RのMASSパッケージ内のcorresp関数を用いたとき、エラーに悩まされたので、皆様と共有しておく。

環境

Ubuntuのバージョン


$ cat /etc/lsb-release 
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.2 LTS"

Rのバージョン


$ R --version
R version 3.3.3 (2017-03-06) -- "Another Canoe"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under the terms of the
GNU General Public License versions 2 or 3.
For more information about these matters see
http://www.gnu.org/licenses/.

MASSのバージョン


> packageVersion("MASS")
[1] ‘7.3.45

corresp.matrix(x, …) でエラー: empty row or column in table

corresp関数の引数xは、xtabs関数から作成したオブジェクトとする。

次のようなエラーが出力されたとする。これは、ある行または列の値がすべて0であるため、計算が実行できないことを表している。


> library(MASS)
> corresp(x, nf = min(c(nrow(x), ncol(x))) - 1)
corresp.matrix(x, ...) でエラー: empty row or column in table 

ある行がすべて0である場合は、次のようにしてその行を取り除く。


# 行ごとに、各列の合計値が0を超える行を抽出
x <- x[rowSums(x) > 0, ]

ある列がすべて0である場合は、次のようにしてその列を取り除く。


# 列ごとに、各行の合計値が0を超える列を抽出
x <- x[, colSums(x) > 0]

corresp.default(x, nf = 1) でエラー: invalid table specification

上記のような方法で、ある行または列を取り除いたxを用いてcorresp関数を使用した場合、次のようなエラーが出る。
出力されたエラーにおいて、corresp関数の引数nfの値は、x次第であることに注意する。


> corresp(x, nf = min(c(nrow(x), ncol(x))) - 1)
corresp.default(x, nf = 1) でエラー: invalid table specification 

この対処方法は、xをもう一度xtabs関数を適用したxにすれば良い。
例えば、次のコードのようにxを一度データフレームに変換して、xtabs関数へ渡す。行名と列名は適宜変更していただきたい。


x <- xtabs(Freq ~ [行名] + [列名], data=as.data.frame(x))

このxをcorresp関数に渡せば、エラーなく処理が完了する。


> corresp(x, nf = min(c(nrow(x), ncol(x))) - 1)

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