Bioconductor Softwareパッケージ一覧

BioconductorのSoftwareパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文を機械翻訳を交えて日本語化し掲載しております。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。

パッケージ確認日：	2025/05/01
パッケージ数：	2341

1. BiocVersion: Set the appropriate version of Bioconductor packages

適切なバージョンのBioconductorパッケージを設定する

2. BiocGenerics: S4 generic functions used in Bioconductor

Bioconductorで使用されるS4汎用関数

3. S4Vectors: Foundation of vector-like and list-like containers in Bioconductor

Bioconductorでのベクター型およびリスト型コンテナの基盤

4. GenomeInfoDb: Utilities for manipulating chromosome names, including modifying them to follow a particular naming style

特定の命名スタイルに従うようにそれらを修正することを含む、染色体名を操作するためのユーティリティ

5. IRanges: Foundation of integer range manipulation in Bioconductor

Bioconductorにおける整数範囲操作の基礎

6. zlibbioc: An R packaged zlib-1.2.5

Rパッケージのzlib-1.2.5

7. Biobase: Biobase: Base functions for Bioconductor

バイオベース：バイオコンダクターのための基本機能

8. XVector: Foundation of external vector representation and manipulation in Bioconductor

Bioconductorにおける外部ベクトル表現と操作の基礎

9. Biostrings: Efficient manipulation of biological strings

生物学的弦の効率的な操作

10. GenomicRanges: Representation and manipulation of genomic intervals

ゲノム間隔の表現と操作

11. DelayedArray: A unified framework for working transparently with on-disk and in-memory array-like datasets

ディスク上およびメモリ内アレイのようなデータセットを透過的に扱うための統一されたフレームワーク

12. BiocParallel: Bioconductor facilities for parallel evaluation

並行評価のための生体導体施設

13. MatrixGenerics: S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

S4 行列型オブジェクトで動作する一般的なサマリー統計関数

14. SparseArray: Efficient in-memory representation of multidimensional sparse arrays

多次元スパース配列の効率的なインメモリ表現

15. SummarizedExperiment: SummarizedExperiment container

SummerizedExperimentコンテナ

16. S4Arrays: Foundation of array-like containers in Bioconductor

Bioconductorにおける配列のようなコンテナの基礎

17. AnnotationDbi: Manipulation of SQLite-based annotations in Bioconductor

BioconductorでのSQLiteベースのアノテーションの操作

18. KEGGREST: Client-side REST access to KEGG

KEGGへのクライアントサイドRESTアクセス

19. limma: Linear Models for Microarray Data

マイクロアレイデータのための線形モデル

20. UCSC.utils: Low-level utilities to retrieve data from the UCSC Genome Browser

UCSCゲノムブラウザからデータを取得するための低レベルユーティリティ

21. BiocFileCache: Manage Files Across Sessions

セッション間でファイルを管理する

22. Rhtslib: HTSlib high-throughput sequencing library as an R package

RパッケージとしてのHTSlibハイスループットシーケンスライブラリ

23. edgeR: Empirical Analysis of Digital Gene Expression Data in R

Rにおけるデジタル遺伝子発現データの経験的分析

24. Rsamtools: Binary alignment (BAM), FASTA, variant call (BCF), and tabix file import

バイナリアライメント（BAM）、FASTA、バリアントコール（BCF）、およびtabixファイルのインポート

25. Rhdf5lib: hdf5 library as an R package

Rパッケージとしてのhdf5ライブラリ

26. GenomicAlignments: Representation and manipulation of short genomic alignments

短いゲノムアラインメントの表現と操作

27. ggtree: an R package for visualization and annotation of phylogenetic trees with their covariates and other associated data

系統樹の共変量および他の関連データを用いた系統樹の視覚化および注釈付けのためのRパッケージ

28. DESeq2: Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution

負の二項分布に基づく示差的遺伝子発現解析

29. treeio: Base Classes and Functions for Phylogenetic Tree Input and Output

系統樹入力と出力のための基本クラスと関数

30. biomaRt: Interface to BioMart databases (i.e. Ensembl)

BioMartデータベース（Ensemblなど）へのインタフェース

31. clusterProfiler: statistical analysis and visualization of functional profiles for genes and gene clusters

遺伝子および遺伝子クラスターの機能的プロファイルの統計分析および可視化

32. rhdf5: R Interface to HDF5

HDF5へのRインタフェース

33. enrichplot: Visualization of Functional Enrichment Result

機能強化結果の可視化

34. rtracklayer: R interface to genome annotation files and the UCSC genome browser

ゲノムアノテーションファイルとUCSCゲノムブラウザへのRインタフェース

35. rhdf5filters: HDF5 Compression Filters

HDF5 圧縮フィルタ

36. fgsea: Fast Gene Set Enrichment Analysis

高速遺伝子セット濃縮分析

37. DOSE: Disease Ontology Semantic and Enrichment analysis

疾患オントロジー意味論および濃縮分析

38. BiocIO: Standard Input and Output for Bioconductor Packages

バイオインダクターパッケージの標準入出力

39. graph: graph: A package to handle graph data structures

graph：グラフデータ構造を扱うためのパッケージ

40. GOSemSim: GO-terms Semantic Similarity Measures

GO用語の意味的類似度

41. qvalue: Q-value estimation for false discovery rate control

誤発見率制御のためのQ値推定

42. GenomicFeatures: Conveniently import and query gene models

遺伝子モデルのインポートと照会に便利

43. annotate: Annotation for microarrays

マイクロアレイのアノテーション

44. SingleCellExperiment: S4 Classes for Single Cell Data

単一セルデータ用のS4クラス

45. DelayedMatrixStats: Functions that Apply to Rows and Columns of ‘DelayedMatrix’ Objects

‘DelayedMatrix’オブジェクトの行と列に適用される関数

46. ComplexHeatmap: Make Complex Heatmaps

複雑なヒートマップを作成する

47. beachmat: Compiling Bioconductor to Handle Each Matrix Type

各マトリックスタイプを処理するための生体導体のコンパイル

48. sparseMatrixStats: Summary Statistics for Rows and Columns of Sparse Matrices

疎な行列の行と列の要約統計量

49. BSgenome: Software infrastructure for efficient representation of full genomes and their SNPs

全ゲノムとそのSNPを効率的に表現するためのソフトウェアインフラストラクチャ

50. HDF5Array: HDF5 backend for DelayedArray objects

DelayedArrayオブジェクト用のHDF5バックエンド

51. preprocessCore: A collection of pre-processing functions

前処理機能のコレクション

52. BiocSingular: Singular Value Decomposition for Bioconductor Packages

バイオコンダクタパッケージのための特異値分解

53. ScaledMatrix: Creating a DelayedMatrix of Scaled and Centered Values

スケーリングされた値とセンターリングされた値のDelayedMatrixの作成

54. multtest: Resampling-based multiple hypothesis testing

リサンプリングベースの多重仮説検定

55. genefilter: genefilter: methods for filtering genes from high-throughput experiments

genefilter：ハイスループット実験から遺伝子をフィルタリングする方法

56. AnnotationHub: Client to access AnnotationHub resources

AnnotationHubリソースにアクセスするためのクライアント

57. VariantAnnotation: Annotation of Genetic Variants

遺伝的変異のアノテーション

58. ProtGenerics: S4 generic functions for Bioconductor proteomics infrastructure

バイオコンダクタープロテオミクスインフラストラクチャのためのS4一般的機能

59. BiocNeighbors: Nearest Neighbor Detection for Bioconductor Packages

バイオコンダクタパッケージの最近傍検出

60. AnnotationFilter: Facilities for Filtering Bioconductor Annotation Resources

バイオコンダクターの注釈リソースをフィルタリングするための機能

61. impute: impute: Imputation for microarray data

impute：マイクロアレイデータへの代入

62. GEOquery: Get data from NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)

NCBI遺伝子発現オムニバス（GEO）からデータを取得する

63. ensembldb: Utilities to create and use Ensembl-based annotation databases

Ensemblベースのアノテーションデータベースを作成して使用するためのユーティリティ

64. scuttle: Single-Cell RNA-Seq Analysis Utilities

シングルセルRNA-Seq解析ユーティリティ

65. Rgraphviz: Provides plotting capabilities for R graph objects

Rグラフオブジェクトにプロット機能を提供

66. RBGL: An interface to the BOOST graph library

BOOSTグラフライブラリへのインタフェース

67. GSEABase: Gene set enrichment data structures and methods

遺伝子セット濃縮データ構造および方法

68. affyio: Tools for parsing Affymetrix data files

Affymetrixデータファイルを解析するためのツール

69. affy: Methods for Affymetrix Oligonucleotide Arrays

Affymetrixオリゴヌクレオチドアレイのための方法

70. ExperimentHub: Client to access ExperimentHub resources

ExperimentHubリソースにアクセスするためのクライアント

71. sva: Surrogate Variable Analysis

代理変数分析

72. GSVA: Gene Set Variation Analysis for microarray and RNA-seq data

マイクロアレイおよびRNA配列データのための遺伝子セット変動分析

73. scater: Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

Rにおける遺伝子発現データのための単一細胞分析ツールキット

74. BiocBaseUtils: General utility functions for developing Bioconductor packages

Bioconductorパッケージ開発のための一般的なユーティリティ関数

75. MultiAssayExperiment: Software for the integration of multi-omics experiments in Bioconductor

Bioconductorでマルチオミックス実験を統合するためのソフトウェア

76. ShortRead: FASTQ input and manipulation

FASTQの入力と操作

77. pwalign: Perform pairwise sequence alignments

ペアワイズ配列アラインメントの実行

78. bluster: Clustering Algorithms for Bioconductor

バイオインダクターのためのクラスタリングアルゴリズム

79. biomformat: An interface package for the BIOM file format

BIOMファイルフォーマット用のインターフェースパッケージ

80. phyloseq: Handling and analysis of high-throughput microbiome census data

ハイスループットミクロバイオーム国勢調査データの取り扱いと分析

81. BiocStyle: Standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

ビネットやその他のBioconductor文書の標準スタイル

82. EnhancedVolcano: Publication-ready volcano plots with enhanced colouring and labeling

着色とラベル付けが強化された出版準備済みの火山プロット

83. KEGGgraph: KEGGgraph: A graph approach to KEGG PATHWAY in R and Bioconductor

KEGGgraph：RとBioconductorにおけるKEGG PATHWAYへのグラフアプローチ

84. pcaMethods: A collection of PCA methods

PCAメソッドのコレクション

85. biovizBase: Basic graphic utilities for visualization of genomic data.

ゲノムデータの視覚化のための基本的なグラフィックユーティリティ

86. vsn: Variance stabilization and calibration for microarray data

マイクロアレイデータのための分散安定化および較正

87. glmGamPoi: Fit a Gamma-Poisson Generalized Linear Model

ガンマ・ポアソン一般化線形モデルのフィット

88. DNAcopy: DNA copy number data analysis

DNAコピー数データ解析

89. assorthead: Assorted Header-Only C++ Libraries

ヘッダーのみの各種C++ライブラリ

90. interactiveDisplayBase: Base package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects

Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするための基本パッケージ

91. SpatialExperiment: S4 Class for Spatial Experiments handling

S4空間実験を扱うクラス

92. metapod: Meta-Analyses on P-Values of Differential Analyses

差分解析のP値に関するメタアナリシス

93. TCGAbiolinks: TCGAbiolinks: An R/Bioconductor package for integrative analysis with GDC data

TCGA biolinks：GDCデータを用いた統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

94. scran: Methods for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis

単細胞RNA-Seqデータ解析のための方法

95. DirichletMultinomial: Dirichlet-Multinomial Mixture Model Machine Learning for Microbiome Data

ミクロバイオームデータのためのDirichlet‐多項混合モデル機械学習

96. geneplotter: Graphics related functions for Bioconductor

Bioconductor用グラフィック関連機能

97. pathview: a tool set for pathway based data integration and visualization

経路ベースのデータ統合と可視化のためのツールセット

98. biocViews: Categorized views of R package repositories

Rパッケージリポジトリのカテゴリー別ビュー

99. SingleR: Reference-Based Single-Cell RNA-Seq Annotation

参照ベースの単一セルRNA-Seqアノテーション

100. batchelor: Single-Cell Batch Correction Methods

単細胞バッチ補正法

101. ResidualMatrix: Creating a DelayedMatrix of Regression Residuals

回帰残差のDelayedMatrixの作成

102. txdbmaker: Tools for making TxDb objects from genomic annotations

ゲノムアノテーションからTxDbオブジェクトを作成するツール

103. seqLogo: Sequence logos for DNA sequence alignments

DNA配列アラインメントのための配列ロゴ

104. apeglm: Approximate posterior estimation for GLM coefficients

GLM係数に対する近似事後推定

105. MsCoreUtils: Core Utils for Mass Spectrometry Data

質量分析データのためのコアな利用法

106. tximport: Import and summarize transcript-level estimates for transcript- and gene-level analysis

転写産物および遺伝子レベルの解析のための転写産物レベルの推定値のインポートと要約

107. monocle: Clustering, differential expression, and trajectory analysis for single- cell RNA-Seq

単細胞RNA-Seqのクラスタリング、差次的発現、および軌跡分析

108. TFBSTools: Software Package for Transcription Factor Binding Site (TFBS) Analysis

転写因子結合部位（TFBS）解析用ソフトウェアパッケージ

109. CNEr: CNE Detection and Visualization

CNEの検出と可視化

110. basilisk: Freezing Python Versions Inside Bioconductor Packages

バイオコンダクターパッケージ内のPythonのバージョンをフリーズさせる

111. dir.expiry: Managing Expiration for Cache Directories

キャッシュディレクトリの有効期限の管理

112. Gviz: Plotting data and annotation information along genomic coordinates

ゲノム座標に沿ってデータと注釈情報をプロットする

113. basilisk.utils: Basilisk Installation Utilities

バジリスクインストールユーティリティ

114. mzR: parser for netCDF, mzXML, mzData and mzML and mzIdentML files (mass spectrometry data)

netCDF、mzXML、mzData、mzML、およびmzIdentMLファイル（質量分析データ）のパーサー

115. graphite: GRAPH Interaction from pathway Topological Environment

経路トポロジー環境からのGRAPH相互作用

116. alabaster.base: Save Bioconductor Objects To File

Bioconductorのオブジェクトをファイルに保存

116. siggenes: Multiple Testing using SAM and Efron’s Empirical Bayes Approaches

SAMとEfronの経験的ベイズアプローチを使用した多重テスト

118. alabaster.matrix: Load and Save Artifacts from File

ファイルからのアーティファクトの読み込みと保存

119. MSnbase: Base Functions and Classes for Mass Spectrometry and Proteomics

質量分析とプロテオミクスの基本関数とクラス

120. alabaster.ranges: Load and Save Ranges-related Artifacts from File

レンジ関連の成果物をファイルから読み込みと保存

121. mzID: An mzIdentML parser for R

R用のmzIdentMLパーサー

122. alabaster.se: Load and Save SummarizedExperiments from File

SummarizedExperimentsをファイルから読み込んで保存

123. ConsensusClusterPlus: ConsensusClusterPlus

合意クラスターClusterPlus

124. alabaster.schemas: Schemas for the Alabaster Framework

Alabaster Frameworkのためのスキーマ

125. DECIPHER: Tools for curating, analyzing, and manipulating biological sequences

生物学的配列をキュレーション、分析、および操作するためのツール

126. ReactomePA: Reactome Pathway Analysis

Reactome Pathway Analysis

127. EBImage: Image processing and analysis toolbox for R

R用の画像処理および解析ツールボックス

128. illuminaio: Parsing Illumina Microarray Output Files

Illumina Microarrayの出力ファイルの解析

129. gypsum: Interface to the gypsum REST API

石膏REST APIへのインターフェース

130. mixOmics: Omics Data Integration Project

オミックスデータ統合プロジェクト

130. topGO: Enrichment Analysis for Gene Ontology

遺伝子オントロジーの濃縮解析

132. OrganismDbi: Software to enable the smooth interfacing of different database packages

異なるデータベースパッケージの円滑なインターフェースを可能にするソフトウェア

133. QFeatures: Quantitative features for mass spectrometry data

質量分析データの定量的特徴

134. bumphunter: Bump Hunter

バンプハンター

135. flowCore: flowCore: Basic structures for flow cytometry data

flowCore：フローサイトメトリーデータの基本構造

136. AUCell: AUCell: Analysis of ‘gene set’ activity in single-cell RNA-seq data (e.g. identify cells with specific gene signatures)

AUCell：単一細胞RNA配列データ中の「遺伝子セット」活性の分析（例えば、特定の遺伝子シグネチャーを有する細胞の同定）

137. maftools: Summarize, Analyze and Visualize MAF Files

MAFファイルの要約、分析、および視覚化

138. cytolib: C++ infrastructure for representing and interacting with the gated cytometry

ゲーテッドサイトメトリーを表現し相互作用するためのC ++基盤

139. RProtoBufLib: C++ headers and static libraries of Protocol buffers

プロトコルバッファのC ++ヘッダとスタティックライブラリ

140. DropletUtils: Utilities for Handling Single-Cell Droplet Data

単セル液滴データを処理するためのユーティリティ

141. dada2: Accurate, high-resolution sample inference from amplicon sequencing data

アンプリコンシークエンシングデータからの正確で高分解能のサンプル推論

142. minfi: Analyze Illumina Infinium DNA methylation arrays

Illumina Infinium DNAメチル化アレイの分析

143. Rsubread: Subread Sequence Alignment and Counting for R

Ｒに対するサブブレッド配列アラインメントおよびカウント

144. gdsfmt: R Interface to CoreArray Genomic Data Structure (GDS) Files

CoreArrayゲノムデータ構造（GDS）ファイルへのRインターフェース

145. TreeSummarizedExperiment: TreeSummarizedExperiment: a S4 Class for Data with Tree Structures

TreeSummarizedExperiment：木構造を持つデータ用のS4クラス

146. MAST: Model-based Analysis of Single Cell Transcriptomics

単細胞トランスクリプトミクスのモデルベース分析

147. snpStats: SnpMatrix and XSnpMatrix classes and methods

SnpMatrixとXSnpMatrixのクラスとメソッド

148. PSMatch: Handling and Managing Peptide Spectrum Matches

ペプチドスペクトルのマッチングの処理と管理

149. ChIPseeker: ChIPseeker for ChIP peak Annotation, Comparison, and Visualization

ChIPピークの注釈、比較、および視覚化のためのChIPseeker

150. AnnotationForge: Tools for building SQLite-based annotation data packages

SQLiteベースのアノテーションデータパッケージを構築するためのツール

151. TrajectoryUtils: Single-Cell Trajectory Analysis Utilities

シングルセルの軌跡解析ユーティリティ

152. msa: Multiple Sequence Alignment

多重配列アライメント

153. ggbio: Visualization tools for genomic data

ゲノムデータの可視化ツール

153. Spectra: Spectra Infrastructure for Mass Spectrometry Data

質量分析データのためのスペクトルインフラストラクチャ

155. aroma.light: Light-Weight Methods for Normalization and Visualization of Microarray Data using Only Basic R Data Types

基本Rデータ型のみを用いたマイクロアレイデータの正規化と可視化のための軽量法

156. InteractionSet: Base Classes for Storing Genomic Interaction Data

ゲノム相互作用データを格納するための基本クラス

157. microbiome: Microbiome Analytics

ミクロバイオーム分析

158. marray: Exploratory analysis for two-color spotted microarray data

二色斑点マイクロアレイデータの探索的解析

159. regioneR: Association analysis of genomic regions based on permutation tests

順列検定に基づくゲノム領域の関連解析

160. globaltest: Testing Groups of Covariates/Features for Association with a Response Variable, with Applications to Gene Set Testing

応答変数との関連付けのための共変量/特徴のグループのテスト、遺伝子セットテストへの応用

161. MetaboCoreUtils: Core Utils for Metabolomics Data

メタボロミクスデータの活用法

162. oligo: Preprocessing tools for oligonucleotide arrays

オリゴヌクレオチドアレイ用の前処理ツール

163. SNPRelate: Parallel Computing Toolset for Relatedness and Principal Component Analysis of SNP Data

SNPデータの関連性と主成分分析のための並列計算ツールセット

164. MassSpecWavelet: Mass spectrum processing by wavelet-based algorithms

ウェーブレットベースのアルゴリズムによる質量スペクトル処理

165. EDASeq: Exploratory Data Analysis and Normalization for RNA-Seq

RNA-Seqの探索的データ解析と正規化

166. scDblFinder: scDblFinder

scDblFinder

167. BiocCheck: Bioconductor-specific package checks

バイオコンダクター固有のパッケージチェック

168. decontam: Identify Contaminants in Marker-gene and Metagenomics Sequencing Data

マーカー遺伝子とメタゲノミクスのシーケンスデータから汚染物質を特定する

169. oligoClasses: Classes for high-throughput arrays supported by oligo and crlmm

oligoとcrlmmでサポートされているハイスループットアレイ用のクラス

170. xcms: LC/MS and GC/MS Data Analysis

LC / MSおよびGC / MSデータ分析

171. metagenomeSeq: Statistical analysis for sparse high-throughput sequencing

スパースハイスループットシーケンシングのための統計解析

172. Wrench: Wrench normalization for sparse count data

スパースカウントデータのレンチ正規化

173. affxparser: Affymetrix File Parsing SDK

Affymetrixファイル解析SDK

174. zellkonverter: Conversion Between scRNA-seq Objects

scRNA-seqオブジェクト間の変換

175. slingshot: Tools for ordering single-cell sequencing

シングルセルシーケンスを注文するためのツール

176. UCell: Rank-based signature enrichment analysis for single-cell data

単一細胞データに対するランクベースのシグネチャーエンリッチメント解析

177. Category: Category Analysis

カテゴリー分析

178. methylumi: Handle Illumina methylation data

Illuminaのメチル化データを処理する

179. singscore: Rank-based single-sample gene set scoring method

ランクベースの単一サンプル遺伝子セット採点法

180. goseq: Gene Ontology analyser for RNA-seq and other length biased data

RNA配列および他の長さの偏りのあるデータのための遺伝子オントロジーアナライザー

181. mia: Microbiome analysis

マイクロバイオーム解析

182. DEXSeq: Inference of differential exon usage in RNA-Seq

RNA-Seqにおける異なるエクソン用法の推論

183. bsseq: Analyze, manage and store bisulfite sequencing data

バイサルファイトシーケンスデータの分析、管理、保存

184. GOstats: Tools for manipulating GO and microarrays

GOとマイクロアレイを操作するためのツール

185. tkWidgets: R based tk widgets

Rベースのtkウィジェット

186. widgetTools: Creates an interactive tcltk widget

インタラクティブなtcltkウィジェットを作成します

187. Mfuzz: Soft clustering of time series gene expression data

時系列遺伝子発現データのソフトクラスタリング

188. DynDoc: Dynamic document tools

動的文書ツール

189. MsFeatures: Functionality for Mass Spectrometry Features

質量分析機能のための機能性

189. STRINGdb: STRINGdb (Search Tool for the Retrieval of Interacting proteins database)

STRINGdb（相互作用蛋白質データベース検索用検索ツール）

191. dittoSeq: User Friendly Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Visualization

ユーザーフレンドリーなシングルセルおよびバルク RNA シーケンシングの可視化

192. survcomp: Performance Assessment and Comparison for Survival Analysis

生存分析のための性能評価と比較

193. MsExperiment: Infrastructure for Mass Spectrometry Experiments

質量分析実験のためのインフラストラクチャ

194. motifmatchr: Fast Motif Matching in R

Rでの高速モチーフマッチング

195. GENIE3: GEne Network Inference with Ensemble of trees

木のアンサンブルによるGEneネットワーク推論

196. densvis: Density-Preserving Data Visualization via Non-Linear Dimensionality Reduction

非線形次元削減による密度保存型データの可視化

197. decoupleR: Package to decouple gene sets from statistics

遺伝子セットと統計を切り離すパッケージ

198. ANCOMBC: Analysis of compositions of microbiomes with bias correction

バイアス補正を用いたマイクロバイオーム組成物の解析

199. Nebulosa: Single-Cell Data Visualisation Using Kernel Gene-Weighted Density Estimation

カーネル遺伝子重み密度推定を用いた単細胞データの可視化

200. PCAtools: PCAtools: everything Principal Components Analysis

PCAtools：すべて主成分分析

201. ALDEx2: Analysis Of Differential Abundance Taking Sample Variation Into Account

サンプル変動を考慮に入れた微分存在量の分析

202. lumi: BeadArray Specific Methods for Illumina Methylation and Expression Microarrays

イルミナメチル化および発現マイクロアレイのためのBeadArray特異的方法

203. systemPipeR: systemPipeR: NGS workflow and report generation environment

systemPipeR：NGSのワークフローとレポート作成環境

204. chromVAR: Chromatin Variation Across Regions

地域間のクロマチン変動

205. MultiDataSet: Implementation of MultiDataSet and ResultSet

MultiDataSetとResultSetの実装

206. infercnv: Infer Copy Number Variation from Single-Cell RNA-Seq Data

単一細胞RNA配列データからのコピー数変動の推定

207. ropls: PCA, PLS(-DA) and OPLS(-DA) for multivariate analysis and feature selection of omics data

多変量解析およびオミックスデータの特徴選択のためのPCA、PLS（-DA）およびOPLS（-DA）

208. RcisTarget: RcisTarget: Identify transcription factor binding motifs enriched on a gene list

RcisTarget：遺伝子リストに富む転写因子結合モチーフを同定する

209. GenomicFiles: Distributed computing by file or by range

ファイルまたは範囲による分散コンピューティング

210. gcrma: Background Adjustment Using Sequence Information

シーケンス情報を用いた背景調整

210. ggtreeExtra: An R Package To Add Geom Layers On Circular Or Other Layout Tree Of “ggtree”

「ggtree」の円形やその他のレイアウトツリーにGeomレイヤーを追加するRパッケージ

212. plyranges: A fluent interface for manipulating GenomicRanges

GenomicRangesを操作するための流暢なインターフェース

213. flowWorkspace: Infrastructure for representing and interacting with gated and ungated cytometry data sets.

ゲート付きおよびゲートなしのサイトメトリーデータセットを表現し、それと相互作用するためのインフラストラクチャ。

214. ROC: utilities for ROC, with uarray focus

uarrayに焦点を当てたROC用ユーティリティ

215. DiffBind: Differential Binding Analysis of ChIP-Seq Peak Data

ChIP-Seqピークデータの微分結合解析

216. DMRcate: Methylation array and sequencing spatial analysis methods

メチル化アレイおよび配列空間分析法

217. missMethyl: Analysing Illumina HumanMethylation BeadChip Data

Illuminaヒューマンメチル化BeadChipデータの分析

218. ncdfFlow: ncdfFlow: A package that provides HDF5 based storage for flow cytometry data.

ncdfFlow：フローサイトメトリーデータ用のHDF5ベースのストレージを提供するパッケージ。

219. FlowSOM: Using self-organizing maps for visualization and interpretation of cytometry data

サイトメトリーデータの可視化と解釈のための自己組織化マップの使用

220. Glimma: Interactive HTML graphics

インタラクティブHTMLグラフィック

221. alabaster.sce: Load and Save SingleCellExperiment from File

SingleCellExperimentをファイルから読み込んで保存

222. GenomicDataCommons: NIH / NCI Genomic Data Commons Access

NIH / NCIゲノムデータコモンズへのアクセス

223. GreyListChIP: Grey Lists — Mask Artefact Regions Based on ChIP Inputs

グレーリスト – ChIP入力に基づいてアーチファクト領域をマスク

224. tximeta: Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

自動メタデータを使用したトランスクリプト定量化インポート

225. simplifyEnrichment: Simplify Functional Enrichment Results

機能的なエンリッチメントの結果を簡素化

226. ChIPpeakAnno: Batch annotation of the peaks identified from either ChIP-seq, ChIP-chip experiments or any experiments resulted in large number of chromosome ranges

ChIP-seq、ChIP-chip実験またはあらゆる実験から同定されたピークのバッチ注釈

227. GlobalAncova: Global test for groups of variables via model comparisons

モデル比較による変数グループの大域検定

228. bamsignals: Extract read count signals from bam files

BAMファイルから読み取りカウント信号を抽出する

229. flowViz: Visualization for flow cytometry

フローサイトメトリーのための可視化

230. Maaslin2: Maaslin2

マースリン2

231. affyPLM: Methods for fitting probe-level models

プローブレベルモデルの近似方法

232. variancePartition: Quantify and interpret divers of variation in multilevel gene expression experiments

多レベル遺伝子発現実験における変動の多様性の定量化と解釈

233. MungeSumstats: Standardise summary statistics from GWAS

GWASからの要約統計の標準化

234. universalmotif: Import, Modify, and Export Motifs with R

Rを使用したモチーフのインポート、変更、およびエクスポート

235. SeqArray: Data Management of Large-scale Whole-genome Sequence Variant Calls

大規模全ゲノム配列変異体呼び出しのデータ管理

236. RUVSeq: Remove Unwanted Variation from RNA-Seq Data

RNA-Seqデータから不要な変動を取り除く

237. lpsymphony: Symphony integer linear programming solver in R

Rにおける交響整数線形計画法ソルバー

238. wateRmelon: Illumina 450 methylation array normalization and metrics

Illumina 450メチル化アレイの正規化と測定基準

239. RCy3: Functions to Access and Control Cytoscape

Cytoscapeにアクセスして制御するための関数

240. gage: Generally Applicable Gene-set Enrichment for Pathway Analysis

経路解析に一般的に適用可能な遺伝子セット濃縮

241. zinbwave: Zero-Inflated Negative Binomial Model for RNA-Seq Data

RNA ‐ Seqデータのためのゼロ膨張負二項モデル

242. sesame: Tools For Analyzing Illumina Infinium DNA Methylation Arrays

Illumina Infinium DNAメチル化アレイを分析するためのツール

243. ggcyto: Visualize Cytometry data with ggplot

ggplotでサイトメトリーデータを視覚化

244. ChemmineR: Cheminformatics Toolkit for R

R用のCheminformaticsツールキット

244. sangerseqR: Tools for Sanger Sequencing Data in R

Rのサンガーシーケンスデータ用ツール

246. karyoploteR: Plot customizable linear genomes displaying arbitrary data

カスタマイズ可能な線形ゲノムをプロットして任意のデータを表示

247. RaggedExperiment: Representation of Sparse Experiments and Assays Across Samples

サンプル間のスパース実験とアッセイの表現

248. fastseg: fastseg – a fast segmentation algorithm

fastseg – 高速セグメンテーションアルゴリズム

249. celda: CEllular Latent Dirichlet Allocation

細胞潜伏ディリクレ配分

250. DSS: Dispersion shrinkage for sequencing data

シーケンスデータの分散収縮

251. seqPattern: Visualising oligonucleotide patterns and motif occurrences across a set of sorted sequences

一連の分類された配列にわたるオリゴヌクレオチドパターンおよびモチーフの出現を可視化する

252. OmnipathR: Import Omnipath network

Omnipathネットワークをインポートする

253. viper: Virtual Inference of Protein-activity by Enriched Regulon analysis

濃縮レギュロン分析によるタンパク質活性の仮想推論

254. flowClust: Clustering for Flow Cytometry

フローサイトメトリーのためのクラスタリング

255. ChAMP: Chip Analysis Methylation Pipeline for Illumina HumanMethylation450 and EPIC

イルミナのHuman Metthyl450とEPICのチップ分析メチル化パイプライン

256. minet: Mutual Information NETworks

相互情報ネットワーク

257. destiny: Creates diffusion maps

拡散マップを作成します

258. TCGAutils: TCGA utility functions for data management

データ管理用のTCGAユーティリティ関数

259. IHW: Independent Hypothesis Weighting

独立仮説の重み付け

260. EpiDISH: Epigenetic Dissection of Intra-Sample-Heterogeneity

標本内不均一性のエピジェネティック解剖

260. genomation: Summary, annotation and visualization of genomic data

ゲノムデータの要約、注釈および視覚化

262. motifStack: Plot stacked logos for single or multiple DNA, RNA and amino acid sequence

単一または複数のDNA、RNA、アミノ酸配列の積み重ねロゴをプロット

263. methylKit: DNA methylation analysis from high-throughput bisulfite sequencing results

ハイスループットバイサルファイトシークエンシング結果からのDNAメチル化分析

264. beadarray: Quality assessment and low-level analysis for Illumina BeadArray data

Illumina BeadArrayデータの品質評価と低レベル分析

265. rGREAT: Client for GREAT Analysis

GREAT分析用クライアント

266. quantsmooth: Quantile smoothing and genomic visualization of array data

配列データの分位平滑化とゲノム可視化

267. R4RNA: An R package for RNA visualization and analysis

RNAの可視化と解析のためのRパッケージ

268. GWASTools: Tools for Genome Wide Association Studies

ゲノムワイド関連研究のためのツール

269. LEA: LEA: an R package for Landscape and Ecological Association Studies

LEA：景観および生態学的関連研究のためのRパッケージ

270. openCyto: Hierarchical Gating Pipeline for flow cytometry data

フローサイトメトリーデータ用の階層的ゲートパイプライン

271. GenomicScores: Infrastructure to work with genomewide position-specific scores

ゲノムワイドな位置特異的スコアを扱うための基盤

271. scRepertoire: A toolkit for single-cell immune receptor profiling

単細胞免疫受容体プロファイリングのためのツールキット

273. LoomExperiment: LoomExperiment container

LoomExperimentコンテナ

274. GeneOverlap: Test and visualize gene overlaps

重複遺伝子のテストと可視化

275. safe: Significance Analysis of Function and Expression

機能と発現の有意性分析

276. TSCAN: TSCAN: Tools for Single-Cell ANalysis

TSCAN：シングルセル分析用ツール

277. trackViewer: A R/Bioconductor package with web interface for drawing elegant interactive tracks or lollipop plot to facilitate integrated analysis of multi-omics data

マルチオミックスデータの統合分析を容易にするためにエレガントなインタラクティブなトラックやロリポッププロットを描画するためのWebインターフェースを備えたR / Bioconductorパッケージ

278. DEGreport: Report of DEG analysis

DEG分析レポート

279. gwascat: representing and modeling data in the EMBL-EBI GWAS catalog

EMBL-EBI GWASカタログのデータの表現とモデリング

280. chipseq: chipseq: A package for analyzing chipseq data

chipseq：chipseqデータを分析するためのパッケージ

281. NOISeq: Exploratory analysis and differential expression for RNA-seq data

RNA-seqデータの探索的解析と差次的発現

282. EnrichedHeatmap: Making Enriched Heatmaps

強化ヒートマップの作成

283. M3C: Monte Carlo Reference-based Consensus Clustering

モンテカルロ参照に基づくコンセンサスクラスタリング

284. M3Drop: Michaelis-Menten Modelling of Dropouts in single-cell RNASeq

単一細胞RNASeqにおけるドロップアウトのミカエリス – メンテンモデリング

285. DEP: Differential Enrichment analysis of Proteomics data

プロテオミクスデータの示差濃縮分析

285. MotifDb: An Annotated Collection of Protein-DNA Binding Sequence Motifs

蛋白質‐DNA結合配列モチーフの注釈付きコレクション

287. SPIA: Signaling Pathway Impact Analysis (SPIA) using combined evidence of pathway over-representation and unusual signaling perturbations

経路過剰表現と異常なシグナリング摂動の複合証拠を用いたシグナリング経路影響分析（SPIA）

288. CATALYST: Cytometry dATa anALYSis Tools

サイトメトリーデータ分析ツール

289. tradeSeq: trajectory-based differential expression analysis for sequencing data

シーケンスデータの軌跡ベースの微分発現解析

290. ReportingTools: Tools for making reports in various formats

さまざまな形式でレポートを作成するためのツール

291. ballgown: Flexible, isoform-level differential expression analysis

柔軟なアイソフォームレベルの差次的発現分析

292. MOFA2: Multi-Omics Factor Analysis v2

マルチオミックス要因分析v2

293. flowAI: Automatic and interactive quality control for flow cytometry data

フローサイトメトリーデータのための自動およびインタラクティブな品質管理

294. BeadDataPackR: Compression of Illumina BeadArray data

Illumina BeadArrayデータの圧縮

295. lefser: R implementation of the LEfSE method for microbiome biomarker discovery

マイクロバイオームバイオマーカー探索のためのLEfSE法のR実装

296. quantiseqr: Quantification of the Tumor Immune contexture from RNA-seq data

RNA-seqデータからの腫瘍免疫コンテクストの定量化

297. ggmsa: Plot Multiple Sequence Alignment using ‘ggplot2’

「ggplot2」を使った多重配列アライメントのプロット

298. muscat: Multi-sample multi-group scRNA-seq data analysis tools

マルチサンプルマルチグループscRNA-seqデータ分析ツール

299. rrvgo: Reduce + Visualize GO

リデュース＋可視化GO

300. EnrichmentBrowser: Seamless navigation through combined results of set-based and network-based enrichment analysis

セットベースおよびネットワークベースの濃縮分析の結果を組み合わせたシームレスなナビゲーション

300. ggkegg: KEGG pathway visualization by ggplot2

ggplot2によるKEGGパスウェイの可視化

302. TCseq: Time course sequencing data analysis

タイムコースシーケンスデータ解析

303. MSstats: Protein Significance Analysis in DDA, SRM and DIA for Label-free or Label-based Proteomics Experiments

無標識または標識ベースのプロテオミクス実験のためのDDA、SRMおよびDIAにおけるタンパク質有意性分析

304. csaw: ChIP-Seq Analysis with Windows

WindowsによるChIP-Seq解析

305. derfinder: Annotation-agnostic differential expression analysis of RNA-seq data at base-pair resolution via the DER Finder approach

DER Finderアプローチによる塩基対分解能でのRNA配列データのアノテーションにとらわれない示差的発現分析

305. MicrobiotaProcess: an R package for analysis, visualization and biomarker discovery of microbiome

マイクロバイオームの解析、可視化、バイオマーカー発見のためのRパッケージ

307. AnVIL: Bioconductor on the AnVIL compute environment

AnVIL計算環境のバイオインダクター

308. derfinderHelper: derfinder helper package

derfinderヘルパーパッケージ

309. RTCGAToolbox: A new tool for exporting TCGA Firehose data

TCGA Firehoseデータをエクスポートするための新しいツール

310. iSEE: Interactive SummarizedExperiment Explorer

インタラクティブ要約実験エクスプローラ

311. scMerge: scMerge: Merging multiple batches of scRNA-seq data

scMerge：scRNA-seqデータの複数のバッチをマージする

312. scds: In-Silico Annotation of Doublets for Single Cell RNA Sequencing Data

単一細胞RNA配列決定データのためのダブレットのインシリコ注釈

313. Heatplus: Heatmaps with row and/or column covariates and colored clusters

行または列、あるいはその両方の共変量とカラークラスタを使ったヒートマップ

314. CAMERA: Collection of annotation related methods for mass spectrometry data

質量分析データのための注釈関連方法の収集

315. RTCGA: The Cancer Genome Atlas Data Integration

癌ゲノムアトラスデータ統合

316. baySeq: Empirical Bayesian analysis of patterns of differential expression in count data

カウントデータにおける差次的発現パターンの経験的ベイズ分析

316. progeny: Pathway RespOnsive GENes for activity inference from gene expression

遺伝子発現からの活性推定のためのPathway RespOnsive GENes

316. UniProt.ws: R Interface to UniProt Web Services

UniProt WebサービスへのRインタフェース

319. annotatr: Annotation of Genomic Regions to Genomic Annotations

ゲノムアノテーションへのゲノムリージョンのアノテーション

320. arrayQualityMetrics: Quality metrics report for microarray data sets

マイクロアレイデータセットの品質メトリクスレポート

320. flowStats: Statistical methods for the analysis of flow cytometry data

フローサイトメトリーデータ解析のための統計的方法

322. SRAdb: A compilation of metadata from NCBI SRA and tools

NCBI SRAとツールからのメタデータの編集

323. MsBackendMgf: Mass Spectrometry Data Backend for Mascot Generic Format (mgf) Files

Mascot Generic Format (mgf)ファイル用の質量分析データバックエンド

324. Rbowtie: R bowtie wrapper

Rボウタイラッパー

325. SeqVarTools: Tools for variant data

バリアントデータ用のツール

326. diffcyt: Differential discovery in high-dimensional cytometry via high-resolution clustering

高分解能クラスタリングによる高次元サイトメトリーにおける示差的発見

327. CytoML: A GatingML Interface for Cross Platform Cytometry Data Sharing

クロスプラットフォームサイトメトリーデータ共有のためのGatingMLインタフェース

328. TOAST: Tools for the analysis of heterogeneous tissues

異種組織の分析のためのツール

329. Rdisop: Decomposition of Isotopic Patterns

同位体パターンの分解

329. splatter: Simple Simulation of Single-cell RNA Sequencing Data

シングルセルRNAシーケンスデータの簡単なシミュレーション

331. cmapR: CMap Tools in R

R の CMap ツール

331. MSstatsConvert: Import Data from Various Mass Spectrometry Signal Processing Tools to MSstats Format

各種質量分析信号処理ツールからMSstatsフォーマットへのデータのインポート

333. miloR: Differential neighbourhood abundance testing on a graph

グラフ上でのDifferential neighbourhood abundanceテスト

334. escape: Easy single cell analysis platform for enrichment

濃縮のための簡単なシングルセル分析プラットフォーム

335. ArrayExpress: Access the ArrayExpress Microarray Database at EBI and build Bioconductor data structures: ExpressionSet, AffyBatch, NChannelSet

EBIのArrayExpress Microarray Databaseにアクセスして、Bioconductorデータ構造を作成します。ExpressionSet、AffyBatch、NChannelSet

336. rols: An R interface to the Ontology Lookup Service

オントロジー検索サービスへのRインターフェース

337. iClusterPlus: Integrative clustering of multi-type genomic data

多型ゲノムデータの統合的クラスタリング

338. scde: Single Cell Differential Expression

単細胞ディファレンシャル発現

339. Icens: NPMLE for Censored and Truncated Data

打ち切りおよび打ち切りデータ用のNPMLE

340. BumpyMatrix: Bumpy Matrix of Non-Scalar Objects

Non-Scalarな物体のBumpy Matrix

341. MLInterfaces: Uniform interfaces to R machine learning procedures for data in Bioconductor containers

Bioconductorコンテナ内のデータに対するR機械学習手順への統一インタフェース

341. qusage: qusage: Quantitative Set Analysis for Gene Expression

qusage：遺伝子発現のための定量的集合分析

343. InteractiveComplexHeatmap: Make Interactive Complex Heatmaps

インタラクティブな複雑なヒートマップの作成

344. GenomicInteractions: R package for handling genomic interaction data

ゲノム相互作用データを扱うためのRパッケージ

345. Organism.dplyr: dplyr-based Access to Bioconductor Annotation Resources

バイオコンダクターアノテーションリソースへのdplyrベースのアクセス

346. piano: Platform for integrative analysis of omics data

オミックスデータの統合分析のためのプラットフォーム

347. affycoretools: Functions useful for those doing repetitive analyses with Affymetrix GeneChips

Affymetrix GeneChipで繰り返し解析をする人にとって便利な機能

348. ATACseqQC: ATAC-seq Quality Control

ATAC-seq品質管理

349. muscle: Multiple Sequence Alignment with MUSCLE

MUSCLEによる複数配列アライメント

350. GeomxTools: NanoString GeoMx Tools

NanoString GeoMx Tools

350. pcaExplorer: Interactive Visualization of RNA-seq Data Using a Principal Components Approach

主成分分析法を用いたRNAシーケンスデータの対話型可視化

352. CGHbase: CGHbase: Base functions and classes for arrayCGH data analysis.

CGHbase：arrayCGHデータ解析のための基本関数とクラス

352. NanoStringNCTools: NanoString nCounter Tools

NanoString nCounterツール

354. eds: eds: Low-level reader for Alevin EDS format

eds: Alevin EDSフォーマット用ローレベルリーダー

355. recount: Explore and download data from the recount project

recountプロジェクトからデータを調べてダウンロードする

355. rWikiPathways: rWikiPathways – R client library for the WikiPathways API

rWikiPathways – WikiPathways API用のRクライアントライブラリ

357. soGGi: Visualise ChIP-seq, MNase-seq and motif occurrence as aggregate plots Summarised Over Grouped Genomic Intervals

ChIP-seq、MNase-seq、およびモチーフの出現を集約プロットとして視覚化する

358. EBSeq: An R package for gene and isoform differential expression analysis of RNA-seq data

RNA-seqデータの遺伝子およびアイソフォームの差次的発現分析のためのRパッケージ

358. GENESIS: GENetic EStimation and Inference in Structured samples (GENESIS): Statistical methods for analyzing genetic data from samples with population structure and/or relatedness

構造化サンプルにおける遺伝的推定および推論（GENESIS）：母集団構造および/または関連性を持つサンプルからの遺伝的データを分析するための統計的方法

360. ChIPQC: Quality metrics for ChIPseq data

ChIPseqデータの品質指標

361. rGADEM: de novo motif discovery

新しいモチーフの発見

362. HMMcopy: Copy number prediction with correction for GC and mappability bias for HTS data

GCの補正とHTSデータのマッピング可能性バイアスによるコピー数予測

362. mbkmeans: Mini-batch K-means Clustering for Single-Cell RNA-seq

単一細胞RNA配列のためのミニバッチK平均クラスタリング

362. MsBackendMsp: Mass Spectrometry Data Backend for NIST msp Files

NIST mspファイル用質量分析データバックエンド

365. sparrow: Take command of set enrichment analyses through a unified interface

統一されたインターフェースで、セットのエンリッチメント解析を指揮する

366. supraHex: supraHex: a supra-hexagonal map for analysing tabular omics data

supraHex：表形式のオミクスデータを分析するための超六角形マップ

367. QuasR: Quantify and Annotate Short Reads in R

Rでの短い読み取りの数量化と注釈付け

368. cBioPortalData: Exposes and makes available data from the cBioPortal web resources

cBioPortalのウェブリソースからデータを公開し、利用可能にします。

369. AIMS: AIMS : Absolute Assignment of Breast Cancer Intrinsic Molecular Subtype

AIMS：乳がんの内因性分子サブタイプの絶対割り当て

370. CGHcall: Calling aberrations for array CGH tumor profiles.

アレイCGH腫ようプロファイルのための呼び出し異常

371. SC3: Single-Cell Consensus Clustering

シングルセルコンセンサスクラスタリング

372. cancerclass: Development and validation of diagnostic tests from high-dimensional molecular data

高次元分子データからの診断テストの開発と検証

372. mygene: Access MyGene.Info_ services

MyGene.Info_サービスにアクセスする

374. orthogene: Interspecies gene mapping

種間での遺伝子マッピング

375. BiocSet: Representing Different Biological Sets

異なる生物学的セットの表現

376. singleCellTK: Interactive Analysis of Single Cell RNA-Seq Data

単細胞RNA-Seqデータのインタラクティブ解析

376. tidySummarizedExperiment: Brings SummarizedExperiment to the Tidyverse

TidyverseにSummarizedExperimentをもたらす

378. MAGeCKFlute: Integrative analysis pipeline for pooled CRISPR functional genetic screens

プールされたCRISPR機能的遺伝的スクリーニングのための統合分析パイプライン

379. ClassifyR: A framework for cross-validated classification problems, with applications to differential variability and differential distribution testing

交差検定分類問題のためのフレームワーク、微分変動性および微分分布検定への応用

379. QDNAseq: Quantitative DNA sequencing for chromosomal aberrations

染色体異常のための定量的DNA配列決定

379. rpx: R Interface to the ProteomeXchange Repository

ProteomeXchangeリポジトリへのRインタフェース

382. maSigPro: Significant Gene Expression Profile Differences in Time Course Gene Expression Data

経時的遺伝子発現データにおける有意な遺伝子発現プロファイルの違い

383. genefu: Computation of Gene Expression-Based Signatures in Breast Cancer

乳癌における遺伝子発現に基づくサインの計算

384. GOfuncR: Gene ontology enrichment using FUNC

FUNCを用いた遺伝子オントロジー濃縮

384. tidybulk: Friendly tidy wrappers for streamlined bulk transcriptional analysis

効率化されたバルク転写解析のためのフレンドリーな整頓ラッパー

386. AnnotationHubData: Transform public data resources into Bioconductor Data Structures

公開データリソースをBioconductorデータ構造に変換する

386. ChemmineOB: R interface to a subset of OpenBabel functionalities

OpenBabel機能のサブセットへのRインターフェース

386. cytomapper: Visualization of highly multiplexed imaging cytometry data in R

Rでの高度に多重化されたイメージングサイトメトリーデータの可視化

389. PADOG: Pathway Analysis with Down-weighting of Overlapping Genes (PADOG)

重複遺伝子の重み付けを下げた経路解析（PADOG）

390. CoGAPS: Coordinated Gene Activity in Pattern Sets

パターンセットにおける協調的遺伝子活性

391. SGSeq: Splice event prediction and quantification from RNA-seq data

RNA ‐ seqデータからのスプライスイベント予測と定量化

392. miaViz: Microbiome Analysis Plotting and Visualization

マイクロバイオーム解析結果のプロットと可視化

392. MSnID: Utilities for Exploration and Assessment of Confidence of LC-MSn Proteomics Identifications

LC ‐ MSnプロテオミクス同定の信頼性の探査と評価のための有用性

394. multiMiR: Integration of multiple microRNA-target databases with their disease and drug associations

複数のマイクロRNA標的データベースとそれらの疾患および薬物関連性との統合

395. clusterExperiment: Compare Clusterings for Single-Cell Sequencing

シングルセルシーケンスのためのクラスタリングの比較

395. cqn: Conditional quantile normalization

条件付き分位点正規化

395. hopach: Hierarchical Ordered Partitioning and Collapsing Hybrid (HOPACH)

階層的順序分割と折りたたみハイブリッド（HOPACH）

398. ENmix: Data preprocessing and quality control for Illumina HumanMethylation450 and MethylationEPIC BeadChip

Illumina Human Methylization 450およびMethylationEPIC BeadChipのデータ前処理と品質管理

398. GeneTonic: Enjoy Analyzing And Integrating The Results From Differential Expression Analysis And Functional Enrichment Analysis

差動発現解析と機能的エンリッチメント解析からの結果の分析と統合を楽しむ

398. MutationalPatterns: Comprehensive genome-wide analysis of mutational processes

突然変異プロセスの包括的なゲノムワイド解析

401. powerTCR: Model-Based Comparative Analysis of the TCR Repertoire

TCRレパートリーのモデルベース比較分析

402. Repitools: Epigenomic tools

エピゲノムツール

403. RnBeads: RnBeads

RnBeads

404. Rqc: Quality Control Tool for High-Throughput Sequencing Data

ハイスループットシーケンスデータのための品質管理ツール

405. DeconRNASeq: Deconvolution of Heterogeneous Tissue Samples for mRNA-Seq data

mRNA-Seqデータのための異種組織サンプルのデコンボリューション

405. RedeR: Interactive visualization and manipulation of nested networks

ネストネットワークの対話型可視化と操作

407. made4: Multivariate analysis of microarray data using ADE4

ADE4を用いたマイクロアレイデータの多変量解析

408. sigFeature: sigFeature: Significant feature selection using SVM-RFE & t-statistic

sigFeature：SVM-RFEとt統計量を使った重要な特徴選択

409. GenVisR: Genomic Visualizations in R

Rのゲノム可視化

410. lfa: Logistic Factor Analysis for Categorical Data

カテゴリカルデータのロジスティック因子分析

411. annaffy: Annotation tools for Affymetrix biological metadata

Affymetrixの生物学的メタデータのための注釈ツール

411. bambu: Reference-guided isoform reconstruction and quantification for long read RNA-Seq data

ロングリードRNA-Seqデータのためのリファレンスガイドによるアイソフォーム再構成と定量化

411. VennDetail: A package for visualization and extract details

視覚化と抽出の詳細のためのパッケージ

414. iCOBRA: Comparison and Visualization of Ranking and Assignment Methods

ランキングと割り当て方法の比較と視覚化

415. recount3: Explore and download data from the recount3 project

recount3プロジェクトからのデータの探索とダウンロード

416. DRIMSeq: Differential transcript usage and tuQTL analyses with Dirichlet-multinomial model in RNA-seq

RNA配列におけるDirichlet多項モデルを用いた示差転写産物使用法およびtuQTL分析

416. simona: Semantic Similarity in Bio-Ontologies

バイオオントロジーにおける意味的類似性

418. crlmm: Genotype Calling (CRLMM) and Copy Number Analysis tool for Affymetrix SNP 5.0 and 6.0 and Illumina arrays

Affymetrix SNP 5.0および6.0ならびにIlluminaアレイ用の遺伝子型呼び出し（CRLMM）およびコピー数分析ツール

418. scry: Small-Count Analysis Methods for High-Dimensional Data

高次元データの小点数分析法

420. heatmaps: Flexible Heatmaps for Functional Genomics and Sequence Features

機能的ゲノミクスと配列特徴のための柔軟なヒートマップ

421. IsoformSwitchAnalyzeR: An R package to Identify, Annotate and Visualize Alternative Splicing and Isoform Switches with Functional Consequences (from RNA-seq data)

機能的帰結を伴うオルタナティブスプライシングおよびアイソフォームスイッチを同定、注釈および可視化するためのRパッケージ（RNA配列データから）

422. ctc: Cluster and Tree Conversion.

クラスタとツリーの変換

423. satuRn: Scalable Analysis of Differential Transcript Usage for Bulk and Single-Cell RNA-sequencing Applications

バルクおよびシングルセルRNAシーケンスアプリケーションのための転写物使用量の差のスケーラブルな分析

424. countsimQC: Compare Characteristic Features of Count Data Sets

カウントデータセットの特徴の比較

424. flowDensity: Sequential Flow Cytometry Data Gating

逐次フローサイトメトリーデータゲーティング

426. BayesSpace: Clustering and Resolution Enhancement of Spatial Transcriptomes

空間トランスクリプトームのクラスタリングと解像度向上

426. CAGEr: Analysis of CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) sequencing data for precise mapping of transcription start sites and promoterome mining

転写開始部位とプロモーターマイニングの正確なマッピングのためのCAGE（Cap Analysis of Gene Expression）配列決定データの解析

426. hpar: Human Protein Atlas in R

Rにおけるヒトタンパク質アトラス

426. SPOTlight: `SPOTlight`: Spatial Transcriptomics Deconvolution

SPOTlight`: 空間トランスクリプトミクスデコンボリューション

430. DEqMS: a tool to perform statistical analysis of differential protein expression for quantitative proteomics data.

定量的プロテオミクスデータのための示差的タンパク質発現の統計的分析を行うためのツール。

430. DEsingle: DEsingle for detecting three types of differential expression in single-cell RNA-seq data

単一細胞RNA配列データにおける3種類の差次的発現を検出するためのDEsingle

430. pvca: Principal Variance Component Analysis (PVCA)

主成分分散成分分析（PVCA）

430. RankProd: Rank Product method for identifying differentially expressed genes with application in meta-analysis

メタアナリシスに応用した差次的に発現された遺伝子を同定するためのランクプロダクト法

434. msmsEDA: Exploratory Data Analysis of LC-MS/MS data by spectral counts

スペクトルカウントによるLC-MS / MSデータの探索的データ分析

435. msmsTests: LC-MS/MS Differential Expression Tests

LC-MS / MSディファレンシャル発現試験

436. bioDist: Different distance measures

さまざまな距離測定

437. EWCE: Expression Weighted Celltype Enrichment

Expression Weighted Celltype Enrichment

438. BioNet: Routines for the functional analysis of biological networks

生物学的ネットワークの機能解析のためのルーチン

438. pRoloc: A unifying bioinformatics framework for spatial proteomics

空間プロテオミクスのための統一バイオインフォマティクスフレームワーク

440. GEOmetadb: A compilation of metadata from NCBI GEO

NCBI GEOからのメタデータの編集

441. Rbowtie2: An R Wrapper for Bowtie2 and AdapterRemoval

Bowtie2およびAdapterRemoval用のRラッパー

442. MetaboAnnotation: Utilities for Annotation of Metabolomics Data

メタボロミクスデータのアノテーションのためのユーティリティ

443. decontX: Decontamination of single cell genomics data

シングルセルゲノミクスデータの汚染除去

443. MSstatsTMT: Protein Significance Analysis in shotgun mass spectrometry-based proteomic experiments with tandem mass tag (TMT) labeling

タンデム質量タグ（TMT）標識を用いたショットガン質量分析に基づくプロテオーム実験における蛋白質有意性分析

445. CoreGx: Classes and Functions to Serve as the Basis for Other ‘Gx’ Packages

他の ‘Gx’ パッケージの基礎となるクラスと関数

445. ggmanh: Visualization Tool for GWAS Result

GWAS結果の可視化ツール

447. ExperimentHubData: Add resources to ExperimentHub

ExperimentHubにリソースを追加する

447. TCC: TCC: Differential expression analysis for tag count data with robust normalization strategies

TCC：ロバスト正規化戦略によるタグカウントデータのための示差発現分析

449. quantro: A test for when to use quantile normalization

分位点正規化をいつ使用するかのテスト

450. biocGraph: Graph examples and use cases in Bioinformatics

バイオインフォマティクスのグラフ例と使用例

450. cummeRbund: Analysis, exploration, manipulation, and visualization of Cufflinks high-throughput sequencing data.

カフスリンクのハイスループットシークエンシングデータの分析、探査、操作、および視覚化。

450. EGSEA: Ensemble of Gene Set Enrichment Analyses

遺伝子セット濃縮解析のアンサンブル

450. mogsa: Multiple omics data integrative clustering and gene set analysis

多重オミックスデータ統合的クラスタリングと遺伝子セット分析

454. biocthis: Automate package and project setup for Bioconductor packages

Bioconductorパッケージのパッケージとプロジェクトのセットアップを自動化

454. fishpond: Fishpond: differential transcript and gene expression with inferential replicates

魚応答：推論的複製を用いた示差的転写産物および遺伝子発現

456. fmcsR: Mismatch Tolerant Maximum Common Substructure Searching

ミスマッチ許容最大共通部分構造検索

457. CAGEfightR: Analysis of Cap Analysis of Gene Expression (CAGE) data using Bioconductor

Bioconductorを使用した遺伝子発現のキャップ分析（CAGE）データの分析

457. Cardinal: A mass spectrometry imaging toolbox for statistical analysis

統計分析のための質量分析イメージングツールボックス

459. BioNERO: Biological Network Reconstruction Omnibus

生物ネットワーク再構築オムニバス

459. gpls: Classification using generalized partial least squares

一般化部分最小二乗法を用いた分類

459. pfamAnalyzeR: Identification of domain isotypes in pfam data

pfamのドメインアイソタイプの同定

462. cicero: Precict cis-co-accessibility from single-cell chromatin accessibility data

単細胞クロマチンアクセシビリティデータからの正確なシス – コ – アクセシビリティ

462. PharmacoGx: Analysis of Large-Scale Pharmacogenomic Data

大規模薬理ゲノム学データの解析

464. demuxmix: Demultiplexing oligo-barcoded scRNA-seq data using regression mixture models

回帰混合モデルを用いたオリゴバーコードscRNA-seqデータの多重化解除

464. imcRtools: Methods for imaging mass cytometry data analysis

イメージングマスサイトメトリーデータの解析方法

466. biobroom: Turn Bioconductor objects into tidy data frames

Bioconductorオブジェクトをきれいなデータフレームに変換

466. CompoundDb: Creating and Using (Chemical) Compound Annotation Databases

化合物アノテーションデータベースの作成と利用

466. PeacoQC: Peak-based selection of high quality cytometry data

高品質なサイトメトリーデータのピークベースの選択

466. profileplyr: Visualization and annotation of read signal over genomic ranges with profileplyr

profileplyrによるゲノム範囲にわたる読み取りシグナルの可視化と注釈

466. RBioFormats: R interface to Bio-Formats

バイオフォーマットへのRインターフェース

471. speckle: Statistical methods for analysing single cell RNA-seq data

シングルセルRNA-seqデータ解析のための統計的手法

472. hermes: Preprocessing, analyzing, and reporting of RNA-seq data

RNA-seqデータの前処理、解析、レポーティング

472. proDA: Differential Abundance Analysis of Label-Free Mass Spectrometry Data

ラベルフリー質量分析データの示差存在量分析

472. synergyfinder: Calculate and Visualize Synergy Scores for Drug Combinations

薬物併用の相乗効果スコアを計算して可視化する

472. TissueEnrich: Tissue-specific gene enrichment analysis

組織特異的遺伝子濃縮解析

476. DEFormats: Differential gene expression data formats converter

差次的遺伝子発現データフォーマットコンバータ

476. ReactomeGSA: Client for the Reactome Analysis Service for comparative multi-omics gene set analysis

比較マルチオミクス遺伝子セット分析用のReactome Analysis Serviceのクライアント

476. VanillaICE: A Hidden Markov Model for high throughput genotyping arrays

ハイスループットジェノタイピングアレイのための隠れマルコフモデル

479. animalcules: Interactive microbiome analysis toolkit

対話型マイクロバイオーム分析ツールキット

479. bugsigdbr: R-side access to published microbial signatures from BugSigDB

R側からBugSigDBで公開されている微生物シグネチャーにアクセス可能

479. memes: motif matching, comparison, and de novo discovery using the MEME Suite

MEME Suiteを用いたモチーフマッチング、比較、およびde novo discovery

482. GWENA: Pipeline for augmented co-expression analysis

拡張共発現解析のためのパイプライン

483. LOLA: Locus overlap analysis for enrichment of genomic ranges

ゲノム範囲の濃縮のための遺伝子座重複分析

483. MeSHDbi: DBI to construct MeSH-related package from sqlite file

sqliteファイルからMeSH関連パッケージを構築するためのDBI

483. scmap: A tool for unsupervised projection of single cell RNA-seq data

単一細胞RNA配列データの教師なし投影のためのツール

486. distinct: distinct: a method for differential analyses via hierarchical permutation tests

別個: 階層的並べ替え検定を用いた差分分析のための手法

486. HiCcompare: HiCcompare: Joint normalization and comparative analysis of multiple Hi-C datasets

HiCcompare：複数のHi-Cデータセットの共同正規化と比較分析

488. plotgardener: Coordinate-Based Genomic Visualization Package for R

Rの座標ベースのゲノム可視化パッケージ

489. scp: Mass Spectrometry-Based Single-Cell Proteomics Data Analysis

質量分析に基づくシングルセルプロテオミクスデータ解析

490. cleaver: Cleavage of Polypeptide Sequences

ポリペプチド配列の切断

490. keggorthology: graph support for KO, KEGG Orthology

KO、KEGG Orthologyのグラフサポート

490. matter: A framework for rapid prototyping with binary data on disk

ディスク上のバイナリデータを用いたラピッドプロトタイピングのためのフレームワーク

493. flowClean: flowClean

フロークリーン

494. tricycle: tricycle: Transferable Representation and Inference of cell cycle

三輪車細胞周期の伝達可能な表現と推論

495. cn.mops: cn.mops – Mixture of Poissons for CNV detection in NGS data

cn.mops – NGSデータにおけるCNV検出のためのPoissonsの混合

496. ROTS: Reproducibility-Optimized Test Statistic

再現性最適化検定統計

496. SingleCellSignalR: Cell Signalling Using Single Cell RNAseq Data Analysis

シングルセルRNAseqデータ解析による細胞シグナル伝達

496. tidySingleCellExperiment: Brings SingleCellExperiment to the Tidyverse

TidyverseにSingleCellExperimentをもたらす

499. GDSArray: Representing GDS files as array-like objects

GDSファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

499. OmicCircos: High-quality circular visualization of omics data

オミックスデータの高品質な円形可視化

499. SeqGSEA: Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) of RNA-Seq Data: integrating differential expression and splicing

RNA ‐ Seqデータの遺伝子セット濃縮分析（GSEA）：差次的発現とスプライシングの統合

502. ontoProc: processing of ontologies of anatomy, cell lines, and so on

解剖学、細胞株などのオントロジーの処理

503. msImpute: Imputation of label-free mass spectrometry peptides

ラベルフリー質量分析ペプチドのインピュテーション

504. aCGH: Classes and functions for Array Comparative Genomic Hybridization data.

アレイ比較ゲノムハイブリダイゼーションデータのクラスと機能

504. dearseq: Differential Expression Analysis for RNA-seq data through a robust variance component test

ロバスト分散成分検定によるRNA-seqデータの差分発現解析

504. HTSFilter: Filter replicated high-throughput transcriptome sequencing data

複製されたハイスループットトランスクリプトームシーケンスデータのフィルタリング

504. ReadqPCR: Read qPCR data

qPCRデータを読み込む

508. GDCRNATools: GDCRNATools: an R/Bioconductor package for integrative analysis of lncRNA, mRNA, and miRNA data in GDC

GDCRNATools：GDCでのlncRNA、mRNA、およびmiRNAデータの統合分析のためのR / Bioconductorパッケージ

509. arrayQuality: Assessing array quality on spotted arrays

スポットアレイのアレイ品質の評価

509. ExploreModelMatrix: Graphical Exploration of Design Matrices

デザインマトリクスのグラフィカルな探究

509. OmaDB: R wrapper for the OMA REST API

OMA REST APIのRラッパー

512. ExpressionAtlas: Download datasets from EMBL-EBI Expression Atlas

EMBL-EBI Expression Atlasからデータセットをダウンロードする

513. chromPlot: Global visualization tool of genomic data

ゲノムデータのグローバル可視化ツール

513. ELMER: Inferring Regulatory Element Landscapes and Transcription Factor Networks Using Cancer Methylomes

癌メチロームを用いた調節要素ランドスケープおよび転写因子ネットワークの推論

513. microRNA: Data and functions for dealing with microRNAs

マイクロRNAを取り扱うためのデータと機能

516. GLAD: Gain and Loss Analysis of DNA

DNAの損益分析

516. SpatialDecon: Deconvolution of mixed cells from spatial and/or bulk gene expression data

空間・バルク遺伝子発現データからの混合細胞のデコンボリューション

516. spatialHeatmap: spatialHeatmap

空間ヒートマップ

519. mosaics: MOSAiCS (MOdel-based one and two Sample Analysis and Inference for ChIP-Seq)

MOSAiCS（MOIPベースの1サンプルと2サンプルの分析とChIP-Seqの推論）

520. DEGseq: Identify Differentially Expressed Genes from RNA-seq data

RNA配列データから差次的に発現される遺伝子を同定する

520. StructuralVariantAnnotation: Variant annotations for structural variants

構造バリアントのバリアントアノテーション

522. LBE: Estimation of the false discovery rate.

誤発見率の推定

522. sangeranalyseR: sangeranalyseR: a suite of functions for the analysis of Sanger sequence data in R

sangeranalyseR: Rでのサンガー配列データ解析のための関数群

524. ggspavis: Visualization functions for spatially resolved transcriptomics data

空間的に分解されたトランスクリプトミクスデータの可視化機能

524. glmSparseNet: Network Centrality Metrics for Elastic-Net Regularized Models

Elastic Net正則化モデルのためのネットワーク中心性メトリクス

524. metaMS: MS-Based Metabolomics Annotation Pipeline

MSベースのメタボロミクスアノテーションパイプライン

527. Banksy: Spatial transcriptomic clustering

空間トランスクリプトーム・クラスタリング

527. BUSpaRse: kallisto | bustools R utilities

カリスト| bustools Rユーティリティ

527. RNASeqPower: Sample size for RNAseq studies

RNAseq研究用のサンプルサイズ

527. tRanslatome: Comparison between multiple levels of gene expression

複数レベルの遺伝子発現間の比較

531. CelliD: Unbiased Extraction of Single Cell gene signatures using Multiple Correspondence Analysis

多重コレスポンデンス解析によるシングルセル遺伝子シグネチャの偏りのない抽出

531. PPInfer: Inferring functionally related proteins using protein interaction networks

タンパク質相互作用ネットワークを用いた機能的に関連したタンパク質の推論

533. makecdfenv: CDF Environment Maker

CDF環境メーカー

533. PWMEnrich: PWM enrichment analysis

PWMエンリッチメント解析

535. IPO: Automated Optimization of XCMS Data Processing parameters

XCMSデータ処理パラメータの自動最適化

535. Rhisat2: R Wrapper for HISAT2 Aligner

HISAT2アライナ用Rラッパー

535. RTN: Reconstruction of transcriptional networks and analysis of master regulators

転写ネットワークの再構築とマスターレギュレーターの解析

535. seq2pathway: a novel tool for functional gene-set (or termed as pathway) analysis of next-generation sequencing data

次世代シークエンシングデータの機能的遺伝子セット（または経路と呼ばれる）分析のための新しいツール

539. planet: Placental DNA methylation analysis tools

胎盤のDNAメチル化解析ツール

540. NormalyzerDE: Evaluation of normalization methods and calculation of differential expression analysis statistics

正規化法の評価と差次的発現分析統計の計算

540. phantasus: Visual and interactive gene expression analysis

視覚的およびインタラクティブな遺伝子発現解析

542. conumee: Enhanced copy-number variation analysis using Illumina DNA methylation arrays

Illumina DNAメチル化アレイを用いた増強コピー数変動分析

542. NormqPCR: Functions for normalisation of RT-qPCR data

RT-qPCRデータの正規化機能

544. BiRewire: High-performing routines for the randomization of a bipartite graph (or a binary event matrix), undirected and directed signed graph preserving degree distribution (or marginal totals)

2部グラフ（または2値事象行列）、無向および有向符号付きグラフ保存次数分布（または周辺合計）のランダム化のための高性能ルーチン

544. fabia: FABIA: Factor Analysis for Bicluster Acquisition

FABIA：バイクラスター獲得のための因子分析

544. stageR: stageR: stage-wise analysis of high throughput gene expression data in R

stageR：Rにおけるハイスループット遺伝子発現データの段階的分析

544. tracktables: Build IGV tracks and HTML reports

IGVトラックとHTMLレポートを作成する

548. hipathia: HiPathia: High-throughput Pathway Analysis

HiPathia：ハイスループット経路解析

548. motifbreakR: A Package For Predicting The Disruptiveness Of Single Nucleotide Polymorphisms On Transcription Factor Binding Sites

転写因子結合部位における一塩基多型の破壊性を予測するためのパッケージ

548. SpatialFeatureExperiment: Integrating SpatialExperiment with Simple Features in sf

sfのSpatialExperimentとSimple Featuresの統合

548. splots: Visualization of high-throughput assays in microtitre plate or slide format

マイクロタイタープレートまたはスライドフォーマットでのハイスループットアッセイの可視化

552. coRdon: Codon Usage Analysis and Prediction of Gene Expressivity

コドン使用分析および遺伝子発現性の予測

552. dmrseq: Detection and inference of differentially methylated regions from Whole Genome Bisulfite Sequencing

全ゲノム亜硫酸水素塩配列決定からの異なってメチル化された領域の検出と推論

552. POMA: User-friendly Workflow for Pre-processing and Statistical Analysis of Mass Spectrometry Data

質量分析データの前処理と統計解析のためのユーザーフレンドリーなワークフロー

555. HilbertVis: Hilbert curve visualization

ヒルベルト曲線の可視化

555. SEtools: SEtools: tools for working with SummarizedExperiment

SEtools：SummarizedExperimentを操作するためのツール

557. omicade4: Multiple co-inertia analysis of omics datasets

オミックスデータセットの多重共慣性解析

558. OUTRIDER: OUTRIDER – OUTlier in RNA-Seq fInDER

OUTRIDER – RNA-Seq fInDERの異常値

558. SIMLR: Single-cell Interpretation via Multi-kernel LeaRning (SIMLR)

マルチカーネル学習（SIMLR）による単一セルの解釈

560. doppelgangR: Identify likely duplicate samples from genomic or meta-data

ゲノムデータまたはメタデータから重複する可能性のあるサンプルを特定する

560. drawProteins: Package to Draw Protein Schematics from Uniprot API output

Uniprot APIの出力からProtein Schematicsを描画するためのパッケージ

560. RbcBook1: Support for Springer monograph on Bioconductor

バイオコンダクターのSpringerモノグラフのサポート

560. Voyager: From geospatial to spatial omics

地理空間から空間オミックスへ

564. EBarrays: Unified Approach for Simultaneous Gene Clustering and Differential Expression Identification

同時遺伝子クラスタリングと差次的発現同定のための統一的アプローチ

564. moanin: An R Package for Time Course RNASeq Data Analysis

タイムコースRNASeqデータ解析のためのRパッケージ

566. bnbc: Bandwise normalization and batch correction of Hi-C data

Hi-Cデータのバンドごとの正規化と一括補正

566. PureCN: Copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

標的化短リードシークエンシングを用いたコピー数コーリングとSNV分類

566. qpgraph: Estimation of genetic and molecular regulatory networks from high-throughput genomics data

ハイスループットゲノミクスデータからの遺伝的および分子的調節ネットワークの推定

566. scAnnotatR: Pretrained learning models for cell type prediction on single cell RNA-sequencing data

シングルセルRNAシーケンスデータにおける細胞タイプ予測のための事前学習済み学習モデル

570. AgiMicroRna: Processing and Differential Expression Analysis of Agilent microRNA chips

AgilentマイクロRNAチップのプロセシングと差次的発現解析

570. flowPeaks: An R package for flow data clustering

フローデータクラスタリングのためのRパッケージ

570. genomeIntervals: Operations on genomic intervals

ゲノム間隔に対する操作

573. BiocWorkflowTools: Tools to aid the development of Bioconductor Workflow packages

Bioconductorワークフローパッケージの開発を支援するツール

573. MSstatsPTM: Statistical Characterization of Post-translational Modifications

翻訳後修飾の統計的特徴付け

573. spicyR: Spatial analysis of in situ cytometry data

in situサイトメトリーデータの空間解析

576. AMARETTO: Regulatory Network Inference and Driver Gene Evaluation using Integrative Multi-Omics Analysis and Penalized Regression

統合マルチオミックス解析とペナルティ回帰を用いた規制ネットワーク推論とドライバー遺伝子評価

576. CMA: Synthesis of microarray-based classification

マイクロアレイに基づく分類の合成

576. cosmiq: cosmiq – COmbining Single Masses Into Quantities

cosmiq – 単一の質量を量に合わせる

576. sechm: sechm: Complex Heatmaps from a SummarizedExperiment

sechm SummarizedExperimentからの複雑なヒートマップの作成

576. SomaticSignatures: Somatic Signatures

体性のある署名

581. GeoTcgaData: Processing Various Types of Data on GEO and TCGA

GEOとTCGAで様々な種類のデータを処理

581. HiTC: High Throughput Chromosome Conformation Capture analysis

ハイスループット染色体コンフォメーション捕獲分析

581. MethylSeekR: Segmentation of Bis-seq data

Bis-seqデータのセグメンテーション

581. monaLisa: Binned Motif Enrichment Analysis and Visualization

ビニングされたモチーフの濃縮分析と視覚化

581. ROntoTools: R Onto-Tools suite

R Onto-Toolsスイート

581. scTGIF: Cell type annotation for unannotated single-cell RNA-Seq data

注釈なしの単一細胞RNA-Seqデータの細胞タイプ注釈

587. rBiopaxParser: Parses BioPax files and represents them in R

BioPaxファイルを解析してRで表します

587. SeqSQC: A bioconductor package for sample quality check with next generation sequencing data

次世代シークエンシングデータによるサンプル品質チェックのためのバイオコンダクタパッケージ

589. Linnorm: Linear model and normality based transformation method (Linnorm)

線形モデルと正規性ベースの変換方法（Linnorm）

589. sSeq: Shrinkage estimation of dispersion in Negative Binomial models for RNA-seq experiments with small sample size

サンプルサイズが小さいRNAシーケンス実験のための負の二項モデルにおける分散の収縮推定

591. ADAM: ADAM: Activity and Diversity Analysis Module

ADAM：活動および多様性分析モジュール

591. methylclock: Methylclock – DNA methylation-based clocks

Methylclock – DNAメチル化ベースの時計

591. philr: Phylogenetic partitioning based ILR transform for metagenomics data

メタゲノミクスデータのための系統分類に基づくILR変換

591. rawrr: Direct Access to Orbitrap Data and Beyond

Orbitrapデータへの直接アクセスとその先

595. ORFik: Open Reading Frames in Genomics

ゲノミクスにおけるオープンリーディングフレーム

596. MAIT: Statistical Analysis of Metabolomic Data

メタボロームデータの統計解析

596. NBAMSeq: Negative Binomial Additive Model for RNA-Seq Data

RNA ‐ Seqデータのための負の二項加法モデル

598. a4Core: Automated Affymetrix Array Analysis Core Package

自動Affymetrixアレイ解析コアパッケージ

599. miRNAtap: miRNAtap: microRNA Targets – Aggregated Predictions

miRNAtap：マイクロRNAターゲット – 集計予測

599. signatureSearch: Environment for Gene Expression Searching Combined with Functional Enrichment Analysis

機能強化分析と組み合わせた遺伝子発現検索環境

599. SPsimSeq: Semi-parametric simulation tool for bulk and single-cell RNA sequencing data

バルクおよびシングルセルRNAシーケンシングデータのためのセミパラメトリックシミュレーションツール

602. flowFP: Fingerprinting for Flow Cytometry

フローサイトメトリーのためのフィンガープリント

602. SBGNview: Overlay omics data onto SBGN pathway diagram

オミクスデータをSBGN経路図にオーバーレイする

604. AssessORF: Assess Gene Predictions Using Proteomics and Evolutionary Conservation

プロテオミクスと進化的保存を用いた遺伝子予測の評価

604. mosdef: MOSt frequently used and useful Differential Expression Functions

MOSt：頻繁に使用される有用な発現差関数

604. msqrob2: Robust statistical inference for quantitative LC-MS proteomics

定量的LC-MSプロテオミクスのためのロバストな統計的推論

607. CARNIVAL: A CAusal Reasoning tool for Network Identification (from gene expression data) using Integer VALue programming

整数VALUEプログラミングを用いたネットワーク識別（遺伝子発現データからの）のためのCAusal推論ツール

607. clustifyr: Classifier for Single-cell RNA-seq Using Cell Clusters

細胞クラスターを用いたシングルセルRNA-seqのためのクラシファイア

607. deepSNV: Detection of subclonal SNVs in deep sequencing data.

ディープシーケンシングデータにおけるサブクローンSNVの検出

607. MatrixQCvis: Shiny-based interactive data-quality exploration for omics data

Shinyをベースにした、オミックスデータのための対話的なデータ品質の調査

607. nnSVG: Scalable identification of spatially variable genes in spatially-resolved transcriptomics data

空間分解されたトランスクリプトームデータから空間的に変化する遺伝子をスケーラブルに同定することができます。

612. BSgenomeForge: Forge BSgenome data packages

BSgenomeデータパッケージのフォージ

612. Guitar: Guitar

ギター

612. meshes: MeSH Enrichment and Semantic analyses

MeSHエンリッチメントとセマンティック分析

612. nullranges: Generation of null ranges via bootstrapping or covariate matching

ブートストラッピングや共変量マッチングによるヌルレンジの生成

616. CEMiTool: Co-expression Modules identification Tool

共発現モジュール同定ツール

616. hypergraph: A package providing hypergraph data structures

ハイパーグラフデータ構造を提供するパッケージ

616. ipdDb: IPD IMGT/HLA and IPD KIR database for Homo sapiens

ホモサピエンスのためのIPD IMGT / HLAおよびIPD KIRデータベース

616. PathoStat: PathoStat Statistical Microbiome Analysis Package

PathoStat統計マイクロバイオーム解析パッケージ

616. topconfects: Top Confident Effect Sizes

自信を持って効果的なサイズ

621. a4Base: Automated Affymetrix Array Analysis Base Package

自動Affymetrixアレイ解析ベースパッケージ

621. CellNOptR: Training of boolean logic models of signalling networks using prior knowledge networks and perturbation data

事前知識ネットワークと摂動データを用いたシグナリングネットワークのブール論理モデルの訓練

621. convert: Convert Microarray Data Objects

マイクロアレイデータオブジェクトの変換

621. MouseFM: In-silico methods for genetic finemapping in inbred mice

インシリコ法を用いた近親マウスの遺伝的ファインマップ法の開発

625. a4Preproc: Automated Affymetrix Array Analysis Preprocessing Package

自動Affymetrixアレイ解析前処理パッケージ

625. APL: Association Plots

アソシエーションプロット

625. DNABarcodes: A tool for creating and analysing DNA barcodes used in Next Generation Sequencing multiplexing experiments

次世代シーケンシング多重実験で使用されるDNAバーコードを作成し分析するためのツール

625. MEDIPS: DNA IP-seq data analysis

DNA IPシーケンスデータ解析

625. MMUPHin: Meta-analysis Methods with Uniform Pipeline for Heterogeneity in Microbiome Studies

ミクロビオーム研究における不均一性のための均一パイプラインを用いたメタ分析法

625. SimBu: Simulate Bulk RNA-seq Datasets from Single-Cell Datasets

シングルセルデータセットからバルクRNA-seqデータセットをシミュレートする

625. sSNAPPY: Single Sample directioNAl Pathway Perturbation analYsis

単一サンプル指向性パスウェイ摂動解析

625. tweeDEseq: RNA-seq data analysis using the Poisson-Tweedie family of distributions

Poisson-Tweedie族の分布を用いたRNA-seqデータ解析

633. ccrepe: ccrepe_and_nc.score

ccrepe_and_nc.score

633. coseq: Co-Expression Analysis of Sequencing Data

配列決定データの共発現分析

633. HPAanalyze: Retrieve and analyze data from the Human Protein Atlas

Human Protein Atlasからデータを取得して分析する

633. LACE: Longitudinal Analysis of Cancer Evolution (LACE)

がんの進化の縦断的解析（LACE

633. SamSPECTRAL: Identifies cell population in flow cytometry data.

フローサイトメトリーデータで細胞集団を識別します。

638. dcanr: Differential co-expression/association network analysis

差次的共発現/会合ネットワーク分析

638. pdInfoBuilder: Platform Design Information Package Builder

プラットフォーム設計情報パッケージビルダー

638. qsvaR: Generate Quality Surrogate Variable Analysis for Degradation Correction

劣化補正のための高品質サロゲート変数解析の生成

638. RDRToolbox: A package for nonlinear dimension reduction with Isomap and LLE.

IsomapとLLEによる非線形次元縮小のためのパッケージ。

638. synapter: Label-free data analysis pipeline for optimal identification and quantitation

最適な同定と定量のためのラベルフリーデータ分析パイプライン

643. BRAIN: Baffling Recursive Algorithm for Isotope distributioN calculations

同位体分布計算のためのバッフル再帰アルゴリズム

643. iSEEhub: iSEE for the Bioconductor ExperimentHub

iSEE for the Bioconductor ExperimentHub

643. MLSeq: Machine Learning Interface for RNA-Seq Data

RNA-Seqデータ用の機械学習インタフェース

643. Rarr: Read Zarr Files in R

RでZarrファイルを読み込む

643. Rfastp: An Ultra-Fast and All-in-One Fastq Preprocessor (Quality Control, Adapter, low quality and polyX trimming) and UMI Sequence Parsing).

超高速でオールインワンのFastqプリプロセッサ（品質管理、アダプタ、低品質とpolyXトリミング）とUMIシーケンス解析）。

643. velociraptor: Toolkit for Single-Cell Velocity

シングルセル速度のためのツールキット

649. CardinalIO: Read and write mass spectrometry imaging files

質量分析イメージングファイルの読み書き

650. plier: Implements the Affymetrix PLIER algorithm

Affymetrix PLIERアルゴリズムを実装します

650. regionReport: Generate HTML or PDF reports for a set of genomic regions or DESeq2/edgeR results

一連のゲノム領域またはDESeq2 / edgeR結果についてのHTMLまたはPDFレポートを生成します。

650. tilingArray: Transcript mapping with high-density oligonucleotide tiling arrays

高密度オリゴヌクレオチドタイリングアレイによる転写物マッピング

650. wiggleplotr: Make read coverage plots from BigWig files

BigWigファイルから読み取りカバレッジプロットを作成する

654. bacon: Controlling bias and inflation in association studies using the empirical null distribution

経験的ヌル分布を用いた関連研究におけるバイアスとインフレーションの制御

654. CNTools: Convert segment data into a region by sample matrix to allow for other high level computational analyses.

他の高レベルの計算解析を可能にするために、セグメントデータをサンプル行列によって領域に変換します。

654. easyRNASeq: Count summarization and normalization for RNA-Seq data

RNA-Seqデータの集計と正規化

654. mastR: Markers Automated Screening Tool in R

Rによるマーカー自動スクリーニングツール

654. MLP: MLP

MLP

654. MSPrep: Package for Summarizing, Filtering, Imputing, and Normalizing Metabolomics Data

メタボロミクスデータの要約、フィルタリング、インポート、正規化のためのパッケージ

660. ACME: Algorithms for Calculating Microarray Enrichment (ACME)

マイクロアレイ濃縮度計算のためのアルゴリズム（ACME）

660. qsmooth: Smooth quantile normalization

滑らかな分位点正規化

660. supersigs: Supervised mutational signatures

スーパーバイズド・ミューテーション・シグネチャー

663. BrowserViz: BrowserViz: interactive R/browser graphics using websockets and JSON

BrowserViz：ウェブソケットとJSONを使ったインタラクティブなR /ブラウザグラフィック

663. consICA: consensus Independent Component Analysis

コンセンサス独立成分分析

663. TEKRABber: An R package estimates the correlations of orthologs and transposable elements between two species

2種間のオルソログとトランスポーザブルエレメントの相関を推定するRパッケージ

666. ABSSeq: ABSSeq: a new RNA-Seq analysis method based on modelling absolute expression differences

ABSSeq：絶対発現差のモデリングに基づく新しいRNA ‐ Seq分析法

666. diffcoexp: Differential Co-expression Analysis

示差共発現分析

666. Harman: The removal of batch effects from datasets using a PCA and constrained optimisation based technique

PCAと制約付き最適化に基づく技術を用いたデータセットからのバッチ効果の除去

666. VariantTools: Tools for Exploratory Analysis of Variant Calls

バリアントコールの探索的分析のためのツール

670. flowMeans: Non-parametric Flow Cytometry Data Gating

ノンパラメトリックフローサイトメトリーデータゲーティング

670. Rcpi: Molecular Informatics Toolkit for Compound-Protein Interaction in Drug Discovery

創薬における化合物 – タンパク質相互作用のための分子情報ツールキット

670. rsbml: R support for SBML, using libsbml

libsbmlを使用したSBMLのRサポート

673. CRISPRseek: Design of target-specific guide RNAs in CRISPR-Cas9, genome-editing systems

CRISPR-Cas9、ゲノム編集システムにおける標的特異的ガイドRNAの設計

673. frma: Frozen RMA and Barcode

冷凍RMAとバーコード

673. normr: Normalization and difference calling in ChIP-seq data

ChIP-seqデータにおける正規化と差分呼び出し

673. PDATK: Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Tool-Kit

膵臓腺癌ツールキット

673. SCAN.UPC: Single-channel array normalization (SCAN) and Universal exPression Codes (UPC)

シングルチャンネルアレイ正規化（SCAN）とユニバーサルエクスプレッションコード（UPC）

678. affycomp: Graphics Toolbox for Assessment of Affymetrix Expression Measures

Affymetrix発現測定の評価のためのグラフィックスツールボックス

678. affylmGUI: GUI for limma Package with Affymetrix Microarrays

Affymetrixマイクロアレイを備えたlimmaパッケージ用のGUI

678. iCARE: A Tool for Individualized Coherent Absolute Risk Estimation (iCARE)

個別化コヒーレント絶対リスク推定（iCARE）のためのツール

678. openPrimeR: Multiplex PCR Primer Design and Analysis

マルチプレックスPCRプライマー設計および分析

682. BiocPkgTools: Collection of simple tools for learning about Bioc Packages

Biocパッケージについて学ぶためのシンプルなツール集

682. chipenrich: Gene Set Enrichment For ChIP-seq Peak Data

ChIP-seqピークデータのための遺伝子セット濃縮

682. epivizr: R Interface to epiviz web app

epiviz WebアプリへのRインターフェース

682. megadepth: megadepth: BigWig and BAM related utilities

メガデプスBigWigとBAM関連のユーティリティ

682. mgsa: Model-based gene set analysis

モデルベース遺伝子セット解析

682. ncGTW: Alignment of LC-MS Profiles by Neighbor-wise Compound-specific Graphical Time Warping with Misalignment Detection

LC-MSプロファイルのアライメントは、アライメントのずれを検出したネイバーワイズ化合物固有のグラフィカルタイムワーピングによる。

682. RMassBank: Workflow to process tandem MS files and build MassBank records

タンデムMSファイルを処理し、MassBankレコードを構築するためのワークフロー

689. multiGSEA: Combining GSEA-based pathway enrichment with multi omics data integration

GSEAベースのパスウェイエンリッチメントとマルチオミックスデータ統合の組み合わせ

689. QSutils: Quasispecies Diversity

準種の多様性

689. rBLAST: R Interface for the Basic Local Alignment Search Tool

基本的なローカルアライメント検索ツールのRインターフェース

689. rTRM: Identification of transcriptional regulatory modules from PPI networks

PPIネットワークからの転写調節モジュールの同定

689. scDD: Mixture modeling of single-cell RNA-seq data to identify genes with differential distributions

分布の異なる遺伝子を同定するための単一細胞RNAシーケンスデータの混合モデリング

694. FELLA: Interpretation and enrichment for metabolomics data

メタボロミクスデータの解釈と濃縮

694. gmapR: An R interface to the GMAP/GSNAP/GSTRUCT suite

GMAP / GSNAP / GSTRUCTスイートへのRインターフェース

694. lisaClust: lisaClust: Clustering of Local Indicators of Spatial Association

lisaClust 空間的な関連性を示す局所指標のクラスタリング

694. snm: Supervised Normalization of Microarrays

マイクロアレイの教師付き正規化

694. trio: Testing of SNPs and SNP Interactions in Case-Parent Trio Studies

症例 – 親トリオ研究におけるSNPおよびSNP相互作用の試験

699. affyContam: structured corruption of affymetrix cel file data

affymetrix celファイルデータの構造化された破損

699. gtrellis: Genome Level Trellis Layout

ゲノムレベルトレリスレイアウト

699. puma: Propagating Uncertainty in Microarray Analysis(including Affymetrix tranditional 3′ arrays and exon arrays and Human Transcriptome Array 2.0)

マイクロアレイ解析における不確実性の伝播（Affymetrix tranditional 3 ‘arrayおよびexon array、Human Transcriptome Array 2.0を含む）

699. rebook: Re-using Content in Bioconductor Books

バイオインダクターの書籍でコンテンツを再利用する

699. standR: Spatial transcriptome analyses of Nanostring’s DSP data in R

ナノストリング社のDSPデータの空間トランスクリプトーム解析（Rによる

704. goProfiles: goProfiles: an R package for the statistical analysis of functional profiles

goProfiles：機能プロファイルの統計解析用のRパッケージ

704. miRBaseConverter: A comprehensive and high-efficiency tool for converting and retrieving the information of miRNAs in different miRBase versions

異なるmiRBaseバージョンのmiRNAの情報を変換および取得するための包括的で高効率のツール

706. chihaya: Save Delayed Operations to a HDF5 File

遅延操作のHDF5ファイルへの保存

706. flowMerge: Cluster Merging for Flow Cytometry Data

フローサイトメトリーデータのためのクラスタ併合

706. HIBAG: HLA Genotype Imputation with Attribute Bagging

属性バギングを用いたHLA遺伝子型の代入

706. schex: Hexbin plots for single cell omics data

単一セルオミックスデータのHexbinプロット

706. struct: Statistics in R Using Class-based Templates

クラスベースのテンプレートを使ったRの統計

711. BicARE: Biclustering Analysis and Results Exploration

バイクラスタリング分析と結果の調査

711. diffHic: Differential Analyis of Hi-C Data

Hi-Cデータの微分解析

711. HybridMTest: Hybrid Multiple Testing

ハイブリッドマルチテスト

711. meshr: Tools for conducting enrichment analysis of MeSH

MeSHの濃縮分析を行うためのツール

715. BioQC: Detect tissue heterogeneity in expression profiles with gene sets

遺伝子セットを用いて発現プロファイルの組織不均一性を検出

715. DAPAR: Tools for the Differential Analysis of Proteins Abundance with R

Rとのタンパク質存在量の示差分析のためのツール

715. DrugVsDisease: Comparison of disease and drug profiles using Gene set Enrichment Analysis

遺伝子セット濃縮分析を用いた疾患と薬物プロファイルの比較

715. dupRadar: Assessment of duplication rates in RNA-Seq datasets

RNA-Seqデータセットにおける重複率の評価

715. girafe: Genome Intervals and Read Alignments for Functional Exploration

機能探索のためのゲノム間隔とリードアラインメント

715. HiCBricks: Framework for Storing and Accessing Hi-C Data Through HDF Files

HDFファイルを介したHi-Cデータの保存とアクセスのためのフレームワーク

715. SGCP: SGCP: A semi-supervised pipeline for gene clustering using self-training approach in gene co-expression networks

SGCP: 遺伝子共発現ネットワークにおける自己学習アプローチを用いた遺伝子クラスタリングのための半教師付きパイプライン

715. shinyMethyl: Interactive visualization for Illumina methylation arrays

Illuminaメチル化アレイ用の対話型可視化

715. SIAMCAT: Statistical Inference of Associations between Microbial Communities And host phenoTypes

微生物群集と宿主表現型の間の関連の統計的推論

715. snifter: R wrapper for the python openTSNE library

python openTSNEライブラリのRラッパー

715. zFPKM: A suite of functions to facilitate zFPKM transformations

zFPKM変換を容易にするための一連の機能

726. ABarray: Microarray QA and statistical data analysis for Applied Biosystems Genome Survey Microrarray (AB1700) gene expression data.

Applied Biosystems Genome Survey Microrarray（AB1700）遺伝子発現データのためのマイクロアレイQAおよび統計データ分析。

726. CellBench: Construct Benchmarks for Single Cell Analysis Methods

単細胞分析法のベンチマーク構築

726. ddCt: The ddCt Algorithm for the Analysis of Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR)

定量的リアルタイムPCR（qRT-PCR）の分析のためのddCtアルゴリズム

726. GeneMeta: MetaAnalysis for High Throughput Experiments

ハイスループット実験のためのメタアナリシス

726. geNetClassifier: Classify diseases and build associated gene networks using gene expression profiles

遺伝子発現プロファイルを使用して疾患を分類し、関連遺伝子ネットワークを構築する

726. kebabs: Kernel-Based Analysis Of Biological Sequences

生物学的配列の核に基づく分析

726. MWASTools: MWASTools: an integrated pipeline to perform metabolome-wide association studies

MWASTools：メタボロームワイド関連研究を行うための統合パイプライン

726. ssize: Estimate Microarray Sample Size

マイクロアレイサンプルサイズの推定

734. a4: Automated Affymetrix Array Analysis Umbrella Package

自動Affymetrixアレイ解析アンブレラパッケージ

734. annotationTools: Annotate microarrays and perform cross-species gene expression analyses using flat file databases.

フラットファイルデータベースを使用してマイクロアレイに注釈を付け、異種間遺伝子発現解析を実施する。

734. ChIPseqR: Identifying Protein Binding Sites in High-Throughput Sequencing Data

ハイスループットシーケンスデータにおけるタンパク質結合部位の同定

734. HiCExperiment: Bioconductor class for interacting with Hi-C files in R

RでHi-Cファイルを操作するためのBioconductorクラス

734. panp: Presence-Absence Calls from Negative Strand Matching Probesets

マイナス鎖マッチングプローブセットからの不在呼び出し

734. QUBIC: An R package for qualitative biclustering in support of gene co-expression analyses

遺伝子共発現解析を支援する定性的バイクラスタリングのためのRパッケージ

734. vbmp: Variational Bayesian Multinomial Probit Regression

変分ベイズ多項プロビット回帰

734. Xeva: Analysis of patient-derived xenograft (PDX) data

患者由来異種移植片（PDX）データの分析

742. codelink: Manipulation of Codelink microarray data

Codelinkマイクロアレイデータの操作

742. cola: A Framework for Consensus and Hierarchical Partitioning

合意と階層的分割のためのフレームワーク

742. crisprScore: On-Target and Off-Target Scoring Algorithms for CRISPR gRNAs

CRISPR gRNA の On-Target および Off-Target スコアリングアルゴリズム

742. isomiRs: Analyze isomiRs and miRNAs from small RNA-seq

small RNA-seqからisomiRとmiRNAを分析

742. methylGSA: Gene Set Analysis Using the Outcome of Differential Methylation

示差メチル化の結果を用いた遺伝子セット分析

742. plgem: Detect differential expression in microarray and proteomics datasets with the Power Law Global Error Model (PLGEM)

べき乗則グローバルエラーモデル（PLGEM）を用いてマイクロアレイおよびプロテオミクスデータセットにおける差次的発現を検出する

748. ASSIGN: Adaptive Signature Selection and InteGratioN (ASSIGN)

適応型シグネチャ選択と統合（ASSIGN）

748. cghMCR: Find chromosome regions showing common gains/losses

一般的な増減を示す染色体領域を見つける

748. phenoTest: Tools to test association between gene expression and phenotype in a way that is efficient, structured, fast and scalable. We also provide tools to do GSEA (Gene set enrichment analysis) and copy number variation.

効率的で構造化された、高速でスケーラブルな方法で遺伝子発現と表現型の間の関連性をテストするためのツール。また、GSEA（遺伝子セット濃縮解析）やコピー数のバリエーションを行うためのツールも提供しています。

748. TPP: Analyze thermal proteome profiling (TPP) experiments

サーマルプロテオームプロファイリング（TPP）実験の分析

748. twilight: Estimation of local false discovery rate

ローカル誤発見率の推定

753. altcdfenvs: alternative CDF environments (aka probeset mappings)

代替CDF環境（別名プローブセット・マッピング）

753. BgeeDB: Annotation and gene expression data retrieval from Bgee database

Bgeeデータベースからの注釈と遺伝子発現データの検索

753. lipidr: Lipidomics Analysis Workflow in R

Rのリピドミクス分析ワークフロー

753. maser: Mapping Alternative Splicing Events to pRoteins

オルタナティブスプライシングイベントのpタンパク質へのマッピング

753. pandaR: PANDA Algorithm

PANDAアルゴリズム

753. seqTools: Analysis of nucleotide, sequence and quality content on fastq files

fastqファイルのヌクレオチド、配列および品質の内容の分析

759. BASiCS: Bayesian Analysis of Single-Cell Sequencing data

単一細胞配列決定データのベイズ分析

759. clusterStab: Compute cluster stability scores for microarray data

マイクロアレイデータのクラスター安定性スコアを計算する

759. flowTrans: Parameter Optimization for Flow Cytometry Data Transformation

フローサイトメトリーデータ変換のためのパラメータ最適化

759. flowVS: Variance stabilization in flow cytometry (and microarrays)

フローサイトメトリー（およびマイクロアレイ）における分散安定化

759. GSAR: Gene Set Analysis in R

Rにおける遺伝子セット分析

759. logicFS: Identification of SNP Interactions

SNP相互作用の同定

759. NetSAM: Network Seriation And Modularization

ネットワークのセレーションとモジュール化

759. nucleR: Nucleosome positioning package for R

R用ヌクレオソーム位置決めパッケージ

759. PICS: Probabilistic inference of ChIP-seq

ChIP-seqの確率的推論

759. pqsfinder: Identification of potential quadruplex forming sequences

潜在的四重鎖形成配列の同定

759. PROcess: Ciphergen SELDI-TOF Processing

サイファージェンSELDI-TOF処理

770. GeneticsPed: Pedigree and genetic relationship functions

血統と遺伝的関係の機能

770. MicrobiomeProfiler: An R/shiny package for microbiome functional enrichment analysis

マイクロバイオームの機能的濃縮解析のためのR/shinyパッケージ

770. OCplus: Operating characteristics plus sample size and local fdr for microarray experiments

マイクロアレイ実験のための操作特性とサンプルサイズおよび局所fdr

770. PhosR: A set of methods and tools for comprehensive analysis of phosphoproteomics data

ホスホプロテオミクスデータを包括的に解析するための手法とツールのセット

774. a4Classif: Automated Affymetrix Array Analysis Classification Package

自動Affymetrixアレイ解析分類パッケージ

774. AllelicImbalance: Investigates Allele Specific Expression

対立遺伝子特異的発現を調査する

774. ASSET: An R package for subset-based association analysis of heterogeneous traits and subtypes

異種形質とサブタイプのサブセットに基づく関連分析のためのRパッケージ

774. BatchQC: Batch Effects Quality Control Software

バッチ効果品質管理ソフトウェア

774. derfinderPlot: Plotting functions for derfinder

derfinderのためのプロット関数

774. igvR: igvR: integrative genomics viewer

igvR：統合ゲノミクスビューア

774. multiHiCcompare: Normalize and detect differences between Hi-C datasets when replicates of each experimental condition are available

各実験条件の複製が利用可能な場合、Hi-Cデータセット間の差異を正規化して検出する

774. MVCClass: Model-View-Controller (MVC) Classes

Model-View-Controller（MVC）クラス

774. REDseq: Analysis of high-throughput sequencing data processed by restriction enzyme digestion

制限酵素消化によって処理されたハイスループット配列決定データの分析

774. SPIAT: Spatial Image Analysis of Tissues

組織の空間画像解析

784. BCRANK: Predicting binding site consensus from ranked DNA sequences

ランク付けされたDNA配列から結合部位コンセンサスを予測する

784. customProDB: Generate customized protein database from NGS data, with a focus on RNA-Seq data, for proteomics search

プロテオミクス検索のための、RNA-Seqデータに焦点を当てた、NGSデータからのカスタマイズされたタンパク質データベースの生成

784. FEAST: FEAture SelcTion (FEAST) for Single-cell clustering

FEAture SelcTion (FEAST) for Single-cell clustering

784. GeneExpressionSignature: Gene Expression Signature based Similarity Metric

遺伝子発現シグネチャに基づく類似性計量

784. limmaGUI: GUI for limma Package With Two Color Microarrays

2色マイクロアレイを用いたlimmaパッケージ用のGUI

784. MetaboSignal: MetaboSignal: a network-based approach to overlay and explore metabolic and signaling KEGG pathways

MetaboSignal：代謝およびシグナル伝達KEGG経路を重ねて探索するためのネットワークベースのアプローチ

784. OLIN: Optimized local intensity-dependent normalisation of two-color microarrays

2色マイクロアレイの最適化局所強度依存正規化

784. oposSOM: Comprehensive analysis of transciptome data

トランスクリプトームデータの包括的な分析

784. timecourse: Statistical Analysis for Developmental Microarray Time Course Data

発達マイクロアレイ時間経過データのための統計解析

784. vidger: Create rapid visualizations of RNAseq data in R

RでRNAseqデータを素早く視覚化する

794. chopsticks: The ‘snp.matrix’ and ‘X.snp.matrix’ Classes

‘snp.matrix’と ‘X.snp.matrix’クラス

794. CRImage: CRImage a package to classify cells and calculate tumour cellularity

細胞を分類して腫瘍細胞数を計算するためのパッケージのCRIイメージ

794. crisprBase: Base functions and classes for CRISPR gRNA design

CRISPR gRNA設計のための塩基機能およびクラス

794. debrowser: Interactive Differential Expresion Analysis Browser

対話型微分表現分析ブラウザ

794. ecolitk: Meta-data and tools for E. coli

大腸菌のメタデータとツール

794. edge: Extraction of Differential Gene Expression

差次的遺伝子発現の抽出

794. isobar: Analysis and quantitation of isobarically tagged MSMS proteomics data

同重体タグ付きMSMSプロテオミクスデータの分析と定量

794. MinimumDistance: A Package for De Novo CNV Detection in Case-Parent Trios

ケース – 親トリオにおけるデノボCNV検出のためのパッケージ

794. pRolocGUI: Interactive visualisation of spatial proteomics data

空間プロテオミクスデータの対話型可視化

794. rain: Rhythmicity Analysis Incorporating Non-parametric Methods

ノンパラメトリック法を取り入れたリズム解析

794. SpliceWiz: Easy, optimized, and accurate alternative splicing analysis in R

Rで簡単、最適化、高精度な代替スプライシング解析

794. XDE: XDE: a Bayesian hierarchical model for cross-study analysis of differential gene expression

XDE：差次的遺伝子発現のクロススタディ分析のためのベイジアン階層モデル

806. a4Reporting: Automated Affymetrix Array Analysis Reporting Package

自動Affymetrixアレイ解析レポーティングパッケージ

806. Cepo: Cepo for the identification of differentially stable genes

Cepoによる安定性の異なる遺伝子の同定

806. CGHregions: Dimension Reduction for Array CGH Data with Minimal Information Loss.

最小限の情報損失で配列CGHデータの次元削減

806. ChIPsim: Simulation of ChIP-seq experiments

ChIP-seq実験のシミュレーション

806. GOpro: Find the most characteristic gene ontology terms for groups of human genes

ヒト遺伝子群のための最も特徴的な遺伝子オントロジー用語を見つける

806. granulator: Rapid benchmarking of methods for *in silico* deconvolution of bulk RNA-seq data

バルクRNA-seqデータの*in silico*デコンボリューションのためのメソッドの迅速なベンチマーク

806. GSEAlm: Linear Model Toolset for Gene Set Enrichment Analysis

遺伝子セット濃縮分析のための線形モデルツールセット

806. interactiveDisplay: Package for enabling powerful shiny web displays of Bioconductor objects

Bioconductorオブジェクトの強力で光沢のあるWeb表示を可能にするためのパッケージ

806. iSEEu: iSEE Universe

アイシーイーユニバース

806. MethylMix: MethylMix: Identifying methylation driven cancer genes

メチルミックス：メチル化駆動癌遺伝子の同定

806. rhdf5client: Access HDF5 content from h5serv

h5servからHDF5コンテンツにアクセスする

817. CSAR: Statistical tools for the analysis of ChIP-seq data

ChIP-seqデータ解析のための統計ツール

817. flowCut: Precise and Accurate Automated Removal of Outlier Events and Flagging of Files Based on Time Versus Fluorescence Analysis

時間対蛍光分析に基づいた、正確かつ正確な自動外れ事象除去とファイルのフラグ付け

817. h5vc: Managing alignment tallies using a hdf5 backend

hdf5バックエンドを使ったアライメント集計の管理

817. HiContacts: HiContacts: R interface to cool files

HiContacts クールファイルへのRインターフェース

817. hyperdraw: Visualizing Hypergaphs

ハイパーガフの視覚化

817. rbsurv: Robust likelihood-based survival modeling with microarray data

マイクロアレイデータを用いたロバストな尤度ベース生存モデル

817. scone: Single Cell Overview of Normalized Expression data

正規化発現データの単一細胞概要

817. structToolbox: Data processing & analysis tools for Metabolomics and other omics

メタボロミクスをはじめとするオミックスのデータ処理・解析ツール

817. TEQC: Quality control for target capture experiments

標的捕捉実験のための品質管理

817. TreeAndLeaf: An alternative to dendrogram visualization and insertion of multiple layers of information

デンドログラムの可視化と複数の情報層の挿入に代わるもの

827. attract: Methods to Find the Gene Expression Modules that Represent the Drivers of Kauffman’s Attractor Landscape

カウフマンのアトラクタランドスケープのドライバを表す遺伝子発現モジュールを見つける方法

827. erma: epigenomic road map adventures

エピゲノムロードマップの冒険

827. GraphAT: Graph Theoretic Association Tests

グラフ理論連想検定

827. R453Plus1Toolbox: A package for importing and analyzing data from Roche’s Genome Sequencer System

RocheのGenome Sequencer Systemからデータをインポートして分析するためのパッケージ

827. RCAS: RNA Centric Annotation System

RNA中心アノテーションシステム

827. SCnorm: Normalization of single cell RNA-seq data

単一細胞RNA配列データの正規化

833. affyILM: Linear Model of background subtraction and the Langmuir isotherm

バックグラウンド減算の線形モデルとLangmuir等温式

833. agilp: Agilent expression array processing package

Agilent発現アレイ処理パッケージ

833. clipper: Gene Set Analysis Exploiting Pathway Topology

経路トポロジーを利用する遺伝子セット分析

833. FRASER: Find RAre Splicing Events in RNA-Seq Data

RNA-SeqデータからRAreスプライシングイベントを探す

833. iBBiG: Iterative Binary Biclustering of Genesets

Genesetsの反復バイナリーバイクラスター化

833. OSAT: OSAT: Optimal Sample Assignment Tool

OSAT：最適サンプル割当ツール

833. scClassify: scClassify: single-cell Hierarchical Classification

scClassify: 単細胞階層分類

833. SplicingGraphs: Create, manipulate, visualize splicing graphs, and assign RNA-seq reads to them

スプライシンググラフの作成、操作、視覚化、そしてRNA-seqリードの割り当て

841. adSplit: Annotation-Driven Clustering

アノテーション駆動型クラスタリング

841. BioMVCClass: Model-View-Controller (MVC) Classes That Use Biobase

バイオベースを使用するModel-View-Controller（MVC）クラス

841. crisprBowtie: Bowtie-based alignment of CRISPR gRNA spacer sequences

CRISPR gRNA スペーサー配列の Bowtie ベースのアライメント

841. GeneRegionScan: GeneRegionScan

GeneRegionScan

841. hypeR: Hyper Enrichment

ハイパーエンリッチメント

841. miQC: Flexible, probabilistic metrics for quality control of scRNA-seq data

scRNA-seqデータの品質管理のための柔軟で確率的な測定基準

841. PROPER: PROspective Power Evaluation for RNAseq

RNAseqの見込み電力評価

841. r3Cseq: Analysis of Chromosome Conformation Capture and Next-generation Sequencing (3C-seq)

染色体コンフォメーション捕捉と次世代シークエンシング（3C-seq）の解析

841. RnaSeqSampleSize: RnaSeqSampleSize

RnaSeqSampleSize

841. rqubic: Qualitative biclustering algorithm for expression data analysis in R

Rにおける発現データ解析のための定性的バイクラスタリングアルゴリズム

851. BiSeq: Processing and analyzing bisulfite sequencing data

バイサルファイトシーケンスデータの処理と解析

851. CNORode: ODE add-on to CellNOptR

CellNOptRへのODEアドオン

851. COMPASS: Combinatorial Polyfunctionality Analysis of Single Cells

単一細胞のコンビナトリアル多機能解析

851. dyebias: The GASSCO method for correcting for slide-dependent gene-specific dye bias

スライド依存性遺伝子特異的染料バイアスを補正するためのGASSCO法

851. gaga: GaGa hierarchical model for high-throughput data analysis

ハイスループットデータ解析のためのGaGa階層モデル

851. parody: Parametric And Resistant Outlier DYtection

パラメトリックで抵抗性の異常値検出

851. segmentSeq: Methods for identifying small RNA loci from high-throughput sequencing data

ハイスループットシークエンシングデータから小型RNA遺伝子座を同定する方法

851. tigre: Transcription factor Inference through Gaussian process Reconstruction of Expression

ガウス過程による転写因子推論表現の再構築

851. TitanCNA: Subclonal copy number and LOH prediction from whole genome sequencing of tumours

腫瘍の全ゲノム配列決定からのサブクローンコピー数とLOH予測

860. ADaCGH2: Analysis of big data from aCGH experiments using parallel computing and ff objects

並列計算とffオブジェクトを用いたaCGH実験からのビッグデータの解析

860. CODEX: A Normalization and Copy Number Variation Detection Method for Whole Exome Sequencing

全エキソーム配列決定のための正規化およびコピー数変動検出法

860. CopyNumberPlots: Create Copy-Number Plots using karyoploteR functionality

karyoploteR機能を使ってコピー数プロットを作成する

860. epivizrData: Data Management API for epiviz interactive visualization app

epivizインタラクティブ可視化アプリのためのデータ管理API

860. Harshlight: A “corrective make-up” program for microarray chips

マイクロアレイチップ用の「修正メークアップ」プログラム

860. Herper: The Herper package is a simple toolset to install and manage conda packages and environments from R

Herperパッケージは、Rからcondaパッケージと環境をインストールおよび管理するためのシンプルなツールセットです。

860. LPE: Methods for analyzing microarray data using Local Pooled Error (LPE) method

Local Pooled Error（LPE）法を用いたマイクロアレイデータの解析方法

860. qpcrNorm: Data-driven normalization strategies for high-throughput qPCR data.

ハイスループットqPCRデータのためのデータ駆動型正規化戦略

860. SPEM: S-system parameter estimation method

Sシステムパラメータ推定法

869. apComplex: Estimate protein complex membership using AP-MS protein data

AP-MSタンパク質データを使用したタンパク質複合体メンバーシップの推定

869. DMRcaller: Differentially Methylated Regions caller

異なるメチル化領域の呼び出し元

869. HilbertCurve: Making 2D Hilbert Curve

2Dヒルベルト曲線の作成

869. MANOR: CGH Micro-Array NORmalization

CGHマイクロアレイ正規化

869. OrderedList: Similarities of Ordered Gene Lists

順序付き遺伝子リストの類似性

869. pipeFrame: Pipeline framework for bioinformatics in R

Rにおけるバイオインフォマティクスのためのパイプラインフレームワーク

869. pmp: Peak Matrix Processing and signal batch correction for metabolomics datasets

メタボロミクスデータセットのピークマトリックス処理とシグナルバッチ補正

869. RBioinf: RBioinf

RBioinf

869. rCGH: Comprehensive Pipeline for Analyzing and Visualizing Array-Based CGH Data

アレイベースCGHデータの解析と可視化のための包括的なパイプライン

869. RiboProfiling: Ribosome Profiling Data Analysis: from BAM to Data Representation and Interpretation

リボソームプロファイリングデータ解析：BAMからデータ表現および解釈へ

869. RRHO: Inference on agreement between ordered lists

順序付きリスト間の一致に関する推論

869. SpeCond: Condition specific detection from expression data

発現データからの条件特異的検出

869. switchBox: Utilities to train and validate classifiers based on pair switching using the K-Top-Scoring-Pair (KTSP) algorithm

K-Top-Scoring-Pair（KTSP）アルゴリズムを使用したペア切り替えに基づく分類器の学習と検証のためのユーティリティ

882. HubPub: Utilities to create and use Bioconductor Hubs

Bioconductor Hubsを作成・利用するためのユーティリティー

882. MethylAid: Visual and interactive quality control of large Illumina DNA Methylation array data sets

大規模なイルミナDNAメチル化アレイデータセットの視覚的およびインタラクティブな品質管理

882. methylPipe: Base resolution DNA methylation data analysis

塩基分解DNAメチル化データ解析

882. Rtreemix: Rtreemix: Mutagenetic trees mixture models.

Rtreemix：変異原性木混合モデル

886. compcodeR: RNAseq data simulation, differential expression analysis and performance comparison of differential expression methods

RNAseqデータシミュレーション、差次的発現分析および差次的発現方法の性能比較

886. eisaR: Exon-Intron Split Analysis (EISA) in R

Rのエクソン-イントロン分割解析(EISA)

886. erccdashboard: Assess Differential Gene Expression Experiments with ERCC Controls

ERCCコントロールを用いた差次的遺伝子発現実験の評価

886. factDesign: Factorial designed microarray experiment analysis

要因計画マイクロアレイ実験分析

886. GeneSelectMMD: Gene selection based on the marginal distributions of gene profiles that characterized by a mixture of three-component multivariate distributions

三成分多変量分布の混合を特徴とする遺伝子プロファイルの周辺分布に基づく遺伝子選択

886. GOexpress: Visualise microarray and RNAseq data using gene ontology annotations

遺伝子オントロジーアノテーションを使用してマイクロアレイおよびRNAseqデータを視覚化する

886. MiPP: Misclassification Penalized Posterior Classification

誤分類ペナルティ後分類

886. Modstrings: Implementation of Biostrings to work with nucleotide sequences containing modified nucleotides

修飾ヌクレオチドを含むヌクレオチド配列を扱うためのバイオストリングの実装

886. PREDA: Position Related Data Analysis

ポジション関連データ分析

886. SBMLR: SBML-R Interface and Analysis Tools

SBML-Rインタフェースと解析ツール

886. webbioc: Bioconductor Web Interface

バイオコンダクターウェブインターフェース

886. yarn: YARN: Robust Multi-Condition RNA-Seq Preprocessing and Normalization

YARN：ロバスト多条件RNA-Seq前処理と正規化

898. ASpli: Analysis of alternative splicing using RNA-Seq

RNA-Seqを用いたオルタナティブスプライシングの解析

898. biodb: biodb, a library and a development framework for connecting to chemical and biological databases

化学・生物系データベースに接続するためのライブラリと開発フレームワーク「biodb

898. canceR: A Graphical User Interface for accessing and modeling the Cancer Genomics Data of MSKCC

MSKCCの癌ゲノムデータにアクセスしモデリングするためのグラフィカルユーザインタフェース

898. chimeraviz: Visualization tools for gene fusions

遺伝子融合のための可視化ツール

898. clippda: A package for the clinical proteomic profiling data analysis

臨床プロテオームプロファイリングデータ分析のためのパッケージ

898. DFP: Gene Selection

遺伝子選択

898. GeneNetworkBuilder: GeneNetworkBuilder: a bioconductor package for building regulatory network using ChIP-chip/ChIP-seq data and Gene Expression Data

GeneNetworkBuilder：ChIPチップ/ ChIPシーケンスデータと遺伝子発現データを用いて規制ネットワークを構築するためのバイオコンダクターパッケージ

898. ldblock: data structures for linkage disequilibrium measures in populations

集団における連鎖不均衡測度のためのデータ構造

898. NanoStringDiff: Differential Expression Analysis of NanoString nCounter Data

NanoString nCounterデータの微分発現解析

898. Rmagpie: MicroArray Gene-expression-based Program In Error rate estimation

MicroArray遺伝子発現ベースプログラムにおける誤り率推定

898. statTarget: Statistical Analysis of Molecular Profiles

分子プロファイルの統計解析

898. vissE: Visualising Set Enrichment Analysis Results

セットエンリッチメント解析結果の可視化

910. AneuFinder: Analysis of Copy Number Variation in Single-Cell-Sequencing Data

単一細胞配列決定データにおけるコピー数変動の分析

910. CGHnormaliter: Normalization of array CGH data with imbalanced aberrations.

不均衡な収差を伴うアレイCGHデータの正規化

910. ChromHeatMap: Heat map plotting by genome coordinate

ゲノム座標によるヒートマッププロット

910. cycle: Significance of periodic expression pattern in time-series data

時系列データにおける周期的発現パターンの意義

910. FGNet: Functional Gene Networks derived from biological enrichment analyses

生物学的濃縮分析から導いた機能的遺伝子ネットワーク

910. GenomicDistributions: Produces Summaries and Plots of Features Distributed Across Genomes

ゲノム全体に分布する特徴のサマリーとプロットの作成

910. goTools: Functions for Gene Ontology database

遺伝子オントロジーデータベースの機能

910. HelloRanges: Introduce *Ranges to bedtools users

Bedtoolsユーザーに* Rangesを導入する

910. mdqc: Mahalanobis Distance Quality Control for microarrays

マイクロアレイのためのマハラノビス距離品質管理

910. MEAL: Perform methylation analysis

メチル化分析を実行する

910. netresponse: Functional Network Analysis

機能ネットワーク解析

910. nnNorm: Spatial and intensity based normalization of cDNA microarray data based on robust neural nets

ロバストニューラルネットに基づくcDNAマイクロアレイデータの空間的および強度ベースの正規化

910. PING: Probabilistic inference for Nucleosome Positioning with MNase-based or Sonicated Short-read Data

MNaseベースまたは超音波処理された短読データによるヌクレオソーム位置決めのための確率的推論

910. qcmetrics: A Framework for Quality Control

品質管理のための枠組み

910. RPA: RPA: Robust Probabilistic Averaging for probe-level analysis

RPA：プローブレベル分析のためのロバスト確率平均

910. VariantFiltering: Filtering of coding and non-coding genetic variants

コーディングおよび非コーディングの遺伝的変異体のフィルタリング

910. ViSEAGO: ViSEAGO: a Bioconductor package for clustering biological functions using Gene Ontology and semantic similarity

ViSEAGO：Gene Ontologyとセマンティック類似性を使用して生物学的機能をクラスタリングするためのBioconductorパッケージ

927. anota: ANalysis Of Translational Activity (ANOTA).

翻訳活性の分析（アノタ）。

927. CoCiteStats: Different test statistics based on co-citation.

共引用に基づくさまざまな検定統計

927. copa: Functions to perform cancer outlier profile analysis.

がん異常値プロファイル分析を実行するための機能。

927. Cormotif: Correlation Motif Fit

相関モチーフフィット

927. genomes: Genome sequencing project metadata

ゲノムシークエンシングプロジェクトのメタデータ

927. HEM: Heterogeneous error model for identification of differentially expressed genes under multiple conditions

多重条件下で差次的に発現された遺伝子の同定のための不均一誤差モデル

927. idiogram: idiogram

熟語

927. intansv: Integrative analysis of structural variations

構造変化の統合分析

927. iSEEhex: iSEE extension for summarising data points in hexagonal bins

iSEE 拡張機能：データ点を六角形のビンにまとめる機能

927. metabCombiner: Method for Combining LC-MS Metabolomics Feature Measurements

LC-MSメタボロミクスの特徴的な測定値を組み合わせる方法

927. OLINgui: Graphical user interface for OLIN

OLINのグラフィカルユーザインタフェース

927. pathRender: Render molecular pathways

分子経路をレンダリングする

927. PepsNMR: Pre-process 1H-NMR FID signals

1 H-NMR FIDシグナルの前処理

927. rcellminer: rcellminer: Molecular Profiles and Drug Response for the NCI-60 Cell Lines

rcellminer：NCI-60細胞株の分子プロファイルと薬物応答

927. rgoslin: Lipid Shorthand Name Parsing and Normalization

脂質略号のパースと正規化

927. SIM: Integrated Analysis on two human genomic datasets

2つのヒトゲノムデータセットに関する統合分析

927. trigger: Transcriptional Regulatory Inference from Genetics of Gene ExpRession

遺伝子発現の遺伝学からの転写調節推論

927. triplex: Search and visualize intramolecular triplex-forming sequences in DNA

DNA中の分子内三重鎖形成配列を検索し可視化する

945. cogena: co-expressed gene-set enrichment analysis

同時発現遺伝子セット濃縮解析

945. dagLogo: dagLogo: a bioconductor package for visualizeing conserved amino acid sequence pattern in groups based on probability theory

dagLogo：確率論に基づいた群における保存アミノ酸配列パターンを可視化するためのバイオコンダクターパッケージ

945. EMDomics: Earth Mover’s Distance for Differential Analysis of Genomics Data

ゲノミクスデータの示差分析のためのEarth Moverの距離

945. epivizrServer: WebSocket server infrastructure for epivizr apps and packages

epivizrアプリケーションおよびパッケージ用のWebSocketサーバーインフラストラクチャ

945. ffpe: Quality assessment and control for FFPE microarray expression data

FFPEマイクロアレイ発現データの品質評価と管理

945. GRmetrics: Calculate growth-rate inhibition (GR) metrics

成長率抑制（GR）メトリックを計算する

945. GSRI: Gene Set Regulation Index

遺伝子セット調節指数

945. KCsmart: Multi sample aCGH analysis package using kernel convolution

カーネルコンボリューションを用いたマルチサンプルaCGH解析パッケージ

945. pogos: PharmacOGenomics Ontology Support

Pharmacogenomicsオントロジーサポート

945. SAIGEgds: Scalable Implementation of Generalized mixed models using GDS files in PheWAS

PheWASのGDSファイルを使用した一般化混合モデルのスケーラブルな実装

945. STdeconvolve: Reference-free Cell-Type Deconvolution of Multi-Cellular Spatially Resolved Transcriptomics Data

マルチセルラー空間分解トランスクリプトミクスデータのリファレンスフリー細胞タイプデコンボリューション

945. stepNorm: Stepwise normalization functions for cDNA microarrays

cDNAマイクロアレイのための段階的正規化関数

957. arrayMvout: multivariate outlier detection for expression array QA

式配列QAのための多変量異常値検出

957. BufferedMatrix: A matrix data storage object held in temporary files

一時ファイルに保持されているマトリックスデータストレージオブジェクト

957. BUS: Gene network reconstruction

遺伝子ネットワーク再構築

957. CNORfuzzy: Addon to CellNOptR: Fuzzy Logic

CellNOptRへのアドオン：ファジィ論理

957. crossmeta: Cross Platform Meta-Analysis of Microarray Data

マイクロアレイデータのクロスプラットフォームメタ分析

957. decompTumor2Sig: Decomposition of individual tumors into mutational signatures by signature refitting

シグネチャ再調整による個々の腫瘍の突然変異シグネチャへの分解

957. EmpiricalBrownsMethod: Uses Brown’s method to combine p-values from dependent tests

ブラウンの方法を使用して従属テストからのp値を結合します

957. frmaTools: Frozen RMA Tools

冷凍RMAツール

957. iterativeBMA: The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) algorithm

反復ベイズモデル平均化（BMA）アルゴリズム

957. LOBSTAHS: Lipid and Oxylipin Biomarker Screening through Adduct Hierarchy Sequences

付加物階層配列による脂質およびオキシリピンバイオマーカースクリーニング

957. mCSEA: Methylated CpGs Set Enrichment Analysis

メチル化CpGsセット濃縮分析

957. mistyR: Multiview Intercellular SpaTial modeling framework

Multiview Intercellular SpaTialモデリングフレームワーク

957. Mulcom: Calculates Mulcom test

マルコム検定を計算します

957. SLqPCR: Functions for analysis of real-time quantitative PCR data at SIRS-Lab GmbH

SIRS-Lab GmbHのリアルタイム定量PCRデータ解析機能

957. TargetSearch: A package for the analysis of GC-MS metabolite profiling data

GC ‐ MS代謝産物プロファイリングデータの分析のためのパッケージ

972. BAGS: A Bayesian Approach for Geneset Selection

遺伝子セット選択のためのベイジアンアプローチ

972. BloodGen3Module: This R package for performing module repertoire analyses and generating fingerprint representations

モジュールのレパートリー分析を行い、フィンガープリント表現を生成するためのRパッケージです

972. Chicago: CHiCAGO: Capture Hi-C Analysis of Genomic Organization

CHiCAGO：ゲノム構成のHi-C解析をキャプチャする

972. crisprDesign: Comprehensive design of CRISPR gRNAs for nucleases and base editors

ヌクレアーゼとベースエディターのためのCRISPR gRNAの包括的な設計

972. EBcoexpress: EBcoexpress for Differential Co-Expression Analysis

示差共発現分析のためのEBcoexpress

972. geneplast: Evolutionary and plasticity analysis of orthologous groups

オルソログ基の進化論的および塑性解析

972. geneRecommender: A gene recommender algorithm to identify genes coexpressed with a query set of genes

遺伝子の質問セットと共発現した遺伝子を同定するための遺伝子推奨アルゴリズム

972. GEOsubmission: Prepares microarray data for submission to GEO

GEOに提出するためのマイクロアレイデータを準備する

972. MEIGOR: MEIGO – MEtaheuristics for bIoinformatics Global Optimization

MEIGO – バイオインフォマティクスの大域的最適化のための計測ヒューリスティックス

972. MetaNeighbor: Single cell replicability analysis

単細胞複製性解析

972. mfa: Bayesian hierarchical mixture of factor analyzers for modelling genomic bifurcations

ゲノム分岐をモデル化するための因子分析器のベイジアン階層混合

972. multiClust: multiClust: An R-package for Identifying Biologically Relevant Clusters in Cancer Transcriptome Profiles

multiClust：癌トランスクリプトームプロファイルにおける生物学的関連クラスターを同定するためのRパッケージ

972. Pigengene: Infers biological signatures from gene expression data

遺伝子発現データから生物学的サインを推測する

972. PROMISE: PRojection Onto the Most Interesting Statistical Evidence

最も興味深い統計的証拠への射影

972. slalom: Factorial Latent Variable Modeling of Single-Cell RNA-Seq Data

単細胞RNA ‐ Seqデータの階乗潜在変数モデリング

987. ACE: Absolute Copy Number Estimation from Low-coverage Whole Genome Sequencing

低カバレッジ全ゲノム配列決定からの絶対コピー数推定

987. ASICS: Automatic Statistical Identification in Complex Spectra

複素スペクトルにおける自動統計的同定

987. BaseSpaceR: R SDK for BaseSpace RESTful API

BaseSpace RESTful API用R SDK

987. CBNplot: plot bayesian network inferred from gene expression data based on enrichment analysis results

遺伝子発現データから濃縮解析結果に基づいて推論されたベイジアンネットワークをプロット

987. CHETAH: Fast and accurate scRNA-seq cell type identification

迅速かつ正確なscRNA-seq細胞型同定

987. cn.farms: cn.FARMS – factor analysis for copy number estimation

cn.FARMS – コピー数推定のための因子分析

987. CNORfeeder: Integration of CellNOptR to add missing links

足りないリンクを追加するためのCellNOptRの統合

987. cnvGSA: Gene Set Analysis of (Rare) Copy Number Variants

（希）コピー数変異体の遺伝子セット分析

987. CrispRVariants: Tools for counting and visualising mutations in a target location

標的位置の突然変異を数えて視覚化するためのツール

987. fmrs: Variable Selection in Finite Mixture of AFT Regression and FMR

AFT回帰とFMRの有限混合物における変数選択

987. GOTHiC: Binomial test for Hi-C data analysis

Hi-Cデータ解析のための二項検定

987. iChip: Bayesian Modeling of ChIP-chip Data Through Hidden Ising Models

隠れイジングモデルによるチップデータのベイズモデリング

987. mBPCR: Bayesian Piecewise Constant Regression for DNA copy number estimation

DNAコピー数推定のためのベイジアン区分定数回帰

987. MineICA: Analysis of an ICA decomposition obtained on genomics data

ゲノミクスデータから得られたICA分解の分析

987. PAIRADISE: PAIRADISE: Paired analysis of differential isoform expression

ペアレディ：異なるアイソフォーム発現のペア解析

987. PLPE: Local Pooled Error Test for Differential Expression with Paired High-throughput Data

一対のハイスループットデータを用いた微分発現のための局所プールエラーテスト

987. RTopper: This package is designed to perform Gene Set Analysis across multiple genomic platforms

このパッケージは、複数のゲノムプラットフォームにわたってGene Set Analysisを実行するように設計されています。

987. weaver: Tools and extensions for processing Sweave documents

Sweave文書を処理するためのツールと拡張

1005. Basic4Cseq: Basic4Cseq: an R/Bioconductor package for analyzing 4C-seq data

Basic 4 C seq：4 C配列データを分析するためのR / Bioconductorパッケージ

1005. bioassayR: Cross-target analysis of small molecule bioactivity

小分子生物活性のクロスターゲット分析

1005. BufferedMatrixMethods: Microarray Data related methods that utlize BufferedMatrix objects

BufferedMatrixオブジェクトを利用したマイクロアレイデータ関連メソッド

1005. DART: Denoising Algorithm based on Relevance network Topology

関連性ネットワークトポロジーに基づく雑音除去アルゴリズム

1005. gwasurvivr: gwasurvivr: an R package for genome wide survival analysis

gwasurvivr：全ゲノム生存分析のためのRパッケージ

1005. HELP: Tools for HELP data analysis

HELPデータ解析用ツール

1005. hiAnnotator: Functions for annotating GRanges objects

GRangesオブジェクトに注釈を付けるための関数

1005. NuPoP: An R package for nucleosome positioning prediction

ヌクレオソーム位置決め予測のためのRパッケージ

1005. pathifier: Quantify deregulation of pathways in cancer

癌における経路の規制緩和の定量化

1005. PECA: Probe-level Expression Change Averaging

プローブレベルの発現変化の平均化

1005. RTCA: Open-source toolkit to analyse data from xCELLigence System (RTCA)

xCELLigenceシステム（RTCA）からのデータを分析するためのオープンソースのツールキット

1005. Streamer: Enabling stream processing of large files

大きなファイルのストリーム処理を有効にする

1005. TargetScore: TargetScore: Infer microRNA targets using microRNA-overexpression data and sequence information

TargetScore：マイクロRNA過剰発現データおよび配列情報を用いたマイクロRNA標的の推論

1018. AGDEX: Agreement of Differential Expression Analysis

差次的発現分析の合意

1018. beachmat.hdf5: beachmat bindings for HDF5-backed matrices

HDF5バックマトリックス用beachmatバインディング

1018. BEclear: Correction of batch effects in DNA methylation data

DNAメチル化データにおけるバッチ効果の補正

1018. biomvRCNS: Copy Number study and Segmentation for multivariate biological data

多変量生物学データのコピー数研究とセグメンテーション

1018. biosigner: Signature discovery from omics data

オミックスデータからの署名発見

1018. categoryCompare: Meta-analysis of high-throughput experiments using feature annotations

特徴注釈を用いたハイスループット実験のメタ分析

1018. epiNEM: epiNEM

epiNEM

1018. fdrame: FDR adjustments of Microarray Experiments (FDR-AME)

マイクロアレイ実験のFDR調整（FDR-AME）

1018. flowcatchR: Tools to analyze in vivo microscopy imaging data focused on tracking flowing blood cells

流動血球の追跡に焦点を当てたin vivo顕微鏡イメージングデータを分析するためのツール

1018. geneRxCluster: gRx Differential Clustering

gRx差分クラスタリング

1018. ITALICS: ITALICS

ITALICS

1018. les: Identifying Differential Effects in Tiling Microarray Data

タイリングマイクロアレイデータにおける差異的効果の同定

1018. metaCCA: Summary Statistics-Based Multivariate Meta-Analysis of Genome-Wide Association Studies Using Canonical Correlation Analysis

正準相関分析を用いたゲノムワイド関連研究の要約統計ベース多変量メタ分析

1018. MiRaGE: MiRNA Ranking by Gene Expression

遺伝子発現によるmiRNAランキング

1018. myvariant: Accesses MyVariant.info variant query and annotation services

MyVariant.infoのバリアントクエリおよび注釈サービスにアクセスする

1018. PathNet: An R package for pathway analysis using topological information

位相情報を用いた経路解析のためのRパッケージ

1018. TurboNorm: A fast scatterplot smoother suitable for microarray normalization

マイクロアレイ正規化に適した高速散布図スムーザー

1035. AffyRNADegradation: Analyze and correct probe positional bias in microarray data due to RNA degradation

RNA分解によるマイクロアレイデータ中のプローブ位置の偏りの分析と修正

1035. cleanUpdTSeq: This package classifies putative polyadenylation sites as true or false/internally oligodT primed

このパッケージは、推定ポリアデニル化部位を真または偽／内部オリゴヌクレオチドプライミングとして分類する。

1035. CNAnorm: A normalization method for Copy Number Aberration in cancer samples

癌試料におけるコピー数異常の正規化法

1035. ExiMiR: R functions for the normalization of Exiqon miRNA array data

Exiqon miRNAアレイデータの正規化のためのR関数

1035. GRaNIE: GRaNIE: Reconstruction cell type specific gene regulatory networks including enhancers using chromatin accessibility and RNA-seq data

GRaNIE: クロマチンアクセシビリティとRNA-seqデータを用いたエンハンサーを含む細胞種特異的な遺伝子制御ネットワークの再構築

1035. GUIDEseq: GUIDE-seq analysis pipeline

GUIDE-seq分析パイプライン

1035. ideal: Interactive Differential Expression AnaLysis

インタラクティブな差次的発現分析

1035. IdeoViz: Plots data (continuous/discrete) along chromosomal ideogram

染色体表意文字に沿ってデータ（連続/離散）をプロットする

1035. ompBAM: C++ Library for OpenMP-based multi-threaded sequential profiling of Binary Alignment Map (BAM) files

バイナリーアラインメントマップ（BAM）ファイルのOpenMPベースのマルチスレッド逐次プロファイリング用C++ライブラリ

1035. Prostar: Provides a GUI for DAPAR

DAPAR用のGUIを提供します

1035. sizepower: Sample Size and Power Calculation in Micorarray Studies

Micorarray研究における標本サイズと検出力の計算

1035. spkTools: Methods for Spike-in Arrays

スパイクイン配列のメソッド

1035. syntenet: Inference And Analysis Of Synteny Networks

Synteny ネットワークの推論と解析

1048. CexoR: An R package to uncover high-resolution protein-DNA interactions in ChIP-exo replicates

ChIP ‐ exoレプリケートにおける高分解能蛋白質‐DNA相互作用を明らかにするためのRパッケージ

1048. clst: Classification by local similarity threshold

局所類似度しきい値による分類

1048. clstutils: Tools for performing taxonomic assignment.

分類割り当てを実行するためのツール。

1048. condiments: Differential Topology, Progression and Differentiation

ディファレンシャル・トポロジー、プログレッション、ディファレンシャル

1048. daMA: Efficient design and analysis of factorial two-colour microarray data

階乗2色マイクロアレイデータの効率的設計と解析

1048. epigenomix: Epigenetic and gene transcription data normalization and integration with mixture models

エピジェネティックおよび遺伝子転写データの正規化および混合モデルとの統合

1048. LiquidAssociation: LiquidAssociation

リキッドアソシエーション

1048. mnem: Mixture Nested Effects Models

混合ネスト効果モデル

1048. pvac: PCA-based gene filtering for Affymetrix arrays

Affymetrixアレイ用のPCAベースの遺伝子フィルタリング

1048. rexposome: Exposome exploration and outcome data analysis

エクスポソーム探査と結果データ分析

1048. spatialDE: R wrapper for SpatialDE

SpatialDEのRラッパー

1048. vtpnet: variant-transcription factor-phenotype networks

変異転写因子表現型ネットワーク

1048. zenith: Gene set analysis following differential expression using linear (mixed) modeling with dream

ドリームを用いた線形（混合）モデリングによる発現差に対応した遺伝子セット解析

1061. BubbleTree: BubbleTree: an intuitive visualization to elucidate tumoral aneuploidy and clonality in somatic mosaicism using next generation sequencing data

BubbleTree：次世代シーケンシングデータを用いた体細胞モザイクにおける腫瘍異数性とクローン性を解明するための直感的可視化

1061. BUMHMM: Computational pipeline for computing probability of modification from structure probing experiment data

構造探査実験データからの修正確率を計算するための計算パイプライン

1061. cliqueMS: Annotation of Isotopes, Adducts and Fragmentation Adducts for in-Source LC/MS Metabolomics Data

インソースLC / MSメタボロミクスデータの同位体、付加物、およびフラグメンテーション付加物の注釈

1061. CNORdt: Add-on to CellNOptR: Discretized time treatments

CellNOptRへのアドオン：離散化時間処理

1061. cydar: Using Mass Cytometry for Differential Abundance Analyses

示差存在量分析のためのマスサイトメトリーの使用

1061. DNAshapeR: High-throughput prediction of DNA shape features

DNA形状特徴のハイスループット予測

1061. flowMatch: Matching and meta-clustering in flow cytometry

フローサイトメトリーにおけるマッチングとメタクラスタリング

1061. hapFabia: hapFabia: Identification of very short segments of identity by descent (IBD) characterized by rare variants in large sequencing data

hapFabia：大規模シークエンシングデータにおけるまれな変異体を特徴とする家系による非常に短いセグメントの同一性（IBD）の同定

1061. IONiseR: Quality Assessment Tools for Oxford Nanopore MinION data

オックスフォードナノポアMinIONデータの品質評価ツール

1061. miRLAB: Dry lab for exploring miRNA-mRNA relationships

miRNA-mRNA関係を調査するためのドライラボ

1061. multiscan: R package for combining multiple scans

複数のスキャンを組み合わせるためのRパッケージ

1061. OTUbase: Provides structure and functions for the analysis of OTU data

OTUデータの分析のための構造と機能を提供します

1061. RSVSim: RSVSim: an R/Bioconductor package for the simulation of structural variations

RSVSim：構造変化のシミュレーションのためのR / Bioconductorパッケージ

1061. sccomp: Robust Outlier-aware Estimation of Composition and Heterogeneity for Single-cell Data

シングルセルデータの組成と不均一性のアウトライアを考慮したロバストな推定

1061. subSeq: Subsampling of high-throughput sequencing count data

ハイスループットシーケンスカウントデータのサブサンプリング

1061. TRONCO: TRONCO, an R package for TRanslational ONCOlogy

TRONCOLLATION ONCOlogy用のRパッケージ、TRONCO

1077. BADER: Bayesian Analysis of Differential Expression in RNA Sequencing Data

RNA配列決定データにおける差次的発現のベイズ分析

1077. BiocSklearn: interface to python sklearn via Rstudio reticulate

Rstudioを介したpython sklearnへのインタフェース

1077. CAFE: Chromosmal Aberrations Finder in Expression data

発現データにおける色収差の検出

1077. ccmap: Combination Connectivity Mapping

組み合わせ接続性マッピング

1077. coGPS: cancer outlier Gene Profile Sets

癌異常値遺伝子プロファイルセット

1077. discordant: The Discordant Method: A Novel Approach for Differential Correlation

不一致法：微分相関のための新しいアプローチ

1077. gcatest: Genotype Conditional Association TEST

遺伝子型条件付き関連テスト

1077. InPAS: InPAS: a bioconductor package for the identification of novel alternative PolyAdenylation Sites (PAS) using RNA-seq data

InPAS：RNA配列データを用いた新規代替ポリアデニル化部位（PAS）の同定のためのバイオコンダクタパッケージ

1077. lmdme: Linear Model decomposition for Designed Multivariate Experiments

設計された多変量実験のための線形モデル分解

1077. maskBAD: Masking probes with binding affinity differences

結合親和性が異なるマスキングプローブ

1077. metaSeq: Meta-analysis of RNA-Seq count data in multiple studies

複数の研究におけるRNA-Seqカウントデータのメタ分析

1077. nethet: A bioconductor package for high-dimensional exploration of biological network heterogeneity

生物学的ネットワーク不均一性の高次元探査のためのバイオコンダクタパッケージ

1077. procoil: Prediction of Oligomerization of Coiled Coil Proteins

コイルドコイルタンパク質のオリゴマー化の予測

1077. RGSEA: Random Gene Set Enrichment Analysis

ランダム遺伝子セット濃縮分析

1077. riboSeqR: Analysis of sequencing data from ribosome profiling experiments

リボソームプロファイリング実験からの配列決定データの分析

1077. YAPSA: Yet Another Package for Signature Analysis

シグネチャ分析のためのさらに別のパッケージ

1093. acde: Artificial Components Detection of Differentially Expressed Genes

特異的に発現している遺伝子の人工成分検出

1093. amplican: Automated analysis of CRISPR experiments

CRISPR実験の自動分析

1093. BridgeDbR: Code for using BridgeDb identifier mapping framework from within R

R内からBridgeDb識別子マッピングフレームワークを使用するためのコード

1093. CGEN: An R package for analysis of case-control studies in genetic epidemiology

遺伝疫学における症例対照研究の分析のためのRパッケージ

1093. CNVrd2: CNVrd2: a read depth-based method to detect and genotype complex common copy number variants from next generation sequencing data.

CNVrd 2次世代シーケンシングデータから複雑な共通コピー数の変異を検出し遺伝子型を決定するための読み取り深度に基づく方法

1093. DaMiRseq: Data Mining for RNA-seq data: normalization, feature selection and classification

RNA配列データのためのデータマイニング：正規化、特徴選択および分類

1093. DiffLogo: DiffLogo: A comparative visualisation of biooligomer motifs

DiffLogo：バイオオリゴマーモチーフの比較可視化

1093. Macarron: Prioritization of potentially bioactive metabolic features from epidemiological and environmental metabolomics datasets

疫学・環境メタボロミクスデータセットから生理活性を持つ可能性のある代謝的特徴を優先的に抽出する

1093. MBCB: MBCB (Model-based Background Correction for Beadarray)

MBCB（Beadarray用のモデルベースの背景補正）

1093. methrix: Fast and efficient summarization of generic bedGraph files from Bisufite sequencing

Bisufiteシーケンスからの一般的なbedGraphファイルの高速かつ効率的な要約

1093. MSstatsShiny: MSstats GUI for Statistical Anaylsis of Proteomics Experiments

MSstats プロテオミクス実験の統計解析のためのGUI

1093. PAA: PAA (Protein Array Analyzer)

PAA（プロテインアレイアナライザー）

1093. phenopath: Genomic trajectories with heterogeneous genetic and environmental backgrounds

異種の遺伝的および環境的背景を持つゲノムの軌跡

1093. RLMM: A Genotype Calling Algorithm for Affymetrix SNP Arrays

Affymetrix SNPアレイのための遺伝子型コーリングアルゴリズム

1093. sagenhaft: Collection of functions for reading and comparing SAGE libraries

SAGEライブラリーを読んで比較するための関数集

1093. scPipe: pipeline for single cell RNA-seq data analysis

単一細胞RNA配列データ解析のためのパイプライン

1093. SharedObject: Sharing R objects across multiple R processes without memory duplication

メモリの重複なしに複数のRプロセスでRオブジェクトを共有する

1093. TFEA.ChIP: Analyze Transcription Factor Enrichment

転写因子濃縮を分析する

1111. bayNorm: Single-cell RNA sequencing data normalization

単一細胞RNA配列決定データの正規化

1111. BEAT: BEAT – BS-Seq Epimutation Analysis Toolkit

BEAT – BS-Seqエピミュテーション解析ツールキット

1111. branchpointer: Prediction of intronic splicing branchpoints

イントロンスプライシング分岐点の予測

1111. DeMixT: Cell type-specific deconvolution of heterogeneous tumor samples with two or three components using expression data from RNAseq or microarray platforms

RNAseqまたはマイクロアレイプラットフォームからの発現データを用いた2または3成分による不均一腫瘍試料の細胞型特異的デコンボリューション

1111. easier: Estimate Systems Immune Response from RNA-seq data

RNA-seqデータからのシステム免疫応答の推定

1111. esATAC: An Easy-to-use Systematic pipeline for ATACseq data analysis

ATACseqデータ解析のための使いやすい系統的パイプライン

1111. flowBin: Combining multitube flow cytometry data by binning

ビニングによるマルチチューブフローサイトメトリーデータの結合

1111. lpNet: Linear Programming Model for Network Inference

ネットワーク推論のための線形計画モデル

1111. NanoMethViz: Visualise methlation data from Oxford Nanopore sequencing

オックスフォード・ナノポア・シーケンシングによるメトレーションデータの可視化

1111. PANR: Posterior association networks and functional modules inferred from rich phenotypes of gene perturbations

遺伝子摂動の豊富な表現型から推論される事後関連ネットワークと機能モジュール

1111. roar: Identify differential APA usage from RNA-seq alignments

RNA-seqアライメントからのAPA使用量の差を特定する

1111. SigFuge: SigFuge

SigFuge

1111. Structstrings: Implementation of the dot bracket annotations with Biostrings

バイオストリングを使用したドットブラケット注釈の実装

1124. antiProfiles: Implementation of gene expression anti-profiles

遺伝子発現アンチプロファイルの実装

1124. ARRmNormalization: Adaptive Robust Regression normalization for Illumina methylation data

Illuminaメチル化データのための適応ロバスト回帰正規化

1124. blima: Tools for the preprocessing and analysis of the Illumina microarrays on the detector (bead) level

イルミナのマイクロアレイを検出器（ビーズ）レベルで前処理および分析するためのツール

1124. consensusOV: Gene expression-based subtype classification for high-grade serous ovarian cancer

高悪性度漿液性卵巣癌に対する遺伝子発現に基づくサブタイプ分類

1124. cytoMEM: Marker Enrichment Modeling (MEM)

マーカーエンリッチメントモデリング(MEM)

1124. eiR: Accelerated similarity searching of small molecules

小分子の加速類似検索

1124. HiCDCPlus: Hi-C Direct Caller Plus

Hi-Cダイレクトコーラープラス

1124. INPower: An R package for computing the number of susceptibility SNPs

磁化率SNPの数を計算するためのRパッケージ

1124. IsoCorrectoR: Correction for natural isotope abundance and tracer purity in MS and MS/MS data from stable isotope labeling experiments

安定同位体標識実験からのMSおよびMS / MSデータにおける天然同位体存在量およびトレーサ純度の補正

1124. MEDME: Modelling Experimental Data from MeDIP Enrichment

MeDIP濃縮からの実験データのモデリング

1124. metahdep: Hierarchical Dependence in Meta-Analysis

メタ分析における階層的依存

1124. MSA2dist: MSA2dist calculates pairwise distances between all sequences of a DNAStringSet or a AAStringSet using a custom score matrix and conducts codon based analysis

MSA2distは、DNAStringSetまたはAAStringSetの全配列間のペアワイズ距離をカスタムスコア行列を用いて計算し、コドンベースの解析を行う。

1124. ramwas: Fast Methylome-Wide Association Study Pipeline for Enrichment Platforms

濃縮プラットフォームのための高速メチロームワイド関連研究パイプライン

1124. randPack: Randomization routines for Clinical Trials

臨床試験の無作為化ルーチン

1124. RSeqAn: R SeqAn

R SeqAn

1124. ssviz: A small RNA-seq visualizer and analysis toolkit

小型のRNAシークビジュアライザおよび解析ツールキット

1124. VegaMC: VegaMC: A Package Implementing a Variational Piecewise Smooth Model for Identification of Driver Chromosomal Imbalances in Cancer

VegaMC：癌におけるドライバー染色体不均衡の同定のための変分区分平滑モデルを実装するパッケージ

1141. alevinQC: Generate QC Reports For Alevin Output

Alevin出力用のQCレポートを生成する

1141. AnVILBase: Generic functions for interacting with the AnVIL ecosystem

AnVILエコシステムと対話するための汎用関数

1141. BPRMeth: Model higher-order methylation profiles

高次メチル化プロファイルのモデル化

1141. cosmosR: COSMOS (Causal Oriented Search of Multi-Omic Space)

COSMOS (Causal Oriented Search of Multi-Omic Space)

1141. cytoviewer: An interactive multi-channel image viewer for R

Rのための対話型マルチチャンネル画像ビューア

1141. flowBeads: flowBeads: Analysis of flow bead data

flowBeads：フロービーズデータの解析

1141. flowCHIC: Analyze flow cytometric data using histogram information

ヒストグラム情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

1141. hiReadsProcessor: Functions to process LM-PCR reads from 454/Illumina data

454 / IlluminaのデータからLM-PCR読み取りを処理する機能

1141. IVAS: Identification of genetic Variants affecting Alternative Splicing

オルタナティブスプライシングに影響を及ぼす遺伝的変異体の同定

1141. MACSr: MACS: Model-based Analysis for ChIP-Seq

MACS: ChIP-Seqのモデルベース解析

1141. MiChip: MiChip Parsing and Summarizing Functions

MiChipの構文解析および要約機能

1141. MoonlightR: Identify oncogenes and tumor suppressor genes from omics data

オミックスデータから癌遺伝子と腫瘍抑制遺伝子を同定する

1141. Oscope: Oscope – A statistical pipeline for identifying oscillatory genes in unsynchronized single cell RNA-seq

Oscope – 非同期単一細胞RNA配列における振動遺伝子を同定するための統計的パイプライン

1141. prebs: Probe region expression estimation for RNA-seq data for improved microarray comparability

改善されたマイクロアレイ比較可能性のためのRNA配列データのためのプローブ領域発現推定

1141. scPCA: Sparse Contrastive Principal Component Analysis

疎な主成分分析

1141. SELEX: Functions for analyzing SELEX-seq data

SELEX-seqデータ解析機能

1141. TMixClust: Time Series Clustering of Gene Expression with Gaussian Mixed-Effects Models and Smoothing Splines

ガウス混合効果モデルと平滑化スプラインを用いた遺伝子発現の時系列クラスタリング

1158. CNVRanger: Summarization and expression/phenotype association of CNV ranges

CNV範囲の要約および発現/表現型の関連

1158. compEpiTools: Tools for computational epigenomics

計算エピゲノミクスのためのツール

1158. diffGeneAnalysis: Performs differential gene expression Analysis

遺伝子発現差解析を実行します

1158. GSEABenchmarkeR: Reproducible GSEA Benchmarking

再現性のあるGSEAベンチマーク

1158. maPredictDSC: Phenotype prediction using microarray data: approach of the best overall team in the IMPROVER Diagnostic Signature Challenge

マイクロアレイデータを用いた表現型予測：IMPROVER診断シグネチャチャレンジにおける最良の総合チームのアプローチ

1158. massiR: massiR: MicroArray Sample Sex Identifier

massiR：MicroArrayサンプルの性別識別子

1158. methylMnM: detect different methylation level (DMR)

異なるメチル化レベル（DMR）を検出

1158. podkat: Position-Dependent Kernel Association Test

位置依存カーネルアソシエーションテスト

1158. Pviz: Peptide Annotation and Data Visualization using Gviz

Gvizを用いたペプチドアノテーションとデータの可視化

1158. rfPred: Assign rfPred functional prediction scores to a missense variants list

rfPred機能予測スコアをミスセンス変異体リストに割り当てる

1158. rRDP: Interface to the RDP Classifier

RDPクラシファイアへのインタフェース

1158. RUVnormalize: RUV for normalization of expression array data

式配列データの正規化のためのRUV

1158. SpotClean: SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data

SpotClean は空間的トランスクリプトミクスデータにおけるスポットスワッピングを調整する

1158. STATegRa: Classes and methods for multi-omics data integration

マルチオミックスデータ統合のためのクラスと方法

1158. timeOmics: Time-Course Multi-Omics data integration

タイムコース・マルチオミックスのデータ統合

1173. ASEB: Predict Acetylated Lysine Sites

アセチル化リジン部位の予測

1173. CoverageView: Coverage visualization package for R

R用カバレッジ視覚化パッケージ

1173. ddPCRclust: Clustering algorithm for ddPCR data

ddPCRデータのためのクラスタリングアルゴリズム

1173. DTA: Dynamic Transcriptome Analysis

動的トランスクリプトーム解析

1173. FamAgg: Pedigree Analysis and Familial Aggregation

血統分析と家族の集計

1173. fastLiquidAssociation: functions for genome-wide application of Liquid Association

Liquid Associationのゲノムワイドな応用のための機能

1173. flagme: Analysis of Metabolomics GC/MS Data

メタボロミクスGC / MSデータの分析

1173. ibh: Interaction Based Homogeneity for Evaluating Gene Lists

遺伝子リストを評価するための相互作用に基づく均一性

1173. npGSEA: Permutation approximation methods for gene set enrichment analysis (non-permutation GSEA)

遺伝子セット濃縮解析のための順列近似法（非順列GSEA）

1173. scGPS: A complete analysis of single cell subpopulations, from identifying subpopulations to analysing their relationship (scGPS = single cell Global Predictions of Subpopulation)

亜集団の特定からそれらの関係の分析までの単一細胞亜集団の完全な分析（scGPS =単一細胞亜集団のグローバル予測）

1173. SNAGEE: Signal-to-Noise applied to Gene Expression Experiments

遺伝子発現実験に適用したSN比

1173. tRNA: Analyzing tRNA sequences and structures

tRNAの配列と構造の解析

1185. anota2seq: Generally applicable transcriptome-wide analysis of translational efficiency using anota2seq

anota2seqを用いた、トランスクリプトームワイドな翻訳効率の解析

1185. CausalR: Causal network analysis methods

因果ネットワーク分析法

1185. combi: Compositional omics model based visual integration

組成オミックスモデルに基づく視覚的統合

1185. CytoDx: Robust prediction of clinical outcomes using cytometry data without cell gating

細胞ゲーティングなしのサイトメトリーデータを用いた臨床転帰のロバスト予測

1185. ggsc: Visualizing Single Cell Data

単一細胞データの可視化

1185. maCorrPlot: Visualize artificial correlation in microarray data

マイクロアレイデータ中の人工的な相関関係を可視化する

1185. MeasurementError.cor: Measurement Error model estimate for correlation coefficient

相関係数の測定誤差モデルの推定

1185. miRNApath: miRNApath: Pathway Enrichment for miRNA Expression Data

miRNApath：miRNA発現データのための経路濃縮

1185. OncoSimulR: Forward Genetic Simulation of Cancer Progression with Epistasis

エピスタシスを伴う癌進行の順方向遺伝的シミュレーション

1185. paircompviz: Multiple comparison test visualization

多重比較テストの視覚化

1185. PhenStat: Statistical analysis of phenotypic data

表現型データの統計解析

1185. RCyjs: Display and manipulate graphs in cytoscape.js

cytoscape.jsでグラフを表示および操作する

1185. seqsetvis: Set Based Visualizations for Next-Gen Sequencing Data

次世代シーケンスデータのための集合ベースの可視化

1185. signeR: Empirical Bayesian approach to mutational signature discovery

突然変異シグネチャ発見への経験的ベイジアンアプローチ

1185. specL: specL – Prepare Peptide Spectrum Matches for Use in Targeted Proteomics

specL – ターゲットプロテオミクスで使用するためのペプチドスペクトルマッチの準備

1185. traseR: GWAS trait-associated SNP enrichment analyses in genomic intervals

ゲノム間隔におけるGWAS形質関連SNP濃縮分析

1201. AlpsNMR: Automated spectraL Processing System for NMR

NMR用自動スペクトル処理システム

1201. artMS: Analytical R tools for Mass Spectrometry

質量分析用分析Rツール

1201. BANDITS: BANDITS: Bayesian ANalysis of DIfferenTial Splicing

BANDITS：差別的スプライシングのベイズ分析

1201. BiGGR: Constraint based modeling in R using metabolic reconstruction databases

代謝再構成データベースを用いたRにおける制約ベースモデリング

1201. CNVPanelizer: Reliable CNV detection in targeted sequencing applications

標的シークエンシング用途における信頼できるCNV検出

1201. consensusSeekeR: Detection of consensus regions inside a group of experiences using genomic positions and genomic ranges

ゲノム位置とゲノム範囲を用いた経験群内のコンセンサス領域の検出

1201. FastqCleaner: A Shiny Application for Quality Control, Filtering and Trimming of FASTQ Files

FASTQファイルの品質管理、フィルタリング、トリミングのための光沢のあるアプリケーション

1201. genArise: Microarray Analysis tool

マイクロアレイ解析ツール

1201. GenomicTuples: Representation and Manipulation of Genomic Tuples

ゲノムタプルの表現と操作

1201. GSReg: Gene Set Regulation (GS-Reg)

遺伝子セット制御（GS-Reg）

1201. immunoClust: immunoClust – Automated Pipeline for Population Detection in Flow Cytometry

immunoClust – フローサイトメトリーにおける個体数検出のための自動パイプライン

1201. IWTomics: Interval-Wise Testing for Omics Data

オミックスデータのための区間ごとのテスト

1201. MetCirc: Navigating mass spectral similarity in high-resolution MS/MS metabolomics data

高分解能MS / MSメタボロミクスデータにおけるマススペクトル類似性のナビゲート

1201. methylscaper: Visualization of Methylation Data

メチル化データの可視化

1201. mirIntegrator: Integrating microRNA expression into signaling pathways for pathway analysis

経路分析のためのシグナル伝達経路へのマイクロRNA発現の統合

1201. rTRMui: A shiny user interface for rTRM

rTRM用の光沢のあるユーザーインターフェース

1201. UNDO: Unsupervised Deconvolution of Tumor-Stromal Mixed Expressions

腫瘍 – 間質混合式の教師なしデコンボリューション

1201. wavClusteR: Sensitive and highly resolved identification of RNA-protein interaction sites in PAR-CLIP data

PAR ‐ CLIPデータにおけるRNA‐蛋白質相互作用部位の高感度で高分解能の同定

1219. annmap: Genome annotation and visualisation package pertaining to Affymetrix arrays and NGS analysis.

Affymetrix配列とNGS分析に関連するゲノム注釈と可視化パッケージ。

1219. ASGSCA: Association Studies for multiple SNPs and multiple traits using Generalized Structured Equation Models

一般化構造化方程式モデルを用いた多重SNPおよび多重形質の関連研究

1219. atSNP: Affinity test for identifying regulatory SNPs

調節性SNPを同定するための親和性試験

1219. BioCor: Functional similarities

機能的な類似点

1219. casper: Characterization of Alternative Splicing based on Paired-End Reads

ペアエンドリードに基づくオルタナティブスプライシングの特性化

1219. ccfindR: Cancer Clone Finder

癌クローンファインダー

1219. cellbaseR: Querying annotation data from the high performance Cellbase web

高性能Cellbase Webからの注釈データの照会

1219. COCOA: Coordinate Covariation Analysis

座標共変動分析

1219. CONFESS: Cell OrderiNg by FluorEScence Signal

蛍光シグナルによる細胞配列

1219. COTAN: COexpression Tables ANalysis

CO発現テーブルのANalysis

1219. GraphAlignment: GraphAlignment

GraphAlignment

1219. GSCA: GSCA: Gene Set Context Analysis

GSCA：遺伝子セットコンテキスト分析

1219. hmdbQuery: utilities for exploration of human metabolome database

ヒトメタボロームデータベースの探索のためのユーティリティ

1219. messina: Single-gene classifiers and outlier-resistant detection of differential expression for two-group and survival problems.

二群問題および生存問題のための単一遺伝子分類器および差次的発現の異常値耐性検出

1219. MsDataHub: Mass Spectrometry Data on ExperimentHub

質量分析データをExperimentHubに掲載

1219. occugene: Functions for Multinomial Occupancy Distribution

多項占有分布のための関数

1219. projectR: Functions for the projection of weights from PCA, CoGAPS, NMF, correlation, and clustering

PCA、CoGAPS、NMF、相関、およびクラスタリングから重みを射影するための関数

1219. ribosomeProfilingQC: Ribosome Profiling Quality Control

リボソームプロファイリングの品質管理

1219. rnaseqcomp: Benchmarks for RNA-seq Quantification Pipelines

RNAシーケンス定量パイプラインのベンチマーク

1219. sincell: R package for the statistical assessment of cell state hierarchies from single-cell RNA-seq data

単一細胞RNA配列データからの細胞状態階層の統計的評価のためのRパッケージ

1219. splineTimeR: Time-course differential gene expression data analysis using spline regression models followed by gene association network reconstruction

スプライン回帰モデルとそれに続く遺伝子関連ネットワーク再構築を用いた経時的微分遺伝子発現データ解析

1240. banocc: Bayesian ANalysis Of Compositional Covariance

組成共分散のベイズ分析

1240. BBCAnalyzer: BBCAnalyzer: an R/Bioconductor package for visualizing base counts

BBCAnalyzer：塩基数を可視化するためのR / Bioconductorパッケージ

1240. cellxgenedp: Discover and Access Single Cell Data Sets in the cellxgene Data Portal

細胞データセットにアクセスできるcellxgeneデータポータル

1240. ChIPComp: Quantitative comparison of multiple ChIP-seq datasets

複数のChIP-seqデータセットの定量的比較

1240. chromDraw: chromDraw is a R package for drawing the schemes of karyotypes in the linear and circular fashion.

chromDrawは、核型のスキームを線型と円形で描画するためのRパッケージです。

1240. crisprViz: Visualization Functions for CRISPR gRNAs

CRISPR gRNAのための可視化機能

1240. EventPointer: An effective identification of alternative splicing events using junction arrays and RNA-Seq data

ジャンクションアレイとRNA ‐ Seqデータを用いたオルタナティブスプライシング事象の効果的同定

1240. hierGWAS: Asessing statistical significance in predictive GWA studies

予測GWA研究における統計的有意性の評価

1240. INSPEcT: Analysis of 4sU-seq and RNA-seq time-course data

4sU-seqおよびRNA-seqタイムコースデータの解析

1240. iterativeBMAsurv: The Iterative Bayesian Model Averaging (BMA) Algorithm For Survival Analysis

生存分析のための反復ベイズモデル平均化（BMA）アルゴリズム

1240. MAGAR: MAGAR: R-package to compute methylation Quantitative Trait Loci (methQTL) from DNA methylation and genotyping data

MAGAR: DNAメチル化とジェノタイピングデータからメチル化定量的形質遺伝子(methQTL)を計算するRパッケージ

1240. MBASED: Package containing functions for ASE analysis using Meta-analysis Based Allele-Specific Expression Detection

メタ分析に基づく対立遺伝子特異的発現検出を用いたASE分析のための機能を含むパッケージ

1240. MesKit: A tool kit for dissecting cancer evolution from multi-region derived tumor biopsies via somatic alterations

多領域由来の腫瘍生検から体細胞変化を介して癌の進化を解剖するためのツールキット

1240. miRcomp: Tools to assess and compare miRNA expression estimatation methods

miRNA発現推定法を評価および比較するためのツール

1240. msPurity: Automated Evaluation of Precursor Ion Purity for Mass Spectrometry Based Fragmentation in Metabolomics

メタボロミクスにおける質量分析に基づくフラグメンテーションのための前駆イオン純度の自動評価

1240. multiWGCNA: multiWGCNA

multiWGCNA

1240. musicatk: Mutational Signature Comprehensive Analysis Toolkit

変異シグネチャ包括的解析ツールキット

1240. RareVariantVis: A suite for analysis of rare genomic variants in whole genome sequencing data

全ゲノム配列決定データにおけるまれなゲノム変異体の分析のためのスイート

1240. similaRpeak: Metrics to estimate a level of similarity between two ChIP-Seq profiles

2つのChIP-Seqプロファイル間の類似性レベルを推定するためのメトリック

1240. ternarynet: Ternary Network Estimation

三値ネットワーク推定

1260. BiocHubsShiny: View AnnotationHub and ExperimentHub Resources Interactively

AnnotationHubとExperimentHubのリソースをインタラクティブに表示

1260. COSNet: Cost Sensitive Network for node label prediction on graphs with highly unbalanced labelings

非常に不均衡なラベル付けを用いたグラフ上のノードラベル予測のためのコストに敏感なネットワーク

1260. cpvSNP: Gene set analysis methods for SNP association p-values that lie in genes in given gene sets

与えられた遺伝子セットの遺伝子にあるSNP関連p値のための遺伝子セット分析法

1260. extraChIPs: Additional functions for working with ChIP-Seq data

ChIP-Seqデータを扱うための追加機能

1260. GeneBreak: Gene Break Detection

遺伝子破壊検出

1260. LymphoSeq: Analyze high-throughput sequencing of T and B cell receptors

TおよびB細胞受容体のハイスループットシークエンシングを解析する

1260. methylSig: MethylSig: Differential Methylation Testing for WGBS and RRBS Data

MethylSig. WGBSとRRBSデータのための差分メチル化試験

1260. NanoTube: An Easy Pipeline for NanoString nCounter Data Analysis

NanoString nCounterデータ解析のための簡単なパイプライン

1260. NTW: Predict gene network using an Ordinary Differential Equation (ODE) based method

常微分方程式（ODE）に基づく方法を用いた遺伝子ネットワークの予測

1260. pairkat: PaIRKAT

PaIRKAT

1260. Path2PPI: Prediction of pathway-related protein-protein interaction networks

経路関連タンパク質 – タンパク質相互作用ネットワークの予測

1260. pepXMLTab: Parsing pepXML files and filter based on peptide FDR.

pepXMLファイルの解析とペプチドFDRに基づくフィルタ。

1260. ProteoMM: Multi-Dataset Model-based Differential Expression Proteomics Analysis Platform

マルチデータセットモデルに基づく差次的発現プロテオミクス分析プラットフォーム

1260. RBM: RBM: a R package for microarray and RNA-Seq data analysis

RBM：マイクロアレイおよびRNA-Seqデータ解析用のRパッケージ

1260. Rnits: R Normalization and Inference of Time Series data

時系列データの正規化と推論

1260. RUVcorr: Removal of unwanted variation for gene-gene correlations and related analysis

遺伝子間相関および関連分析のための不要な変異の除去

1260. SIMAT: GC-SIM-MS data processing and alaysis tool

GC-SIM-MSデータ処理および分析ツール

1260. SNPhood: SNPhood: Investigate, quantify and visualise the epigenomic neighbourhood of SNPs using NGS data

SNPhood：NGSデータを使用してSNPのエピゲノム近傍を調査、定量化、および視覚化する

1260. SpatialCPie: Cluster analysis of Spatial Transcriptomics data

空間トランスクリプトミクスデータのクラスター分析

1279. APAlyzer: A toolkit for APA analysis using RNA-seq data

RNA-seqデータを使用したAPA分析のためのツールキット

1279. BaalChIP: BaalChIP: Bayesian analysis of allele-specific transcription factor binding in cancer genomes

BaalChIP：癌ゲノムにおける対立遺伝子特異的転写因子結合のベイズ分析

1279. bigmelon: Illumina methylation array analysis for large experiments

大規模実験のためのイルミナメチル化アレイ分析

1279. bioCancer: Interactive Multi-Omics Cancers Data Visualization and Analysis

対話型マルチオミックスキャンセラによるデータの可視化と分析

1279. CiteFuse: CiteFuse: multi-modal analysis of CITE-seq data

CiteFuse: CITE-seqデータのマルチモーダル解析

1279. deltaGseg: deltaGseg

deltaGseg

1279. EGAD: Extending guilt by association by degree

学位による協会による罪悪感の拡大

1279. FitHiC: Confidence estimation for intra-chromosomal contact maps

染色体内接触マップの信頼性推定

1279. flowPlots: flowPlots: analysis plots and data class for gated flow cytometry data

flowPlots：ゲートフローサイトメトリーデータの解析プロットとデータクラス

1279. iCheck: QC Pipeline and Data Analysis Tools for High-Dimensional Illumina mRNA Expression Data

高次元イルミナmRNA発現データのためのQCパイプラインとデータ分析ツール

1279. MetaCyto: MetaCyto: A package for meta-analysis of cytometry data

MetaCyto：サイトメトリーデータのメタ分析のためのパッケージ

1279. MGFM: Marker Gene Finder in Microarray gene expression data

マイクロアレイ遺伝子発現データ中のマーカー遺伝子ファインダー

1279. mpra: Analyze massively parallel reporter assays

超並列レポーターアッセイの分析

1279. pickgene: Adaptive Gene Picking for Microarray Expression Data Analysis

マイクロアレイ発現データ解析のための適応遺伝子ピッキング

1279. REMP: Repetitive Element Methylation Prediction

反復要素メチル化予測

1279. spikeLI: Affymetrix Spike-in Langmuir Isotherm Data Analysis Tool

Affymetrix Spike-in Langmuir等温線データ解析ツール

1279. TADCompare: TADCompare: Identification and characterization of differential TADs

TADCompare.差動TADの同定と特性評価

1279. transcriptR: An Integrative Tool for ChIP- And RNA-Seq Based Primary Transcripts Detection and Quantification

ChIPおよびRNA ‐ Seqに基づく一次転写産物検出および定量化のための統合的ツール

1297. BASiCStan: Stan implementation of BASiCS

BASiCSのStan実装

1297. BLMA: BLMA: A package for bi-level meta-analysis

BLMA：バイレベルメタアナリシスのためのパッケージ

1297. cfDNAPro: This Package Helps Characterise and Visualise Whole Genome Sequencing Data from Liquid Biopsy

このパッケージは、液体生検からの全ゲノムシークエンシングデータの特徴付けと可視化を支援します。

1297. crisprVerse: Easily install and load the crisprVerse ecosystem for CRISPR gRNA design

CRISPR gRNA設計のためのcrisprVerseエコシステムの容易なインストールとロード

1297. diggit: Inference of Genetic Variants Driving Cellular Phenotypes

細胞表現型を駆動する遺伝的変異体の推論

1297. flowSpecs: Tools for processing of high-dimensional cytometry data

高次元のサイトメトリーデータを処理するためのツール

1297. genoCN: genotyping and copy number study tools

ジェノタイピングおよびコピー数調査ツール

1297. iGC: An integrated analysis package of Gene expression and Copy number alteration

遺伝子発現とコピー数改変の統合分析パッケージ

1297. metagene2: A package to produce metagene plots

メタゲンプロットを作成するためのパッケージ

1297. proBAMr: Generating SAM file for PSMs in shotgun proteomics data

ショットガンプロテオミクスデータにおけるPSM用のSAMファイルの生成

1297. qsea: IP-seq data analysis and vizualization

IP-seqデータ解析と視覚化

1297. SemDist: Information Accretion-based Function Predictor Evaluation

情報付加に基づく機能予測評価

1297. sevenbridges: Seven Bridges Platform API Client and Common Workflow Language Tool Builder in R

Rの7つの橋プラットフォームAPIクライアントと共通ワークフロー言語ツールビルダー

1297. sigsquared: Gene signature generation for functionally validated signaling pathways

機能的に検証されたシグナル伝達経路のための遺伝子サイン生成

1297. SpectralTAD: SpectralTAD: Hierarchical TAD detection using spectral clustering

SpectralTAD：スペクトルクラスタリングを用いた階層的TAD検出

1297. TFutils: TFutils

TFutils

1297. xmapbridge: Export plotting files to the xmapBridge for visualisation in X:Map

X：Mapで視覚化するためにプロットファイルをxmapBridgeにエクスポートする

1314. CellMixS: Evaluate Cellspecific Mixing

細胞特異的混合を評価する

1314. CeTF: Coexpression for Transcription Factors using Regulatory Impact Factors and Partial Correlation and Information Theory analysis

調節性影響因子を用いた転写因子の共発現と部分相関・情報理論解析

1314. clustComp: Clustering Comparison Package

クラスタリング比較パッケージ

1314. diffuStats: Diffusion scores on biological networks

生物学的ネットワーク上の拡散スコア

1314. DriverNet: Drivernet: uncovering somatic driver mutations modulating transcriptional networks in cancer

Drivernet：癌における転写ネットワークを調節する体細胞ドライバー変異の発見

1314. GA4GHclient: A Bioconductor package for accessing GA4GH API data servers

GA4GH APIデータサーバーにアクセスするためのBioconductorパッケージ

1314. GBScleanR: Error correction tool for noisy genotyping by sequencing (GBS) data

ノイズの多いGBS(genotyping by sequencing)データのエラー修正ツール

1314. infinityFlow: Augmenting Massively Parallel Cytometry Experiments Using Multivariate Non-Linear Regressions

多変量非線形回帰を用いた超並列細胞診実験の拡張

1314. Mergeomics: Integrative network analysis of omics data

オミックスデータの統合ネットワーク分析

1314. metabolomicsWorkbenchR: Metabolomics Workbench in R

メタボロミクスワークベンチ

1314. metaseqR2: An R package for the analysis and result reporting of RNA-Seq data by combining multiple statistical algorithms

複数の統計アルゴリズムを組み合わせたRNA-Seqデータの解析と結果報告のためのRパッケージ

1314. Scale4C: Scale4C: an R/Bioconductor package for scale-space transformation of 4C-seq data

Scale 4 C：4 Cシーケンスデータのスケール空間変換のためのR / Bioconductorパッケージ

1314. Spaniel: Spatial Transcriptomics Analysis

空間トランスクリプトミクス分析

1327. clusterSeq: Clustering of high-throughput sequencing data by identifying co-expression patterns

共発現パターンの同定によるハイスループット配列決定データのクラスタリング

1327. DiscoRhythm: Interactive Workflow for Discovering Rhythmicity in Biological Data

生物学的データにおける律動性を発見するための対話型ワークフロー

1327. GeneStructureTools: Tools for spliced gene structure manipulation and analysis

スプライス遺伝子構造の操作と解析のためのツール

1327. GRENITS: Gene Regulatory Network Inference Using Time Series

時系列を用いた遺伝子制御ネットワークの推論

1327. iASeq: iASeq: integrating multiple sequencing datasets for detecting allele-specific events

iASeq：対立遺伝子特異的事象を検出するための複数の配列決定データセットの統合

1327. iPAC: Identification of Protein Amino acid Clustering

タンパク質アミノ酸クラスタリングの同定

1327. MantelCorr: Compute Mantel Cluster Correlations

マントルクラスター相関の計算

1327. metabomxtr: A package to run mixture models for truncated metabolomics data with normal or lognormal distributions

正規分布または対数正規分布を持つ切り捨てられたメタボロミクスデータの混合モデルを実行するためのパッケージ

1327. MIRA: Methylation-Based Inference of Regulatory Activity

メチル化に基づく調節活性の推定

1327. ngsReports: Load FastqQC reports and other NGS related files

FastqQCレポートと他のNGS関連ファイルをロードする

1327. pathwayPCA: Integrative Pathway Analysis with Modern PCA Methodology and Gene Selection

現代のPCA方法論と遺伝子選択による統合的経路分析

1327. pepStat: Statistical analysis of peptide microarrays

ペプチドマイクロアレイの統計解析

1327. RITAN: Rapid Integration of Term Annotation and Network resources

用語注釈とネットワークリソースの迅速な統合

1327. TIN: Transcriptome instability analysis

トランスクリプトーム不安定性解析

1327. tRNAdbImport: Importing from tRNAdb and mitotRNAdb as GRanges objects

GRangesオブジェクトとしてのtRNA dbおよびmitotRNA dbからのインポート

1342. ADImpute: Adaptive Dropout Imputer (ADImpute)

適応型ドロップアウトインピュータ（ADImpute）

1342. AMOUNTAIN: Active modules for multilayer weighted gene co-expression networks: a continuous optimization approach

多層加重遺伝子共発現ネットワークのためのアクティブモジュール：連続最適化アプローチ

1342. basecallQC: Working with Illumina Basecalling and Demultiplexing input and output files

Illumina BasecallingおよびDemultiplexingの入力ファイルと出力ファイルの操作

1342. bgx: Bayesian Gene eXpression

ベイジアン遺伝子発現

1342. BioTIP: BioTIP: An R package for characterization of Biological Tipping-Point

BioTIP：生物学的転換点の特性化のためのRパッケージ

1342. cbaf: Automated functions for comparing various data from cbioportal.org

cbioportal.orgからのさまざまなデータを比較するための自動化機能

1342. cTRAP: Identification of candidate causal perturbations from differential gene expression data

示差的遺伝子発現データからの候補原因摂動の同定

1342. EasyCellType: Annotate cell types for scRNA-seq data

scRNA-seqデータに対する細胞タイプのアノテーション

1342. fCI: f-divergence Cutoff Index for Differential Expression Analysis in Transcriptomics and Proteomics

トランスクリプトミクスおよびプロテオミクスにおける示差発現分析のためのf発散カットオフ指数

1342. flowGate: Interactive Cytometry Gating in R

Rによるインタラクティブなサイトメトリーゲーティング

1342. GenomicOZone: Delineate outstanding genomic zones of differential gene activity

差次的な遺伝子活性の顕著なゲノムゾーンを描く

1342. goSTAG: A tool to use GO Subtrees to Tag and Annotate Genes within a set

GOサブツリーを使用してセット内の遺伝子にタグ付けおよび注釈を付けるためのツール

1342. KEGGlincs: Visualize all edges within a KEGG pathway and overlay LINCS data

KEGG経路内のすべてのエッジを可視化してLINCSデータをオーバーレイする

1342. lapmix: Laplace Mixture Model in Microarray Experiments

マイクロアレイ実験におけるラプラス混合モデル

1342. MethTargetedNGS: Perform Methylation Analysis on Next Generation Sequencing Data

次世代シーケンスデータでメチル化解析を実行する

1342. miaSim: Microbiome Data Simulation

マイクロバイオームデータのシミュレーション

1342. miRNAmeConverter: Convert miRNA Names to Different miRBase Versions

miRNA名を異なるmiRBaseバージョンに変換する

1342. MPRAnalyze: Statistical Analysis of MPRA data

MPRAデータの統計解析

1342. MultiBaC: Multiomic Batch effect Correction

マルチミックバッチ効果補正

1342. MultiMed: Testing multiple biological mediators simultaneously

複数の生物学的メディエータを同時にテストする

1342. oppar: Outlier profile and pathway analysis in R

Rにおける異常値プロファイルと経路解析

1342. panelcn.mops: CNV detection tool for targeted NGS panel data

ターゲットNGSパネルデータ用のCNV検出ツール

1342. recountmethylation: Access and Analyze DNA Methylation Array Databases

DNAメチル化アレイデータベースへのアクセスと解析

1342. RTNduals: Analysis of co-regulation and inference of ‘dual regulons’

「二重レギュロン」の共調節と推論の分析

1342. scDataviz: scDataviz: single cell dataviz and downstream analyses

scDataviz:シングルセルのデータを用いた解析とその下流の解析

1342. skewr: Visualize Intensities Produced by Illumina’s Human Methylation 450k BeadChip

イルミナのヒトメチル化による強度の可視化450k BeadChip

1368. biotmle: Targeted Learning with Moderated Statistics for Biomarker Discovery

バイオマーカー発見のための適度な統計を用いた標的学習

1368. cellity: Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data

シングルセルRNAシーケンスデータの品質管理

1368. ChIPexoQual: ChIPexoQual

ChIPexoQual

1368. circRNAprofiler: circRNAprofiler: An R-Based Computational Framework for the Downstream Analysis of Circular RNAs

circRNAprofiler：円形RNAの下流解析のためのRベースの計算フレームワーク

1368. cisPath: Visualization and management of the protein-protein interaction networks.

蛋白質 – 蛋白質相互作用ネットワークの可視化と管理

1368. esetVis: Visualizations of expressionSet Bioconductor object

expressionSetのビジュアライゼーションBioconductorオブジェクト

1368. geneAttribution: Identification of candidate genes associated with genetic variation

遺伝的変異に関連する候補遺伝子の同定

1368. GEOfastq: Downloads ENA Fastqs With GEO Accessions

GEO Accessionを含むENA Fastqsのダウンロード

1368. groHMM: GRO-seq Analysis Pipeline

GRO-seq分析パイプライン

1368. hoodscanR: Spatial cellular neighbourhood scanning in R

Rによる空間的細胞近傍スキャン

1368. iSeq: Bayesian Hierarchical Modeling of ChIP-seq Data Through Hidden Ising Models

隠れイジングモデルによるChIP ‐ seqデータのベイジアン階層モデリング

1368. MassArray: Analytical Tools for MassArray Data

MassArrayデータ用の解析ツール

1368. MatrixRider: Obtain total affinity and occupancies for binding site matrices on a given sequence

与えられた配列上の結合部位マトリックスに対する総親和性と占有率を求める

1368. MSstatsLiP: LiP Significance Analysis in shotgun mass spectrometry-based proteomic experiments

ショットガン質量分析ベースのプロテオミクス実験におけるLiP意義分析

1368. NewWave: Negative binomial model for scRNA-seq

scRNA-seqの負の二項モデル

1368. PCAN: Phenotype Consensus ANalysis (PCAN)

表現型コンセンサス分析（PCAN）

1368. seqCAT: High Throughput Sequencing Cell Authentication Toolkit

ハイスループットシーケンスセル認証ツールキット

1368. SWATH2stats: Transform and Filter SWATH Data for Statistical Packages

統計パッケージ用のSWATHデータの変換とフィルタリング

1368. TileDBArray: Using TileDB as a DelayedArray Backend

TileDBをDelayedArrayバックエンドとして使用する

1368. uSORT: uSORT: A self-refining ordering pipeline for gene selection

uSORT：遺伝子選択のための自己精製順序付けパイプライン

1388. ANF: Affinity Network Fusion for Complex Patient Clustering

複雑な患者クラスタリングのための親和性ネットワーク融合

1388. BiFET: Bias-free Footprint Enrichment Test

バイアスフリーフットプリント強化テスト

1388. biscuiteer: Convenience Functions for Biscuit

ビスケットの便利な機能

1388. breakpointR: Find breakpoints in Strand-seq data

Strand-seqデータでブレークポイントを見つける

1388. celaref: Single-cell RNAseq cell cluster labelling by reference

参照による単一細胞RNAseq細胞クラスター標識

1388. ChIPanalyser: ChIPanalyser: Predicting Transcription Factor Binding Sites

ChIPanalyser：転写因子結合部位の予測

1388. ChIPXpress: ChIPXpress: enhanced transcription factor target gene identification from ChIP-seq and ChIP-chip data using publicly available gene expression profiles

ChIPXpress：公に入手可能な遺伝子発現プロファイルを用いたChIP-seqおよびChIP-chipデータからの転写因子標的遺伝子同定の強化

1388. CINdex: Chromosome Instability Index

染色体不安定性指数

1388. Clomial: Infers clonal composition of a tumor

腫瘍のクローン構成を推測します

1388. corral: Correspondence Analysis for Single Cell Data

単一細胞データの対応付け解析

1388. DepecheR: Determination of essential phenotypic elements of clusters in high-dimensional entities

高次元実体におけるクラスターの必須表現型要素の決定

1388. dreamlet: Cohort-scale differential expression analysis of single cell data using linear (mixed) models

線形（混合）モデルを用いたシングルセルデータのコホートスケール差分発現解析

1388. FLAMES: FLAMES; Full Length Transcriptome Splicing and Mutation Analysis for Long-Read Data

FLAMES: 長時間読み取られたデータの完全長トランスクリプトームスプライシングおよび変異分析

1388. flowCyBar: Analyze flow cytometric data using gate information

ゲート情報を使用してフローサイトメトリーデータを分析する

1388. methInheritSim: Simulating Whole-Genome Inherited Bisulphite Sequencing Data

全ゲノム遺伝亜硫酸水素塩配列決定データのシミュレーション

1388. MSstatsQC: Longitudinal system suitability monitoring and quality control for proteomic experiments

プロテオミクス実験のための縦断的システム適合性モニタリングと品質管理

1388. NetPathMiner: NetPathMiner for Biological Network Construction, Path Mining and Visualization

生物学的ネットワーク構築、パスマイニングおよび可視化のためのNetPathMiner

1388. netSmooth: Network smoothing for scRNAseq

scRNAseqのネットワーク平滑化

1388. NPARC: Non-parametric analysis of response curves for thermal proteome profiling experiments

熱プロテオームプロファイリング実験のための応答曲線のノンパラメトリック解析

1388. omicRexposome: Exposome and omic data associatin and integration analysis

エクスポソームおよびオミックスデータの関連付けおよび統合分析

1388. OncoScore: A tool to identify potentially oncogenic genes

潜在的に発癌性の遺伝子を同定するためのツール

1388. swfdr: Science-wise false discovery rate and proportion of true null hypotheses estimation

科学的に誤った発見率と真の帰無仮説推定の割合

1388. synlet: Hits Selection for Synthetic Lethal RNAi Screen Data

合成致死RNAiスクリーンデータのためのヒット選択

1388. tanggle: Visualization of Phylogenetic Networks

系統樹ネットワークの視覚化

1388. yamss: Tools for high-throughput metabolomics

ハイスループットメタボロミクスのためのツール

1413. Doscheda: A DownStream Chemo-Proteomics Analysis Pipeline

ダウンストリーム化学プロテオミクス分析パイプライン

1413. epivizrChart: R interface to epiviz web components

epiviz WebコンポーネントへのRインターフェース

1413. ExperimentSubset: Manages subsets of data with Bioconductor Experiment objects

Bioconductor Experimentオブジェクトでデータのサブセットを管理する

1413. fastreeR: Phylogenetic, Distance and Other Calculations on VCF and Fasta Files

VCFおよびFastaファイルに対する系統、距離およびその他の計算

1413. FISHalyseR: FISHalyseR a package for automated FISH quantification

FISHalyseR自動FISH定量化のためのパッケージ

1413. flowTime: Annotation and analysis of biological dynamical systems using flow cytometry

フローサイトメトリーを用いた生体力学系のアノテーションと解析

1413. gCrisprTools: Suite of Functions for Pooled Crispr Screen QC and Analysis

プールされたCrisprスクリーンQCと分析のための機能一式

1413. GraphPAC: Identification of Mutational Clusters in Proteins via a Graph Theoretical Approach.

グラフ理論的アプローチによる蛋白質中の突然変異クラスターの同定

1413. loci2path: Loci2path: regulatory annotation of genomic intervals based on tissue-specific expression QTLs

Loci2path：組織特異的発現QTLに基づくゲノム間隔の規制注釈

1413. LRBaseDbi: DBI to construct LRBase-related package

LRBase関連パッケージを構築するためのDBI

1413. NCIgraph: Pathways from the NCI Pathways Database

NCI Pathwaysデータベースからの経路

1413. omicsPrint: Cross omic genetic fingerprinting

クロスオミック遺伝的フィンガープリント法

1413. OVESEG: OVESEG-test to detect tissue/cell-specific markers

組織/細胞特異的マーカーを検出するためのOVESEGテスト

1413. parglms: support for parallelized estimation of GLMs/GEEs

GLM / GEEの並列推定のサポート

1413. psichomics: Graphical Interface for Alternative Splicing Quantification, Analysis and Visualisation

オルタナティブスプライシングの定量化、分析および可視化のためのグラフィカルインターフェース

1413. QuaternaryProd: Computes the Quaternary Dot Product Scoring Statistic for Signed and Unsigned Causal Graphs

符号付きおよび符号なしの因果グラフの4次ドット積スコアを計算する

1413. recoup: An R package for the creation of complex genomic profile plots

複雑なゲノムプロファイルプロット作成用のRパッケージ

1413. rgsepd: Gene Set Enrichment / Projection Displays

遺伝子セット濃縮/投影ディスプレイ

1413. SANTA: Spatial Analysis of Network Associations

ネットワークアソシエーションの空間分析

1413. SigCheck: Check a gene signature’s prognostic performance against random signatures, known signatures, and permuted data/metadata

ランダムシグネチャ、既知のシグネチャ、および置換されたデータ/メタデータに対する遺伝子シグネチャの予後性能をチェックする

1413. sights: Statistics and dIagnostic Graphs for HTS

HTSの統計と診断グラフ

1413. timescape: Patient Clonal Timescapes

患者のクローンタイムスケープ

1413. topdownr: Investigation of Fragmentation Conditions in Top-Down Proteomics

トップダウンプロテオミクスにおける断片化条件の調査

1436. aggregateBioVar: Differential Gene Expression Analysis for Multi-subject scRNA-seq

マルチサブジェクトscRNA-seqのための差分遺伝子発現解析

1436. BadRegionFinder: BadRegionFinder: an R/Bioconductor package for identifying regions with bad coverage

BadRegionFinder：カバレッジの悪い地域を特定するためのR / Bioconductorパッケージ

1436. blacksheepr: Outlier Analysis for pairwise differential comparison

ペアワイズ差分比較の外れ値分析

1436. ctsGE: Clustering of Time Series Gene Expression data

時系列遺伝子発現データのクラスタリング

1436. DEScan2: Differential Enrichment Scan 2

示差濃縮スキャン2

1436. dks: The double Kolmogorov-Smirnov package for evaluating multiple testing procedures.

多重試験法を評価するための二重コルモゴロフ – スミルノフパッケージ

1436. epivizrStandalone: Run Epiviz Interactive Genomic Data Visualization App within R

R内でEpiviz Interactiveのゲノムデータ可視化アプリケーションを実行する

1436. FRGEpistasis: Epistasis Analysis for Quantitative Traits by Functional Regression Model

機能的回帰モデルによる量的形質のエピスタシス解析

1436. GEWIST: Gene Environment Wide Interaction Search Threshold

遺伝子環境ワイド相互作用検索閾値

1436. MCbiclust: Massive correlating biclusters for gene expression data and associated methods

遺伝子発現データと関連方法のための大規模相関二クラスタ

1436. methylCC: Estimate the cell composition of whole blood in DNA methylation samples

DNAメチル化サンプルの全血の細胞組成を推定する

1436. MsBackendMassbank: Mass Spectrometry Data Backend for MassBank record Files

MassBankレコードファイルの質量分析データバックエンド

1436. nucleoSim: Generate synthetic nucleosome maps

合成ヌクレオソームマップを作成する

1436. PhyloProfile: PhyloProfile

PhyloProfile

1436. RCASPAR: A package for survival time prediction based on a piecewise baseline hazard Cox regression model.

区分ベースラインハザードCox回帰モデルに基づく生存期間予測のためのパッケージ

1436. regutools: regutools: an R package for data extraction from RegulonDB

regutools: RegulonDB からのデータ抽出のための R パッケージ

1436. RJMCMCNucleosomes: Bayesian hierarchical model for genome-wide nucleosome positioning with high-throughput short-read data (MNase-Seq)

ハイスループット・ショートリードデータを用いたゲノムワイドなヌクレオソームポジショニングのためのベイジアン階層モデル（MNase-Seq）

1436. RNAAgeCalc: A multi-tissue transcriptional age calculator

マルチ組織転写年齢計算機

1436. runibic: runibic: row-based biclustering algorithm for analysis of gene expression data in R

runibic：Rにおける遺伝子発現データの解析のための行ベースバイクラスタリングアルゴリズム

1436. SpacePAC: Identification of Mutational Clusters in 3D Protein Space via Simulation.

シミュレーションによる3D蛋白質空間における突然変異クラスターの同定

1436. transformGamPoi: Variance Stabilizing Transformation for Gamma-Poisson Models

ガンマ・ポアソンモデルのための分散安定化変換

1436. Uniquorn: Identification of cancer cell lines based on their weighted mutational/ variational fingerprint

それらの加重突然変異/変異フィンガープリントに基づく癌細胞株の同定

1458. Anaquin: Statistical analysis of sequins

スパンコールの統計解析

1458. BioNAR: Biological Network Analysis in R

Rによる生物学的ネットワーク解析

1458. CHRONOS: CHRONOS: A time-varying method for microRNA-mediated sub-pathway enrichment analysis

CHRONOS：マイクロRNA媒介サブ経路濃縮分析のための時変法

1458. deconvR: Simulation and Deconvolution of Omic Profiles

Omicプロファイルのシミュレーションとデコンボリューション

1458. eudysbiome: Cartesian plot and contingency test on 16S Microbial data

16 S微生物データに関するデカルトプロットと分割テスト

1458. funtooNorm: Normalization Procedure for Infinium HumanMethylation450 BeadChip Kit

Infinium Human Methylization 450 BeadChipキットの正規化手順

1458. GA4GHshiny: Shiny application for interacting with GA4GH-based data servers

GA4GHベースのデータサーバと対話するための光沢のあるアプリケーション

1458. gcapc: GC Aware Peak Caller

GC対応ピーク発信者

1458. iasva: Iteratively Adjusted Surrogate Variable Analysis

反復的に調整された代理変数分析

1458. iCNV: Integrated Copy Number Variation detection

統合コピー数の変動検出

1458. matchBox: Utilities to compute, compare, and plot the agreement between ordered vectors of features (ie. distinct genomic experiments). The package includes Correspondence-At-the-TOP (CAT) analysis.

特徴の順序付けられたベクトル間の一致を計算し、比較し、そしてプロットするための有用性（すなわち、異なるゲノム実験）。このパッケージには、CAT対応分析が含まれています。

1458. microbiomeExplorer: Microbiome Exploration App

マイクロバイオーム探索アプリ

1458. NADfinder: Call wide peaks for sequencing data

シーケンシングデータの広いピークを呼び出す

1458. ndexr: NDEx R client library

NDEx Rクライアントライブラリ

1458. pmm: Parallel Mixed Model

並列混合モデル

1458. qckitfastq: FASTQ Quality Control

FASTQ品質管理

1458. RGraph2js: Convert a Graph into a D3js Script

グラフをD3jsスクリプトに変換する

1458. rprimer: Design Degenerate Oligos from a Multiple DNA Sequence Alignment

複数のDNA配列のアラインメントから縮退したオリゴを設計する。

1458. sampleClassifier: Sample Classifier

サンプル分類器

1458. scanMiR: scanMiR

scanMiR

1458. sRACIPE: Systems biology tool to simulate gene regulatory circuits

遺伝子調節回路をシミュレートするためのシステム生物学ツール

1479. ADAMgui: Activity and Diversity Analysis Module Graphical User Interface

活動および多様性分析モジュールのグラフィカルユーザーインターフェース

1479. escheR: Unified multi-dimensional visualizations with Gestalt principles

ゲシュタルトの原理で統一された多次元ビジュアライゼーション

1479. GARS: GARS: Genetic Algorithm for the identification of Robust Subsets of variables in high-dimensional and challenging datasets

GARS：高次元で挑戦的なデータセットにおける変数のロバストなサブセットの同定のための遺伝的アルゴリズム

1479. gemma.R: A wrapper for Gemma’s Restful API to access curated gene expression data and differential expression analyses

キュレーションされた遺伝子発現データおよび差分発現解析にアクセスするためのGemmaのRestful API用ラッパー

1479. GenomicPlot: Plot profiles of next generation sequencing data in genomic features

次世代シーケンスデータのプロファイルをゲノム特徴でプロット

1479. InterCellar: InterCellar: an R-Shiny app for interactive analysis and exploration of cell-cell communication in single-cell transcriptomics

InterCellar: シングルセル・トランスクリプトミクスにおける細胞間コミュニケーションをインタラクティブに解析・探索するためのR-Shinyアプリ

1479. methylInheritance: Permutation-Based Analysis associating Conserved Differentially Methylated Elements Across Multiple Generations to a Treatment Effect

複数世代にわたる保存された差別的にメチル化された要素を治療効果に関連付ける順列に基づく分析

1479. mitoClone2: Clonal Population Identification in Single-Cell RNA-Seq Data using Mitochondrial and Somatic Mutations

ミトコンドリア変異および体細胞変異を用いたシングルセルRNA-Seqデータにおけるクローン集団の同定

1479. MMDiff2: Statistical Testing for ChIP-Seq data sets

ChIP-Seqデータセットの統計的検定

1479. MODA: MODA: MOdule Differential Analysis for weighted gene co-expression network

MODA：加重遺伝子共発現ネットワークのための分子差分解析

1479. MOSim: Multi-Omics Simulation (MOSim)

マルチオミックスシミュレーション（MOSim）

1479. mumosa: Multi-Modal Single-Cell Analysis Methods

マルチモーダルシングルセル解析手法

1479. odseq: Outlier detection in multiple sequence alignments

多重配列アラインメントにおける異常値検出

1479. omicplotR: Visual Exploration of Omic Datasets Using a Shiny App

光沢のあるアプリを使ったオーミックデータセットの視覚的探査

1479. proActiv: Estimate Promoter Activity from RNA-Seq data

RNA-Seqデータからプロモーター活性を推定する

1479. RNAmodR: Detection of post-transcriptional modifications in high throughput sequencing data

ハイスループットシーケンシングデータの転写後修飾の検出

1479. SCArray: Large-scale single-cell RNA-seq data manipulation with GDS files

GDSファイルによる大規模なシングルセルRNA-seqデータの操作

1479. SCBN: A statistical normalization method and differential expression analysis for RNA-seq data between different species

異なる種間のRNA配列データのための統計的正規化法と差次的発現分析

1479. SCOPE: A normalization and copy number estimation method for single-cell DNA sequencing

単細胞DNAシークエンシングのための正規化・コピー数推定法

1479. scoreInvHap: Get inversion status in predefined regions

事前定義された地域のインバージョンステータスを取得する

1479. scruff: Single Cell RNA-Seq UMI Filtering Facilitator (scruff)

シングルセルRNA-Seq UMIフィルタリング促進剤（scruff）

1500. abseqR: Reporting and data analysis functionalities for Rep-Seq datasets of antibody libraries

抗体ライブラリーのRep-Seqデータセットのための報告およびデータ分析機能

1500. airpart: Differential cell-type-specific allelic imbalance

細胞型特異的な対立遺伝子の不均衡の差分

1500. BasicSTARRseq: Basic peak calling on STARR-seq data

STARR-seqデータに対する基本ピーク呼び出し

1500. ClusterJudge: Judging Quality of Clustering Methods using Mutual Information

相互情報量を用いたクラスタリング手法の品質判定

1500. consensusDE: RNA-seq analysis using multiple algorithms

多重アルゴリズムを用いたRNA配列解析

1500. DEGraph: Two-sample tests on a graph

グラフ上の2標本検定

1500. DELocal: Identifies differentially expressed genes with respect to other local genes

他の局所的な遺伝子に関して、差次的に発現する遺伝子を特定

1500. fCCAC: functional Canonical Correlation Analysis to evaluate Covariance between nucleic acid sequencing datasets

核酸配列決定データセット間の共分散を評価するための機能的正準相関分析

1500. fcScan: fcScan for detecting clusters of coordinates with user defined options

ユーザー定義オプションを使用して座標のクラスターを検出するためのfcScan

1500. globalSeq: Global Test for Counts

カウントのグローバルテスト

1500. GMRP: GWAS-based Mendelian Randomization and Path Analyses

GWASに基づくメンデルランダム化と経路解析

1500. gsean: Gene Set Enrichment Analysis with Networks

ネットワークを用いた遺伝子セット濃縮解析

1500. idpr: Profiling and Analyzing Intrinsically Disordered Proteins in R

Rの本質的に乱れたタンパク質のプロファイリングと解析

1500. LinkHD: LinkHD: a versatile framework to explore and integrate heterogeneous data

LinkHD：異種データを調査および統合するための汎用フレームワーク

1500. MADSEQ: Mosaic Aneuploidy Detection and Quantification using Massive Parallel Sequencing Data

大規模並列シーケンスデータを用いたモザイク異数性検出と定量化

1500. methimpute: Imputation-guided re-construction of complete methylomes from WGBS data

WGBSデータからの完全メチロームの補完誘導再構築

1500. mimager: mimager: The Microarray Imager

mimager：マイクロアレイイメージャー

1500. OMICsPCA: An R package for quantitative integration and analysis of multiple omics assays from heterogeneous samples

不均一試料からの多重オミックスアッセイの定量的統合および分析のためのRパッケージ

1500. paxtoolsr: PaxtoolsR: Access Pathways from Multiple Databases through BioPAX and Pathway Commons

PaxtoolsR：BioPAXとPathway Commonsを介した複数のデータベースからのアクセス経路

1500. RCM: Fit row-column association models with the negative binomial distribution for the microbiome

ミクロバイオームに対する負の二項分布を用いた行 – 列連関モデルの適合

1500. RcwlPipelines: Bioinformatics pipelines based on Rcwl

Rcwlに基づくバイオインフォマティクスパイプライン

1500. RTNsurvival: Survival analysis using transcriptional networks inferred by the RTN package

RTNパッケージにより推論される転写ネットワークを用いた生存分析

1500. scmeth: Functions to conduct quality control analysis in methylation data

メチル化データの品質管理分析を行う機能

1500. SDAMS: Differential Abundant Analysis for Metabolomics and Proteomics Data

メタボロミクスおよびプロテオミクスデータのための示差豊富分析

1500. ToxicoGx: Analysis of Large-Scale Toxico-Genomic Data

大規模トキシコゲノムデータの解析

1500. transite: RNA-binding protein motif analysis

RNA結合タンパク質モチーフ解析

1500. transomics2cytoscape: A tool set for 3D Trans-Omic network visualization with Cytoscape

Cytoscapeによる3Dトランスオムネットワーク可視化ツールセット

1500. treekoR: Cytometry Cluster Hierarchy and Proportions to Parent

Cytometry Cluster Hierarchy and Proportions to Parent

1500. tRNAscanImport: Importing a tRNAscan-SE result file as GRanges object

tRNAscan-SE結果ファイルをGRangesオブジェクトとしてインポートする

1500. TVTB: TVTB: The VCF Tool Box

TVTB：VCFツールボックス

1530. bcSeq: Fast Sequence Mapping in High-Throughput shRNA and CRISPR Screens

ハイスループットshRNAおよびCRISPRスクリーニングにおける高速シーケンスマッピング

1530. CellTrails: Reconstruction, visualization and analysis of branching trajectories

分岐軌跡の再構成、可視化および分析

1530. ClusterSignificance: The ClusterSignificance package provides tools to assess if class clusters in dimensionality reduced data representations have a separation different from permuted data

ClusterSignificanceパッケージは、次元削減データ表現のクラスクラスタが置換データと異なる分離を持つかどうかを評価するためのツールを提供します。

1530. customCMPdb: Customize and Query Compound Annotation Database

複合アノテーションデータベースのカスタマイズとクエリ

1530. debCAM: Deconvolution by Convex Analysis of Mixtures

混合物の凸解析によるデコンボリューション

1530. flowPloidy: Analyze flow cytometer data to determine sample ploidy

サンプル倍数性を決定するためにフローサイトメーターのデータを分析する

1530. GEM: GEM: fast association study for the interplay of Gene, Environment and Methylation

GEM：遺伝子、環境およびメチル化の相互作用に関する高速連想研究

1530. GeneGA: Design gene based on both mRNA secondary structure and codon usage bias using Genetic algorithm

遺伝的アルゴリズムを用いたmRNA二次構造とコドン使用頻度バイアスの両方に基づく遺伝子設計

1530. GenomicSuperSignature: Interpretation of RNA-seq experiments through robust, efficient comparison to public databases

パブリックデータベースとの比較によるRNA-seq実験の解釈

1530. IMAS: Integrative analysis of Multi-omics data for Alternative Splicing

オルタナティブスプライシングのためのマルチオミックスデータの統合分析

1530. IntEREst: Intron-Exon Retention Estimator

イントロン – エクソン保持推定量

1530. kissDE: Retrieves Condition-Specific Variants in RNA-Seq Data

RNA-Seqデータ中の条件特異的変異体を検索する

1530. MBECS: Evaluation and correction of batch effects in microbiome data-sets

マイクロバイオームデータセットにおけるバッチ効果の評価と補正

1530. MethPed: A DNA methylation classifier tool for the identification of pediatric brain tumor subtypes

小児脳腫瘍サブタイプの同定のためのDNAメチル化分類ツール

1530. proteinProfiles: Protein Profiling

タンパク質プロファイリング

1530. R3CPET: 3CPET: Finding Co-factor Complexes in Chia-PET experiment using a Hierarchical Dirichlet Process

3CPET：階層的ディリクレ過程を用いたChia ‐ PET実験における補因子複合体の発見

1530. RegEnrich: Gene regulator enrichment analysis

遺伝子制御装置の濃縮解析

1530. SCANVIS: SCANVIS – a tool for SCoring, ANnotating and VISualizing splice junctions

SCANVIS-スプライスジャンクションのスコアリング、注釈付け、視覚化のためのツール

1530. Statial: A package to identify changes in cell state relative to spatial associations

空間的な関連性に関連した細胞の状態の変化を特定するためのパッケージ

1530. transcriptogramer: Transcriptional analysis based on transcriptograms

トランスクリプトグラムに基づく転写分析

1550. appreci8R: appreci8R: an R/Bioconductor package for filtering SNVs and short indels with high sensitivity and high PPV

apprec8R：高感度と高PPVでSNVと短いインデルをフィルタリングするためのR / Bioconductorパッケージ

1550. AWFisher: An R package for fast computing for adaptively weighted fisher’s method

適応的に重み付けされたフィッシャーの方法のための高速計算のためのRパッケージ

1550. CCPROMISE: PROMISE analysis with Canonical Correlation for Two Forms of High Dimensional Genetic Data

2つの形式の高次元遺伝データのための正準相関を用いたPROMISE分析

1550. CellBarcode: Cellular DNA Barcode Analysis toolkit

細胞DNAバーコード解析ツールキット

1550. CFAssay: Statistical analysis for the Colony Formation Assay

コロニー形成アッセイのための統計分析

1550. chromstaR: Combinatorial and Differential Chromatin State Analysis for ChIP-Seq Data

ChIP-Seqデータのための組み合わせおよび示差クロマチン状態分析

1550. cogeqc: Systematic quality checks on comparative genomics analyses

比較ゲノム解析の系統的な品質チェック

1550. coMethDMR: Accurate identification of co-methylated and differentially methylated regions in epigenome-wide association studies

エピゲノムワイド関連研究での共メチル化領域および差次メチル化領域の正確な同定

1550. covRNA: Multivariate Analysis of Transcriptomic Data

トランスクリプトームデータの多変量解析

1550. CTDquerier: Package for CTDbase data query, visualization and downstream analysis

CTDbaseデータクエリ、可視化およびダウンストリーム分析用のパッケージ

1550. cytoKernel: Differential expression using kernel-based score test

カーネルベースのスコアテストを用いた差分発現

1550. GateFinder: Projection-based Gating Strategy Optimization for Flow and Mass Cytometry

フローおよびマスサイトメトリーのための射影に基づくゲーティング戦略の最適化

1550. geneXtendeR: Optimized Functional Annotation Of ChIP-seq Data

ChIP-seqデータの最適化された機能的注釈

1550. genomicInstability: Genomic Instability estimation for scRNA-Seq

scRNA-Seqにおけるゲノム不安定性の推定

1550. InTAD: Search for correlation between epigenetic signals and gene expression in TADs

TADにおけるエピジェネティックシグナルと遺伝子発現の間の相関関係の探索

1550. ivygapSE: A SummarizedExperiment for Ivy-GAP data

Ivy-GAPデータの要約実験

1550. KnowSeq: A R package to extract knowledge by using RNA-seq raw files

RNA-seq rawファイルを使用して知識を抽出するRパッケージ

1550. lemur: Latent Embedding Multivariate Regression

潜在埋め込み多変量回帰

1550. lionessR: Modeling networks for individual samples using LIONESS

LIONESSを使用した個々のサンプルのネットワークのモデリング

1550. martini: GWAS Incorporating Networks

GWASを組み込んだネットワーク

1550. MGFR: Marker Gene Finder in RNA-seq data

RNA-seqデータ中のMarker Gene Finder

1550. miRSM: Inferring miRNA sponge modules by integrating expression data and miRNA-target binding information

発現データとmiRNA標的結合情報の統合によるmiRNAスポンジモジュールの推論

1550. MoleculeExperiment: Prioritising a molecule-level storage of Spatial Transcriptomics Data

空間トランスクリプトミクスデータの分子レベルでの保存の優先順位付け

1550. motifcounter: R package for analysing TFBSs in DNA sequences

DNA配列中のTFBSを分析するためのRパッケージ

1550. MsBackendSql: SQL-based Mass Spectrometry Data Backend

SQLベースの質量分析データバックエンド

1550. PhIPData: Container for PhIP-Seq Experiments

PhIP-Seq実験用コンテナ

1550. RIVER: R package for RIVER (RNA-Informed Variant Effect on Regulation)

RIVER用Rパッケージ（RNA情報による変異制御効果）

1550. Rtpca: Thermal proximity co-aggregation with R

Rとの熱近接共集合

1550. SparseSignatures: SparseSignatures

スパースシグネチャ

1550. SwathXtend: SWATH extended library generation and statistical data analysis

SWATH拡張ライブラリー生成と統計データ分析

1550. switchde: Switch-like differential expression across single-cell trajectories

単細胞軌跡にわたるスイッチ様差次的発現

1550. TAPseq: Targeted scRNA-seq primer design for TAP-seq

TAP-seqのためのターゲット化されたscRNA-seqプライマー設計

1550. Trendy: Breakpoint analysis of time-course expression data

経時的発現データのブレークポイント解析

1550. TTMap: Two-Tier Mapper: a clustering tool based on topological data analysis

二層マッパー：トポロジーデータ解析に基づくクラスタリングツール

1550. twoddpcr: Classify 2-d Droplet Digital PCR (ddPCR) data and quantify the number of starting molecules

二次元液滴デジタルPCR（ddPCR）データの分類と出発分子数の定量化

1585. BayesKnockdown: BayesKnockdown: Posterior Probabilities for Edges from Knockdown Data

ベイズノックダウン：ノックダウンデータからのエッジの事後確率

1585. concordexR: Calculate the concordex coefficient

コンコーデックス係数を計算

1585. covEB: Empirical Bayes estimate of block diagonal covariance matrices

ブロック対角共分散行列の経験的ベイズ推定

1585. DEsubs: DEsubs: an R package for flexible identification of differentially expressed subpathways using RNA-seq expression experiments

DEsubs：RNA ‐ seq発現実験を用いた差次的発現サブ経路の柔軟な同定のためのRパッケージ

1585. DominoEffect: Identification and Annotation of Protein Hotspot Residues

蛋白質ホットスポット残基の同定と注釈

1585. doubletrouble: Identification and classification of duplicated genes

重複遺伝子の同定と分類

1585. EBSEA: Exon Based Strategy for Expression Analysis of genes

遺伝子の発現解析のためのエクソンに基づく戦略

1585. HiLDA: Conducting statistical inference on comparing the mutational exposures of mutational signatures by using hierarchical latent Dirichlet allocation

階層型潜在ディリクレ割り当てを使用して、突然変異シグネチャの突然変異暴露を比較する統計的推論を実施する

1585. planttfhunter: Identification and classification of plant transcription factors

植物転写因子の同定と分類

1585. regsplice: L1-regularization based methods for detection of differential splicing

ディファレンシャルスプライシングの検出のためのL1正則化ベースの方法

1585. scTensor: Detection of cell-cell interaction from single-cell RNA-seq dataset by tensor decomposition

テンソル分解による単一細胞RNAシーケンスデータセットからの細胞間相互作用の検出

1585. SICtools: Find SNV/Indel differences between two bam files with near relationship

近い関係にある2つのBAMファイル間のSNV / Indelの違いを見つける

1585. strandCheckR: Calculate strandness information of a bam file

BAMファイルの撚り情報を計算する

1585. systemPipeShiny: systemPipeShiny: An Interactive Framework for Workflow Management and Visualization

systemPipeShiny.ワークフロー管理と可視化のためのインタラクティブなフレームワーク

1585. VplotR: Set of tools to make V-plots and compute footprint profiles

Vプロットを作成し、フットプリントプロファイルを計算するためのツールセット

1600. adductomicsR: Processing of adductomic mass spectral datasets

付加体質量スペクトルデータセットの処理

1600. alabaster.string: Save and load Sequences to/from File

シーケンスのファイルへの保存と読み込み

1600. BUScorrect: Batch Effects Correction with Unknown Subtypes

不明なサブタイプによるバッチ効果の修正

1600. CellMapper: Predict genes expressed selectively in specific cell types

特定の細胞型で選択的に発現される遺伝子を予測する

1600. DMCHMM: Differentially Methylated CpG using Hidden Markov Model

隠れマルコフモデルを用いた示差的メチル化CpG

1600. ERSSA: Empirical RNA-seq Sample Size Analysis

経験的RNA-seqサンプルサイズ分析

1600. evaluomeR: Evaluation of Bioinformatics Metrics

バイオインフォマティクスメトリクスの評価

1600. GeoDiff: Count model based differential expression and normalization on GeoMx RNA data

GeoMx RNAデータにおけるカウントモデルベースの差分発現と正規化

1600. GEOexplorer: GEOexplorer: an R/Bioconductor package for gene expression analysis and visualisation

GEOexplorer: 遺伝子発現解析と可視化のためのR/Bioconductorパッケージ

1600. GmicR: Combines WGCNA and xCell readouts with bayesian network learrning to generate a Gene-Module Immune-Cell network (GMIC)

WGCNAおよびxCell読み取り値とベイジアンネットワーク学習を組み合わせて、Gene-Module Immune-Cellネットワーク（GMIC）を生成します

1600. MBttest: Multiple Beta t-Tests

多重ベータt検定

1600. MetNet: Inferring metabolic networks from untargeted high-resolution mass spectrometry data

非標的高分解能質量分析データからの代謝ネットワークの推論

1600. MGnifyR: R interface to EBI MGnify metagenomics resource

EBI MGnifyメタゲノミクスリソースへのRインターフェース

1600. mirTarRnaSeq: mirTarRnaSeq

mirTarRnaSeq

1600. msgbsR: msgbsR: methylation sensitive genotyping by sequencing (MS-GBS) R functions

msgbsR：配列決定によるメチル化感受性遺伝子型判定（MS-GBS）R機能

1600. pram: Pooling RNA-seq datasets for assembling transcript models

転写物モデルを組み立てるためのプールRNAシーケンスデータセット

1600. Rcwl: Wrap Command Tools and Pipelines Using CWL

CWLを使用したコマンドツールとパイプラインのラップ

1600. Rmmquant: RNA-Seq multi-mapping Reads Quantification Tool

RNA-Seqマルチマッピングによる定量ツールの読み取り

1600. RNAmodR.RiboMethSeq: Detection of 2′-O methylations by RiboMethSeq

RiboMethSeqによる2′-Oメチル化の検出

1600. scDesign3: A unified framework of realistic in silico data generation and statistical model inference for single-cell and spatial omics

単一細胞および空間オミクスのための現実的なin silicoデータ生成と統計モデル推論の統一されたフレームワーク

1600. SubCellBarCode: SubCellBarCode: Integrated workflow for robust mapping and visualizing whole human spatial proteome

SubCellBarCode：ロバストマッピングと全ヒト空間プロテオームの視覚化のための統合ワークフロー

1600. Ularcirc: Shiny app for canonical and back splicing analysis (i.e. circular and mRNA analysis)

標準およびバックスプライシング分析（すなわち、環状およびmRNA分析）のための光沢のあるアプリ

1600. vulcan: VirtUaL ChIP-Seq data Analysis using Networks

ネットワークを利用したVirtUaL ChIP-Seqデータ解析

1600. wpm: Well Plate Maker

井戸プレートメーカー

1624. AffiXcan: A Functional Approach To Impute Genetically Regulated Expression

遺伝的に調節された発現を妨害するための機能的アプローチ

1624. biodbChebi: biodbChebi, a library for connecting to the ChEBI Database

biodbChebi: ChEBIデータベースに接続するためのライブラリ

1624. biodbHmdb: biodbHmdb, a library for connecting to the HMDB Database

biodbHmdb: HMDBデータベースへの接続用ライブラリ

1624. ChromSCape: Analysis of single-cell epigenomics datasets with a Shiny App

Shinyアプリを用いた単細胞エピゲノミクスデータセットの解析

1624. CytoPipeline: Automation and visualization of flow cytometry data analysis pipelines

フローサイトメトリーデータ解析パイプラインの自動化・可視化

1624. DMCFB: Differentially Methylated Cytosines via a Bayesian Functional Approach

ベイジアン機能的アプローチによる差別的にメチル化されたシトシン

1624. doseR: doseR

doseR

1624. FilterFFPE: FFPE Artificial Chimeric Read Filter for NGS data

NGSデータのためのFFPE人工キメラリードフィルター

1624. GeneGeneInteR: Tools for Testing Gene-Gene Interaction at the Gene Level

遺伝子レベルで遺伝子間相互作用をテストするためのツール

1624. GSEAmining: Make Biological Sense of Gene Set Enrichment Analysis Outputs

遺伝子セットのエンリッチメント解析結果を生物学的に理解する

1624. MetID: Network-based prioritization of putative metabolite IDs

推定代謝産物IDのネットワークベースの優先順位付け

1624. missRows: Handling Missing Individuals in Multi-Omics Data Integration

マルチオミックスデータ統合における行方不明者の処理

1624. MPFE: Estimation of the amplicon methylation pattern distribution from bisulphite sequencing data

重亜硫酸塩シークエンシングデータからのアンプリコンメチル化パターン分布の推定

1624. oncomix: Identifying Genes Overexpressed in Subsets of Tumors from Tumor-Normal mRNA Expression Data

腫瘍正常mRNA発現データからの腫瘍のサブセットにおいて過剰発現される遺伝子の同定

1624. OPWeight: Optimal p-value weighting with independent information

独立情報を用いた最適p値重み付け

1624. packFinder: de novo Annotation of Pack-TYPE Transposable Elements

Pack-TYPE Transposable Elementsのde novoアノテーション

1624. POWSC: Simulation, power evaluation, and sample size recommendation for single cell RNA-seq

シングルセルRNA-seqのシミュレーション、パワー評価、およびサンプルサイズの推奨

1624. RadioGx: Analysis of Large-Scale Radio-Genomic Data

大規模ラジオ・ゲノムデータの解析

1624. rnaEditr: Statistical analysis of RNA editing sites and hyper-editing regions

RNA編集部位と超編集領域の統計的解析

1624. ROSeq: A Rank Based Approach to Modeling Gene Expression

遺伝子発現をモデル化するためのランクベースのアプローチ

1624. sitePath: Detection of sites with fixation of amino acid substitutions in protein evolution

蛋白質進化におけるアミノ酸置換の固定を伴う部位の検出

1624. SMITE: Significance-based Modules Integrating the Transcriptome and Epigenome

トランスクリプトームとエピゲノムを統合する有意性に基づくモジュール

1624. TargetDecoy: Diagnostic Plots to Evaluate the Target Decoy Approach

ターゲット・デコイ・アプローチを評価するための診断プロット

1647. alabaster.spatial: Save and Load Spatial ‘Omics Data to/from File

空間オミックスデータのファイルへの保存と読み込み

1647. brendaDb: The BRENDA Enzyme Database

BRENDA酵素データベース

1647. cageminer: Candidate Gene Miner

候補遺伝子マイナー

1647. CCPlotR: Plots For Visualising Cell-Cell Interactions

細胞間相互作用を可視化するプロット

1647. CellScore: Tool for Evaluation of Cell Identity from Transcription Profiles

転写プロファイルから細胞の同一性を評価するためのツール

1647. CytoGLMM: Conditional Differential Analysis for Flow and Mass Cytometry Experiments

フローサイトメトリーおよびマスサイトメトリー実験のための条件付き差分解析

1647. DCATS: Differential Composition Analysis Transformed by a Similarity matrix

類似性マトリックスで変換された差分組成分析

1647. DelayedDataFrame: Delayed operation on DataFrame using standard DataFrame metaphor

標準のDataFrameメタファーを使用したDataFrameの遅延操作

1647. DEWSeq: Differential Expressed Windows Based on Negative Binomial Distribution

負の二項分布に基づく差分表現ウィンドウ

1647. gep2pep: Creation and Analysis of Pathway Expression Profiles (PEPs)

経路発現プロファイル（PEP）の作成と分析

1647. HDTD: Statistical Inference about the Mean Matrix and the Covariance Matrices in High-Dimensional Transposable Data (HDTD)

高次元転置データ（HDTD）における平均行列と共分散行列に関する統計的推論

1647. HIREewas: Detection of cell-type-specific risk-CpG sites in epigenome-wide association studies

エピゲノムワイド関連研究における細胞型特異的リスクCpG部位の検出

1647. IMPCdata: Retrieves data from IMPC database

IMPCデータベースからデータを取得します

1647. KinSwingR: KinSwingR: network-based kinase activity prediction

KinSwingR：ネットワークベースのキナーゼ活性予測

1647. MBQN: Mean/Median-balanced quantile normalization

平均/中央値バランスのとれたクォンタイル正規化

1647. MuData: Serialization for MultiAssayExperiment Objects

MultiAssayExperimentオブジェクトのシリアライズ

1647. optimalFlow: optimalFlow

最適フロー

1647. pathlinkR: Analyze and interpret RNA-Seq results

RNA-Seq結果の解析と解釈

1647. preciseTAD: preciseTAD: A machine learning framework for precise TAD boundary prediction

preciseTAD:精密なTAD境界予測のための機械学習フレームワーク

1647. profileScoreDist: Profile score distributions

プロファイルスコア分布

1647. scBFA: A dimensionality reduction tool using gene detection pattern to mitigate noisy expression profile of scRNA-seq

scRNA-seqのノイズのある発現プロファイルを緩和するための遺伝子検出パターンを使用した次元削減ツール

1647. semisup: Semi-Supervised Mixture Model

半教師付き混合モデル

1647. simpleSeg: A package to perform simple cell segmentation

簡単なセルセグメンテーションを行うためのパッケージ

1647. SingleMoleculeFootprinting: Analysis tools for Single Molecule Footprinting (SMF) data

Single Molecule Footprinting（SMF）データの解析ツール

1647. sscu: Strength of Selected Codon Usage

選択されたコドン使用法の強度

1647. target: Predict Combined Function of Transcription Factors

転写因子の複合機能を予測する

1647. TFARM: Transcription Factors Association Rules Miner

転写因子アソシエーションルールマイナー

1647. TransView: Read density map construction and accession. Visualization of ChIPSeq and RNASeq data sets

密度マップの作成と登録を読んでください。 ChIPSeqおよびRNASeqデータセットの可視化

1675. alabaster.mae: Load and Save MultiAssayExperiments

MultiAssayExperimentsのロードとセーブ

1675. alabaster.vcf: Save and Load Variant Data to/from File

バリアントデータのファイルへの保存と読み込み

1675. AnVILPublish: Publish Packages and Other Resources to AnVIL Workspaces

AnVILワークスペースにパッケージなどのリソースを公開する

1675. dcGSA: Distance-correlation based Gene Set Analysis for longitudinal gene expression profiles

縦方向遺伝子発現プロファイルのための距離相関に基づく遺伝子セット分析

1675. DeMAND: DeMAND

デマンド

1675. garfield: GWAS Analysis of Regulatory or Functional Information Enrichment with LD correction

LD補正による規制または機能情報強化のGWAS分析

1675. geneClassifiers: Application of gene classifiers

遺伝子分類子の応用

1675. gscreend: Analysis of pooled genetic screens

プールされた遺伝子スクリーニングの分析

1675. HiCDOC: A/B compartment detection and differential analysis

A/B区画検出と差分解析

1675. HTqPCR: Automated analysis of high-throughput qPCR data

ハイスループットqPCRデータの自動分析

1675. IntramiRExploreR: Predicting Targets for Drosophila Intragenic miRNAs

ショウジョウバエ遺伝子内miRNAの標的予測

1675. mdp: Molecular Degree of Perturbation calculates scores for transcriptome data samples based on their perturbation from controls

分子摂動度は、コントロールからの摂動に基づいてトランスクリプトームデータサンプルのスコアを計算します。

1675. Melissa: Bayesian clustering and imputationa of single cell methylomes

単細胞メチロームのベイジアンクラスタリングと代入

1675. padma: Individualized Multi-Omic Pathway Deviation Scores Using Multiple Factor Analysis

多因子分析を用いた個別化マルチオーミック経路偏差スコア

1675. PROPS: PRObabilistic Pathway Score (PROPS)

確率的経路スコア（PROPS）

1675. ribor: An R Interface for Ribo Files

Ribo ファイルのための R インターフェース

1675. rmelting: R Interface to MELTING 5

MELTING 5へのRインターフェース

1675. RVS: Computes estimates of the probability of related individuals sharing a rare variant

関連する個人が稀な変異を共有する確率の推定値を計算します

1675. scHOT: single-cell higher order testing

単細胞高次試験

1675. scReClassify: scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell RNA-seq data

scReClassify: シングルセルRNA-seqデータのポストホック細胞タイプ分類

1675. scRecover: scRecover for imputation of single-cell RNA-seq data

sc – シングルセルRNAシーケンスデータの代入のためのリカバリ

1675. segmenter: Perform Chromatin Segmentation Analysis in R by Calling ChromHMM

RでChromHMMを呼び出してクロマチンセグメンテーション解析を行う

1675. SPONGE: Sparse Partial Correlations On Gene Expression

遺伝子発現に関するまばらな部分相関

1675. SynExtend: Tools for Working With Synteny Objects

シンテニーオブジェクトを扱うためのツール

1675. TFHAZ: Transcription Factor High Accumulation Zones

転写因子高集積ゾーン

1675. VCFArray: Representing on-disk / remote VCF files as array-like objects

ディスク上/リモートのVCFファイルを配列のようなオブジェクトとして表現する

1701. atena: Analysis of Transposable Elements

転移性元素の解析

1701. cardelino: Clone Identification from Single Cell Data

単一細胞データからのクローン同定

1701. DAMEfinder: Finds DAMEs – Differential Allelicly MEthylated regions

DAMEを見つける – 微分的に対立的にMEthylatedされた領域

1701. DExMA: Differential Expression Meta-Analysis

発現の違いによるメタアナリシス

1701. EnMCB: Predicting Disease Progression Based on Methylation Correlated Blocks using Ensemble Models

アンサンブルモデルを用いたメチル化関連ブロックに基づく疾患進行予測

1701. epialleleR: Fast, Epiallele-Aware Methylation Reporter

エピアルルを考慮した高速メチル化レポーター

1701. epigraHMM: Epigenomic R-based analysis with hidden Markov models

隠れマルコフモデルを用いたエピゲノムRベース解析

1701. EpiTxDb: Storing and accessing epitranscriptomic information using the AnnotationDbi interface

AnnotationDbiインターフェースを使用したエピトランスクリプトーム情報の保存とアクセス

1701. fobitools: Tools For Manipulating FOBI Ontology

FOBIオントロジーを操作するためのツール

1701. iBMQ: integrated Bayesian Modeling of eQTL data

eQTLデータの統合ベイズモデリング

1701. icetea: Integrating Cap Enrichment with Transcript Expression Analysis

転写産物発現解析とキャップ濃縮の統合

1701. MAI: Mechanism-Aware Imputation

メカニズムを考慮したインピュテーション

1701. MetaPhOR: Metabolic Pathway Analysis of RNA

RNAの代謝パスウェイ解析

1701. MOMA: Multi Omic Master Regulator Analysis

マルチオミックマスターレギュレータ解析

1701. multicrispr: Multi-locus multi-purpose Crispr/Cas design

多拠点多目的クリスプ/キャスデザイン

1701. MultiRNAflow: An R package for analysing RNA-seq raw counts with several biological conditions and different time points

複数の生物学的条件と異なる時点のRNA-seq生カウントを解析するためのRパッケージ

1701. normalize450K: Preprocessing of Illumina Infinium 450K data

Illumina Infinium 450Kデータの前処理

1701. PrInCE: Predicting Interactomes from Co-Elution

共溶出からのインタラクトームの予測

1701. qPLEXanalyzer: Tools for qPLEX-RIME data analysis

qPLEX-RIMEデータ解析用ツール

1701. RNAmodR.ML: Detecting patterns of post-transcriptional modifications using machine learning

機械学習を使用した転写後修飾のパターンの検出

1701. scCB2: CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data

CB2が液滴ベースのシングルセルRNAシーケンシングデータにおける細胞検出力を向上させる

1701. scFeatureFilter: A correlation-based method for quality filtering of single-cell RNAseq data

単一細胞RNAseqデータの品質フィルタリングのための相関に基づく方法

1701. Sconify: A toolkit for performing KNN-based statistics for flow and mass cytometry data

フローおよびマスサイトメトリーデータについてKNNベースの統計を実行するためのツールキット

1701. sevenC: Computational Chromosome Conformation Capture by Correlation of ChIP-seq at CTCF motifs

CTCFモチーフでのChIP ‐ seqの相関による染色体の立体配座計算

1701. SIMD: Statistical Inferences with MeDIP-seq Data (SIMD) to infer the methylation level for each CpG site

各CpG部位のメチル化レベルを推測するためのMeDIP-seqデータ（SIMD）による統計的推論

1701. snapcount: R/Bioconductor Package for interfacing with Snaptron for rapid querying of expression counts

R/Bioconductor 発現数の迅速なクエリを行うためのSnaptronとのインターフェースのためのパッケージ

1701. SpatialOmicsOverlay: Spatial Overlay for Omic Data from Nanostring GeoMx Data

ナノストリングGeoMxデータからオミックデータを空間的にオーバーレイ

1701. TENxIO: Import methods for 10X Genomics files

10X Genomicsファイルのインポート方法

1701. tomoda: Tomo-seq data analysis

Tomo-seqデータ解析

1701. TypeInfo: Optional Type Specification Prototype

オプションの型指定プロトタイプ

1701. weitrix: Weighted matrix manipulation, finding components of variation with weighted or sparse data

重み付き行列操作，重み付きまたは疎なデータを用いた変動成分の検出

1732. AlphaBeta: Computational inference of epimutation rates and spectra from high-throughput DNA methylation data in plants

植物におけるハイスループットDNAメチル化データからのエピミューテーション率とスペクトルの計算的推論

1732. ASAFE: Ancestry Specific Allele Frequency Estimation

祖先特異的対立遺伝子頻度推定

1732. ASURAT: Functional annotation-driven unsupervised clustering for single-cell data

単一細胞データのための機能アノテーション駆動型教師なしクラスタリング

1732. bnem: Training of logical models from indirect measurements of perturbation experiments

摂動実験の間接測定値からの論理モデルの学習

1732. BUSseq: Batch Effect Correction with Unknow Subtypes for scRNA-seq data

scRNA-seqデータのUnknow Subtypesによるバッチ効果補正

1732. CNVfilteR: Identifies false positives of CNV calling tools by using SNV calls

SNV呼び出しを使用して、CNV呼び出しツールの誤検知を識別します

1732. DegNorm: DegNorm: degradation normalization for RNA-seq data

DegNorm: RNA-seqデータの分解正規化

1732. DelayedRandomArray: Delayed Arrays of Random Values

ランダム値の遅延配列

1732. GWAS.BAYES: GWAS for Selfing Species

種の自己増殖のためのGWAS

1732. HGC: A fast hierarchical graph-based clustering method

高速な階層型グラフベースのクラスタリング手法

1732. IMMAN: Interlog protein network reconstruction by Mapping and Mining ANalysis

マッピングおよびマイニング分析によるインターログタンパク質ネットワーク再構築

1732. IsoCorrectoRGUI: Graphical User Interface for IsoCorrectoR

IsoCorrectoRのグラフィカルユーザーインターフェース

1732. LedPred: Learning from DNA to Predict Enhancers

DNAからエンハンサーを予測するための学習

1732. MEAT: Muscle Epigenetic Age Test

筋エピジェネティック年齢検査

1732. ncRNAtools: An R toolkit for non-coding RNA

ノンコーディングRNAのためのRツールキット

1732. pipeComp: pipeComp pipeline benchmarking framework

pipeComp pipelineベンチマークフレームワーク

1732. RCX: R package implementing the Cytoscape Exchange (CX) format

Cytoscape Exchange (CX) フォーマットを実装したRパッケージ

1732. REBET: The subREgion-based BurdEn Test (REBET)

サブリージョンベースのBurdEnテスト（REBET）

1732. rScudo: Signature-based Clustering for Diagnostic Purposes

診断目的のためのシグネチャベースのクラスタリング

1732. SQLDataFrame: Representation of SQL database in DataFrame metaphor

DataFrameメタファーでのSQLデータベースの表現

1732. stJoincount: stJoincount – Join count statistic for quantifying spatial correlation between clusters

stJoincount – クラスタ間の空間的相関を定量化するための結合数統計量

1732. survtype: Subtype Identification with Survival Data

生存データによるサブタイプの識別

1732. terraTCGAdata: OpenAccess TCGA Data on Terra as MultiAssayExperiment

TCGAデータをMultiAssayExperimentとしてTerra上でOpenAccessする。

1732. TPP2D: FDR-controlled analysis of 2D-TPP experiments

2D ‐ TPP実験のFDR制御解析

1756. alabaster.bumpy: Save and Load BumpyMatrices to/from file

BumpyMatricesのファイルへの保存と読み込み

1756. benchdamic: Benchmark of differential abundance methods on microbiome data

マイクロバイオームデータを用いたディファレンシャルアバンダンス法のベンチマーク

1756. BiocBook: Write, containerize, publish and version Quarto books with Bioconductor

BioconductorによるQuartoブックの作成、コンテナ化、出版、バージョン管理

1756. consensus: Cross-platform consensus analysis of genomic measurements via interlaboratory testing method

実験室間試験法によるゲノム測定のクロスプラットフォームコンセンサス分析

1756. drugTargetInteractions: Drug-Target Interactions

薬物-標的相互作用

1756. goSorensen: Statistical inference based on the Sorensen-Dice dissimilarity and the Gene Ontology (GO)

Sorensen-Diceの非類似度とGene Ontology (GO)に基づく統計的推論

1756. katdetectr: Detection, Characterization and Visualization of Kataegis in Sequencing Data

シーケンスデータにおけるカタエギの検出、特徴づけ、可視化

1756. MsBackendRawFileReader: Mass Spectrometry Backend for Reading Thermo Fisher Scientific raw Files

サーモフィッシャーサイエンティフィック社の生ファイルを読むための質量分析バックエンド

1756. Omixer: Randomize Samples for -omics Profiling

オミクスプロファイリングのためのサンプルのランダム化

1756. primirTSS: Prediction of pri-miRNA Transcription Start Site

プリmiRNA転写開始部位の予測

1756. Qtlizer: Qtlizer: comprehensive QTL annotation of GWAS results

Qtlizer：GWAS結果の包括的なQTLアノテーション

1756. RCSL: Rank Constrained Similarity Learning for single cell RNA sequencing data

シングルセルRNAシーケンシングデータのためのランク制約付き類似性学習

1756. RepViz: Replicate oriented Visualization of a genomic region

ゲノム領域の複製指向の可視化

1756. RNAmodR.AlkAnilineSeq: Detection of m7G, m3C and D modification by AlkAnilineSeq

AlkAnilineSeqによるm7G、m3C、およびD修飾の検出

1756. SeqGate: Filtering of Lowly Expressed Features

表現力の低い特徴のフィルタリング

1756. shinyepico: ShinyÉPICo

シャイニー・エピコ

1756. SPLINTER: Splice Interpreter Of Transcripts

トランスクリプトのスプライスインタプリタ

1756. TRESS: Toolbox for mRNA epigenetics sequencing analysis

mRNAエピジェネティクスシークエンス解析用ツールボックス

1756. VaSP: Quantification and Visualization of Variations of Splicing in Population

母集団におけるスプライシングのバリエーションの定量化と可視化

1756. XINA: Multiplexes isobaric mass tagged-based kinetics data for network analysis

ネットワーク解析のための多重同重体質量タグ付けに基づく速度論データ

1776. beer: Bayesian Enrichment Estimation in R

Rによるベイズ推定

1776. BindingSiteFinder: Binding site defintion based on iCLIP data

iCLIPデータに基づく結合部位の定義

1776. biodbNci: biodbNci, a library for connecting to biodbNci, a library for connecting to the National Cancer Institute (USA) CACTUS Database

biodbNci, 米国国立がん研究所CACTUSデータベースへの接続用ライブラリ

1776. CuratedAtlasQueryR: Queries the Human Cell Atlas

Human Cell Atlasへのクエリー

1776. faers: R interface for FDA Adverse Event Reporting System

FDA有害事象報告システムのためのRインターフェース

1776. famat: Functional analysis of metabolic and transcriptomic data

代謝データとトランスクリプトームデータの機能解析

1776. h5mread: A fast HDF5 reader

高速HDF5リーダー

1776. hca: Exploring the Human Cell Atlas Data Coordinating Platform

Human Cell Atlas Data Coordinating Platformを探る

1776. ILoReg: ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from scRNA-Seq data

ILoReg: scRNA-Seqデータからの高分解能細胞集団同定ツール

1776. MBAmethyl: Model-based analysis of DNA methylation data

DNAメチル化データのモデルベース分析

1776. mitch: Multi-Contrast Gene Set Enrichment Analysis

マルチコントラスト遺伝子セットエンリッチメント解析

1776. NoRCE: NoRCE: Noncoding RNA Sets Cis Annotation and Enrichment

NoRCE. ノンコーディングRNAセットのCisアノテーションとエンリッチメント

1776. oncoscanR: Secondary analyses of CNV data (HRD and more)

CNVデータの二次解析（HRDなど）

1776. PanomiR: Detection of miRNAs that regulate interacting groups of pathways

パスウェイの相互作用群を制御するmiRNAの検出

1776. PAST: Pathway Association Study Tool (PAST)

パスウェイアソシエーション研究ツール（PAST）

1776. peakPantheR: Peak Picking and Annotation of High Resolution Experiments

高解像度実験のピーク選択と注釈付け

1776. phenomis: Postprocessing and univariate analysis of omics data

オミックスデータの後処理と一変量解析

1776. rSWeeP: Functions to creation of low dimensional comparative matrices of Amino Acid Sequence occurrences

アミノ酸配列の低次元比較行列作成機能

1776. seqcombo: Visualization Tool for Sequence Recombination and Reassortment

配列組換えと再分類のための可視化ツール

1776. SynMut: SynMut: Designing Synonymously Mutated Sequences with Different Genomic Signatures

SynMut：異なるゲノムシグネチャを持つ同義変異配列の設計

1776. VDJdive: Analysis Tools for 10X V(D)J Data

10X V(D)Jデータ用の解析ツール

1797. bandle: An R package to for the Bayesian analysis of differential subcellular localisation experiments

細胞内局在の差分をベイズ法で解析するためのRパッケージ

1797. censcyt: Differential abundance analysis with a right censored covariate in high-dimensional cytometry

高次元サイトメトリーにおける右打ち切り共変量を用いたディファレンシャル・アバンダンス解析

1797. CluMSID: Clustering of MS2 Spectra for Metabolite Identification

代謝物同定のためのMS 2スペクトルのクラスタ化

1797. CTSV: Identification of cell-type-specific spatially variable genes accounting for excess zeros

過剰なゼロを占める細胞型特異的な空間可変遺伝子の同定

1797. cytofQC: Labels normalized cells for CyTOF data and assigns probabilities for each label

CyTOFデータに対して、正規化した細胞にラベルを付け、各ラベルに確率を割り当てる

1797. easyreporting: Helps creating report for improving Reproducible computational Research

再現性のある計算研究の改善のためのレポート作成を支援します。

1797. FindIT2: find influential TF and Target based on multi-omics data

マルチオミクスデータに基づいて影響力のあるTFやターゲットを見つける

1797. GAprediction: Prediction of gestational age with Illumina HumanMethylation450 data

Illumina HumanMethilation450データを用いた妊娠期間の予測

1797. getDEE2: Programmatic access to the DEE2 RNA expression dataset

DEE2 RNA発現データセットへのプログラムによるアクセス

1797. ggtreeDendro: Drawing ‘dendrogram’ using ‘ggtree’

ggtree’を用いて「デンドログラム」を描画する

1797. GNET2: Constructing gene regulatory networks from expression data through functional module inference

機能モジュール推論による発現データからの遺伝子調節ネットワークの構築

1797. graper: Adaptive penalization in high-dimensional regression and classification with external covariates using variational Bayes

変分ベイズを用いた外部共変量による高次元回帰と分類における適応ペナルティ化

1797. HarmonizR: Handles missing values and makes more data available

欠損値を処理し、より多くのデータを利用可能にする

1797. HPiP: Host-Pathogen Interaction Prediction

宿主-病原体間相互作用予測

1797. interacCircos: The Generation of Interactive Circos Plot

インタラクティブなCircos Plotの生成

1797. marr: Maximum rank reproducibility

最大ランクの再現性

1797. MDTS: Detection of de novo deletion in targeted sequencing trios

標的シークエンシングトリオにおけるde novo欠失の検出

1797. MSstatsQCgui: A graphical user interface for MSstatsQC package

MSstatsQCパッケージ用のグラフィカルユーザーインターフェース

1797. nuCpos: An R package for prediction of nucleosome positions

ヌクレオソーム位置の予測のためのRパッケージ

1797. phantasusLite: Loading and annotation RNA-Seq counts matrices

RNA-Seqカウントマトリックスのロードとアノテーション

1797. RiboDiPA: Differential pattern analysis for Ribo-seq data

Ribo-seqデータの差分パターン解析

1797. RolDE: RolDE: Robust longitudinal Differential Expression

RolDE ロバストな縦断的差分発現

1797. scTreeViz: R/Bioconductor package to interactively explore and visualize single cell RNA-seq datasets with hierarhical annotations

シングルセルRNA-seqデータセットを階層的なアノテーションでインタラクティブに探索・可視化するR/Bioconductorパッケージ

1797. systemPipeTools: Tools for data visualization

データ可視化用ツール

1797. tidyomics: Easily install and load the tidyomics ecosystem

tidyomicsエコシステムの容易なインストールとロード

1822. awst: Asymmetric Within-Sample Transformation

非対称なサンプル内変換

1822. barcodetrackR: Functions for Analyzing Cellular Barcoding Data

細胞バーコーディングデータを解析する機能

1822. ccImpute: ccImpute: an accurate and scalable consensus clustering based approach to impute dropout events in the single-cell RNA-seq data (https://doi.org/10.1186/s12859-022-04814-8)

ccImpute: シングルセルRNA-seqデータにおけるドロップアウトイベントをインプットするための正確かつスケーラブルなコンセンサスクラスタリングに基づくアプローチ (https://doi.org/10.1186/s12859-022-04814-8)

1822. cellscape: Explores single cell copy number profiles in the context of a single cell tree

シングルセルツリーのコンテキストでシングルセルコピー数プロファイルを調べます

1822. clevRvis: Visualization Techniques for Clonal Evolution

クローン進化を可視化する技術

1822. CNVMetrics: Copy Number Variant Metrics

コピー数バリアントメトリクス

1822. DelayedTensor: R package for sparse and out-of-core arithmetic and decomposition of Tensor

テンソルのスパース・アウトオブコア演算・分解のためのRパッケージ

1822. deltaCaptureC: This Package Discovers Meso-scale Chromatin Remodeling from 3C Data

このパッケージは、3Cデータからメソスケールクロマチンリモデリングを検出します

1822. DifferentialRegulation: Differentially regulated genes from scRNA-seq data

scRNA-seqデータからの制御された遺伝子の差分化

1822. Dino: Normalization of Single-Cell mRNA Sequencing Data

シングルセルmRNAシーケンスデータの正規化

1822. gDNAx: Diagnostics for assessing genomic DNA contamination in RNA-seq data

RNA-seqデータにおけるゲノムDNAコンタミネーションを評価するための診断法

1822. gmoviz: Seamless visualization of complex genomic variations in GMOs and edited cell lines

遺伝子組み換え作物や編集された細胞株における複雑なゲノム変異のシームレスな可視化

1822. HiCool: HiCool

ハイクール

1822. idr2d: Irreproducible Discovery Rate for Genomic Interactions Data

ゲノム相互作用データの再現性のない発見率

1822. IgGeneUsage: Differential gene usage in immune repertoires

免疫レパートリーにおける異なる遺伝子使用

1822. MEB: A Minimum Enclosing Ball (MEB) method to detect differential expression genes for RNA-seq data

RNA-seqデータの差次的発現遺伝子を検出するための最小包囲ボール（MEB）メソッド

1822. nempi: Inferring unobserved perturbations from gene expression data

遺伝子発現データから観察されない摂動を推測する

1822. netprioR: A model for network-based prioritisation of genes

ネットワークベースの遺伝子優先順位付けのためのモデル

1822. ppcseq: Probabilistic Outlier Identification for RNA Sequencing Generalized Linear Models

RNAシーケンスのための確率的な外れ値の同定一般化線形モデル

1822. scBubbletree: Quantitative visual exploration of scRNA-seq data

scRNA-seqデータの定量的な視覚的探索

1822. SNPediaR: Query data from SNPedia

SNPediaからデータを問い合わせる

1822. ssPATHS: ssPATHS: Single Sample PATHway Score

ssPATHS：単一サンプルPATHwayスコア

1822. ssrch: a simple search engine

単純な検索エンジン

1822. SVMDO: Identification of Tumor-Discriminating mRNA Signatures via Support Vector Machines Supported by Disease Ontology

疾患オントロジーを用いたサポートベクターマシンによる腫瘍識別mRNAシグネチャーの同定

1822. uncoverappLib: Interactive graphical application for clinical assessment of sequence coverage at the base-pair level

ベースペアレベルでのシーケンスカバレッジの臨床評価のためのインタラクティブなグラフィカルアプリケーション

1822. XNAString: Efficient Manipulation of Modified Oligonucleotide Sequences

修飾されたオリゴヌクレオチド配列を効率的に操作する

1848. alabaster: Umbrella for the Alabaster Framework

Alabasterフレームワークのアンブレラ

1848. autonomics: Generifying and intuifying cross-platform omics analysis

クロスプラットフォームのオミックス解析の生成と直観化

1848. BOBaFIT: Refitting diploid region profiles using a clustering procedure

クラスタリング手順を用いた二倍体領域プロファイルのリフィット

1848. borealis: Bisulfite-seq OutlieR mEthylation At singLe-sIte reSolution

Bisulfite-seq OutlieR mEthylation At singLe-sIte reSolution（バイサルファイトseqアウトリエールメチル化、シングルサイトソリューション

1848. CNViz: Copy Number Visualization

コピー数の視覚化

1848. comapr: Crossover analysis and genetic map construction

クロスオーバー解析と遺伝地図の構築

1848. cyanoFilter: Phytoplankton Population Identification using Cell Pigmentation and/or Complexity

細胞の色素沈着や複雑性を利用した植物プランクトンの個体識別

1848. DESpace: DESpace: a framework to discover spatially variable genes

DESpace: 空間的に変化する遺伝子を発見するフレームワーク

1848. FuseSOM: A Correlation Based Multiview Self Organizing Maps Clustering For IMC Datasets

IMCデータセットにおける相関に基づく多視点自己組織化マップクラスタリング

1848. GladiaTOX: R Package for Processing High Content Screening data

ハイコンテントスクリーニングデータ処理用Rパッケージ

1848. GPA: GPA (Genetic analysis incorporating Pleiotropy and Annotation)

GPA (Pleiotropyとアノテーションを取り入れた遺伝学的解析)

1848. GSgalgoR: An Evolutionary Framework for the Identification and Study of Prognostic Gene Expression Signatures in Cancer

癌における予後遺伝子発現シグネチャーの同定と研究のための進化的フレームワーク

1848. HilbertVisGUI: HilbertVisGUI

HilbertVisGUI

1848. HIPPO: Heterogeneity-Induced Pre-Processing tOol

不均一性誘起前処理ツール

1848. iSEEde: iSEE extension for panels related to differential expression analysis

微分発現解析に関連するパネル用のiSEEエクステンション

1848. ISLET: Individual-Specific ceLl typE referencing Tool

個体別ceLll型レファレンスツール

1848. miRspongeR: Identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules

miRNAスポンジ相互作用ネットワークとモジュールの同定と分析

1848. ORFhunteR: Predict open reading frames in nucleotide sequences

ヌクレオチド配列からオープンリーディングフレームを予測する

1848. peco: A Supervised Approach for **P**r**e**dicting **c**ell Cycle Pr**o**gression using scRNA-seq data

scRNA-seqデータを用いた**p**r**e***細胞周期の**p**r**e***進行予測のためのスーパーバイズド・アプローチ

1848. protGear: Protein Micro Array Data Management and Interactive Visualization

プロテインマイクロアレイのデータ管理とインタラクティブな可視化

1848. ramr: Detection of Rare Aberrantly Methylated Regions in Array and NGS Data

アレイおよびNGSデータにおける稀な異常メチル化領域の検出

1848. Rbwa: R wrapper for BWA-backtrack and BWA-MEM aligners

BWA-backtrackおよびBWA-MEMアライナー用Rラッパー

1848. sarks: Suffix Array Kernel Smoothing for discovery of correlative sequence motifs and multi-motif domains

相関性のある配列モチーフとマルチモチーフドメインの発見のためのサフィックス配列カーネルスムージング

1848. spaSim: Spatial point data simulator for tissue images

組織画像のための空間点データシミュレータ

1848. spqn: Spatial quantile normalization

空間分位正規化

1848. TBSignatureProfiler: Profile RA-Seq Data Using TB Pathway Signatures

TBパスウェイシグネチャを用いたRA-Seqデータのプロファイル

1874. cbpManager: Generate, manage, and edit data and metadata files suitable for the import in cBioPortal for Cancer Genomics

cBioPortal for Cancer Genomicsへのインポートに適したデータおよびメタデータファイルの生成、管理、編集

1874. Cogito: Compare genomic intervals tool – Automated, complete, reproducible and clear report about genomic and epigenomic data sets

ゲノム間隔ツールの比較：ゲノムおよびエピゲノムデータセットに関する、自動化された、完全で再現性のある明確なレポートを提供

1874. CSSQ: Chip-seq Signal Quantifier Pipeline

チップシーク信号の定量化パイプライン

1874. divergence: Divergence: Functionality for assessing omics data by divergence with respect to a baseline

発散：ベースラインに関して発散によってオミックスデータを評価するための機能

1874. epimutacions: Robust outlier identification for DNA methylation data

DNAメチル化データのロバストアウトライアー識別

1874. factR: Functional Annotation of Custom Transcriptomes

カスタムトランスクリプトームの機能的アノテーション

1874. gatom: Finding an Active Metabolic Module in Atom Transition Network

原子遷移ネットワークにおける活性代謝モジュールの発見

1874. gDRutils: A package with helper functions for processing drug response data

薬剤反応データを処理するためのヘルパー関数を含むパッケージ

1874. geva: Gene Expression Variation Analysis (GEVA)

遺伝子発現変動解析(GEVA)

1874. immunotation: Tools for working with diverse immune genes

多様な免疫遺伝子を扱うためのツール

1874. metapone: Conducts pathway test of metabolomics data using a weighted permutation test

メタボロミクスデータのパスウェイ検定を加重順列検定を用いて行う

1874. MOGAMUN: MOGAMUN: A Multi-Objective Genetic Algorithm to Find Active Modules in Multiplex Biological Networks

MOGAMUN:多重生物ネットワークにおけるアクティブモジュールを見つけるための多目的遺伝的アルゴリズム

1874. MsQuality: MsQuality – Quality metric calculation from Spectra and MsExperiment objects

MsQuality – SpectraおよびMsExperimentオブジェクトから品質メトリックを計算

1874. octad: Open Cancer TherApeutic Discovery (OCTAD)

Open Cancer TherApeutic Discovery（OCTAD）（オープンキャンサー・セラピューティック・ディスカバリー

1874. OGRE: Calculate, visualize and analyse overlap between genomic regions

ゲノム領域間のオーバーラップを計算、視覚化、解析する

1874. qmtools: Quantitative Metabolomics Data Processing Tools

定量的メタボロミクスデータ処理ツール

1874. ReactomeContentService4R: Interface for the Reactome Content Service

Reactomeコンテンツサービスのインターフェース

1874. regionalpcs: Summarizing Regional Methylation with Regional Principal Components Analysis

地域主成分分析による地域メチル化の要約

1874. regioneReloaded: RegioneReloaded: Multiple Association for Genomic Region Sets

RegioneReloaded: ゲノム領域セットに対する多重アソシエーション

1874. scanMiRApp: scanMiR shiny application

scanMiRシャイニーアプリケーション

1874. SCArray.sat: Large-scale single-cell RNA-seq data analysis using GDS files and Seurat

GDSファイルとSeuratを用いた大規模なシングルセルRNA-seqデータ解析

1874. selectKSigs: Selecting the number of mutational signatures using a perplexity-based measure and cross-validation

パープレキシシティに基づく測定とクロスバリデーションを用いた突然変異シグネチャの数の選択

1874. SigsPack: Mutational Signature Estimation for Single Samples

単一サンプルの変異シグネチャ推定

1874. svaRetro: Retrotransposed transcript detection from structural variants

構造バリアントからの逆転写された転写産物の検出

1874. UMI4Cats: UMI4Cats: Processing, analysis and visualization of UMI-4C chromatin contact data

UMI4Cats. UMI-4Cクロマチン接触データの処理、解析、可視化

1899. ATACseqTFEA: Transcription Factor Enrichment Analysis for ATAC-seq

ATAC-seqのための転写因子エンリッチメント解析

1899. CIMICE: CIMICE-R: (Markov) Chain Method to Inferr Cancer Evolution

CIMICE-R: (マルコフ)連鎖法による癌の進化の予測

1899. epistack: Heatmaps of Stack Profiles from Epigenetic Signals

エピジェネティックシグナルからスタックプロファイルのヒートマップを作成

1899. GIGSEA: Genotype Imputed Gene Set Enrichment Analysis

遺伝子型帰属遺伝子セット濃縮解析

1899. GSALightning: Fast Permutation-based Gene Set Analysis

高速順列に基づく遺伝子セット分析

1899. mosbi: Molecular Signature identification using Biclustering

バイクラスタリングによる分子シグネチャーの同定

1899. oppti: Outlier Protein and Phosphosite Target Identifier

外れ値のタンパク質とリン酸のターゲット識別子

1899. plotGrouper: Shiny app GUI wrapper for ggplot with built-in statistical analysis

統計解析を内蔵したggplot用の光沢のあるアプリGUIラッパー

1899. PLSDAbatch: PLSDA-batch

PLSDAバッチ

1899. ProteoDisco: Generation of customized protein variant databases from genomic variants, splice-junctions and manual sequences

ゲノムバリアント、スプライスジャンクション、マニュアル配列からカスタマイズされたタンパク質バリアントデータベースの生成

1899. rfaRm: An R interface to the Rfam database

Rfam データベースへの R インターフェース

1899. RLassoCox: A reweighted Lasso-Cox by integrating gene interaction information

遺伝子相互作用情報の統合による再重み付けLasso-Cox

1899. scRNAseqApp: A single-cell RNAseq Shiny app-package

シングルセルRNAseqのShynyアプリパッケージ

1899. SMAD: Statistical Modelling of AP-MS Data (SMAD)

AP-MSデータの統計的モデリング（SMAD）

1899. unifiedWMWqPCR: Unified Wilcoxon-Mann Whitney Test for testing differential expression in qPCR data

qPCRデータにおける差次的発現を試験するための統一Wilcoxon-Mann Whitney検定

1914. CONSTANd: Data normalization by matrix raking

マトリックスレーキングによるデータの正規化

1914. DeepPINCS: Protein Interactions and Networks with Compounds based on Sequences using Deep Learning

深層学習を用いた、配列に基づく化合物とタンパク質の相互作用とネットワーク

1914. DMRScan: Detection of Differentially Methylated Regions

異なるメチル化領域の検出

1914. EpiMix: EpiMix: an integrative tool for the population-level analysis of DNA methylation

EpiMix: DNAメチル化の集団レベル解析のための統合的ツール

1914. fedup: Fisher’s Test for Enrichment and Depletion of User-Defined Pathways

Fisher’s Test for Enrichment and Depletion of User-Defined Pathways（ユーザー定義パスウェイの濃縮と枯渇に関するフィッシャーの検定

1914. GenomicInteractionNodes: A R/Bioconductor package to detect the interaction nodes from HiC/HiChIP/HiCAR data

HiC/HiChIP/HiCARデータから相互作用ノードを検出するためのR/Bioconductorパッケージ

1914. LRcell: Differential cell type change analysis using Logistic/linear Regression

Logistic/linear Regressionを用いた細胞型変化の差分解析

1914. motifTestR: Perform key tests for binding motifs in sequence data

配列データ中の結合モチーフに関する主要なテストを実行

1914. MSstatsLOBD: Assay characterization: estimation of limit of blanc(LoB) and limit of detection(LOD)

アッセイの特性評価：Limit of blanc(LoB)およびLimit of detection(LOD)の推定

1914. nearBynding: Discern RNA structure proximal to protein binding

タンパク質結合近位のRNA構造を見分ける

1914. omicsViewer: Interactive and explorative visualization of SummarizedExperssionSet or ExpressionSet using omicsViewer

omicsViewerを用いたSummarizedExperssionSetまたはExpressionSetの対話的・探索的な可視化

1914. periodicDNA: Set of tools to identify periodic occurrences of k-mers in DNA sequences

DNA配列中のk-merの周期的な出現を同定するためのツールセット

1914. Rbec: Rbec: a tool for analysis of amplicon sequencing data from synthetic microbial communities

Rbec: 合成微生物群集からのアンプリコンシークエンスデータの解析ツール

1914. rGenomeTracks: Integerated visualization of epigenomic data

エピゲノムデータの統合的な可視化

1914. RiboCrypt: Interactive visualization in genomics

ゲノミクスにおけるインタラクティブな視覚化

1914. RNAsense: Analysis of Time-Resolved RNA-Seq Data

時間分解RNA-Seqデータの分析

1914. scifer: Scifer: Single-Cell Immunoglobulin Filtering of Sanger Sequences

Scifer: サンガー配列の単一細胞免疫グロブリンフィルタリング

1914. scTHI: Indentification of significantly activated ligand-receptor interactions across clusters of cells from single-cell RNA sequencing data

単一細胞のRNAシークエンシングデータから、細胞クラスター間の有意に活性化されたリガンド-受容体相互作用の同定

1914. seqArchR: Identify Different Architectures of Sequence Elements

配列要素の異なるアーキテクチャを識別する

1914. SimFFPE: NGS Read Simulator for FFPE Tissue

FFPE組織用NGSリードシミュレータ

1914. sitadela: An R package for the easy provision of simple but complete tab-delimited genomic annotation from a variety of sources and organisms

様々なソースや生物からのシンプルかつ完全なタブ区切りのゲノムアノテーションを簡単に提供するためのRパッケージです。

1914. sparsenetgls: Using Gaussian graphical structue learning estimation in generalized least squared regression for multivariate normal regression

多変量正規回帰のための一般化最小二乗回帰におけるガウスグラフィカル構造学習推定の使用

1914. svaNUMT: NUMT detection from structural variant calls

構造的バリアントコールからのNUMT検出

1914. TDbasedUFE: Tensor Decomposition Based Unsupervised Feature Extraction

テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出

1914. TDbasedUFEadv: Advanced package of tensor decomposition based unsupervised feature extraction

テンソル分解に基づく教師なし特徴抽出の高機能パッケージ

1914. ttgsea: Tokenizing Text of Gene Set Enrichment Analysis

遺伝子セットエンリッチメント解析のテキストのトークン化

1940. AnVILBilling: Provide functions to retrieve and report on usage expenses in NHGRI AnVIL (anvilproject.org).

NHGRI AnVIL (anvilproject.org)の利用費用を取得して報告する機能を提供します。

1940. ComPrAn: Complexome Profiling Analysis package

コンプレックス・プロファイリング解析パッケージ

1940. DNAfusion: Identification of gene fusions using paired-end sequencing

ペアエンドシーケンスを用いた遺伝子融合の同定

1940. gDRimport: Package for handling the import of dose-response data

用量反応データのインポートを扱うパッケージ

1940. gpuMagic: An openCL compiler with the capacity to compile R functions and run the code on GPU

R関数をコンパイルしてGPUでコードを実行する能力を持つopenCLコンパイラー

1940. Informeasure: R implementation of Information measures

R情報対策の実施

1940. LinTInd: Lineage tracing by indels

インデルを用いた系統の追跡

1940. microbiomeDASim: Microbiome Differential Abundance Simulation

ミクロビオームの微分存在量シミュレーション

1940. midasHLA: R package for immunogenomics data handling and association analysis

免疫ゲノミクスデータの取り扱いと関連性解析のためのRパッケージ

1940. Motif2Site: Detect binding sites from motifs and ChIP-seq experiments, and compare binding sites across conditions

モチーフやChIP-seq実験から結合部位を検出し、条件間で結合部位を比較することができます。

1940. netboost: Network Analysis Supported by Boosting

ブースティングでサポートされるネットワーク分析

1940. netZooR: Integrate methods: PANDA, LIONESS, CONDOR, ALPACA, SAMBAR, MONSTER, OTTER, EGRET, and YARN into one workflow

メソッドを統合します。PANDA、LIONESS、CONDOR、ALPACA、SAMBAR、MONSTER、OTTER、EGRET、およびYARNを1つのワークフローに統合します。

1940. orthos: `orthos` is an R package for variance decomposition using conditional variational auto-encoders

条件付き変分オートエンコーダを用いた分散分解のためのRパッケージ

1940. SCFA: SCFA: Subtyping via Consensus Factor Analysis

SCFA:コンセンサス因子分析によるサブタイプ化

1940. scFeatures: scFeatures: Multi-view representations of single-cell and spatial data for disease outcome prediction

scFeatures 疾病予後予測のための単一細胞・空間データのマルチビュー表現

1940. surfaltr: Rapid Comparison of Surface Protein Isoform Membrane Topologies Through surfaltr

surfaltrによる表面蛋白質アイソフォームの膜トポロジーの迅速な比較

1940. tenXplore: ontological exploration of scRNA-seq of 1.3 million mouse neurons from 10x genomics

10倍ゲノミクスからの130万マウスニューロンのscRNAシーケンスのオントロジー探査

1957. BgeeCall: Automatic RNA-Seq present/absent gene expression calls generation

自動遺伝子発現用のRパッケージであるBgeeCallは世代を呼ぶ

1957. biodbNcbi: biodbNcbi, a library for connecting to NCBI Databases.

biodbNcbi, NCBIデータベースへの接続用ライブラリ

1957. biodbUniprot: biodbUniprot, a library for connecting to the Uniprot Database

biodbUniprot: Uniprotデータベースへの接続用ライブラリ

1957. cfdnakit: Fragmen-length analysis package from high-throughput sequencing of cell-free DNA (cfDNA)

無細胞DNA（cfDNA）のハイスループットシーケンスからのフラグメント長解析パッケージ

1957. cliProfiler: A package for the CLIP data visualization

CLIPデータの視覚化のためのパッケージ

1957. coMET: coMET: visualisation of regional epigenome-wide association scan (EWAS) results and DNA co-methylation patterns

coMET：地域エピゲノムワイド関連スキャン（EWAS）結果とDNA共メチル化パターンの可視化

1957. epidecodeR: epidecodeR: a functional exploration tool for epigenetic and epitranscriptomic regulation

epidecodeR: エピジェネティックおよびエピトランスクリプトーム制御のための機能探索ツール

1957. fgga: Hierarchical ensemble method based on factor graph

因子グラフに基づく階層的アンサンブル法

1957. gespeR: Gene-Specific Phenotype EstimatoR

遺伝子特異的表現型の推定

1957. hummingbird: Bayesian Hidden Markov Model for the detection of differentially methylated regions

異なるメチル化領域の検出のためのベイジアン隠れマルコフモデル

1957. MethReg: Assessing the regulatory potential of DNA methylation regions or sites on gene transcription

遺伝子転写におけるDNAメチル化領域または部位の調節能の評価

1957. nipalsMCIA: Multiple Co-Inertia Analysis via the NIPALS Method

NIPALS法による多重共慣性解析

1957. pgca: PGCA: An Algorithm to Link Protein Groups Created from MS/MS Data

PGCA：MS / MSデータから作成した蛋白質群をリンクするためのアルゴリズム

1957. phosphonormalizer: Compensates for the bias introduced by median normalization in phosphoproteomics

ホスホプロテオミクスにおける中央値正規化によって導入されたバイアスを補正します

1957. reconsi: Resampling Collapsed Null Distributions for Simultaneous Inference

同時推論のための折りたたまれたヌル分布のリサンプリング

1957. RNAdecay: Maximum Likelihood Decay Modeling of RNA Degradation Data

RNA分解データの最尤減衰モデリング

1957. scDDboost: A compositional model to assess expression changes from single-cell rna-seq data

単細胞RNA-seqデータから発現変化を評価するための構成モデル

1957. srnadiff: Differential Expression of Small RNA-Seq

低分子RNAシーケンスの差次的発現

1957. TREG: Tools for finding Total RNA Expression Genes in single nucleus RNA-seq data

単一核RNA-seqデータからTotal RNA Expression Genesを発見するためのツール

1957. txcutr: Transcriptome CUTteR

トランスクリプトームCUTteR

1957. VarCon: VarCon: an R package for retrieving neighboring nucleotides of an SNV

VarCon: SNVの隣接するヌクレオチドを検索するためのRパッケージ

1957. VERSO: Viral Evolution ReconStructiOn (VERSO)

Viral Evolution ReconStructiOn(VERSO)

1957. vsclust: Feature-based variance-sensitive quantitative clustering

特徴量に基づく分散感受性の高い定量的クラスタリング

1980. AHMassBank: MassBank Annotation Resources for AnnotationHub

AnnotationHubのためのMassBankアノテーションリソース

1980. AlphaMissenseR: Accessing AlphaMissense Data Resources in R

RでAlphaMissenseデータリソースにアクセスする

1980. BiocFHIR: Illustration of FHIR ingestion and transformation using R

Rを用いたFHIRの取り込みと変換の図解

1980. cellmigRation: Track Cells, Analyze Cell Trajectories and Compute Migration Statistics

細胞の追跡、細胞の軌跡の分析、移動統計の計算

1980. ClustIRR: Clustering of immune receptor repertoires

免疫受容体レパートリーのクラスタリング

1980. enrichViewNet: From functional enrichment results to biological networks

機能的濃縮結果から生物学的ネットワークへ

1980. GNOSIS: Genomics explorer using statistical and survival analysis in R

Rの統計解析と生存解析を用いたゲノミクスエクスプローラー

1980. ISoLDE: Integrative Statistics of alleLe Dependent Expression

アレル依存性発現の統合統計

1980. magrene: Motif Analysis In Gene Regulatory Networks

遺伝子制御ネットワークにおけるモチーフ解析

1980. mariner: Mariner: Explore the Hi-Cs

マリナー Hi-Csを探検

1980. pageRank: Temporal and Multiplex PageRank for Gene Regulatory Network Analysis

遺伝子制御ネットワーク解析のための時間的および多重PageRank

1980. plyinteractions: Extending tidy verbs to genomic interactions

ゲノム相互作用へのtidy動詞の拡張

1980. QuartPAC: Identification of mutational clusters in protein quaternary structures.

蛋白質四次構造における突然変異クラスターの同定

1980. receptLoss: Unsupervised Identification of Genes with Expression Loss in Subsets of Tumors

教師なしで腫瘍のサブセットで発現が低下している遺伝子の同定

1980. RESOLVE: RESOLVE: An R package for the efficient analysis of mutational signatures from cancer genomes

RESOLVE: がんゲノムからの変異シグネチャーを効率的に解析するためのRパッケージ

1980. Summix: Summix R Package

Summix Rパッケージ

1980. tLOH: Assessment of evidence for LOH in spatial transcriptomics pre-processed data using Bayes factor calculations

ベイズ因子計算を用いた空間トランスクリプトミクス前処理データにおけるLOHの証拠の評価

1980. tripr: T-cell Receptor/Immunoglobulin Profiler (TRIP)

T細胞受容体/免疫グロブリンプロファイラー（TRIP）

1998. biobtreeR: Using biobtree tool from R

Rからのバイオツリーツールの使用

1998. gDRcore: Processing functions and interface to process and analyze drug dose-response data

薬剤の用量反応データを処理・解析するための処理関数とインターフェース

1998. gDRstyle: A package with style requirements for the gDR suite

gDR suiteのスタイル要件を備えたパッケージ

1998. GGPA: graph-GPA: A graphical model for prioritizing GWAS results and investigating pleiotropic architecture

graph-GPA: GWASの結果の優先順位付けと多面的アーキテクチャの調査のためのグラフモデル

1998. iSEEpathways: iSEE extension for panels related to pathway analysis

パスウェイ解析関連パネル用iSEE拡張機能

1998. lineagespot: Detection of SARS-CoV-2 lineages in wastewater samples using next-generation sequencing

次世代シーケンサーによる排水サンプル中のSARS-CoV-2系統の検出

1998. m6Aboost: m6Aboost

m6Aboost

1998. mapscape: mapscape

mapscape

1998. RgnTX: Colocalization analysis of transcriptome elements in the presence of isoform heterogeneity and ambiguity

アイソフォームの不均一性と曖昧さがある場合のトランスクリプトームエレメントの共局在化解析

1998. RImmPort: RImmPort: Enabling Ready-for-analysis Immunology Research Data

RImmPort：分析可能免疫学研究データの実現

1998. scShapes: A Statistical Framework for Modeling and Identifying Differential Distributions in Single-cell RNA-sequencing Data

単一細胞RNAシーケンシングデータの差異分布をモデル化および特定するための統計的フレームワーク

1998. sketchR: An R interface for python subsampling/sketching algorithms

pythonサブサンプリング/スケッチアルゴリズム用Rインターフェース

1998. spiky: Spike-in calibration for cell-free MeDIP

セルフリーMeDIPのスパイクインキャリブレーション

1998. SplicingFactory: Splicing Diversity Analysis for Transcriptome Data

トランスクリプトームデータのスプライシング多様性解析

1998. tadar: Transcriptome Analysis of Differential Allelic Representation

異なる対立遺伝子表現のトランスクリプトーム解析

2013. BG2: Performs Bayesian GWAS analysis for non-Gaussian data using BG2

BG2を用いた非ガウス型データに対するベイズGWAS解析の実行

2013. CAEN: Category encoding method for selecting feature genes for the classification of single-cell RNA-seq

シングルセルRNA-seqの分類のために特徴的な遺伝子を選択するためのカテゴリーエンコーディング手法

2013. csdR: Differential gene co-expression

遺伝子共発現の違い

2013. DepInfeR: Inferring tumor-specific cancer dependencies through integrating ex-vivo drug response assays and drug-protein profiling

生体外薬物反応アッセイと薬物タンパク質プロファイリングを統合した腫瘍特異的な癌依存性の推定

2013. dStruct: Identifying differentially reactive regions from RNA structurome profiling data

RNA構造体プロファイリングデータからの反応性の異なる領域の特定

2013. easylift: An R package to perform genomic liftover

ゲノムリフトオーバーを実行するRパッケージ

2013. ExCluster: ExCluster robustly detects differentially expressed exons between two conditions of RNA-seq data, requiring at least two independent biological replicates per condition

ExClusterはRNA-seqデータの2つの条件間で差次的に発現されたエクソンをロバストに検出するため、条件ごとに少なくとも2つの独立した生物学的複製が必要です

2013. GloScope: Population-level Representation on scRNA-Seq data

scRNA-Seqデータにおける集団レベルの表現

2013. hierinf: Hierarchical Inference

階層推論

2013. HybridExpress: Comparative analysis of RNA-seq data for hybrids and their progenitors

ハイブリッドとその子孫のRNA-seqデータの比較解析

2013. igvShiny: igvShiny: a wrapper of Integrative Genomics Viewer (IGV – an interactive tool for visualization and exploration integrated genomic data)

igvShiny：Integrative Genomics Viewer（IGV-統合ゲノムデータの可視化と探索のための対話型ツール）のラッパー

2013. iNETgrate: Integrates DNA methylation data with gene expression in a single gene network

DNAメチル化データと遺伝子発現を単一の遺伝子ネットワークで統合

2013. iSEEindex: iSEE extension for a landing page to a custom collection of data sets

データセットのカスタムコレクションへのランディングページ用iSEEエクステンション

2013. NetActivity: Compute gene set scores from a deep learning framework

ディープラーニングのフレームワークから遺伝子セットのスコアを計算する

2013. ReUseData: Reusable and reproducible Data Management

再利用可能で再現性の高いデータ管理

2013. rifi: ‘rifi’ anyalyses data from rifampicin time series ceated by microarray or RNAseq

Rifi’ マイクロアレイやRNAseqで解析されたリファンピシン時系列データの任意解析

2013. ROCpAI: Receiver Operating Characteristic Partial Area Indexes for evaluating classifiers

分類器を評価するための受信機動作特性部分面積指数

2013. rqt: rqt: utilities for gene-level meta-analysis

rqt：遺伝子レベルのメタ分析のためのユーティリティ

2013. scatterHatch: Creates hatched patterns for scatterplots

散布図のハッチングパターンを作成

2013. SingleCellAlleleExperiment: S4 Class for Single Cell Data with Allele and Functional Levels for Immune Genes

免疫遺伝子のアレルレベルと機能レベルを持つシングルセルデータのためのS4クラス

2013. SiPSiC: Calculate Pathway Scores for Each Cell in scRNA-Seq Data

scRNA-Seqデータにおける各細胞のパスウェイスコアを算出

2013. staRank: Stability Ranking

安定性ランキング

2013. tidySpatialExperiment: Brings SpatialExperiment to the tidyverse

TidyverseにSpatialExperimentをもたらす

2013. tomoseqr: R Package for Analyzing Tomo-seq Data

Tomo-seqデータ解析のためのRパッケージ

2013. veloviz: VeloViz: RNA-velocity informed 2D embeddings for visualizing cell state trajectories

VeloViz: 細胞の状態を可視化するためのRNA速度情報付き2Dエンベッディング

2013. VisiumIO: Import Visium data from the 10X Space Ranger pipeline

10X Space RangerパイプラインからのVisiumデータのインポート

2013. xcore: xcore expression regulators inference

xcore発現レギュレータ推論

2040. crisprBwa: BWA-based alignment of CRISPR gRNA spacer sequences

BWA による CRISPR gRNA スペーサー配列のアライメント

2040. DNABarcodeCompatibility: A Tool for Optimizing Combinations of DNA Barcodes Used in Multiplexed Experiments on Next Generation Sequencing Platforms

次世代シーケンシングプラットフォームでの多重実験で使用されるDNAバーコードの組み合わせを最適化するためのツール

2040. Dune: Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery

シングルセルRNA-Seq細胞型発見における複製性の向上

2040. epistasisGA: An R package to identify multi-snp effects in nuclear family studies using the GADGETS method

GADGETS法を用いた核家族研究におけるmulti-snp効果を同定するためのRパッケージ

2040. flowGraph: Identifying differential cell populations in flow cytometry data accounting for marker frequency

マーカーの頻度を考慮したフローサイトメトリーデータにおける差異のある細胞集団の識別

2040. gemini: GEMINI: Variational inference approach to infer genetic interactions from pairwise CRISPR screens

GEMINI：ペアワイズCRISPRスクリーンから遺伝的相互作用を推測する変分推論アプローチ

2040. IFAA: Robust Inference for Absolute Abundance in Microbiome Analysis

マイクロバイオーム解析における絶対量のロバスト推論

2040. microSTASIS: Microbiota STability ASsessment via Iterative cluStering

反復クラスター法による微生物相の安定性評価

2040. OpenStats: A Robust and Scalable Software Package for Reproducible Analysis of High-Throughput genotype-phenotype association

ハイスループットな遺伝子型・フェノタイプ関連の再現性の高い解析のためのロバストでスケーラブルなソフトウェアパッケージ

2040. OutSplice: Comparison of Splicing Events between Tumor and Normal Samples

腫瘍サンプルと正常サンプルのスプライシングイベントの比較

2040. RAIDS: Accurate Inference of Genetic Ancestry from Cancer Sequences

がん配列からの遺伝的祖先の正確な推定

2040. scider: Spatial cell-type inter-correlation by density in R

Rによる密度による空間的細胞型相互相関

2040. scMET: Bayesian modelling of cell-to-cell DNA methylation heterogeneity

細胞間DNAメチル化不均質性のベイズモデリング

2053. enhancerHomologSearch: Identification of putative mammalian orthologs to given enhancer

与えられたエンハンサーに対するほ乳類の推定オルソログの同定

2053. hicVennDiagram: Venn Diagram for genomic interaction data

ゲノム相互作用データのためのベン図

2053. ptairMS: Pre-processing PTR-TOF-MS Data

PTR-TOF-MSデータの前処理

2053. QTLExperiment: S4 classes for QTL summary statistics and metadata

QTL要約統計とメタデータのためのS4クラス

2053. randRotation: Random Rotation Methods for High Dimensional Data with Batch Structure

バッチ構造を持つ高次元データのためのランダム回転法

2053. RedisParam: Provide a ‘redis’ back-end for BiocParallel

BiocParallelのバックエンドに「redis」を提供

2053. rsemmed: An interface to the Semantic MEDLINE database

セマンティックMEDLINEデータベースへのインターフェース

2053. screenCounter: Counting Reads in High-Throughput Sequencing Screens

ハイスループットなシーケンシングスクリーンにおけるリードのカウントについて

2053. smartid: Scoring and Marker Selection Method Based on Modified TF-IDF

修正TF-IDFに基づくスコアリングとマーカー選択法

2053. SOMNiBUS: Smooth modeling of bisulfite sequencing

バイサルファイトシークエンスのスムーズなモデリング

2053. spatzie: Identification of enriched motif pairs from chromatin interaction data

クロマチン相互作用データから濃縮されたモチーフペアの同定

2053. synapsis: An R package to automate the analysis of double-strand break repair during meiosis

減数分裂時の二本鎖切断修復の解析を自動化するRパッケージ

2053. VAExprs: Generating Samples of Gene Expression Data with Variational Autoencoders

変分オートエンコーダを使用した遺伝子発現データのサンプルの生成

2066. CBEA: Competitive Balances for Taxonomic Enrichment Analysis in R

Rで分類学的エンリッチメント分析のための競合バランス

2066. ceRNAnetsim: Regulation Simulator of Interaction between miRNA and Competing RNAs (ceRNA)

miRNAと競合RNA（ceRNA）の相互作用の制御シミュレータ

2066. CircSeqAlignTk: A toolkit for end-to-end analysis of RNA-seq data for circular genomes

円形ゲノムのRNA-seqデータをエンドツーエンドで解析するためのツールキット

2066. CRISPRball: Shiny Application for Interactive CRISPR Screen Visualization, Exploration, Comparison, and Filtering

インタラクティブなCRISPRスクリーニングの可視化、探索、比較、フィルタリングのためのShinyアプリケーション

2066. CTdata: Data companion to CTexploreR

CTexploreRの付属データ

2066. dce: Pathway Enrichment Based on Differential Causal Effects

因果関係の差分に基づくパスウェイエンリッチメント

2066. fenr: Fast functional enrichment for interactive applications

インタラクティブなアプリケーションのための高速機能濃縮

2066. GeDi: Defining and visualizing the distances between different genesets

異なる遺伝子セット間の距離の定義と可視化

2066. levi: Landscape Expression Visualization Interface

ランドスケープ表現可視化インタフェース

2066. MIRit: Integrate microRNA and gene expression to decipher pathway complexity

マイクロRNAと遺伝子発現を統合してパスウェイの複雑性を解読する

2066. Moonlight2R: Identify oncogenes and tumor suppressor genes from omics data

オミックスデータから癌遺伝子と癌抑制遺伝子を同定

2066. omada: Machine learning tools for automated transcriptome clustering analysis

トランスクリプトームクラスタリング自動解析のための機械学習ツール

2066. shiny.gosling: A Grammar-based Toolkit for Scalable and Interactive Genomics Data Visualization for R and Shiny

RとShinyのためのスケーラブルでインタラクティブなゲノミクスデータ可視化のための文法ベースのツールキット

2066. TnT: Interactive Visualization for Genomic Features

ゲノム機能のための対話型可視化

2066. updateObject: Find/fix old serialized S4 instances

古いシリアル化されたS4インスタンスの検索・修正

2066. waddR: Statistical Test for Detecting Differential Distributions Based on the Wasserstein Metric

Wassersteinメトリックに基づく微分分布を検出するための統計的検定

2082. AnVILWorkflow: Run workflows implemented in Terra/AnVIL workspace

Terra/AnVILワークスペースに実装されたワークフローを実行

2082. calm: Covariate Assisted Large-scale Multiple testing

共変量支援大規模複数テスト

2082. cfTools: Informatics Tools for Cell-Free DNA Study

無細胞DNA研究のためのインフォマティクスツール

2082. GenomAutomorphism: Compute the automorphisms between DNA’s Abelian group representations

DNAのアーベル群表現間の自動多型性を計算する

2082. GenProSeq: Generating Protein Sequences with Deep Generative Models

Deep Generative Modelsによるタンパク質配列の生成

2082. INDEED: An Implementation of Integrated Differential Expression and Differential Network Analysis for Biomarker Candidate Selection

バイオマーカー候補選択のための統合された微分発現と微分ネットワーク解析の実装

2082. MSstatsBig: MSstats Preprocessing for Larger than Memory Data

MSstatsによるLarge than Memoryデータの前処理

2089. biocroxytest: Handle Long Tests in Bioconductor Packages

Bioconductorパッケージで長い検定を扱う

2089. demuxSNP: scRNAseq demultiplexing using cell hashing and SNPs

セルハッシュとSNPを用いたscRNAseqの多重化解除

2089. diffUTR: diffUTR: Streamlining differential exon and 3′ UTR usage

diffUTR: ディファレンシャルエクソンと3′ UTRの使用を効率化する

2089. Director: A dynamic visualization tool of multi-level data

多値データの動的可視化ツール

2089. frenchFISH: Poisson Models for Quantifying DNA Copy-number from FISH Images of Tissue Sections

組織切片のFISH画像からDNAコピー数を定量化するためのポアソンモデル

2089. INTACT: Integrate TWAS and Colocalization Analysis for Gene Set Enrichment Analysis

TWASとコロカライゼーション解析の統合による遺伝子セットのエンリッチメント解析

2089. iPath: iPath pipeline for detecting perturbed pathways at individual level

個人レベルで摂動されたパスウェイを検出するiPathパイプライン

2089. magpie: MeRIP-Seq data Analysis for Genomic Power Investigation and Evaluation

ゲノムパワー調査・評価のためのMeRIP-Seqデータ解析

2089. RAREsim: Simulation of Rare Variant Genetic Data

希少バリアント遺伝子データのシミュレーション

2089. rifiComparative: ‘rifiComparative’ compares the output of rifi from 2 different conditions.

「rifiComparative」は、2つの異なる条件のrifiの出力を比較

2089. ScreenR: Package to Perform High Throughput Biological Screening

ハイスループット生物学的スクリーニングを実行するためのパッケージ

2089. TOP: TOP Constructs Transferable Model Across Gene Expression Platforms

TOP 遺伝子発現プラットフォーム間で互換性のあるモデルを構築

2101. adverSCarial: adverSCarial, generate and analyze the vulnerability of scRNA-seq classifiers to adversarial attacks

adverSCarial：敵対的攻撃に対するscRNA-seq分類器の脆弱性を生成・解析

2101. CDI: Clustering Deviation Index (CDI)

クラスタリング偏差指数(CDI)

2101. ClustAll: ClustAll: Data driven strategy to find groups of patients within complex diseases

ClustAll：複雑な疾患における患者グループを見つけるためのデータ駆動型戦略

2101. FeatSeekR: FeatSeekR an R package for unsupervised feature selection

FeatSeekR 教師なし特徴選択のためのRパッケージ

2101. iSEEfier: Streamlining the creation of initial states for starting an iSEE instance

iSEEインスタンス起動時の初期状態作成の効率化

2101. IsoBayes: IsoBayes: Single Isoform protein inference Method via Bayesian Analyses

IsoBayes：ベイズ解析による単一アイソフォームタンパク質推定法

2101. KBoost: Inference of gene regulatory networks from gene expression data

遺伝子発現データからの遺伝子制御ネットワークの推論

2101. MACSQuantifyR: Fast treatment of MACSQuantify FACS data

MACSQuantify FACSデータの高速処理

2101. metabinR: Abundance and Compositional Based Binning of Metagenomes

メタゲノムの存在量と組成に基づくビン分け

2101. methyLImp2: Missing value estimation of DNA methylation data

DNAメチル化データの欠損値推定

2101. ModCon: Modifying splice site usage by changing the mRNP code, while maintaining the genetic code

遺伝暗号を維持したままmRNPコードを変更してスプライスサイトの使用法を変更する

2101. onlineFDR: Online FDR control

オンラインFDR管理

2101. pengls: Fit Penalised Generalised Least Squares models

罰則付き一般化最小二乗モデルのフィット

2101. roastgsa: Rotation based gene set analysis

回転に基づく遺伝子セット解析

2101. seqArchRplus: Downstream analyses of promoter sequence architectures and HTML report generation

プロモーター配列アーキテクチャのダウンストリーム解析とHTMLレポート作成

2101. VariantExperiment: A RangedSummarizedExperiment Container for VCF/GDS Data with GDS Backend

GDSバックエンドを使用したVCF / GDSデータ用のRangedSummarizedExperimentコンテナー

2101. ZygosityPredictor: Package for prediction of zygosity for variants/genes in NGS data

NGSデータ中のバリアント/遺伝子の接合性を予測するパッケージ

2118. alabaster.files: Wrappers to Save Common File Formats

一般的なファイル形式を保存するラッパー

2118. gDR: Umbrella package for R packages in the gDR suite

gDRスイートの R パッケージのアンブレラパッケージ

2118. gg4way: 4way Plots of Differential Expression

差分発現の4wayプロット

2118. Rvisdiff: Interactive Graphs for Differential Expression

差次的発現のインタラクティブグラフ

2118. SARC: Statistical Analysis of Regions with CNVs

CNVを含む領域の統計的解析

2118. smoothclust: smoothclust

smoothclust

2118. SUITOR: Selecting the number of mutational signatures through cross-validation

クロスバリデーションによる変異シグネチャの数の選択

2125. BioCartaImage: BioCarta Pathway Images

BioCartaパスウェイイメージ

2125. EDIRquery: Query the EDIR Database For Specific Gene

EDIRデータベースで特定遺伝子を検索

2125. mina: Microbial community dIversity and Network Analysis

Microbial community dIversity and Network Analysis（微生物群集の多様性とネットワーク分析

2125. rawDiag: Brings Orbitrap Mass Spectrometry Data to Life; Fast and Colorful

オービトラップ質量分析データを高速かつカラフルに表示

2125. retrofit: RETROFIT: Reference-free deconvolution of cell mixtures in spatial transcriptomics

RETROFIT：空間トランスクリプトミクスにおける細胞混合物の参照フリーデコンボリューション

2125. rmspc: Multiple Sample Peak Calling

複数サンプルのピークキャリング

2131. CytoPipelineGUI: GUI’s for visualization of flow cytometry data analysis pipelines

フローサイトメトリーデータ解析パイプラインの可視化用GUI

2131. HERON: Hierarchical Epitope pROtein biNding

階層的エピトープpROtein biNding

2131. ISAnalytics: Analyze gene therapy vector insertion sites data identified from genomics next generation sequencing reads for clonal tracking studies

ゲノミクス次世代シークエンシングリードから特定された遺伝子治療ベクター挿入部位のデータを解析して、クローン追跡研究に役立てる

2131. MICSQTL: MICSQTL (Multi-omic deconvolution, Integration and Cell-type-specific Quantitative Trait Loci)

MICSQTL (Multi-omic deconvolution, Integration and Cell-type-specific Quantitative Trait Loci)

2131. mslp: Predict synthetic lethal partners of tumour mutations

腫瘍変異の合成致死性パートナーを予測する

2131. MultimodalExperiment: Integrative Bulk and Single-Cell Experiment Container

バルクとシングルセルの統合実験コンテナ

2131. pgxRpi: R wrapper for Progenetix

ProgenetixのRラッパー

2131. RNAseqCovarImpute: Impute Covariate Data in RNA Sequencing Studies

RNAシーケンス研究における共変量データのインプット

2131. scviR: experimental inferface from R to scvi-tools

Rからscvi-toolsへの実験的なインファーフェイス

2140. CaDrA: Candidate Driver Analysis

候補ドライバー解析

2140. epiregulon.extra: Companion package to epiregulon with additional plotting, differential and graph functions

プロット、微分、グラフ関数を追加したepiregulonのコンパニオンパッケージ

2140. mbQTL: mbQTL: A package for SNP-Taxa mGWAS analysis

mbQTL: SNP-TaxaによるmGWAS解析のためのパッケージ

2140. spillR: Spillover Compensation in Mass Cytometry Data

マスサイトメトリーデータにおけるスピルオーバー補正

2140. TrajectoryGeometry: This Package Discovers Directionality in Time and Pseudo-times Series of Gene Expression Patterns

このパッケージは、遺伝子発現パターンの時系列および擬似時系列における方向性を発見する

2140. wppi: Weighting protein-protein interactions

タンパク質-タンパク質相互作用の重み付け

2146. ClusterFoldSimilarity: Calculate similarity of clusters from different single cell samples using foldchanges

異なる単一細胞サンプルからのクラスターの類似性をfoldchangesを用いて計算

2146. epiregulon: Gene regulatory network inference from single cell epigenomic data

単一細胞エピゲノムデータからの遺伝子制御ネットワーク推定

2146. iSEEtree: Interactive visualisation for microbiome data

マイクロバイオームデータのインタラクティブな視覚化

2146. partCNV: Infer locally aneuploid cells using single cell RNA-seq data

シングルセルRNA-seqデータを用いた局所的異数性細胞の推定

2146. plasmut: Stratifying mutations observed in cell-free DNA and white blood cells as germline, hematopoietic, or somatic

無細胞DNAと白血球で観察された変異を生殖細胞系、造血細胞系、体細胞系に層別化

2146. raer: RNA editing tools in R

RNA編集ツール

2146. RegionalST: Investigating regions of interest and performing cross-regional analysis with spatial transcriptomics data

空間トランスクリプトミクスデータを用いた関心領域の調査およびクロスリージョン解析の実行

2146. treeclimbR: An algorithm to find optimal signal levels in a tree

ツリー内の最適なシグナルレベルを見つけるアルゴリズム

2154. BERT: Hierarchical Batch-Effect Adjustment with Trees

木による階層的バッチ効果調整

2154. CaMutQC: An R Package for Comprehensive Filtration and Selection of Cancer Somatic Mutations

癌体細胞突然変異の包括的な濾過と選択のためのRパッケージ

2154. CoSIA: An Investigation Across Different Species and Tissues

異なる生物種と組織における調査

2154. crisprShiny: Exploring curated CRISPR gRNAs via Shiny

Shynyを介してキュレーションされたCRISPR gRNAを探索

2154. findIPs: Influential Points Detection for Feature Rankings

特徴ランキングのための影響点検出

2154. ginmappeR: Gene Identifier Mapper

遺伝子同定マッパー

2154. limpca: An R package for the linear modeling of high-dimensional designed data based on ASCA/APCA family of methods

ASCA/APCAファミリーに基づく高次元設計データの線形モデリングのためのRパッケージ

2154. MAPFX: MAssively Parallel Flow cytometry Xplorer (MAPFX): A Toolbox for Analysing Data from the Massively-Parallel Cytometry Experiments

超並列フローサイトメトリーXplorer（MAPFX）：超並列サイトメトリー実験データ解析ツールボックス

2154. PhenoGeneRanker: PhenoGeneRanker: A gene and phenotype prioritization tool

PhenoGeneRanker: 遺伝子と表現型の優先順位付けツール

2154. PIUMA: Phenotypes Identification Using Mapper from topological data Analysis

トポロジーデータ解析からMapperを用いた表現型の同定

2154. scMultiSim: Simulation of Multi-Modality Single Cell Data Guided By Gene Regulatory Networks and Cell-Cell Interactions

遺伝子制御ネットワークと細胞間相互作用に導かれたマルチモダリティ単一細胞データのシミュレーション

2154. seq.hotSPOT: Targeted sequencing panel design based on mutation hotspots

変異ホットスポットに基づくターゲットシーケンスパネルデザイン

2154. spoon: Address the Mean-variance Relationship in Spatial Transcriptomics Data

空間トランスクリプトミクスデータにおける平均-分散関係への対応

2167. BEARscc: BEARscc (Bayesian ERCC Assesstment of Robustness of Single Cell Clusters)

BEARscc（ベイズのERCCによる単一セルクラスタの堅牢性の評価）

2167. bettr: A Better Way To Explore What Is Best

何がベストかを探るためのより良い方法

2167. compSPOT: compSPOT: Tool for identifying and comparing significantly mutated genomic hotspots

compSPOT：有意に変異したゲノムのホットスポットを同定・比較するツール

2167. CytoMDS: Low Dimensions projection of cytometry samples

サイトメトリーサンプルの低次元投影

2167. pairedGSEA: Paired DGE and DGS analysis for gene set enrichment analysis

遺伝子セット濃縮解析のためのDGEとDGSのペアリング解析

2172. BREW3R.r: R package associated to BREW3R

BREW3Rに関連するRパッケージ

2172. CTexploreR: Explores Cancer Testis Genes

がん精巣遺伝子の探索

2172. ggtreeSpace: Visualizing Phylomorphospaces using ‘ggtree’

「ggtree」を用いた系統的空間の可視化

2172. knowYourCG: Functional analysis of DNA methylome datasets

DNAメチロームデータセットの機能解析

2172. PIPETS: Poisson Identification of PEaks from Term-Seq data

Term-SeqデータからのPEaksのポアソン同定

2172. signifinder: Implementations of transcriptional cancer signatures

転写癌シグネチャーの実装

2178. betaHMM: A Hidden Markov Model Approach for Identifying Differentially Methylated Sites and Regions for Beta-Valued DNA Methylation Data

β値DNAメチル化データのメチル化部位と領域の同定のための隠れマルコフモデルアプローチ

2178. cypress: Cell-Type-Specific Power Assessment

細胞種特異的パワー評価

2178. dinoR: Differential NOMe-seq analysis

差分NOMe-seq解析

2178. Pedixplorer: Pedigree Functions

血統関数

2178. scMitoMut: Single-cell Mitochondrial Mutation Analysis Tool

シングルセルミトコンドリア変異解析ツール

2178. simPIC: simPIC: flexible simulation of paired-insertion counts for single-cell ATAC-sequencing data

simPIC：シングルセルATACシーケンスデータのペア挿入カウントの柔軟なシミュレーション

2178. SpaceMarkers: Spatial Interaction Markers

空間的相互作用マーカー

2178. SpotSweeper: Spatially-aware quality control for spatial transcriptomics

空間トランスクリプトミクスのための空間を考慮した品質管理

2178. tidyCoverage: Extract and aggregate genomic coverage over features of interest

関心のあるフィーチャーに関するゲノムカバレッジの抽出と集約

2178. transmogR: Modify a set of reference sequences using a set of variants

バリアントのセットを使って参照配列のセットを修正する

2188. HicAggR: Set of 3D genomic interaction analysis tools

3Dゲノム相互作用解析ツールセット

2188. mobileRNA: mobileRNA: Investigate the RNA mobilome & population-scale changes

モバイルRNA RNAモビロームと集団規模の変化を調べる

2188. tpSVG: Thin plate models to detect spatially variable genes

空間的に変動する遺伝子を検出するための薄板モデル

2188. TSAR: Thermal Shift Analysis in R

Rによる熱シフト解析

2192. GrafGen: Classification of Helicobacter Pylori Genomes

ヘリコバクター・ピロリゲノムの分類

2192. lute: Framework for cell size scale factor normalized bulk transcriptomics deconvolution experiments

細胞サイズスケールファクター正規化バルク・トランスクリプトミクス・デコンボリューション実験のためのフレームワーク

2192. PoDCall: Positive Droplet Calling for DNA Methylation Droplet Digital PCR

DNAメチル化ドロップレットデジタルPCRのポジティブドロップレットコーリング

2195. multistateQTL: Toolkit for the analysis of multi-state QTL data

マルチステートQTLデータ解析のためのツールキット

2195. traviz: Trajectory functions for visualization and interpretation.

視覚化と解釈のための軌跡関数

2197. DegCre: Probabilistic association of DEGs to CREs from differential data

差分データからのDEGとCREの確率的関連付け

2198. dar: Differential Abundance Analysis by Consensus

コンセンサスによる差異存在解析

2198. SurfR: Surface Protein Prediction and Identification

表面タンパク質の予測と同定

2198. UPDhmm: Detecting Uniparental Disomy through NGS trio data

NGSトリオデータによる片親不分離の検出

2201. EpiCompare: Comparison, Benchmarking & QC of Epigenetic Datasets

エピジェネティックデータセットの比較、ベンチマーク、QC

2201. nondetects: Non-detects in qPCR data

qPCRデータで検出されない

2201. scDotPlot: Cluster a Single-cell RNA-seq Dot Plot

クラスターAシングルセルRNA-seqドットプロット

2204. saseR: Scalable Aberrant Splicing and Expression Retrieval

スケーラブルな異常スプライシングと発現の検索

2205. Damsel: Damsel: an end to end analysis of DamID

Damsel：DamIDのエンド・トゥ・エンド解析

2206. HTSeqGenie: A NGS analysis pipeline.

NGS分析パイプライン

2207. DIAlignR: Dynamic Programming Based Alignment of MS2 Chromatograms

動的プログラミングに基づくMS2クロマトグラムのアライメント

2207. methodical: Discovering genomic regions where methylation is strongly associated with transcriptional activity

メチル化と転写活性が強く関連するゲノム領域の発見

2209. pareg: Pathway enrichment using a regularized regression approach

正則化回帰法を用いたパスウェイエンリッチメント

2209. RGMQL: GenoMetric Query Language for R/Bioconductor

R / Bioconductor用のジェノメトリッククエリ言語

2211. CyTOFpower: Power analysis for CyTOF experiments

CyTOF実験のパワー解析

2211. hdxmsqc: An R package for quality Control for hydrogen deuterium exchange mass spectrometry experiments

水素重水素交換質量分析実験の品質管理用Rパッケージ

2213. AnVILGCP: The GCP R Client for the AnVIL

AnVILのGCP Rクライアント

2214. gINTomics: Multi-Omics data integration

マルチオミックス・データ統合

2215. scrapper: Bindings to C++ Libraries for Single-Cell Analysis

シングルセル解析のためのC++ライブラリへのバインディング

2216. broadSeq: broadSeq : for streamlined exploration of RNA-seq data

broadSeq : RNA-seqデータの効率的な探索

2216. tidyFlowCore: tidyFlowCore: Bringing flowCore to the tidyverse

tidyFlowCore:flowCoreをtidyverseに導入

2218. AnVILAz: R / Bioconductor Support for the AnVIL Azure Platform

AnVIL AzureプラットフォームのR / Bioconductorサポート

2218. BiocHail: basilisk and hail

バシリスクとあられ

2218. DeepTarget: Deep characterization of cancer drugs

がん治療薬の深い特性評価

2218. funOmics: Aggregating Omics Data into Higher-Level Functional Representations

オミクスデータを高レベルの関数表現に集約する

2218. MPAC: Multi-omic Pathway Analysis of Cancer

がんのマルチオミクスパスウェイ解析

2218. NeuCA: NEUral network-based single-Cell Annotation tool

NEUralネットワークベースのシングルセルアノテーションツール

2224. BioGA: Bioinformatics Genetic Algorithm (BioGA)

バイオインフォマティクス遺伝的アルゴリズム(BioGA)

2224. CleanUpRNAseq: Detect and Correct Genomic DNA Contamination in RNA-seq Data

RNA-seqデータ中のゲノムDNAコンタミネーションの検出と補正

2224. ggseqalign: Minimal Visualization of Sequence Alignments

配列アラインメントの最小限の可視化

2224. Rcollectl: Help use collectl with R in Linux, to measure resource consumption in R processes

LinuxのRでcollectlを使用して、Rプロセスのリソース消費量を測定するのに役立つ

2224. ReactomeGraph4R: Interface for the Reactome Graph Database

Reactome Graph Databaseのインターフェース

2224. survClust: Identification Of Clinically Relevant Genomic Subtypes Using Outcome Weighted Learning

結果加重学習を用いた臨床的に関連性のあるゲノムサブタイプの同定

2230. HoloFoodR: R interface to EBI HoloFood resource

EBI HoloFoodリソースへのRインターフェース

2230. kmcut: Optimized Kaplan Meier analysis and identification and validation of prognostic biomarkers

最適化されたKaplan Meier解析と予後バイオマーカーの同定とバリデーション

2232. immunogenViewer: Visualization and evaluation of protein immunogens

タンパク質免疫原の可視化と評価

2232. netDx: Network-based patient classifier

ネットワークベースの患者分類器

2232. tidytof: Analyze High-dimensional Cytometry Data Using Tidy Data Principles

整頓されたデータ原理を使用した高次元サイトメトリーデータの解析

2235. PanViz: Integrating Multi-Omic Network Data With Summay-Level GWAS Data

マルチオミックスネットワークデータとSummay-Level GWASデータの統合

2236. CatsCradle: This package provides methods for analysing spatial transcriptomics data and for discovering gene clusters

このパッケージは、空間トランスクリプトミクスデータの分析方法と遺伝子クラスターの発見方法を提供します

2236. PepSetTest: Peptide Set Test

ペプチドセットテスト

2236. Pirat: Precursor or Peptide Imputation under Random Truncation

ランダムトランケーションによるプリカーサーまたはペプチドインピュテーション

2236. squallms: Speedy quality assurance via lasso labeling for LC-MS data

LC-MSデータのなげなわラベルによる迅速な品質保証

2240. dominoSignal: Cell Communication Analysis for Single Cell RNA Sequencing

シングルセルRNAシーケンシングのための細胞コミュニケーション解析

2241. PolySTest: PolySTest: Detection of differentially regulated features. Combined statistical testing for data with few replicates and missing values

PolySTest:差動的に制御された特徴の検出。反復数が少なく、欠損値があるデータに対する複合統計検定

2241. seahtrue: Seahtrue revives XF data for structured data analysis

Seahtrueは、構造化データ分析のためにXFデータを復活させます

2243. MsBackendMetaboLights: Retrieve Mass Spectrometry Data from MetaboLights

MetaboLightsからの質量分析データの取得

2243. omXplore: Vizualization tools for ‘omics’ datasets with R

Rを使用した「オミクス」データセットの視覚化ツール

2243. scDiagnostics: Cell type annotation diagnostics

細胞タイプアノテーション診断

2243. SpaNorm: Spatially-aware normalisation for spatial transcriptomics data

空間トランスクリプトミクスデータの空間認識型正規化

2247. EnrichDO: a Global Weighted Model for Disease Ontology Enrichment Analysis

疾患オントロジーエンリッチメント分析のためのグローバル加重モデル

2247. koinar: KoinaR – Remote machine learning inference using Koina

KoinaR – Koinaを用いた遠隔機械学習推論

2249. DeProViR: A Deep-Learning Framework Based on Pre-trained Sequence Embeddings for Predicting Host-Viral Protein-Protein Interactions

宿主とウイルスのタンパク質間相互作用を予測するための事前学習された配列埋め込みに基づく深層学習フレームワーク

2249. geomeTriD: A R/Bioconductor package for interactive 3D plot of epigenetic data or single cell data

エピジェネティックデータまたはシングルセルデータのインタラクティブな3Dプロット用のR / Bioconductorパッケージ

2249. PRONE: The PROteomics Normalization Evaluator

プロテオミクス正規化評価器

2252. SpectraQL: MassQL support for Spectra

スペクトルの MassQL サポート

2252. tidysbml: Extract SBML’s data into dataframes

SBMLのデータをデータフレームに抽出

2252. xenLite: Simple classes and methods for managing Xenium datasets

Xeniumデータセットを管理するためのシンプルなクラスとメソッド

2255. TMSig: Tools for Molecular Signatures

分子シグネチャーのためのツール

2255. zitools: Analysis of zero-inflated count data

ゼロに膨らんだカウントデータの分析

2257. EpipwR: Efficient Power Analysis for EWAS with Continuous or Binary Outcomes

連続またはバイナリの結果を持つEWASの効率的な検定力分析

2258. DFplyr: A `DataFrame` (`S4Vectors`) backend for `dplyr`

「dplyr」の「DataFrame」(「S4Vectors」)バックエンド

2258. HuBMAPR: Interface to ‘HuBMAP’

「HuBMAP」へのインターフェース

2258. rhinotypeR: Rhinovirus genotyping

ライノウイルスジェノタイピング

2258. StabMap: Stabilised mosaic single cell data integration using unshared features

非共有特徴量を使用した安定化モザイクシングルセルデータ統合

2262. MOSClip: Multi Omics Survival Clip

マルチオミクスサバイバルクリップ

2262. scoup: Simulate Codons with Darwinian Selection Modelled as an OU Process

OUプロセスとしてモデル化されたダーウィン選択によるコドンのシミュレーション

2264. plyxp: Data masks for SummarizedExperiment enabling dplyr-like manipulation

dplyrのような操作を可能にするSummarizedExperiment用のデータマスク

2264. spatialSimGP: Simulate Spatial Transcriptomics Data with the Mean-variance Relationship

平均分散関係による空間トランスクリプトミクスデータのシミュレーション

2266. DuplexDiscovereR: Analysis of the data from RNA duplex probing experiments

RNA二本鎖プロービング実験のデータの解析

2266. OmicsMLRepoR: Search harmonized metadata created under the OmicsMLRepo project

OmicsMLRepoプロジェクトで作成された調和メタデータの検索

2268. MetMashR: Metabolite Mashing with R

Rによる代謝物マッシング

2269. G4SNVHunter: Evaluating SNV-Induced Disruption of G-Quadruplex Structures

SNV誘導性グアニン四重鎖構造破壊の評価

2270. SplineDV: Differential Variability (DV) analysis for single-cell RNA sequencing data. (e.g. Identify Differentially Variable Genes across two experimental conditions)

差分変動（DV）解析シングルセルRNAシーケンシングデータ（例：2つの実験条件における差異的に変化する遺伝子の特定）

2271. beachmat.tiledb: beachmat bindings for TileDB-backed matrices

TileDBベースのマトリックス用beachmatバインディング

2271. immApex: Tools for Adaptive Immune Receptor Sequence-Based Keras Modeling

適応免疫受容体配列ベースのKerasモデリングのためのツール

2271. MotifPeeker: Benchmarking Epigenomic Profiling Methods Using Motif Enrichment

モチーフ・エンリッチメントを用いたエピゲノム・プロファイリング法のベンチマーク

2271. mspms: Tools for the analysis of MSP-MS data

MSP-MSデータ解析ツール

2271. sosta: A package for the analysis of anatomical tissue structures in spatial omics data

空間オミクスデータにおける解剖学的組織構造解析用パッケージ

2271. SpatialExperimentIO: Read in Xenium, CosMx, MERSCOPE or STARmapPLUS data as SpatialExperiment object

Xenium、CosMx、MERSCOPE、またはSTARmapPLUSデータをSpatialExperimentオブジェクトとして読み込み

2277. ADAPT: Analysis of Microbiome Differential Abundance by Pooling Tobit Models

Tobitモデルのプーリングによるマイクロバイオームの存在差の解析

2277. Polytect: An R package for digital data clustering

デジタルデータクラスタリングのためのRパッケージ

2277. spatialFDA: A Tool for Spatial Multi-sample Comparisons

空間的マルチサンプル比較のためのツール

2277. visiumStitched: Enable downstream analysis of Visium capture areas stitched together with Fiji

Fijiと結合したVisiumキャプチャ領域の下流解析を可能にする

2281. ReducedExperiment: Containers and tools for dimensionally-reduced -omics representations

次元削減オミクスのためのコンテナとツール表現

2282. geyser: Gene Expression displaYer of SummarizedExperiment in R

RにおけるSummarizedExperimentの遺伝子発現表示

2282. TrIdent: TrIdent – Transduction Identification

TrIdent – トランスダクション同定

2282. xCell2: A Tool for Generic Cell Type Enrichment Analysis

汎用細胞タイプエンリッチメント解析ツール

2285. maaslin3: “Refining and extending generalized multivariate linear models for meta-omic association discovery”

「メタオミクス関連の発見のための一般化多変量線形モデルの改良と拡張」

2286. smoppix: Analyze Single Molecule Spatial Omics Data Using the Probabilistic Index

確率的指標を用いた単一分子空間オミクスデータの解析

2287. biocmake: CMake for Bioconductor

Bioconductor用CMake

2287. PICB: piRNA Cluster Builder

piRNAクラスタービルダー

2289. MetaboDynamics: Bayesian analysis of longitudinal metabolomics data

縦断的メタボロミクスデータのベイズ解析

2289. scQTLtools: An R package for single-cell eQTL analysis and visualization

単一細胞eQTL解析および可視化のためのRパッケージ

2291. dandelionR: Single-cell Immune Repertoire Trajectory Analysis in R

Rによる単一細胞免疫レパートリー・トラジェクトリ解析

2291. XeniumIO: Import and represent Xenium data from the 10X Xenium Analyzer

10X Xenium AnalyzerからXeniumデータをインポートして表示する

2293. bedbaser: A BEDbase client

BEDbaseクライアント

2293. MSstatsBioNet: Network Analysis for MS-based Proteomics Experiments

MSベースプロテオミクス実験のためのネットワーク解析

2295. HiCParser: Parser for HiC data in R

RにおけるHiCデータパーサー

2296. CARDspa: Spatially Informed Cell Type Deconvolution for Spatial Transcriptomics

空間トランスクリプトミクスのための空間情報に基づく細胞型デコンボリューション

2297. BulkSignalR: Infer Ligand-Receptor Interactions from bulk expression (transcriptomics/proteomics) data, or spatial transcriptomics

バルク発現（トランスクリプトミクス／プロテオミクス）データまたは空間トランスクリプトミクスからリガンド-受容体相互作用を推定

2297. Rigraphlib: igraph library as an R package

Rパッケージとしてのigraphライブラリ

2299. jazzPanda: Finding spatially relevant marker genes in image based spatial transcriptomics data

画像ベースの空間トランスクリプトオミクスデータにおける空間的に関連するマーカー遺伝子の検出

2299. LimROTS: A Hybrid Method Integrating Empirical Bayes and Reproducibility-Optimized Statistics for Robust Analysis of Proteomics and Metabolomics Data

ロバストな解析のための経験ベイズ法と再現性最適化統計を統合したハイブリッド手法プロテオミクスとメタボロミクスデータ

2299. poem: POpulation-based Evaluation Metrics

ポピュレーションベースの評価指標

2299. terapadog: Translational Efficiency Regulation Analysis using the PADOG Method

PADOG法を用いた翻訳効率制御解析

2303. CPSM: CPSM: Cancer patient survival model

CPSM：がん患者の生存モデル

2303. mist: Differential Methylation Analysis for scDNAm Data

scDNAmデータの差分メチル化解析

2305. chevreulPlot: Plots used in the chevreulPlot package

chevreulPlotパッケージで使用されるプロット

2305. chevreulProcess: Tools for managing SingleCellExperiment objects as projects

SingleCellExperimentオブジェクトをプロジェクトとして管理するためのツール

2305. DNAcycP2: DNA Cyclizability Prediction

DNA環化能予測

2305. ELViS: An R Package for Estimating Copy Number Levels of Viral Genome Segments Using Base-Resolution Read Depth Profile

塩基分解能のリード・デプス・プロファイルを用いたウイルス・ゲノム・セグメントのコピー数レベル推定のためのRパッケージ

2305. OSTA.data: OSTA book data

OSTAブックデータ

2305. SVP: Predicting cell states and their variability in single-cell or spatial omics data

シングルセルまたは空間オミクスデータにおける細胞状態とその変動性の予測

2311. alabaster.sfe: Language agnostic on disk serialization of SpatialFeatureExperiment

SpatialFeatureExperimentのディスクシリアル化における言語に依存しない処理

2311. chevreulShiny: Tools for managing SingleCellExperiment objects as projects

SingleCellExperimentオブジェクトをプロジェクトとして管理するためのツール

2311. TENET: R package for TENET (Tracing regulatory Element Networks using Epigenetic Traits) to identify key transcription factors

主要な転写因子を特定するためのTENET（エピジェネティック特性を用いた調節エレメントネットワークの追跡）用Rパッケージ

2314. limpa: Quantification and Differential Analysis of Proteomics Data

プロテオミクスデータの定量化と差分解析

2314. rigvf: R interface to the IGVF Catalog

IGVFカタログへのRインターフェース

2314. XAItest: XAItest: Enhancing Feature Discovery with eXplainable AI

XAItest：eXplainable AIによる特徴発見の強化

2317. barbieQ: Analyze Barcode Data from Clonal Tracking Experiments

クローン追跡実験からのバーコードデータの解析

2317. BatchSVG: Identify Batch-Biased Features in Spatially Variable Genes

空間的に変動する遺伝子におけるバッチバイアス特性の特定

2317. BreastSubtypeR: Methods for breast cancer intrinsic subtyping

乳がんの内因性サブタイピング手法

2317. CCAFE: Case Control Allele Frequency Estimation

症例対照アレル頻度推定

2317. clustSIGNAL: ClustSIGNAL: a spatial clustering method

ClustSIGNAL：空間クラスタリング手法

2317. crumblr: Count ratio uncertainty modeling base linear regression

カウント比不確実性モデリングに基づく線形回帰

2317. crupR: An R package to predict condition-specific enhancers from ChIP-seq data

予測のためのRパッケージChIP-seqデータからの条件特異的エンハンサー

2317. DeconvoBuddies: Helper Functions for LIBD Deconvolution

LIBDデコンボリューションのヘルパー関数

2317. imageTCGA: TCGA Diagnostic Image Database Explorer

TCGA診断画像データベースエクスプローラー

2317. islify: Automatic scoring and classification of cell-based assay images

細胞ベースアッセイ画像の自動スコアリングと分類

2317. Lheuristic: Detection of scatterplots with L-shaped pattern

L字型パターンの散布図の検出

2317. miaDash: Shiny app for the interactive analysis and exploration of microbiome data

マイクロバイオームデータのインタラクティブな分析と探索のためのShinyアプリ

2317. mitology: Study of mitochondrial activity from RNA-seq data

RNA-seqデータからのミトコンドリア活性の研究

2317. pathMED: Scoring Personalized Molecular Portraits

パーソナライズされた分子ポートレートのスコアリング

2317. QRscore: Quantile Rank Score

分位順位スコア

2317. RbowtieCuda: An R Wrapper for nvBowtie and nvBWT, a rewritten version of Bowtie2 for cuda

nvBowtieおよびnvBWT用のRラッパー（cuda用のBowtie2の書き換え版）

2317. RFLOMICS: Interactive web application for Omics-data analysis

オミクスデータ解析のためのインタラクティブなウェブアプリケーション

2317. RUCova: Removes unwanted covariance from mass cytometry data

マスサイトメトリーデータから不要な共分散を除去

2317. scHiCcompare: Differential Analysis of Single-cell Hi-C Data

単一細胞Hi-Cデータの差分解析

2317. SEraster: Rasterization Preprocessing Framework for Scalable Spatial Omics Data Analysis

スケーラブルな空間オミクスデータ解析のためのラスタライズ前処理フレームワーク

2317. shinyDSP: A Shiny App For Visualizing Nanostring GeoMx DSP Data

Nanostring GeoMx DSPデータを可視化するためのShinyアプリ

2317. Site2Target: An R package to associate peaks and target genes

ピークと標的遺伝子を関連付けるRパッケージ

2317. spacexr: SpatialeXpressionR: Cell Type Identification in Spatial Transcriptomics

SpatialeXpressionR：空間トランスクリプトミクスにおける細胞型同定

2317. TaxSEA: Taxon Set Enrichment Analysis

タクソン・セット・エンリッチメント解析

2317. vmrseq: Probabilistic Modeling of Single-cell Methylation Heterogeneity

シングルセルメチル化不均一性の確率モデル化

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