UbuntuにRパッケージのgmpをインストールする方法を備忘録として残しておきます。

CライブラリGMP(GNU Multiple Precision Arithmetic)を使用した「制限なしの算術」、複数の高精度算術(大きな整数と有理数、素数検定、行列計算)を行うことのできるパッケージです。

RStudioのコンソールでgmpパッケージをインストールしようとすると、次のように表示されてインストールできません。これは、Ubuntu上にgmpライブラリがないことが原因です。


> install.packages("gmp")

* installing *source* package ‘gmp’ ...
**  パッケージ ‘gmp’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
creating cache ./config.cache
checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... no
configure: error: GNU MP not found, or not 4.1.4 or up, see http://gmplib.org
ERROR: configuration failed for package ‘gmp’
* removing '/home/[home-user]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/gmp'
Warning in install.packages :
  installation of package ‘gmp’ had non-zero exit status

そのため、ターミナルで次のコマンドを実行することによりUbuntu上にgmpライブラリをインストールします。


$ sudo apt-get install libgmp3-dev

Ubuntu上にgmpライブラリをインストールした後、RStudioのコンソールでgmpパッケージをインストールすれば成功します。


> install.packages("gmp")

* installing *source* package ‘gmp’ ...
**  パッケージ ‘gmp’ の解凍および MD5 サムの検証に成功しました 
creating cache ./config.cache
checking for __gmpz_ui_sub in -lgmp... yes
updating cache ./config.cache
creating ./config.status
creating src/Makevars
** libs
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c apply.cc -o apply.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c biginteger.cc -o biginteger.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigintegerR.cc -o bigintegerR.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigmod.cc -o bigmod.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigrational.cc -o bigrational.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigrationalR.cc -o bigrationalR.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigvec.cc -o bigvec.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c bigvec_q.cc -o bigvec_q.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c extract_matrix.cc -o extract_matrix.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c factor.cc -o factor.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c factorize.cc -o factorize.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c init.cc -o init.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c matrix.cc -o matrix.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c matrixq.cc -o matrixq.o
g++  -I/usr/share/R/include -DNDEBUG -I/usr/local/include/       -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c solve.cc -o solve.o
g++ -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o gmp.so apply.o biginteger.o bigintegerR.o bigmod.o bigrational.o bigrationalR.o bigvec.o bigvec_q.o extract_matrix.o factor.o factorize.o init.o matrix.o matrixq.o solve.o -L/usr/local/lib/ -lgmp -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /home/[home-user]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/gmp/libs
** R
** data
** preparing package for lazy loading
Creating a generic function for ‘which.max’ from package ‘base’ in package ‘gmp’
Creating a generic function for ‘which.min’ from package ‘base’ in package ‘gmp’
** help
*** installing help indices
** building package indices

Attaching package: ‘gmp’

The following objects are masked from ‘package:base’:

    %*%, apply, crossprod, matrix, tcrossprod

	** testing if installed package can be loaded
	* DONE (gmp)

関連する記事

  • R言語 CRAN Task View:統計遺伝学R言語 CRAN Task View:統計遺伝学 CRAN Task View: Statistical Geneticsの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載した。 Maintainer: Giovanni Montana Contact: g.montana at […]
  • RStudioのエディタテーマ一覧RStudioのエディタテーマ一覧 RStudio(ver 1.0.153)のエディタテーマの一覧をご紹介します。 Ambiance Chaos Chrome Clouds Midnight Clouds Cobalt Crimson Editor Dawn Dreamweaver Eclipse Idle Fingers Katzenmilch Kr […]
  • Ubuntu MongoDBのインストールする手順Ubuntu MongoDBのインストールする手順 Ubuntu16.04にMongoDB3.4をインストールする手順をお伝えいたします。 環境 今回の作業環境を確認しておきます。また、以下の作業はすべてターミナルにて行っております。 Ubuntuのバージョン $ cat […]
  • 統計的因果推論による傾向スコアとIPW推定量の基本的な考え方統計的因果推論による傾向スコアとIPW推定量の基本的な考え方 [latexpage] 統計的因果推論による因果効果を調べる手段として、傾向スコアとIPW推定量という概念があります。ここでは、なぜ傾向スコアを考えるのか、傾向スコアの逆数の重み付けはどのような意味があるのかを、複雑な数式を用いずに具体例を通してご説明します。 さっそくですが、次の具体例を考えます。 […]
  • UbuntuにRをインストールするための手順UbuntuにRをインストールするための手順 UbuntuにRをインストールするための手順をお伝えする。 Ubuntuのバージョン確認 Ubuntuのバージョンを確認するために、端末を起動し(ショートカットキー:Ctrl+Alt+t)、以下のコマンドを実行する。 DISTRIB_CODENAMEの行を控えておこう。下の内容では「trusty」の部分を控えておく。 $ cat […]
Ubuntu,R gmpパッケージをインストールする方法