Bioconductor Workflowパッケージ一覧

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BioconductorのWorkflowパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日： 2025/12/01
パッケージ数： 29
1. liftOver: Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver

rtracklayer :: liftOverによるゲノム座標系の変更

2. GeoMxWorkflows: GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) data analysis workflows

GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）データ解析のワークフロー

3. rnaseqGene: RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression

RNA ‐ seqワークフロー：遺伝子レベルの探索的分析と差次的発現

4. RNAseq123: RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR

RNA-seq解析は、limma、Glimma、およびedgeRを使用して、1-2-3と同じくらい簡単です。

5. methylationArrayAnalysis: A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data.

メチル化アレイデータを分析するためのクロスパッケージBioconductorワークフロー。

6. cytofWorkflow: CyTOF workflow: differential discovery in high-throughput high-dimensional cytometry datasets

CyTOFワークフロー：ハイスループット高次元サイトメトリーデータセットにおける差次的発見

7. maEndToEnd: An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays

Affymetrixマイクロアレイを用いた差次的遺伝子発現のためのエンドツーエンドのワークフロー

8. RnaSeqGeneEdgeRQL: Gene-level RNA-seq differential expression and pathway analysis using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline

RsubreadとedgeR準尤度パイプラインを用いた遺伝子レベルのRNA配列差次的発現と経路解析

9. arrays: Using Bioconductor for Microarray Analysis

マイクロアレイ解析のためのバイオコンダクターの使用

10. simpleSingleCell: A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor

Bioconductorを用いた単一細胞RNA配列データの低レベル分析のための段階的ワークフロー

11. annotation: Genomic Annotation Resources

ゲノムアノテーションリソース

12. variants: Annotating Genomic Variants

ゲノム変異体に注釈を付ける

13. rnaseqDTU: RNA-seq workflow for differential transcript usage following Salmon quantification

サーモン定量化後の異なる転写産物使用のためのRNA-seqワークフロー

14. TCGAWorkflow: TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages

TCGAのワークフローBioconductorパッケージを使用して癌のゲノムおよびエピゲノミクスデータを分析する

15. ExpressionNormalizationWorkflow: Gene Expression Normalization Workflow

遺伝子発現正規化ワークフロー

16. fluentGenomics: A plyranges and tximeta workflow

プリオレンジとツキシメタのワークフロー

17. sequencing: Introduction to Bioconductor for Sequence Data

シーケンスデータ用バイオコンダクタの紹介

18. generegulation: Finding Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors via Sequence Matching

配列マッチングによる既知の転写因子に対する候補結合部位の発見

18. recountWorkflow: recount workflow: accessing over 70,000 human RNA-seq samples with Bioconductor

ワークフローをリカウントする：Bioconductorを使用して7万を超えるヒトRNAシーケンスサンプルにアクセス

18. spicyWorkflow: Performing a Spatial Analysis of Multiplexed Tissue Imaging Data

多重化された組織イメージングデータの空間解析を行う

21. chipseqDB: A Bioconductor Workflow to Detect Differential Binding in ChIP-seq Data

ChIP ‐ seqデータにおける差次的結合を検出するための生体導体ワークフロー

22. EGSEA123: Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA

EGSEAによる簡単で効率的なアンサンブル遺伝子セットテスト

22. SingscoreAMLMutations: Using singscore to predict mutations in AML from transcriptomic signatures

トランスクリプトームシグネチャからAMLの突然変異を予測するためのsingscoreの使用

24. ExpHunterSuite: Package For The Comprehensive Analysis Of Transcriptomic Data

トランスクリプトームデータの包括的解析のためのパッケージ

25. BP4RNAseq: A babysitter’s package for reproducible RNA-seq analysis

再現性のあるRNA-seq解析のためのベビーシッター用パッケージ

25. highthroughputassays: Using Bioconductor with High Throughput Assays

ハイスループットアッセイでバイオコンダクターを使用する

27. csawUsersGuide: csaw User’s Guide

csawユーザーズガイド

28. CAGEWorkflow: A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor

R / Bioconductorを使用してCAGEデータを分析するためのステップバイステップガイド

29. seqpac: Seqpac: A Framework for smallRNA analysis in R using Sequence-Based Counts

Seqpac： 配列に基づくカウントを用いたRでのsmallRNA解析のためのフレームワーク