CRAN Task View: Analysis of Pharmacokinetic Dataの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。

Maintainer: Bill Denney
Contact: wdenney at humanpredictions.com
Version: 2020-06-16
URL: https://CRAN.R-project.org/view=Pharmacokinetics

薬物動態(PK)データの分析は、投薬計画を決定するための濃度時間曲線によって示されるように、投薬計画と薬物に対する身体の曝露との間の関係を定義することに関係します。PKデータを分析するには、非コンパートメント分析(NCA)、モデリング(通常はコンパートメント分析を使用)、レポーティング(通常はNCA)の3つのカテゴリがCRAN内にあります。NCAは、身体を通しての薬物の分布速度を最小限に仮定して、PKの記述方法として使用されます。NCAは、典型的には、同じおよび連続した日に被験者あたり多くのサンプルを含む臨床研究における薬物のPKを記述するために使用されます。NCAパッケージは次のとおりです。

  • ncappc
    • NCAメトリックを使用して、母集団PKモデルの従来のNCAおよびシミュレーションベースの事後予測チェックを実行します。モデルフィットまたはシミュレーションソースからのデータの要約を対象としています。
  • NonCompart
    • NCAの基本的な計算機能を提供します。
  • PK
    • 非コンパートメント理論を用いて薬物動態パラメータの推定を可能にする。完全サンプリングと疎サンプリングの両方の設計が実装されています。このパッケージには、仮説検定の方法と、優越性と等価性に関する信頼区間があります。
  • PKNCA
    • 標準のNCAパラメータを計算し、観測された臨床データを取り込み、研究レポートや規制当局に提出できるように要約を提供するという目的でそれらを要約します。

PKデータのモデリングは、典型的には、薬物が静脈内(IV)または血管外(しばしば経口または皮下SC)用量のいずれかで体内に入ると想定する区画法を使用する。下記のパッケージは、PKモデリングに特に関心のあるパッケージに限定され、PKデータに使用できるモデリングをサポートする(多くの)パッケージには使用できません。PKモデリングとシミュレーションパッケージは次のとおりです。

  • clinPK
    • 用量の個別化、コンパートメント薬物動態、薬物曝露、擬人化計算、臨床化学、一般的な臨床パラメーターの変換など、臨床薬物動態学および臨床薬理学で一般的に使用される方程式を計算します。可能な場合および関連する場合は、それぞれのR関数内に複数の公開されたピアレビューされた方程式を提供します。
  • cpk
    • ポイントオブケアにおける投与計画の設計と修正のための簡略化された臨床薬物動態学的機能を提供します。
  • dfpk
    • 第1相臨床試験での用量測定のためのPK測定を含む統計的方法を提供します。
  • mrgsolve
    • 医薬品開発で一般的に採用されている階層的、常微分方程式(ODE)ベースのモデルからのシミュレーションを容易にします。
  • nmw
    • NONMEMのアルゴリズムを理解するパッケージです。
  • PKPDmodels
    • 一般的な薬物動態/薬力学モデルおよびその勾配を評価する機能を提供します。
  • pmxTools
    • 一般的なデータ分析タスクのための薬理測定ツール。コンパートメントPKモデル(1コンパートメント、2コンパートメント、3コンパートメント、注入、ゼロおよび1次吸収、および遅延時間をカバーする、単回投与後および Bertrand&Mentre(2008)による定常状態。 NONMEMで生成されたパラメーター推定とその他の出力からのパラメトリックシミュレーション。そして、Perl-speaks-NONMEM(PsN)によって生成された結果を解析、集計、プロットします。
  • RxODE
    • 薬理測定学/薬物動態学および他のコンパートメントモデルなどの常微分方程式(ODE)モデルからシミュレーションを実行するための機能。
  • scaRabee
    • 個人および人口レベルでの薬物動態学的薬力学モデルのシミュレーションおよび最適化のための枠組みを提供する。

結果のコミュニケーションは、実際に分析を完了することと同じくらい重要です。多くのユーザーが現在rmarkdownとknitrを使用して一般的なレポートを作成していますが、PKデータを報告するために重要なパッケージの機能は次のとおりです。

  • ncar
    • rtfとpdf出力を生成するレポート作成者にNCAを提供します。
  • pkr
    • CDISCおよびレビューアのための他の薬物動態学的機能に準拠するNCAデータセットを生成します。
  • PKreport
    • ユーザーが格子やggplot2に基づいて図やグラフの生成、保存、検索、修正を行うアーカイブ指向の管理ツールを使用して、データやモデルを視覚化するための自動パイプラインを提供します。
  • xpose
    • 「NONMEM」の非線形混合効果(母集団)モデルの診断。「xpose」は、データのインポート、数値実行サマリーの作成を容易にし、データ探索とモデル診断のための「ggplot2」ベースのグラフィックスを提供します。

単一の薬物動態モデルまたはデータセットに焦点を当てたパッケージには、以下が含まれます。

  • caffsim
    • Lee、Kim、Perera、McLachlan、およびBae(2015)に記載されている母集団薬物動態モデルを使用して、血漿カフェイン濃度をシミュレートします。

PK研究デザインに関連するパッケージには以下が含まれます。

  • microsamplingDesign
    • 一般的なシミュレーション手法を使用して、非コンパートメントのファラコキネティクス分析に最適なマイクロサンプリング設計を見つけます。この方法論は、次の通りです。デフォルトの設定は、使用されたデフォルトの薬物動態モデルおよび動物間の変動性のパラメーター化において、Barnettおよび他の記事とは異なります。
      • (1)動物間の変動性を含む薬物動態モデルを指定することで構成されます。
      • (2)可能なサンプリング時間を生成します。
      • (3)シミュレートされたデータに対する各時点の選択のパフォーマンスを評価します。
      • (4)時点の選択と追加の制約が与えられた場合に可能なスキームを生成します。
      • (5)シミュレーションされたデータに対するスキームのパフォーマンスを評価します。
  • PharmPow
    • PharmPowは、混合(スパース/デンスサンプリング)薬物動態研究デザインの検出力計算を実行する関数が含まれています。これらの関数の入力データは、NONMEM .phiファイル用に調整されています。

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