R言語 CRAN Task View：再現性のある研究

CRAN Task View: Reproducible Researchの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載した。

Maintainer:	Max Kuhn
Contact:	mxkuhn at gmail.com
Version:	2018-06-02
URL:	https://CRAN.R-project.org/view=ReproducibleResearch

再現性のある研究の目標は、スカラシップを再現し、よりよく理解し、検証できるように、特定の指示をデータ分析と実験データに結びつけることです。ツール、フォーマットコンバータ、およびオブジェクトキャッシングのためのグループに分けることができます。

読み書きできるプログラミング
パッケージの再現性
コード/データ書式設定ツール
フォーマットコンバータ
オブジェクトキャッシング

読み書きできるプログラミング

Rで再現性の研究を促進する主な方法は、コンテンツとデータ解析コードの組み合わせである文書を使用することです。 Sweave関数（base R utiles パッケージにある）とknitr パッケージは、単一のドキュメントが、コンテンツおよび分析を定義するように、主題とRコードをブレンドするために使用することができます。 brew とR.rsp パッケージは、様々なマークアップにRコードを埋め込むの代替的なアプローチが含まれています。

読み書きできるプログラミングのためのリソースは、最高のドキュメントタイプ/マークアップ言語によって編成されています。

LaTex

Sweaveとknitr の両方は、LaTeXファイルを処理することができます。lazyWeave は、最初からLaTeX文書を作成することができます。

変換関数オブジェクト：
- summary tables/statistics : Hmisc, NMOF, papeR, quantreg, rapport, reporttools, sparktex, tables, xtable, ztable
- tables/cross-tabulations : Hmisc, lazyWeave, knitLatex, knitr, reporttools, ztable
- graphics : animation, Hmisc, grDevices:::pictex, sparktex, tikzDevice
- statistical models/methods : apsrtable, memisc, quantreg, rms, stargazer, suRtex, TeachingSampling, texreg, xtable, ztable
- bibtex : bibtex と RefManageR
- others : latex2exp は、数式をプロットするためにLaTeXの数式を変換します。
その他のツール
- Hmisc は、正しく特殊文字をエスケープする機能が含まれています。
- resumer は、レジュメを作成します。
- 標準化された試験は、exams パッケージを使用して作成することができます。

HTML

knitr パッケージは、HTMLファイルを直接処理することができます。 Sweaveもまた、R2HTML パッケージを経由してHTMLを操作することができます。 lazyWeave は、最初からHTML形式のドキュメントを作成することができます。

変換関数オブジェクト：

summary tables/statistics : stargazer
tables/cross-tabulations : DT, formattable, htmlTable, HTMLUtils, hwriter, knitr, lazyWeave, SortableHTMLTables, texreg, ztable
statistical models/methods : rapport, stargazer, xtable
others : knitcitations, RefManageR

その他のツール：

htmltools は、HTMLを操作するためのさまざまなツールを持っています。タフティスタイルの配布資料を作成するためのtufterhandout 。

Markdown

knitr パッケージは、支援なしでmarkdownファイルを処理することができます。パッケージmarkdown と rmarkdown は、この形式で文書を操作するための一般的なツールを持っています。 lazyWeave は、最初からマークダウン形式の文書を作成することができます。また、ascii パッケージは、AsciiDoc フォーマットにRオブジェクトを書くことができます。

変換関数オブジェクト：

summary tables/statistics : papeR
tables/cross-tabulations : DT, formattable, htmlTable, knitr, lazyWeave, papeR
statistical models/methods : pander, papeR, rapport, texreg
others : RefManageR

その他のツール：

タフティスタイルの配布資料を作成するためのtufterhandout 。kfigr は、マークダウンドキュメント内の数字のインデックス作成を可能にします。

オープンドキュメントフォーマット（ODF）

変換関数オブジェクト：

statistical models/methods: rapport

マイクロソフトフォーマット

ReporteRs （旧R2DOCX）パッケージは、docxとpptxファイルを作成することができます。 R2wd （ウィンドウズのみ）はまた、ゼロからWord文書を作成することができます。 R2PPT （ウィンドウズのみ）は、PowerPointスライドを作成することができます。rtf パッケージは、リッチテキスト形式の文書のための同じことをします。

その他のツール

パッケージの再現性

Rはまた、特定のパッケージのバージョンが分析のために必要とされ得ることを確保にするためのツールがあります。 checkpointと rbundler 、 packrat は、特定の時点で存在したローカル・アーカイブへのプロジェクトのために必要となるパッケージです。これは、時間と異なるユーザを維持するための特定のパッケージのバージョンを許可します。 miniCRAN パッケージは、ローカルCRANのようなリポジトリの作成を容易にします。

書式設定ツール

formatR、 highlight、 highr、 SweaveListingUtils は、色および/またはフォーマットをRコードに使用することができます。パッケージhumanFormat、 lubridate、 prettyunits、 rprintf は、より優れた形式のデータに関数を持っています。

フォーマットコンバータ

pander は、Pandoc’s マークダウンにRオブジェクトをレンダリングするために使用することができます。 knitr は、Markdown、HTML、LaTex、PDF、Wordのようなフォーマット間のドキュメントを変換するためのPandoc のインストールされたバージョンを呼ぶことができるpandoc関数を持っています。tth は、TexからHTML/ MathML変換を容易にします。

オブジェクトキャッシュパッケージ

Sweaveとknitr を使用する場合、ドキュメントが再処理されるなら（すなわち、デバッグ中）、それは時間がかかるコードチャンクの結果をキャッシュすることが有利となります。 knitr は、オブジェクトキャッシュを容易にし、Bioconductorパッケージ weaver はSweaveで使用することができます。

キャッシング/アーカイブを容易にする非識字プログラミングパッケージは、R.cache と archivist です。