BioconductorのWorkflowパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。
パッケージ確認日：2023/09/01
パッケージ数：30
1. liftOver
Changing genomic coordinate systems with rtracklayer::liftOver
rtracklayer :: liftOverによるゲノム座標系の変更
2. rnaseqGene
RNA-seq workflow: gene-level exploratory analysis and differential expression
RNA ‐ seqワークフロー：遺伝子レベルの探索的分析と差次的発現
3. methylationArrayAnalysis
A cross-package Bioconductor workflow for analysing methylation array data.
メチル化アレイデータを分析するためのクロスパッケージBioconductorワークフロー。
4. RnaSeqGeneEdgeRQL
Gene-level RNA-seq differential expression and pathway analysis using Rsubread and the edgeR quasi-likelihood pipeline
RsubreadとedgeR準尤度パイプラインを用いた遺伝子レベルのRNA配列差次的発現と経路解析
5. RNAseq123
RNA-seq analysis is easy as 1-2-3 with limma, Glimma and edgeR
RNA-seq解析は、limma、Glimma、およびedgeRを使用して、1-2-3と同じくらい簡単です。
6. GeoMxWorkflows
GeoMx Digital Spatial Profiler (DSP) data analysis workflows
GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）データ解析のワークフロー
7. TCGAWorkflow
TCGA Workflow Analyze cancer genomics and epigenomics data using Bioconductor packages
TCGAのワークフローBioconductorパッケージを使用して癌のゲノムおよびエピゲノミクスデータを分析する
8. annotation
Genomic Annotation Resources
ゲノムアノテーションリソース
9. cytofWorkflow
CyTOF workflow: differential discovery in high-throughput high-dimensional cytometry datasets
CyTOFワークフロー：ハイスループット高次元サイトメトリーデータセットにおける差次的発見
10. maEndToEnd
An end to end workflow for differential gene expression using Affymetrix microarrays
Affymetrixマイクロアレイを用いた差次的遺伝子発現のためのエンドツーエンドのワークフロー
11. simpleSingleCell
A step-by-step workflow for low-level analysis of single-cell RNA-seq data with Bioconductor
Bioconductorを用いた単一細胞RNA配列データの低レベル分析のための段階的ワークフロー
12. rnaseqDTU
RNA-seq workflow for differential transcript usage following Salmon quantification
サーモン定量化後の異なる転写産物使用のためのRNA-seqワークフロー
13. arrays
Using Bioconductor for Microarray Analysis
マイクロアレイ解析のためのバイオコンダクターの使用
14. sequencing
Introduction to Bioconductor for Sequence Data
シーケンスデータ用バイオコンダクタの紹介
15. ExpressionNormalizationWorkflow
Gene Expression Normalization Workflow
遺伝子発現正規化ワークフロー
16. variants
Annotating Genomic Variants
ゲノム変異体に注釈を付ける
17. chipseqDB
A Bioconductor Workflow to Detect Differential Binding in ChIP-seq Data
ChIP ‐ seqデータにおける差次的結合を検出するための生体導体ワークフロー
18. BP4RNAseq
A babysitter’s package for reproducible RNA-seq analysis
再現性のあるRNA-seq解析のためのベビーシッター用パッケージ
19. generegulation
Finding Candidate Binding Sites for Known Transcription Factors via Sequence Matching
配列マッチングによる既知の転写因子に対する候補結合部位の発見
20. highthroughputassays
Using Bioconductor with High Throughput Assays
ハイスループットアッセイでバイオコンダクターを使用する
21. ExpHunterSuite
Package For The Comprehensive Analysis Of Transcriptomic Data
トランスクリプトームデータの包括的解析のためのパッケージ
22. recountWorkflow
recount workflow: accessing over 70,000 human RNA-seq samples with Bioconductor
ワークフローをリカウントする：Bioconductorを使用して7万を超えるヒトRNAシーケンスサンプルにアクセス
23. BiocMetaWorkflow
BioC Workflow about publishing a Bioc Workflow
BioCワークフローの公開に関するBioCワークフロー
24. CAGEWorkflow
A step-by-step guide to analyzing CAGE data using R/Bioconductor
R / Bioconductorを使用してCAGEデータを分析するためのステップバイステップガイド
25. csawUsersGuide
csaw User’s Guide
csawユーザーズガイド
26. EGSEA123
Easy and efficient ensemble gene set testing with EGSEA
EGSEAによる簡単で効率的なアンサンブル遺伝子セットテスト
27. fluentGenomics
A plyranges and tximeta workflow
プリオレンジとツキシメタのワークフロー
28. SingscoreAMLMutations
Using singscore to predict mutations in AML from transcriptomic signatures
トランスクリプトームシグネチャからAMLの突然変異を予測するためのsingscoreの使用
29. seqpac
Seqpac: A Framework for smallRNA analysis in R using Sequence-Based Counts
Seqpac： 配列に基づくカウントを用いたRでのsmallRNA解析のためのフレームワーク
30. spicyWorkflow
Performing a Spatial Analysis of Multiplexed Tissue Imaging Data
多重化された組織イメージングデータの空間解析を行う