RでOSを判別するには、.Platformまたはversion、Sys.info()からOS情報を取り出すことで対応できます。
しかし、これらから取り出されたOS情報は微妙に異なります。
以下、WindowsとLinux(Ubuntu)で試した結果を記載します。
Windows
> .Platform$OS.type
[1] "windows"
> version$os
[1] "mingw32"
> Sys.info()["sysname"]
sysname
"Windows"
Linux(Ubuntu)
> .Platform$OS.type
[1] "unix"
> version$os
[1] "linux-gnu"
> Sys.info()["sysname"]
sysname
"Linux"
R OSを判別する方法