BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日:2021/02/01
パッケージ数:398

1. ALL
A data package
データパッケージ

2. HSMMSingleCell
Single-cell RNA-Seq for differentiating human skeletal muscle myoblasts (HSMM)
ヒト骨格筋筋芽細胞(HSMM)を区別するための単一細胞RNA-Seq

3. airway
RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq in airway smooth muscle cells, by Himes et al PLoS One 2014
気道平滑筋細胞におけるRNA-SeqのRangedSummarizedExperiment、Himes et alによるPLoS One 2014

4. geneLenDataBase
Lengths of mRNA transcripts for a number of genomes
いくつかのゲノムのmRNA転写産物の長さ

5. scRNAseq
A Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets
公共のシングルセルRNAシーケンスデータセットのコレクション

6. pasilla
Data package with per-exon and per-gene read counts of RNA-seq samples of Pasilla knock-down by Brooks et al., Genome Research 2011.
Brooksら、Genome Research 2011によるPasillaノックダウンのRNA配列サンプルのエクソン単位および遺伝子単位の読み取りカウントを含むデータパッケージ。

7. tximportData
tximportData
tximportData

8. bladderbatch
Bladder gene expression data illustrating batch effects
バッチ効果を説明する膀胱遺伝子発現データ

9. ChAMPdata
Data Packages for ChAMP package
ChAMPパッケージ用データパッケージ

10. Illumina450ProbeVariants.db
Annotation Package combining variant data from 1000 Genomes Project for Illumina HumanMethylation450 Bead Chip probes
イルミナのための1000のゲノムプロジェクトからの変形データを結合している注釈パッケージヒトメチル化450ビーズチッププローブ

11. GSVAdata
Data employed in the vignette of the GSVA package
GSVAパッケージのビネットで採用されているデータ

12. fission
RangedSummarizedExperiment for time course RNA-Seq of fission yeast in response to stress, by Leong et al., Nat Commun 2014.
ストレスに応じた分裂酵母の経時的RNA-Seqの範囲拡大実験、Leong et al。、Nat Commun 2014による。

13. RTCGA.clinical
Clinical datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas Projectの臨床データセット

14. minfiData
Example data for the Illumina Methylation 450k array
Illumina Methylation 450kアレイのデータ例

15. sesameData
Supporting Data for SeSAMe Package
SeSAMeパッケージのサポートデータ

16. msdata
Various Mass Spectrometry raw data example files
各種質量分析生データサンプルファイル

17. CLL
A Package for CLL Gene Expression Data
CLL遺伝子発現データのためのパッケージ

18. TCGAbiolinksGUI.data
Data for the TCGAbiolinksGUI package
TCGAbiolinksGUIパッケージのデータ

19. TENxPBMCData
PBMC data from 10X Genomics
10X GenomicsのPBMCデータ

20. DMRcatedata
Data Package for DMRcate package
DMRcateパッケージ用データパッケージ

21. parathyroidSE
RangedSummarizedExperiment for RNA-Seq of primary cultures of parathyroid tumors by Haglund et al., J Clin Endocrinol Metab 2012.
Haglundら、J Clin Endocrinol Metab 2012による、副甲状腺腫瘍の初代培養物のRNA-SeqについてのRangedSummarizedExperiment。

22. golubEsets
exprSets for golub leukemia data
ゴルブ白血病データのexprSet

23. gageData
Auxillary data for gage package
ゲージパッケージの補助データ

24. affydata
Affymetrix Data for Demonstration Purpose
デモ目的のAffymetrixデータ

25. faahKO
Saghatelian et al. (2004) FAAH knockout LC/MS data
サガテリアン他(2004)FAAHノックアウトLC / MSデータ

26. KEGGdzPathwaysGEO
KEGG Disease Datasets from GEO
GEOのKEGG病データセット

27. FlowSorted.Blood.450k
Illumina HumanMethylation data on sorted blood cell populations
選別された血球集団に関するIllumina HumanMethilationデータ

28. ELMER.data
Data for the ELMER package
ELMERパッケージのデータ

29. pRolocdata
Data accompanying the pRoloc package
pRolocパッケージに付随するデータ

30. pasillaBamSubset
Subset of BAM files from “Pasilla” experiment
「Pasilla」実験からのBAMファイルのサブセット

31. EGSEAdata
Gene set collections for the EGSEA package
EGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

32. curatedTCGAData
Curated Data From The Cancer Genome Atlas (TCGA) as MultiAssayExperiment Objects
MultiAssayExperimentオブジェクトとしての癌ゲノムアトラス(TCGA)からのキュレーションデータ

33. RTCGA.mRNA
mRNA datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas ProjectのmRNAデータセット

34. celldex
Reference Index for Cell Types
セルタイプの参照インデックス

35. RTCGA.rnaseq
Rna-seq datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas ProjectのRna-seqデータセット

36. RforProteomics
Companion package to the ‘Using R and Bioconductor for proteomics data analysis’ publication
「プロテオミクスデータ分析のためのRおよびバイオコンダクターの使用」出版物へのコンパニオンパッケージ

37. RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
Aligned reads from RNAseq experiment: Transcription profiling by high throughput sequencing of HNRNPC knockdown and control HeLa cells
RNAseq実験からの整列リード:HNRNPCノックダウンおよび対照HeLa細胞のハイスループットシークエンシングによる転写プロファイリング

38. bcellViper
Human B-cell transcriptional interactome and normal human B-cell expression data
ヒトB細胞転写インタラクトームと正常ヒトB細胞発現データ

39. JASPAR2016
Data package for JASPAR 2016
JASPAR 2016用データパッケージ

40. RnBeads.hg19
RnBeads.hg19
RnBeads.hg19

41. systemPipeRdata
systemPipeRdata: NGS workflow templates and sample data
systemPipeRdata:NGSワークフローテンプレートとサンプルデータ

42. zebrafishRNASeq
Zebrafish RNA-Seq Experimental Data from Ferreira et al. (2014)
FerreiraらからのゼブラフィッシュRNA-Seq実験データ。 (2014年)

43. curatedMetagenomicData
Curated Metagenomic Data of the Human Microbiome
ヒトミクロバイオームの管理メタゲノムデータ

44. tweeDEseqCountData
RNA-seq count data employed in the vignette of the tweeDEseq package
tweeDEseqパッケージのビネットで採用されているRNA-seqカウントデータ

45. HDCytoData
Collection of high-dimensional cytometry benchmark datasets in Bioconductor object formats
Bioconductorオブジェクトフォーマットでの高次元サイトメトリーベンチマークデータセットの収集

46. leukemiasEset
Leukemia’s microarray gene expression data (expressionSet).
白血病のマイクロアレイ遺伝子発現データ(expressionSet)。

47. COPDSexualDimorphism.data
Data to support sexually dimorphic and COPD differential analysis for gene expression and methylation.
遺伝子発現およびメチル化についての性的二型およびCOPD示差分析を裏付けるデータ。

48. FlowSorted.Blood.EPIC
Illumina EPIC data on immunomagnetic sorted peripheral adult blood cells
免疫磁気選別末梢成人血液細胞に関するIllumina EPICデータ

49. RTCGA.miRNASeq
miRNASeq datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas ProjectのmiRNASeqデータセット

50. SpikeInSubset
Part of Affymetrix’s Spike-In Experiment Data
Affymetrixのスパイクイン実験データの一部

51. dorothea
Collection Of Human And Mouse TF Regulons
ヒトおよびマウスTFレギュロンのコレクション

52. RnBeads.hg38
RnBeads.hg38
RnBeads.hg38

53. TCGAWorkflowData
Data for TCGA Workflow
TCGAワークフローのデータ

54. flowWorkspaceData
A data package containing two flowJo, one diva xml workspace and the associated fcs files as well as three GatingSets for testing the flowWorkspace, openCyto and CytoML packages.
flowWorkspace、openCytoおよびCytoMLパッケージをテストするための2つのflowJo、1つのdiva xmlワークスペース、および関連するfcsファイル、ならびに3つのGatingSetを含むデータパッケージ。

55. RTCGA.mutations
Mutations datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas Projectの突然変異データセット

56. RnBeads.mm10
RnBeads.mm10
RnBeads.mm10

57. synapterdata
Data accompanying the synapter package
シナプスパッケージに付随するデータ

58. breastCancerVDX
Gene expression datasets published by Wang et al. [2005] and Minn et al. [2007] (VDX).
Wangらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005]およびMinn et al。 [2007](VDX)。

59. yeastExpData
Yeast Experimental Data
酵母実験データ

60. TENxBrainData
Data from the 10X 1.3 Million Brain Cell Study
10×130万の脳細胞研究からのデータ

61. breastCancerNKI
Genexpression dataset published by van’t Veer et al. [2002] and van de Vijver et al. [2002] (NKI).
van’t Veerらによって発表された遺伝子発現データセット。 [2002]およびvan de Vijver et al。 [2002](NKI)。

62. gskb
Gene Set data for pathway analysis in mouse
マウスにおける経路解析のための遺伝子セットデータ

63. estrogen
Microarray dataset that can be used as example for 2×2 factorial designs
2×2の要因計画の例として使用できるマイクロアレイデータセット

64. chipenrich.data
Companion package to chipenrich
chipenrichのコンパニオンパッケージ

65. curatedOvarianData
Clinically Annotated Data for the Ovarian Cancer Transcriptome
卵巣癌トランスクリプトームの臨床的注釈付きデータ

66. gcspikelite
Spike-in data for GC/MS data and methods within flagme
GC / MSデータのスパイクインデータとflagme内のメソッド

67. ALLMLL
A subset of arrays from a large acute lymphoblastic leukemia (ALL) study
大急性リンパ芽球性白血病(ALL)研究からのアレイのサブセット

68. h5vcData
Example data for the h5vc package
h5vcパッケージのデータ例

69. Hiiragi2013
Cell-to-cell expression variability followed by signal reinforcement progressively segregates early mouse lineages
細胞間発現変動とそれに続くシグナル強化は初期マウス系統を漸進的に分離する

70. macrophage
Human macrophage immune response
ヒトマクロファージ免疫応答

71. MouseGastrulationData
Single-Cell Transcriptomics Data across Mouse Gastrulation and Early Organogenesis
マウスの原腸形成と初期器官形成における単一細胞のトランスクリプトミクスデータ

72. QDNAseq.hg19
QDNAseq bin annotation for hg19
hg19のQDNAseq binアノテーション

73. breastCancerMAINZ
Gene expression dataset published by Schmidt et al. [2008] (MAINZ).
Schmidtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2008](MAINZ)。

74. humanStemCell
Human Stem Cells time course experiment
ヒト幹細胞タイムコース実験

75. minfiDataEPIC
Example data for the Illumina Methylation EPIC array
Illumina Methylation EPICアレイのデータ例

76. CopyhelpeR
Helper files for CopywriteR
CopywriteRのためのヘルパーファイル

77. yeastCC
Spellman et al. (1998) and Pramila/Breeden (2006) yeast cell cycle microarray data
スペルマン等。 (1998)およびPramila / Breeden(2006)酵母細胞周期マイクロアレイデータ

78. MOFAdata
Data package for Multi-Omics Factor Analysis (MOFA)
マルチオミクス因子分析(MOFA)用データパッケージ

79. ccdata
Data for Combination Connectivity Mapping (ccmap) Package
組み合わせ接続マッピング(ccmap)パッケージのデータ

80. DAPARdata
Data accompanying the DAPAR and Prostar packages
DAPARおよびProstarパッケージに付随するデータ

81. AneuFinderData
WGSCS Data for Demonstration Purposes
デモンストレーション目的のWGSCSデータ

82. NGScopyData
Subset of BAM files of human tumor and pooled normal sequencing data (Zhao et al. 2014) for the NGScopy package
NGScopyパッケージ用のヒト腫瘍のBAMファイルのサブセットおよびプールされた正常な配列決定データ(Zhao et al。2014)

83. RegParallel
Standard regression functions in R enabled for parallel processing over large data-frames
大きなデータフレームでの並列処理を可能にするRの標準回帰関数

84. RnaSeqSampleSizeData
RnaSeqSampleSizeData
RnaSeqSampleSizeData

85. GWASdata
Data used in the examples and vignettes of the GWASTools package
GWASToolsパッケージの例とビネットで使用されているデータ

86. HCAData
Accessing The Datasets Of The Human Cell Atlas in R/Bioconductor
R / Bioconductorでのヒト細胞アトラスのデータセットへのアクセス

87. SomaticCancerAlterations
Somatic Cancer Alterations
体細胞がんの変化

88. WES.1KG.WUGSC
Whole Exome Sequencing (WES) of chromosome 22 401st to 500th exon from the 1000 Genomes (1KG) Project by the Washington University Genome Sequencing Center (WUGSC).
ワシントン大学ゲノムシークエンシングセンター(WUGSC)による1000ゲノム(1KG)プロジェクトからの22番染色体の401番目から500番目のエキソンの全エキソーム配列決定(WES)。

89. breastCancerTRANSBIG
Gene expression dataset published by Desmedt et al. [2007] (TRANSBIG).
Desmedtらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007](TRANSBIG)

90. bsseqData
Example whole genome bisulfite data for the bsseq package
bsseqパッケージの全ゲノム亜硫酸水素塩データの例

91. FIs
Human Functional Interactions (FIs) for splineTimeR package
splineTimeRパッケージの人間機能的相互作用(FI)

92. OnassisJavaLibs
OnassisJavaLibs, java libraries to run conceptmapper and semantic similarity
OnassisJavaLibs、conceptmapperとセマンティックの類似性を実行するためのJavaライブラリ

93. chromstaRData
ChIP-seq data for Demonstration Purposes
デモンストレーション目的のChIP-seqデータ

94. FlowSorted.CordBlood.450k
Illumina 450k data on sorted cord blood cells
分類された臍帯血細胞に関するIllumina 450kデータ

95. yeastRNASeq
Yeast RNA-Seq Experimental Data from Lee et al. 2008
Leeらの酵母RNA-Seq実験データ。 2008年

96. DLBCL
Diffuse large B-cell lymphoma expression data
びまん性大細胞型B細胞リンパ腫の発現データ

97. RTCGA.methylation
Methylation datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas Projectのメチル化データセット

98. ABAData
Averaged gene expression in human brain regions from Allen Brain Atlas
Allen Brain Atlasのヒト脳領域における平均遺伝子発現

99. depmap
Cancer Dependency Map Data Package
がん依存マップデータパッケージ

100. HMP16SData
16S rRNA Sequencing Data from the Human Microbiome Project
Human Microbiome Projectの16S rRNAシーケンスデータ

101. IlluminaDataTestFiles
Illumina microarray files (IDAT) for testing
テスト用のIlluminaマイクロアレイファイル(IDAT)

102. genomationData
Experimental data for showing functionalities of the genomation package
genomationパッケージの機能を示すための実験データ

103. muscData
Multi-sample multi-group scRNA-seq data
マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ

104. FlowSorted.CordBloodCombined.450k
Illumina 450k/EPIC data on FACS and MACS umbilical blood cells
FACSおよびMACS臍帯血細胞に関するIllumina 450k / EPICデータ

105. leeBamViews
leeBamViews — multiple yeast RNAseq samples excerpted from Lee 2009
leeBamViews – Lee 2009から抜粋した複数の酵母RNAseqサンプル

106. breastCancerUPP
Gene expression dataset published by Miller et al. [2005] (UPP).
Millerらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2005](UPP)。

107. DuoClustering2018
Data, Clustering Results and Visualization Functions From Duò et al (2018)
Duòet al(2018)のデータ、クラスタリング結果および可視化関数

108. grndata
Synthetic Expression Data for Gene Regulatory Network Inference
遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ

109. aracne.networks
ARACNe-inferred gene networks from TCGA tumor datasets
TCGA腫瘍データセットからのARACNe推定遺伝子ネットワーク

110. derfinderData
Processed BigWigs from BrainSpan for examples
例としてBrainSpanのProcessed BigWigs

111. fibroEset
exprSet for Karaman et al. (2003) fibroblasts data
KaramanらのexprSet。 (2003)線維芽細胞データ

112. COHCAPanno
Annotations for City of Hope CpG Island Analysis Pipeline
希望都市CpGアイランド分析パイプラインのアノテーション

113. rcellminerData
rcellminerData: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines
rcellminerData:NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

114. RTCGA.CNV
CNV (Copy-number variation) datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas ProjectのCNV(コピー数変動)データセット

115. Affyhgu133Plus2Expr
Affyhgu133Plus2Expr (GPL570) Expression Data Package
Affyhgu133Plus2Expr(GPL570)発現データパッケージ

116. breastCancerUNT
Gene expression dataset published by Sotiriou et al. [2007] (UNT).
Sotiriouらによって公表された遺伝子発現データセット。 [2007](UNT)。

117. KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO
Disease Datasets from GEO
GEOの疾病データセット

118. beadarrayExampleData
Example data for the beadarray package
beadarrayパッケージのデータ例

119. cgdv17
Complete Genomics Diversity Panel, chr17 on 46 individuals
完全なGenomics Diversity Panel、46人の個人に関するchr17

120. lungExpression
ExpressionSets for Parmigiani et al., 2004 Clinical Cancer Research paper
Parmigiani et al。、2004臨床癌研究論文のための発現セット

121. RTCGA.RPPA
RPPA datasets from The Cancer Genome Atlas Project
The Cancer Genome Atlas ProjectのRPPAデータセット

122. RUVnormalizeData
Gender data for the RUVnormalize package
RUVnormalizeパッケージの性別データ

123. seqCNA.annot
Annotation for the copy number analysis of deep sequencing cancer data with seqCNA
seqCNAを用いたディープシーケンシング癌データのコピー数分析のための注釈

124. GGdata
all 90 hapmap CEU samples, 47K expression, 4mm SNP
全90ハープマップCEUサンプル、47K発現、4mm SNP

125. msPurityData
Fragmentation spectral libraries and data to test the msPurity package
msPurityパッケージをテストするためのフラグメンテーションスペクトルライブラリとデータ

126. PasillaTranscriptExpr
Data package with transcript expression obtained with kallisto from pasilla knock-down RNA-Seq data from Brooks et al.
BrooksらからのpasillaノックダウンRNA-Seqデータからのカリストを用いて得られた転写物発現を有するデータパッケージ。

127. seq2pathway.data
data set for R package seq2pathway
Rパッケージseq2pathwayのデータセット

128. COSMIC.67
COSMIC.67
コスミック67

129. curatedBreastData
Curated breast cancer gene expression data with survival and treatment information
生存および治療情報を含むキュレーション乳がん遺伝子発現データ

130. FlowSorted.CordBloodNorway.450k
Illumina HumanMethylation data on sorted cord blood cell populations
選別された臍帯血細胞集団のIllumina Humanメチル化データ

131. GSE62944
GEO accession data GSE62944 as a SummarizedExperiment
要約実験としてのGEO登録データGSE62944

132. PREDAsampledata
expression and copy number data on clear cell renal carcinoma samples
明細胞腎癌サンプルの発現とコピー数のデータ

133. brgedata
Exposures, Gene Expression and Methylation data for ilustration purpouses
小話パープルハウスの曝露、遺伝子発現およびメチル化データ

134. cMap2data
Connectivity Map (version 2) Data
接続マップ(バージョン2)データ

135. DrugVsDiseasedata
Drug versus Disease Data
薬物対疾病データ

136. KOdata
LINCS Knock-Out Data Package
LINCSノックアウトデータパッケージ

137. pwrEWAS.data
pwrEWAS.data: Reference data accompanying pwrEWAS
pwrEWAS.data:pwrEWASに付随する参照データ

138. RITANdata
This package contains the annotation and network data sets
このパッケージはアノテーションとネットワークデータセットを含みます

139. simpIntLists
The package contains BioGRID interactions for various organisms in a simple format
このパッケージには、さまざまな生物に対するBioGRIDインタラクションが単純な形式で含まれています

140. AffymetrixDataTestFiles
Affymetrix data files (CEL, CDF, CHP, EXP, PGF, PSI) for testing
テスト用Affymetrixデータファイル(CEL、CDF、CHP、EXP、PGF、PSI)

141. CardinalWorkflows
Datasets and workflows for the Cardinal mass spectrometry imaging package
Cardinal質量分析イメージングパッケージのデータセットとワークフロー

142. GeuvadisTranscriptExpr
Data package with transcript expression and bi-allelic genotypes from the GEUVADIS project
GEUVADISプロジェクトからの転写産物発現および二対立遺伝子型を含むデータパッケージ

143. JASPAR2014
Data package for JASPAR
JASPAR用データパッケージ

144. maqcExpression4plex
Sample Expression Data – MAQC / HG18 – NimbleGen
サンプル発現データ – MAQC / HG18 – NimbleGen

145. hapmapsnp6
Sample data – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap SNP 6.0 Affymetrix

146. mCSEAdata
Data package for mCSEA package
mCSEAパッケージ用データパッケージ

147. RTCGA.PANCAN12
PanCan 12 from Genome Cancer Browser
ゲノムがんブラウザからPanCan 12

148. yeastNagalakshmi
Yeast genome RNA sequencing data based on Nagalakshmi et. al.
Nagalakshmiらに基づく酵母ゲノムRNA配列決定データ。 al。

149. antiProfilesData
Normal colon and cancer preprocessed affy data for antiProfile building.
通常の結腸癌および癌は抗プロファイル構築のための前処理されたアフィニティーデータです。

150. BeadArrayUseCases
Analysing Illumina BeadArray expression data using Bioconductor
Bioconductorを使用したIllumina BeadArray発現データの分析

151. M3DExampleData
M3Drop Example Data
M3Dropサンプルデータ

152. MEDIPSData
Example data for MEDIPS and QSEA packages
MEDIPSおよびQSEAパッケージのデータ例

153. ppiData
A package that contains the bait to prey directed graphs for protein-protein interactions.
タンパク質 – タンパク質相互作用に関する有向グラフを餌にするための餌を含むパッケージ。

154. stemHypoxia
Differentiation of Human Embryonic Stem Cells under Hypoxia gene expression dataset by Prado-Lopez et al. (2010)
Prado-Lopez等による低酸素遺伝子発現データセットの下でのヒト胚性幹細胞の分化。 (2010年)

155. ARRmData
Example dataset for normalization of Illumina 450k Methylation data
Illumina 450kメチル化データの正規化のためのサンプルデータセット

156. cancerdata
Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data: Datasets
高次元分子データからの診断テストの開発と検証:データセット

157. ChIC.data
ChIC package data
ChICパッケージデータ

158. hapmap100kxba
Sample data – Hapmap 100K XBA Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap 100K XBA Affymetrix

159. mtbls2
MetaboLights MTBLS2: Comparative LC/MS-based profiling of silver nitrate-treated Arabidopsis thaliana leaves of wild-type and cyp79B2 cyp79B3 double knockout plants. Böttcher et al. (2004)
MetaboLights MTBLS2野生型およびcyp79B2 cyp79B3二重ノックアウト植物の硝酸銀処理Arabidopsis thaliana葉のLC / MSに基づく比較プロファイリングベッチャー等。 (2004年)

160. signatureSearchData
Datasets for signatureSearch package
signatureSearchパッケージのデータセット

161. TBX20BamSubset
Subset of BAM files from the “TBX20” experiment
「TBX20」実験からのBAMファイルのサブセット

162. CCl4
Carbon Tetrachloride (CCl4) treated hepatocytes
四塩化炭素(CCl 4)処理肝細胞

163. ChIPXpressData
ChIPXpress Pre-built Databases
ChIPXpressの構築済みデータベース

164. HelloRangesData
Data for the HelloRanges tutorial vignette
HelloRangesチュートリアルビネットのデータ

165. MSMB
Data sets for the book ‘Modern Statistics for Biology’
本「生物学のための現代統計学」のためのデータセット

166. Affyhgu133aExpr
Affymetrix Human hgu133a Array (GPL96) Expression Data Package
Affymetrix Human hgu133a Array(GPL96)発現データパッケージ

167. biscuiteerData
Data Package for Biscuiteer
Biscuiteerのデータパッケージ

168. BloodCancerMultiOmics2017
“Drug-perturbation-based stratification of blood cancer” by Dietrich S, Oles M, Lu J et al. – experimental data and complete analysis
「薬物摂動に基づく血液癌の層別化」、Dietrich S、Oles M、Lu J et al。 – 実験データと完全な解析

169. LungCancerACvsSCCGEO
A lung cancer dataset that can be used with maPredictDSC package for developing outcome prediction models from Affymetrix CEL files.
Affymetrix CELファイルからの転帰予測モデルを開発するためにmaPredictDSCパッケージと共に使用できる肺癌データセット。

170. mosaicsExample
Example data for the mosaics package, which implements MOSAiCS and MOSAiCS-HMM, a statistical framework to analyze one-sample or two-sample ChIP-seq data for transcription factor binding and histone modification
MOSAiCSおよびMOSAiCS-HMMを実装するモザイクパッケージのデータ例、転写因子結合およびヒストン修飾について1サンプルまたは2サンプルのChIP-seqデータを分析するための統計的フレームワーク

171. pcaGoPromoter.Hs.hg19
pcaGoPromoter.Hs.hg19 is a data package used by pcaGoPromoter
pcaGoPromoter.Hs.hg19は、pcaGoPromoterによって使用されるデータパッケージです。

172. RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp
RcisTarget motif databases for human (hg19) – Subset of 4.6k motifs
ヒト用RcisTargetモチーフデータベース(hg19) – 4.6kモチーフのサブセット

173. breakpointRdata
Strand-seq data for demonstration purposes
デモンストレーション用のストランドシーケンスデータ

174. colonCA
exprSet for Alon et al. (1999) colon cancer data
AlonらのexprSet。 (1999)大腸がんデータ

175. ConnectivityMap
Functional connections between drugs, genes and diseases as revealed by common gene-expression changes
一般的な遺伝子発現変化によって明らかにされた薬物、遺伝子および疾患間の機能的関連

176. ITALICSData
ITALICSData
ITALICSData

177. miRcompData
Data used in the miRcomp package
miRcompパッケージで使用されるデータ

178. MSstatsBioData
Datasets of published biological studies with DDA or SRM experiments
DDAまたはSRM実験による公開された生物学的研究のデータセット

179. QUBICdata
Data employed in the vignette of the QUBIC package
QUBICパッケージのビネットで採用されているデータ

180. spatialLIBD
LIBD Visium spatial transcriptomics human pilot data inspector
LIBD Visium 空間トランスクリプトノミクスヒトパイロットデータインスペクター

181. chipseqDBData
Data for the chipseqDB Workflow
chipseqDBワークフローのデータ

182. Fletcher2013a
Gene expression data from breast cancer cells under FGFR2 signalling perturbation
FGFR2シグナリング摂動下の乳癌細胞からの遺伝子発現データ

183. HiCDataHumanIMR90
Human IMR90 Fibroblast HiC data from Dixon et al. 2012
DixonらからのヒトIMR90線維芽細胞HiCデータ。 2012年

184. metaMSdata
Example CDF data for the metaMS package
metaMSパッケージのCDFデータの例

185. OMICsPCAdata
Supporting data for package OMICsPCA
パッケージOMICsPCAの補助データ

186. PWMEnrich.Hsapiens.background
H. sapiens background for PWMEnrich
PWMEnrichのH. sapiens背景

187. RNAmodR.Data
Example data for the RNAmodR package
RNAmodRパッケージのデータ例

188. SNAGEEdata
SNAGEE data
SNAGEEデータ

189. SpikeIn
Affymetrix Spike-In Experiment Data
Affymetrixスパイクイン実験データ

190. TENxBUSData
Single cell dataset from 10x in BUS format
BUS形式の10xの単一セルデータセット

191. adductData
Data from untargeted MS of modifications to Cys34 of serum albumin
血清アルブミンのCys34に対する修飾の非標的MSからのデータ

192. ASICSdata
Example of 1D NMR spectra data for ASICS package
ASICSパッケージの1次元NMRスペクトルデータの例

193. curatedBladderData
Bladder Cancer Gene Expression Analysis
膀胱癌遺伝子発現解析

194. diffloopdata
Example ChIA-PET Datasets for the diffloop Package
diffloopパッケージ用のChIA-PETデータセットの例

195. Fletcher2013b
Master regulators of FGFR2 signalling and breast cancer risk
FGFR2シグナル伝達と乳がんリスクの主な調節因子

196. FunciSNP.data
Various data sets for use with the FunciSNP package
FunciSNPパッケージで使用するためのさまざまなデータセット

197. lumiBarnes
Barnes Benchmark Illumina Tissues Titration Data
Barnes Benchmark Illuminaが滴定データを組織化

198. pcaGoPromoter.Mm.mm9
pcaGoPromoter.Mm.mm9 is a data package used by pcaGoPromoter
pcaGoPromoter.Mm.mm9はpcaGoPromoterによって使用されるデータパッケージです。

199. PCHiCdata
Promoter Capture Hi-C data
プロモーターキャプチャーHi-Cデータ

200. RGMQLlib
RGMQLlib, java libraries to run GMQL scala API
RGMQLlib、GMQL scala APIを実行するためのJavaライブラリ

201. RMassBankData
Test dataset for RMassBank
RMassBank用テストデータセット

202. SBGNview.data
Demo gene expression datasets for SBGNview package
SBGNviewパッケージの遺伝子発現データセットのデモ

203. Affyhgu133A2Expr
Affymetrix Human Genome U133A 2.0 Array (GPL571) Expression Data Package
Affymetrix Human Genome U133A 2.0アレイ(GPL571)発現データパッケージ

204. Affymoe4302Expr
Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array (GPL1261) Expression Data Package
Affymetrix Mouse Genome 430 2.0 Array(GPL1261)発現データパッケージ

205. biotmleData
Example experimental microarray data set for the “biotmle” R package
「biotmle」Rパッケージ用の実験用マイクロアレイデータセットの例

206. hapmapsnp5
Sample data – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap SNP 5.0 Affymetrix

207. lydata
Example Dataset for crossmeta Package
crossmetaパッケージのデータセット例

208. MetaGxBreast
Transcriptomic Breast Cancer Datasets
トランスクリプトーム乳がんデータセット

209. pcxnData
Correlation coefficients and p values between pre-defined pathway/gene sets
定義済み経路/遺伝子セット間の相関係数とp値

210. QDNAseq.mm10
Bin annotation mm10
ビンアノテーションmm10

211. shinyMethylData
Example dataset of input data for shinyMethyl
shinyMethylの入力データのサンプルデータセット

212. TCGAMethylation450k
The Cancer Genome Atlas Illumina 450k methylation example data
Cancer Genome Atlas Illumina 450kメチル化データの例

213. alpineData
Data for the alpine package vignette
アルパインパッケージビネットのデータ

214. CluMSIDdata
Data for the CluMSID package
CluMSIDパッケージのデータ

215. ecoliLeucine
Experimental data with Affymetrix E. coli chips
Affymetrix E. coliチップによる実験データ

216. LungCancerLines
Reads from Two Lung Cancer Cell Lines
2つの肺がん細胞株から読み取る

217. PWMEnrich.Dmelanogaster.background
D. melanogaster background for PWMEnrich
D. melanogasterのPWMEnrich背景

218. ReactomeGSA.data
Companion data package for the ReactomeGSA package
ReactomeGSAパッケージのコンパニオンデータパッケージ

219. affycompData
affycomp data
affycompデータ

220. AmpAffyExample
Example of Amplified Data
増幅データの例

221. frmaExampleData
Frma Example Data
医薬品サンプルデータ

222. harbChIP
Experimental Data Package: harbChIP
実験データパッケージ:harbChIP

223. MetaGxOvarian
Transcriptomic Ovarian Cancer Datasets
トランスクリプトーム卵巣癌データセット

224. TabulaMurisData
10x And SmartSeq2 Data From The Tabula Muris Consortium
Tabula Murisコンソーシアムの10倍およびSmartSeq 2データ

225. yri1kgv
expression + genotype on 79 unrelated YRI individuals
無関係の79人のYRI患者における発現+遺伝子型

226. bodymapRat
Experimental dataset from the rat BodyMap project
ラットBodyMapプロジェクトからの実験データセット

227. curatedCRCData
Colorectal Cancer Gene Expression Analysis
大腸癌遺伝子発現解析

228. FANTOM3and4CAGE
CAGE data from FANTOM3 and FANTOM4 projects
FANTOM3とFANTOM4プロジェクトからのケージデータ

229. gatingMLData
Data and XML files for Gating-ML Test suite
Gating-MLテストスイートのデータとXMLファイル

230. geuvPack
summarized experiment with expression data from GEUVADIS
GEUVADISからの発現データを用いた要約実験

231. HarmanData
Data for the Harman package
Harmanパッケージのデータ

232. msd16s
Healthy and moderate to severe diarrhea 16S expression data
健康で中等度から重度の下痢16S発現データ

233. PepsNMRData
Datasets for the PepsNMR package
PepsNMRパッケージ用のデータセット

234. RNASeqRData
RNASeqRData: sample data for RNASeqR software package demonstration
RNASeqRData:RNASeqRソフトウェアパッケージのデモ用サンプルデータ

235. RnBeads.mm9
RnBeads.mm9
RnBeads.mm9

236. SCLCBam
Sequence data from chromosome 4 of a small-cell lung tumor
小細胞肺腫瘍の4番染色体からの配列データ

237. seqc
RNA-seq data generated from SEQC (MAQC-III) study
SEQC(MAQC-III)試験から得られたRNA-seqデータ

238. AssessORFData
Data and Files for the AssessORF Package
AssessORFパッケージのデータとファイル

239. blimaTestingData
Data for testing of the package blima.
パッケージblimaのテストのためのデータ。

240. diggitdata
Example data for the diggit package
diggitパッケージのデータ例

241. flowPloidyData
Example Flow Cytometry Data
フローサイトメトリーデータの例

242. FlowSorted.DLPFC.450k
Illumina HumanMethylation data on sorted frontal cortex cell populations
分類された前頭皮質細胞集団に関するイルミナのヒトメチル化データ

243. geuvStore2
demonstrate storage discipline for eQTL enumerations, revised
改訂されたeQTL列挙のための記憶領域の規範を示す

244. minionSummaryData
Summarised MinION sequencing data published by Ashton et al. 2015
Ashtonらによって公表された要約されたMinION配列決定データ。 2015年

245. mitoODEdata
Experimental data associated to the paper “Dynamical modelling of phenotypes in a genome-wide RNAi live-cell imaging assay” (submitted).
論文「全ゲノムRNAi生細胞イメージングアッセイにおける表現型の動的モデリング」(提出)に関連した実験データ

246. celarefData
Processed scRNA data for celaref Vignette – cell labelling by reference
celaref Vignetteのために処理されたscRNAデータ – 参照による細胞標識

247. CellMapperData
Pre-processed data for use with the CellMapper package
CellMapperパッケージで使用するための前処理済みデータ

248. etec16s
Individual-specific changes in the human gut microbiota after challenge with enterotoxigenic Escherichia coli and subsequent ciprofloxacin treatment
腸管毒素原性大腸菌による攻撃およびその後のシプロフロキサシン処理後のヒト腸内微生物叢の個体特異的変化

249. HMP2Data
16s rRNA sequencing data from the Human Microbiome Project 2
Human Microbiome Project 2の16秒rRNAシーケンスデータ

250. JctSeqData
Example Junction Count data for use with JunctionSeq
JunctionSeqで使用するジャンクションカウントデータの例

251. MethylAidData
MethylAid-summarized data for 2800 Illumina 450k array samples and 2620 EPIC array samples
2800 Illumina 450kアレイサンプルおよび2620 EPICアレイサンプルのメチルエイド要約データ

252. nanotubes
Mouse nanotube CAGE data
マウスナノチューブCAGEデータ

253. PWMEnrich.Mmusculus.background
M. musculus background for PWMEnrich
PWMEnrichのM. musculus背景

254. restfulSEData
Example metadata for the “restfulSE” R package
「restfulSE」Rパッケージのメタデータの例

255. ChIPexoQualExample
Example data for the ChIPexoQual package, which implements a quality control pipeline for ChIP-exo data
ChIP-exoデータの品質管理パイプラインを実装するChIPexoQualパッケージのデータ例

256. CONFESSdata
Example dataset for CONFESS package
CONFESSパッケージ用のデータセットの例

257. flowFitExampleData
Example data for the flowFit package
flowFitパッケージのデータ例

258. HiCDataLymphoblast
Human lymphoblastoid HiC data from Lieberman-Aiden et al. 2009
Lieberman-Aidenらからのヒトリンパ芽細胞質HiCデータ。 2009年

259. HumanAffyData
GEO accession GSE64985 and ArrayExpress accession E-MTAB-62 as ExpressionSet objects
ExpressionSetオブジェクトとしてのGEO登録GSE64985およびArrayExpress登録E-MTAB-62

260. MIGSAdata
MIGSA vignette data
MIGSAビネットデータ

261. miRNATarget
gene target tabale of miRNA for human/mouse used for MiRaGE package
MiRaGEパッケージに使用されるヒト/マウス用のmiRNAの遺伝子標的一覧

262. pepDat
Peptide microarray data package
ペプチドマイクロアレイデータパッケージ

263. dyebiasexamples
Example data for the dyebias package, which implements the GASSCO method.
GASSCO法を実行するdyebiasパッケージのデータ例。

264. GSBenchMark
Gene Set Benchmark
遺伝子セットベンチマーク

265. HarmonizedTCGAData
Processed Harmonized TCGA Data of Five Selected Cancer Types
選択された5つの癌の種類に関する処理済みの調和TCGAデータ

266. healthyFlowData
Healthy dataset used by the flowMatch package
flowMatchパッケージで使用される健全なデータセット

267. HEEBOdata
HEEBO set and HEEBO controls.
HEEBOセットとHEEBOコントロール。

268. hgu133plus2CellScore
CellScore Standard Cell Types Expression Dataset [hgu133plus2]
CellScoreスタンダードセルタイプExpression Dataset [hgu133plus2]

269. LiebermanAidenHiC2009
Selected data from the HiC paper of E. Lieberman-Aiden et al. in Science (2009)
E. Lieberman-AidenらのHiC論文から選択されたデータ。科学の中で(2009)

270. mAPKLData
Gene expression data for testing of the package mAPKL.
パッケージmAPKLのテスト用の遺伝子発現データ。

271. MAQCsubsetAFX
MAQC data subset for the Affymetrix platform
Affymetrixプラットフォーム用のMAQCデータサブセット

272. MMDiffBamSubset
Example ChIP-Seq data for the MMDiff package
MMDiffパッケージのChIP-Seqデータの例

273. PathNetData
Experimental data for the PathNet package
PathNetパッケージの実験データ

274. ProData
SELDI-TOF data of Breast cancer samples
乳がんサンプルのSELDI-TOFデータ

275. prostateCancerCamcap
Prostate Cancer Data
前立腺がんデータ

276. SingleCellMultiModal
Integrating Multi-modal Single Cell Experiment datasets
マルチモーダル単細胞実験データセットの統合

277. tissueTreg
TWGBS and RNA-seq data from tissue T regulatory cells from mice
マウスの組織T制御細胞からのTWGBSおよびRNA配列データ

278. tofsimsData
Import, process and analysis of ToF-SIMS imaging data
ToF-SIMSイメージングデータのインポート、処理、分析

279. vulcandata
VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks, dummy dataset
ネットワークを用いたVirtUaL ChIP-Seqデータ解析、ダミーデータセット

280. beta7
Rodriguez et al. (2004) Differential Gene Expression by Memory/Effector T Helper Cells Bearing the Gut-Homing Receptor Integrin alpha4 beta7.
ロドリゲス等。 (2004)腸ホーミング受容体インテグリンα4β7を有する記憶/エフェクターTヘルパー細胞による示差的遺伝子発現。

281. ccTutorial
Data package for ChIP-chip tutorial
ChIPチップチュートリアルのデータパッケージ

282. ChimpHumanBrainData
Chimp and human brain data package
チンパンジーと人間の脳のデータパッケージ

283. cnvGSAdata
Data used in the vignette of the cnvGSA package
cnvGSAパッケージのビネットで使用されているデータ

284. DREAM4
Synthetic Expression Data for Gene Regulatory Network Inference from the 2009 DREAM4 challenge
2009年のDREAM4チャレンジからの遺伝子調節ネットワーク推論のための合成発現データ

285. DropletTestFiles
Test Files for Single-Cell Droplet Utilities
シングルセル液滴ユーティリティ用テストファイル

286. ffpeExampleData
Illumina DASL example microarray data
Illumina DASLサンプルマイクロアレイデータ

287. kidpack
DKFZ kidney package
DKFZ腎臓パッケージ

288. MAQCsubset
Experimental Data Package: MAQCsubset
実験データパッケージ:MAQCsubset

289. MEEBOdata
MEEBO set and MEEBO controls.
MEEBOセットとMEEBOコントロール。

290. MetaGxPancreas
Transcriptomic Pancreatic Cancer Datasets
トランスクリプトーム膵臓癌データセット

291. pathprintGEOData
Pathway fingerprint vectors representing a subsection of arrays from the GEO data repository
GEOデータリポジトリからの配列の小区分を表す経路指紋ベクトル

292. plasFIA
FIA-HRMS plasma dataset
FIA-HRMSプラズマデータセット

293. prebsdata
Data for ‘prebs’ package
‘prebs’パッケージのデータ

294. PtH2O2lipids
P. tricornutum HPLC-ESI-MS Lipid Data from van Creveld et al. (2015)
P. (2015年)

295. pumadata
Various data sets for use with the puma package
pumaパッケージで使用するためのさまざまなデータセット

296. qPLEXdata
Data accompanying qPLEXanalyzer package
qPLEXanalyzerパッケージに付随するデータ

297. rRDPData
Database for the Default RDP Classifier
デフォルトのRDP分類子用のデータベース

298. SVM2CRMdata
An example dataset for use with the SVM2CRM package
SVM2CRMパッケージで使用するサンプルデータセット

299. TargetScoreData
TargetScoreData
TargetScoreData

300. TargetSearchData
Example GC-MS data for TargetSearch Package
TargetSearchパッケージのGC-MSデータの例

301. AshkenazimSonChr21
Annotated variants on the chromosome 21, human genome 19, Ashkenazim Trio son sample
染色体21、ヒトゲノム19、Ashkenazim Trio sonサンプル上の注釈付き変異体

302. curatedAdipoRNA
A Curated RNA-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)のキュレーションRNA-Seqデータセット

303. EatonEtAlChIPseq
ChIP-seq data of ORC-binding sites in Yeast excerpted from Eaton et al. 2010
酵母のORC結合部位のChIP-seqデータは、Eatonらから引用。 2010年

304. methyvimData
Example experimental data for use with the methyvim package
methyvimパッケージで使用するための実験データ例

305. mvoutData
affy and illumina raw data for assessing outlier detector performance
異常値検出器の性能を評価するためのAffyおよびIlluminaの生データ

306. optimalFlowData
optimalFlowData
最適フローデータ

307. pcaGoPromoter.Rn.rn4
pcaGoPromoter.Rn.rn4 is a data package used by pcaGoPromoter
pcaGoPromoter.Rn.rn4はpcaGoPromoterによって使用されるデータパッケージです。

308. sampleClassifierData
Pre-processed data for use with the sampleClassifier package
sampleClassifierパッケージで使用するための前処理済みデータ

309. SNPhoodData
Additional and more complex example data for the SNPhood package
SNPhoodパッケージの追加のより複雑な例のデータ

310. stjudem
Microarray Data from Yeoh et al. in MACAT format
Yeohらからのマイクロアレイデータ。 MACATフォーマットで

311. topdownrdata
Example Files for the topdownr R Package
topdownr Rパッケージのサンプルファイル

312. WGSmapp
Mappability tracks of Whole-genome Sequencing from the ENCODE Project
ENCODEプロジェクトの全ゲノムシークエンシングのマッピングトラック

313. benchmarkfdrData2019
Data and Benchmarking Results from Korthauer and Kimes et al. (2019)
Korthauer and Kimes et al。からのデータとベンチマーク結果(2019)

314. bronchialIL13
time course experiment involving il13
il13を含む時間経過実験

315. CLLmethylation
Methylation data of primary CLL samples in PACE project
PACEプロジェクトにおける主要CLLサンプルのメチル化データ

316. CopyNeutralIMA
Copy Neutral Illumina Methylation Arrays
中性イルミナメチル化アレイのコピー

317. davidTiling
Data and analysis scripts for David, Huber et al. yeast tiling array paper
David、Huber他のためのデータと分析スクリプト。イーストタイリングアレイ紙

318. dsQTL
dsQTL, data excerpt from Degner et al. 2012 Nature letter
dsQTL、Degnerらからのデータの抜粋。 2012ネイチャーレター

319. DvDdata
Drug versus Disease Data
薬物対疾病データ

320. fabiaData
Data sets for FABIA (Factor Analysis for Bicluster Acquisition)
FABIA(バイクラスター取得のための因子分析)のデータセット

321. facsDorit
DKFZ FACS example data
DKFZ FACSデータ例

322. HD2013SGI
Mapping genetic interactions in human cancer cells with RNAi and multiparametric phenotyping
RNAiとマルチパラメトリック表現型を用いたヒト癌細胞における遺伝的相互作用のマッピング

323. IHWpaper
Reproduce figures in IHW paper
IHW紙に図を再現する

324. mammaPrintData
RGLists from the Glas and Buyse breast cancer studies
GlasとBuyseの乳がん研究のRGLists

325. microRNAome
SummarizedExperiment for the microRNAome project
microRNAomeプロジェクトの要約実験

326. MMAPPR2data
Sample Data for MMAPPR2
MMAPPR2のサンプルデータ

327. MUGAExampleData
Example {M}ouse {U}niversal {G}enotyping {A}rray data for genome reconstruction and quantitative trait locus mapping.
ゲノムの再構築および量的形質遺伝子座マッピングのための{A}配列データ{A}配列解析{M}または{U}ユニバーサル{G}。

328. pd.atdschip.tiling
Platform Design Info for Affymetrix Atdschip_tiling
Affymetrix Atdschip_tilingのプラットフォーム設計情報

329. serumStimulation
serumStimulation is a data package which is used by examples in package pcaGoPromoter
bloodStimulationは、パッケージpcaGoPromoterの例で使用されるデータパッケージです。

330. SNAData
Social Networks Analysis Data Examples
ソーシャルネットワーク分析データの例

331. waveTilingData
waveTiling Example Data
waveTilingサンプルデータ

332. brainImageRdata
Image masks and expression data for use with BrainImageR
BrainImageRで使用するための画像マスクと式データ

333. DeSousa2013
Poor prognosis colon cancer is defined by a molecularly distinct subtype and precursor lesion
予後不良の大腸癌は分子的に異なるサブタイプおよび前駆病変によって定義される

334. DmelSGI
Experimental data and documented source code for the paper “A Map of Directional Genetic Interactions in a Metazoan Cell”
論文「後生動物細胞における指向性遺伝的相互作用の地図」の実験データと文書化されたソースコード

335. dressCheck
data and software for checking Dressman JCO 25(5) 2007
Dressman JCO 25(5)2007をチェックするためのデータとソフトウェア

336. furrowSeg
Furrow Segmentation
溝セグメンテーション

337. mcsurvdata
Meta cohort survival data
メタコホート生存データ

338. NestLink
NestLink an R data package to guide through Engineered Peptide Barcodes for In-Depth Analyzes of Binding Protein Ensembles
結合タンパク質アンサンブルの詳細な分析のための人工ペプチドバーコードをガイドするためのRデータパッケージのNestLink

339. prostateCancerTaylor
Prostate Cancer Data
前立腺がんデータ

340. Single.mTEC.Transcriptomes
Single Cell Transcriptome Data and Analysis of Mouse mTEC cells
マウスmTEC細胞の単細胞トランスクリプトームデータおよび分析

341. tartare
Raw ground spectra recorded on Thermo Fisher Scientific mass spectrometers
Thermo Fisher Scientific質量分析計で記録された生の地上スペクトル

342. ceu1kg
CEU (N=60) genotypes from 1000 genomes pilot phase I
1000ゲノムのパイロットフェーズIからのCEU(N = 60)遺伝子型

343. ceu1kgv
expression + genotype on 79 unrelated CEU individuals
79人の無関係のCEU患者における発現+遺伝子型

344. ceuhm3
ceuhm3: genotype (HapMap phase III) and expression data for CEPH CEU cohort
ceuhm3:CEPH CEUコホートの遺伝子型(HapMap phase III)および発現データ

345. CRCL18
CRC cell line dataset
CRC細胞株データセット

346. curatedAdipoChIP
A Curated ChIP-Seq Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1)
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)のキュレーションされたChIP-Seqデータセット

347. DonaPLLP2013
Supplementary data package for Dona et al. (2013) containing example images and tables
Donaらのための補足データパッケージ。画像と表の例を含む(2013)

348. gaschYHS
ExpressionSet for response of yeast to heat shock and other environmental stresses
熱ショックおよび他の環境ストレスに対する酵母の応答のためのExpressionSet

349. gpaExample
Example data for the GPA package (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)
GPAパッケージ(Pleiotropyとアノテーションを組み込んだ遺伝学的解析)のデータ例

350. hapmap500knsp
Sample data – Hapmap 500K NSP Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap 500K NSP Affymetrix

351. hgu133plus2barcodevecs
hgu133plus2 data for barcode
バーコードのhgu133plus2データ

352. hgu2beta7
A data package containing annotation data for hgu2beta7
hgu2beta7のアノテーションデータを含むデータパッケージ

353. hmyriB36
YRI hapmap + expression (GENEVAR), Build 36, r23a genotypes
YRI hapmap +発現(GENEVAR)、ビルド36、r23a遺伝子型

354. MAQCsubsetILM
MAQC data subset for the Illumina platform
Illuminaプラットフォーム用のMAQCデータサブセット

355. msqc1
Sigma mix MSQC1 data
シグマミックスMSQC1データ

356. NCIgraphData
Data for the NCIgraph software package
NCIgraphソフトウェアパッケージのデータ

357. oct4
Conditional knockdown of OCT4 in mouse ESCs
マウスESCにおけるOCT4の条件付きノックダウン

358. prostateCancerGrasso
Prostate Cancer Data
前立腺がんデータ

359. prostateCancerStockholm
Prostate Cancer Data
前立腺がんデータ

360. prostateCancerVarambally
Prostate Cancer Data
前立腺がんデータ

361. RnBeads.rn5
RnBeads.rn5
RnBeads.rn5

362. scTHI.data
The package contains examples of single cell data used in vignettes and examples of the scTHI package; data contain both tumor cells and immune cells from public dataset of glioma
このパッケージには、ビネットで使用された単細胞データの例とscTHIパッケージの例が含まれています;データには、グリオーマの公開データセットからの腫瘍細胞と免疫細胞の両方が含まれています

363. seventyGeneData
ExpressionSets from the van’t Veer and Van de Vijver breast cancer studies
van’t VeerとVan de Vijverの乳がん研究のExpressionSets

364. TCGAcrcmRNA
TCGA CRC 450 mRNA dataset
TCGA CRC 450 mRNAデータセット

365. GIGSEAdata
Gene set collections for the GIGSEA package
GIGSEAパッケージの遺伝子セットコレクション

366. hapmap100khind
Sample data – Hapmap 100K HIND Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap 100K HIND Affymetrix

367. hapmap500ksty
Sample data – Hapmap 500K STY Affymetrix
サンプルデータ – Hapmap 500K STY Affymetrix

368. hgu133abarcodevecs
hgu133a data for barcode
バーコードのhgu133aデータ

369. HIVcDNAvantWout03
T cell line infections with HIV-1 LAI (BRU)
HIV-1 LAI(BRU)によるT細胞株感染

370. Iyer517
exprSets for Iyer, Eisen et all 1999 Science paper
Iyer、Eisen、その他1999年版全文

371. ListerEtAlBSseq
BS-seq data of H1 and IMR90 cell line excerpted from Lister et al. 2009
H1細胞株およびIMR90細胞株のBS配列データは、Lister et al。 2009年

372. Neve2006
expression and CGH data on breast cancer cell lines
乳癌細胞株の発現とCGHデータ

373. PhyloProfileData
Data package for phylogenetic profile analysis using PhyloProfile tool
PhyloProfileツールを使用した系統プロファイル分析用のデータパッケージ

374. rheumaticConditionWOLLBOLD
Normalized gene expression dataset published by Wollbold et al. [2009] (WOLLBOLD).
Wollboldらによって公開された正規化遺伝子発現データセット。 [2009](WOLLBOLD)

375. RRBSdata
An RRBS data set with 12 samples and 10,000 simulated DMRs
12個のサンプルと10,000個の模擬DMRを含むRRBSデータセット

376. SomatiCAData
An example cancer whole genome sequencing data for the SomatiCA package
SomatiCAパッケージのための癌全ゲノム配列決定データの例

377. spqnData
Data for the spqn package
spqn パッケージのデータ

378. TCGAcrcmiRNA
TCGA CRC 450 miRNA dataset
TCGA CRC 450 miRNAデータセット

379. tcgaWGBSData.hg19
Data
データ

380. VariantToolsData
Data for the VariantTools tutorial
VariantToolsチュートリアルのデータ

381. yriMulti
support for expression, methylation, DHS, VCF for YRI
YRIの発現、メチル化、DHS、VCFのサポート

382. curatedAdipoArray
A Curated Microarrays Dataset of MDI-induced Differentiated Adipocytes (3T3-L1) Under Genetic and Pharmacological Perturbations
MDI誘導分化脂肪細胞(3T3-L1)の遺伝的および薬理学的摂動下でのキュレーションマイクロアレイデータセット

383. mouse4302barcodevecs
mouse4302 data for barcode
バーコードのmouse4302データ

384. TimerQuant
Timer Quantification
タイマー定量化

385. tinesath1cdf
tinesath1cdf
tinesath1cdf

386. tinesath1probe
Probe sequence data for microarrays of type tinesath1
タイプtinesath1のマイクロアレイ用のプローブシーケンスデータ

387. XhybCasneuf
EBI/PSB cross-hybridisation study package
EBI / PSBクロスハイブリダイゼーション研究パッケージ

388. yeastGSData
Yeast Gold Standard Data
酵母ゴールドスタンダードデータ

389. HighlyReplicatedRNASeq
Collection of Bulk RNA-Seq Experiments With Many Replicates
多数のレプリケートを用いたバルクRNA-Seq実験集

390. RNAinteractMAPK
Mapping of Signalling Networks through Synthetic Genetic Interaction Analysis by RNAi
RNAiによる合成遺伝的相互作用解析によるシグナリングネットワークのマッピング

391. NanoporeRNASeq
Nanopore RNA-Seq Example data
ナノポアRNA-Seq例データ

392. SCATEData
Data for SCATE (Single-cell ATAC-seq Signal Extraction and Enhancement)
SCATE (Single-cell ATAC-seq Signal Extraction and Enhancement)のデータ

393. clustifyrdatahub
External data sets for clustifyr in ExperimentHub
ExperimentHubにあるclustifyrの外部データセット

394. FieldEffectCrc
Tumor, tumor-adjacent normal, and healthy colorectal transcriptomes as SummarizedExperiment objects
SummarizedExperimentオブジェクトとしての腫瘍、腫瘍に隣接した正常な大腸直腸トランスクリプトーム、および健康な大腸直腸トランスクリプトーム

395. MethylSeqData
Collection of Public DNA Methylation Sequencing Datasets
公的DNAメチル化塩基配列決定データセットの収集

396. Mulder2012
Predicting functional networks and modules of chromatin factors controlling adult stem cell fate from RNA interference screens
RNA干渉スクリーニングから成体幹細胞運命を制御するクロマチン因子の機能的ネットワークとモジュールの予測

397. timecoursedata
A data package for timecourse RNA-seq and microarray gene expression data sets
タイムコースRNA-seqおよびマイクロアレイ遺伝子発現データセットのためのデータパッケージ

398. TMExplorer
A Collection of Tumour Microenvironment Single-cell RNA Sequencing Datasets and Correspodnding Metadata
腫瘍微小環境単細胞RNAシークエンシングデータセットと対応するメタデータのコレクション

関連する記事

  • 統計的因果推論による傾向スコアとIPW推定量の基本的な考え方統計的因果推論による傾向スコアとIPW推定量の基本的な考え方 [latexpage] 統計的因果推論による因果効果を調べる手段として、傾向スコアとIPW推定量という概念があります。ここでは、なぜ傾向スコアを考えるのか、傾向スコアの逆数の重み付けはどのような意味があるのかを、複雑な数式を用いずに具体例を通してご説明します。 さっそくですが、次の具体例を考えます。 […]
  • R ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする方法R ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする方法 ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする2つの方法をお伝えします。 最初の方法は、ggExtraパッケージのggMarginal関数を用いる方法で、周辺分布を簡単にプロットすることができます。 二番目の方法は、散布図と周辺分布を作成した上で、一つにまとめる方法です。 それぞれ一長一短があります。 最初の方法は、コード量が少ないですがグラフとして […]
  • R言語 CRAN Task View:生存時間解析R言語 CRAN Task View:生存時間解析 CRAN Task View: Survival Analysisの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Arthur Allignol, Aurelien Latouche Contact: arthur.allignol at […]
  • UCI 機械学習リポジトリのデータセット一覧UCI 機械学習リポジトリのデータセット一覧 UCI machine learning repositoryで公開されているデータセットの一覧をご紹介します。英語での要約(abstract)をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。データセットのサンプルを探す参考にしていただければ幸いです。 掲載内容は2021年02月01日の情報で、データセット数は559です。 2.4 […]
  • Ubuntu 20.04にDockerをインストールする手順Ubuntu 20.04にDockerをインストールする手順 Ubuntu 20.04にDockerをインストールおよびインストールの確認、sudoなしでdockerコマンドを実行する方法をお伝えします。 Ubuntu 20.04にDockerをインストールする方法はいくつかありますが、snapを用いた方法、Ubuntuの標準リポジトリを用いた方法、DockerおよびDocker […]
Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧