Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧

BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日：	2025/07/01
パッケージ数：	432

1. TCGAbiolinksGUI.data: Data for the TCGAbiolinksGUI package

TCGAbiolinksGUIパッケージのデータ

2. celldex: Reference Index for Cell Types

セルタイプの参照インデックス

3. ALL: A data package

データパッケージ

4. HSMMSingleCell: Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts (HSMM)

ヒト骨格筋筋芽細胞（HSMM）を区別するための単一細胞RNA-Seq

5. geneLenDataBase: Lengths of mRNA transcripts for a number of genomes

いくつかのゲノムのmRNA転写産物の長さ

6. airway: RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq in airway smooth muscle cells, by Himes et al PLoS One 2014

気道平滑筋細胞におけるRNA-SeqのRangedSummarizedExperiment、Himes et alによるPLoS One 2014

7. scRNAseq: A Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

公共のシングルセルRNAシーケンスデータセットのコレクション

8. pasilla: Data package with per-exon and per-gene read counts of RNA-seq samples of Pasilla knock-down by Brooks et al., Genome Research 2011.

Brooksら、Genome Research 2011によるPasillaノックダウンのRNA配列サンプルのエクソン単位および遺伝子単位の読み取りカウントを含むデータパッケージ。

9. sesameData: Supporting Data for SeSAMe Package

SeSAMeパッケージのサポートデータ

10. tximportData: tximportData

tximportData

11. ChAMPdata: Data Packages for ChAMP package

ChAMPパッケージ用データパッケージ

12. GSVAdata: Data employed in the vignette of the GSVA package

GSVAパッケージのビネットで採用されているデータ

13. msigdb: An ExperimentHub Package for the Molecular Signatures Database (MSigDB)

Molecular Signatures Database (MSigDB)のExperimentHubパッケージ

14. Illumina450ProbeVariants.db: Annotation Package combining variant data from 1000 Genomes Project for Illumina HumanMethylation450 Bead Chip probes

イルミナのための1000のゲノムプロジェクトからの変形データを結合している注釈パッケージヒトメチル化450ビーズチッププローブ

15. bcellViper: Human B-cell transcriptional interactome and normal human B-cell expression data

ヒトB細胞転写インタラクトームと正常ヒトB細胞発現データ

16. TENxPBMCData: PBMC data from 10X Genomics

10X GenomicsのPBMCデータ

17. msdata: Various Mass Spectrometry raw data example files

各種質量分析生データサンプルファイル

18. dorothea: Collection Of Human And Mouse TF Regulons

ヒトおよびマウスTFレギュロンのコレクション

19. depmap: Cancer Dependency Map Data Package

がん依存マップデータパッケージ

20. minfiData: Example data for the Illumina Methylation 450k array

Illumina Methylation 450kアレイのデータ例

21. bladderbatch: Bladder gene expression data illustrating batch effects

バッチ効果を説明する膀胱遺伝子発現データ

22. affydata: Affymetrix Data for Demonstration Purpose

デモ目的のAffymetrixデータ

23. curatedTCGAData: Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

MultiAssayExperimentオブジェクトとしての癌ゲノムアトラス（TCGA）からのキュレーションデータ

24. pasillaBamSubset: Subset of BAM files from “Pasilla” experiment

「Pasilla」実験からのBAMファイルのサブセット

25. RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14: Aligned reads from RNAseq experiment: Transcription profiling by high throughput sequencing of HNRNPC knockdown and control HeLa cells

RNAseq実験からの整列リード：HNRNPCノックダウンおよび対照HeLa細胞のハイスループットシークエンシングによる転写プロファイリング

26. KEGGdzPathwaysGEO: KEGG Disease Datasets from GEO

GEOのKEGG病データセット

27. curatedMetagenomicData: Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

ヒトミクロバイオームの管理メタゲノムデータ

28. FlowSorted.Blood.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted blood cell populations

選別された血球集団に関するIllumina HumanMethilationデータ

29. faahKO: Saghatelian et al. (2004) FAAH knockout LC/MS data

サガテリアン他（2004）FAAHノックアウトLC / MSデータ

30. DMRcatedata: Data Package for DMRcate package

DMRcateパッケージ用データパッケージ

31. parathyroidSE: RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq of primary cultures of parathyroid tumors by Haglund et al., J Clin Endocrinol Metab 2012.

Haglundら、J Clin Endocrinol Metab 2012による、副甲状腺腫瘍の初代培養物のRNA-SeqについてのRangedSummarizedExperiment。

32. gageData: Auxillary data for gage package

ゲージパッケージの補助データ

33. macrophage: Human macrophage immune response

ヒトマクロファージ免疫応答

34. STexampleData: Collection of spatially resolved transcriptomics datasets in SpatialExperiment Bioconductor format

SpatialExperiment Bioconductorフォーマットの空間的に分解されたトランスクリプトームデータセットのコレクション

35. golubEsets: exprSets for golub leukemia data

ゴルブ白血病データのexprSet

35. RTCGA.clinical: Clinical datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの臨床データセット

37. HDCytoData: Collection of high-dimensional cytometry benchmark datasets in Bioconductor object formats

Bioconductorオブジェクトフォーマットでの高次元サイトメトリーベンチマークデータセットの収集

38. spatialLIBD: LIBD Visium spatial transcriptomics human pilot data inspector

LIBD Visium 空間トランスクリプトノミクスヒトパイロットデータインスペクター

39. ewceData: The ewceData package provides reference data required for ewce

ewceData パッケージは、ewce に必要なリファレンスデータを提供します。

40. CLL: A Package for CLL Gene Expression Data

CLL遺伝子発現データのためのパッケージ

40. curatedOvarianData: Clinically Annotated Data for the Ovarian Cancer Transcriptome

卵巣癌トランスクリプトームの臨床的注釈付きデータ

40. systemPipeRdata: systemPipeRdata: NGS workflow templates and sample data

systemPipeRdata：NGSワークフローテンプレートとサンプルデータ

43. fission: RangedSummarizedExperiment for time course RNA-Seq of fission yeast in response to stress, by Leong et al., Nat Commun 2014.

ストレスに応じた分裂酵母の経時的RNA-Seqの範囲拡大実験、Leong et al。、Nat Commun 2014による。

44. pRolocdata: Data accompanying the pRoloc package

pRolocパッケージに付随するデータ

45. FlowSorted.Blood.EPIC: Illumina EPIC data on immunomagnetic sorted peripheral adult blood cells

免疫磁気選別末梢成人血液細胞に関するIllumina EPICデータ

46. EGSEAdata: Gene set collections for the EGSEA package

EGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

47. yeastExpData: Yeast Experimental Data

酵母実験データ

48. ALLMLL: A subset of arrays from a large acute lymphoblastic leukemia (ALL) study

大急性リンパ芽球性白血病（ALL）研究からのアレイのサブセット

49. beadarrayExampleData: Example data for the beadarray package

beadarrayパッケージのデータ例

50. hapmapsnp6: Sample data – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

51. ELMER.data: Data for the ELMER package

ELMERパッケージのデータ

52. zebrafishRNASeq: Zebrafish RNA-Seq Experimental Data from Ferreira et al. (2014)

FerreiraらからのゼブラフィッシュRNA-Seq実験データ。（2014年）

53. RnBeads.hg38: RnBeads.hg38

RnBeads.hg38

54. hapmapsnp5: Sample data – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

54. humanStemCell: Human Stem Cells time course experiment

ヒト幹細胞タイムコース実験

56. flowWorkspaceData: A data package containing two flowJo, one diva xml workspace and the associated fcs files as well as three GatingSets for testing the flowWorkspace, openCyto and CytoML packages.

flowWorkspace、openCytoおよびCytoMLパッケージをテストするための2つのflowJo、1つのdiva xmlワークスペース、および関連するfcsファイル、ならびに3つのGatingSetを含むデータパッケージ。

57. microbiomeDataSets: Experiment Hub based microbiome datasets

Experiment Hubベースのマイクロバイオームデータセット

58. timecoursedata: A data package for timecourse RNA-seq and microarray gene expression data sets

タイムコースRNA-seqおよびマイクロアレイ遺伝子発現データセットのためのデータパッケージ

59. breastCancerVDX: Gene expression datasets published by Wang et al. [2005] and Minn et al. [2007] (VDX).

Wangらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]およびMinn et al。 [2007]（VDX）。

59. SpikeInSubset: Part of Affymetrix’s Spike-In Experiment Data

Affymetrixのスパイクイン実験データの一部

61. RnBeads.hg19: RnBeads.hg19

RnBeads.hg19

62. metaMSdata: Example CDF data for the metaMS package

metaMSパッケージのCDFデータの例

63. RTCGA.mRNA: mRNA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmRNAデータセット

64. MOFAdata: Data package for Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)

マルチオミクス因子分析（MOFA）用データパッケージ

64. RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp: RcisTarget motif databases for human (hg19) – Subset of 4.6k motifs

ヒト用RcisTargetモチーフデータベース（hg19） – 4.6kモチーフのサブセット

64. tweeDEseqCountData: RNA-seq count data employed in the vignette of the tweeDEseq package

tweeDEseqパッケージのビネットで採用されているRNA-seqカウントデータ

67. methylclockData: Data for methylclock package

Methylclockパッケージ用データ

67. seq2pathway.data: data set for R package seq2pathway

Rパッケージseq2pathwayのデータセット

69. DropletTestFiles: Test Files for Single-Cell Droplet Utilities

シングルセル液滴ユーティリティ用テストファイル

69. M3DExampleData: M3Drop Example Data

M3Dropサンプルデータ

71. mtbls2: MetaboLights MTBLS2: Comparative LC/MS-based profiling of silver nitrate-treated Arabidopsis thaliana leaves of wild-type and cyp79B2 cyp79B3 double knockout plants. Böttcher et al. (2004)

MetaboLights MTBLS2野生型およびcyp79B2 cyp79B3二重ノックアウト植物の硝酸銀処理Arabidopsis thaliana葉のLC / MSに基づく比較プロファイリングベッチャー等。（2004年）

71. SBGNview.data: Demo gene expression datasets for SBGNview package

SBGNviewパッケージの遺伝子発現データセットのデモ

73. RforProteomics: Companion package to the ‘Using R and Bioconductor for proteomics data analysis’ publication

「プロテオミクスデータ分析のためのRおよびバイオコンダクターの使用」出版物へのコンパニオンパッケージ

74. MouseGastrulationData: Single-Cell Transcriptomics Data across Mouse Gastrulation and Early Organogenesis

マウスの原腸形成と初期器官形成における単一細胞のトランスクリプトミクスデータ

75. leukemiasEset: Leukemia’s microarray gene expression data (expressionSet).

白血病のマイクロアレイ遺伝子発現データ（expressionSet）。

76. QDNAseq.hg19: QDNAseq bin annotation for hg19

hg19のQDNAseq binアノテーション

77. RTCGA.rnaseq: Rna-seq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRna-seqデータセット

78. muscData: Multi-sample multi-group scRNA-seq data

マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ

79. JASPAR2016: Data package for JASPAR 2016

JASPAR 2016用データパッケージ

79. nullrangesData: ExperimentHub datasets for the nullranges package

nullrangesパッケージのExperimentHubデータセット

81. crisprScoreData: Pre-trained models for the crisprScore package

crisprScoreパッケージのための事前学習済みモデル

82. h5vcData: Example data for the h5vc package

h5vcパッケージのデータ例

83. breastCancerUPP: Gene expression dataset published by Miller et al. [2005] (UPP).

Millerらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]（UPP）。

83. DLBCL: Diffuse large B-cell lymphoma expression data

びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の発現データ

83. SFEData: Example SpatialFeatureExperiment datasets

SpatialFeatureExperimentのデータセット例

86. cMap2data: Connectivity Map (version 2) Data

接続マップ（バージョン2）データ

87. JASPAR2014: Data package for JASPAR

JASPAR用データパッケージ

88. Hiiragi2013: Cell-to-cell expression variability followed by signal reinforcement progressively segregates early mouse lineages

細胞間発現変動とそれに続くシグナル強化は初期マウス系統を漸進的に分離する

89. chipenrich.data: Companion package to chipenrich

chipenrichのコンパニオンパッケージ

89. minfiDataEPIC: Example data for the Illumina Methylation EPIC array

Illumina Methylation EPICアレイのデータ例

91. lydata: Example Dataset for crossmeta Package

crossmetaパッケージのデータセット例

91. mosaicsExample: Example data for the mosaics package, which implements MOSAiCS and MOSAiCS-HMM, a statistical framework to analyze one-sample or two-sample ChIP-seq data for transcription factor binding and histone modification

MOSAiCSおよびMOSAiCS-HMMを実装するモザイクパッケージのデータ例、転写因子結合およびヒストン修飾について1サンプルまたは2サンプルのChIP-seqデータを分析するための統計的フレームワーク

91. synapterdata: Data accompanying the synapter package

シナプスパッケージに付随するデータ

91. yeastRNASeq: Yeast RNA-Seq Experimental Data from Lee et al. 2008

Leeらの酵母RNA-Seq実験データ。 2008年

95. estrogen: Microarray dataset that can be used as example for 2×2 factorial designs

2×2の要因計画の例として使用できるマイクロアレイデータセット

96. AffymetrixDataTestFiles: Affymetrix data files (CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI) for testing

テスト用Affymetrixデータファイル（CEL、CDF、CHP、EXP、PGF、PSI）

96. signatureSearchData: Datasets for signatureSearch package

signatureSearchパッケージのデータセット

98. breastCancerMAINZ: Gene expression dataset published by Schmidt et al. [2008] (MAINZ).

Schmidtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2008]（MAINZ）。

98. fibroEset: exprSet for Karaman et al. (2003) fibroblasts data

KaramanらのexprSet。（2003）線維芽細胞データ

100. SpikeIn: Affymetrix Spike-In Experiment Data

Affymetrixスパイクイン実験データ

101. bsseqData: Example whole genome bisulfite data for the bsseq package

bsseqパッケージの全ゲノム亜硫酸水素塩データの例

102. breastCancerNKI: Genexpression dataset published by van’t Veer et al. [2002] and van de Vijver et al. [2002] (NKI).

van’t Veerらによって発表された遺伝子発現データセット。 [2002]およびvan de Vijver et al。 [2002]（NKI）。

103. breastCancerTRANSBIG: Gene expression dataset published by Desmedt et al. [2007] (TRANSBIG).

Desmedtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（TRANSBIG）

104. DrugVsDiseasedata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

104. TENxBrainData: Data from the 10X 1.3 Million Brain Cell Study

10×130万の脳細胞研究からのデータ

106. BeadSorted.Saliva.EPIC: Illumina EPIC data on BeadSorted adult saliva cells

ビーズソーティングされた成人唾液細胞のIllumina EPICデータ

106. IlluminaDataTestFiles: Illumina microarray files (IDAT) for testing

テスト用のIlluminaマイクロアレイファイル（IDAT）

108. AssessORFData: Data and Files for the AssessORF Package

AssessORFパッケージのデータとファイル

108. DAPARdata: Data accompanying the DAPAR and Prostar packages

DAPARおよびProstarパッケージに付随するデータ

108. GWASdata: Data used in the examples and vignettes of the GWASTools package

GWASToolsパッケージの例とビネットで使用されているデータ

111. RnaSeqSampleSizeData: RnaSeqSampleSizeData

RnaSeqSampleSizeData

111. RnBeads.mm9: RnBeads.mm9

RnBeads.mm9

113. Affyhgu133Plus2Expr: Affyhgu133Plus2Expr (GPL570) Expression Data Package

Affyhgu133Plus2Expr（GPL570）発現データパッケージ

113. gcspikelite: Spike-in data for GC/MS data and methods within flagme

GC / MSデータのスパイクインデータとflagme内のメソッド

113. TCGAWorkflowData: Data for TCGA Workflow

TCGAワークフローのデータ

113. yeastCC: Spellman et al. (1998) and Pramila/Breeden (2006) yeast cell cycle microarray data

スペルマン等。（1998）およびPramila / Breeden（2006）酵母細胞周期マイクロアレイデータ

117. bodymapRat: Experimental dataset from the rat BodyMap project

ラットBodyMapプロジェクトからの実験データセット

117. cancerdata: Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data: Datasets

高次元分子データからの診断テストの開発と検証：データセット

117. genomationData: Experimental data for showing functionalities of the genomation package

genomationパッケージの機能を示すための実験データ

120. hapmap100kxba: Sample data – Hapmap 100K XBA Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K XBA Affymetrix

120. yeastNagalakshmi: Yeast genome RNA sequencing data based on Nagalakshmi et. al.

Nagalakshmiらに基づく酵母ゲノムRNA配列決定データ。 al。

122. RTCGA.miRNASeq: miRNASeq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmiRNASeqデータセット

123. brgedata: Exposures, Gene Expression and Methylation data for ilustration purpouses

小話パープルハウスの曝露、遺伝子発現およびメチル化データ

123. curatedBladderData: Bladder Cancer Gene Expression Analysis

膀胱癌遺伝子発現解析

125. curatedBreastData: Curated breast cancer gene expression data with survival and treatment information

生存および治療情報を含むキュレーション乳がん遺伝子発現データ

125. leeBamViews: leeBamViews — multiple yeast RNAseq samples excerpted from Lee 2009

leeBamViews – Lee 2009から抜粋した複数の酵母RNAseqサンプル

125. NxtIRFdata: Data for NxtIRF

NxtIRFのデータ

125. RnBeads.mm10: RnBeads.mm10

RnBeads.mm10

129. ccdata: Data for Combination Connectivity Mapping (ccmap) Package

組み合わせ接続マッピング（ccmap）パッケージのデータ

129. mCSEAdata: Data package for mCSEA package

mCSEAパッケージ用データパッケージ

131. CCl4: Carbon Tetrachloride (CCl4) treated hepatocytes

四塩化炭素（CCl 4）処理肝細胞

131. maqcExpression4plex: Sample Expression Data – MAQC / HG18 – NimbleGen

サンプル発現データ – MAQC / HG18 – NimbleGen

131. RTCGA.mutations: Mutations datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの突然変異データセット

134. Fletcher2013a: Gene expression data from breast cancer cells under FGFR2 signalling perturbation

FGFR2シグナリング摂動下の乳癌細胞からの遺伝子発現データ

135. breastCancerUNT: Gene expression dataset published by Sotiriou et al. [2007] (UNT).

Sotiriouらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（UNT）。

135. derfinderData: Processed BigWigs from BrainSpan for examples

例としてBrainSpanのProcessed BigWigs

135. easierData: easier internal data and exemplary dataset from IMvigor210CoreBiologies package

IMvigor210CoreBiologiesパッケージの内部データと例示データセットをより簡単にする

135. PtH2O2lipids: P. tricornutum HPLC-ESI-MS Lipid Data from van Creveld et al. (2015)

Ｐ．（2015年）

139. AneuFinderData: WGSCS Data for Demonstration Purposes

デモンストレーション目的のWGSCSデータ

140. breakpointRdata: Strand-seq data for demonstration purposes

デモンストレーション用のストランドシーケンスデータ

140. RTCGA.PANCAN12: PanCan 12 from Genome Cancer Browser

ゲノムがんブラウザからPanCan 12

142. TBX20BamSubset: Subset of BAM files from the “TBX20” experiment

「TBX20」実験からのBAMファイルのサブセット

143. Fletcher2013b: Master regulators of FGFR2 signalling and breast cancer risk

FGFR2シグナル伝達と乳がんリスクの主な調節因子

143. GSBenchMark: Gene Set Benchmark

遺伝子セットベンチマーク

145. COSMIC.67: COSMIC.67

コスミック67

145. MEDIPSData: Example data for MEDIPS and QSEA packages

MEDIPSおよびQSEAパッケージのデータ例

145. SomaticCancerAlterations: Somatic Cancer Alterations

体細胞がんの変化

148. Affyhgu133aExpr: Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96) Expression Data Package

Affymetrix Human hgu133a Array（GPL96）発現データパッケージ

148. ChIPXpressData: ChIPXpress Pre-built Databases

ChIPXpressの構築済みデータベース

148. HiContactsData: HiContacts companion data package

HiContactsコンパニオンデータパッケージ

148. lumiBarnes: Barnes Benchmark Illumina Tissues Titration Data

Barnes Benchmark Illuminaが滴定データを組織化

148. lungExpression: ExpressionSets for Parmigiani et al., 2004 Clinical Cancer Research paper

Parmigiani et al。、2004臨床癌研究論文のための発現セット

148. rcellminerData: rcellminerData: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines

rcellminerData：NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

154. KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO: Disease Datasets from GEO

GEOの疾病データセット

154. miRNATarget: gene target tabale of miRNA for human/mouse used for MiRaGE package

MiRaGEパッケージに使用されるヒト/マウス用のmiRNAの遺伝子標的一覧

154. seventyGeneData: ExpressionSets from the van’t Veer and Van de Vijver breast cancer studies

van’t VeerとVan de Vijverの乳がん研究のExpressionSets

157. DuoClustering2018: Data, Clustering Results and Visualization Functions From Duò et al (2018)

Duòet al（2018）のデータ、クラスタリング結果および可視化関数

158. colonCA: exprSet for Alon et al. (1999) colon cancer data

AlonらのexprSet。（1999）大腸がんデータ

158. MAQCsubset: Experimental Data Package: MAQCsubset

実験データパッケージ：MAQCsubset

158. simpIntLists: The package contains BioGRID interactions for various organisms in a simple format

このパッケージには、さまざまな生物に対するBioGRIDインタラクションが単純な形式で含まれています

158. TCGAMethylation450k: The Cancer Genome Atlas Illumina 450k methylation example data

Cancer Genome Atlas Illumina 450kメチル化データの例

162. BloodCancerMultiOmics2017: “Drug-perturbation-based stratification of blood cancer” by Dietrich S, Oles M, Lu J et al. – experimental data and complete analysis

「薬物摂動に基づく血液癌の層別化」、ＤｉｅｔｒｉｃｈＳ、ＯｌｅｓＭ、ＬｕＪｅｔａｌ。 – 実験データと完全な解析

162. frmaExampleData: Frma Example Data

医薬品サンプルデータ

162. imcdatasets: Collection of publicly available imaging mass cytometry (IMC) datasets

公開されているイメージングマスサイトメトリー（IMC）データセットのコレクション

162. ITALICSData: ITALICSData

ITALICSData

166. HCAData: Accessing The Datasets Of The Human Cell Atlas in R/Bioconductor

R / Bioconductorでのヒト細胞アトラスのデータセットへのアクセス

166. LungCancerLines: Reads from Two Lung Cancer Cell Lines

2つの肺がん細胞株から読み取る

166. pumadata: Various data sets for use with the puma package

pumaパッケージで使用するためのさまざまなデータセット

169. chromstaRData: ChIP-seq data for Demonstration Purposes

デモンストレーション目的のChIP-seqデータ

169. ecoliLeucine: Experimental data with Affymetrix E. coli chips

Affymetrix E. coliチップによる実験データ

171. AmpAffyExample: Example of Amplified Data

増幅データの例

171. HD2013SGI: Mapping genetic interactions in human cancer cells with RNAi and multiparametric phenotyping

RNAiとマルチパラメトリック表現型を用いたヒト癌細胞における遺伝的相互作用のマッピング

171. SingleCellMultiModal: Integrating Multi-modal Single Cell Experiment datasets

マルチモーダル単細胞実験データセットの統合

171. TargetSearchData: Example GC-MS data for TargetSearch Package

TargetSearchパッケージのGC-MSデータの例

175. CardinalWorkflows: Datasets and workflows for the Cardinal mass spectrometry imaging package

Cardinal質量分析イメージングパッケージのデータセットとワークフロー

175. RMassBankData: Test dataset for RMassBank

RMassBank用テストデータセット

175. shinyMethylData: Example dataset of input data for shinyMethyl

shinyMethylの入力データのサンプルデータセット

178. affycompData: affycomp data

affycompデータ

178. antiProfilesData: Normal colon and cancer preprocessed affy data for antiProfile building.

通常の結腸癌および癌は抗プロファイル構築のための前処理されたアフィニティーデータです。

178. ConnectivityMap: Functional connections between drugs, genes and diseases as revealed by common gene-expression changes

一般的な遺伝子発現変化によって明らかにされた薬物、遺伝子および疾患間の機能的関連

178. dressCheck: data and software for checking Dressman JCO 25(5) 2007

Dressman JCO 25（5）2007をチェックするためのデータとソフトウェア

178. HelloRangesData: Data for the HelloRanges tutorial vignette

HelloRangesチュートリアルビネットのデータ

178. ReactomeGSA.data: Companion data package for the ReactomeGSA package

ReactomeGSAパッケージのコンパニオンデータパッケージ

184. dyebiasexamples: Example data for the dyebias package, which implements the GASSCO method.

GASSCO法を実行するdyebiasパッケージのデータ例。

184. prebsdata: Data for ‘prebs’ package

‘prebs’パッケージのデータ

186. LungCancerACvsSCCGEO: A lung cancer dataset that can be used with maPredictDSC package for developing outcome prediction models from Affymetrix CEL files.

Affymetrix CELファイルからの転帰予測モデルを開発するためにmaPredictDSCパッケージと共に使用できる肺癌データセット。

186. MEEBOdata: MEEBO set and MEEBO controls.

MEEBOセットとMEEBOコントロール。

186. Neve2006: expression and CGH data on breast cancer cell lines

乳癌細胞株の発現とCGHデータ

186. PREDAsampledata: expression and copy number data on clear cell renal carcinoma samples

明細胞腎癌サンプルの発現とコピー数のデータ

186. SNAGEEdata: SNAGEE data

SNAGEEデータ

186. stemHypoxia: Differentiation of Human Embryonic Stem Cells under Hypoxia gene expression dataset by Prado-Lopez et al. (2010)

Prado-Lopez等による低酸素遺伝子発現データセットの下でのヒト胚性幹細胞の分化。（2010年）

192. FlowSorted.DLPFC.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted frontal cortex cell populations

分類された前頭皮質細胞集団に関するイルミナのヒトメチル化データ

192. hapmap500ksty: Sample data – Hapmap 500K STY Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K STY Affymetrix

192. harbChIP: Experimental Data Package: harbChIP

実験データパッケージ：harbChIP

192. HiCDataHumanIMR90: Human IMR90 Fibroblast HiC data from Dixon et al. 2012

ＤｉｘｏｎらからのヒトＩＭＲ９０線維芽細胞ＨｉＣデータ。 2012年

192. MSMB: Data sets for the book ‘Modern Statistics for Biology’

本「生物学のための現代統計学」のためのデータセット

192. mvoutData: affy and illumina raw data for assessing outlier detector performance

異常値検出器の性能を評価するためのAffyおよびIlluminaの生データ

192. plotgardenerData: Datasets and test data files for the plotgardener package

plotgardenerパッケージのデータセットとテストデータファイル

199. BeadArrayUseCases: Analysing Illumina BeadArray expression data using Bioconductor

Bioconductorを使用したIllumina BeadArray発現データの分析

199. QDNAseq.mm10: Bin annotation mm10

ビンアノテーションmm10

201. beta7: Rodriguez et al. (2004) Differential Gene Expression by Memory/Effector T Helper Cells Bearing the Gut-Homing Receptor Integrin alpha4 beta7.

ロドリゲス等。（2004）腸ホーミング受容体インテグリンα4β7を有する記憶/エフェクターTヘルパー細胞による示差的遺伝子発現。

201. HEEBOdata: HEEBO set and HEEBO controls.

HEEBOセットとHEEBOコントロール。

201. PWMEnrich.Dmelanogaster.background: D. melanogaster background for PWMEnrich

D. melanogasterのPWMEnrich背景

201. PWMEnrich.Hsapiens.background: H. sapiens background for PWMEnrich

PWMEnrichのH. sapiens背景

201. WES.1KG.WUGSC: Whole Exome Sequencing (WES) of chromosome 22 401st to 500th exon from the 1000 Genomes (1KG) Project by the Washington University Genome Sequencing Center (WUGSC).

ワシントン大学ゲノムシークエンシングセンター（WUGSC）による1000ゲノム（1KG）プロジェクトからの22番染色体の401番目から500番目のエキソンの全エキソーム配列決定（WES）。

206. ARRmData: Example dataset for normalization of Illumina 450k Methylation data

Illumina 450kメチル化データの正規化のためのサンプルデータセット

206. RegParallel: Standard regression functions in R enabled for parallel processing over large data-frames

大きなデータフレームでの並列処理を可能にするRの標準回帰関数

206. scMultiome: Collection of Public Single-Cell Multiome (scATAC + scRNAseq) Datasets

公開されているシングルセルマルチオーム（scatac + scRNAseq）データセット集

206. TENxVisiumData: Visium spatial gene expression data by 10X Genomics

10X Genomics社のVisium空間遺伝子発現データ

210. bronchialIL13: time course experiment involving il13

il13を含む時間経過実験

210. CopyhelpeR: Helper files for CopywriteR

CopywriteRのためのヘルパーファイル

210. FANTOM3and4CAGE: CAGE data from FANTOM3 and FANTOM4 projects

FANTOM3とFANTOM4プロジェクトからのケージデータ

210. minionSummaryData: Summarised MinION sequencing data published by Ashton et al. 2015

Ashtonらによって公表された要約されたMinION配列決定データ。 2015年

214. aracne.networks: ARACNe-inferred gene networks from TCGA tumor datasets

TCGA腫瘍データセットからのARACNe推定遺伝子ネットワーク

214. EatonEtAlChIPseq: ChIP-seq data of ORC-binding sites in Yeast excerpted from Eaton et al. 2010

酵母のORC結合部位のChIP-seqデータは、Eatonらから引用。 2010年

214. ffpeExampleData: Illumina DASL example microarray data

Illumina DASLサンプルマイクロアレイデータ

214. RUVnormalizeData: Gender data for the RUVnormalize package

RUVnormalizeパッケージの性別データ

218. COPDSexualDimorphism.data: Data to support sexually dimorphic and COPD differential analysis for gene expression and methylation.

遺伝子発現およびメチル化についての性的二型およびCOPD示差分析を裏付けるデータ。

218. davidTiling: Data and analysis scripts for David, Huber et al. yeast tiling array paper

David、Huber他のためのデータと分析スクリプト。イーストタイリングアレイ紙

218. grndata: Synthetic Expression Data for Gene Regulatory Network Inference

遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ

218. hapmap100khind: Sample data – Hapmap 100K HIND Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K HIND Affymetrix

218. hapmap500knsp: Sample data – Hapmap 500K NSP Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K NSP Affymetrix

218. ProData: SELDI-TOF data of Breast cancer samples

乳がんサンプルのSELDI-TOFデータ

224. mammaPrintData: RGLists from the Glas and Buyse breast cancer studies

GlasとBuyseの乳がん研究のRGLists

224. MethylAidData: MethylAid-summarized data for 2800 Illumina 450k array samples and 2620 EPIC array samples

2800 Illumina 450kアレイサンプルおよび2620 EPICアレイサンプルのメチルエイド要約データ

224. msd16s: Healthy and moderate to severe diarrhea 16S expression data

健康で中等度から重度の下痢16S発現データ

224. PCHiCdata: Promoter Capture Hi-C data

プロモーターキャプチャーHi-Cデータ

224. TabulaMurisSenisData: Bulk and single-cell RNA-seq data from the Tabula Muris Senis project

Tabula Muris SenisプロジェクトのバルクおよびシングルセルのRNA-seqデータ

224. TargetScoreData: TargetScoreData

TargetScoreData

230. cnvGSAdata: Data used in the vignette of the cnvGSA package

cnvGSAパッケージのビネットで使用されているデータ

231. kidpack: DKFZ kidney package

DKFZ腎臓パッケージ

231. tartare: Raw ground spectra recorded on Thermo Fisher Scientific mass spectrometers

Thermo Fisher Scientific質量分析計で記録された生の地上スペクトル

233. Affyhgu133A2Expr: Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array (GPL571) Expression Data Package

Affymetrix Human Genome U133A 2.0アレイ（GPL571）発現データパッケージ

233. Affymoe4302Expr: Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array (GPL1261) Expression Data Package

Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array（GPL1261）発現データパッケージ

233. GenomicDistributionsData: Reference data for GenomicDistributions package

GenomicDistributionsパッケージのリファレンスデータ

233. Iyer517: exprSets for Iyer, Eisen et all 1999 Science paper

Iyer、Eisen、その他1999年版全文

233. KOdata: LINCS Knock-Out Data Package

LINCSノックアウトデータパッケージ

233. NanoporeRNASeq: Nanopore RNA-Seq Example data

ナノポアRNA-Seq例データ

233. PasillaTranscriptExpr: Data package with transcript expression obtained with kallisto from pasilla knock-down RNA-Seq data from Brooks et al.

BrooksらからのpasillaノックダウンRNA-Seqデータからのカリストを用いて得られた転写物発現を有するデータパッケージ。

233. pd.atdschip.tiling: Platform Design Info for Affymetrix Atdschip_tiling

Affymetrix Atdschip_tilingのプラットフォーム設計情報

233. PWMEnrich.Mmusculus.background: M. musculus background for PWMEnrich

PWMEnrichのM. musculus背景

233. rRDPData: Database for the Default RDP Classifier

デフォルトのRDP分類子用のデータベース

233. SNAData: Social Networks Analysis Data Examples

ソーシャルネットワーク分析データの例

233. TabulaMurisData: 10x And SmartSeq2 Data From The Tabula Muris Consortium

Tabula Murisコンソーシアムの10倍およびSmartSeq 2データ

233. XhybCasneuf: EBI/PSB cross-hybridisation study package

EBI / PSBクロスハイブリダイゼーション研究パッケージ

246. blimaTestingData: Data for testing of the package blima.

パッケージblimaのテストのためのデータ。

246. DeSousa2013: Poor prognosis colon cancer is defined by a molecularly distinct subtype and precursor lesion

予後不良の大腸癌は分子的に異なるサブタイプおよび前駆病変によって定義される

246. gaschYHS: ExpressionSet for response of yeast to heat shock and other environmental stresses

熱ショックおよび他の環境ストレスに対する酵母の応答のためのExpressionSet

246. healthyFlowData: Healthy dataset used by the flowMatch package

flowMatchパッケージで使用される健全なデータセット

246. MerfishData: Collection of public MERFISH datasets

公開されているMERFISHデータセットのコレクション

246. MMDiffBamSubset: Example ChIP-Seq data for the MMDiff package

MMDiffパッケージのChIP-Seqデータの例

246. SomatiCAData: An example cancer whole genome sequencing data for the SomatiCA package

SomatiCAパッケージのための癌全ゲノム配列決定データの例

246. tinesath1probe: Probe sequence data for microarrays of type tinesath1

タイプtinesath1のマイクロアレイ用のプローブシーケンスデータ

254. FIs: Human Functional Interactions (FIs) for splineTimeR package

splineTimeRパッケージの人間機能的相互作用（FI）

254. GSE62944: GEO accession data GSE62944 as a SummarizedExperiment

要約実験としてのGEO登録データGSE62944

254. vulcandata: VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks, dummy dataset

ネットワークを用いたVirtUaL ChIP-Seqデータ解析、ダミーデータセット

257. ChimpHumanBrainData: Chimp and human brain data package

チンパンジーと人間の脳のデータパッケージ

257. HiCDataLymphoblast: Human lymphoblastoid HiC data from Lieberman-Aiden et al. 2009

Lieberman-Aidenらからのヒトリンパ芽細胞質HiCデータ。 2009年

257. PathNetData: Experimental data for the PathNet package

PathNetパッケージの実験データ

260. miRcompData: Data used in the miRcomp package

miRcompパッケージで使用されるデータ

260. msPurityData: Fragmentation spectral libraries and data to test the msPurity package

msPurityパッケージをテストするためのフラグメンテーションスペクトルライブラリとデータ

260. rheumaticConditionWOLLBOLD: Normalized gene expression dataset published by Wollbold et al. [2009] (WOLLBOLD).

Wollboldらによって公開された正規化遺伝子発現データセット。 [2009]（WOLLBOLD）

260. seqc: RNA-seq data generated from SEQC (MAQC-III) study

SEQC（MAQC-III）試験から得られたRNA-seqデータ

264. biscuiteerData: Data Package for Biscuiteer

Biscuiteerのデータパッケージ

264. diggitdata: Example data for the diggit package

diggitパッケージのデータ例

264. FlowSorted.CordBloodCombined.450k: Illumina 450k/EPIC data on FACS and MACS umbilical blood cells

FACSおよびMACS臍帯血細胞に関するIllumina 450k / EPICデータ

264. pepDat: Peptide microarray data package

ペプチドマイクロアレイデータパッケージ

264. RnBeads.rn5: RnBeads.rn5

RnBeads.rn5

264. tinesath1cdf: tinesath1cdf

tinesath1cdf

270. GeuvadisTranscriptExpr: Data package with transcript expression and bi-allelic genotypes from the GEUVADIS project

GEUVADISプロジェクトからの転写産物発現および二対立遺伝子型を含むデータパッケージ

270. LiebermanAidenHiC2009: Selected data from the HiC paper of E. Lieberman-Aiden et al. in Science (2009)

E. Lieberman-AidenらのHiC論文から選択されたデータ。科学の中で（2009）

270. NGScopyData: Subset of BAM files of human tumor and pooled normal sequencing data (Zhao et al. 2014) for the NGScopy package

NGScopyパッケージ用のヒト腫瘍のBAMファイルのサブセットおよびプールされた正常な配列決定データ（Zhao et al。2014）

270. optimalFlowData: optimalFlowData

最適フローデータ

270. RTCGA.CNV: CNV (Copy-number variation) datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのCNV（コピー数変動）データセット

270. WGSmapp: Mappability tracks of Whole-genome Sequencing from the ENCODE Project

ENCODEプロジェクトの全ゲノムシークエンシングのマッピングトラック

276. DonaPLLP2013: Supplementary data package for Dona et al. (2013) containing example images and tables

Donaらのための補足データパッケージ。画像と表の例を含む（2013）

276. DvDdata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

276. fabiaData: Data sets for FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition)

FABIA（バイクラスター取得のための因子分析）のデータセット

276. NCIgraphData: Data for the NCIgraph software package

NCIgraphソフトウェアパッケージのデータ

276. RITANdata: This package contains the annotation and network data sets

このパッケージはアノテーションとネットワークデータセットを含みます

276. SNPhoodData: Additional and more complex example data for the SNPhood package

SNPhoodパッケージの追加のより複雑な例のデータ

276. tissueTreg: TWGBS and RNA-seq data from tissue T regulatory cells from mice

マウスの組織T制御細胞からのTWGBSおよびRNA配列データ

283. COHCAPanno: Annotations for City of Hope CpG Island Analysis Pipeline

希望都市CpGアイランド分析パイプラインのアノテーション

283. epimutacionsData: Data for epimutacions package

epimutacionsパッケージのデータ

283. gDRtestData: gDRtestData – R data package with testing dose reponse data

gDRtestData – 用量反応データをテストするための R データパッケージ

283. MouseThymusAgeing: Single-cell Transcriptomics Data of the Ageing Mouse Thymus

加齢マウス胸腺のシングルセル・トランスクリプトミクスデータ

287. ASICSdata: Example of 1D NMR spectra data for ASICS package

ASICSパッケージの1次元NMRスペクトルデータの例

287. FlowSorted.CordBlood.450k: Illumina 450k data on sorted cord blood cells

分類された臍帯血細胞に関するIllumina 450kデータ

287. hgu2beta7: A data package containing annotation data for hgu2beta7

hgu2beta7のアノテーションデータを含むデータパッケージ

287. MicrobiomeBenchmarkData: Datasets for benchmarking in microbiome research

マイクロバイオーム研究のベンチマーク用データセット

287. OMICsPCAdata: Supporting data for package OMICsPCA

パッケージOMICsPCAの補助データ

287. yeastGSData: Yeast Gold Standard Data

酵母ゴールドスタンダードデータ

293. adductData: Data from untargeted MS of modifications to Cys34 of serum albumin

血清アルブミンのCys34に対する修飾の非標的MSからのデータ

293. HIVcDNAvantWout03: T cell line infections with HIV-1 LAI (BRU)

HIV-1 LAI（BRU）によるT細胞株感染

293. orthosData: Data for the orthos package

orthosパッケージのデータ

293. RTCGA.methylation: Methylation datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectのメチル化データセット

297. biotmleData: Example experimental microarray data set for the “biotmle” R package

「biotmle」Rパッケージ用の実験用マイクロアレイデータセットの例

297. serumStimulation: serumStimulation is a data package which is used by examples in package pcaGoPromoter

bloodStimulationは、パッケージpcaGoPromoterの例で使用されるデータパッケージです。

299. ChIPexoQualExample: Example data for the ChIPexoQual package, which implements a quality control pipeline for ChIP-exo data

ChIP-exoデータの品質管理パイプラインを実装するChIPexoQualパッケージのデータ例

299. DExMAdata: Data package for DExMA package

DExMAパッケージのデータパッケージ

299. EpiMix.data: Data for the EpiMix package

EpiMixパッケージのデータ

299. hgu133abarcodevecs: hgu133a data for barcode

バーコードのhgu133aデータ

299. RTCGA.RPPA: RPPA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRPPAデータセット

304. CluMSIDdata: Data for the CluMSID package

CluMSIDパッケージのデータ

304. mouse4302barcodevecs: mouse4302 data for barcode

バーコードのmouse4302データ

304. RNAmodR.Data: Example data for the RNAmodR package

RNAmodRパッケージのデータ例

304. SCLCBam: Sequence data from chromosome 4 of a small-cell lung tumor

小細胞肺腫瘍の4番染色体からの配列データ

304. TCGAcrcmRNA: TCGA CRC 450 mRNA dataset

TCGA CRC 450 mRNAデータセット

309. hgu133plus2barcodevecs: hgu133plus2 data for barcode

バーコードのhgu133plus2データ

309. HMP16SData: 16S rRNA Sequencing Data from the Human Microbiome Project

Human Microbiome Projectの16S rRNAシーケンスデータ

309. IHWpaper: Reproduce figures in IHW paper

IHW紙に図を再現する

309. octad.db: Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD) database

Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)データベース

309. RRBSdata: An RRBS data set with 12 samples and 10,000 simulated DMRs

12個のサンプルと10,000個の模擬DMRを含むRRBSデータセット

314. flowPloidyData: Example Flow Cytometry Data

フローサイトメトリーデータの例

314. ListerEtAlBSseq: BS-seq data of H1 and IMR90 cell line excerpted from Lister et al. 2009

Ｈ１細胞株およびＩＭＲ９０細胞株のＢＳ配列データは、Ｌｉｓｔｅｒｅｔａｌ。 2009年

314. RGMQLlib: RGMQLlib, java libraries to run GMQL scala API

RGMQLlib、GMQL scala APIを実行するためのJavaライブラリ

317. prostateCancerGrasso: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

317. ptairData: PTR-TOF-MS volatolomics raw datasets from exhaled air and cell culture headspace

呼気および細胞培養ヘッドスペースからのPTR-TOF-MS volatolomics生データセット

317. sampleClassifierData: Pre-processed data for use with the sampleClassifier package

sampleClassifierパッケージで使用するための前処理済みデータ

320. chipseqDBData: Data for the chipseqDB Workflow

chipseqDBワークフローのデータ

320. CONFESSdata: Example dataset for CONFESS package

CONFESSパッケージ用のデータセットの例

320. HarmanData: Data for the Harman package

Harmanパッケージのデータ

320. HCATonsilData: Provide programmatic access to the tonsil cell atlas datasets

扁桃細胞アトラスデータセットへのプログラムによるアクセスを提供

320. hgu133plus2CellScore: CellScore Standard Cell Types Expression Dataset [hgu133plus2]

CellScoreスタンダードセルタイプExpression Dataset [hgu133plus2]

320. scanMiRData: miRNA Affinity models for the scanMiR package

scanMiRパッケージ用miRNAアフィニティモデル

320. SpatialDatasets: Collection of spatial omics datasets

空間オミックスデータセットのコレクション

320. topdownrdata: Example Files for the topdownr R Package

topdownr Rパッケージのサンプルファイル

328. gDNAinRNAseqData: RNA-seq data with different levels of gDNA contamination

gDNAコンタミネーションレベルの異なるRNA-seqデータ

328. OnassisJavaLibs: OnassisJavaLibs, java libraries to run conceptmapper and semantic similarity

OnassisJavaLibs、conceptmapperとセマンティックの類似性を実行するためのJavaライブラリ

328. PepsNMRData: Datasets for the PepsNMR package

PepsNMRパッケージ用のデータセット

331. CellMapperData: Pre-processed data for use with the CellMapper package

CellMapperパッケージで使用するための前処理済みデータ

332. AshkenazimSonChr21: Annotated variants on the chromosome 21, human genome 19, Ashkenazim Trio son sample

染色体21、ヒトゲノム19、Ashkenazim Trio sonサンプル上の注釈付き変異体

332. MUGAExampleData: Example {M}ouse {U}niversal {G}enotyping {A}rray data for genome reconstruction and quantitative trait locus mapping.

ゲノムの再構築および量的形質遺伝子座マッピングのための{A}配列データ{A}配列解析{M}または{U}ユニバーサル{G}。

332. prostateCancerCamcap: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

332. QUBICdata: Data employed in the vignette of the QUBIC package

QUBICパッケージのビネットで採用されているデータ

332. TCGAcrcmiRNA: TCGA CRC 450 miRNA dataset

TCGA CRC 450 miRNAデータセット

337. CRCL18: CRC cell line dataset

CRC細胞株データセット

337. DNAZooData: DNA Zoo data package

DNA Zooデータパッケージ

337. fourDNData: 4DN data package

4DNデータパッケージ

337. furrowSeg: Furrow Segmentation

溝セグメンテーション

337. qPLEXdata: Data accompanying qPLEXanalyzer package

qPLEXanalyzerパッケージに付随するデータ

337. scpdata: Single-Cell Proteomics Data Package

シングルセルプロテオミクスデータパッケージ

337. scTHI.data: The package contains examples of single cell data used in vignettes and examples of the scTHI package; data contain both tumor cells and immune cells from public dataset of glioma

このパッケージには、ビネットで使用された単細胞データの例とscTHIパッケージの例が含まれています；データには、グリオーマの公開データセットからの腫瘍細胞と免疫細胞の両方が含まれています

337. SVM2CRMdata: An example dataset for use with the SVM2CRM package

SVM2CRMパッケージで使用するサンプルデータセット

337. TENxBUSData: Single cell dataset from 10x in BUS format

BUS形式の10xの単一セルデータセット

346. cfToolsData: ExperimentHub data for the cfTools package

cfToolsパッケージのExperimentHubデータ

346. HMP2Data: 16s rRNA sequencing data from the Human Microbiome Project 2

Human Microbiome Project 2の16秒rRNAシーケンスデータ

346. MACSdata: Test datasets for the MACSr package

MACSrパッケージのテストデータセット

346. NetActivityData: Data required for getting the gene set scores with NetActivity package

NetActivityパッケージで遺伝子セットスコアを取得するために必要なデータ

346. Single.mTEC.Transcriptomes: Single Cell Transcriptome Data and Analysis of Mouse mTEC cells

マウスmTEC細胞の単細胞トランスクリプトームデータおよび分析

346. SingleMoleculeFootprintingData: Data supporting the SingleMoleculeFootprinting pkg

SingleMoleculeFootprinting pkgのサポートデータ

346. smokingMouse: Provides access to smokingMouse project data

smokingMouseプロジェクトデータへのアクセスを提供

346. TimerQuant: Timer Quantification

タイマー定量化

346. VariantToolsData: Data for the VariantTools tutorial

VariantToolsチュートリアルのデータ

355. HumanAffyData: GEO accession GSE64985 and ArrayExpress accession E-MTAB-62 as ExpressionSet objects

ExpressionSetオブジェクトとしてのGEO登録GSE64985およびArrayExpress登録E-MTAB-62

355. marinerData: ExperimentHub data for the mariner package

マリナーパッケージのExperimentHubデータ

355. MetaGxBreast: Transcriptomic Breast Cancer Datasets

トランスクリプトーム乳がんデータセット

355. nanotubes: Mouse nanotube CAGE data

マウスナノチューブCAGEデータ

355. prostateCancerTaylor: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

360. clustifyrdatahub: External data sets for clustifyr in ExperimentHub

ExperimentHubにあるclustifyrの外部データセット

360. diffloopdata: Example ChIA-PET Datasets for the diffloop Package

diffloopパッケージ用のChIA-PETデータセットの例

360. FlowSorted.CordBloodNorway.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted cord blood cell populations

選別された臍帯血細胞集団のIllumina Humanメチル化データ

360. WeberDivechaLCdata: Spatially-resolved transcriptomics and single-nucleus RNA-sequencing data from the locus coeruleus (LC) in postmortem human brain samples

ヒト死後脳サンプルにおける青斑核（LC）の空間分解トランスクリプトミクスおよび単一核RNAシーケンスデータ

364. BioImageDbs: Bio- and biomedical imaging dataset for machine learning and deep learning (for ExperimentHub)

機械学習や深層学習のためのバイオ・生物医学画像データセット（ExperimentHub用

364. gpaExample: Example data for the GPA package (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)

GPAパッケージ（Pleiotropyとアノテーションを組み込んだ遺伝学的解析）のデータ例

364. oct4: Conditional knockdown of OCT4 in mouse ESCs

マウスESCにおけるOCT4の条件付きノックダウン

364. TumourMethData: A Collection of DNA Methylation Datasets for Human Tumour Samples and Matching Normal Samples

ヒト腫瘍サンプルとそれにマッチする正常サンプルのDNAメチル化データセット集

368. MetaGxOvarian: Transcriptomic Ovarian Cancer Datasets

トランスクリプトーム卵巣癌データセット

368. spqnData: Data for the spqn package

spqn パッケージのデータ

370. raerdata: A collection of datasets for use with raer package

raerパッケージで使用するためのデータセット集

370. xcoredata: data package for xcore

xcore用データパッケージ

372. CopyNeutralIMA: Copy Neutral Illumina Methylation Arrays

中性イルミナメチル化アレイのコピー

372. LRcellTypeMarkers: Marker gene information for LRcell R Bioconductor package

LRcell R Bioconductorパッケージのマーカー遺伝子情報

372. MetaGxPancreas: Transcriptomic Pancreatic Cancer Datasets

トランスクリプトーム膵臓癌データセット

372. microRNAome: SummarizedExperiment for the microRNAome project

microRNAomeプロジェクトの要約実験

372. NestLink: NestLink an R data package to guide through Engineered Peptide Barcodes for In-Depth Analyzes of Binding Protein Ensembles

結合タンパク質アンサンブルの詳細な分析のための人工ペプチドバーコードをガイドするためのRデータパッケージのNestLink

372. prostateCancerVarambally: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

372. SubcellularSpatialData: Annotated spatial transcriptomics datasets from 10x Xenium, NanoString CosMx and BGI STOmics.

10x Xenium、NanoString CosMx、BGI STOmicsの空間トランスクリプトミクスデータセットに注釈を付けた。

372. TMExplorer: A Collection of Tumour Microenvironment Single-cell RNA Sequencing Datasets and Correspodnding Metadata

腫瘍微小環境単細胞RNAシークエンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

380. msqc1: Sigma mix MSQC1 data

シグマミックスMSQC1データ

380. multiWGCNAdata: Data Package for multiWGCNA

multiWGCNA用データパッケージ

380. prostateCancerStockholm: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

380. VectraPolarisData: Vectra Polaris and Vectra 3 multiplex single-cell imaging data

Vectra PolarisおよびVectra 3マルチプレックスシングルセルイメージングデータ

384. BioPlex: R-side access to BioPlex protein-protein interaction data

BioPlexタンパク質相互作用データへのR側からのアクセス

384. CLLmethylation: Methylation data of primary CLL samples in PACE project

PACEプロジェクトにおける主要CLLサンプルのメチル化データ

384. etec16s: Individual-specific changes in the human gut microbiota after challenge with enterotoxigenic Escherichia coli and subsequent ciprofloxacin treatment

腸管毒素原性大腸菌による攻撃およびその後のシプロフロキサシン処理後のヒト腸内微生物叢の個体特異的変化

384. tofsimsData: Import, process and analysis of ToF-SIMS imaging data

ToF-SIMSイメージングデータのインポート、処理、分析

388. benchmarkfdrData2019: Data and Benchmarking Results from Korthauer and Kimes et al. (2019)

Korthauer and Kimes et al。からのデータとベンチマーク結果（2019）

388. curatedTBData: Curation of existing 49 tuberculosis transcriptomic studies

既存の49結核トランスクリプトーム研究のキュレーション

388. emtdata: An ExperimentHub Package for data sets with an Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)

Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)を伴うデータセットのためのExperimentHubパッケージ

388. GSE103322: GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

388. HarmonizedTCGAData: Processed Harmonized TCGA Data of Five Selected Cancer Types

選択された5つの癌の種類に関する処理済みの調和TCGAデータ

388. mcsurvdata: Meta cohort survival data

メタコホート生存データ

394. curatedAdipoRNA: A Curated RNA-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションRNA-Seqデータセット

394. GSE13015: GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

394. SimBenchData: SimBenchData: a collection of 35 single-cell RNA-seq data covering a wide range of data characteristics

SimBenchData: 幅広いデータ特性を網羅した35個のシングルセルRNA-seqデータのコレクション

397. celarefData: Processed scRNA data for celaref Vignette – cell labelling by reference

celaref Vignetteのために処理されたscRNAデータ – 参照による細胞標識

397. curatedAdipoChIP: A Curated ChIP-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションされたChIP-Seqデータセット

397. scaeData: Data Package for SingleCellAlleleExperiment

SingleCellAlleleExperiment用データパッケージ

400. CytoMethIC: DNA methylation-based classification and regression

DNAメチル化に基づく分類と回帰

400. FieldEffectCrc: Tumor, tumor-adjacent normal, and healthy colorectal transcriptomes as SummarizedExperiment objects

SummarizedExperimentオブジェクトとしての腫瘍、腫瘍に隣接した正常な大腸直腸トランスクリプトーム、および健康な大腸直腸トランスクリプトーム

400. GIGSEAdata: Gene set collections for the GIGSEA package

GIGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

400. HighlyReplicatedRNASeq: Collection of Bulk RNA-Seq Experiments With Many Replicates

多数のレプリケートを用いたバルクRNA-Seq実験集

400. MethylSeqData: Collection of Public DNA Methylation Sequencing Datasets

公的DNAメチル化塩基配列決定データセットの収集

400. scATAC.Explorer: A Collection of Single-cell ATAC Sequencing Datasets and Corresponding Metadata

シングルセルATACシーケンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

406. curatedAdipoArray: A Curated Microarrays Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1) Under Genetic and Pharmacological Perturbations

MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)の遺伝的および薬理学的摂動下でのキュレーションマイクロアレイデータセット

406. GSE159526: Placental cell DNA methylation data from GEO accession GSE159526

GEOアクセッションGSE159526からの胎盤細胞のDNAメチル化データ

408. ObMiTi: Ob/ob Mice Data on Normal and High Fat Diet

通常の食事と高脂肪食を摂取したOb/obマウスのデータ

408. PhyloProfileData: Data package for phylogenetic profile analysis using PhyloProfile tool

PhyloProfileツールを使用した系統プロファイル分析用のデータパッケージ

410. spatialDmelxsim: Spatial allelic expression counts for fly cross embryo

ハエの交配胚の空間的対立遺伝子発現カウント

410. TENxXeniumData: Collection of Xenium spatial data by 10X genomics

10X genomicsによるXenium空間データの収集

410. tuberculosis: Tuberculosis Gene Expression Data for Machine Learning

機械学習のための結核遺伝子発現データ

413. healthyControlsPresenceChecker: Dowloads A Gene Expression Dataset From GEO And Checks If It Contains Data Of Healthy Controls Or Not

GEOから遺伝子発現データセットをダウンロードし、健康なコントロールのデータが含まれているかどうかをチェックするツール

413. HiBED: HiBED

HiBED

413. MetaScope: Tools and functions for preprocessing 16S and metagenomic sequencing microbiome data

16Sおよびメタゲノム配列のマイクロバイオームデータを前処理するためのツールおよび機能

413. preciseTADhub: Pre-trained random forest models obtained using preciseTAD

preciseTADを用いて事前に学習させたランダムフォレストモデル

417. curatedPCaData: Curated Prostate Cancer Data

キュレーションされた前立腺がんデータ

418. MouseAgingData: Multi-omics data access for studies investigating the effects of aging

老化の影響を調べる研究のためのマルチオミクスデータアクセス

419. JohnsonKinaseData: Kinase PWMs based on data published by Johnson et al. 2023 (doi:10.1038/s41586-022-05575-3)

Johnsonら2023（doi:10.1038/s41586-022-05575-3）が発表したデータに基づくキナーゼPWM

419. muleaData: Genes Sets for Functional Enrichment Analysis with the ‘mulea’ R Package

「mulea」Rパッケージによる機能強化解析のための遺伝子セット

421. TransOmicsData: A collection of trans-omics datasets across various biological systems

様々な生物系にわたるトランスオミクスデータセットのコレクション

422. curatedCRCData: Colorectal Cancer Gene Expression Analysis

大腸癌遺伝子発現解析

423. homosapienDEE2CellScore: Example Data Package for CellScore

CellScore用データパッケージ例

424. CoSIAdata: VST normalized RNA-Sequencing data with annotations for multiple species samples from Bgee

Bgeeの複数種サンプルのアノテーション付きVST正規化RNAシーケンサーデータ

425. EpipwR.data: EpipwR.data: Reference data for EpipwR

EpipwR.data: EpipwRの参照データ

426. bugphyzz: A harmonized data resource and software for enrichment analysis of microbial physiologies

微生物生理学の濃縮分析のための調和のとれたデータリソースとソフトウェア

426. eoPredData: ExperimentHub package containing model data for predicting preeclampsia status for based on plcaental DNA methylation profile

plcaental DNAメチル化プロファイルに基づく子癇前症の状態を予測するためのモデルデータを含むExperimentHubパッケージ

426. ProteinGymR: Programmatic access to ProteinGym datasets in R/Bioconductor

R/BioconductorのProteinGymデータセットへのプログラムによるアクセス

429. LegATo: LegATo: Longitudinal mEtaGenomic Analysis Toolkit

LegATo:縦断的mEtaゲノム解析ツールキット

430. humanHippocampus2024: Access to SRT and snRNA-seq data from spatial_HPC project

spatial_HPCプロジェクトからのSRTおよびsnRNA-seqデータへのアクセス

431. muSpaData: Multi-sample multi-group spatially resolved transcriptomic data

複数サンプル、複数グループの空間分解トランスクリプトームデータ

431. TENET.ExperimentHub: Experiment data for the TENET package

TENETパッケージの実験データ

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