title: UbuntuでGENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法
url: how-to-convert-geneontology-obo-to-json-on-ubuntu

GENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法をお伝えします。

環境

今回の環境を確認しておきます。


$ cat /etc/lsb-release

DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=18.04
DISTRIB_CODENAME=bionic
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 18.04.4 LTS"

必要なパッケージをインストール

次のコマンドにより必要なパッケージをインストールします。


$ sudo apt install openjdk-8-jdk
$ sudo apt install maven
$ sudo apt install git

次のコマンドによりJava8を使うように設定します。
Java8を用いる理由は, 変換に用いるツールがJava8にしか対応していないためです。
具体的には, tools.jarが必要になるためです。


$ sudo update-alternatives --config java
$ sudo update-alternatives --config javac
$ export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64
$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

次のコマンドにより変換ツールをgitにより取得します。


$ mkdir ~/work
$ cd ~/work
$ git clone https://github.com/geneontology/obographs.git
$ cd obographs

pom.xmlファイルを開き、以下を追加します。
これは、org.apache.maven.pluginsをスキップする設定を追加しています。
この設定を追加しないと変換ツールのjarファイルが上手く作成されません。


<plugin>
    <groupId>org.apache.maven.plugins</groupId>
    <artifactId>maven-gpg-plugin</artifactId>
    <version>1.5</version>
	<!-- ここから -->
    <configuration>
        <skip>true</skip>
    </configuration>
	<!-- ここまでを追加 -->
    <executions>
      <execution>
        <id>sign-artifacts</id>
        <phase>verify</phase>
        <goals>
          <goal>sign</goal>
        </goals>
        <configuration>
            <gpgArguments>
                <arg>--pinentry-mode</arg>
                <arg>loopback</arg>
            </gpgArguments>
        </configuration>
      </execution>
    </executions>
</plugin>

次のコマンドによりjarファイルを作成します。


$ mvn install

変換

次のコマンドによりgo.oboファイルをダウンロードします。


$ wget http://purl.obolibrary.org/obo/go.obo -O ../go.obo

次のコマンドにより変換を行います。
この変換ツールは、変換後のjsonを標準出力するため、リダイレクトによりファイルに保存します。


$ ./bin/ogger ../go.obo > ../go.json

関連する記事

  • UbuntuにRをインストールするための手順UbuntuにRをインストールするための手順 UbuntuにRをインストールするための手順をお伝えする。 Ubuntuのバージョン確認 Ubuntuのバージョンを確認するために、端末を起動し(ショートカットキー:Ctrl+Alt+t)、以下のコマンドを実行する。 DISTRIB_CODENAMEの行を控えておこう。下の内容では「trusty」の部分を控えておく。 $ cat […]
  • ApacheとWildflyの連携方法ApacheとWildflyの連携方法 ApacheとWildflyを連携する方法を3つの手順でご紹介する。Jboss […]
  • Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧Bioconductor ExperimentDataパッケージ一覧 BioconductorのExperimentDataパッケージの一覧をご紹介します。英語での説明文をgoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。パッケージを探す参考にしていただければ幸いです。 パッケージ確認日:2021/09/01 パッケージ数:406 1. ALL A data package データパッケージ 2. […]
  • Ubuntu 日本語構文・格・照応解析システムKNPのインストール方法Ubuntu 日本語構文・格・照応解析システムKNPのインストール方法 Ubuntu14.04で日本語構文・格・照応解析システムKNPのインストール方法をお伝えする。 あらかじめ、JUMANをインストールしておく(参照「Ubuntu 日本語形態素解析システムJUMANのインストール方法」)。 まずはKNP - KUROHASHI-KAWAHARA LABより最新のKNPをダウンロードしておく。 今回はKNP […]
  • 地図で見る石川県白山市の人口 2013年12月版地図で見る石川県白山市の人口 2013年12月版 白山市役所が公開している平成25年12月末日の住民基本台帳人口と総務省統計局が公開している地図データを基に人口、人口密度、世帯数などの数値および前年同月からの増減率を地図上に色分けして視覚化したものと上位・下位のランキングをご紹介する。 人口の上位・下位ランキング […]
UbuntuでGENEONTOLOGYのgo.oboをjson形式に変換する方法