝子発現データからの遺伝子制御ネットワークの推論

1441. LiquidAssociation
LiquidAssociation
リキッドアソシエーション

1442. MANOR
CGH Micro-Array NORmalization
CGHマイクロアレイ正規化

1443. MantelCorr
Compute Mantel Cluster Correlations
マントルクラスター相関の計算

1444. MBCB
MBCB (Model-based Background Correction for Beadarray)
MBCB（Beadarray用のモデルベースの背景補正）

1445. messina
Single-gene classifiers and outlier-resistant detection of differential expression for two-group and survival problems.
二群問題および生存問題のための単一遺伝子分類器および差次的発現の異常値耐性検出

1446. MGFR
Marker Gene Finder in RNA-seq data
RNA-seqデータ中のMarker Gene Finder

1447. motifcounter
R package for analysing TFBSs in DNA sequences
DNA配列中のTFBSを分析するためのRパッケージ

1448. MSstatsQC
Longitudinal system suitability monitoring and quality control for proteomic experiments
プロテオミクス実験のための縦断的システム適合性モニタリングと品質管理

1449. netSmooth
Network smoothing for scRNAseq
scRNAseqのネットワーク平滑化

1450. npGSEA
Permutation approximation methods for gene set enrichment analysis (non-permutation GSEA)
遺伝子セット濃縮解析のための順列近似法（非順列GSEA）

1451. OncoScore
A tool to identify potentially oncogenic genes
潜在的に発癌性の遺伝子を同定するためのツール

1452. paircompviz
Multiple comparison test visualization
多重比較テストの視覚化

1453. panp
Presence-Absence Calls from Negative Strand Matching Probesets
マイナス鎖マッチングプローブセットからの不在呼び出し

1454. pathRender
Render molecular pathways
分子経路をレンダリングする

1455. pickgene
Adaptive Gene Picking for Microarray Expression Data Analysis
マイクロアレイ発現データ解析のための適応遺伝子ピッキング

1456. ramr
Detection of Rare Aberrantly Methylated Regions in Array and NGS Data
アレイおよびNGSデータにおける稀な異常メチル化領域の検出

1457. RCSL
Rank Constrained Similarity Learning for single cell RNA sequencing data
シングルセルRNAシーケンシングデータのためのランク制約付き類似性学習

1458. restfulSE
Access matrix-like HDF5 server content or BigQuery content through a SummarizedExperiment interface
SummarizedExperimentインターフェースを介してマトリックスのようなHDF5サーバーコンテンツまたはBigQueryコンテンツにアクセスする

1459. rRDP
Interface to the RDP Classifier
RDPクラシファイアへのインタフェース

1460. scCB2
CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data
CB2が液滴ベースのシングルセルRNAシーケンシングデータにおける細胞検出力を向上させる

1461. SCOPE
A normalization and copy number estimation method for single-cell DNA sequencing
単細胞DNAシークエンシングのための正規化・コピー数推定法

1462. scRecover
scRecover for imputation of single-cell RNA-seq data
sc – シングルセルRNAシーケンスデータの代入のためのリカバリ

1463. SeqSQC
A bioconductor package for sample quality check with next generation sequencing data
次世代シークエンシングデータによるサンプル品質チェックのためのバイオコンダクタパッケージ

1464. SMITE
Significance-based Modules Integrating the Transcriptome and Epigenome
トランスクリプトームとエピゲノムを統合する有意性に基づくモジュール

1465. sparseDOSSA
Sparse Data Observations for Simulating Synthetic Abundance
合成存在量をシミュレートするためのスパースデータ観測

1466. synlet
Hits Selection for Synthetic Lethal RNAi Screen Data
合成致死RNAiスクリーンデータのためのヒット選択

1467. TimiRGeN
Time sensitive microRNA-mRNA integration, analysis and network generation tool
時間に敏感なmicroRNA-mRNA統合・解析・ネットワーク生成ツール

1468. TypeInfo
Optional Type Specification Prototype
オプションの型指定プロトタイプ

1469. VplotR
Set of tools to make V-plots and compute footprint profiles
Vプロットを作成し、フットプリントプロファイルを計算するためのツールセット

1470. wavClusteR
Sensitive and highly resolved identification of RNA-protein interaction sites in PAR-CLIP data
PAR ‐ CLIPデータにおけるRNA‐蛋白質相互作用部位の高感度で高分解能の同定

1471. yamss
Tools for high-throughput metabolomics
ハイスループットメタボロミクスのためのツール

1472. BEAT
BEAT – BS-Seq Epimutation Analysis Toolkit
BEAT – BS-Seqエピミュテーション解析ツールキット

1473. CAFE
Chromosmal Aberrations Finder in Expression data
発現データにおける色収差の検出

1474. cbpManager
Generate, manage, and edit data and metadata files suitable for the import in cBioPortal for Cancer Genomics
cBioPortal for Cancer Genomicsへのインポートに適したデータおよびメタデータファイルの生成、管理、編集

1475. chromswitch
An R package to detect chromatin state switches from epigenomic data
エピゲノムデータからクロマチン状態スイッチを検出するためのRパッケージ

1476. cogeqc
Systematic quality checks on comparative genomics analyses
比較ゲノム解析の系統的な品質チェック

1477. consensusDE
RNA-seq analysis using multiple algorithms
多重アルゴリズムを用いたRNA配列解析

1478. Cormotif
Correlation Motif Fit
相関モチーフフィット

1479. cosmiq
cosmiq – COmbining Single Masses Into Quantities
cosmiq – 単一の質量を量に合わせる

1480. cpvSNP
Gene set analysis methods for SNP association p-values that lie in genes in given gene sets
与えられた遺伝子セットの遺伝子にあるSNP関連p値のための遺伝子セット分析法

1481. crisprDesign
Comprehensive design of CRISPR gRNAs for nucleases and base editors
ヌクレアーゼとベースエディターのためのCRISPR gRNAの包括的な設計

1482. Director
A dynamic visualization tool of multi-level data
多値データの動的可視化ツール

1483. epigraHMM
Epigenomic R-based analysis with hidden Markov models
隠れマルコフモデルを用いたエピゲノムRベース解析

1484. ExperimentSubset
Manages subsets of data with Bioconductor Experiment objects
Bioconductor Experimentオブジェクトでデータのサブセットを管理する

1485. flowTime
Annotation and analysis of biological dynamical systems using flow cytometry
フローサイトメトリーを用いた生体力学系のアノテーションと解析

1486. GeneGA
Design gene based on both mRNA secondary structure and codon usage bias using Genetic algorithm
遺伝的アルゴリズムを用いたmRNA二次構造とコドン使用頻度バイアスの両方に基づく遺伝子設計

1487. geneRecommender
A gene recommender algorithm to identify genes coexpressed with a query set of genes
遺伝子の質問セットと共発現した遺伝子を同定するための遺伝子推奨アルゴリズム

1488. GeneRegionScan
GeneRegionScan
GeneRegionScan

1489. geva
Gene Expression Variation Analysis (GEVA)
遺伝子発現変動解析(GEVA)

1490. GISPA
GISPA: Method for Gene Integrated Set Profile Analysis
GISPA：遺伝子統合セットプロファイル解析のための方法

1491. GPA
GPA (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)
GPA (Pleiotropyとアノテーションを取り入れた遺伝学的解析)

1492. GraphPAC
Identification of Mutational Clusters in Proteins via a Graph Theoretical Approach.
グラフ理論的アプローチによる蛋白質中の突然変異クラスターの同定

1493. GSgalgoR
An Evolutionary Framework for the Identification and Study of Prognostic Gene Expression Signatures in Cancer
癌における予後遺伝子発現シグネチャーの同定と研究のための進化的フレームワーク

1494. Harshlight
A “corrective make-up” program for microarray chips
マイクロアレイチップ用の「修正メークアップ」プログラム

1495. ILoReg
ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from scRNA-Seq data
ILoReg: scRNA-Seqデータからの高分解能細胞集団同定ツール

1496. iSEEhex
iSEE extension for summarising data points in hexagonal bins
iSEE 拡張機能：データ点を六角形のビンにまとめる機能

1497. ITALICS
ITALICS
ITALICS

1498. logitT
logit-t Package
logit-tパッケージ

1499. lpNet
Linear Programming Model for Network Inference
ネットワーク推論のための線形計画モデル

1500. MAGAR
MAGAR: R-package to compute methylation Quantitative Trait Loci (methQTL) from DNA methylation and genotyping data
MAGAR: DNAメチル化とジェノタイピングデータからメチル化定量的形質遺伝子(methQTL)を計算するRパッケージ

1501. massiR
massiR: MicroArray Sample Sex Identifier
massiR：MicroArrayサンプルの性別識別子

1502. matchBox
Utilities to compute, compare, and plot the agreement between ordered vectors of features (ie. distinct genomic experiments). The package includes Correspondence-At-the-TOP (CAT) analysis.
特徴の順序付けられたベクトル間の一致を計算し、比較し、そしてプロットするための有用性（すなわち、異なるゲノム実験）。このパッケージには、CAT対応分析が含まれています。

1503. MEDME
Modelling Experimental Data from MeDIP Enrichment
MeDIP濃縮からの実験データのモデリング

1504. metabomxtr
A package to run mixture models for truncated metabolomics data with normal or lognormal distributions
正規分布または対数正規分布を持つ切り捨てられたメタボロミクスデータの混合モデルを実行するためのパッケージ

1505. methInheritSim
Simulating Whole-Genome Inherited Bisulphite Sequencing Data
全ゲノム遺伝亜硫酸水素塩配列決定データのシミュレーション

1506. MetID
Network-based prioritization of putative metabolite IDs
推定代謝産物IDのネットワークベースの優先順位付け

1507. mina
Microbial community dIversity and Network Analysis
Microbial community dIversity and Network Analysis（微生物群集の多様性とネットワーク分析

1508. mpra
Analyze massively parallel reporter assays
超並列レポーターアッセイの分析

1509. nanotatoR
nanotatoR: next generation structural variant annotation and classification
nanatoR：次世代構造変異アノテーションと分類

1510. netZooR
Integrate methods: PANDA, LIONESS, CONDOR, ALPACA, SAMBAR, MONSTER, OTTER, EGRET, and YARN into one workflow
メソッドを統合します。PANDA、LIONESS、CONDOR、ALPACA、SAMBAR、MONSTER、OTTER、EGRET、およびYARNを1つのワークフローに統合します。

1511. NPARC
Non-parametric analysis of response curves for thermal proteome profiling experiments
熱プロテオームプロファイリング実験のための応答曲線のノンパラメトリック解析

1512. omicplotR
Visual Exploration of Omic Datasets Using a Shiny App
光沢のあるアプリを使ったオーミックデータセットの視覚的探査

1513. PhenStat
Statistical analysis of phenotypic data
表現型データの統計解析

1514. pipeComp
pipeComp pipeline benchmarking framework
pipeComp pipelineベンチマークフレームワーク

1515. PrInCE
Predicting Interactomes from Co-Elution
共溶出からのインタラクトームの予測

1516. QSutils
Quasispecies Diversity
準種の多様性

1517. RCM
Fit row-column association models with the negative binomial distribution for the microbiome
ミクロバイオームに対する負の二項分布を用いた行 – 列連関モデルの適合

1518. RiboDiPA
Differential pattern analysis for Ribo-seq data
Ribo-seqデータの差分パターン解析

1519. RImmPort
RImmPort: Enabling Ready-for-analysis Immunology Research Data
RImmPort：分析可能免疫学研究データの実現

1520. RNAmodR.AlkAnilineSeq
Detection of m7G, m3C and D modification by AlkAnilineSeq
AlkAnilineSeqによるm7G、m3C、およびD修飾の検出

1521. seqArchR
Identify Different Architectures of Sequence Elements
配列要素の異なるアーキテクチャを識別する

1522. SIM
Integrated Analysis on two human genomic datasets
2つのヒトゲノムデータセットに関する統合分析

1523. slalom
Factorial Latent Variable Modeling of Single-Cell RNA-Seq Data
単細胞RNA ‐ Seqデータの階乗潜在変数モデリング

1524. sRACIPE
Systems biology tool to simulate gene regulatory circuits
遺伝子調節回路をシミュレートするためのシステム生物学ツール

1525. ssviz
A small RNA-seq visualizer and analysis toolkit
小型のRNAシークビジュアライザおよび解析ツールキット

1526. synapter
Label-free data analysis pipeline for optimal identification and quantitation
最適な同定と定量のためのラベルフリーデータ分析パイプライン

1527. TPP2D
FDR-controlled analysis of 2D-TPP experiments
2D ‐ TPP実験のFDR制御解析

1528. transite
RNA-binding protein motif analysis
RNA結合タンパク質モチーフ解析

1529. UNDO
Unsupervised Deconvolution of Tumor-Stromal Mixed Expressions
腫瘍 – 間質混合式の教師なしデコンボリューション

1530. VariantExperiment
A RangedSummarizedExperiment Container for VCF/GDS Data with GDS Backend
GDSバックエンドを使用したVCF / GDSデータ用のRangedSummarizedExperimentコンテナー

1531. xmapbridge
Export plotting files to the xmapBridge for visualisation in X:Map
X：Mapで視覚化するためにプロットファイルをxmapBridgeにエクスポートする

1532. annmap
Genome annotation and visualisation package pertaining to Affymetrix arrays and NGS analysis.
Affymetrix配列とNGS分析に関連するゲノム注釈と可視化パッケージ。

1533. AnVILPublish
Publish Packages and Other Resources to AnVIL Workspaces
AnVILワークスペースにパッケージなどのリソースを公開する

1534. awst
Asymmetric Within-Sample Transformation
非対称なサンプル内変換

1535. barcodetrackR
Functions for Analyzing Cellular Barcoding Data
細胞バーコーディングデータを解析する機能

1536. BBCAnalyzer
BBCAnalyzer: an R/Bioconductor package for visualizing base counts
BBCAnalyzer：塩基数を可視化するためのR / Bioconductorパッケージ

1537. BindingSiteFinder
Binding site defintion based on iCLIP data
iCLIPデータに基づく結合部位の定義

1538. BioMM
BioMM: Biological-informed Multi-stage Machine learning framework for phenotype prediction using omics data
BioMM：オミックスデータを用いた表現型予測のための生物情報に基づく多段階機械学習フレームワーク

1539. cbaf
Automated functions for comparing various data from cbioportal.org
cbioportal.orgからのさまざまなデータを比較するための自動化機能

1540. ChIC
Quality Control Pipeline for ChIP-Seq Data
ChIP-Seqデータの品質管理パイプライン

1541. clippda
A package for the clinical proteomic profiling data analysis
臨床プロテオームプロファイリングデータ分析のためのパッケージ

1542. cnvGSA
Gene Set Analysis of (Rare) Copy Number Variants
（希）コピー数変異体の遺伝子セット分析

1543. contiBAIT
Improves Early Build Genome Assemblies using Strand-Seq Data
Strand-Seqデータを使用して早期構築ゲノムアセンブリを改善する

1544. CTDquerier
Package for CTDbase data query, visualization and downstream analysis
CTDbaseデータクエリ、可視化およびダウンストリーム分析用のパッケージ

1545. DAMEfinder
Finds DAMEs – Differential Allelicly MEthylated regions
DAMEを見つける – 微分的に対立的にMEthylatedされた領域

1546. DEScan2
Differential Enrichment Scan 2
示差濃縮スキャン2

1547. DrugVsDisease
Comparison of disease and drug profiles using Gene set Enrichment Analysis
遺伝子セット濃縮分析を用いた疾患と薬物プロファイルの比較

1548. epigenomix
Epigenetic and gene transcription data normalization and integration with mixture models
エピジェネティックおよび遺伝子転写データの正規化および混合モデルとの統合

1549. epivizrChart
R interface to epiviz web components
epiviz WebコンポーネントへのRインターフェース

1550. fastLiquidAssociation
functions for genome-wide application of Liquid Association
Liquid Associationのゲノムワイドな応用のための機能

1551. fgga
Hierarchical ensemble method based on factor graph
因子グラフに基づく階層的アンサンブル法

1552. FISHalyseR
FISHalyseR a package for automated FISH quantification
FISHalyseR自動FISH定量化のためのパッケージ

1553. flagme
Analysis of Metabolomics GC/MS Data
メタボロミクスGC / MSデータの分析

1554. flowMatch
Matching and meta-clustering in flow cytometry
フローサイトメトリーにおけるマッチングとメタクラスタリング

1555. FScanR
Detect Programmed Ribosomal Frameshifting Events from mRNA/cDNA BLASTX Output
プログラムされたリボソームフレームシフトイベントをmRNA/cDNAから検出BLASTX出力

1556. GeneGeneInteR
Tools for Testing Gene-Gene Interaction at the Gene Level
遺伝子レベルで遺伝子間相互作用をテストするためのツール

1557. geneRxCluster
gRx Differential Clustering
gRx差分クラスタリング

1558. geneXtendeR
Optimized Functional Annotation Of ChIP-seq Data
ChIP-seqデータの最適化された機能的注釈

1559. GenomicTuples
Representation and Manipulation of Genomic Tuples
ゲノムタプルの表現と操作

1560. gep2pep
Creation and Analysis of Pathway Expression Profiles (PEPs)
経路発現プロファイル（PEP）の作成と分析

1561. GraphAT
Graph Theoretic Association Tests
グラフ理論連想検定

1562. GSReg
Gene Set Regulation (GS-Reg)
遺伝子セット制御（GS-Reg）

1563. HumanTranscriptomeCompendium
Tools to work with a Compendium of 181000 human transcriptome sequencing studies
181000のヒトトランスクリプトームシークエンシング研究の概要を扱うツール

1564. IMAS
Integrative analysis of Multi-omics data for Alternative Splicing
オルタナティブスプライシングのためのマルチオミックスデータの統合分析

1565. INDEED
An Implementation of Integrated Differential Expression and Differential Network Analysis for Biomarker Candidate Selection
バイオマーカー候補選択のための統合された微分発現と微分ネットワーク解析の実装

1566. InPAS
InPAS: a bioconductor package for the identification of novel alternative PolyAdenylation Sites (PAS) using RNA-seq data
InPAS：RNA配列データを用いた新規代替ポリアデニル化部位（PAS）の同定のためのバイオコンダクタパッケージ

1567. KCsmart
Multi sample aCGH analysis package using kernel convolution
カーネルコンボリューションを用いたマルチサンプルaCGH解析パッケージ

1568. LedPred
Learning from DNA to Predict Enhancers
DNAからエンハンサーを予測するための学習

1569. LineagePulse
Differential expression analysis and model fitting for single-cell RNA-seq data
単一細胞RNA配列データのための示差的発現分析とモデルフィッティング

1570. macat
MicroArray Chromosome Analysis Tool
マイクロアレイ染色体分析ツール

1571. maPredictDSC
Phenotype prediction using microarray data: approach of the best overall team in the IMPROVER Diagnostic Signature Challenge
マイクロアレイデータを用いた表現型予測：IMPROVER診断シグネチャチャレンジにおける最良の総合チームのアプローチ

1572. mapscape
mapscape
mapscape

1573. MBAmethyl
Model-based analysis of DNA methylation data
DNAメチル化データのモデルベース分析

1574. MBQN
Mean/Median-balanced quantile normalization
平均/中央値バランスのとれたクォンタイル正規化

1575. MGFM
Marker Gene Finder in Microarray gene expression data
マイクロアレイ遺伝子発現データ中のマーカー遺伝子ファインダー

1576. MiPP
Misclassification Penalized Posterior Classification
誤分類ペナルティ後分類

1577. MiRaGE
MiRNA Ranking by Gene Expression
遺伝子発現によるmiRNAランキング

1578. MOGAMUN
MOGAMUN: A Multi-Objective Genetic Algorithm to Find Active Modules in Multiplex Biological Networks
MOGAMUN:多重生物ネットワークにおけるアクティブモジュールを見つけるための多目的遺伝的アルゴリズム

1579. ncRNAtools
An R toolkit for non-coding RNA
ノンコーディングRNAのためのRツールキット

1580. netprioR
A model for network-based prioritisation of genes
ネットワークベースの遺伝子優先順位付けのためのモデル

1581. NetSAM
Network Seriation And Modularization
ネットワークのセレーションとモジュール化

1582. omicsPrint
Cross omic genetic fingerprinting
クロスオミック遺伝的フィンガープリント法

1583. Omixer
Randomize Samples for -omics Profiling
オミクスプロファイリングのためのサンプルのランダム化

1584. pcxn
Exploring, analyzing and visualizing functions utilizing the pcxnData package
pcxnDataパッケージを利用した機能の調査、分析、および視覚化

1585. pgca
PGCA: An Algorithm to Link Protein Groups Created from MS/MS Data
PGCA：MS / MSデータから作成した蛋白質群をリンクするためのアルゴリズム

1586. pmm
Parallel Mixed Model
並列混合モデル

1587. recountmethylation
Access and Analyze DNA Methylation Array Databases
DNAメチル化アレイデータベースへのアクセスと解析

1588. regutools
regutools: an R package for data extraction from RegulonDB
regutools: RegulonDB からのデータ抽出のための R パッケージ

1589. Rmagpie
MicroArray Gene-expression-based Program In Error rate estimation
MicroArray遺伝子発現ベースプログラムにおける誤り率推定

1590. RNAinteract
Estimate Pairwise Interactions from multidimensional features
多次元特徴からの対相互作用の推定

1591. scFeatureFilter
A correlation-based method for quality filtering of single-cell RNAseq data
単一細胞RNAseqデータの品質フィルタリングのための相関に基づく方法

1592. scTGIF
Cell type annotation for unannotated single-cell RNA-Seq data
注釈なしの単一細胞RNA-Seqデータの細胞タイプ注釈

1593. seq2pathway
a novel tool for functional gene-set (or termed as pathway) analysis of next-generation sequencing data
次世代シークエンシングデータの機能的遺伝子セット（または経路と呼ばれる）分析のための新しいツール

1594. SISPA
SISPA: Method for Sample Integrated Set Profile Analysis
SISPA：サンプル統合集合プロファイル解析のための方法

1595. spikeLI
Affymetrix Spike-in Langmuir Isotherm Data Analysis Tool
Affymetrix Spike-in Langmuir等温線データ解析ツール

1596. STAN
The Genomic STate ANnotation Package
ゲノム状態アノテーションパッケージ

1597. SubCellBarCode
SubCellBarCode: Integrated workflow for robust mapping and visualizing whole human spatial proteome
SubCellBarCode：ロバストマッピングと全ヒト空間プロテオームの視覚化のための統合ワークフロー

1598. SummarizedBenchmark
Classes and methods for performing benchmark comparisons
ベンチマーク比較を実行するためのクラスと方法

1599. switchde
Switch-like differential expression across single-cell trajectories
単細胞軌跡にわたるスイッチ様差次的発現

1600. triplex
Search and visualize intramolecular triplex-forming sequences in DNA
DNA中の分子内三重鎖形成配列を検索し可視化する

1601. twoddpcr
Classify 2-d Droplet Digital PCR (ddPCR) data and quantify the number of starting molecules
二次元液滴デジタルPCR（ddPCR）データの分類と出発分子数の定量化

1602. Xeva
Analysis of patient-derived xenograft (PDX) data
患者由来異種移植片（PDX）データの分析

1603. XINA
Multiplexes isobaric mass tagged-based kinetics data for network analysis
ネットワーク解析のための多重同重体質量タグ付けに基づく速度論データ

1604. XNAString
Efficient Manipulation of Modified Oligonucleotide Sequences
修飾されたオリゴヌクレオチド配列を効率的に操作する

1605. airpart
Differential cell-type-specific allelic imbalance
細胞型特異的な対立遺伝子の不均衡の差分

1606. biodbChebi
biodbChebi, a library for connecting to the ChEBI Database
biodbChebi: ChEBIデータベースに接続するためのライブラリ

1607. biomvRCNS
Copy Number study and Segmentation for multivariate biological data
多変量生物学データのコピー数研究とセグメンテーション

1608. brainflowprobes
Plots and annotation for choosing BrainFlow target probe sequence
BrainFlowターゲットプローブシーケンスを選択するためのプロットと注釈

1609. CancerInSilico
An R interface for computational modeling of tumor progression
腫瘍進行の計算モデリングのためのRインタフェース

1610. ceRNAnetsim
Regulation Simulator of Interaction between miRNA and Competing RNAs (ceRNA)
miRNAと競合RNA（ceRNA）の相互作用の制御シミュレータ

1611. ChIPanalyser
ChIPanalyser: Predicting Transcription Factor Binding Sites
ChIPanalyser：転写因子結合部位の予測

1612. CNVrd2
CNVrd2: a read depth-based method to detect and genotype complex common copy number variants from next generation sequencing data.
CNVrd 2次世代シーケンシングデータから複雑な共通コピー数の変異を検出し遺伝子型を決定するための読み取り深度に基づく方法

1613. CoCiteStats
Different test statistics based on co-citation.
共引用に基づくさまざまな検定統計

1614. COTAN
COexpression Tables ANalysis
CO発現テーブルのANalysis

1615. covRNA
Multivariate Analysis of Transcriptomic Data
トランスクリプトームデータの多変量解析

1616. crisprseekplus
crisprseekplus
クリスプ・エププラス

1617. csdR
Differential gene co-expression
遺伝子共発現の違い

1618. customCMPdb
Customize and Query Compound Annotation Database
複合アノテーションデータベースのカスタマイズとクエリ

1619. dcGSA
Distance-correlation based Gene Set Analysis for longitudinal gene expression profiles
縦方向遺伝子発現プロファイルのための距離相関に基づく遺伝子セット分析

1620. DFP
Gene Selection
遺伝子選択

1621. Dino
Normalization of Single-Cell mRNA Sequencing Data
シングルセルmRNAシーケンスデータの正規化

1622. DMRforPairs
DMRforPairs: identifying Differentially Methylated Regions between unique samples using array based methylation profiles
DMRforPairs：アレイベースのメチル化プロファイルを用いたユニークなサンプル間の異なるメチル化領域の同定

1623. doseR
doseR
doseR

1624. dpeak
dPeak (Deconvolution of Peaks in ChIP-seq Analysis)
dPeak (ChIP-seq解析におけるピークのデコンボリューション)

1625. eegc
Engineering Evaluation by Gene Categorization (eegc)
遺伝子分類による工学的評価（eegc）

1626. fCCAC
functional Canonical Correlation Analysis to evaluate Covariance between nucleic acid sequencing datasets
核酸配列決定データセット間の共分散を評価するための機能的正準相関分析

1627. FindIT2
find influential TF and Target based on multi-omics data
マルチオミクスデータに基づいて影響力のあるTFやターゲットを見つける

1628. flowBeads
flowBeads: Analysis of flow bead data
flowBeads：フロービーズデータの解析

1629. flowcatchR
Tools to analyze in vivo microscopy imaging data focused on tracking flowing blood cells
流動血球の追跡に焦点を当てたin vivo顕微鏡イメージングデータを分析するためのツール

1630. flowGraph
Identifying differential cell populations in flow cytometry data accounting for marker frequency
マーカーの頻度を考慮したフローサイトメトリーデータにおける差異のある細胞集団の識別

1631. fobitools
Tools For Manipulating FOBI Ontology
FOBIオントロジーを操作するためのツール

1632. GARS
GARS: Genetic Algorithm for the identification of Robust Subsets of variables in high-dimensional and challenging datasets
GARS：高次元で挑戦的なデータセットにおける変数のロバストなサブセットの同定のための遺伝的アルゴリズム

1633. GBScleanR
Error correction tool for noisy genotyping by sequencing (GBS) data
ノイズの多いGBS(genotyping by sequencing)データのエラー修正ツール

1634. genotypeeval
QA/QC of a gVCF or VCF file
gVCFまたはVCFファイルのQA / QC

1635. GEOsubmission
Prepares microarray data for submission to GEO
GEOに提出するためのマイクロアレイデータを準備する

1636. GladiaTOX
R Package for Processing High Content Screening data
ハイコンテントスクリーニングデータ処理用Rパッケージ

1637. GNET2
Constructing gene regulatory networks from expression data through functional module inference
機能モジュール推論による発現データからの遺伝子調節ネットワークの構築

1638. HELP
Tools for HELP data analysis
HELPデータ解析用ツール

1639. hierinf
Hierarchical Inference
階層推論

1640. iasva
Iteratively Adjusted Surrogate Variable Analysis
反復的に調整された代理変数分析

1641. iCNV
Integrated Copy Number Variation detection
統合コピー数の変動検出

1642. IRISFGM
Comprehensive Analysis of Gene Interactivity Networks Based on Single-Cell RNA-Seq
シングルセルRNA-Seqに基づく遺伝子相互作用ネットワークの包括的解析

1643. lapmix
Laplace Mixture Model in Microarray Experiments
マイクロアレイ実験におけるラプラス混合モデル

1644. MAI
Mechanism-Aware Imputation
メカニズムを考慮したインピュテーション

1645. maskBAD
Masking probes with binding affinity differences
結合親和性が異なるマスキングプローブ

1646. MCbiclust
Massive correlating biclusters for gene expression data and associated methods
遺伝子発現データと関連方法のための大規模相関二クラスタ

1647. MEAT
Muscle Epigenetic Age Test
筋エピジェネティック年齢検査

1648. metabCombiner
Method for Combining LC-MS Metabolomics Feature Measurements
LC-MSメタボロミクスの特徴的な測定値を組み合わせる方法

1649. MetCirc
Navigating mass spectral similarity in high-resolution MS/MS metabolomics data
高分解能MS / MSメタボロミクスデータにおけるマススペクトル類似性のナビゲート

1650. methylMnM
detect different methylation level (DMR)
異なるメチル化レベル（DMR）を検出

1651. mimager
mimager: The Microarray Imager
mimager：マイクロアレイイメージャー

1652. MinimumDistance
A Package for De Novo CNV Detection in Case-Parent Trios
ケース – 親トリオにおけるデノボCNV検出のためのパッケージ

1653. MMDiff2
Statistical Testing for ChIP-Seq data sets
ChIP-Seqデータセットの統計的検定

1654. mosbi
Molecular Signature identification using Biclustering
バイクラスタリングによる分子シグネチャーの同定

1655. MPFE
Estimation of the amplicon methylation pattern distribution from bisulphite sequencing data
重亜硫酸塩シークエンシングデータからのアンプリコンメチル化パターン分布の推定

1656. multicrispr
Multi-locus multi-purpose Crispr/Cas design
多拠点多目的クリスプ/キャスデザイン

1657. netOmics
Multi-Omics (time-course) network-based integration and interpretation
マルチオミックス（タイムコース）ネットワークベースの統合と解釈

1658. nnNorm
Spatial and intensity based normalization of cDNA microarray data based on robust neural nets
ロバストニューラルネットに基づくcDNAマイクロアレイデータの空間的および強度ベースの正規化

1659. NTW
Predict gene network using an Ordinary Differential Equation (ODE) based method
常微分方程式（ODE）に基づく方法を用いた遺伝子ネットワークの予測

1660. nucleoSim
Generate synthetic nucleosome maps
合成ヌクレオソームマップを作成する

1661. NxtIRFcore
Core Engine for NxtIRF: a User-Friendly Intron Retention and Alternative Splicing Analysis using the IRFinder Engine
NxtIRFのコアエンジン：IRFinderエンジンを用いたユーザーフレンドリーなイントロン保持と代替スプライシング解析

1662. occugene
Functions for Multinomial Occupancy Distribution
多項占有分布のための関数

1663. OLINgui
Graphical user interface for OLIN
OLINのグラフィカルユーザインタフェース

1664. packFinder
de novo Annotation of Pack-TYPE Transposable Elements
Pack-TYPE Transposable Elementsのde novoアノテーション

1665. pepStat
Statistical analysis of peptide microarrays
ペプチドマイクロアレイの統計解析

1666. PLPE
Local Pooled Error Test for Differential Expression with Paired High-throughput Data
一対のハイスループットデータを用いた微分発現のための局所プールエラーテスト

1667. proteinProfiles
Protein Profiling
タンパク質プロファイリング

1668. PSEA
Population-Specific Expression Analysis.
集団特異的発現分析

1669. ptairMS
Pre-processing PTR-TOF-MS Data
PTR-TOF-MSデータの前処理

1670. randRotation
Random Rotation Methods for High Dimensional Data with Batch Structure
バッチ構造を持つ高次元データのためのランダム回転法

1671. RareVariantVis
A suite for analysis of rare genomic variants in whole genome sequencing data
全ゲノム配列決定データにおけるまれなゲノム変異体の分析のためのスイート

1672. RCASPAR
A package for survival time prediction based on a piecewise baseline hazard Cox regression model.
区分ベースラインハザードCox回帰モデルに基づく生存期間予測のためのパッケージ

1673. recoup
An R package for the creation of complex genomic profile plots
複雑なゲノムプロファイルプロット作成用のRパッケージ

1674. rmspc
Multiple Sample Peak Calling
複数サンプルのピークキャリング

1675. rSWeeP
Functions to creation of low dimensional comparative matrices of Amino Acid Sequence occurrences
アミノ酸配列の低次元比較行列作成機能

1676. RTCA
Open-source toolkit to analyse data from xCELLigence System (RTCA)
xCELLigenceシステム（RTCA）からのデータを分析するためのオープンソースのツールキット

1677. scanMiR
scanMiR
scanMiR

1678. scGPS
A complete analysis of single cell subpopulations, from identifying subpopulations to analysing their relationship (scGPS = single cell Global Predictions of Subpopulation)
亜集団の特定からそれらの関係の分析までの単一細胞亜集団の完全な分析（scGPS =単一細胞亜集団のグローバル予測）

1679. SELEX
Functions for analyzing SELEX-seq data
SELEX-seqデータ解析機能

1680. semisup
Semi-Supervised Mixture Model
半教師付き混合モデル

1681. SpacePAC
Identification of Mutational Clusters in 3D Protein Space via Simulation.
シミュレーションによる3D蛋白質空間における突然変異クラスターの同定

1682. spiky
Spike-in calibration for cell-free MeDIP
セルフリーMeDIPのスパイクインキャリブレーション

1683. SQLDataFrame
Representation of SQL database in DataFrame metaphor
DataFrameメタファーでのSQLデータベースの表現

1684. stepNorm
Stepwise normalization functions for cDNA microarrays
cDNAマイクロアレイのための段階的正規化関数

1685. tigre
Transcription factor Inference through Gaussian process Reconstruction of Expression
ガウス過程による転写因子推論表現の再構築

1686. TIN
Transcriptome instability analysis
トランスクリプトーム不安定性解析

1687. TnT
Interactive Visualization for Genomic Features
ゲノム機能のための対話型可視化

1688. TransView
Read density map construction and accession. Visualization of ChIPSeq and RNASeq data sets
密度マップの作成と登録を読んでください。 ChIPSeqおよびRNASeqデータセットの可視化

1689. tripr
T-cell Receptor/Immunoglobulin Profiler (TRIP)
T細胞受容体/免疫グロブリンプロファイラー（TRIP）

1690. ASpediaFI
ASpedia-FI: Functional Interaction Analysis of Alternative Splicing Events
ASpedia-FI：代替スプライシングイベントの機能的相互作用分析

1691. benchdamic
Benchmark of differential abundance methods on microbiome data
マイクロバイオームデータを用いたディファレンシャルアバンダンス法のベンチマーク

1692. biodbUniprot
biodbUniprot, a library for connecting to the Uniprot Database
biodbUniprot: Uniprotデータベースへの接続用ライブラリ

1693. BUScorrect
Batch Effects Correction with Unknown Subtypes
不明なサブタイプによるバッチ効果の修正

1694. CellScore
Tool for Evaluation of Cell Identity from Transcription Profiles
転写プロファイルから細胞の同一性を評価するためのツール

1695. cfDNAPro
This Package Helps Characterise and Visualise Whole Genome Sequencing Data from Liquid Biopsy
このパッケージは、液体生検からの全ゲノムシークエンシングデータの特徴付けと可視化を支援します。

1696. chromDraw
chromDraw is a R package for drawing the schemes of karyotypes in the linear and circular fashion.
chromDrawは、核型のスキームを線型と円形で描画するためのRパッケージです。

1697. cliProfiler
A package for the CLIP data visualization
CLIPデータの視覚化のためのパッケージ

1698. clusterSeq
Clustering of high-throughput sequencing data by identifying co-expression patterns
共発現パターンの同定によるハイスループット配列決定データのクラスタリング

1699. CNViz
Copy Number Visualization
コピー数の視覚化

1700. CONFESS
Cell OrderiNg by FluorEScence Signal
蛍光シグナルによる細胞配列

1701. covEB
Empirical Bayes estimate of block diagonal covariance matrices
ブロック対角共分散行列の経験的ベイズ推定

1702. cycle
Significance of periodic expression pattern in time-series data
時系列データにおける周期的発現パターンの意義

1703. cytoKernel
Differential expression using kernel-based score test
カーネルベースのスコアテストを用いた差分発現

1704. ddPCRclust
Clustering algorithm for ddPCR data
ddPCRデータのためのクラスタリングアルゴリズム

1705. deco
Decomposing Heterogeneous Cohorts using Omic Data Profiling
オミックデータプロファイリングを用いた異種コホートの分解

1706. DeepPINCS
Protein Interactions and Networks with Compounds based on Sequences using Deep Learning
深層学習を用いた、配列に基づく化合物とタンパク質の相互作用とネットワーク

1707. dks
The double Kolmogorov-Smirnov package for evaluating multiple testing procedures.
多重試験法を評価するための二重コルモゴロフ – スミルノフパッケージ

1708. DMCHMM
Differentially Methylated CpG using Hidden Markov Model
隠れマルコフモデルを用いた示差的メチル化CpG

1709. epialleleR
Fast, Epiallele-Aware Methylation Reporter
エピアルルを考慮した高速メチル化レポーター

1710. evaluomeR
Evaluation of Bioinformatics Metrics
バイオインフォマティクスメトリクスの評価

1711. fcScan
fcScan for detecting clusters of coordinates with user defined options
ユーザー定義オプションを使用して座標のクラスターを検出するためのfcScan

1712. flowCHIC
Analyze flow cytometric data using histogram information
ヒストグラム情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

1713. geneAttribution
Identification of candidate genes associated with genetic variation
遺伝的変異に関連する候補遺伝子の同定

1714. hapFabia
hapFabia: Identification of very short segments of identity by descent (IBD) characterized by rare variants in large sequencing data
hapFabia：大規模シークエンシングデータにおけるまれな変異体を特徴とする家系による非常に短いセグメントの同一性（IBD）の同定

1715. mAPKL
A Hybrid Feature Selection method for gene expression data
遺伝子発現データのためのハイブリッド特徴選択法

1716. mBPCR
Bayesian Piecewise Constant Regression for DNA copy number estimation
DNAコピー数推定のためのベイジアン区分定数回帰

1717. MBttest
Multiple Beta t-Tests
多重ベータt検定

1718. microbiomeDASim
Microbiome Differential Abundance Simulation
ミクロビオームの微分存在量シミュレーション

1719. mirIntegrator
Integrating microRNA expression into signaling pathways for pathway analysis
経路分析のためのシグナル伝達経路へのマイクロRNA発現の統合

1720. msgbsR
msgbsR: methylation sensitive genotyping by sequencing (MS-GBS) R functions
msgbsR：配列決定によるメチル化感受性遺伝子型判定（MS-GBS）R機能

1721. MSstatsQCgui
A graphical user interface for MSstatsQC package
MSstatsQCパッケージ用のグラフィカルユーザーインターフェース

1722. MSstatsSampleSize
Simulation tool for optimal design of high-dimensional MS-based proteomics experiment
高次元MSベースのプロテオミクス実験の最適設計のためのシミュレーションツール

1723. netDx
Network-based patient classifier
ネットワークベースの患者分類器

1724. omicRexposome
Exposome and omic data associatin and integration analysis
エクスポソームおよびオミックスデータの関連付けおよび統合分析

1725. OmicsLonDA
Omics Longitudinal Differential Analysis
オミックス縦断的微分解析

1726. OMICsPCA
An R package for quantitative integration and analysis of multiple omics assays from heterogeneous samples
不均一試料からの多重オミックスアッセイの定量的統合および分析のためのRパッケージ

1727. oppar
Outlier profile and pathway analysis in R
Rにおける異常値プロファイルと経路解析

1728. ORFhunteR
Predict open reading frames in nucleotide sequences
ヌクレオチド配列からオープンリーディングフレームを予測する

1729. OTUbase
Provides structure and functions for the analysis of OTU data
OTUデータの分析のための構造と機能を提供します

1730. PANR
Posterior association networks and functional modules inferred from rich phenotypes of gene perturbations
遺伝子摂動の豊富な表現型から推論される事後関連ネットワークと機能モジュール

1731. pathVar
Methods to Find Pathways with Significantly Different Variability
有意に異なる変動性を有する経路を見出す方法

1732. periodicDNA
Set of tools to identify periodic occurrences of k-mers in DNA sequences
DNA配列中のk-merの周期的な出現を同定するためのツールセット

1733. PING
Probabilistic inference for Nucleosome Positioning with MNase-based or Sonicated Short-read Data
MNaseベースまたは超音波処理された短読データによるヌクレオソーム位置決めのための確率的推論

1734. plethy
R framework for exploration and analysis of respirometry data
呼吸測定データの調査と分析のためのRフレームワーク

1735. proFIA
Preprocessing of FIA-HRMS data
FIA-HRMSデータの前処理

1736. ProteoDisco
Generation of customized protein variant databases from genomic variants, splice-junctions and manual sequences
ゲノムバリアント、スプライスジャンクション、マニュアル配列からカスタマイズされたタンパク質バリアントデータベースの生成

1737. pvac
PCA-based gene filtering for Affymetrix arrays
Affymetrixアレイ用のPCAベースの遺伝子フィルタリング

1738. R3CPET
3CPET: Finding Co-factor Complexes in Chia-PET experiment using a Hierarchical Dirichlet Process
3CPET：階層的ディリクレ過程を用いたChia ‐ PET実験における補因子複合体の発見

1739. ReQON
Recalibrating Quality Of Nucleotides
ヌクレオチドの品質の再調整

1740. rfaRm
An R interface to the Rfam database
Rfam データベースへの R インターフェース

1741. rfPred
Assign rfPred functional prediction scores to a missense variants list
rfPred機能予測スコアをミスセンス変異体リストに割り当てる

1742. RGraph2js
Convert a Graph into a D3js Script
グラフをD3jsスクリプトに変換する

1743. ribor
An R Interface for Ribo Files
Ribo ファイルのための R インターフェース

1744. RNAdecay
Maximum Likelihood Decay Modeling of RNA Degradation Data
RNA分解データの最尤減衰モデリング

1745. RNAmodR.RiboMethSeq
Detection of 2′-O methylations by RiboMethSeq
RiboMethSeqによる2′-Oメチル化の検出

1746. RPA
RPA: Robust Probabilistic Averaging for probe-level analysis
RPA：プローブレベル分析のためのロバスト確率平均

1747. SDAMS
Differential Abundant Analysis for Metabolomics and Proteomics Data
メタボロミクスおよびプロテオミクスデータのための示差豊富分析

1748. seqCAT
High Throughput Sequencing Cell Authentication Toolkit
ハイスループットシーケンスセル認証ツールキット

1749. SigCheck
Check a gene signature’s prognostic performance against random signatures, known signatures, and permuted data/metadata
ランダムシグネチャ、既知のシグネチャ、および置換されたデータ/メタデータに対する遺伝子シグネチャの予後性能をチェックする

1750. sitePath
Detection of sites with fixation of amino acid substitutions in protein evolution
蛋白質進化におけるアミノ酸置換の固定を伴う部位の検出

1751. SOMNiBUS
Smooth modeling of bisulfite sequencing
バイサルファイトシークエンスのスムーズなモデリング

1752. sparsenetgls
Using Gaussian graphical structue learning estimation in generalized least squared regression for multivariate normal regression
多変量正規回帰のための一般化最小二乗回帰におけるガウスグラフィカル構造学習推定の使用

1753. SQUADD
Add-on of the SQUAD Software
SQUADソフトウェアのアドオン

1754. strandCheckR
Calculate strandness information of a bam file
BAMファイルの撚り情報を計算する

1755. syntenet
Inference And Analysis Of Synteny Networks
Synteny ネットワークの推論と解析

1756. TargetDecoy
Diagnostic Plots to Evaluate the Target Decoy Approach
ターゲット・デコイ・アプローチを評価するための診断プロット

1757. TFutils
TFutils
TFutils

1758. tRanslatome
Comparison between multiple levels of gene expression
複数レベルの遺伝子発現間の比較

1759. trigger
Transcriptional Regulatory Inference from Genetics of Gene ExpRession
遺伝子発現の遺伝学からの転写調節推論

1760. Ularcirc
Shiny app for canonical and back splicing analysis (i.e. circular and mRNA analysis)
標準およびバックスプライシング分析（すなわち、環状およびmRNA分析）のための光沢のあるアプリ

1761. UMI4Cats
UMI4Cats: Processing, analysis and visualization of UMI-4C chromatin contact data
UMI4Cats. UMI-4Cクロマチン接触データの処理、解析、可視化

1762. unifiedWMWqPCR
Unified Wilcoxon-Mann Whitney Test for testing differential expression in qPCR data
qPCRデータにおける差次的発現を試験するための統一Wilcoxon-Mann Whitney検定

1763. uSORT
uSORT: A self-refining ordering pipeline for gene selection
uSORT：遺伝子選択のための自己精製順序付けパイプライン

1764. wppi
Weighting protein-protein interactions
タンパク質-タンパク質相互作用の重み付け

1765. bandle
An R package to for the Bayesian analysis of differential subcellular localisation experiments
細胞内局在の差分をベイズ法で解析するためのRパッケージ

1766. BEARscc
BEARscc (Bayesian ERCC Assesstment of Robustness of Single Cell Clusters)
BEARscc（ベイズのERCCによる単一セルクラスタの堅牢性の評価）

1767. biodbHmdb
biodbHmdb, a library for connecting to the HMDB Database
biodbHmdb: HMDBデータベースへの接続用ライブラリ

1768. bnem
Training of logical models from indirect measurements of perturbation experiments
摂動実験の間接測定値からの論理モデルの学習

1769. CCPROMISE
PROMISE analysis with Canonical Correlation for Two Forms of High Dimensional Genetic Data
2つの形式の高次元遺伝データのための正準相関を用いたPROMISE分析

1770. CellBarcode
Cellular DNA Barcode Analysis toolkit
細胞DNAバーコード解析ツールキット

1771. ChIPXpress
ChIPXpress: enhanced transcription factor target gene identification from ChIP-seq and ChIP-chip data using publicly available gene expression profiles
ChIPXpress：公に入手可能な遺伝子発現プロファイルを用いたChIP-seqおよびChIP-chipデータからの転写因子標的遺伝子同定の強化

1772. combi
Compositional omics model based visual integration
組成オミックスモデルに基づく視覚的統合

1773. diffUTR
diffUTR: Streamlining differential exon and 3′ UTR usage
diffUTR: ディファレンシャルエクソンと3′ UTRの使用を効率化する

1774. DNABarcodeCompatibility
A Tool for Optimizing Combinations of DNA Barcodes Used in Multiplexed Experiments on Next Generation Sequencing Platforms
次世代シーケンシングプラットフォームでの多重実験で使用されるDNAバーコードの組み合わせを最適化するためのツール

1775. EBSEA
Exon Based Strategy for Expression Analysis of genes
遺伝子の発現解析のためのエクソンに基づく戦略

1776. eiR
Accelerated similarity searching of small molecules
小分子の加速類似検索

1777. epimutacions
Robust outlier identification for DNA methylation data
DNAメチル化データのロバストアウトライアー識別

1778. epistack
Heatmaps of Stack Profiles from Epigenetic Signals
エピジェネティックシグナルからスタックプロファイルのヒートマップを作成

1779. extraChIPs
Additional functions for working with ChIP-Seq data
ChIP-Seqデータを扱うための追加機能

1780. frenchFISH
Poisson Models for Quantifying DNA Copy-number from FISH Images of Tissue Sections
組織切片のFISH画像からDNAコピー数を定量化するためのポアソンモデル

1781. funtooNorm
Normalization Procedure for Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit
Infinium Human Methylization 450 BeadChipキットの正規化手順

1782. gaggle
Broadcast data between R and Gaggle
RとGaggleの間でデータをブロードキャストする

1783. geneClassifiers
Application of gene classifiers
遺伝子分類子の応用

1784. genomicInstability
Genomic Instability estimation for scRNA-Seq
scRNA-Seqにおけるゲノム不安定性の推定

1785. gmoviz
Seamless visualization of complex genomic variations in GMOs and edited cell lines
遺伝子組み換え作物や編集された細胞株における複雑なゲノム変異のシームレスな可視化

1786. HiLDA
Conducting statistical inference on comparing the mutational exposures of mutational signatures by using hierarchical latent Dirichlet allocation
階層型潜在ディリクレ割り当てを使用して、突然変異シグネチャの突然変異暴露を比較する統計的推論を実施する

1787. HIPPO
Heterogeneity-Induced Pre-Processing tOol
不均一性誘起前処理ツール

1788. icetea
Integrating Cap Enrichment with Transcript Expression Analysis
転写産物発現解析とキャップ濃縮の統合

1789. iChip
Bayesian Modeling of ChIP-chip Data Through Hidden Ising Models
隠れイジングモデルによるチップデータのベイズモデリング

1790. InTAD
Search for correlation between epigenetic signals and gene expression in TADs
TADにおけるエピジェネティックシグナルと遺伝子発現の間の相関関係の探索

1791. ipdDb
IPD IMGT/HLA and IPD KIR database for Homo sapiens
ホモサピエンスのためのIPD IMGT / HLAおよびIPD KIRデータベース

1792. ivygapSE
A SummarizedExperiment for Ivy-GAP data
Ivy-GAPデータの要約実験

1793. kissDE
Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data
RNA-Seqデータ中の条件特異的変異体を検索する

1794. LACE
Longitudinal Analysis of Cancer Evolution (LACE)
がんの進化の縦断的解析（LACE

1795. levi
Landscape Expression Visualization Interface
ランドスケープ表現可視化インタフェース

1796. LPEadj
A correction of the local pooled error (LPE) method to replace the asymptotic variance adjustment with an unbiased adjustment based on sample size.
漸近分散調整をサンプルサイズに基づく不偏調整で置き換えるための局所プール誤差（LPE）法の修正

1797. LRcell
Differential cell type change analysis using Logistic/linear Regression
Logistic/linear Regressionを用いた細胞型変化の差分解析

1798. MACSQuantifyR
Fast treatment of MACSQuantify FACS data
MACSQuantify FACSデータの高速処理

1799. MDTS
Detection of de novo deletion in targeted sequencing trios
標的シークエンシングトリオにおけるde novo欠失の検出

1800. Melissa
Bayesian clustering and imputationa of single cell methylomes
単細胞メチロームのベイジアンクラスタリングと代入

1801. MIGSA
Massive and Integrative Gene Set Analysis
大規模かつ統合的な遺伝子セット分析

1802. miRSM
Inferring miRNA sponge modules by integrating expression data and miRNA-target binding information
発現データとmiRNA標的結合情報の統合によるmiRNAスポンジモジュールの推論

1803. MOSim
Multi-Omics Simulation (MOSim)
マルチオミックスシミュレーション（MOSim）

1804. MQmetrics
Quality Control of Protemics Data
プロテミックデータの品質管理

1805. MsBackendRawFileReader
Mass Spectrometry Backend for Reading Thermo Fisher Scientific raw Files
サーモフィッシャーサイエンティフィック社の生ファイルを読むための質量分析バックエンド

1806. MSstatsLOBD
Assay characterization: estimation of limit of blanc(LoB) and limit of detection(LOD)
アッセイの特性評価：Limit of blanc(LoB)およびLimit of detection(LOD)の推定

1807. multiscan
R package for combining multiple scans
複数のスキャンを組み合わせるためのRパッケージ

1808. NADfinder
Call wide peaks for sequencing data
シーケンシングデータの広いピークを呼び出す

1809. parglms
support for parallelized estimation of GLMs/GEEs
GLM / GEEの並列推定のサポート

1810. PAST
Pathway Association Study Tool (PAST)
パスウェイアソシエーション研究ツール（PAST）

1811. PhenoGeneRanker
PhenoGeneRanker: A gene and phenotype prioritization tool
PhenoGeneRanker: 遺伝子と表現型の優先順位付けツール

1812. proBAMr
Generating SAM file for PSMs in shotgun proteomics data
ショットガンプロテオミクスデータにおけるPSM用のSAMファイルの生成

1813. procoil
Prediction of Oligomerization of Coiled Coil Proteins
コイルドコイルタンパク質のオリゴマー化の予測

1814. PROMISE
PRojection Onto the Most Interesting Statistical Evidence
最も興味深い統計的証拠への射影

1815. Rbec
Rbec: a tool for analysis of amplicon sequencing data from synthetic microbial communities
Rbec: 合成微生物群集からのアンプリコンシークエンスデータの解析ツール

1816. RcwlPipelines
Bioinformatics pipelines based on Rcwl
Rcwlに基づくバイオインフォマティクスパイプライン

1817. RepViz
Replicate oriented Visualization of a genomic region
ゲノム領域の複製指向の可視化

1818. rgsepd
Gene Set Enrichment / Projection Displays
遺伝子セット濃縮/投影ディスプレイ

1819. RLSeq
RLSeq: An analysis package for R-loop mapping data
RLSeq: R-loopマッピングデータの解析パッケージ

1820. rsemmed
An interface to the Semantic MEDLINE database
セマンティックMEDLINEデータベースへのインターフェース

1821. RTopper
This package is designed to perform Gene Set Analysis across multiple genomic platforms
このパッケージは、複数のゲノムプラットフォームにわたってGene Set Analysisを実行するように設計されています。

1822. sagenhaft
Collection of functions for reading and comparing SAGE libraries
SAGEライブラリーを読んで比較するための関数集

1823. sampleClassifier
Sample Classifier
サンプル分類器

1824. SCArray
Large-scale single-cell RNA-seq data manipulation with GDS files
GDSファイルによる大規模なシングルセルRNA-seqデータの操作

1825. SCATE
SCATE: Single-cell ATAC-seq Signal Extraction and Enhancement
SCATE:シングルセルATAC-seqシグナル抽出とエンハンスメント

1826. sevenC
Computational Chromosome Conformation Capture by Correlation of ChIP-seq at CTCF motifs
CTCFモチーフでのChIP ‐ seqの相関による染色体の立体配座計算

1827. SingleMoleculeFootprinting
Analysis tools for Single Molecule Footprinting (SMF) data
Single Molecule Footprinting（SMF）データの解析ツール

1828. SMAD
Statistical Modelling of AP-MS Data (SMAD)
AP-MSデータの統計的モデリング（SMAD）

1829. StarBioTrek
StarBioTrek
StarBioTrek

1830. supersigs
Supervised mutational signatures
スーパーバイズド・ミューテーション・シグネチャー

1831. TileDBArray
Using TileDB as a DelayedArray Backend
TileDBをDelayedArrayバックエンドとして使用する

1832. transformGamPoi
Variance Stabilizing Transformation for Gamma-Poisson Models
ガンマ・ポアソンモデルのための分散安定化変換

1833. traseR
GWAS trait-associated SNP enrichment analyses in genomic intervals
ゲノム間隔におけるGWAS形質関連SNP濃縮分析

1834. trena
Fit transcriptional regulatory networks using gene expression, priors, machine learning
遺伝子発現、事前知識、機械学習を使用して転写制御ネットワークを適合させる

1835. TurboNorm
A fast scatterplot smoother suitable for microarray normalization
マイクロアレイ正規化に適した高速散布図スムーザー

1836. beer
Bayesian Enrichment Estimation in R
Rによるベイズ推定

1837. BUSseq
Batch Effect Correction with Unknow Subtypes for scRNA-seq data
scRNA-seqデータのUnknow Subtypesによるバッチ効果補正

1838. cageminer
Candidate Gene Miner
候補遺伝子マイナー

1839. CexoR
An R package to uncover high-resolution protein-DNA interactions in ChIP-exo replicates
ChIP ‐ exoレプリケートにおける高分解能蛋白質‐DNA相互作用を明らかにするためのRパッケージ

1840. CIMICE
CIMICE-R: (Markov) Chain Method to Inferr Cancer Evolution
CIMICE-R: (マルコフ)連鎖法による癌の進化の予測

1841. coMethDMR
Accurate identification of co-methylated and differentially methylated regions in epigenome-wide association studies
エピゲノムワイド関連研究での共メチル化領域および差次メチル化領域の正確な同定

1842. CSSQ
Chip-seq Signal Quantifier Pipeline
チップシーク信号の定量化パイプライン

1843. cytoMEM
Marker Enrichment Modeling (MEM)
マーカーエンリッチメントモデリング(MEM)

1844. DelayedTensor
R package for sparse and out-of-core arithmetic and decomposition of Tensor
テンソルのスパース・アウトオブコア演算・分解のためのRパッケージ

1845. DifferentialRegulation
Differentially regulated genes from scRNA-seq data
scRNA-seqデータからの制御された遺伝子の差分化

1846. DMCFB
Differentially Methylated Cytosines via a Bayesian Functional Approach
ベイジアン機能的アプローチによる差別的にメチル化されたシトシン

1847. Doscheda
A DownStream Chemo-Proteomics Analysis Pipeline
ダウンストリーム化学プロテオミクス分析パイプライン

1848. ERSSA
Empirical RNA-seq Sample Size Analysis
経験的RNA-seqサンプルサイズ分析

1849. ExCluster
ExCluster robustly detects differentially expressed exons between two conditions of RNA-seq data, requiring at least two independent biological replicates per condition
ExClusterはRNA-seqデータの2つの条件間で差次的に発現されたエクソンをロバストに検出するため、条件ごとに少なくとも2つの独立した生物学的複製が必要です

1850. FilterFFPE
FFPE Artificial Chimeric Read Filter for NGS data
NGSデータのためのFFPE人工キメラリードフィルター

1851. FunChIP
Clustering and Alignment of ChIP-Seq peaks based on their shapes
形状に基づくChIP-Seqピークのクラスタリングと整列

1852. GA4GHshiny
Shiny application for interacting with GA4GH-based data servers
GA4GHベースのデータサーバと対話するための光沢のあるアプリケーション

1853. GenomicOZone
Delineate outstanding genomic zones of differential gene activity
差次的な遺伝子活性の顕著なゲノムゾーンを描く

1854. GMRP
GWAS-based Mendelian Randomization and Path Analyses
GWASに基づくメンデルランダム化と経路解析

1855. IgGeneUsage
Differential gene usage in immune repertoires
免疫レパートリーにおける異なる遺伝子使用

1856. IWTomics
Interval-Wise Testing for Omics Data
オミックスデータのための区間ごとのテスト

1857. MADSEQ
Mosaic Aneuploidy Detection and Quantification using Massive Parallel Sequencing Data
大規模並列シーケンスデータを用いたモザイク異数性検出と定量化

1858. MethTargetedNGS
Perform Methylation Analysis on Next Generation Sequencing Data
次世代シーケンスデータでメチル化解析を実行する

1859. MSstatsLiP
LiP Significance Analysis in shotgun mass spectrometry-based proteomic experiments
ショットガン質量分析ベースのプロテオミクス実験におけるLiP意義分析

1860. NBSplice
Negative Binomial Models to detect Differential Splicing
差動スプライシングを検出するための負の二項モデル

1861. nempi
Inferring unobserved perturbations from gene expression data
遺伝子発現データから観察されない摂動を推測する

1862. OPWeight
Optimal p-value weighting with independent information
独立情報を用いた最適p値重み付け

1863. pageRank
Temporal and Multiplex PageRank for Gene Regulatory Network Analysis
遺伝子制御ネットワーク解析のための時間的および多重PageRank

1864. phosphonormalizer
Compensates for the bias introduced by median normalization in phosphoproteomics
ホスホプロテオミクスにおける中央値正規化によって導入されたバイアスを補正します

1865. PoDCall
Positive Droplet Calling for DNA Methylation Droplet Digital PCR
DNAメチル化ドロップレットデジタルPCRのポジティブドロップレットコーリング

1866. POWSC
Simulation, power evaluation, and sample size recommendation for single cell RNA-seq
シングルセルRNA-seqのシミュレーション、パワー評価、およびサンプルサイズの推奨

1867. prebs
Probe region expression estimation for RNA-seq data for improved microarray comparability
改善されたマイクロアレイ比較可能性のためのRNA配列データのためのプローブ領域発現推定

1868. PROPS
PRObabilistic Pathway Score (PROPS)
確率的経路スコア（PROPS）

1869. Qtlizer
Qtlizer: comprehensive QTL annotation of GWAS results
Qtlizer：GWAS結果の包括的なQTLアノテーション

1870. RadioGx
Analysis of Large-Scale Radio-Genomic Data
大規模ラジオ・ゲノムデータの解析

1871. REBET
The subREgion-based BurdEn Test (REBET)
サブリージョンベースのBurdEnテスト（REBET）

1872. RJMCMCNucleosomes
Bayesian hierarchical model for genome-wide nucleosome positioning with high-throughput short-read data (MNase-Seq)
ハイスループット・ショートリードデータを用いたゲノムワイドなヌクレオソームポジショニングのためのベイジアン階層モデル（MNase-Seq）

1873. Rmmquant
RNA-Seq multi-mapping Reads Quantification Tool
RNA-Seqマルチマッピングによる定量ツールの読み取り

1874. rqt
rqt: utilities for gene-level meta-analysis
rqt：遺伝子レベルのメタ分析のためのユーティリティ

1875. RVS
Computes estimates of the probability of related individuals sharing a rare variant
関連する個人が稀な変異を共有する確率の推定値を計算します

1876. scBFA
A dimensionality reduction tool using gene detection pattern to mitigate noisy expression profile of scRNA-seq
scRNA-seqのノイズのある発現プロファイルを緩和するための遺伝子検出パターンを使用した次元削減ツール

1877. scoreInvHap
Get inversion status in predefined regions
事前定義された地域のインバージョンステータスを取得する

1878. SemDist
Information Accretion-based Function Predictor Evaluation
情報付加に基づく機能予測評価

1879. SigFuge
SigFuge
SigFuge

1880. sigsquared
Gene signature generation for functionally validated signaling pathways
機能的に検証されたシグナル伝達経路のための遺伝子サイン生成

1881. SimBindProfiles
Similar Binding Profiles
同様の結合プロファイル

1882. SNPhood
SNPhood: Investigate, quantify and visualise the epigenomic neighbourhood of SNPs using NGS data
SNPhood：NGSデータを使用してSNPのエピゲノム近傍を調査、定量化、および視覚化する

1883. spkTools
Methods for Spike-in Arrays
スパイクイン配列のメソッド

1884. srnadiff
Differential Expression of Small RNA-Seq
低分子RNAシーケンスの差次的発現

1885. sscu
Strength of Selected Codon Usage
選択されたコドン使用法の強度

1886. Summix
Summix R Package
Summix Rパッケージ

1887. target
Predict Combined Function of Transcription Factors
転写因子の複合機能を予測する

1888. Uniquorn
Identification of cancer cell lines based on their weighted mutational/ variational fingerprint
それらの加重突然変異/変異フィンガープリントに基づく癌細胞株の同定

1889. VAExprs
Generating Samples of Gene Expression Data with Variational Autoencoders
変分オートエンコーダを使用した遺伝子発現データのサンプルの生成

1890. VaSP
Quantification and Visualization of Variations of Splicing in Population
母集団におけるスプライシングのバリエーションの定量化と可視化

1891. VCFArray
Representing on-disk / remote VCF files as array-like objects
ディスク上/リモートのVCFファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

1892. VegaMC
VegaMC: A Package Implementing a Variational Piecewise Smooth Model for Identification of Driver Chromosomal Imbalances in Cancer
VegaMC：癌におけるドライバー染色体不均衡の同定のための変分区分平滑モデルを実装するパッケージ

1893. VERSO
Viral Evolution ReconStructiOn (VERSO)
Viral Evolution ReconStructiOn(VERSO)

1894. ArrayExpressHTS
ArrayExpress High Throughput Sequencing Processing Pipeline
ArrayExpressハイスループットシーケンス処理パイプライン

1895. BayesKnockdown
BayesKnockdown: Posterior Probabilities for Edges from Knockdown Data
ベイズノックダウン：ノックダウンデータからのエッジの事後確率

1896. biodbNcbi
biodbNcbi, a library for connecting to NCBI Databases.
biodbNcbi, NCBIデータベースへの接続用ライブラリ

1897. BUMHMM
Computational pipeline for computing probability of modification from structure probing experiment data
構造探査実験データからの修正確率を計算するための計算パイプライン

1898. divergence
Divergence: Functionality for assessing omics data by divergence with respect to a baseline
発散：ベースラインに関して発散によってオミックスデータを評価するための機能

1899. DMRScan
Detection of Differentially Methylated Regions
異なるメチル化領域の検出

1900. DominoEffect
Identification and Annotation of Protein Hotspot Residues
蛋白質ホットスポット残基の同定と注釈

1901. Dune
Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery
シングルセルRNA-Seq細胞型発見における複製性の向上

1902. eudysbiome
Cartesian plot and contingency test on 16S Microbial data
16 S微生物データに関するデカルトプロットと分割テスト

1903. famat
Functional analysis of metabolic and transcriptomic data
代謝データとトランスクリプトームデータの機能解析

1904. fedup
Fisher’s Test for Enrichment and Depletion of User-Defined Pathways
Fisher’s Test for Enrichment and Depletion of User-Defined Pathways（ユーザー定義パスウェイの濃縮と枯渇に関するフィッシャーの検定

1905. IsoCorrectoRGUI
Graphical User Interface for IsoCorrectoR
IsoCorrectoRのグラフィカルユーザーインターフェース

1906. LinTInd
Lineage tracing by indels
インデルを用いた系統の追跡

1907. MatrixRider
Obtain total affinity and occupancies for binding site matrices on a given sequence
与えられた配列上の結合部位マトリックスに対する総親和性と占有率を求める

1908. MethPed
A DNA methylation classifier tool for the identification of pediatric brain tumor subtypes
小児脳腫瘍サブタイプの同定のためのDNAメチル化分類ツール

1909. MiChip
MiChip Parsing and Summarizing Functions
MiChipの構文解析および要約機能

1910. miRcomp
Tools to assess and compare miRNA expression estimatation methods
miRNA発現推定法を評価および比較するためのツール

1911. miRmine
Data package with miRNA-seq datasets from miRmine database as RangedSummarizedExperiment
RangedSummarizedExperimentとしてのmiRmineデータベースからのmiRNA-seqデータセットを含むデータパッケージ

1912. missRows
Handling Missing Individuals in Multi-Omics Data Integration
マルチオミックスデータ統合における行方不明者の処理

1913. ncGTW
Alignment of LC-MS Profiles by Neighbor-wise Compound-specific Graphical Time Warping with Misalignment Detection
LC-MSプロファイルのアライメントは、アライメントのずれを検出したネイバーワイズ化合物固有のグラフィカルタイムワーピングによる。

1914. nearBynding
Discern RNA structure proximal to protein binding
タンパク質結合近位のRNA構造を見分ける

1915. normalize450K
Preprocessing of Illumina Infinium 450K data
Illumina Infinium 450Kデータの前処理

1916. omicsViewer
Interactive and explorative visualization of SummarizedExperssionSet or ExpressionSet using omicsViewer
omicsViewerを用いたSummarizedExperssionSetまたはExpressionSetの対話的・探索的な可視化

1917. oncomix
Identifying Genes Overexpressed in Subsets of Tumors from Tumor-Normal mRNA Expression Data
腫瘍正常mRNA発現データからの腫瘍のサブセットにおいて過剰発現される遺伝子の同定

1918. PDATK
Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Tool-Kit
膵臓腺癌ツールキット

1919. pogos
PharmacOGenomics Ontology Support
Pharmacogenomicsオントロジーサポート

1920. pram
Pooling RNA-seq datasets for assembling transcript models
転写物モデルを組み立てるためのプールRNAシーケンスデータセット

1921. preciseTAD
preciseTAD: A machine learning framework for precise TAD boundary prediction
preciseTAD:精密なTAD境界予測のための機械学習フレームワーク

1922. primirTSS
Prediction of pri-miRNA Transcription Start Site
プリmiRNA転写開始部位の予測

1923. rScudo
Signature-based Clustering for Diagnostic Purposes
診断目的のためのシグネチャベースのクラスタリング

1924. SCFA
SCFA: Subtyping via Consensus Factor Analysis
SCFA:コンセンサス因子分析によるサブタイプ化

1925. scTHI
Indentification of significantly activated ligand-receptor interactions across clusters of cells from single-cell RNA sequencing data
単一細胞のRNAシークエンシングデータから、細胞クラスター間の有意に活性化されたリガンド-受容体相互作用の同定

1926. scTreeViz
R/Bioconductor package to interactively explore and visualize single cell RNA-seq datasets with hierarhical annotations
シングルセルRNA-seqデータセットを階層的なアノテーションでインタラクティブに探索・可視化するR/Bioconductorパッケージ

1927. SigsPack
Mutational Signature Estimation for Single Samples
単一サンプルの変異シグネチャ推定

1928. SIMAT
GC-SIM-MS data processing and alaysis tool
GC-SIM-MSデータ処理および分析ツール

1929. skewr
Visualize Intensities Produced by Illumina’s Human Methylation 450k BeadChip
イルミナのヒトメチル化による強度の可視化450k BeadChip

1930. spqn
Spatial quantile normalization
空間分位正規化

1931. sSNAPPY
Single Sample directioNAl Pathway Perturbation analYsis
単一サンプル指向性パスウェイ摂動解析

1932. staRank
Stability Ranking
安定性ランキング

1933. STROMA4
Assign Properties to TNBC Patients
TNBC患者にプロパティを割り当てる

1934. SynMut
SynMut: Designing Synonymously Mutated Sequences with Different Genomic Signatures
SynMut：異なるゲノムシグネチャを持つ同義変異配列の設計

1935. systemPipeTools
Tools for data visualization
データ可視化用ツール

1936. TarSeqQC
TARgeted SEQuencing Experiment Quality Control
ターゲットシークエンス実験の品質管理

1937. ternarynet
Ternary Network Estimation
三値ネットワーク推定

1938. TRESS
Toolbox for mRNA epigenetics sequencing analysis
mRNAエピジェネティクスシークエンス解析用ツールボックス

1939. TVTB
TVTB: The VCF Tool Box
TVTB：VCFツールボックス

1940. VarCon
VarCon: an R package for retrieving neighboring nucleotides of an SNV
VarCon: SNVの隣接するヌクレオチドを検索するためのRパッケージ

1941. vtpnet
variant-transcription factor-phenotype networks
変異転写因子表現型ネットワーク

1942. vulcan
VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks
ネットワークを利用したVirtUaL ChIP-Seqデータ解析

1943. Cogito
Compare genomic intervals tool – Automated, complete, reproducible and clear report about genomic and epigenomic data sets
ゲノム間隔ツールの比較：ゲノムおよびエピゲノムデータセットに関する、自動化された、完全で再現性のある明確なレポートを提供

1944. cyanoFilter
Phytoplankton Population Identification using Cell Pigmentation and/or Complexity
細胞の色素沈着や複雑性を利用した植物プランクトンの個体識別

1945. epihet
Determining Epigenetic Heterogeneity from Bisulfite Sequencing Data
亜硫酸水素塩配列決定データからのエピジェネティックな不均一性の決定

1946. hummingbird
Bayesian Hidden Markov Model for the detection of differentially methylated regions
異なるメチル化領域の検出のためのベイジアン隠れマルコフモデル

1947. iCheck
QC Pipeline and Data Analysis Tools for High-Dimensional Illumina mRNA Expression Data
高次元イルミナmRNA発現データのためのQCパイプラインとデータ分析ツール

1948. iPath
iPath pipeline for detecting perturbed pathways at individual level
個人レベルで摂動されたパスウェイを検出するiPathパイプライン

1949. mitoClone2
Clonal Population Identification in Single-Cell RNA-Seq Data using Mitochondrial and Somatic Mutations
ミトコンドリア変異および体細胞変異を用いたシングルセルRNA-Seqデータにおけるクローン集団の同定

1950. ModCon
Modifying splice site usage by changing the mRNP code, while maintaining the genetic code
遺伝暗号を維持したままmRNPコードを変更してスプライスサイトの使用法を変更する

1951. MouseFM
In-silico methods for genetic finemapping in inbred mice
インシリコ法を用いた近親マウスの遺伝的ファインマップ法の開発

1952. NBAMSeq
Negative Binomial Additive Model for RNA-Seq Data
RNA ‐ Seqデータのための負の二項加法モデル

1953. NeuCA
NEUral network-based single-Cell Annotation tool
NEUralネットワークベースのシングルセルアノテーションツール

1954. padma
Individualized Multi-Omic Pathway Deviation Scores Using Multiple Factor Analysis
多因子分析を用いた個別化マルチオーミック経路偏差スコア

1955. PFP
Pathway Fingerprint Framework in R
Rによるパスウェイフィンガープリントフレームワーク

1956. ppcseq
Probabilistic Outlier Identification for RNA Sequencing Generalized Linear Models
RNAシーケンスのための確率的な外れ値の同定 一般化線形モデル

1957. qmtools
Quantitative Metabolomics Data Processing Tools
定量的メタボロミクスデータ処理ツール

1958. RAREsim
Simulation of Rare Variant Genetic Data
希少バリアント遺伝子データのシミュレーション

1959. ReactomeGraph4R
Interface for the Reactome Graph Database
Reactome Graph Databaseのインターフェース

1960. RIVER
R package for RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation)
RIVER用Rパッケージ（RNA情報による変異制御効果）

1961. rnaEditr
Statistical analysis of RNA editing sites and hyper-editing regions
RNA編集部位と超編集領域の統計的解析

1962. RNAmodR.ML
Detecting patterns of post-transcriptional modifications using machine learning
機械学習を使用した転写後修飾のパターンの検出

1963. ROSeq
A Rank Based Approach to Modeling Gene Expression
遺伝子発現をモデル化するためのランクベースのアプローチ

1964. Rtpca
Thermal proximity co-aggregation with R
Rとの熱近接共集合

1965. Scale4C
Scale4C: an R/Bioconductor package for scale-space transformation of 4C-seq data
Scale 4 C：4 Cシーケンスデータのスケール空間変換のためのR / Bioconductorパッケージ

1966. SplicingFactory
Splicing Diversity Analysis for Transcriptome Data
トランスクリプトームデータのスプライシング多様性解析

1967. ToxicoGx
Analysis of Large-Scale Toxico-Genomic Data
大規模トキシコゲノムデータの解析

1968. TrajectoryGeometry
This Package Discovers Directionality in Time and Pseudo-times Series of Gene Expression Patterns
このパッケージは、遺伝子発現パターンの時系列および擬似時系列における方向性を発見する

1969. weitrix
Weighted matrix manipulation, finding components of variation with weighted or sparse data
重み付き行列操作，重み付きまたは疎なデータを用いた変動成分の検出

1970. biodbLipidmaps
biodbLipidmaps, a library for connecting to the Lipidmaps Structure database
biodbLipidmaps: Lipidmaps構造データベースに接続するためのライブラリ

1971. CAEN
Category encoding method for selecting feature genes for the classification of single-cell RNA-seq
シングルセルRNA-seqの分類のために特徴的な遺伝子を選択するためのカテゴリーエンコーディング手法

1972. CBEA
Competitive Balances for Taxonomic Enrichment Analysis in R
Rで分類学的エンリッチメント分析のための競合バランス

1973. crisprBwa
BWA-based alignment of CRISPR gRNA spacer sequences
BWA による CRISPR gRNA スペーサー配列のアライメント

1974. deltaCaptureC
This Package Discovers Meso-scale Chromatin Remodeling from 3C Data
このパッケージは、3Cデータからメソスケールクロマチンリモデリングを検出します

1975. epidecodeR
epidecodeR: a functional exploration tool for epigenetic and epitranscriptomic regulation
epidecodeR: エピジェネティックおよびエピトランスクリプトーム制御のための機能探索ツール

1976. GeneAccord
Detection of clonally exclusive gene or pathway pairs in a cohort of cancer patients
癌患者のコホートにおけるクローン的に排他的な遺伝子または経路ペアの検出

1977. GenomicInteractionNodes
A R/Bioconductor package to detect the interaction nodes from HiC/HiChIP/HiCAR data
HiC/HiChIP/HiCARデータから相互作用ノードを検出するためのR/Bioconductorパッケージ

1978. loci2path
Loci2path: regulatory annotation of genomic intervals based on tissue-specific expression QTLs
Loci2path：組織特異的発現QTLに基づくゲノム間隔の規制注釈

1979. marr
Maximum rank reproducibility
最大ランクの再現性

1980. MBECS
Evaluation and correction of batch effects in microbiome data-sets
マイクロバイオームデータセットにおけるバッチ効果の評価と補正

1981. MEB
A Minimum Enclosing Ball (MEB) method to detect differential expression genes for RNA-seq data
RNA-seqデータの差次的発現遺伝子を検出するための最小包囲ボール（MEB）メソッド

1982. MuData
Serialization for MultiAssayExperiment Objects
MultiAssayExperimentオブジェクトのシリアライズ

1983. NeighborNet
Neighbor_net analysis
ネイバーネット分析

1984. netboost
Network Analysis Supported by Boosting
ブースティングでサポートされるネットワーク分析

1985. OVESEG
OVESEG-test to detect tissue/cell-specific markers
組織/細胞特異的マーカーを検出するためのOVESEGテスト

1986. PanomiR
Detection of miRNAs that regulate interacting groups of pathways
パスウェイの相互作用群を制御するmiRNAの検出

1987. peco
A Supervised Approach for **P**r**e**dicting **c**ell Cycle Pr**o**gression using scRNA-seq data
scRNA-seqデータを用いた**p**r**e***細胞周期の**p**r**e***進行予測のためのスーパーバイズド・アプローチ

1988. profileScoreDist
Profile score distributions
プロファイルスコア分布

1989. protGear
Protein Micro Array Data Management and Interactive Visualization
プロテインマイクロアレイのデータ管理とインタラクティブな可視化

1990. receptLoss
Unsupervised Identification of Genes with Expression Loss in Subsets of Tumors
教師なしで腫瘍のサブセットで発現が低下している遺伝子の同定

1991. reconsi
Resampling Collapsed Null Distributions for Simultaneous Inference
同時推論のための折りたたまれたヌル分布のリサンプリング

1992. regsplice
L1-regularization based methods for detection of differential splicing
ディファレンシャルスプライシングの検出のためのL1正則化ベースの方法

1993. RiboCrypt
Interactive visualization in genomics
ゲノミクスにおけるインタラクティブな視覚化

1994. rTRMui
A shiny user interface for rTRM
rTRM用の光沢のあるユーザーインターフェース

1995. sarks
Suffix Array Kernel Smoothing for discovery of correlative sequence motifs and multi-motif domains
相関性のある配列モチーフとマルチモチーフドメインの発見のためのサフィックス配列カーネルスムージング

1996. scanMiRApp
scanMiR shiny application
scanMiRシャイニーアプリケーション

1997. scatterHatch
Creates hatched patterns for scatterplots
散布図のハッチングパターンを作成

1998. sccomp
Robust Outlier-aware Estimation of Composition and Heterogeneity for Single-cell Data
シングルセルデータの組成と不均一性のアウトライアを考慮したロバストな推定

1999. Sconify
A toolkit for performing KNN-based statistics for flow and mass cytometry data
フローおよびマスサイトメトリーデータについてKNNベースの統計を実行するためのツールキット

2000. segmenter
Perform Chromatin Segmentation Analysis in R by Calling ChromHMM
RでChromHMMを呼び出してクロマチンセグメンテーション解析を行う

2001. SIMD
Statistical Inferences with MeDIP-seq Data (SIMD) to infer the methylation level for each CpG site
各CpG部位のメチル化レベルを推測するためのMeDIP-seqデータ（SIMD）による統計的推論

2002. SimFFPE
NGS Read Simulator for FFPE Tissue
FFPE組織用NGSリードシミュレータ

2003. sitadela
An R package for the easy provision of simple but complete tab-delimited genomic annotation from a variety of sources and organisms
様々なソースや生物からのシンプルかつ完全なタブ区切りのゲノムアノテーションを簡単に提供するためのRパッケージです。

2004. spatzie
Identification of enriched motif pairs from chromatin interaction data
クロマチン相互作用データから濃縮されたモチーフペアの同定

2005. SPLINTER
Splice Interpreter Of Transcripts
トランスクリプトのスプライスインタプリタ

2006. surfaltr
Rapid Comparison of Surface Protein Isoform Membrane Topologies Through surfaltr
surfaltrによる表面蛋白質アイソフォームの膜トポロジーの迅速な比較

2007. tLOH
Assessment of evidence for LOH in spatial transcriptomics pre-processed data using Bayes factor calculations
ベイズ因子計算を用いた空間トランスクリプトミクス前処理データにおけるLOHの証拠の評価

2008. transomics2cytoscape
A tool set for 3D Trans-Omic network visualization with Cytoscape
Cytoscapeによる3Dトランスオムネットワーク可視化ツールセット

2009. traviz
Trajectory functions for visualization and interpretation.
視覚化と解釈のための軌跡関数

2010. treekoR
Cytometry Cluster Hierarchy and Proportions to Parent
Cytometry Cluster Hierarchy and Proportions to Parent

2011. biodbMirbase
biodbMirbase, a library for connecting to miRBase mature database
biodbMirbase, miRBase matureデータベースへの接続用ライブラリ

2012. BOBaFIT
Refitting diploid region profiles using a clustering procedure
クラスタリング手順を用いた二倍体領域プロファイルのリフィット

2013. censcyt
Differential abundance analysis with a right censored covariate in high-dimensional cytometry
高次元サイトメトリーにおける右打ち切り共変量を用いたディファレンシャル・アバンダンス解析

2014. CNVMetrics
Copy Number Variant Metrics
コピー数バリアントメトリクス

2015. dStruct
Identifying differentially reactive regions from RNA structurome profiling data
RNA構造体プロファイリングデータからの反応性の異なる領域の特定

2016. lineagespot
Detection of SARS-CoV-2 lineages in wastewater samples using next-generation sequencing
次世代シーケンサーによる排水サンプル中のSARS-CoV-2系統の検出

2017. LinkHD
LinkHD: a versatile framework to explore and integrate heterogeneous data
LinkHD：異種データを調査および統合するための汎用フレームワーク

2018. LowMACA
LowMACA – Low frequency Mutation Analysis via Consensus Alignment
LowMACA – コンセンサスアライメントによる低頻度変異解析

2019. m6Aboost
m6Aboost
m6Aboost

2020. methylscaper
Visualization of Methylation Data
メチル化データの可視化

2021. MobilityTransformR
Effective mobility scale transformation of CE-MS(/MS) data
CE-MS(/MS)データの効率的なモビリティスケール変換

2022. Motif2Site
Detect binding sites from motifs and ChIP-seq experiments, and compare binding sites across conditions
モチーフやChIP-seq実験から結合部位を検出し、条件間で結合部位を比較することができます。

2023. multiSight
Multi-omics Classification, Functional Enrichment and Network Inference analysis
マルチオミクスの分類、機能濃縮、ネットワーク推論分析

2024. oneSENSE
One-Dimensional Soli-Expression by Nonlinear Stochastic Embedding (OneSENSE)
非線形確率埋め込みによる一次元ソリ表現（OneSENSE）

2025. oppti
Outlier Protein and Phosphosite Target Identifier
外れ値のタンパク質とリン酸のターゲット識別子

2026. optimalFlow
optimalFlow
最適フロー

2027. pengls
Fit Penalised Generalised Least Squares models
罰則付き一般化最小二乗モデルのフィット

2028. qsvaR
Generate Quality Surrogate Variable Analysis for Degradation Correction
劣化補正のための高品質サロゲート変数解析の生成

2029. RIPAT
Retroviral Integration Pattern Analysis Tool (RIPAT)
レトロウイルス統合パターン解析ツール(RIPAT)

2030. RNAsense
Analysis of Time-Resolved RNA-Seq Data
時間分解RNA-Seqデータの分析

2031. ROCpAI
Receiver Operating Characteristic Partial Area Indexes for evaluating classifiers
分類器を評価するための受信機動作特性部分面積指数

2032. RolDE
RolDE: Robust longitudinal Differential Expression
RolDE ロバストな縦断的差分発現

2033. scReClassify
scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell RNA-seq data
scReClassify: シングルセルRNA-seqデータのポストホック細胞タイプ分類

2034. scShapes
A Statistical Framework for Modeling and Identifying Differential Distributions in Single-cell RNA-sequencing Data
単一細胞RNAシーケンシングデータの差異分布をモデル化および特定するための統計的フレームワーク

2035. selectKSigs
Selecting the number of mutational signatures using a perplexity-based measure and cross-validation
パープレキシシティに基づく測定とクロスバリデーションを用いた突然変異シグネチャの数の選択

2036. SEPIRA
Systems EPigenomics Inference of Regulatory Activity
システムエピゲノミクス規制活動の推論

2037. SeqGate
Filtering of Lowly Expressed Features
表現力の低い特徴のフィルタリング

2038. SpotClean
SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data
SpotClean は空間的トランスクリプトミクスデータにおけるスポットスワッピングを調整する

2039. ssPATHS
ssPATHS: Single Sample PATHway Score
ssPATHS：単一サンプルPATHwayスコア

2040. synapsis
An R package to automate the analysis of double-strand break repair during meiosis
減数分裂時の二本鎖切断修復の解析を自動化するRパッケージ

2041. tenXplore
ontological exploration of scRNA-seq of 1.3 million mouse neurons from 10x genomics
10倍ゲノミクスからの130万マウスニューロンのscRNAシーケンスのオントロジー探査

2042. TFHAZ
Transcription Factor High Accumulation Zones
転写因子高集積ゾーン

2043. TTMap
Two-Tier Mapper: a clustering tool based on topological data analysis
二層マッパー：トポロジーデータ解析に基づくクラスタリングツール

2044. uncoverappLib
Interactive graphical application for clinical assessment of sequence coverage at the base-pair level
ベースペアレベルでのシーケンスカバレッジの臨床評価のためのインタラクティブなグラフィカルアプリケーション

2045. xcore
xcore expression regulators inference
xcore発現レギュレータ推論

2046. biodbExpasy
biodbExpasy, a library for connecting to Expasy ENZYME database.
biodbExpasy, Expasy ENZYMEデータベースへの接続用ライブラリ

2047. borealis
Bisulfite-seq OutlieR mEthylation At singLe-sIte reSolution
Bisulfite-seq OutlieR mEthylation At singLe-sIte reSolution（バイサルファイトseqアウトリエールメチル化、シングルサイトソリューション

2048. comapr
Crossover analysis and genetic map construction
クロスオーバー解析と遺伝地図の構築

2049. crisprVerse
Easily install and load the crisprVerse ecosystem for CRISPR gRNA design
CRISPR gRNA設計のためのcrisprVerseエコシステムの容易なインストールとロード

2050. crisprViz
Visualization Functions for CRISPR gRNAs
CRISPR gRNAのための可視化機能

2051. DepInfeR
Inferring tumor-specific cancer dependencies through integrating ex-vivo drug response assays and drug-protein profiling
生体外薬物反応アッセイと薬物タンパク質プロファイリングを統合した腫瘍特異的な癌依存性の推定

2052. EnMCB
Predicting Disease Progression Based on Methylation Correlated Blocks using Ensemble Models
アンサンブルモデルを用いたメチル化関連ブロックに基づく疾患進行予測

2053. mbOmic
Integrative analysis of the microbiome and metabolome
マイクロバイオームとメタボロームの統合的解析

2054. netboxr
netboxr
ネットボックスアール

2055. OGRE
Calculate, visualize and analyse overlap between genomic regions
ゲノム領域間のオーバーラップを計算、視覚化、解析する

2056. pairkat
PaIRKAT
PaIRKAT

2057. pareg
Pathway enrichment using a regularized regression approach
正則化回帰法を用いたパスウェイエンリッチメント

2058. SICtools
Find SNV/Indel differences between two bam files with near relationship
近い関係にある2つのBAMファイル間のSNV / Indelの違いを見つける

2059. TEKRABber
An R package estimates the correlations of orthologs and transposable elements between two species
2種間のオルソログとトランスポーザブルエレメントの相関を推定するRパッケージ

2060. TFARM
Transcription Factors Association Rules Miner
転写因子アソシエーションルールマイナー

2061. TREG
Tools for finding Total RNA Expression Genes in single nucleus RNA-seq data
単一核RNA-seqデータからTotal RNA Expression Genesを発見するためのツール

2062. txcutr
Transcriptome CUTteR
トランスクリプトームCUTteR

2063. updateObject
Find/fix old serialized S4 instances
古いシリアル化されたS4インスタンスの検索・修正

2064. biodbNci
biodbNci, a library for connecting to biodbNci, a library for connecting to the National Cancer Institute (USA) CACTUS Database
biodbNci, 米国国立がん研究所CACTUSデータベースへの接続用ライブラリ

2065. CyTOFpower
Power analysis for CyTOF experiments
CyTOF実験のパワー解析

2066. GenProSeq
Generating Protein Sequences with Deep Generative Models
Deep Generative Modelsによるタンパク質配列の生成

2067. Macarron
Prioritization of potentially bioactive metabolic features from epidemiological and environmental metabolomics datasets
疫学・環境メタボロミクスデータセットから生理活性を持つ可能性のある代謝的特徴を優先的に抽出する

2068. MsExperiment
Infrastructure for Mass Spectrometry Experiments
質量分析実験のためのインフラストラクチャ

2069. svaNUMT
NUMT detection from structural variant calls
構造的バリアントコールからのNUMT検出

2070. svaRetro
Retrotransposed transcript detection from structural variants
構造バリアントからの逆転写された転写産物の検出

2071. terraTCGAdata
OpenAccess TCGA Data on Terra as MultiAssayExperiment
TCGAデータをMultiAssayExperimentとしてTerra上でOpenAccessする。

2072. tomoda
Tomo-seq data analysis
Tomo-seqデータ解析

2073. iBMQ
integrated Bayesian Modeling of eQTL data
eQTLデータの統合ベイズモデリング

2074. metavizr
R Interface to the metaviz web app for interactive metagenomics data analysis and visualization
対話型メタゲノミクスデータ分析および可視化のためのmetaviz Webアプリケーションへのインタフェース

2075. MSstatsShiny
MSstats GUI for Statistical Anaylsis of Proteomics Experiments
MSstats プロテオミクス実験の統計解析のためのGUI

2076. ODER
Optimising the Definition of Expressed Regions
発現領域の定義の最適化

2077. rGenomeTracks
Integerated visualization of epigenomic data
エピゲノムデータの統合的な可視化

2078. single
Accurate consensus sequence from nanopore reads of a gene library
遺伝子ライブラリのナノポアリードから正確なコンセンサス配列を得る

2079. tomoseqr
R Package for Analyzing Tomo-seq Data
Tomo-seqデータ解析のためのRパッケージ

2080. Voyager
From geospatial to spatial omics
地理空間から空間オミックスへ

2081. HTSeqGenie
A NGS analysis pipeline.
NGS分析パイプライン

2082. SPIAT
Spatial Image Analysis of Tissues
組織の空間画像解析

2083. katdetectr
Detection, Characterization and Visualization of Kataegis in Sequencing Data
シーケンスデータにおけるカタエギの検出、特徴づけ、可視化

2084. MMAPPR2
Mutation Mapping Analysis Pipeline for Pooled RNA-Seq
プールされたRNA-Seqの突然変異マッピング分析パイプライン

2085. rifi
‘rifi’ anyalyses data from rifampicin time series ceated by microarray or RNAseq
Rifi’ マイクロアレイやRNAseqで解析されたリファンピシン時系列データの任意解析

2086. HiContacts
HiContacts: R interface to cool files
HiContacts クールファイルへのRインターフェース

2087. HilbertVisGUI
HilbertVisGUI
HilbertVisGUI

2088. PanViz
Integrating Multi-Omic Network Data With Summay-Level GWAS Data
マルチオミックスネットワークデータとSummay-Level GWASデータの統合

2089. Rnits
R Normalization and Inference of Time Series data
時系列データの正規化と推論

2090. simpleSeg
A package to perform simple cell segmentation
簡単なセルセグメンテーションを行うためのパッケージ

2091. SpliceWiz
Easy, optimized, and accurate alternative splicing analysis in R
Rで簡単、最適化、高精度な代替スプライシング解析

2092. Travel
An utility to create an ALTREP object with a virtual pointer
仮想ポインタを持つALTREPオブジェクトを作成するユーティリティー

2093. cardelino
Clone Identification from Single Cell Data
単一細胞データからのクローン同定

2094. CTSV
Identification of cell-type-specific spatially variable genes accounting for excess zeros
過剰なゼロを占める細胞型特異的な空間可変遺伝子の同定

2095. ggtreeDendro
Drawing ‘dendrogram’ using ‘ggtree’
ggtree’を用いて「デンドログラム」を描画する

2096. RGMQL
GenoMetric Query Language for R/Bioconductor
R / Bioconductor用のジェノメトリッククエリ言語

2097. gemma.R
A wrapper for Gemma’s Restful API to access curated gene expression data and differential expression analyses
キュレーションされた遺伝子発現データおよび差分発現解析にアクセスするためのGemmaのRestful API用ラッパー

2098. ATACseqTFEA
Transcription Factor Enrichment Analysis for ATAC-seq
ATAC-seqのための転写因子エンリッチメント解析

2099. GAPGOM
GAPGOM (novel Gene Annotation Prediction and other GO Metrics)
GAPGOM（新規遺伝子アノテーション予測およびその他のGOメトリクス）

2100. BASiCStan
Stan implementation of BASiCS
BASiCSのStan実装

2101. GenomAutomorphism
Compute the automorphisms between DNA’s Abelian group representations
DNAのアーベル群表現間の自動多型性を計算する

2102. HiCDOC
A/B compartment detection and differential analysis
A/B区画検出と差分解析

2103. mslp
Predict synthetic lethal partners of tumour mutations
腫瘍変異の合成致死性パートナーを予測する

2104. factR
Functional Annotation of Custom Transcriptomes
カスタムトランスクリプトームの機能的アノテーション

2105. FuseSOM
A Correlation Based Multiview Self Organizing Maps Clustering For IMC Datasets
IMCデータセットにおける相関に基づく多視点自己組織化マップクラスタリング

2106. metabinR
Abundance and Compositional Based Binning of Metagenomes
メタゲノムの存在量と組成に基づくビン分け

2107. proteasy
Protease Mapping
プロテアーゼマッピング

2108. scDDboost
A compositional model to assess expression changes from single-cell rna-seq data
単細胞RNA-seqデータから発現変化を評価するための構成モデル

2109. ScreenR
Package to Perform High Throughput Biological Screening
ハイスループット生物学的スクリーニングを実行するためのパッケージ

2110. SimBu
Simulate Bulk RNA-seq Datasets from Single-Cell Datasets
シングルセルデータセットからバルクRNA-seqデータセットをシミュレートする

2111. DNAfusion
Identification of gene fusions using paired-end sequencing
ペアエンドシーケンスを用いた遺伝子融合の同定

2112. EasyCellType
Annotate cell types for scRNA-seq data
scRNA-seqデータに対する細胞タイプのアノテーション

2113. goSorensen
Statistical inference based on the Sorensen-Dice dissimilarity and the Gene Ontology (GO)
Sorensen-Diceの非類似度とGene Ontology (GO)に基づく統計的推論

2114. oncoscanR
Secondary analyses of CNV data (HRD and more)
CNVデータの二次解析（HRDなど）

2115. phenomis
Postprocessing and univariate analysis of omics data
オミックスデータの後処理と一変量解析

2116. PrecisionTrialDrawer
A Tool to Analyze and Design NGS Based Custom Gene Panels
NGSベースのカスタム遺伝子パネルを分析および設計するためのツール

2117. pulsedSilac
Analysis of pulsed-SILAC quantitative proteomics data
パルスドSILAC定量的プロテオミクスデータの分析

2118. RedisParam
Provide a ‘redis’ back-end for BiocParallel
BiocParallelのバックエンドに「redis」を提供

2119. scBubbletree
Quantitative visual exploration of scRNA-seq data
scRNA-seqデータの定量的な視覚的探索

2120. scMET
Bayesian modelling of cell-to-cell DNA methylation heterogeneity
細胞間DNAメチル化不均質性のベイズモデリング

2121. spaSim
Spatial point data simulator for tissue images
組織画像のための空間点データシミュレータ

2122. TENxIO
Import methods for 10X Genomics files
10X Genomicsファイルのインポート方法

2123. zenith
Gene set analysis following differential expression using linear (mixed) modeling with dream
ドリームを用いた線形（混合）モデリングによる発現差に対応した遺伝子セット解析

2124. EpiMix
EpiMix: an integrative tool for the population-level analysis of DNA methylation
EpiMix: DNAメチル化の集団レベル解析のための統合的ツール

2125. epistasisGA
An R package to identify multi-snp effects in nuclear family studies using the GADGETS method
GADGETS法を用いた核家族研究におけるmulti-snp効果を同定するためのRパッケージ

2126. MetaPhOR
Metabolic Pathway Analysis of RNA
RNAの代謝パスウェイ解析

2127. MethCP
Differential methylation anlsysis for bisulfite sequencing data
亜硫酸水素塩配列決定データのための示差的メチル化解析

2128. NetActivity
Compute gene set scores from a deep learning framework
ディープラーニングのフレームワークから遺伝子セットのスコアを計算する

2129. octad
Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)
Open Cancer TherApeutic Discovery（OCTAD）（オープンキャンサー・セラピューティック・ディスカバリー

2130. RgnTX
Colocalization analysis of transcriptome elements in the presence of isoform heterogeneity and ambiguity
アイソフォームの不均一性と曖昧さがある場合のトランスクリプトームエレメントの共局在化解析

2131. SUITOR
Selecting the number of mutational signatures through cross-validation
クロスバリデーションによる変異シグネチャの数の選択

2132. VDJdive
Analysis Tools for 10X V(D)J Data
10X V(D)Jデータ用の解析ツール

2133. BiocFHIR
Illustration of FHIR ingestion and transformation using R
Rを用いたFHIRの取り込みと変換の図解

2134. BioNAR
Biological Network Analysis in R
Rによる生物学的ネットワーク解析

2135. consICA
consensus Independent Component Analysis
コンセンサス独立成分分析

2136. iSEEhub
iSEE for the Bioconductor ExperimentHub
iSEE for the Bioconductor ExperimentHub

2137. ISLET
Individual-Specific ceLl typE referencing Tool
個体別ceLll型レファレンスツール

2138. magrene
Motif Analysis In Gene Regulatory Networks
遺伝子制御ネットワークにおけるモチーフ解析

2139. phemd
Phenotypic EMD for comparison of single-cell samples
単細胞試料の比較のための表現型EMD

2140. regioneReloaded
RegioneReloaded: Multiple Association for Genomic Region Sets
RegioneReloaded: ゲノム領域セットに対する多重アソシエーション

2141. RESOLVE
RESOLVE: An R package for the efficient analysis of mutational signatures from cancer genomes
RESOLVE: がんゲノムからの変異シグネチャーを効率的に解析するためのRパッケージ

2142. signifinder
Implementations of transcriptional cancer signatures
転写癌シグネチャーの実装

2143. vsclust
Feature-based variance-sensitive quantitative clustering
特徴量に基づく分散感受性の高い定量的クラスタリング

2144. ATACCoGAPS
Analysis Tools for scATACseq Data with CoGAPS
CoGAPSを用いたscatacseqデータの解析ツール

2145. ccImpute
ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based approach to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data (https://doi.org/10.1186/s12859-022-04814-8)
ccImpute: シングルセルRNA-seqデータにおけるドロップアウトイベントをインプットするための正確かつスケーラブルなコンセンサスクラスタリングに基づくアプローチ (https://doi.org/10.1186/s12859-022-04814-8)

2146. scifer
Scifer: Single-Cell Immunoglobulin Filtering of Sanger Sequences
Scifer: サンガー配列の単一細胞免疫グロブリンフィルタリング

2147. Statial
A package to identify changes in cell state relative to spatial associations
空間的な関連性に関連した細胞の状態の変化を特定するためのパッケージ

2148. stJoincount
stJoincount – Join count statistic for quantifying spatial correlation between clusters
stJoincount – クラスタ間の空間的相関を定量化するための結合数統計量

2149. CircSeqAlignTk
A toolkit for end-to-end analysis of RNA-seq data for circular genomes
円形ゲノムのRNA-seqデータをエンドツーエンドで解析するためのツールキット

2150. omada
Machine learning tools for automated transcriptome clustering analysis
トランスクリプトームクラスタリング自動解析のための機械学習ツール

2151. doubletrouble
Identification and classification of duplicated genes
重複遺伝子の同定と分類

2152. HiCExperiment
Bioconductor class for interacting with Hi-C files in R
RでHi-Cファイルを操作するためのBioconductorクラス

2153. HiCool
HiCool
ハイクール

2154. microSTASIS
Microbiota STability ASsessment via Iterative cluStering
反復クラスター法による微生物相の安定性評価

2155. MsQuality
MsQuality – Quality metric calculation from Spectra and MsExperiment objects
MsQuality – SpectraおよびMsExperimentオブジェクトから品質メトリックを計算

2156. planttfhunter
Identification and classification of plant transcription factors
植物転写因子の同定と分類

2157. speckle
Statistical methods for analysing single cell RNA-seq data
シングルセルRNA-seqデータ解析のための統計的手法

2158. IFAA
Robust Inference for Absolute Abundance in Microbiome Analysis
マイクロバイオーム解析における絶対量のロバスト推論

2159. IntOMICS
Integrative analysis of multi-omics data to infer regulatory networks
マルチオミクスデータの統合的解析による制御ネットワークの推定

2160. MsBackendSql
SQL-based Mass Spectrometry Data Backend
SQLベースの質量分析データバックエンド

2161. seqArchRplus
Downstream analyses of promoter sequence architectures and HTML report generation
プロモーター配列アーキテクチャのダウンストリーム解析とHTMLレポート作成

2162. BG2
Performs Bayesian GWAS analysis for non-Gaussian data using BG2
BG2を用いた非ガウス型データに対するベイズGWAS解析の実行

2163. clevRvis
Visualization Techniques for Clonal Evolution
クローン進化を可視化する技術

2164. CytoPipeline
Automation and visualization of flow cytometry data analysis pipelines
フローサイトメトリーデータ解析パイプラインの自動化・可視化

2165. RBioFormats
R interface to Bio-Formats
バイオフォーマットへのRインターフェース

2166. scFeatures
scFeatures: Multi-view representations of single-cell and spatial data for disease outcome prediction
scFeatures 疾病予後予測のための単一細胞・空間データのマルチビュー表現

2167. SGCP
SGCP: A semi-supervised pipeline for gene clustering using self-training approach in gene co-expression networks
SGCP: 遺伝子共発現ネットワークにおける自己学習アプローチを用いた遺伝子クラスタリングのための半教師付きパイプライン

2168. TDbasedUFE
Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction
テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出

2169. alabaster
Umbrella for the Alabaster Framework
Alabasterフレームワークのアンブレラ

2170. alabaster.base
Save Bioconductor Objects To File
Bioconductorのオブジェクトをファイルに保存

2171. alabaster.bumpy
Save and Load BumpyMatrices to/from file
BumpyMatricesのファイルへの保存と読み込み

2172. alabaster.mae
Load and Save MultiAssayExperiments
MultiAssayExperimentsのロードとセーブ

2173. alabaster.matrix
Load and Save Artifacts from File
ファイルからのアーティファクトの読み込みと保存

2174. alabaster.ranges
Load and Save Ranges-related Artifacts from File
レンジ関連の成果物をファイルから読み込みと保存

2175. alabaster.sce
Load and Save SingleCellExperiment from File
SingleCellExperimentをファイルから読み込んで保存

2176. alabaster.schemas
Schemas for the Alabaster Framework
Alabaster Frameworkのためのスキーマ

2177. alabaster.se
Load and Save SummarizedExperiments from File
SummarizedExperimentsをファイルから読み込んで保存

2178. alabaster.spatial
Save and Load Spatial ‘Omics Data to/from File
空間オミックスデータのファイルへの保存と読み込み

2179. alabaster.string
Save and load Sequences to/from File
シーケンスのファイルへの保存と読み込み

2180. alabaster.vcf
Save and Load Variant Data to/from File
バリアントデータのファイルへの保存と読み込み

2181. AnVILWorkflow
Run workflows implemented in Terra/AnVIL workspace
Terra/AnVILワークスペースに実装されたワークフローを実行

2182. BiocHubsShiny
View AnnotationHub and ExperimentHub Resources Interactively
AnnotationHubとExperimentHubのリソースをインタラクティブに表示

2183. chihaya
Save Delayed Operations to a HDF5 File
遅延操作のHDF5ファイルへの保存

2184. cytofQC
Labels normalized cells for CyTOF data and assigns probabilities for each label
CyTOFデータに対して、正規化した細胞にラベルを付け、各ラベルに確率を割り当てる

2185. flowGate
Interactive Cytometry Gating in R
Rによるインタラクティブなサイトメトリーゲーティング

2186. GeoTcgaData
Processing Various Types of Data on GEO and TCGA
GEOとTCGAで様々な種類のデータを処理

2187. INTACT
Integrate TWAS and Colocalization Analysis for Gene Set Enrichment Analysis
TWASとコロカライゼーション解析の統合による遺伝子セットのエンリッチメント解析

2188. magpie
MeRIP-Seq data Analysis for Genomic Power Investigation and Evaluation
ゲノムパワー調査・評価のためのMeRIP-Seqデータ解析

2189. mbQTL
mbQTL: A package for SNP-Taxa mGWAS analysis
mbQTL: SNP-TaxaによるmGWAS解析のためのパッケージ

2190. MsDataHub
Mass Spectrometry Data on ExperimentHub
質量分析データをExperimentHubに掲載

2191. ReUseData
Reusable and reproducible Data Management
再利用可能で再現性の高いデータ管理

2192. rifiComparative
‘rifiComparative’ compares the output of rifi from 2 different conditions.
「rifiComparative」は、2つの異なる条件のrifiの出力を比較

2193. scRNAseqApp
A single-cell RNAseq Shiny app-package
シングルセルRNAseqのShynyアプリパッケージ

2194. scviR
experimental inferface from R to scvi-tools
Rからscvi-toolsへの実験的なインファーフェイス

2195. AHMassBank
MassBank Annotation Resources for AnnotationHub
AnnotationHubのためのMassBankアノテーションリソース

2196. BiocHail
basilisk and hail
バシリスクとあられ

2197. BSgenomeForge
Forge BSgenome data packages
BSgenomeデータパッケージのフォージ

2198. CBNplot
plot bayesian network inferred from gene expression data based on enrichment analysis results
遺伝子発現データから濃縮解析結果に基づいて推論されたベイジアンネットワークをプロット

2199. cfTools
Informatics Tools for Cell-Free DNA Study
無細胞DNA研究のためのインフォマティクスツール

2200. CoGAPS
Coordinated Gene Activity in Pattern Sets
パターンセットにおける協調的遺伝子活性

2201. concordexR
Calculate the concordex coefficient
コンコーデックス係数を計算

2202. CoSIA
An Investigation Across Different Species and Tissues
異なる生物種と組織における調査

2203. CTdata
Data companion to CTexploreR
CTexploreRの付属データ

2204. cytoviewer
An interactive multi-channel image viewer for R
Rのための対話型マルチチャンネル画像ビューア

2205. DELocal
Identifies differentially expressed genes with respect to other local genes
他の局所的な遺伝子に関して、差次的に発現する遺伝子を特定

2206. DESpace
DESpace: a framework to discover spatially variable genes
DESpace: 空間的に変化する遺伝子を発見するフレームワーク

2207. EDIRquery
Query the EDIR Database For Specific Gene
EDIRデータベースで特定遺伝子を検索

2208. escheR
Unified multi-dimensional visualizations with Gestalt principles
ゲシュタルトの原理で統一された多次元ビジュアライゼーション

2209. FeatSeekR
FeatSeekR an R package for unsupervised feature selection
FeatSeekR 教師なし特徴選択のためのRパッケージ

2210. mariner
Mariner: Explore the Hi-Cs
マリナー Hi-Csを探検

2211. mastR
Markers Automated Screening Tool in R
Rによるマーカー自動スクリーニングツール

2212. MoleculeExperiment
Prioritising a molecule-level storage of Spatial Transcriptomics Data
空間トランスクリプトミクスデータの分子レベルでの保存の優先順位付け

2213. MultimodalExperiment
Integrative Bulk and Single-Cell Experiment Container
バルクとシングルセルの統合実験コンテナ

2214. OutSplice
Comparison of Splicing Events between Tumor and Normal Samples
腫瘍サンプルと正常サンプルのスプライシングイベントの比較

2215. pairedGSEA
Paired DGE and DGS analysis for gene set enrichment analysis
遺伝子セット濃縮解析のためのDGEとDGSのペアリング解析

2216. pfamAnalyzeR
Identification of domain isotypes in pfam data
pfamのドメインアイソタイプの同定

2217. Rarr
Read Zarr Files in R
RでZarrファイルを読み込む

2218. Rcollectl
Help use collectl with R in Linux, to measure resource consumption in R processes
LinuxのRでcollectlを使用して、Rプロセスのリソース消費量を測定するのに役立つ

2219. retrofit
RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell mixtures in spatial transcriptomics
RETROFIT：空間トランスクリプトミクスにおける細胞混合物の参照フリーデコンボリューション

2220. S4Arrays
Foundation of array-like containers in Bioconductor
Bioconductorにおける配列のようなコンテナの基礎

2221. SCArray.sat
Large-scale single-cell RNA-seq data analysis using GDS files and Seurat
GDSファイルとSeuratを用いた大規模なシングルセルRNA-seqデータ解析

2222. screenCounter
Counting Reads in High-Throughput Sequencing Screens
ハイスループットなシーケンシングスクリーンにおけるリードのカウントについて

2223. seq.hotSPOT
Targeted sequencing panel design based on mutation hotspots
変異ホットスポットに基づくターゲットシーケンスパネルデザイン

2224. SiPSiC
Calculate Pathway Scores for Each Cell in scRNA-Seq Data
scRNA-Seqデータにおける各細胞のパスウェイスコアを算出

2225. SparseArray
Efficient in-memory representation of multidimensional sparse arrays
多次元スパース配列の効率的なインメモリ表現

2226. SpatialOmicsOverlay
Spatial Overlay for Omic Data from Nanostring GeoMx Data
ナノストリングGeoMxデータからオミックデータを空間的にオーバーレイ

2227. SVMDO
Identification of Tumor-Discriminating mRNA Signatures via Support Vector Machines Supported by Disease Ontology
疾患オントロジーを用いたサポートベクターマシンによる腫瘍識別mRNAシグネチャーの同定

2228. TDbasedUFEadv
Advanced package of tensor decomposition based unsupervised feature extraction
テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出の高機能パッケージ

2229. TOP
TOP Constructs Transferable Model Across Gene Expression Platforms
TOP 遺伝子発現プラットフォーム間で互換性のあるモデルを構築

2230. ZygosityPredictor
Package for prediction of zygosity for variants/genes in NGS data
NGSデータ中のバリアント/遺伝子の接合性を予測するパッケージ