RStudioを用いてRmdファイルから日本語PDFを作成する際に、ドキュメントクラスをbxjsarticleと設定すると、次のようなエラーが出てPDFファイルが作成されません。
エラーは、subtitleコマンドが二重に定義されているために起こっているようです。


! LaTeX Error: Command \subtitle already defined.
Or name \end... illegal, see p.192 of the manual.

See the LaTeX manual or LaTeX Companion for explanation.
Type  H   for immediate help.
...                                              

l.61 }

pandoc: Error producing PDF from TeX source
エラー: pandoc document conversion failed with error 43
実行が停止されました 

ここではその解決策の一つとして、subtitleコマンドに別の名前を付けて、このエラーを回避する方法をお伝えします。
環境は次の通りです。

OS Ubuntu 16.04
R 3.3

実際の作業は次の通り。


(out)# ディレクトリの移動
cd ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3/rmarkdown/rmd/latex
(out)
(out)# バックアップ
cp default-1.15.2.tex  default-1.15.2.tex.bk
(out)
(out)# ファイルの編集
vim default-1.15.2.tex

default-1.15.2.texファイルの「subtitle」という文字列を別の名前に置換します。
ここでは「subtitleorigin」という名前にすることにします。
また、ここではvimでファイルを開いたが、別のエディタで開いて「subtitle」という文字列を置換しても問題ありません。
vimでファイルを開いた場合は、ノーマルモードで次のコマンドを実行すれば、ファイル内の「subtitle」文字列が「subtitleorigin」文字列に一括置換されます。


:%s /subtitle/subtitleorigin/g

vimで保存して終了する場合は、ノーマルモードで次のコマンド実行します。


:wq

以上で、準備が整いました。
あとは、Rmdファイルで今まで「subtitle」としていたところを新らたな名前である「subtitleorigin」とします。


---
title: "タイトル"
subtitleorigin: "サブタイトル"
author: "著者"
date: "2016年7月27日"
output: 
    pdf_document:
        latex_engine: xelatex
documentclass: bxjsarticle
classoption: xelatex,ja=standard
geometry: no
---

これを実行すると次のようになります。

how-to-resolve-if-an-error-occurs-in-the-subtitle-when-using-bxjsarticle-01

R×knitr bxjsarticleを用いた際にサブタイトルでエラーが出る場合の対処法