UbuntuでRからMariaDBへ接続して、データフレームとして取得する方法をお伝えする。

環境

Ubuntuのバージョン


$ cat /etc/lsb-release 
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.2 LTS"

MariaDBのバージョン


$ mysql --version
mysql  Ver 15.1 Distrib 10.1.22-MariaDB, for debian-linux-gnu (x86_64) using readline 5.2

Rのバージョン


$ R --version
R version 3.3.3 (2017-03-06) -- "Another Canoe"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

準備

ターミナルを開き、libmariadb-client-lgpl-devをインストールする。


$ sudo apt-get install libmariadb-client-lgpl-dev

パッケージのインストール

RからMariaDBへ接続して操作するための中心となるパッケージは、DBIとRMySQLである。
DBIは、RとRDBMS(リレーショナル・データベース管理システム)間で接続するためのインターフェースを提供している。
RMySQLは、MySQLまたはMariaDBへのDBIインターフェースの実装である。

R上で次のコマンドから必要なパッケージをインストールする。


> install.packages("DBI")
> install.packages("RMySQL")

Socketの確認

MariaDBとの接続はSocketファイルを通して行われる。そのため、Socketファイルの場所を確認するためにMariaDBの設定ファイルを確認しておく。


$ vim /etc/mysql/my.cnf

 

MariaDBのインストール時から変更していなければ、/var/run/mysqld/mysqld.sockが該当のファイルである。


[client]
port		= 3306
socket		= /var/run/mysqld/mysqld.sock

 

RからMariaDBへ接続

RからローカルのMariaDBへ接続し、テーブルをデータフレームとして取得する方法は、次のコードを参考にしてほしい。


# ライブラリの読み込み
library(RMySQL)

# 接続
con <- dbConnect(RMySQL::MySQL(), 
                 dbname = "データベース",
                 username = "ユーザー",
                 password = "パスワード",
                 host = "localhost",
                 port = 3306,
                 unix.socket="/var/run/mysqld/mysqld.sock")

# テーブルをデータフレームとして取得
df <- dbReadTable(con, "テーブル")

# 切断
dbDisconnect(con)

# データが取得できているかを確認
str(df)
 

unix.socketを指定していない場合

dbConnect関数でunix.socketを指定していない場合、次のようなエラーが出て接続できない。
Socketファイルの場所を確認して、指定する必要がある。


.local(drv, ...) でエラー: 
  Failed to connect to database: Error: Can't connect to local MySQL server through socket '/tmp/mysql.sock' (2) 

関連する記事

  • R言語 CRAN Task View:Rによるモデル展開R言語 CRAN Task View:Rによるモデル展開 CRAN Task View: Model Deployment with Rの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載した。 Maintainer: Yuan Tang Contact: terrytangyuan at […]
  • R言語 CRAN Task View:空間データの分析R言語 CRAN Task View:空間データの分析 CRAN Task View: Analysis of Spatial Dataの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。 Maintainer: Roger Bivand Contact: Roger.Bivand at […]
  • Ubuntu TensorFlowのGPU版をpipでインスールする手順Ubuntu TensorFlowのGPU版をpipでインスールする手順 Ubuntu上で、TensorFlowのGPU版をpipでインストールする手順をお伝えする。 TensorFlowのバージョン0.6.0からPython3が使えるようになったので、Python3を用いることにする。 ここに記載されていることの大部分は、TensorFlowのDownload and […]
  • R データフレームから特定の型の列を抽出する方法R データフレームから特定の型の列を抽出する方法 Rのデータフレームから特定の型の列を抽出する方法をお伝えします。 サンプルデータとして、irisを用います。 データフレームの構造をstr関数で確認します。 > str(iris) 'data.frame': 150 obs. of 5 variables: $ Sepal.Length: num 5.1 4.9 4.7 4.6 5 5.4 […]
  • Python CaboChaを用いて係り受け構造を抽出する方法Python CaboChaを用いて係り受け構造を抽出する方法 Pythonと日本語係り受け解析器であるCaboChaを用いて係る語と受ける語のペアを抽出する方法をご紹介する。 環境:Ubuntu14.04 Pythonツールのインストール PythonからCaboChaを扱うために、CaboChaに付属しているPythonのsetup.pyをインストールする。 これはPython2系専用であることに注意する。 caboch […]
R UbuntuでRからMariaDBへ接続する方法