title: UbuntuでGENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法
url: how-to-convert-geneontology-obo-to-json-on-ubuntu

GENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法をお伝えします。

環境

今回の環境を確認しておきます。


$ cat /etc/lsb-release

DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=18.04
DISTRIB_CODENAME=bionic
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 18.04.4 LTS"

必要なパッケージをインストール

次のコマンドにより必要なパッケージをインストールします。


$ sudo apt install openjdk-8-jdk
$ sudo apt install maven
$ sudo apt install git

次のコマンドによりJava8を使うように設定します。
Java8を用いる理由は, 変換に用いるツールがJava8にしか対応していないためです。
具体的には, tools.jarが必要になるためです。


$ sudo update-alternatives --config java
$ sudo update-alternatives --config javac
$ export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

次のコマンドにより変換ツールをgitにより取得します。


$ mkdir ~/work
$ cd ~/work
$ git clone https://github.com/geneontology/obographs.git
$ cd obographs

pom.xmlファイルを開き、以下を追加します。
これは、org.apache.maven.pluginsをスキップする設定を追加しています。
この設定を追加しないと変換ツールのjarファイルが上手く作成されません。


<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-gpg-plugin</artifactId>
    <version>1.5</version>
	<!-- ここから -->
    <configuration>
        <skip>true</skip>
    </configuration>
	<!-- ここまでを追加 -->
    <executions>
      <execution>
        <id>sign-artifacts</id>
        <phase>verify</phase>
        <goals>
          <goal>sign</goal>
        </goals>
        <configuration>
            <gpgArguments>
                <arg>--pinentry-mode</arg>
                <arg>loopback</arg>
            </gpgArguments>
        </configuration>
      </execution>
    </executions>
</plugin>

次のコマンドによりjarファイルを作成します。


$ mvn install

変換

次のコマンドによりgo.oboファイルをダウンロードします。


$ wget http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo -O ../go.obo

次のコマンドにより変換を行います。
この変換ツールは、変換後のjsonを標準出力するため、リダイレクトによりファイルに保存します。


$ ./bin/ogger ../go.obo > ../go.json

関連する記事

  • R ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする方法R ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする方法 ggplot2を用いて散布図と周辺分布をプロットする2つの方法をお伝えします。 最初の方法は、ggExtraパッケージのggMarginal関数を用いる方法で、周辺分布を簡単にプロットすることができます。 二番目の方法は、散布図と周辺分布を作成した上で、一つにまとめる方法です。 それぞれ一長一短があります。 最初の方法は、コード量が少ないですがグラフとして […]
  • 中小企業の経営者なら知っておきたい財務データ活用法中小企業の経営者なら知っておきたい財務データ活用法 あなたは財務データを経営ツールとして有効に活用できているだろうか。目の前の仕事で忙しい、財務データの見方が分からない、顧問税理士に任せてあるなどの理由を付けて回避していないだろうか。 目の前の仕事で忙しいといって、ただがむしゃらに働いたところで利益を出し続けなければ生き残っていけない。どの方向を向いてがむしゃらに働くかを把握しておかなければならない。 財務データの […]
  • R言語 CRAN Task View:自然言語処理R言語 CRAN Task View:自然言語処理 CRAN Task View: Natural Language Processingの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Fridolin Wild, Performance Augmentation Lab (PAL), Oxford Brookes University, […]
  • Ubuntu Server 20.04にOpalをインストールする方法Ubuntu Server 20.04にOpalをインストールする方法 Ubuntu Server […]
  • R言語 サンプルデータ一覧R言語 サンプルデータ一覧 R言語をインストールした際に、標準として準備されているサンプルデータの一覧をご紹介する。英語での説明文をBing翻訳またはGoogle翻訳を使用させていただいて翻訳したものを掲載した。サンプルデータを探す参考にしていただければ幸いだ。 標準で使用できるサンプルデータ AirPassengers Monthly Airline Passenger Numbers […]
UbuntuでGENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法