パッケージ確認日: | 2024/12/01 |
パッケージ数: | 431 |
TCGAbiolinksGUIパッケージのデータ
セルタイプの参照インデックス
データパッケージ
ヒト骨格筋筋芽細胞(HSMM)を区別するための単一細胞RNA-Seq
気道平滑筋細胞におけるRNA-SeqのRangedSummarizedExperiment、Himes et alによるPLoS One 2014
いくつかのゲノムのmRNA転写産物の長さ
公共のシングルセルRNAシーケンスデータセットのコレクション
Brooksら、Genome Research 2011によるPasillaノックダウンのRNA配列サンプルのエクソン単位および遺伝子単位の読み取りカウントを含むデータパッケージ。
SeSAMeパッケージのサポートデータ
tximportData
GSVAパッケージのビネットで採用されているデータ
10X GenomicsのPBMCデータ
がん依存マップデータパッケージ
ChAMPパッケージ用データパッケージ
Molecular Signatures Database (MSigDB)のExperimentHubパッケージ
ヒトB細胞転写インタラクトームと正常ヒトB細胞発現データ
イルミナのための1000のゲノムプロジェクトからの変形データを結合している注釈パッケージヒトメチル化450ビーズチッププローブ
各種質量分析生データサンプルファイル
ヒトおよびマウスTFレギュロンのコレクション
バッチ効果を説明する膀胱遺伝子発現データ
MultiAssayExperimentオブジェクトとしての癌ゲノムアトラス(TCGA)からのキュレーションデータ
Illumina Methylation 450kアレイのデータ例
デモ目的のAffymetrixデータ
GEOのKEGG病データセット
Haglundら、J Clin Endocrinol Metab 2012による、副甲状腺腫瘍の初代培養物のRNA-SeqについてのRangedSummarizedExperiment。
選別された血球集団に関するIllumina HumanMethilationデータ
RNAseq実験からの整列リード:HNRNPCノックダウンおよび対照HeLa細胞のハイスループットシークエンシングによる転写プロファイリング
「Pasilla」実験からのBAMファイルのサブセット
ヒトマクロファージ免疫応答
サガテリアン他(2004)FAAHノックアウトLC / MSデータ
ヒトミクロバイオームの管理メタゲノムデータ
ゲージパッケージの補助データ
SpatialExperiment Bioconductorフォーマットの空間的に分解されたトランスクリプトームデータセットのコレクション
The Cancer Genome Atlas Projectの臨床データセット
LIBD Visium 空間トランスクリプトノミクスヒトパイロットデータインスペクター
DMRcateパッケージ用データパッケージ
卵巣癌トランスクリプトームの臨床的注釈付きデータ
Bioconductorオブジェクトフォーマットでの高次元サイトメトリーベンチマークデータセットの収集
ゴルブ白血病データのexprSet
ewceData パッケージは、ewce に必要なリファレンスデータを提供します。
pRolocパッケージに付随するデータ
beadarrayパッケージのデータ例
ストレスに応じた分裂酵母の経時的RNA-Seqの範囲拡大実験、Leong et al。、Nat Commun 2014による。
CLL遺伝子発現データのためのパッケージ
nullrangesパッケージのExperimentHubデータセット
ELMERパッケージのデータ
SBGNviewパッケージの遺伝子発現データセットのデモ
サンプルデータ – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix
systemPipeRdata:NGSワークフローテンプレートとサンプルデータ
タイムコースRNA-seqおよびマイクロアレイ遺伝子発現データセットのためのデータパッケージ
FerreiraらからのゼブラフィッシュRNA-Seq実験データ。 (2014年)
signatureSearchパッケージのデータセット
酵母実験データ
EGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション
免疫磁気選別末梢成人血液細胞に関するIllumina EPICデータ
tweeDEseqパッケージのビネットで採用されているRNA-seqカウントデータ
RnBeads.hg19
The Cancer Genome Atlas ProjectのmRNAデータセット
サンプルデータ – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix
Wangらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]およびMinn et al。 [2007](VDX)。
Rパッケージseq2pathwayのデータセット
flowWorkspace、openCytoおよびCytoMLパッケージをテストするための2つのflowJo、1つのdiva xmlワークスペース、および関連するfcsファイル、ならびに3つのGatingSetを含むデータパッケージ。
chipenrichのコンパニオンパッケージ
接続マップ(バージョン2)データ
マルチオミクス因子分析(MOFA)用データパッケージ
crisprScoreパッケージのための事前学習済みモデル
Experiment Hubベースのマイクロバイオームデータセット
JASPAR 2016用データパッケージ
Methylclockパッケージ用データ
IMvigor210CoreBiologiesパッケージの内部データと例示データセットをより簡単にする
crossmetaパッケージのデータセット例
シングルセル液滴ユーティリティ用テストファイル
マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ
大急性リンパ芽球性白血病(ALL)研究からのアレイのサブセット
DAPARおよびProstarパッケージに付随するデータ
ヒト幹細胞タイムコース実験
マウスの原腸形成と初期器官形成における単一細胞のトランスクリプトミクスデータ
ラットBodyMapプロジェクトからの実験データセット
薬物対疾病データ
hg19のQDNAseq binアノテーション
ゲノムがんブラウザからPanCan 12
h5vcパッケージのデータ例
M3Dropサンプルデータ
白血病のマイクロアレイ遺伝子発現データ(expressionSet)。
metaMSパッケージのCDFデータの例
コスミック67
ヒト用RcisTargetモチーフデータベース(hg19) – 4.6kモチーフのサブセット
「プロテオミクスデータ分析のためのRおよびバイオコンダクターの使用」出版物へのコンパニオンパッケージ
The Cancer Genome Atlas ProjectのRna-seqデータセット
ChIPXpressの構築済みデータベース
mCSEAパッケージ用データパッケージ
デモンストレーション用のストランドシーケンスデータ
細胞間発現変動とそれに続くシグナル強化は初期マウス系統を漸進的に分離する
組み合わせ接続マッピング(ccmap)パッケージのデータ
Affymetrixのスパイクイン実験データの一部
MetaboLights MTBLS2野生型およびcyp79B2 cyp79B3二重ノックアウト植物の硝酸銀処理Arabidopsis thaliana葉のLC / MSに基づく比較プロファイリングベッチャー等。 (2004年)
RnBeads.hg38
Millerらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005](UPP)。
分類された前頭皮質細胞集団に関するイルミナのヒトメチル化データ
Illumina Methylation EPICアレイのデータ例
The Cancer Genome Atlas ProjectのmiRNASeqデータセット
bsseqパッケージの全ゲノム亜硫酸水素塩データの例
デモンストレーション目的のChIP-seqデータ
GC / MSデータのスパイクインデータとflagme内のメソッド
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の発現データ
RnaSeqSampleSizeData
スペルマン等。 (1998)およびPramila / Breeden(2006)酵母細胞周期マイクロアレイデータ
デモンストレーション目的のWGSCSデータ
10×130万の脳細胞研究からのデータ
Schmidtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2008](MAINZ)。
AssessORFパッケージのデータとファイル
van’t Veerらによって発表された遺伝子発現データセット。 [2002]およびvan de Vijver et al。 [2002](NKI)。
生存および治療情報を含むキュレーション乳がん遺伝子発現データ
NxtIRFのデータ
高次元分子データからの診断テストの開発と検証:データセット
LINCSノックアウトデータパッケージ
JASPAR用データパッケージ
TCGAワークフローのデータ
SpatialFeatureExperimentのデータセット例
テスト用のIlluminaマイクロアレイファイル(IDAT)
シナプスパッケージに付随するデータ
2×2の要因計画の例として使用できるマイクロアレイデータセット
GEOの疾病データセット
Desmedtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007](TRANSBIG)
Illumina 450kメチル化データの正規化のためのサンプルデータセット
HiContactsコンパニオンデータパッケージ
このパッケージには、さまざまな生物に対するBioGRIDインタラクションが単純な形式で含まれています
例としてBrainSpanのProcessed BigWigs
KaramanらのexprSet。 (2003)線維芽細胞データ
テスト用Affymetrixデータファイル(CEL、CDF、CHP、EXP、PGF、PSI)
Biscuiteerのデータパッケージ
genomationパッケージの機能を示すための実験データ
「TBX20」実験からのBAMファイルのサブセット
GWASToolsパッケージの例とビネットで使用されているデータ
MOSAiCSおよびMOSAiCS-HMMを実装するモザイクパッケージのデータ例、転写因子結合およびヒストン修飾について1サンプルまたは2サンプルのChIP-seqデータを分析するための統計的フレームワーク
Leeらの酵母RNA-Seq実験データ。 2008年
Affymetrix Human hgu133a Array(GPL96)発現データパッケージ
Duòet al(2018)のデータ、クラスタリング結果および可視化関数
RnBeads.mm9
The Cancer Genome Atlas Projectの突然変異データセット
P. (2015年)
マルチモーダル単細胞実験データセットの統合
小話パープルハウスの曝露、遺伝子発現およびメチル化データ
Cardinal質量分析イメージングパッケージのデータセットとワークフロー
四塩化炭素(CCl 4)処理肝細胞
Nagalakshmiらに基づく酵母ゲノムRNA配列決定データ。 al。
epimutacionsパッケージのデータ
パッケージOMICsPCAの補助データ
FGFR2シグナリング摂動下の乳癌細胞からの遺伝子発現データ
HelloRangesチュートリアルビネットのデータ
plotgardenerパッケージのデータセットとテストデータファイル
体細胞がんの変化
ビーズソーティングされた成人唾液細胞のIllumina EPICデータ
Sotiriouらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007](UNT)。
rcellminerData:NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答
10X Genomics社のVisium空間遺伝子発現データ
血清アルブミンのCys34に対する修飾の非標的MSからのデータ
遺伝子セットベンチマーク
2つの肺がん細胞株から読み取る
大きなデータフレームでの並列処理を可能にするRの標準回帰関数
Prado-Lopez等による低酸素遺伝子発現データセットの下でのヒト胚性幹細胞の分化。 (2010年)
通常の結腸癌および癌は抗プロファイル構築のための前処理されたアフィニティーデータです。
希望都市CpGアイランド分析パイプラインのアノテーション
MEDIPSおよびQSEAパッケージのデータ例
DExMAパッケージのデータパッケージ
R / Bioconductorでのヒト細胞アトラスのデータセットへのアクセス
MiRaGEパッケージに使用されるヒト/マウス用のmiRNAの遺伝子標的一覧
ビンアノテーションmm10
ReactomeGSAパッケージのコンパニオンデータパッケージ
RnBeads.mm10
Affymetrixスパイクイン実験データ
Affyhgu133Plus2Expr(GPL570)発現データパッケージ
EpiMixパッケージのデータ
Parmigiani et al。、2004臨床癌研究論文のための発現セット
Thermo Fisher Scientific質量分析計で記録された生の地上スペクトル
膀胱癌遺伝子発現解析
GenomicDistributionsパッケージのリファレンスデータ
leeBamViews – Lee 2009から抜粋した複数の酵母RNAseqサンプル
RUVnormalizeパッケージの性別データ
Tabula Muris SenisプロジェクトのバルクおよびシングルセルのRNA-seqデータ
Affymetrix CELファイルからの転帰予測モデルを開発するためにmaPredictDSCパッケージと共に使用できる肺癌データセット。
最適フローデータ
orthosパッケージのデータ
RNAmodRパッケージのデータ例
公開されているイメージングマスサイトメトリー(IMC)データセットのコレクション
本「生物学のための現代統計学」のためのデータセット
Cancer Genome Atlas Illumina 450kメチル化データの例
affycompデータ
cfToolsパッケージのExperimentHubデータ
miRcompパッケージで使用されるデータ
splineTimeRパッケージの人間機能的相互作用(FI)
FGFR2シグナル伝達と乳がんリスクの主な調節因子
このパッケージはアノテーションとネットワークデータセットを含みます
SNAGEEデータ
Barnes Benchmark Illuminaが滴定データを組織化
公開されているシングルセルマルチオーム(scatac + scRNAseq)データセット集
サンプルデータ – Hapmap 100K XBA Affymetrix
2800 Illumina 450kアレイサンプルおよび2620 EPICアレイサンプルのメチルエイド要約データ
明細胞腎癌サンプルの発現とコピー数のデータ
要約実験としてのGEO登録データGSE62944
加齢マウス胸腺のシングルセル・トランスクリプトミクスデータ
‘prebs’パッケージのデータ
pumaパッケージで使用するためのさまざまなデータセット
ネットワークを用いたVirtUaL ChIP-Seqデータ解析、ダミーデータセット
gDRtestData – 用量反応データをテストするための R データパッケージ
ITALICSData
The Cancer Genome Atlas ProjectのCNV(コピー数変動)データセット
シングルセルプロテオミクスデータパッケージ
shinyMethylの入力データのサンプルデータセット
サンプル発現データ – MAQC / HG18 – NimbleGen
「薬物摂動に基づく血液癌の層別化」、Dietrich S、Oles M、Lu J et al。 – 実験データと完全な解析
CopywriteRのためのヘルパーファイル
プロモーターキャプチャーHi-Cデータ
医薬品サンプルデータ
RMassBank用テストデータセット
The Cancer Genome Atlas Projectのメチル化データセット
Tabula Murisコンソーシアムの10倍およびSmartSeq 2データ
TargetSearchパッケージのGC-MSデータの例
AlonらのexprSet。 (1999)大腸がんデータ
サンプルデータ – Hapmap 500K STY Affymetrix
RNAiとマルチパラメトリック表現型を用いたヒト癌細胞における遺伝的相互作用のマッピング
TCGA腫瘍データセットからのARACNe推定遺伝子ネットワーク
Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)データベース
The Cancer Genome Atlas ProjectのRPPAデータセット
scanMiRパッケージ用miRNAアフィニティモデル
増幅データの例
Affymetrix E. coliチップによる実験データ
NGScopyパッケージ用のヒト腫瘍のBAMファイルのサブセットおよびプールされた正常な配列決定データ(Zhao et al。2014)
BrooksらからのpasillaノックダウンRNA-Seqデータからのカリストを用いて得られた転写物発現を有するデータパッケージ。
呼気および細胞培養ヘッドスペースからのPTR-TOF-MS volatolomics生データセット
「biotmle」Rパッケージ用の実験用マイクロアレイデータセットの例
ChIP-exoデータの品質管理パイプラインを実装するChIPexoQualパッケージのデータ例
論文「後生動物細胞における指向性遺伝的相互作用の地図」の実験データと文書化されたソースコード
Ashtonらによって公表された要約されたMinION配列決定データ。 2015年
RGMQLlib、GMQL scala APIを実行するためのJavaライブラリ
一般的な遺伝子発現変化によって明らかにされた薬物、遺伝子および疾患間の機能的関連
GASSCO法を実行するdyebiasパッケージのデータ例。
Illumina DASLサンプルマイクロアレイデータ
gDNAコンタミネーションレベルの異なるRNA-seqデータ
Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array(GPL1261)発現データパッケージ
DixonらからのヒトIMR90線維芽細胞HiCデータ。 2012年
実験データパッケージ:MAQCsubset
van’t VeerとVan de Vijverの乳がん研究のExpressionSets
ワシントン大学ゲノムシークエンシングセンター(WUGSC)による1000ゲノム(1KG)プロジェクトからの22番染色体の401番目から500番目のエキソンの全エキソーム配列決定(WES)。
酵母のORC結合部位のChIP-seqデータは、Eatonらから引用。 2010年
フローサイトメトリーデータの例
MMDiffパッケージのChIP-Seqデータの例
msPurityパッケージをテストするためのフラグメンテーションスペクトルライブラリとデータ
異常値検出器の性能を評価するためのAffyおよびIlluminaの生データ
NetActivityパッケージで遺伝子セットスコアを取得するために必要なデータ
ENCODEプロジェクトの全ゲノムシークエンシングのマッピングトラック
遺伝子発現およびメチル化についての性的二型およびCOPD示差分析を裏付けるデータ。
GEUVADISプロジェクトからの転写産物発現および二対立遺伝子型を含むデータパッケージ
flowMatchパッケージで使用される健全なデータセット
ナノポアRNA-Seq例データ
D. melanogasterのPWMEnrich背景
PWMEnrichのH. sapiens背景
TargetScoreData
マウスの組織T制御細胞からのTWGBSおよびRNA配列データ
CluMSIDパッケージのデータ
FANTOM3とFANTOM4プロジェクトからのケージデータ
FACSおよびMACS臍帯血細胞に関するIllumina 450k / EPICデータ
MEEBOセットとMEEBOコントロール。
Dressman JCO 25(5)2007をチェックするためのデータとソフトウェア
健康で中等度から重度の下痢16S発現データ
topdownr Rパッケージのサンプルファイル
Affymetrix Human Genome U133A 2.0アレイ(GPL571)発現データパッケージ
ASICSパッケージの1次元NMRスペクトルデータの例
パッケージblimaのテストのためのデータ。
分類された臍帯血細胞に関するIllumina 450kデータ
サンプルデータ – Hapmap 500K NSP Affymetrix
HEEBOセットとHEEBOコントロール。
乳癌細胞株の発現とCGHデータ
ペプチドマイクロアレイデータパッケージ
PepsNMRパッケージ用のデータセット
デフォルトのRDP分類子用のデータベース
Bioconductorを使用したIllumina BeadArray発現データの分析
Lieberman-Aidenらからのヒトリンパ芽細胞質HiCデータ。 2009年
BUS形式の10xの単一セルデータセット
薬物対疾病データ
PWMEnrichのM. musculus背景
qPLEXanalyzerパッケージに付随するデータ
ヒト死後脳サンプルにおける青斑核(LC)の空間分解トランスクリプトミクスおよび単一核RNAシーケンスデータ
il13を含む時間経過実験
cnvGSAパッケージのビネットで使用されているデータ
CONFESSパッケージ用のデータセットの例
予後不良の大腸癌は分子的に異なるサブタイプおよび前駆病変によって定義される
公開されているMERFISHデータセットのコレクション
マイクロバイオーム研究のベンチマーク用データセット
sampleClassifierパッケージで使用するための前処理済みデータ
SNPhoodパッケージの追加のより複雑な例のデータ
実験データパッケージ:harbChIP
Human Microbiome Project 2の16秒rRNAシーケンスデータ
マリナーパッケージのExperimentHubデータ
PathNetパッケージの実験データ
diggitパッケージのデータ例
遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ
Harmanパッケージのデータ
QUBICパッケージのビネットで採用されているデータ
SingleMoleculeFootprinting pkgのサポートデータ
ゲノムの再構築および量的形質遺伝子座マッピングのための{A}配列データ{A}配列解析{M}または{U}ユニバーサル{G}。
ロドリゲス等。 (2004)腸ホーミング受容体インテグリンα4β7を有する記憶/エフェクターTヘルパー細胞による示差的遺伝子発現。
chipseqDBワークフローのデータ
Donaらのための補足データパッケージ。画像と表の例を含む(2013)
OnassisJavaLibs、conceptmapperとセマンティックの類似性を実行するためのJavaライブラリ
Affymetrix Atdschip_tilingのプラットフォーム設計情報
小細胞肺腫瘍の4番染色体からの配列データ
CellMapperパッケージで使用するための前処理済みデータ
David、Huber他のためのデータと分析スクリプト。イーストタイリングアレイ紙
DNA Zooデータパッケージ
扁桃細胞アトラスデータセットへのプログラムによるアクセスを提供
Human Microbiome Projectの16S rRNAシーケンスデータ
IHW紙に図を再現する
MACSrパッケージのテストデータセット
GlasとBuyseの乳がん研究のRGLists
マウスESCにおけるOCT4の条件付きノックダウン
乳がんサンプルのSELDI-TOFデータ
12個のサンプルと10,000個の模擬DMRを含むRRBSデータセット
このパッケージには、ビネットで使用された単細胞データの例とscTHIパッケージの例が含まれています;データには、グリオーマの公開データセットからの腫瘍細胞と免疫細胞の両方が含まれています
raerパッケージで使用するためのデータセット集
4DNデータパッケージ
CellScoreスタンダードセルタイプExpression Dataset [hgu133plus2]
前立腺がんデータ
tinesath1cdf
サンプルデータ – Hapmap 100K HIND Affymetrix
ExpressionSetオブジェクトとしてのGEO登録GSE64985およびArrayExpress登録E-MTAB-62
LRcell R Bioconductorパッケージのマーカー遺伝子情報
Wollboldらによって公開された正規化遺伝子発現データセット。 [2009](WOLLBOLD)
RNAiによる合成遺伝的相互作用解析によるシグナリングネットワークのマッピング
smokingMouseプロジェクトデータへのアクセスを提供
ソーシャルネットワーク分析データの例
spqn パッケージのデータ
FABIA(バイクラスター取得のための因子分析)のデータセット
DKFZ腎臓パッケージ
RnBeads.rn5
SEQC(MAQC-III)試験から得られたRNA-seqデータ
xcore用データパッケージ
EBI / PSBクロスハイブリダイゼーション研究パッケージ
ExperimentHubにあるclustifyrの外部データセット
熱ショックおよび他の環境ストレスに対する酵母の応答のためのExpressionSet
GPAパッケージ(Pleiotropyとアノテーションを組み込んだ遺伝学的解析)のデータ例
GEO accession data GSE103322 as a SingleCellExperiment
トランスクリプトーム乳がんデータセット
チンパンジーと人間の脳のデータパッケージ
選別された臍帯血細胞集団のIllumina Humanメチル化データ
Iyer、Eisen、その他1999年版全文
E. Lieberman-AidenらのHiC論文から選択されたデータ。科学の中で(2009)
H1細胞株およびIMR90細胞株のBS配列データは、Lister et al。 2009年
NCIgraphソフトウェアパッケージのデータ
タイプtinesath1のマイクロアレイ用のプローブシーケンスデータ
大腸癌遺伝子発現解析
TCGA CRC 450 mRNAデータセット
diffloopパッケージ用のChIA-PETデータセットの例
溝セグメンテーション
マウスナノチューブCAGEデータ
腫瘍微小環境単細胞RNAシークエンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション
トランスクリプトーム卵巣癌データセット
前立腺がんデータ
GEO accession data GSE13015_GPL6106 as a SummarizedExperiment
選択された5つの癌の種類に関する処理済みの調和TCGAデータ
hgu2beta7のアノテーションデータを含むデータパッケージ
bloodStimulationは、パッケージpcaGoPromoterの例で使用されるデータパッケージです。
マウスmTEC細胞の単細胞トランスクリプトームデータおよび分析
SomatiCAパッケージのための癌全ゲノム配列決定データの例
SVM2CRMパッケージで使用するサンプルデータセット
VariantToolsチュートリアルのデータ
酵母ゴールドスタンダードデータ
中性イルミナメチル化アレイのコピー
HIV-1 LAI(BRU)によるT細胞株感染
microRNAomeプロジェクトの要約実験
ヒト腫瘍サンプルとそれにマッチする正常サンプルのDNAメチル化データセット集
BioPlexタンパク質相互作用データへのR側からのアクセス
バーコードのhgu133aデータ
トランスクリプトーム膵臓癌データセット
結合タンパク質アンサンブルの詳細な分析のための人工ペプチドバーコードをガイドするためのRデータパッケージのNestLink
celaref Vignetteのために処理されたscRNAデータ – 参照による細胞標識
Epithelial to Mesenchymal Transition (EMT)を伴うデータセットのためのExperimentHubパッケージ
バーコードのhgu133plus2データ
バーコードのmouse4302データ
シグマミックスMSQC1データ
前立腺がんデータ
染色体21、ヒトゲノム19、Ashkenazim Trio sonサンプル上の注釈付き変異体
PACEプロジェクトにおける主要CLLサンプルのメチル化データ
既存の49結核トランスクリプトーム研究のキュレーション
前立腺がんデータ
Vectra PolarisおよびVectra 3マルチプレックスシングルセルイメージングデータ
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)のキュレーションRNA-Seqデータセット
腸管毒素原性大腸菌による攻撃およびその後のシプロフロキサシン処理後のヒト腸内微生物叢の個体特異的変化
メタコホート生存データ
SimBenchData: 幅広いデータ特性を網羅した35個のシングルセルRNA-seqデータのコレクション
Korthauer and Kimes et al。からのデータとベンチマーク結果(2019)
機械学習や深層学習のためのバイオ・生物医学画像データセット(ExperimentHub用
CRC細胞株データセット
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)のキュレーションされたChIP-Seqデータセット
前立腺がんデータ
TCGA CRC 450 miRNAデータセット
タイマー定量化
16Sおよびメタゲノム配列のマイクロバイオームデータを前処理するためのツールおよび機能
ToF-SIMSイメージングデータのインポート、処理、分析
SummarizedExperimentオブジェクトとしての腫瘍、腫瘍に隣接した正常な大腸直腸トランスクリプトーム、および健康な大腸直腸トランスクリプトーム
公的DNAメチル化塩基配列決定データセットの収集
シングルセルATACシーケンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション
空間オミックスデータセットのコレクション
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)の遺伝的および薬理学的摂動下でのキュレーションマイクロアレイデータセット
GIGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション
多数のレプリケートを用いたバルクRNA-Seq実験集
PhyloProfileツールを使用した系統プロファイル分析用のデータパッケージ
GEOアクセッションGSE159526からの胎盤細胞のDNAメチル化データ
multiWGCNA用データパッケージ
通常の食事と高脂肪食を摂取したOb/obマウスのデータ
preciseTADを用いて事前に学習させたランダムフォレストモデル
機械学習のための結核遺伝子発現データ
ハエの交配胚の空間的対立遺伝子発現カウント
GEOから遺伝子発現データセットをダウンロードし、健康なコントロールのデータが含まれているかどうかをチェックするツール
HiBED
10x Xenium、NanoString CosMx、BGI STOmicsの空間トランスクリプトミクスデータセットに注釈を付けた。
Bgeeの複数種サンプルのアノテーション付きVST正規化RNAシーケンサーデータ
DNAメチル化に基づく分類と回帰
SingleCellAlleleExperiment用データパッケージ
キュレーションされた前立腺がんデータ
10X genomicsによるXenium空間データの収集
Johnsonら2023(doi:10.1038/s41586-022-05575-3)が発表したデータに基づくキナーゼPWM
老化の影響を調べる研究のためのマルチオミクスデータアクセス
「mulea」Rパッケージによる機能強化解析のための遺伝子セット
CellScore用データパッケージ例
様々な生物系にわたるトランスオミクスデータセットのコレクション