Ubuntu16.04にCytoscapeをインストールする手順をお伝えいたします。

環境

今回の作業環境を確認しておきます。

Ubuntuのバージョン


$ cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.3 LTS"

ダウンロード

ブラウザからCytoscape: An Open Source Platform for Complex Network Analysis and Visualizationに移動します。
ここでは、2017年11月11日時点での最新版であるバージョン3.5.1をインストールします。そのため、サイトトップに表示されている「3.5.1」をクリックします。

「for Ubuntu」ボタンをクリックしファイルをダウンロードします。
CytoscapeはJava上で動作するため、Javaの適切なバージョンを用意する必要があります。Cytoscape3.5.1はJava8が必要となります。

インストール

Cytoscape3.5.1の準備として、Java8のインストールを行います。ここでは、OpenJava8の実行環境をインストールします。


$ sudo apt-get install openjdk-8-jre

Cytoscapeのサイトからダウンロードしたファイルをターミナル上で実行します。


$ sudo sh ~/Downloads/Cytoscape_3_5_1_unix.sh

次のような画面が表示されて、インストール作業の開始となります。「Next」ボタンをクリックします。

ライセンスに同意できる場合は、「I accept the agreement」をクリックして、「Next」をクリックします。

インストール先のディレクトリを指定して、「Next」をクリックします。インストール先のディレクトリは、基本的にはそのままで良いと思います。

インストールが完了しましたので、「Finish」をクリックして画面を閉じます。

実行

Cytoscapeを実行する一つの方法として、Dashから起動してみます。

Cytoscapeが立ち上がります。サンプルとして付属している「Sample Yeast Network」を読み込んでみます。

サンプル「Sample Yeast Network」が読み込まれました。

アンインストール

Cytoscapeをインストールしたディレクトリ内に、アンインストール用の実行ファイルがあります。デフォルトでは/opt内のCytoscapeディレクトリにあります。


$ sudo /opt/Cytoscape_v3.5.1/uninstall

Cytoscapeのアンインストール画面が立ち上がります。「Next」をクリックします。

アンインストールが完了しましたので、「Finish」をクリックして画面を閉じます。

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