RでOSを判別するには、.Platformまたはversion、Sys.info()からOS情報を取り出すことで対応できます。
しかし、これらから取り出されたOS情報は微妙に異なります。
以下、WindowsとLinux(Ubuntu)で試した結果を記載します。

Windows


> .Platform$OS.type
[1] "windows"

> version$os
[1] "mingw32"

> Sys.info()["sysname"]
  sysname 
"Windows" 

Linux(Ubuntu)


> .Platform$OS.type
[1] "unix"

> version$os
[1] "linux-gnu"

> Sys.info()["sysname"]
sysname 
"Linux" 

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