Ubuntu Server 20.04にOpalをインストールする方法をお伝えします。
Opalは、OBiBaのコアデータウェアハウスで、データのインポートおよびエクスポート、変換などをWEBインターフェイスを用いて管理できます。
また、R言語と統合されているので、統計分析を行ったり、レポートを管理することもできます。
さらに、DataSHIELDを用いることにより、詳細なデータを開示することなく統計分析を行うことができます。

環境確認

Ubuntuのバージョンを確認するために、以下のコマンドを実行します。


$ cat /etc/lsb-release

DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=20.04
DISTRIB_CODENAME=focal
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 20.04.1 LTS"

Opalのインストール

OBiBaのリポジトリを登録するためのキーを追加します。


$ sudo apt-key adv --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys 379CE192D401AB61

APTにOBiBaのリポジトリを追加します。


$ echo 'deb https://dl.bintray.com/obiba/deb all main' | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/obiba.list

パッケージをアップデートします。


$ sudo apt update

Opalをインストールします。


$ sudo apt install opal

Opalのインポートの途中で、administratorのパスワードを入力します。

確認のため、administratorのパスワードの入力を再度要求されます。

Opal Python Clientをインストールします。


$ sudo apt install opal-python-client

Opal用のR Serverをインストールする前に、次のライブラリを事前にインストールしておくと、後々のRパッケージに関する警告が減少するため、予めインストールすることをお勧めします。


$ sudo apt install libssl-dev libsasl2-dev libssh-dev libmariadbclient-dev libpq-dev

Opal用のR Serverをインストールします。


$ sudo apt install opal-rserver

Opal用のR Serverサービスを開始します。


$ sudo service rserver restart

Opalの確認

外部パソコンのブラウザから「http://<アドレス>:8080」に接続します。

User Nameに「administrator」、Passwordに「指定したパスワードまたは空欄」を入力し、「Sign In」をクリックします。

Dashboardが表示され、Opalの稼働が確認できました。

関連する記事

  • 決定木 – 回帰木決定木 – 回帰木 ここでは、決定木の目的変数が連続値である場合の回帰木について、R言語の「rpart」パッケージを用いて簡単に見ていく。 まずは必要となるパッケージのインストールとロードを行う。「rpart」パッケージは決定木を行うためのものだが、「rpart.plot」と「partykit」パッケージは結果を視覚的に表示するために使うので、あらかじめインストールとロードをしておく。 […]
  • RStudioのGlobal Optionsの各種設定RStudioのGlobal Optionsの各種設定 RStudioのGlobal Optionsにどのような内容が記載されているかをお伝えいたします。 RStudioのGlobal Optionsは、メニューバーからToolsを選択して、表示されたポップアップ内にあります。 目次 General: 一般 Code: コード Editing: 編集 Display: 表示 […]
  • Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧 BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。 パッケージ確認日:2021/01/01 パッケージ数:398 1. ALL A data package データパッケージ 2. […]
  • Ubuntu apt-getでRがアップデートできない場合の対処法Ubuntu apt-getでRがアップデートできない場合の対処法 apt-getコマンドでRがアップデートできない理由はいくつか考えられる。ここでは、アップデートできない原因別に対処法をお伝えする。 接続できない 「apt-get […]
  • R言語 CRAN Task View:関数データ解析R言語 CRAN Task View:関数データ解析 CRAN Task View: Functional Data Analysisの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Fabian Scheipl Contact: fabian.scheipl at […]
Ubuntu Server 20.04にOpalをインストールする方法