BioconductorのWorkflowパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日:2021/09/01
パッケージ数:29

1. rnaseqGene
RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
RNA ‐ seqワークフロー:遺伝子レベルの探索的分析と差次的発現

2. liftOver
Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver
rtracklayer :: liftOverによるゲノム座標系の変更

3. RNAseq123
RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR
RNA-seq解析は、limma、Glimma、およびedgeRを使用して、1-2-3と同じくらい簡単です。

4. methylationArrayAnalysis
A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data.
メチル化アレイデータを分析するためのクロスパッケージBioconductorワークフロー。

5. TCGAWorkflow
TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages
TCGAのワークフローBioconductorパッケージを使用して癌のゲノムおよびエピゲノミクスデータを分析する

6. maEndToEnd
An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays
Affymetrixマイクロアレイを用いた差次的遺伝子発現のためのエンドツーエンドのワークフロー

7. proteomics
Mass spectrometry and proteomics data analysis
質量分析およびプロテオミクスデータ解析

8. RnaSeqGeneEdgeRQL
Gene-level RNA-seq differential expression and pathway analysis using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline
RsubreadとedgeR準尤度パイプラインを用いた遺伝子レベルのRNA配列差次的発現と経路解析

9. simpleSingleCell
A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor
Bioconductorを用いた単一細胞RNA配列データの低レベル分析のための段階的ワークフロー

10. annotation
Genomic Annotation Resources
ゲノムアノテーションリソース

11. cytofWorkflow
CyTOF workflow: differential discovery in high-throughput high-dimensional cytometry datasets
CyTOFワークフロー:ハイスループット高次元サイトメトリーデータセットにおける差次的発見

12. arrays
Using Bioconductor for Microarray Analysis
マイクロアレイ解析のためのバイオコンダクターの使用

13. rnaseqDTU
RNA-seq workflow for differential transcript usage following Salmon quantification
サーモン定量化後の異なる転写産物使用のためのRNA-seqワークフロー

14. ExpressionNormalizationWorkflow
Gene Expression Normalization Workflow
遺伝子発現正規化ワークフロー

15. sequencing
Introduction to Bioconductor for Sequence Data
シーケンスデータ用バイオコンダクタの紹介

16. variants
Annotating Genomic Variants
ゲノム変異体に注釈を付ける

17. generegulation
Finding Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors via Sequence Matching
配列マッチングによる既知の転写因子に対する候補結合部位の発見

18. chipseqDB
A Bioconductor Workflow to Detect Differential Binding in ChIP-seq Data
ChIP ‐ seqデータにおける差次的結合を検出するための生体導体ワークフロー

19. highthroughputassays
Using Bioconductor with High Throughput Assays
ハイスループットアッセイでバイオコンダクターを使用する

20. recountWorkflow
recount workflow: accessing over 70,000 human RNA-seq samples with Bioconductor
ワークフローをリカウントする:Bioconductorを使用して7万を超えるヒトRNAシーケンスサンプルにアクセス

21. csawUsersGuide
csaw User’s Guide
csawユーザーズガイド

22. EGSEA123
Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA
EGSEAによる簡単で効率的なアンサンブル遺伝子セットテスト

23. eQTL
Cloud-enabled cis-eQTL searches with Bioconductor GGtools 5.x
Bioconductor GGtools 5.xを使用したクラウド対応のcis-eQTL検索

24. fluentGenomics
A plyranges and tximeta workflow
プリオレンジとツキシメタのワークフロー

25. CAGEWorkflow
A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor
R / Bioconductorを使用してCAGEデータを分析するためのステップバイステップガイド

26. SingscoreAMLMutations
Using singscore to predict mutations in AML from transcriptomic signatures
トランスクリプトームシグネチャからAMLの突然変異を予測するためのsingscoreの使用

27. BiocMetaWorkflow
BioC Workflow about publishing a Bioc Workflow
BioCワークフローの公開に関するBioCワークフロー

28. BP4RNAseq
A babysitter’s package for reproducible RNA-seq analysis
再現性のあるRNA-seq解析のためのベビーシッター用パッケージ

29. ExpHunterSuite
Package For The Comprehensive Analysis Of Transcriptomic Data
トランスクリプトームデータの包括的解析のためのパッケージ

関連する記事

  • Ubutnu,R topicmodelsパッケージのインストールの方法Ubutnu,R topicmodelsパッケージのインストールの方法 Ubuntu14.04上のRで「topicmodels」をインストールする方法をお伝えする。 R上で、install.package("topicmodels")を実行すると、次のようなエラーが出てイントールできない。 > install.packages("topicmodels") ctm.c:29:25: fatal error: […]
  • R データフレームのファクター列を2値に変換する方法 Rのデータフレームにおいて、ファクター列を2値に変換する方法をお伝えいたします。 方法はとても単純で、データフレームの列ごとにファクター型かどうかをチェックし、ファクター型であればファクターごとに2値の列を新たに作成し追加します。 ソースコードは以下のようになります。 convertFactorToBinary <- function(df, sep = […]
  • R group_byにsummaryを適用する方法R group_byにsummaryを適用する方法 R言語のtidyverseパッケージを用いて、group_by関数によりグループ分けした結果に対してsummary関数を適用する方法についてお伝えいたします。 ここでお伝えする方法は、tidyverseパッケージを用いる方法となりますので、tidyverseパッケージを読み込んでおきます。 > […]
  • R言語 CRAN Task View:クラスター分析&有限混合モデルR言語 CRAN Task View:クラスター分析&有限混合モデル CRAN Task View:Cluster Analysis & Finite Mixture Modelsの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Friedrich Leisch, Bettina Gruen Contact: Bettina.Gruen at […]
  • UbuntuでRStudioの外観をDarkに変更する方法UbuntuでRStudioの外観をDarkに変更する方法 Ubuntu上のRStudio(ver 1.0.153)の外観をダークテーマに変更する方法をお伝えします。 2017年8月31日時点の安定版RStudioには、外観を変更する機能は搭載されておりません。しかし、daily […]
Bioconductor Workflowパッケージ一覧