BioconductorのWorkflowパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日:2021/04/01
パッケージ数:28

1. rnaseqGene
RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
RNA ‐ seqワークフロー:遺伝子レベルの探索的分析と差次的発現

2. liftOver
Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver
rtracklayer :: liftOverによるゲノム座標系の変更

3. RNAseq123
RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR
RNA-seq解析は、limma、Glimma、およびedgeRを使用して、1-2-3と同じくらい簡単です。

4. TCGAWorkflow
TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages
TCGAのワークフローBioconductorパッケージを使用して癌のゲノムおよびエピゲノミクスデータを分析する

5. proteomics
Mass spectrometry and proteomics data analysis
質量分析およびプロテオミクスデータ解析

6. methylationArrayAnalysis
A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data.
メチル化アレイデータを分析するためのクロスパッケージBioconductorワークフロー。

7. maEndToEnd
An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays
Affymetrixマイクロアレイを用いた差次的遺伝子発現のためのエンドツーエンドのワークフロー

8. RnaSeqGeneEdgeRQL
Gene-level RNA-seq differential expression and pathway analysis using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline
RsubreadとedgeR準尤度パイプラインを用いた遺伝子レベルのRNA配列差次的発現と経路解析

9. simpleSingleCell
A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor
Bioconductorを用いた単一細胞RNA配列データの低レベル分析のための段階的ワークフロー

10. annotation
Genomic Annotation Resources
ゲノムアノテーションリソース

11. cytofWorkflow
CyTOF workflow: differential discovery in high-throughput high-dimensional cytometry datasets
CyTOFワークフロー:ハイスループット高次元サイトメトリーデータセットにおける差次的発見

12. arrays
Using Bioconductor for Microarray Analysis
マイクロアレイ解析のためのバイオコンダクターの使用

13. rnaseqDTU
RNA-seq workflow for differential transcript usage following Salmon quantification
サーモン定量化後の異なる転写産物使用のためのRNA-seqワークフロー

14. ExpressionNormalizationWorkflow
Gene Expression Normalization Workflow
遺伝子発現正規化ワークフロー

15. sequencing
Introduction to Bioconductor for Sequence Data
シーケンスデータ用バイオコンダクタの紹介

16. variants
Annotating Genomic Variants
ゲノム変異体に注釈を付ける

17. generegulation
Finding Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors via Sequence Matching
配列マッチングによる既知の転写因子に対する候補結合部位の発見

18. chipseqDB
A Bioconductor Workflow to Detect Differential Binding in ChIP-seq Data
ChIP ‐ seqデータにおける差次的結合を検出するための生体導体ワークフロー

19. eQTL
Cloud-enabled cis-eQTL searches with Bioconductor GGtools 5.x
Bioconductor GGtools 5.xを使用したクラウド対応のcis-eQTL検索

20. csawUsersGuide
csaw User’s Guide
csawユーザーズガイド

21. EGSEA123
Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA
EGSEAによる簡単で効率的なアンサンブル遺伝子セットテスト

22. highthroughputassays
Using Bioconductor with High Throughput Assays
ハイスループットアッセイでバイオコンダクターを使用する

23. recountWorkflow
recount workflow: accessing over 70,000 human RNA-seq samples with Bioconductor
ワークフローをリカウントする:Bioconductorを使用して7万を超えるヒトRNAシーケンスサンプルにアクセス

24. SingscoreAMLMutations
Using singscore to predict mutations in AML from transcriptomic signatures
トランスクリプトームシグネチャからAMLの突然変異を予測するためのsingscoreの使用

25. BiocMetaWorkflow
BioC Workflow about publishing a Bioc Workflow
BioCワークフローの公開に関するBioCワークフロー

26. CAGEWorkflow
A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor
R / Bioconductorを使用してCAGEデータを分析するためのステップバイステップガイド

27. fluentGenomics
A plyranges and tximeta workflow
プリオレンジとツキシメタのワークフロー

28. BP4RNAseq
A babysitter’s package for reproducible RNA-seq analysis
再現性のあるRNA-seq解析のためのベビーシッター用パッケージ

関連する記事

  • 中小企業の経営者なら知っておきたい財務データ活用法中小企業の経営者なら知っておきたい財務データ活用法 あなたは財務データを経営ツールとして有効に活用できているだろうか。目の前の仕事で忙しい、財務データの見方が分からない、顧問税理士に任せてあるなどの理由を付けて回避していないだろうか。 目の前の仕事で忙しいといって、ただがむしゃらに働いたところで利益を出し続けなければ生き残っていけない。どの方向を向いてがむしゃらに働くかを把握しておかなければならない。 財務データの […]
  • R言語 CRAN Task View:RデータベースR言語 CRAN Task View:Rデータベース CRAN Task View: Databases with Rの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Yuan Tang Contact: terrytangyuan at […]
  • R データフレームから特定の型の列を抽出する方法R データフレームから特定の型の列を抽出する方法 Rのデータフレームから特定の型の列を抽出する方法をお伝えします。 サンプルデータとして、irisを用います。 データフレームの構造をstr関数で確認します。 > str(iris) 'data.frame': 150 obs. of 5 variables: $ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 […]
  • OpalのAdministration機能OpalのAdministration機能 Opalの管理機能の概要を簡単にお伝えいたします。 ここでのOpalのバージョンは3.02となります。 まず、Opalにアドミニストレータでサインインします。 右上のAdministrationをクリックします。 表示された画面がOpalの管理画面になります。 Opalの管理は「DATA ACCESS」「DATA […]
  • R ggplotでファセットラベルテキストの体裁を変更する方法 ggplotのfacet_gridやfacet_wrapを用いた場合、垂直方向のラベルテキストが縦書きとなり直感的でないときがあります。 この場合は、ラベルテキストのアングルを横書きに変更することで、より見やすいグラフとなります。 デフォルト 特に何も指定しない場合は、次のようなグラフとなります。 library(ggplot2) data("diamond […]
Bioconductor Workflowパッケージ一覧