CRAN Task View: Survival Analysisの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載した。

Maintainer: Arthur Allignol and Aurelien Latouche
Contact: arthur.allignol at uni-ulm.de
Version: 2017-03-22
URL: https://CRAN.R-project.org/view=Survival

サバイバル分析(社会科学におけるイベント履歴分析、またはエンジニアリングにおける信頼性分析とも呼ばれる)は、興味のあるイベントが発生するまでの時間を扱います。 しかし、この失敗時間は、関連する期間内に観察されないことがあり、いわゆる検閲観察を生じる。
このタスクビューは、イベントデータの時間解析に役立つRパッケージを提示することを目的としています。
何かが不正確か不足しているかどうかをmaintainers に知らせてください。

標準生存分析

生存分布の推定

  • カプラン・マイヤー:
    • survivalパッケージからsurvfit機能が切り捨てられ、および/または打ち切りデータのためのカプラン・マイヤー推定量を計算します。
    • rms(デザインパッケージの交換)はsurvfit関数の修正バージョンを提案している。
    • prodlimパッケージには、高速アルゴリズムとsurvivalには含まれていないいくつかの機能を実装しています。
    • カプラン・マイヤー推定量のための様々な信頼区間と信頼帯はkm.ciパッケージに実装されています。
    • パッケージehaのplot.Survはカプラン・マイヤー推定量をプロットします。
    • NADAパッケージは、左側打ち切りデータについてのカプラン – マイヤー推定量を計算する機能を有する。
    • surveyでsvykmは加重カプラン・マイヤー推定量を提供しています。
    • NestedCohort中nested.kmが不足しているデータとカテゴリ変数のレベルごとに生存曲線を推定する。
    • spatstatでのカプラン・マイヤー機能は、ヒストグラムデータからカプラン・マイヤー推定量を計算します。
    • MAMSEパッケージは、許可加重カプラン・マイヤー推定値を計算する。
    • パッケージrhospにおけるKM機能が入院リスクコンテキストでカプラン・マイヤー推定量の変異体を用いて、生存関数をプロットします。
    • survPresmoothパッケージは、右打ち切りデータ、すなわち、生存、有害性と密度の機能のために使用される主な量のpresmoothed推定値を計算します。
    • asbioパッケージは、ポロックら以下のカプラン・マイヤー推定量を計算することを可能にする(1998)。
    • bpcpパッケージは、生存分布(例えば、ベータ製品の信頼手順)の信頼区間を計算するためのいくつかの機能が用意されています。
    • lbiassurvパッケージは、生存曲線の推定に様々な長さのバイアスの修正を提供しています。
    • カプラン・マイヤー推定量のためのノンパラメトリックconfidanceバンドはkmconfbandパッケージを使用して計算することができる。
    • kmcパッケージは、制約のあるカプラン・マイヤー推定量を実装しています。
    • landest パッケージは、生存確率のランドマーク推定および試験を可能にする。
    • jackknifeKME パッケージは、Kaplan-Meier推定値の元と修正されたジャックナイフ推定値を計算します。
    • tranSurv パッケージは、依存する左切断および右切断の存在下で生存分布を推定することを可能にする。
    • condSURV パッケージは、順序付き多変量故障時間データの条件付き生存関数を推定する方法を提供します。
    • gte パッケージは、DehghanとDuchesneによって提案された一般化されたTurnbull推定量を実装し、区間打ち切りデータで条件付き生存関数を推定します。
  • ノンパラメトリック最尤推定(NPMLE):
    • Icensパッケージは、様々な打ち切り及び切り捨てスキームの生存分布のNPMLEを計算する方法がいくつかあります。
    • MLEcensは、また、区間調査のためのMLEを計算するために使用することができる。
    • dblcensは、左右の打ち切りデータに対する累積分布関数のNPMLEを計算するために許可する。
    • パッケージintervalでicfit機能は区間調査のためNPMLEを計算します。
    • DTDAは、おそらく二重に切り捨て生存データを分析することを可能にするいくつかのアルゴリズムを実装しています。
    • npsurv は、一般的な間隔打ち切りデータの生存関数のNPMLEを計算します。
  • パラメトリック:
    • fitdistrplusパッケージは、最尤による単変量分布に合うように可能にします。データは、インターバル検閲することができる。
    • vitalityパッケージは、死亡率モデルのvitalityファミリーのフィッティングモデルのためのルーチンを提供します。

ハザード評価

  • muhazパッケージは、許可、右打ち切りデータのためのカーネル法を通じてハザード関数を推定する。
  • epiRからepi.insthaz機能は、カプラン・マイヤー推定量からの瞬間的な危険を計算します。
  • polsplinegsslogsplineはスプラインを使ってハザード関数を推定することができます。
  • ICEパッケージは、区間打ち切りデータのハザード関数を推定することを目的とする。
  • bshazardパッケージは、Bスプラインを通じてハザードのノンパラメトリック平滑化を提供します。

検査

  • survivalのsurvdiff機能は、テストのフレミング・ハリントンG-Rhoファミリーを使用して生存曲線を比較します。NADAは、左打ち切りデータのためのテストは、このクラスを実装しています。
  • clinfunは、ログランク検定および共変量のために調整してログランクのバージョンの順列のバージョンを実装しています。
  • exactRankTestsおそらく打ち切りデータのために、正確な条件付きのp値および変位値を計算するためのシュトライトベルクとRoehmelによるシフト・アルゴリズムを実装しています。
  • coinパッケージにSurvTestは、リニアランク検定として再定式化ログランク検定を実装しています。
  • maxstatパッケージは、最大限選択されたランク統計を使用してテストを実行します。
  • intervalパッケージは、ログランクと区間調査のためのウィルコクソン型テストを実装しています。
  • 三つの一般化ログランクテストとインターバル打ち切りデータのスコア試験がglrtパッケージに実装されています。
  • survcompは、2ハザード比を比較します。
  • TSHRCは、ハザード機能を比較するための2段階の手順を実装しています。
  • Survginiパッケージは、ジニ係数に基づいて、2生存分布の平等をテストすることを提案している。
  • FHtestパッケージは、右と区間調査でsurival曲線を比較するためのフレミング・ハリントンクラスに基づいていくつかのテストを提供しています。
  • LogrankAパッケージは、集約されたデータを入力として使用することができるためのログランク検定を提供する。
  • 短期的に2つのサンプルの生存データのための長期的なハザード比モデルはYPmodelパッケージに記載されています。
  • controlTest は、生存期間の中央値を比較するためのノンパラメトリック2サンプル手順を実装します。
  • survRM2 パッケージは、制限された平均生存期間の2つのサンプルの比較を実行します。
  • emplik2 パッケージでは、経験的尤度比テストを使用して、2つのサンプルを打ち切りデータと比較することができます。

回帰モデリング

  • Coxモデル:
    • survivalパッケージにcoxph機能は、Coxモデルに適合します。
    • rmsパッケージ内のcphとehaパッケージはcoxph機能にいくつかの拡張を提案する。
    • パッケージcoxphfはCoxモデルのためのファースのペナルティ最尤バイアス削減方法を実装しています。
    • Cox回帰における重み付き推定の実装がcoxphwに記載されています。
    • coxrobustパッケージは、Coxモデルの堅牢な実装を提案している。
    • パッケージtimereg内timecoxは、おそらく時間的に変化する効果をコックスモデルに適合します。
    • mfpパッケージは、複数の分数多項式とコックスモデルに合うようにします。
    • NestedCohortが不足しているデータとの共変量のためのコックスモデルに適合します。
    • Coxモデルモデルは、surveyでsvycoxph関数を使用して複雑な調査設計からのデータに適合させることができる。
    • multipleNCCパッケージは、ネストされた症例対照研究の加重部分尤度を用いて、コックスモデルに適合します。
    • MIICDパッケージは、インターバル打ち切りデータのためのコックスモデルにパン(2000)の多重代入アプローチを実装しています。
    • ICsurvパッケージは、EMアルゴリズムを通じて区間調査のためのコックスモデルに適合します。
    • dynsurvパッケージは、ベイズCoxモデル、スプラインベースのCoxモデルまたは変換モデルを使用して検閲間隔の時変係数モデルと右側打ち切り生存データに適合します。
    • CPHshapeパッケージは、形状に制約ハザード関数とCox比例ハザードモデルを計算します。
    • OrdFacRegパッケージは、順序付けられた要因のダミー変数のためのアクティブセットアルゴリズムを使用して、Coxモデルを実装しています。
    • survivalMPLパッケージは最大ペナルティ尤度を用いて、コックスモデルをフィットし、ベースラインハザード関数のノンパラメトリック円滑な推定値を提供する。
    • pch パッケージを使用して、区分的に一定の危険を伴うCoxモデルを適合させることができる。
    • isoph は、比例ハザードモデルに対する等張共変量効果のノンパラメトリックな推定を可能にする。
    • icenReg パッケージは、間欠中断データ(例えば、Cox、比例オッズ、および加速故障時間モデル)のためのいくつかのモデルを実装します。
    • coxsei パッケージを使用して、Coxタイプの自励性強度モデルを右打ち切りデータに適合させることができます。
    • SurvLong には、断続的に観察される縦方向共変量を持つ比例ハザードモデルの推定方法が含まれています。
    • plac パッケージは、切り捨て時間の限界からの拡張情報を使用して、左切り捨てデータを持つCoxモデルに適合するルーチンを提供します。
    • gofにおけるcumres機能は、Cox比例ハザードモデルの適合度の方法を計算します。
    • 比例仮定はsurvivalでcox.zph機能を使って確認することができます。
    • clinfun中coxphCPE機能が行うように、CPEパッケージには、Coxモデルのための一致の確率推定値を計算します。後者のパッケージ内coxphQuantileは共変量の関数として生存分布の分位曲線を描く。
    • multcompパッケージは、Coxモデルや他のパラメトリック生存モデルの同時テストと信頼区間を計算します。
    • lsmeansパッケージが許せば、最小二乗手段を取得(およびその対照をなす)の線形モデルからする。特に、それはcoxph、survregとcoxme機能のためのサポートを提供します。
    • バイオコンダクターのmulttestパッケージは、Coxモデルに適用することができるリサンプリング基づいて複数の仮説検定を提案する。
    • 分散のサンドイッチ推定器とWald検定を用いたCox回帰モデルの検定係数は、sawsパッケージを使用して行うことができる。
    • rankhazardパッケージは、比例ハザードモデルにおける共変量の相対的重要性の視覚化をプロットすることを可能にする。
    • smoothHRパッケージは、予測と生存間の非線形な関係を可能にし、ハザード比曲線が用意されています。
    • pafパッケージが許せば、Cox比例ハザードモデルから未調整/調整さ寄与割合関数を計算します。
    • PHevalパッケージは、標準化されたスコア法を用いて、比例ハザード仮定を確認するためのツールを提案している。
    • ELYP パッケージは、Cox ModelとYang-Prentice(2005)モデルの経験的尤度分析を実装しています。
  • パラメトリック比例ハザードモデル:
    • survreg(survivalから)は、パラメトリック比例ハザードモデルに適合します。
    • ehamixPHMパッケージは、パラメトリックベースラインハザードと比例ハザードモデルを実装しています。
    • rms内pphsmは比例ハザードフォームにAFTモデルを変換します。
    • polsplineパッケージは、ベースラインハザードをモデル化するためにスプラインを使用して、ハザード回帰モデルをフィットするhare機能を含む。ハザードは、必ずしも比例するものではなく、することができます。
    • flexsurvパッケージにはロイストンとパーマー(2002)のモデルを実装しています。モデルは、回帰のベースライン生存関数のための自然な次スプライン、および比例ハザード、比例オッズやプロビット関数を使用しています。
    • SurvRegCensCov パッケージは、右打ち切り終点、1つの区間 – 検閲された共変量、および任意の数の非検閲された共変量に関するワイブル回帰の推定を可能にする。
  • 加速障害時間(AFT)モデル:
    • パッケージsurvivalのsurvreg機能が加速故障時間モデルに適合することができます。
    • survregの修正版は、rmsパッケージ(pam機能)に実装されています。これは、rms機能の一部を使用することを可能にする。
    • ehaパッケージは、AFTモデル(関数aftreg)の実装を提案している。
    • G-スプラインの混合になることを仮定した誤差分布とAFTモデルは、smoothSurvパッケージに実装されている。
    • NADAパッケージは、左側打ち切りデータ用survreg関数の前端が提案されている。AFTモデルの最小二乗原則の実装は、lssパッケージに記載されています。
    • simexaftパッケージは、共変量が測定誤差の対象となる場合に使用できるAFTモデルのシミュレーション – 外挿アルゴリズムを実装します。
    • 加速故障時間モデルの堅牢なバージョンはRobustAFTに記載されています。
    • coarseDataToolsパッケージは、区間打ち切りデータのためのAFT機種に適合する。
    • aftgeeパッケージはAFTモデル(一般化推定方程式を経由して)両方ランクベースの見積り及び最小二乗推定値を実装しています。
    • imputeYn パッケージでは、AFTモデルにおけるパラメータ推定のための代替重み付け方式が提案されている。
    • AdapEnetClass パッケージは、AFTモデルの弾性ネット正則化を実装します。
  • 加法モデル:
    • survivaltimeregの両方は、それぞれ、aaregとaalen機能のAalenの加法ハザードモデルにフィットする。
    • timeregもコックス・アーレンモデル(それはまた、Cox回帰モデルのためにLin、Wei、Yingの良い適合度を実行するために使用することができる。)とMcKeagueとSasieniの一部はパラメトリック加法リスクモデルの実施を提案している。
    • インターバル打ち切りデータのためのコックス・アーレンモデルのバージョンがcoxintervalパッケージで提供されます。
    • uniah パッケージは、形状が制限された付加的ハザードモデルに適合します。
    • addhazard パッケージには、無作為サンプリング、2相サンプリング、補助情報付き2相サンプリングにアディティブハザードモデルを適合させるツールが含まれています。
  • バックリー・ジェームズ・モデル:
    • 後者は切片項なしでそれをしないのにemplikrmsとBJnointにおけるBJ機能は、バックリー・ジェームズ・モデルを計算する。
    • bujarパッケージは、高次元の共変量(L2ブースト、回帰木、ブーストされたMARS、弾性ネット)を持つバックリー・ジェームズモデルに適合します。
  • 他のモデル:
    • survregのような関数は、例えばトービットモデルのような選択したディストリビューションによっては他のタイプのモデルに適合することができます。
    • AERパッケージは、トービットモデルに合うようにsurvregのラッパーであるトービット機能を提供します。
    • 断面データとパネルデータのためのトービットモデルの実装はcensRegパッケージに記載されています。
    • timeregパッケージには、比例オッズモデルの比例過剰ハザードモデルを実装しています。
    • invGaussパッケージは、生存データへの逆ガウス分布に適合します。モデルは、バリアに向かってドリフトがガウス分布で無作為化されたウィーナー過程、バリア打つ時などのイベントまでの時間を記述するに基づいています。
    • pseudoパッケージは、カプラン・マイヤー推定量と制限された平均値に基づいて、生存関数をモデル化するための擬似観測を計算します。
    • fastpseudo パッケージは、制限された平均生存時間に対して同じ量を投与する。
    • flexsurvは、任意のパラメトリック分布は生存確率をモデル化するために使用することができる、パラメトリックイベントまでの時間の機種に適合し、かつパラメータの一つは、共変量の線形関数である。パッケージ
    • EpiにおけるIcens機能は、乗法の相対リスクと区間調査のための加法過剰リスクモデルを提供します。
    • VGAMパッケージは、打ち切りデータのためのベクトル一般化線形および加法のモデルに適合することができます。
    • gamlss.censパッケージは、場所、規模、打ち切りデータに合わせることができる形状のため、一般化加法モデルを実装しています。
    • locfit中locfit.censor機能は、ローカルの回帰推定値を生成します。
    • quantregパッケージに含まれるcrq機能は、打ち切りデータの条件付き分位回帰モデルを実装しています。
    • JMのパッケージは、縦方向の応答とイベント時間の共同モデリングのための共有パラメータ・モデルに適合します。
    • 時間的なプロセスの回帰モデルは、tprパッケージに実装されている。
    • 一般化線形モデルおよびCoxモデルの側面を組み合わせたASTERモデルは、asterおよびaster2パッケージに実装されています。
    • concregパッケージは、危険が非比例するCoxモデルに代わるものとして、生存データの条件付きロジスティック回帰を実装しています。
    • lava.tobit、lavaパッケージの拡張子は、プロビットリンク公式を経由して検閲転帰改善のための潜在変数モデルに適合します。
    • BGPhazardパッケージは、離散故障時間データのハザード比をモデル化するためのマルコフベータおよびガンマ処理を実装しています。
    • surv2sampleCompパッケージは、このような差異/累積ハザードの比、位数や制限された平均値のようないくつかのモデルフリーコントラスト比較策を提案している。
    • rstpm2 パッケージは、柔軟なパラメトリックモデルのファミリーであるRoyston-Parmarモデルを拡張するリンクベースの生存モデルを提供します。
    • TransModel パッケージは、線形変換モデルを使用して検閲済みデータを分析するための統合推定手順を実装しています。
    • flexPM パッケージは、柔軟なパラメトリック回帰モデルを、右打ち、左切り捨てデータに適合させることができます。
    • ICGOR は、一般化オッズレートハザードモデルを区間打ち切りデータに適合させ、GORCure 一般化オッズレート混合物硬化モデルを区間打ち切りデータに適合させる。
    • thregI パッケージは、ウィーナ拡散プロセスのサンプルパスによる境界の最初の打撃時間に基づいて、区間打ち切りデータの閾値回帰モデルを適合させる。
    • miCoPTCM パッケージは、おそらく誤って測定された共変量を伴う半パラメトリックプロモーション時間治療モデルに適合します。
    • intercure パッケージは、間欠中断データ用のセミパラメトリック硬化速度推定値を実装します。
    • smcure パッケージは、半パラメータ比例ハザードと加速故障時間混合硬化モデルに適合することを可能にします。

多状態モデル

  • 一般的なマルチステートモデル:
    • パッケージsurvivalからcoxph関数は多重状態モデルの任意の遷移のために取り付けることができる。また、多状態モデルおよび時間依存共変量との対応関係を用いて、2つの遷移の危険を比較するために使用することができる。また、上記提示されたすべての回帰法は、それらが左切り捨てを可能にするように、多状態のモデルに使用することができる。
    • mvnaパッケージは、右打ち切り及び左切り捨て可能性の対象いかなる多状態モデル、累積移行の危険性を推定し、プロットするための便利な機能を提供します。
    • etmパッケージは、任意の多状態モデルの遷移確率を推定及びプロットする。またアーレン-ヨハンセン推定の分散を推定し、左切り捨てデータを扱うことができる。
    • msSurvパッケージは、右打ち切り(おそらく状態依存)、左切り捨ての対象に多状態モデルのノンパラメトリック推定を提供しています。
    • mstateパッケージは、危険や確率を推定する可能性が共変量に応じて、競合するリスクや多状態モデルの文脈において予測確率を取得することを可能にする。
    • msmパッケージは、フィッティングの一般連続時間マルコフ、縦データに隠れマルコフ多状態モデルの関数が含まれています。遷移率と出力のプロセスは、共変量の観点からモデル化することができます。
    • msmtools パッケージは、msm パッケージを使用したマルチステートフレームワークでの縦方向データのモデリングを容易にするユーティリティを提供します。
    • SemiMarkovパッケージは、連続時間半マルコフ多状態モデルを適合させるために使用することができる。待機時間の分布は、指数、ワイブルの間で選択し、ワイブル分布を累乗することができる。
    • 病気・死・モデルと他の3状態モデルでのノンパラメトリック推定値は、パッケージp3state.msmを得ることができる。
    • TPmsmパッケージは、病気、死モデルまたは3ステートプログレッシブモデルの遷移確率を推定することを可能にする。
    • penMSMパッケージは、L1ペナルティ推定を提案しながら、gamboostMSMパッケージは、mulstistateモデルの枠組みで推定するmboostパッケージを拡張します。
    • coxintervalパッケージが許せば右側打ち切り生存時間と間隔 – または右側打ち切り進行倍で観察した進行性の病気・死亡モデルにコックスモデルをフィットする。
    • SmoothHazardパッケージは、過渡的な状態への遷移時間のための可能性の区間調査と病気死モデルに適合します。ワイブルベースライン強度またはベースライン強度のM-スプライン近似したセミパラメトリックアプローチが使用されます。
    • TP.idm パッケージは、非マルコフ疾病死モデルのためのUna-AlvarezとMeira-Machado(2015)の推定を実装しています。
    • Epiパッケージは、多状態モデルからのデータを表す操作し、まとめるための方法としてレクシスオブジェクトを実装しています。
    • LexisPlotR パッケージは、ggplot2に基づいて、Lexis図を描くことができます。
    • TraMineRパッケージは、ライフコースを記述する状態やイベントのシーケンスを分析対象としています。
    • Biograph パッケージは、ライフコースに関する多段階の視点に沿って、ライフ履歴を記述し分析することができます。
    • asbioは、遷移行列からの生存確率を前提とし、指定年齢のクラスやライフステージにおける個人の期待数を計算します。
  • 競合リスク:
    • パッケージcmprskは、累積発生率関数を推定し、それらは二つ以上のサンプルにおいて比較することができる。パッケージには、競合するリスクのsubdistributionの危険性を回帰するためのファインとグレーモデルを実装しています。
    • crrSCは、成層とクラスタ化されたデータにcmprskパッケージを拡張します。
    • kmiパッケージは、累積発生機能を解析するために、標準の右側打ち切りの方法を使用することを可能にする、競合するリスク事象から潜在的な打ち切り情報が欠落して回復するためにカプラン・マイヤー多重代入を行います。
    • crrstepパッケージは、ファインとグレーモデルの段階的共変量選択を実装しています。
    • パッケージpseudoは、累積発生率関数に基づく競合するリスクをモデル化するための擬似的な観測を計算します。
    • timeregは、逆確率打ち切り重みと直接二項回帰アプローチに基づいたリスクデータを競合するための柔軟な回帰モデリングを行う。
    • riskRegressionは、生存分析と競合するリスクデータのための有用な既存のパッケージの他の拡張に伴って、リスクデータの競合のリスク回帰を実装しています。
    • Cprobパッケージは、競合するイベントの条件付き確率、別名、条件付きの累積発生率を推定する。また、一時的なプロセス回帰または疑似価値のアプローチのいずれかを使用して比例オッズモデルを実装しています。
    • パッケージ(survfitを介して)survivalおよびprodlimも累積発生率関数を推定するために使用することができる。
    • compeirパッケージは、イベント固有の発生率、速度比、イベント固有の発生率の割合と累積発生機能を推定する。
    • NPMLEcmprskパッケージは、リスクデータを競合するためセミパラメトリック混合モデルを実装しています。
    • MIICDパッケージは、インターバル打ち切りデータのためのファイングレーモデルにパン(2000)の多重代入アプローチを実装しています。
    • crskdiag パッケージは、FineモデルとGreyモデルの前提条件を確認するためのグラフィカルで分析的なアプローチを提供します。
    • CFC パッケージは、パラメトリックおよびノンパラメトリックサバイバル関数のために、ベイジアンおよびベイジアン以外の、特定の競合リスク分析を実行することを許可します。
    • gcerisk パッケージは、競合するリスクデータのいくつかの方法を提供します。
    • 分位回帰を用いた競合するリスク設定におけるサブ分布関数の推定、テスト、および回帰モデリングは、cmprskQR で行うことができます。
  • 再発イベントデータ:
    • survivalパッケージからcoxphは、再発イベントデータを分析するために使用することができる。
    • rmsパッケージのCPH機能は、再発のイベント、またfrailtypackパッケージを取り付けることができるモデルのためのアンダーソン・ギルモデルに適合します。後者はまた、再発性のイベントと終了イベントの共同モデリングのための共同の虚弱モデルに合うように可能にします。
    • survrecパッケージは、Peのテア・Strawderman – Hollander、王・チャン推定器、ガンマ虚弱モデルでMLE推定などの再発イベントデータ用のいくつかのモデルの実装を提案している。
    • condGEEパッケージは、再発性イベントギャップタイムは条件付きGEEを実装しています。
    • TestSurvRecパッケージは、再発性のイベントの加重ログランク型試験を実施しています。
    • reda パッケージは、反復イベントデータのベースラインレート関数としての区分的定数またはスプラインのいずれかと、反復イベントデータのためのいくつかの雑多な関数とを組み合わせて、ガンマ劣化モデルを適合させる機能を提供する。
    • 反復イベントデータのいくつかの回帰モデルがreReg パッケージに実装されています。

相対生存

  • relsurvパッケージは、相対的な生存データを扱うためにいくつかの機能を提案している。例えば、rs.survは相対生存曲線を計算します。rs.addは加法モデルに適合し、rstransが変換時にCoxモデルに適合しながら、rsmulは、相対的な生存のためのアンデルセンらのCoxモデルに適合します。
  • timeregパッケージは、加法超過モデルと比例過剰のような相対生存モデルにフィットすることができる。
  • mexhaz パッケージは、ベースラインハザードのために異なる形状を使ってハザード回帰モデルを適合させます。 このモデルは、相対的な生存の設定(過剰死亡の危険性)ならびに全体の生存の設定(全体的な死亡の危険)において使用することができる。
  • flexrsurv パッケージはRemontetなど(2007)とMahboubiなど(2011)のモデルを実装しています。
  • JPSurvパッケージは、比例ハザード相対生存モデルとジョインポイント相対生存モデルのように、人口ベースの生存分析のための方法を実装しています。
  • survexp.frパッケージは、フランスの死亡率に基づいて相対生存、絶対過剰リスクと標準化死亡比を計算します。
  • MRsurvパッケージは、相対的な生存のための乗法回帰モデルに合うように可能にします。
  • popEpi は、EdererIIおよびPohar Perme相対/純生存率ならびに標準化死亡率の推定を可能にする。
  • ROCtパッケージは、時間依存ROC曲線と相対生存の拡張機能を実装しています。

変量効果モデル

  • 弱さ:
    • 虚弱用語は、パッケージのsurvival中coxphとsurvreg機能に追加することができます。
    • 混合効果Coxモデルはcoxmeパッケージに実装されています。
    • timeregパッケージのtwo.stage機能は、クレイトン・オークス – デンモデルに適合します。
    • parfmパッケージは、周辺尤度の最大化を経由して、完全なパラメトリック虚弱の機種に適合する。
    • frailtypackパッケージは、右側打ち切りおよび/または左切り捨てデータをハザード関数にペナルティの可能性を使用して、共有ガンマ虚弱で比例ハザードモデルに適合します。パッケージには、それぞれ、例えば、メタ分析と階層的にクラスタ化されたデータの場合(クラスタリングの2レベル)に使用することができる加法およびネストされた虚弱モデルに適合する。
    • 混合効果と比例ハザードモデルは、phmmパッケージを使用して取り付けることができる。
    • lmecパッケージは、左打ち切りデータに対する線形混合効果モデルに適合します。
    • 虚弱の用語についてのh-尤推定を用いたCoxモデルはfrailtyHLパッケージを使用して取り付けることができる。
    • tlmecパッケージは、スチューデント-Tまたは正規分布と打ち切りデータのための線形混合効果モデルを実装しています。
    • frailtySurv パッケージは、幅広い脆弱な分布の下で、半パラメータ共有の脆弱モデルをシミュレートし、適合させます。
    • parfm パッケージは、最大限界尤度によってパラメトリックな虚弱モデルを実装します。
    • PenCoxFrail パッケージは、ペナルティ処理を通じてCoxの虚弱モデルの正規化アプローチを提供します。
    • mexhaz は、時間依存性および/または非線形効果とクラスターレベルで定義されたランダム効果とを伴う超危険性回帰モデルのモデル化を可能にする。
  • タイム・トゥ・イベントと縦データの共同モデリング:
    • joineRパッケージには、共同のランダム効果モデルを経由して繰り返し測定し、タイム・ツー・イベントデータの分析を可能にする。
    • joint.Cox パッケージは、メタ解析のための腫瘍進行と死との間の共同虚弱 – コピュラモデルの下でCox回帰および動的予測を実行する。
    • JointModel は、縦断的な応答のための準パラメトリック回帰モデルと、イベント間のデータのための半パラメータ変換モデルに適しています。

多変量生存

多変量生存は、ユニットの解析、例えば、双子の生存またはファミリーを指す。そのようなデータを分析するために、我々は、生存時間の同時分布を推定することができる。

  • 共同モデリング:IcensMLEcensは、区間打ち切りに二変量生存データの件名を推定することができる。
  • metsパッケージは、例えば、多変量イベント履歴データ、多変量累積発生モデル、ランダム効果プロビット・モデルを二変数の、クレイトン・オークスモデルのための様々な統計モデルを実装しています。
  • MSTパッケージは、限界や虚弱モデルを用いた多変量生存データのための木を構築する。
  • SurvCorr パッケージは、二変量、部分的に検閲された生存時間に関する相関係数を推定することを可能にする。

ベイズモデル

  • bayesSurvパッケージは、二変量AFTモデルの実施を提案している。
  • パッケージBMAは、Cox比例ハザードモデルのベイズモデル平均を計算します。
  • DPpackageのDPsurvint関数は、ベイズセミパラメトリックAFTモデルに適合します。同じパッケージ内LDDPsurvivalは、生存モデルにおける線形従属ディリクレ過程混合物に適合します。
  • mixAKのNMixMCMCは、打ち切りデータのために、通常の混合物のMCMC推定を行う。
  • 左、右、または区間調査のガウス線形回帰のためのMCMCはMCMCpack内MCMCtobitを使用して取り付けることができます。
  • BayHazパッケージは、ベイズの枠組み内の打ち切りデータからハザード関数を推定する。
  • LearnBayesのweibullregpost関数は、ワイブル、比例オッズ回帰モデルの対数事後密度を計算します。
  • MCMCglmmは、右、左と区間打ち切りデータにMCMCを使って一般化線形混合モデルに適合します。
  • BaSTAパッケージは、一部またはすべてのレコードが誕生と死の時間に関する情報が不足しているときcapture-recapture/recoveryデータから年齢別死亡率で推論を引き出すことを目指しています。共変量は、モデルに含めることができる。
  • JMbayesパッケージは、ベイズアプローチの下で縦とタイム・ツー・イベントデータの共同モデリングを行います。
  • 半競合リスク・データのベイズパラメトリックおよびセミパラメトリック推定はSemiCompRisksパッケージを経由して提供されています。
  • psbcGroupパッケージは、lasso融合した伸縮性のネットでペナルティセミパラメトリックベイズコックスモデル、およびグループlasso事前確率を実装しています。
  • spatsurvパッケージは、イベントが地理位置されているため、ベイジアンパラメトリック比例ハザードモデルに適合します。
  • PReMiuMパッケージは、検閲応答にディリクレ過程混合モデルを用いてベイジアンクラスタリングを実装しています。
  • spBayesSurvパッケージは、空間的なコピュラ、線形依存ディリクレ過程混合モデル、ANOVAディリクレ過程混合モデル、比例ハザードモデルと限界空間比例ハザードモデルを含む、いくつかの生存モデルのフィッティングベイズモデルを提供します。
  • IDPSurvivalパッケージは、従来の近無知ディリクレプロセスを使用してノンパラメトリック生存分析技法を実装する。
  • ICBayes パッケージは、ベイジアン半パラメータ回帰生存モデル(比例ハザードモデル、比例オッズモデル、およびプロビットモデル)を、間隔打ち切り時間 – イベントデータに適合させる。
  • BayesPiecewiseICAR パッケージは、階層ベイジアンモデルを使用して生存データに区分的な指数関数的な危険を与えます。

高次元データ

  • 再帰分割:
    • rpartパッケージは、検閲の結果で使用できるカートのような木を実装します。
    • partyパッケージは、生存データのための再帰分割を実装しています。
    • LogicRegは、論理回帰を実行することができます。
    • kapsは、K-アダプティブパーティショニングと検閲生存データのための再帰分割アルゴリズムを実装しています。
    • DStreeパッケージは、離散倍の生存データのための木や袋詰め木を実装しています。
    • LTRCtrees パッケージは、左切り捨てと右切り離しデータでサバイバルツリーをフィッティングするために設計された再帰的パーティションアルゴリズムを提供します。
    • bnnSurvival は、k最近傍の生存確率予測法のブートストラップ集約バージョンを実装します。
  • ランダムフォレスト:
    • 生存データのために袋詰めパッケージipred実装しています。
    • ランダムフォレストの変形がpartyで実装されている間、randomForestSRCパッケージは、生存データにランダムフォレストにフィットする。
    • より迅速な実装はパッケージranger で見つけることができます。
    • ランダムフォレストの代替アルゴリズムはicRSF で実装されています。
  • Regularised収縮方法:
    • glmnet パッケージは、Coxモデルのためにlassoまたはelastic-netの正則化パスをフィッティングするための手順を提供します。
    • glmpathパッケージは、L1正則Cox比例ハザードモデルを実装しています。
    • L1とL2ペナルティコックスモデルがpenalizedでご利用いただけます。
    • pamrパッケージは、生存遺伝子発現データのための最短収縮重心を計算します。
    • 単変量収縮を利用した高次元のCoxモデルは、uniCoxで提供されています。
    • lpcパッケージは、lassoed主成分メソッドを実装します。
    • ahazパッケージは、加法リスクモデルのLASSOと弾性の純推定器を実装しています。
    • fastcoxパッケージは、cockailアルゴリズムを使用して弾性ネットペナルティコックス回帰とLassoを実装する。
    • SGLパッケージは、lassoとグループlasso正則の組み合わせでコックスモデルに合うようにできる。
    • CoxRidgeは、罰則リッジ型(リッジ、ダイナミックで加重動的)の部分的な可能性とコックスモデルに適合する。
    • hdnom パッケージは、9種類のペナルティCox回帰メソッドを実装し、モデルの検証、キャリブレーション、比較、ノモグラムの視覚化のためのメソッドを提供します。
    • 正規化されたCoxモデルの別の実装はCoxnet にあります。
    • FineとGreyモデルの不利なバージョンがcrrp にあります。
    • Cyclops パッケージは、Cox比例ハザードモデルの循環座標降下を実装します。
  • ブースティング:
    • Coxモデルする昇圧勾配がgbmパッケージに実装されています。
    • mboostパッケージは、右打ち切りデータの予後および診断モデルの構築のためのアルゴリズムを高める一般的なグラデーションが含まれています。
    • globalboosttestは、高次元データの追加予測値をテストするために順列に基づいた試験手順を実装しています。それはmboostに基づいています。
    • CoxBoostは、昇圧基づく尤度によるCox比例ハザードモデルとファインとグレーモデルを適合するためのルーチンを提供します。
  • その他:
    • superpcパッケージは、生存データのための教師あり主成分を実装しています。
    • AIMパッケージは、つまり、学習データセットに基づいてスコアを構築し、生存転帰のインデックスモデルを構築することができます。
    • compound.Coxパッケージは、化合物の共変量法を用いたCox比例ハザードモデルに適合します。
    • plsRcoxは、部分最小二乗回帰と高dimensionnal設定でコックスモデルをフィッティングするための様々な技術を提供しています。
    • rsigパッケージは、サブサンプリングと生存リスクを予測するためのLassoのアルゴリズムから得られた線形モデルを平均に基づく特徴選択アルゴリズムを実装しています。

予測と予測性能

  • pecパッケージは、いくつかの生存モデルの予測誤差曲線をプロットするためのユーティリティが用意されています。
  • peperrは、並列化の方法で計算することができ、予測誤差技術を実装しています。高次元データに便利。
  • timeROCパッケージの時間依存性ROC曲線および時間に依存する可能性が競合するリスクに打ち切りデータとのAUCを推定することを可能にする。
  • survivalROCは、時間依存カプランマイヤー又はAkritasの最近傍推定方法(累積的な感度とダイナミック特異性)を用いて、打ち切りデータからROC曲線および時間依存性AUC計算する。
  • tdROC は、ノンパラメトリックな重み調整を使用して、打ち切り生存データから時間依存ROC曲線を計算するために使用できます。
  • risksetROCは、時間依存ROC曲線、AUCおよびHeagertyの統合されたAUCとZheng(バイオメトリクス、2005)を実装します。
  • さまざまな時間依存真/偽陽性率および累積/ダイナミックAUCはsurvAUCパッケージに実装されています。
  • survcompパッケージは、生存モデルのパフォーマンスを評価し、比較するために、いくつかの機能が用意されています。
  • 打ち切り生存データを有するリスク予測モデルのC-統計はsurvC1パッケージを介して計算することができる。
  • survIDINRIパッケージは、統合され、判別の改善指標と競合するリスク予測モデルを比較するためのカテゴリレス正味の再分類指数を実装しています。
  • survAccuracyMeasuresパッケージは、生存データのためのAUC、TPR(c)、FPR(c)、PPV(c)、NPV(c)を推定するための機能を提供する。
  • SurvRank パッケージは、統一された生存AUCアプローチにおける予測精度の推定のための関数を提供する。
  • compareC パッケージは、C指標と右打ち切り生存予後とを比較することを可能にする。
  • APtools パッケージは、リスクスコアまたはマーカーの平均陽性予測値およびAUCを推定するためのツールを提供します。

検定力分析

  • CRパッケージは、治癒率モデルにおける加重対数ランク検定のために検定力計算を提案している。
  • NPHMCは、比例ハザード混合硬化モデルに基づいて、サンプルサイズを計算することが可能になる。
  • powerSurvEpiパッケージ(疫学的研究に向けて焦点を当てた)は、生存分析のために検定力とサンプルサイズの計算を提供します。
  • 検定力分析およびタイム・ツー・イベント結果を有するSNP関連解析のためのサンプルサイズの計算はsurvSNPパッケージを使用して行うことができる。

シミュレーション

  • genSurvパッケージは、1バイナリ時間依存共変量および進行性の病気・死亡モデルから生じるデータを持つデータを生成することができる。
  • PermAlgoパッケージは、イベントと打ち切り時間が(場合によっては時間依存)共変量のユーザーが指定したリストの条件付きであること可能性があった、複雑な生存データをシミュレートすることをユーザに許可します。
  • prodlimパッケージは、複雑なイベント履歴データをシミュレートするためのいくつかの機能を提案する。
  • gemsパッケージは、マルチ・モデルをシミュレートし分析することを可能にする。パッケージには、非マルコフモデルの遷移ハザード関数の一般的な仕様のため、履歴上の依存関係を可能にします。
  • simMSMパッケージは、おそらく、非線形ベースラインハザードと非線形共変量の影響で、複雑な多状態モデルデータをシミュレーションするための機能が用意されています。
  • simPHパッケージは、比例ハザードモデルから推定された関心の量をシミュレートし、プロットするためのツールを実装しています。
  • survsimパッケージは、再発イベントデータと競合するリスクなど、シンプルで複雑な生存データをシミュレートすることができる。
  • MicSimパッケージは、人口推計のための連続時間マイクロシミュレーションを実行するためのルーチンを提供します。マイクロシミュレーションの基礎は、多状態モデル、マルコフまたは非マルコフ遷移強度が指定されているだけでなく、最初のコホートである。
  • SimHaz パッケージでは、時間に依存した二段階の露出でデータをシミュレートできます。
  • SimSCRPiecewise パッケージを使用して、共変量および区分的指数関数ベースラインハザードを与えられた単変量および準競合リスクデータをシミュレートすることができます。

グラフィック

このセクションでは、イベント履歴分析の文脈で役に立つかもしれないいくつかの特殊なプロット関数をリストしようとします。

  • rmsパッケージの両方は、x軸に整列リスクのあるテーブルと生存曲線をプロットするための機能を提案する。prodlimは、競合リスクモデルにこれを拡張します。
  • prodlimでplot.Hist機能は、マルチステートモデルを特徴付ける状態と遷移を描画できる。
  • Epiパッケージは、特定のレクシス図の多重状態のデータを、表現するための多くのプロット関数を提供します。
  • compeirパッケージは、各競合するイベントに初期事象からの遷移矢印の厚さは、すべての発生率の特定の量を記載する競合リスクのためにマルチステート型のグラフィックスを提供する。
  • FamEvent は、さまざまなサンプリングデザインの下で遺伝的突然変異を起こす家系のためのイベントの成果を生成し、確認のための家族データの浸透関数を推定します。

 

その他

  • survminer パッケージには、 「number at risk」テーブルを使用してサバイバルカーブを描く関数ggsurvプロットが含まれています。 coxモデルの前提条件を視覚的に検証するための機能もあります。
  • InformativeCensoring は有益な検閲を扱うための複数の代用メソッドをパッケージ化しています。
  • discSurv は、離散時間生存解析のためのデータ変換、推定ユーティリティ、予測評価指標、シミュレーション関数を提供します。
  • dynpredは、「臨床生存分析における動的予測」コンパニオンパッケージです。
  • パッケージbootが右打ち切りデータのためのブートストラップ手法にはいくつかの種類を実装しcensboot機能を提案している。
  • currentSurvivalパッケージは、現在の累積発生率と現在の白血病自由生存関数を推定する。
  • survJamdaパッケージは、遺伝子発現データのメタ分析を実行するための機能を提供し、患者の生存率とリスク評価を予測します。
  • ipdmetaは、個々の患者データのメタアナリシス、患者レベルのデータと集計研究のためmulivariate生存推定値と混合レベルのメタ分析のためのツールを提供します。
  • KMsurvパッケージは、クラインとMoeschberger(1997)からのデータ・セットが含まれています。いくつかの補足的なデータセットと関数はOIsurvパッケージに記載されています。Aitkinら(2009)に伴うパッケージSMIR、Davidson(2003)に伴うSMPracticals、Maindonald J.HとBraun W.J(2003,2007)に伴うDAAGもまた、生存データセットを含む。
  • SvyNomパッケージは、複雑な右側打ち切りの調査データに起因するノモグラムを校正、検証、構築することができる。
  • logconcensパッケージは、おそらく区間打ち切りデータに対する濃度のMLE(対数凹)を計算。
  • TBSSurvivalパッケージは、信頼性解析に使用されるパラメトリックトランスフォーム・両面モデルに適合する。
  • OutlierDCパッケージは、打ち切りデータのための分位回帰に基づいて外れ値を検出するためのアルゴリズムを実装しています。
  • coarseDataToolsパッケージは、2群間での相対的な致死率を推定するためのEMアルゴリズムを実装しています。
  • GSSE パッケージは、ノンパラメトリックモデル下でのイベント発生時間の遺伝子型特異的分布を推定する完全に効率的なシーブ最大尤度法を提案する。
  • SSRMST パッケージを使用して、制限された平均生存期間の差異に基づく効果量およびサンプルサイズの計算を行うことができます。
  • AHR パッケージは、KalbfleischとPrenticeによって定義された多変量平均ハザード比の推定を可能にします。
  • survMisc は、右打ち切り生存データの分析に役立つその他のルーチンを提供しています。
  • Rを使用したApplied Survival Analysisの付録に付随するデータセットはパッケージasaur で見つけることができます。
R言語 CRAN Task View:生存時間解析

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