Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧

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BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日： 2026/05/01
パッケージ数： 436
1. TCGAbiolinksGUI.data: Data for the TCGAbiolinksGUI package

TCGAbiolinksGUIパッケージのデータ

2. celldex: Reference Index for Cell Types

セルタイプの参照インデックス

3. ALL: A data package

データパッケージ

4. HSMMSingleCell: Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts (HSMM)

ヒト骨格筋筋芽細胞（HSMM）を区別するための単一細胞RNA-Seq

5. airway: RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq in airway smooth muscle cells, by Himes et al PLoS One 2014

気道平滑筋細胞におけるRNA-SeqのRangedSummarizedExperiment、Himes et alによるPLoS One 2014

6. geneLenDataBase: Lengths of mRNA transcripts for a number of genomes

いくつかのゲノムのmRNA転写産物の長さ

7. scRNAseq: A Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

公共のシングルセルRNAシーケンスデータセットのコレクション

8. bcellViper: Human B-cell transcriptional interactome and normal human B-cell expression data

ヒトB細胞転写インタラクトームと正常ヒトB細胞発現データ

9. dorothea: Collection Of Human And Mouse TF Regulons

ヒトおよびマウスTFレギュロンのコレクション

10. tximportData: tximportData

tximportData

11. pasilla: Data package with per-exon and per-gene read counts of RNA-seq samples of Pasilla knock-down by Brooks et al., Genome Research 2011.

Brooksら、Genome Research 2011によるPasillaノックダウンのRNA配列サンプルのエクソン単位および遺伝子単位の読み取りカウントを含むデータパッケージ。

12. RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14: Aligned reads from RNAseq experiment: Transcription profiling by high throughput sequencing of HNRNPC knockdown and control HeLa cells

RNAseq実験からの整列リード：HNRNPCノックダウンおよび対照HeLa細胞のハイスループットシークエンシングによる転写プロファイリング

13. sesameData: Supporting Data for SeSAMe Package

SeSAMeパッケージのサポートデータ

14. affydata: Affymetrix Data for Demonstration Purpose

デモ目的のAffymetrixデータ

15. msdata: Various Mass Spectrometry raw data example files

各種質量分析生データサンプルファイル

16. msigdb: An ExperimentHub Package for the Molecular Signatures Database (MSigDB)

Molecular Signatures Database (MSigDB)のExperimentHubパッケージ

17. ChAMPdata: Data Packages for ChAMP package

ChAMPパッケージ用データパッケージ

18. GSVAdata: Data employed in the vignette of the GSVA package

GSVAパッケージのビネットで採用されているデータ

19. pasillaBamSubset: Subset of BAM files from “Pasilla” experiment

「Pasilla」実験からのBAMファイルのサブセット

20. TENxPBMCData: PBMC data from 10X Genomics

10X GenomicsのPBMCデータ

21. golubEsets: exprSets for golub leukemia data

ゴルブ白血病データのexprSet

22. faahKO: Saghatelian et al. (2004) FAAH knockout LC/MS data

サガテリアン他（2004）FAAHノックアウトLC / MSデータ

23. minfiData: Example data for the Illumina Methylation 450k array

Illumina Methylation 450kアレイのデータ例

24. bladderbatch: Bladder gene expression data illustrating batch effects

バッチ効果を説明する膀胱遺伝子発現データ

25. Illumina450ProbeVariants.db: Annotation Package combining variant data from 1000 Genomes Project for Illumina HumanMethylation450 Bead Chip probes

イルミナのための1000のゲノムプロジェクトからの変形データを結合している注釈パッケージヒトメチル化450ビーズチッププローブ

26. depmap: Cancer Dependency Map Data Package

がん依存マップデータパッケージ

27. curatedMetagenomicData: Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome

ヒトミクロバイオームの管理メタゲノムデータ

28. humanStemCell: Human Stem Cells time course experiment

ヒト幹細胞タイムコース実験

29. pRolocdata: Data accompanying the pRoloc package

pRolocパッケージに付随するデータ

30. gageData: Auxillary data for gage package

ゲージパッケージの補助データ

31. FlowSorted.Blood.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted blood cell populations

選別された血球集団に関するIllumina HumanMethilationデータ

32. flowWorkspaceData: A data package containing two flowJo, one diva xml workspace and the associated fcs files as well as three GatingSets for testing the flowWorkspace, openCyto and CytoML packages.

flowWorkspace、openCytoおよびCytoMLパッケージをテストするための2つのflowJo、1つのdiva xmlワークスペース、および関連するfcsファイル、ならびに3つのGatingSetを含むデータパッケージ。

33. zebrafishRNASeq: Zebrafish RNA-Seq Experimental Data from Ferreira et al. (2014)

FerreiraらからのゼブラフィッシュRNA-Seq実験データ。 （2014年）

34. spatialLIBD: LIBD Visium spatial transcriptomics human pilot data inspector

LIBD Visium 空間トランスクリプトノミクスヒトパイロットデータインスペクター

35. ALLMLL: A subset of arrays from a large acute lymphoblastic leukemia (ALL) study

大急性リンパ芽球性白血病（ALL）研究からのアレイのサブセット

36. curatedTCGAData: Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects

MultiAssayExperimentオブジェクトとしての癌ゲノムアトラス（TCGA）からのキュレーションデータ

37. RTCGA.clinical: Clinical datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの臨床データセット

38. yeastNagalakshmi: Yeast genome RNA sequencing data based on Nagalakshmi et. al.

Nagalakshmiらに基づく酵母ゲノムRNA配列決定データ。 al。

39. TENxBrainData: Data from the 10X 1.3 Million Brain Cell Study

10×130万の脳細胞研究からのデータ

40. FlowSorted.Blood.EPIC: Illumina EPIC data on immunomagnetic sorted peripheral adult blood cells

免疫磁気選別末梢成人血液細胞に関するIllumina EPICデータ

41. muscData: Multi-sample multi-group scRNA-seq data

マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ

42. DropletTestFiles: Test Files for Single-Cell Droplet Utilities

シングルセル液滴ユーティリティ用テストファイル

43. DMRcatedata: Data Package for DMRcate package

DMRcateパッケージ用データパッケージ

44. macrophage: Human macrophage immune response

ヒトマクロファージ免疫応答

45. fibroEset: exprSet for Karaman et al. (2003) fibroblasts data

KaramanらのexprSet。 （2003）線維芽細胞データ

46. SpikeInSubset: Part of Affymetrix’s Spike-In Experiment Data

Affymetrixのスパイクイン実験データの一部

47. h5vcData: Example data for the h5vc package

h5vcパッケージのデータ例

48. STexampleData: Collection of spatially resolved transcriptomics datasets in SpatialExperiment Bioconductor format

SpatialExperiment Bioconductorフォーマットの空間的に分解されたトランスクリプトームデータセットのコレクション

49. KEGGdzPathwaysGEO: KEGG Disease Datasets from GEO

GEOのKEGG病データセット

50. CLL: A Package for CLL Gene Expression Data

CLL遺伝子発現データのためのパッケージ

51. systemPipeRdata: systemPipeRdata: NGS workflow templates and sample data

systemPipeRdata：NGSワークフローテンプレートとサンプルデータ

52. JASPAR2016: Data package for JASPAR 2016

JASPAR 2016用データパッケージ

53. JASPAR2014: Data package for JASPAR

JASPAR用データパッケージ

54. lungExpression: ExpressionSets for Parmigiani et al., 2004 Clinical Cancer Research paper

Parmigiani et al。、2004臨床癌研究論文のための発現セット

54. RTCGA.rnaseq: Rna-seq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRna-seqデータセット

56. maqcExpression4plex: Sample Expression Data – MAQC / HG18 – NimbleGen

サンプル発現データ – MAQC / HG18 – NimbleGen

57. RTCGA.mRNA: mRNA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmRNAデータセット

58. MOFAdata: Data package for Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)

マルチオミクス因子分析（MOFA）用データパッケージ

58. MouseGastrulationData: Single-Cell Transcriptomics Data across Mouse Gastrulation and Early Organogenesis

マウスの原腸形成と初期器官形成における単一細胞のトランスクリプトミクスデータ

60. hapmap100kxba: Sample data – Hapmap 100K XBA Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K XBA Affymetrix

61. ELMER.data: Data for the ELMER package

ELMERパッケージのデータ

62. DLBCL: Diffuse large B-cell lymphoma expression data

びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の発現データ

62. minfiDataEPIC: Example data for the Illumina Methylation EPIC array

Illumina Methylation EPICアレイのデータ例

64. CCl4: Carbon Tetrachloride (CCl4) treated hepatocytes

四塩化炭素（CCl 4）処理肝細胞

64. IlluminaDataTestFiles: Illumina microarray files (IDAT) for testing

テスト用のIlluminaマイクロアレイファイル（IDAT）

66. breastCancerMAINZ: Gene expression dataset published by Schmidt et al. [2008] (MAINZ).

Schmidtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2008]（MAINZ）。

67. breastCancerVDX: Gene expression datasets published by Wang et al. [2005] and Minn et al. [2007] (VDX).

Wangらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]およびMinn et al。 [2007]（VDX）。

68. breastCancerUPP: Gene expression dataset published by Miller et al. [2005] (UPP).

Millerらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]（UPP）。

69. methylclockData: Data for methylclock package

Methylclockパッケージ用データ

70. hapmapsnp6: Sample data – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

70. HDCytoData: Collection of high-dimensional cytometry benchmark datasets in Bioconductor object formats

Bioconductorオブジェクトフォーマットでの高次元サイトメトリーベンチマークデータセットの収集

72. breastCancerNKI: Genexpression dataset published by van’t Veer et al. [2002] and van de Vijver et al. [2002] (NKI).

van’t Veerらによって発表された遺伝子発現データセット。 [2002]およびvan de Vijver et al。 [2002]（NKI）。

73. lumiBarnes: Barnes Benchmark Illumina Tissues Titration Data

Barnes Benchmark Illuminaが滴定データを組織化

73. QDNAseq.hg19: QDNAseq bin annotation for hg19

hg19のQDNAseq binアノテーション

75. estrogen: Microarray dataset that can be used as example for 2×2 factorial designs

2×2の要因計画の例として使用できるマイクロアレイデータセット

76. AffymetrixDataTestFiles: Affymetrix data files (CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI) for testing

テスト用Affymetrixデータファイル（CEL、CDF、CHP、EXP、PGF、PSI）

76. breastCancerTRANSBIG: Gene expression dataset published by Desmedt et al. [2007] (TRANSBIG).

Desmedtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（TRANSBIG）

76. yeastRNASeq: Yeast RNA-Seq Experimental Data from Lee et al. 2008

Leeらの酵母RNA-Seq実験データ。 2008年

79. RforProteomics: Companion package to the ‘Using R and Bioconductor for proteomics data analysis’ publication

「プロテオミクスデータ分析のためのRおよびバイオコンダクターの使用」出版物へのコンパニオンパッケージ

80. leeBamViews: leeBamViews — multiple yeast RNAseq samples excerpted from Lee 2009

leeBamViews – Lee 2009から抜粋した複数の酵母RNAseqサンプル

81. tweeDEseqCountData: RNA-seq count data employed in the vignette of the tweeDEseq package

tweeDEseqパッケージのビネットで採用されているRNA-seqカウントデータ

82. RTCGA.miRNASeq: miRNASeq datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのmiRNASeqデータセット

83. RTCGA.mutations: Mutations datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectの突然変異データセット

84. breastCancerUNT: Gene expression dataset published by Sotiriou et al. [2007] (UNT).

Sotiriouらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007]（UNT）。

85. microbiomeDataSets: Experiment Hub based microbiome datasets

Experiment Hubベースのマイクロバイオームデータセット

86. RnBeads.hg19: RnBeads.hg19

RnBeads.hg19

87. fission: RangedSummarizedExperiment for time course RNA-Seq of fission yeast in response to stress, by Leong et al., Nat Commun 2014.

ストレスに応じた分裂酵母の経時的RNA-Seqの範囲拡大実験、Leong et al。、Nat Commun 2014による。

87. HelloRangesData: Data for the HelloRanges tutorial vignette

HelloRangesチュートリアルビネットのデータ

89. ewceData: The ewceData package provides reference data required for ewce

ewceData パッケージは、ewce に必要なリファレンスデータを提供します。

90. yeastCC: Spellman et al. (1998) and Pramila/Breeden (2006) yeast cell cycle microarray data

スペルマン等。 （1998）およびPramila / Breeden（2006）酵母細胞周期マイクロアレイデータ

91. curatedOvarianData: Clinically Annotated Data for the Ovarian Cancer Transcriptome

卵巣癌トランスクリプトームの臨床的注釈付きデータ

92. RTCGA.RPPA: RPPA datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのRPPAデータセット

93. hapmapsnp5: Sample data – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

94. RTCGA.CNV: CNV (Copy-number variation) datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas ProjectのCNV（コピー数変動）データセット

94. RTCGA.methylation: Methylation datasets from The Cancer Genome Atlas Project

The Cancer Genome Atlas Projectのメチル化データセット

96. bsseqData: Example whole genome bisulfite data for the bsseq package

bsseqパッケージの全ゲノム亜硫酸水素塩データの例

97. GWASdata: Data used in the examples and vignettes of the GWASTools package

GWASToolsパッケージの例とビネットで使用されているデータ

98. gaschYHS: ExpressionSet for response of yeast to heat shock and other environmental stresses

熱ショックおよび他の環境ストレスに対する酵母の応答のためのExpressionSet

99. genomationData: Experimental data for showing functionalities of the genomation package

genomationパッケージの機能を示すための実験データ

100. RTCGA.PANCAN12: PanCan 12 from Genome Cancer Browser

ゲノムがんブラウザからPanCan 12

100. yeastExpData: Yeast Experimental Data

酵母実験データ

102. EGSEAdata: Gene set collections for the EGSEA package

EGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

103. chipenrich.data: Companion package to chipenrich

chipenrichのコンパニオンパッケージ

103. harbChIP: Experimental Data Package: harbChIP

実験データパッケージ：harbChIP

105. leukemiasEset: Leukemia’s microarray gene expression data (expressionSet).

白血病のマイクロアレイ遺伝子発現データ（expressionSet）。

106. RnaSeqSampleSizeData: RnaSeqSampleSizeData

RnaSeqSampleSizeData

106. SpikeIn: Affymetrix Spike-In Experiment Data

Affymetrixスパイクイン実験データ

108. easierData: easier internal data and exemplary dataset from IMvigor210CoreBiologies package

IMvigor210CoreBiologiesパッケージの内部データと例示データセットをより簡単にする

109. ecoliLeucine: Experimental data with Affymetrix E. coli chips

Affymetrix E. coliチップによる実験データ

110. beta7: Rodriguez et al. (2004) Differential Gene Expression by Memory/Effector T Helper Cells Bearing the Gut-Homing Receptor Integrin alpha4 beta7.

ロドリゲス等。 （2004）腸ホーミング受容体インテグリンα4β7を有する記憶/エフェクターTヘルパー細胞による示差的遺伝子発現。

110. RnBeads.hg38: RnBeads.hg38

RnBeads.hg38

112. MAQCsubset: Experimental Data Package: MAQCsubset

実験データパッケージ：MAQCsubset

113. pumadata: Various data sets for use with the puma package

pumaパッケージで使用するためのさまざまなデータセット

114. AmpAffyExample: Example of Amplified Data

増幅データの例

114. DuoClustering2018: Data, Clustering Results and Visualization Functions From Duò et al (2018)

Duòet al（2018）のデータ、クラスタリング結果および可視化関数

114. HEEBOdata: HEEBO set and HEEBO controls.

HEEBOセットとHEEBOコントロール。

114. Iyer517: exprSets for Iyer, Eisen et all 1999 Science paper

Iyer、Eisen、その他1999年版全文

118. Neve2006: expression and CGH data on breast cancer cell lines

乳癌細胞株の発現とCGHデータ

118. ProData: SELDI-TOF data of Breast cancer samples

乳がんサンプルのSELDI-TOFデータ

120. KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO: Disease Datasets from GEO

GEOの疾病データセット

121. DAPARdata: Data accompanying the DAPAR and Prostar packages

DAPARおよびProstarパッケージに付随するデータ

121. mvoutData: affy and illumina raw data for assessing outlier detector performance

異常値検出器の性能を評価するためのAffyおよびIlluminaの生データ

123. Hiiragi2013: Cell-to-cell expression variability followed by signal reinforcement progressively segregates early mouse lineages

細胞間発現変動とそれに続くシグナル強化は初期マウス系統を漸進的に分離する

123. rcellminerData: rcellminerData: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines

rcellminerData：NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

125. MEEBOdata: MEEBO set and MEEBO controls.

MEEBOセットとMEEBOコントロール。

126. crisprScoreData: Pre-trained models for the crisprScore package

crisprScoreパッケージのための事前学習済みモデル

127. davidTiling: Data and analysis scripts for David, Huber et al. yeast tiling array paper

David、Huber他のためのデータと分析スクリプト。イーストタイリングアレイ紙

128. RnBeads.mm9: RnBeads.mm9

RnBeads.mm9

129. derfinderData: Processed BigWigs from BrainSpan for examples

例としてBrainSpanのProcessed BigWigs

130. antiProfilesData: Normal colon and cancer preprocessed affy data for antiProfile building.

通常の結腸癌および癌は抗プロファイル構築のための前処理されたアフィニティーデータです。

130. gcspikelite: Spike-in data for GC/MS data and methods within flagme

GC / MSデータのスパイクインデータとflagme内のメソッド

132. XhybCasneuf: EBI/PSB cross-hybridisation study package

EBI / PSBクロスハイブリダイゼーション研究パッケージ

133. M3DExampleData: M3Drop Example Data

M3Dropサンプルデータ

134. colonCA: exprSet for Alon et al. (1999) colon cancer data

AlonらのexprSet。 （1999）大腸がんデータ

134. dyebiasexamples: Example data for the dyebias package, which implements the GASSCO method.

GASSCO法を実行するdyebiasパッケージのデータ例。

136. kidpack: DKFZ kidney package

DKFZ腎臓パッケージ

137. RUVnormalizeData: Gender data for the RUVnormalize package

RUVnormalizeパッケージの性別データ

138. hapmap100khind: Sample data – Hapmap 100K HIND Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 100K HIND Affymetrix

139. FANTOM3and4CAGE: CAGE data from FANTOM3 and FANTOM4 projects

FANTOM3とFANTOM4プロジェクトからのケージデータ

139. SomaticCancerAlterations: Somatic Cancer Alterations

体細胞がんの変化

141. SBGNview.data: Demo gene expression datasets for SBGNview package

SBGNviewパッケージの遺伝子発現データセットのデモ

142. ffpeExampleData: Illumina DASL example microarray data

Illumina DASLサンプルマイクロアレイデータ

143. frmaExampleData: Frma Example Data

医薬品サンプルデータ

143. HCAData: Accessing The Datasets Of The Human Cell Atlas in R/Bioconductor

R / Bioconductorでのヒト細胞アトラスのデータセットへのアクセス

143. imcdatasets: Collection of publicly available imaging mass cytometry (IMC) datasets

公開されているイメージングマスサイトメトリー（IMC）データセットのコレクション

143. MEDIPSData: Example data for MEDIPS and QSEA packages

MEDIPSおよびQSEAパッケージのデータ例

143. tinesath1probe: Probe sequence data for microarrays of type tinesath1

タイプtinesath1のマイクロアレイ用のプローブシーケンスデータ

148. hgu2beta7: A data package containing annotation data for hgu2beta7

hgu2beta7のアノテーションデータを含むデータパッケージ

149. GeuvadisTranscriptExpr: Data package with transcript expression and bi-allelic genotypes from the GEUVADIS project

GEUVADISプロジェクトからの転写産物発現および二対立遺伝子型を含むデータパッケージ

149. ITALICSData: ITALICSData

ITALICSData

151. bronchialIL13: time course experiment involving il13

il13を含む時間経過実験

151. LungCancerLines: Reads from Two Lung Cancer Cell Lines

2つの肺がん細胞株から読み取る

151. PREDAsampledata: expression and copy number data on clear cell renal carcinoma samples

明細胞腎癌サンプルの発現とコピー数のデータ

154. QDNAseq.mm10: Bin annotation mm10

ビンアノテーションmm10

154. TCGAMethylation450k: The Cancer Genome Atlas Illumina 450k methylation example data

Cancer Genome Atlas Illumina 450kメチル化データの例

156. breakpointRdata: Strand-seq data for demonstration purposes

デモンストレーション用のストランドシーケンスデータ

156. Fletcher2013b: Master regulators of FGFR2 signalling and breast cancer risk

FGFR2シグナル伝達と乳がんリスクの主な調節因子

156. SNAGEEdata: SNAGEE data

SNAGEEデータ

159. ccdata: Data for Combination Connectivity Mapping (ccmap) Package

組み合わせ接続マッピング（ccmap）パッケージのデータ

159. HMP16SData: 16S rRNA Sequencing Data from the Human Microbiome Project

Human Microbiome Projectの16S rRNAシーケンスデータ

159. TabulaMurisSenisData: Bulk and single-cell RNA-seq data from the Tabula Muris Senis project

Tabula Muris SenisプロジェクトのバルクおよびシングルセルのRNA-seqデータ

162. PWMEnrich.Hsapiens.background: H. sapiens background for PWMEnrich

PWMEnrichのH. sapiens背景

162. RMassBankData: Test dataset for RMassBank

RMassBank用テストデータセット

162. SNAData: Social Networks Analysis Data Examples

ソーシャルネットワーク分析データの例

165. cancerdata: Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data: Datasets

高次元分子データからの診断テストの開発と検証：データセット

165. curatedBladderData: Bladder Cancer Gene Expression Analysis

膀胱癌遺伝子発現解析

165. dressCheck: data and software for checking Dressman JCO 25(5) 2007

Dressman JCO 25（5）2007をチェックするためのデータとソフトウェア

165. miRNATarget: gene target tabale of miRNA for human/mouse used for MiRaGE package

MiRaGEパッケージに使用されるヒト/マウス用のmiRNAの遺伝子標的一覧

169. fabiaData: Data sets for FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition)

FABIA（バイクラスター取得のための因子分析）のデータセット

169. HD2013SGI: Mapping genetic interactions in human cancer cells with RNAi and multiparametric phenotyping

RNAiとマルチパラメトリック表現型を用いたヒト癌細胞における遺伝的相互作用のマッピング

171. mosaicsExample: Example data for the mosaics package, which implements MOSAiCS and MOSAiCS-HMM, a statistical framework to analyze one-sample or two-sample ChIP-seq data for transcription factor binding and histone modification

MOSAiCSおよびMOSAiCS-HMMを実装するモザイクパッケージのデータ例、転写因子結合およびヒストン修飾について1サンプルまたは2サンプルのChIP-seqデータを分析するための統計的フレームワーク

171. PWMEnrich.Dmelanogaster.background: D. melanogaster background for PWMEnrich

D. melanogasterのPWMEnrich背景

173. hapmap500knsp: Sample data – Hapmap 500K NSP Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K NSP Affymetrix

173. SFEData: Example SpatialFeatureExperiment datasets

SpatialFeatureExperimentのデータセット例

173. simpIntLists: The package contains BioGRID interactions for various organisms in a simple format

このパッケージには、さまざまな生物に対するBioGRIDインタラクションが単純な形式で含まれています

176. RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp: RcisTarget motif databases for human (hg19) – Subset of 4.6k motifs

ヒト用RcisTargetモチーフデータベース（hg19） – 4.6kモチーフのサブセット

176. TBX20BamSubset: Subset of BAM files from the “TBX20” experiment

「TBX20」実験からのBAMファイルのサブセット

178. HIVcDNAvantWout03: T cell line infections with HIV-1 LAI (BRU)

HIV-1 LAI（BRU）によるT細胞株感染

178. pepDat: Peptide microarray data package

ペプチドマイクロアレイデータパッケージ

178. RnBeads.mm10: RnBeads.mm10

RnBeads.mm10

178. yeastGSData: Yeast Gold Standard Data

酵母ゴールドスタンダードデータ

182. tinesath1cdf: tinesath1cdf

tinesath1cdf

183. CardinalWorkflows: Datasets and workflows for the Cardinal mass spectrometry imaging package

Cardinal質量分析イメージングパッケージのデータセットとワークフロー

183. ChIPXpressData: ChIPXpress Pre-built Databases

ChIPXpressの構築済みデータベース

183. ConnectivityMap: Functional connections between drugs, genes and diseases as revealed by common gene-expression changes

一般的な遺伝子発現変化によって明らかにされた薬物、遺伝子および疾患間の機能的関連

183. PasillaTranscriptExpr: Data package with transcript expression obtained with kallisto from pasilla knock-down RNA-Seq data from Brooks et al.

BrooksらからのpasillaノックダウンRNA-Seqデータからのカリストを用いて得られた転写物発現を有するデータパッケージ。

187. metaMSdata: Example CDF data for the metaMS package

metaMSパッケージのCDFデータの例

188. hapmap500ksty: Sample data – Hapmap 500K STY Affymetrix

サンプルデータ – Hapmap 500K STY Affymetrix

188. mCSEAdata: Data package for mCSEA package

mCSEAパッケージ用データパッケージ

188. mtbls2: MetaboLights MTBLS2: Comparative LC/MS-based profiling of silver nitrate-treated Arabidopsis thaliana leaves of wild-type and cyp79B2 cyp79B3 double knockout plants. Böttcher et al. (2004)

MetaboLights MTBLS2野生型およびcyp79B2 cyp79B3二重ノックアウト植物の硝酸銀処理Arabidopsis thaliana葉のLC / MSに基づく比較プロファイリングベッチャー等。 （2004年）

188. signatureSearchData: Datasets for signatureSearch package

signatureSearchパッケージのデータセット

188. SingleCellMultiModal: Integrating Multi-modal Single Cell Experiment datasets

マルチモーダル単細胞実験データセットの統合

193. COSMIC.67: COSMIC.67

コスミック67

193. FlowSorted.CordBloodNorway.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted cord blood cell populations

選別された臍帯血細胞集団のIllumina Humanメチル化データ

193. scpdata: Single-Cell Proteomics Data Package

シングルセルプロテオミクスデータパッケージ

193. TENxVisiumData: Visium spatial gene expression data by 10X Genomics

10X Genomics社のVisium空間遺伝子発現データ

197. BloodCancerMultiOmics2017: “Drug-perturbation-based stratification of blood cancer” by Dietrich S, Oles M, Lu J et al. – experimental data and complete analysis

「薬物摂動に基づく血液癌の層別化」、Ｄｉｅｔｒｉｃｈ Ｓ、Ｏｌｅｓ Ｍ、Ｌｕ Ｊ ｅｔ ａｌ。 – 実験データと完全な解析

197. cMap2data: Connectivity Map (version 2) Data

接続マップ（バージョン2）データ

199. beadarrayExampleData: Example data for the beadarray package

beadarrayパッケージのデータ例

199. curatedBreastData: Curated breast cancer gene expression data with survival and treatment information

生存および治療情報を含むキュレーション乳がん遺伝子発現データ

199. mammaPrintData: RGLists from the Glas and Buyse breast cancer studies

GlasとBuyseの乳がん研究のRGLists

202. brgedata: Exposures, Gene Expression and Methylation data for ilustration purpouses

小話パープルハウスの曝露、遺伝子発現およびメチル化データ

202. FlowSorted.CordBloodCombined.450k: Illumina 450k/EPIC data on FACS and MACS umbilical blood cells

FACSおよびMACS臍帯血細胞に関するIllumina 450k / EPICデータ

202. FlowSorted.DLPFC.450k: Illumina HumanMethylation data on sorted frontal cortex cell populations

分類された前頭皮質細胞集団に関するイルミナのヒトメチル化データ

202. NxtIRFdata: Data for NxtIRF

NxtIRFのデータ

202. pd.atdschip.tiling: Platform Design Info for Affymetrix Atdschip_tiling

Affymetrix Atdschip_tilingのプラットフォーム設計情報

207. affycompData: affycomp data

affycompデータ

207. HMP2Data: 16s rRNA sequencing data from the Human Microbiome Project 2

Human Microbiome Project 2の16秒rRNAシーケンスデータ

207. stemHypoxia: Differentiation of Human Embryonic Stem Cells under Hypoxia gene expression dataset by Prado-Lopez et al. (2010)

Prado-Lopez等による低酸素遺伝子発現データセットの下でのヒト胚性幹細胞の分化。 （2010年）

207. TargetSearchData: Example GC-MS data for TargetSearch Package

TargetSearchパッケージのGC-MSデータの例

211. aracne.networks: ARACNe-inferred gene networks from TCGA tumor datasets

TCGA腫瘍データセットからのARACNe推定遺伝子ネットワーク

211. Fletcher2013a: Gene expression data from breast cancer cells under FGFR2 signalling perturbation

FGFR2シグナリング摂動下の乳癌細胞からの遺伝子発現データ

211. NCIgraphData: Data for the NCIgraph software package

NCIgraphソフトウェアパッケージのデータ

214. Affyhgu133Plus2Expr: Affyhgu133Plus2Expr (GPL570) Expression Data Package

Affyhgu133Plus2Expr（GPL570）発現データパッケージ

214. EatonEtAlChIPseq: ChIP-seq data of ORC-binding sites in Yeast excerpted from Eaton et al. 2010

酵母のORC結合部位のChIP-seqデータは、Eatonらから引用。 2010年

214. TabulaMurisData: 10x And SmartSeq2 Data From The Tabula Muris Consortium

Tabula Murisコンソーシアムの10倍およびSmartSeq 2データ

214. tissueTreg: TWGBS and RNA-seq data from tissue T regulatory cells from mice

マウスの組織T制御細胞からのTWGBSおよびRNA配列データ

218. Affymoe4302Expr: Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array (GPL1261) Expression Data Package

Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array（GPL1261）発現データパッケージ

218. FlowSorted.CordBlood.450k: Illumina 450k data on sorted cord blood cells

分類された臍帯血細胞に関するIllumina 450kデータ

220. CopyhelpeR: Helper files for CopywriteR

CopywriteRのためのヘルパーファイル

220. prebsdata: Data for ‘prebs’ package

‘prebs’パッケージのデータ

222. COHCAPanno: Annotations for City of Hope CpG Island Analysis Pipeline

希望都市CpGアイランド分析パイプラインのアノテーション

222. DeSousa2013: Poor prognosis colon cancer is defined by a molecularly distinct subtype and precursor lesion

予後不良の大腸癌は分子的に異なるサブタイプおよび前駆病変によって定義される

222. PathNetData: Experimental data for the PathNet package

PathNetパッケージの実験データ

225. DrugVsDiseasedata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

225. grndata: Synthetic Expression Data for Gene Regulatory Network Inference

遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ

225. HiCDataHumanIMR90: Human IMR90 Fibroblast HiC data from Dixon et al. 2012

ＤｉｘｏｎらからのヒトＩＭＲ９０線維芽細胞ＨｉＣデータ。 2012年

225. PWMEnrich.Mmusculus.background: M. musculus background for PWMEnrich

PWMEnrichのM. musculus背景

225. rheumaticConditionWOLLBOLD: Normalized gene expression dataset published by Wollbold et al. [2009] (WOLLBOLD).

Wollboldらによって公開された正規化遺伝子発現データセット。 [2009]（WOLLBOLD）

230. msd16s: Healthy and moderate to severe diarrhea 16S expression data

健康で中等度から重度の下痢16S発現データ

231. ARRmData: Example dataset for normalization of Illumina 450k Methylation data

Illumina 450kメチル化データの正規化のためのサンプルデータセット

231. cnvGSAdata: Data used in the vignette of the cnvGSA package

cnvGSAパッケージのビネットで使用されているデータ

231. GenomicDistributionsData: Reference data for GenomicDistributions package

GenomicDistributionsパッケージのリファレンスデータ

234. seqc: RNA-seq data generated from SEQC (MAQC-III) study

SEQC（MAQC-III）試験から得られたRNA-seqデータ

235. COPDSexualDimorphism.data: Data to support sexually dimorphic and COPD differential analysis for gene expression and methylation.

遺伝子発現およびメチル化についての性的二型およびCOPD示差分析を裏付けるデータ。

235. GSE62944: GEO accession data GSE62944 as a SummarizedExperiment

要約実験としてのGEO登録データGSE62944

235. HarmanData: Data for the Harman package

Harmanパッケージのデータ

235. IHWpaper: Reproduce figures in IHW paper

IHW紙に図を再現する

235. plotgardenerData: Datasets and test data files for the plotgardener package

plotgardenerパッケージのデータセットとテストデータファイル

235. Single.mTEC.Transcriptomes: Single Cell Transcriptome Data and Analysis of Mouse mTEC cells

マウスmTEC細胞の単細胞トランスクリプトームデータおよび分析

241. BeadArrayUseCases: Analysing Illumina BeadArray expression data using Bioconductor

Bioconductorを使用したIllumina BeadArray発現データの分析

241. SCLCBam: Sequence data from chromosome 4 of a small-cell lung tumor

小細胞肺腫瘍の4番染色体からの配列データ

241. seventyGeneData: ExpressionSets from the van’t Veer and Van de Vijver breast cancer studies

van’t VeerとVan de Vijverの乳がん研究のExpressionSets

244. Affyhgu133A2Expr: Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array (GPL571) Expression Data Package

Affymetrix Human Genome U133A 2.0アレイ（GPL571）発現データパッケージ

245. LiebermanAidenHiC2009: Selected data from the HiC paper of E. Lieberman-Aiden et al. in Science (2009)

E. Lieberman-AidenらのHiC論文から選択されたデータ。科学の中で（2009）

245. minionSummaryData: Summarised MinION sequencing data published by Ashton et al. 2015

Ashtonらによって公表された要約されたMinION配列決定データ。 2015年

247. hgu133plus2barcodevecs: hgu133plus2 data for barcode

バーコードのhgu133plus2データ

247. MMDiffBamSubset: Example ChIP-Seq data for the MMDiff package

MMDiffパッケージのChIP-Seqデータの例

247. RegParallel: Standard regression functions in R enabled for parallel processing over large data-frames

大きなデータフレームでの並列処理を可能にするRの標準回帰関数

247. TCGAWorkflowData: Data for TCGA Workflow

TCGAワークフローのデータ

251. Affyhgu133aExpr: Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96) Expression Data Package

Affymetrix Human hgu133a Array（GPL96）発現データパッケージ

251. chipseqDBData: Data for the chipseqDB Workflow

chipseqDBワークフローのデータ

253. FIs: Human Functional Interactions (FIs) for splineTimeR package

splineTimeRパッケージの人間機能的相互作用（FI）

253. serumStimulation: serumStimulation is a data package which is used by examples in package pcaGoPromoter

bloodStimulationは、パッケージpcaGoPromoterの例で使用されるデータパッケージです。

255. DvDdata: Drug versus Disease Data

薬物対疾病データ

255. OMICsPCAdata: Supporting data for package OMICsPCA

パッケージOMICsPCAの補助データ

257. ChimpHumanBrainData: Chimp and human brain data package

チンパンジーと人間の脳のデータパッケージ

257. LungCancerACvsSCCGEO: A lung cancer dataset that can be used with maPredictDSC package for developing outcome prediction models from Affymetrix CEL files.

Affymetrix CELファイルからの転帰予測モデルを開発するためにmaPredictDSCパッケージと共に使用できる肺癌データセット。

259. ASICSdata: Example of 1D NMR spectra data for ASICS package

ASICSパッケージの1次元NMRスペクトルデータの例

259. blimaTestingData: Data for testing of the package blima.

パッケージblimaのテストのためのデータ。

259. MSMB: Data sets for the book ‘Modern Statistics for Biology’

本「生物学のための現代統計学」のためのデータセット

259. ReactomeGSA.data: Companion data package for the ReactomeGSA package

ReactomeGSAパッケージのコンパニオンデータパッケージ

263. biotmleData: Example experimental microarray data set for the “biotmle” R package

「biotmle」Rパッケージ用の実験用マイクロアレイデータセットの例

263. GSBenchMark: Gene Set Benchmark

遺伝子セットベンチマーク

263. HiCDataLymphoblast: Human lymphoblastoid HiC data from Lieberman-Aiden et al. 2009

Lieberman-Aidenらからのヒトリンパ芽細胞質HiCデータ。 2009年

266. healthyFlowData: Healthy dataset used by the flowMatch package

flowMatchパッケージで使用される健全なデータセット

266. MouseThymusAgeing: Single-cell Transcriptomics Data of the Ageing Mouse Thymus

加齢マウス胸腺のシングルセル・トランスクリプトミクスデータ

266. RITANdata: This package contains the annotation and network data sets

このパッケージはアノテーションとネットワークデータセットを含みます

266. RnBeads.rn5: RnBeads.rn5

RnBeads.rn5

266. shinyMethylData: Example dataset of input data for shinyMethyl

shinyMethylの入力データのサンプルデータセット

266. TargetScoreData: TargetScoreData

TargetScoreData

272. lydata: Example Dataset for crossmeta Package

crossmetaパッケージのデータセット例

272. NanoporeRNASeq: Nanopore RNA-Seq Example data

ナノポアRNA-Seq例データ

274. BioImageDbs: Bio- and biomedical imaging dataset for machine learning and deep learning (for ExperimentHub)

機械学習や深層学習のためのバイオ・生物医学画像データセット（ExperimentHub用

274. HiContactsData: HiContacts companion data package

HiContactsコンパニオンデータパッケージ

276. furrowSeg: Furrow Segmentation

溝セグメンテーション

276. msqc1: Sigma mix MSQC1 data

シグマミックスMSQC1データ

276. PCHiCdata: Promoter Capture Hi-C data

プロモーターキャプチャーHi-Cデータ

276. timecoursedata: A data package for timecourse RNA-seq and microarray gene expression data sets

タイムコースRNA-seqおよびマイクロアレイ遺伝子発現データセットのためのデータパッケージ

276. WES.1KG.WUGSC: Whole Exome Sequencing (WES) of chromosome 22 401st to 500th exon from the 1000 Genomes (1KG) Project by the Washington University Genome Sequencing Center (WUGSC).

ワシントン大学ゲノムシークエンシングセンター（WUGSC）による1000ゲノム（1KG）プロジェクトからの22番染色体の401番目から500番目のエキソンの全エキソーム配列決定（WES）。

281. DonaPLLP2013: Supplementary data package for Dona et al. (2013) containing example images and tables

Donaらのための補足データパッケージ。画像と表の例を含む（2013）

281. ptairData: PTR-TOF-MS volatolomics raw datasets from exhaled air and cell culture headspace

呼気および細胞培養ヘッドスペースからのPTR-TOF-MS volatolomics生データセット

283. KOdata: LINCS Knock-Out Data Package

LINCSノックアウトデータパッケージ

283. seq2pathway.data: data set for R package seq2pathway

Rパッケージseq2pathwayのデータセット

283. tartare: Raw ground spectra recorded on Thermo Fisher Scientific mass spectrometers

Thermo Fisher Scientific質量分析計で記録された生の地上スペクトル

286. MerfishData: Collection of public MERFISH datasets

公開されているMERFISHデータセットのコレクション

286. MethylAidData: MethylAid-summarized data for 2800 Illumina 450k array samples and 2620 EPIC array samples

2800 Illumina 450kアレイサンプルおよび2620 EPICアレイサンプルのメチルエイド要約データ

286. prostateCancerCamcap: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

286. prostateCancerGrasso: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

290. bodymapRat: Experimental dataset from the rat BodyMap project

ラットBodyMapプロジェクトからの実験データセット

290. diggitdata: Example data for the diggit package

diggitパッケージのデータ例

290. msPurityData: Fragmentation spectral libraries and data to test the msPurity package

msPurityパッケージをテストするためのフラグメンテーションスペクトルライブラリとデータ

290. PepsNMRData: Datasets for the PepsNMR package

PepsNMRパッケージ用のデータセット

294. AshkenazimSonChr21: Annotated variants on the chromosome 21, human genome 19, Ashkenazim Trio son sample

染色体21、ヒトゲノム19、Ashkenazim Trio sonサンプル上の注釈付き変異体

294. flowPloidyData: Example Flow Cytometry Data

フローサイトメトリーデータの例

296. CONFESSdata: Example dataset for CONFESS package

CONFESSパッケージ用のデータセットの例

296. CRCL18: CRC cell line dataset

CRC細胞株データセット

296. hgu133plus2CellScore: CellScore Standard Cell Types Expression Dataset [hgu133plus2]

CellScoreスタンダードセルタイプExpression Dataset [hgu133plus2]

296. miRcompData: Data used in the miRcomp package

miRcompパッケージで使用されるデータ

296. WGSmapp: Mappability tracks of Whole-genome Sequencing from the ENCODE Project

ENCODEプロジェクトの全ゲノムシークエンシングのマッピングトラック

301. DExMAdata: Data package for DExMA package

DExMAパッケージのデータパッケージ

301. ListerEtAlBSseq: BS-seq data of H1 and IMR90 cell line excerpted from Lister et al. 2009

Ｈ１細胞株およびＩＭＲ９０細胞株のＢＳ配列データは、Ｌｉｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ。 2009年

301. prostateCancerVarambally: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

301. RRBSdata: An RRBS data set with 12 samples and 10,000 simulated DMRs

12個のサンプルと10,000個の模擬DMRを含むRRBSデータセット

301. SomatiCAData: An example cancer whole genome sequencing data for the SomatiCA package

SomatiCAパッケージのための癌全ゲノム配列決定データの例

301. TCGAcrcmRNA: TCGA CRC 450 mRNA dataset

TCGA CRC 450 mRNAデータセット

307. HCATonsilData: Provide programmatic access to the tonsil cell atlas datasets

扁桃細胞アトラスデータセットへのプログラムによるアクセスを提供

307. mouse4302barcodevecs: mouse4302 data for barcode

バーコードのmouse4302データ

307. topdownrdata: Example Files for the topdownr R Package

topdownr Rパッケージのサンプルファイル

310. ChIPexoQualExample: Example data for the ChIPexoQual package, which implements a quality control pipeline for ChIP-exo data

ChIP-exoデータの品質管理パイプラインを実装するChIPexoQualパッケージのデータ例

310. CluMSIDdata: Data for the CluMSID package

CluMSIDパッケージのデータ

310. QUBICdata: Data employed in the vignette of the QUBIC package

QUBICパッケージのビネットで採用されているデータ

310. VariantToolsData: Data for the VariantTools tutorial

VariantToolsチュートリアルのデータ

314. biscuiteerData: Data Package for Biscuiteer

Biscuiteerのデータパッケージ

314. MetaGxBreast: Transcriptomic Breast Cancer Datasets

トランスクリプトーム乳がんデータセット

316. hgu133abarcodevecs: hgu133a data for barcode

バーコードのhgu133aデータ

316. NGScopyData: Subset of BAM files of human tumor and pooled normal sequencing data (Zhao et al. 2014) for the NGScopy package

NGScopyパッケージ用のヒト腫瘍のBAMファイルのサブセットおよびプールされた正常な配列決定データ（Zhao et al。2014）

316. nullrangesData: ExperimentHub datasets for the nullranges package

nullrangesパッケージのExperimentHubデータセット

316. sampleClassifierData: Pre-processed data for use with the sampleClassifier package

sampleClassifierパッケージで使用するための前処理済みデータ

320. CopyNeutralIMA: Copy Neutral Illumina Methylation Arrays

中性イルミナメチル化アレイのコピー

321. AssessORFData: Data and Files for the AssessORF Package

AssessORFパッケージのデータとファイル

321. microRNAome: SummarizedExperiment for the microRNAome project

microRNAomeプロジェクトの要約実験

321. orthosData: Data for the orthos package

orthosパッケージのデータ

321. SNPhoodData: Additional and more complex example data for the SNPhood package

SNPhoodパッケージの追加のより複雑な例のデータ

325. curatedAdipoRNA: A Curated RNA-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションRNA-Seqデータセット

325. NestLink: NestLink an R data package to guide through Engineered Peptide Barcodes for In-Depth Analyzes of Binding Protein Ensembles

結合タンパク質アンサンブルの詳細な分析のための人工ペプチドバーコードをガイドするためのRデータパッケージのNestLink

327. adductData: Data from untargeted MS of modifications to Cys34 of serum albumin

血清アルブミンのCys34に対する修飾の非標的MSからのデータ

327. HumanAffyData: GEO accession GSE64985 and ArrayExpress accession E-MTAB-62 as ExpressionSet objects

ExpressionSetオブジェクトとしてのGEO登録GSE64985およびArrayExpress登録E-MTAB-62

327. prostateCancerStockholm: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

327. prostateCancerTaylor: Prostate Cancer Data

前立腺がんデータ

327. RNAmodR.Data: Example data for the RNAmodR package

RNAmodRパッケージのデータ例

327. scanMiRData: miRNA Affinity models for the scanMiR package

scanMiRパッケージ用miRNAアフィニティモデル

333. MUGAExampleData: Example {M}ouse {U}niversal {G}enotyping {A}rray data for genome reconstruction and quantitative trait locus mapping.

ゲノムの再構築および量的形質遺伝子座マッピングのための{A}配列データ{A}配列解析{M}または{U}ユニバーサル{G}。

333. SpatialDatasets: Collection of spatial omics datasets

空間オミックスデータセットのコレクション

333. vulcandata: VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks, dummy dataset

ネットワークを用いたVirtUaL ChIP-Seqデータ解析、ダミーデータセット

336. BeadSorted.Saliva.EPIC: Illumina EPIC data on BeadSorted adult saliva cells

ビーズソーティングされた成人唾液細胞のIllumina EPICデータ

336. nanotubes: Mouse nanotube CAGE data

マウスナノチューブCAGEデータ

338. GIGSEAdata: Gene set collections for the GIGSEA package

GIGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

338. scMultiome: Collection of Public Single-Cell Multiome (scATAC + scRNAseq) Datasets

公開されているシングルセルマルチオーム（scatac + scRNAseq）データセット集

340. CellMapperData: Pre-processed data for use with the CellMapper package

CellMapperパッケージで使用するための前処理済みデータ

340. diffloopdata: Example ChIA-PET Datasets for the diffloop Package

diffloopパッケージ用のChIA-PETデータセットの例

340. epimutacionsData: Data for epimutacions package

epimutacionsパッケージのデータ

340. PtH2O2lipids: P. tricornutum HPLC-ESI-MS Lipid Data from van Creveld et al. (2015)

Ｐ． （2015年）

344. EpiMix.data: Data for the EpiMix package

EpiMixパッケージのデータ

344. etec16s: Individual-specific changes in the human gut microbiota after challenge with enterotoxigenic Escherichia coli and subsequent ciprofloxacin treatment

腸管毒素原性大腸菌による攻撃およびその後のシプロフロキサシン処理後のヒト腸内微生物叢の個体特異的変化

344. OnassisJavaLibs: OnassisJavaLibs, java libraries to run conceptmapper and semantic similarity

OnassisJavaLibs、conceptmapperとセマンティックの類似性を実行するためのJavaライブラリ

344. optimalFlowData: optimalFlowData

最適フローデータ

344. SVM2CRMdata: An example dataset for use with the SVM2CRM package

SVM2CRMパッケージで使用するサンプルデータセット

349. fourDNData: 4DN data package

4DNデータパッケージ

349. scTHI.data: The package contains examples of single cell data used in vignettes and examples of the scTHI package; data contain both tumor cells and immune cells from public dataset of glioma

このパッケージには、ビネットで使用された単細胞データの例とscTHIパッケージの例が含まれています；データには、グリオーマの公開データセットからの腫瘍細胞と免疫細胞の両方が含まれています

349. TCGAcrcmiRNA: TCGA CRC 450 miRNA dataset

TCGA CRC 450 miRNAデータセット

349. TENxBUSData: Single cell dataset from 10x in BUS format

BUS形式の10xの単一セルデータセット

349. tofsimsData: Import, process and analysis of ToF-SIMS imaging data

ToF-SIMSイメージングデータのインポート、処理、分析

354. GSE103322: GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment

355. cfToolsData: ExperimentHub data for the cfTools package

cfToolsパッケージのExperimentHubデータ

355. DNAZooData: DNA Zoo data package

DNA Zooデータパッケージ

355. HarmonizedTCGAData: Processed Harmonized TCGA Data of Five Selected Cancer Types

選択された5つの癌の種類に関する処理済みの調和TCGAデータ

355. spqnData: Data for the spqn package

spqn パッケージのデータ

355. SubcellularSpatialData: Annotated spatial transcriptomics datasets from 10x Xenium, NanoString CosMx and BGI STOmics.

10x Xenium、NanoString CosMx、BGI STOmicsの空間トランスクリプトミクスデータセットに注釈を付けた。

360. clustifyrdatahub: External data sets for clustifyr in ExperimentHub

ExperimentHubにあるclustifyrの外部データセット

360. HighlyReplicatedRNASeq: Collection of Bulk RNA-Seq Experiments With Many Replicates

多数のレプリケートを用いたバルクRNA-Seq実験集

360. MetaScope: Tools and functions for preprocessing 16S and metagenomic sequencing microbiome data

16Sおよびメタゲノム配列のマイクロバイオームデータを前処理するためのツールおよび機能

360. MicrobiomeBenchmarkData: Datasets for benchmarking in microbiome research

マイクロバイオーム研究のベンチマーク用データセット

360. NetActivityData: Data required for getting the gene set scores with NetActivity package

NetActivityパッケージで遺伝子セットスコアを取得するために必要なデータ

365. curatedAdipoChIP: A Curated ChIP-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)

MDI誘導分化脂肪細胞（3T3-L1）のキュレーションされたChIP-Seqデータセット

365. gpaExample: Example data for the GPA package (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)

GPAパッケージ（Pleiotropyとアノテーションを組み込んだ遺伝学的解析）のデータ例

365. TMExplorer: A Collection of Tumour Microenvironment Single-cell RNA Sequencing Datasets and Correspodnding Metadata

腫瘍微小環境単細胞RNAシークエンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

368. gDRtestData: gDRtestData – R data package with testing dose reponse data

gDRtestData – 用量反応データをテストするための R データパッケージ

368. octad.db: Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD) database

Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)データベース

370. CLLmethylation: Methylation data of primary CLL samples in PACE project

PACEプロジェクトにおける主要CLLサンプルのメチル化データ

370. CytoMethIC: DNA methylation-based classification and regression

DNAメチル化に基づく分類と回帰

370. MethylSeqData: Collection of Public DNA Methylation Sequencing Datasets

公的DNAメチル化塩基配列決定データセットの収集

373. FieldEffectCrc: Tumor, tumor-adjacent normal, and healthy colorectal transcriptomes as SummarizedExperiment objects

SummarizedExperimentオブジェクトとしての腫瘍、腫瘍に隣接した正常な大腸直腸トランスクリプトーム、および健康な大腸直腸トランスクリプトーム

373. oct4: Conditional knockdown of OCT4 in mouse ESCs

マウスESCにおけるOCT4の条件付きノックダウン

373. WeberDivechaLCdata: Spatially-resolved transcriptomics and single-nucleus RNA-sequencing data from the locus coeruleus (LC) in postmortem human brain samples

ヒト死後脳サンプルにおける青斑核（LC）の空間分解トランスクリプトミクスおよび単一核RNAシーケンスデータ

373. xcoredata: data package for xcore

xcore用データパッケージ

377. curatedTBData: Curation of existing 49 tuberculosis transcriptomic studies

既存の49結核トランスクリプトーム研究のキュレーション

377. GSE13015: GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment

377. LRcellTypeMarkers: Marker gene information for LRcell R Bioconductor package

LRcell R Bioconductorパッケージのマーカー遺伝子情報

377. MetaGxPancreas: Transcriptomic Pancreatic Cancer Datasets

トランスクリプトーム膵臓癌データセット

381. emtdata: An ExperimentHub Package for data sets with an Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)

Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)を伴うデータセットのためのExperimentHubパッケージ

381. gDNAinRNAseqData: RNA-seq data with different levels of gDNA contamination

gDNAコンタミネーションレベルの異なるRNA-seqデータ

381. mcsurvdata: Meta cohort survival data

メタコホート生存データ

381. PhyloProfileData: Data package for phylogenetic profile analysis using PhyloProfile tool

PhyloProfileツールを使用した系統プロファイル分析用のデータパッケージ

381. scATAC.Explorer: A Collection of Single-cell ATAC Sequencing Datasets and Corresponding Metadata

シングルセルATACシーケンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

386. curatedPCaData: Curated Prostate Cancer Data

キュレーションされた前立腺がんデータ

386. MACSdata: Test datasets for the MACSr package

MACSrパッケージのテストデータセット

388. curatedAdipoArray: A Curated Microarrays Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1) Under Genetic and Pharmacological Perturbations

MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)の遺伝的および薬理学的摂動下でのキュレーションマイクロアレイデータセット

389. BioPlex: R-side access to BioPlex protein-protein interaction data

BioPlexタンパク質相互作用データへのR側からのアクセス

389. celarefData: Processed scRNA data for celaref Vignette – cell labelling by reference

celaref Vignetteのために処理されたscRNAデータ – 参照による細胞標識

389. EpipwR.data: EpipwR.data: Reference data for EpipwR

EpipwR.data: EpipwRの参照データ

389. healthyControlsPresenceChecker: Dowloads A Gene Expression Dataset From GEO And Checks If It Contains Data Of Healthy Controls Or Not

GEOから遺伝子発現データセットをダウンロードし、健康なコントロールのデータが含まれているかどうかをチェックするツール

389. humanHippocampus2024: Access to SRT and snRNA-seq data from spatial_HPC project

spatial_HPCプロジェクトからのSRTおよびsnRNA-seqデータへのアクセス

389. SingleMoleculeFootprintingData: Data supporting the SingleMoleculeFootprinting pkg

SingleMoleculeFootprinting pkgのサポートデータ

389. TENxXeniumData: Collection of Xenium spatial data by 10X genomics

10X genomicsによるXenium空間データの収集

389. VectraPolarisData: Vectra Polaris and Vectra 3 multiplex single-cell imaging data

Vectra PolarisおよびVectra 3マルチプレックスシングルセルイメージングデータ

397. marinerData: ExperimentHub data for the mariner package

マリナーパッケージのExperimentHubデータ

397. muSpaData: Multi-sample multi-group spatially resolved transcriptomic data

複数サンプル、複数グループの空間分解トランスクリプトームデータ

397. SimBenchData: SimBenchData: a collection of 35 single-cell RNA-seq data covering a wide range of data characteristics

SimBenchData: 幅広いデータ特性を網羅した35個のシングルセルRNA-seqデータのコレクション

397. TumourMethData: A Collection of DNA Methylation Datasets for Human Tumour Samples and Matching Normal Samples

ヒト腫瘍サンプルとそれにマッチする正常サンプルのDNAメチル化データセット集

401. ObMiTi: Ob/ob Mice Data on Normal and High Fat Diet

通常の食事と高脂肪食を摂取したOb/obマウスのデータ

401. smokingMouse: Provides access to smokingMouse project data

smokingMouseプロジェクトデータへのアクセスを提供

401. tuberculosis: Tuberculosis Gene Expression Data for Machine Learning

機械学習のための結核遺伝子発現データ

404. CoSIAdata: VST normalized RNA-Sequencing data with annotations for multiple species samples from Bgee

Bgeeの複数種サンプルのアノテーション付きVST正規化RNAシーケンサーデータ

404. LegATo: LegATo: Longitudinal mEtaGenomic Analysis Toolkit

LegATo:縦断的mEtaゲノム解析ツールキット

404. preciseTADhub: Pre-trained random forest models obtained using preciseTAD

preciseTADを用いて事前に学習させたランダムフォレストモデル

404. raerdata: A collection of datasets for use with raer package

raerパッケージで使用するためのデータセット集

408. GSE159526: Placental cell DNA methylation data from GEO accession GSE159526

GEOアクセッションGSE159526からの胎盤細胞のDNAメチル化データ

408. multiWGCNAdata: Data Package for multiWGCNA

multiWGCNA用データパッケージ

410. HiBED: HiBED

HiBED

410. spatialDmelxsim: Spatial allelic expression counts for fly cross embryo

ハエの交配胚の空間的対立遺伝子発現カウント

410. TimerQuant: Timer Quantification

タイマー定量化

413. bugphyzz: A harmonized data resource and software for enrichment analysis of microbial physiologies

微生物生理学の濃縮分析のための調和のとれたデータリソースとソフトウェア

413. MouseAgingData: Multi-omics data access for studies investigating the effects of aging

老化の影響を調べる研究のためのマルチオミクスデータアクセス

413. ProteinGymR: Programmatic access to ProteinGym datasets in R/Bioconductor

R/BioconductorのProteinGymデータセットへのプログラムによるアクセス

413. scaeData: Data Package for SingleCellAlleleExperiment

SingleCellAlleleExperiment用データパッケージ

417. muleaData: Genes Sets for Functional Enrichment Analysis with the ‘mulea’ R Package

「mulea」Rパッケージによる機能強化解析のための遺伝子セット

417. TENET.ExperimentHub: Experiment data for the TENET package

TENETパッケージの実験データ

417. TransOmicsData: A collection of trans-omics datasets across various biological systems

様々な生物系にわたるトランスオミクスデータセットのコレクション

420. JohnsonKinaseData: Kinase PWMs based on data published by Johnson et al. 2023 (doi:10.1038/s41586-022-05575-3)

Johnsonら2023（doi:10.1038/s41586-022-05575-3）が発表したデータに基づくキナーゼPWM

420. qPLEXdata: Data accompanying qPLEXanalyzer package

qPLEXanalyzerパッケージに付随するデータ

422. eoPredData: ExperimentHub package containing model data for predicting preeclampsia status for based on plcaental DNA methylation profile

plcaental DNAメチル化プロファイルに基づく子癇前症の状態を予測するためのモデルデータを含むExperimentHubパッケージ

423. homosapienDEE2CellScore: Example Data Package for CellScore

CellScore用データパッケージ例

424. curatedCRCData: Colorectal Cancer Gene Expression Analysis

大腸癌遺伝子発現解析

425. CENTREprecomputed: Hub package for the precomputed data of CENTRE and example data

CENTRE の事前計算済みデータおよびサンプルデータ用ハブパッケージ

426. AWAggregatorData: Attribute-Weighted Aggregation Data

属性重み付け集約データ

427. iModMixData: Data for iModMix Package

iModMixパッケージ用データ

428. MetaGxOvarian: Transcriptomic Ovarian Cancer Datasets

トランスクリプトーム卵巣癌データセット

429. ChIPDBData: ChIP-seq Target Databases for TFEA.ChIP

TFEA.ChIP 用 ChIP-seq ターゲットデータベース

430. DoReMiTra: Orchestrating Blood Radiation Transcriptomic Data

血液放射線トランスクリプトミクスデータのオーケストレーション

431. nmrdata: Example 1d NMR Data for Metabolic Profiling

代謝プロファイリングのための1d NMRデータの例

432. dominatRData: Datasets for R Package dominatR

RパッケージdominatR用データセット

433. MutSeqRData: Experimental Data for MutSeqR Examples

MutSeqRの例のための実験データ

434. EMTscoreData: Single-cell RNA-seq datasets of EMT responses from Cook et al. (2020)

CookらによるEMT応答のシングルセルRNAシーケンスデータセット(2020)

435. DMRsegaldata: Example DNAm Data for DMRsegal

DMRsegal用DNAメチル化データ例

435. HumanRetinaLRSData: Long-read RNA-seq gene count data from human retinal organoids

ヒト網膜オルガノイドからのロングリードRNA-seq遺伝子カウントデータ