CRAN Task View: Chemometrics and Computational Physicsの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載した。

Maintainer: Katharine Mullen
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Version: 2016-08-24

ケモメトリックス、計算物理学、化学、物理学の実験で発生したデータの分析だけでなく、物理化学的システムのシミュレーションに関係している。base Rの関数の多くは、これらの目的のために有用である。

Ron Wehrens 、ISBN:978-3-642-17840-5、Springer、2011によるケモメトリクス本は、生命科学の多変量統計の紹介だけでなく、ケモメトリックスのエリアからいくつかの特定のトピックのカバレッジを提供します。本書の例では、パッケージChemometricsWithRChemometricsWithRDataを使用して再生することが可能である。

Modern Statistical Methods for Astronomy With R Applications by Eric D. Feigelson and G. Jogesh Babu, ISBN-13: 9780521767279, Cambridge, 2012は天文学者の統計を紹介し、Rの例により例示astrostatistical分析に使用されている最も重要な方法の概要を説明します。

本Kurt Varmuza and Peter Filzmoser, Introduction to Multivariate Statistical Analysis in Chemometrics, ISBN 978-1-420-05947-2, CRC Press, 2009は、パッケージchemometricsと関連している。

R in Chemistryを中心とした研究のニュースの特別な問題は、2006年8月に発表された。oscopy and Chemometrics in R専用の統計ソフトウェアのジャーナル(JSS)の特別なボリュームが2007年1月に出版された。

我々は重要性のあるものを省略した場合、または新しいパッケージまたは機能がここで言及する必要がある場合はお知らせください。Please let us know

線形回帰モデル

  • 線形モデルは、(統計から)lm()と(OLSを介して)取り付けることができます。Ax = bの中のxの最小二乗解はまたqr.coef(qrを(A)、b)のように計算することができる。
  • パッケージnnlsは非負又は非正の値は、xを拘束する手段を提供する;パッケージbvlsはX上の他の境界が適用されることを可能にする。
  • 等張回帰の機能は、パッケージIsoで使用可能であり、最小二乗基準で与えられたベクトルxに最も近い単峰ベクトルを決定するのに有用である。
  • 分散不均一線形モデルは、nlmeパッケージのgls()関数を使用してフィットさせることができる。

非線形回帰モデル

  • nls()(統計から)関数だけでなく、パッケージminpack.lmは、非線形最小二乗問題の解を可能にする。
  • 相関及び/又は不等分散をnlregnlmeパッケージのgnls()関数を用いてモデル化することができる。

曲線分解

  • PTAkパッケージにはKモードの元本テンソル解析のための機能を提供します。PCAN(タッカー-n)とPARAFAC/CANDECOMP:パッケージには、いくつかの他のマルチウェイメソッドが含まれています。
  • 最小二乗(MCR-ALS)を交互に多変量カーブ分解ALSは、パッケージ内に実装される。
  • alsaceのパッケージには、ピークの位置合わせや識別のための機能を備え、多くの注射でフォトダイオードアレイ検出(LC-DAD)のデータとの液体クロマトグラフィー用MCR-ALSのサポートを提供します。
  • パッケージのdrcは、濃度反応、用量反応および時間-反応データのモデルを中心とした1または複数の非直線曲線の分析のための機能を提供します。

部分最小二乗法

  • パッケージのplsは、部分最小二乗回帰(PLSR)と主成分回帰(PCR)を実装しています。
  • パッケージlspls最小二乗-部分最小二乗(LS-PLS)メソッドを実装します。
  • 罰則部分最小二乗法はpplsパッケージに実装されています。
  • スパースPLSはパッケージsplsパッケージに実装されています。
  • gplsパッケージを反復に基づいた一般化部分最小二乗、最小二乗ブライアン・マルクスの(IRWLS)メソッドを再重み付けを実装しています。
  • パッケージplspmは含まれています、PLS回帰のための通常の機能に加えて、パスのモデル化のための機能。
  • パッケージenpls は、アンサンブル部分最小二乗、特徴の重要性、異常値検出、および(スパース)部分最小二乗回帰に基づくアンサンブルモデリングを測定するためのフレームワークを実装しています。

主成分分析

  • 主成分分析(PCA)は、関数princomp()としてパッケージの統計である。いくつかのグラフィカルなPCA表現はpsyのパッケージに記載されています。
  • homalsパッケージには、非線形主成分分析を提供し、定義するセット、非線型正準相関分析(Gifiファミリーのモデル)によって。
  • ロバストな主成分の数は、所望のpcaPPパッケージを使用して計算することができる。パッケージelasticnetは、スパースPCAを適用することができる。パッケージfpca、機能、PCAの制限付き最尤推定に適用することができます。
  • PCAおよびその他の投影方法を扱う、さらにパッケージのためのMultivariateタスク・ビューを参照してください。

因子分析

  • 関数factanal()として因子分析(FA)は、パッケージステータスである。拡張機能の詳細については、Psychometricsのタスクビューを参照してください。

組成データ解析

  • パッケージcompositionsは、組成データの一貫性の分析のための機能(例えば物質の部分)と正の数(例えば濃度)を提供します。書籍も参照してください。Analyzing Compositional Data with R by K. Gerald von den Boogaart und Raimon Tolosana-Delgado, ISBN: 978-3-642-36808-0, Springer, 2013.

独立成分分析

  • 独立成分分析(ICA)がfastICAを用いて計算することができる。

クラスタリング

  • Clusterタスクビューには、クラスタ化の問題のために使用することができるパッケージのリストを提供しています。

変数選択

  • AICを用いた線形モデルのための段階的な変数選択は、関数step()で提供されています。パッケージleapsはマローのCpとを使用して、デフォルトでは、飛躍・アンド・バウンド変数選択を実装しています。stepPlrは罰せロジスティック回帰のための段階的な変数選択を提供しています。
  • 進化的アルゴリズムに基づく変数選択は、パッケージとsubselectで提供されています。後者はまた、シミュレーテッドアニーリングと飛躍・アンド・バウンドのアルゴリズムだけでなく、地元の改良を提供しています。
  • パッケージvarSelRFはランダムフォレストのための変数選択の方法が用意されています。ウィルコクソン順位和検定を使用して相互検証に基づく変数選択は、マイクロアレイにバイナリ分類に焦点を当てたパッケージWilcoxCV、で提供されています。パッケージclustvarselは、モデルベースのクラスタリングのための変数選択を実装しています。
  • BioMarkパッケージには、変数選択のための2つのメタメソッドを実装します。データの異なるサブセット、および統計的検定における有意性のカットオフのデータ駆動型の選択肢を提供して高等批評、に対する安定性の選択(t検定、VIP値またはPLSDA回帰係数のような一次選択法を適用)。

自己組織化マップ

  • kohonenパッケージは、自己組織化マップだけでなく、教師付きパターン認識やデータ融合のためのいくつかの拡張機能を実装しています。somパッケージには、自己組織化マップするための関数が用意されています。
  • パッケージwccsom は、ピークシフトとパターンを比較するためのSOMネットワークを提供します。

微分方程式

  • 微分方程式を扱うDifferentialEquationsのタスクビューパッケージを参照してください。

キャリブレーション

  • investrパッケージには、線形および非線形回帰モデルとキャリブレーション/逆推定が容易になる。
  • chemCalパッケージには、リニア校正機能をプロットし、測定のための標準誤差を推定するための機能を提供します。
  • quantchemパッケージは、異なる回帰技術によって検量線の統計的評価のための機能を提供する。
  • drmnlregパッケージには、非線形キャリブレーションモデルに便利です。
  • パッケージrepresentは、主成分分析の負荷パターン、分散共分散行列の構造、及び重心位置をデータセットの類似性の比較を含む2多次元データセットの「代表性」を算出する。

セルオートマトン

  • simecolパッケージには、セルオートマトンのモデリングのための関数が含まれています。一次元セルオートマトンも、パッケージCellularAutomatonでモデル化することが可能です。

熱力学

  • CHNOSZパッケージには、標準ギブスエネルギーと他の熱力学特性、および熱力学データベースに含まれている種の間の反応の化学的親和性を計算するための関数を提供します。

外部ライブラリへのインターフェース

  • パッケージrcdkは、ユーザーがChemistry Development Kit (CDK),ケムインフォマティクスのためのJavaフレームワークの機能にアクセスすることができます。これにより、ユーザは、分子をロード指紋を評価するため、上の分子記述子とを計算することができる。また、CDK APIは、ユーザーが2Dでの構造を表示することができます。rcdklibsパッケージはRの使用のためのCDKライブラリを提供します。
  • rpubchemパッケージには、PubChemデータ(化合物、物質、アッセイ)へのアクセスを提供します。
  • ChemmineRはRに小分子を分析するためのケムインフォマティクスツールキットです。パッケージのアドオンが、加速構造類似性検索のためのeiR、ミスマッチ寛容最大共通部分構造マッチングにfmcsRを含む。RからOpenBabelなどの機能にアクセスするための生物活性のデータを分析するためbioassayR、およびChemmineOB
  • webchem パッケージは、ユーザーがウェブ上のさまざまなソースからの化学物質情報を取得し、さまざまなAPIと対話することができます。 次が含まれています。

分校法

  • hyperSpecパッケージが可能にするハイパースペクトルデータの分析、すなわち、スペクトルに加え、このようなこのようなデータが頻繁などラマン、IR、NIR、UV/VIS、NMRの分析で検出されたなどの空間情報、時間、濃度、などの詳細は、分光データ・セット。
  • ChemoSpecパッケージには、スペクトル(NMR、IRなど)をプロットし、そのようなHCA、PCAとモデルベースの??クラスタリングなどのトップダウン探索的データ解析を実行するためのユーザーフレンドリーな機能を収集します。
  • GitHub package: HyperChemoBridge相互変換ChemoSpechyperSpecオブジェクト
  • Peaksパッケージには、ROOT/TSpectrumクラスから移植されたスペクトルを操作するための機能を実装しています。
  • speaqパッケージは、階層的クラスタベースピークアライメント(CluPA)を実装し、NMRスペクトルを整列させるために使用することができる。
  • 物理アプリケーションのためのドナルド・B.パーシバルとアンドリューT.ウォルデン、スペクトル解析によって本のためのソフトウェア、ISBN978-0-521-43541-3、ケンブリッジ大学出版局、1993年には、パッケージのsapaに含まれています。
  • パッケージTIMPは、物理学と化学のアプリケーションで分離可能な非線形モデルを当てはめるための問題解決環境を提供し、広範囲に時間分解分光データに適用されています。
  • パッケージprospectr、前処理や可視近赤外拡散反射スペクトルのサンプル選択のための機能を提供します。
  • resembleは、スペクトルデータセットにおける非線形モデリングのためのスペクトルの非類似度分析やメモリベースの学習(別名ローカルモデリング)のための関数が含まれています。

質量分析法

  • MSnbaseは、処理および定量をプロットする、質量分析に基づくプロテオミクスデータ処理のためのインフラストラクチャを定義します。
  • MALDIquantは、ベースライン補正、ピーク検出および質量スペクトルのプロットするための支援を受けて、MALDI-TOF質量分析データの定量分析のためのツールを提供します。
  • OrgMassSpecRパッケージには、グラフィカルな表示、安定同位体希釈を使用して定量化し、タンパク質の水素/重水素交換実験を中心とした、有機的/生物学的質量分析用です。
  • FTICRMSパッケージには、フーリエ解析のための関数を提供変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析データを表示する。
  • titanは滴定系列からの2つの物質の相対的な存在量に質量分析データを分析するためのGUIを提供します。
  • バイオコンダクターはMassSpecWaveletPROcessをパッケージ化し、xcmsは、質量分析データの分析用に設計されています。
  • apLCMSパッケージはLC/MSベースのメタボロミクスデータの処理のために設計される。
  • xMSanalyzerパッケージは、他の機能の中でのパラメータ設定の複数のセットから合流apLCMSサンプル処理結果を可能にする。
  • MSPrepパッケージには、反復試験の要約、フィルタリング、帰属、および正規化を含むメタボロームデータの後処理のためである。
  • metaMSパッケージには、MSベースメタボロミクスデータ処理と複合注釈パイプラインである。

機能的磁気共鳴画像法

  • I/O、可視化および機能的磁気共鳴画像分析したり、NIFTI形式がパッケージで提供されていAnalyzeFMRIに格納法(fMRI)データセットを分析するための機能。パッケージのfmriは、適応平滑化手順を用いて、fMRIのデータを分析する機能が含まれています。

蛍光寿命イメージング顕微鏡

  • 蛍光寿命イメージング顕微鏡法(FLIM)データセットの可視化と分析のための機能は、パッケージのTIMPで提供されています。

滴定曲線

  • EEM は、生EEMデータを読み出し、さらなる分析のためにそれを準備します。

放射性炭素年代測定

  • パッケージBchronは放射性炭素と非放射性炭素日付の深さに基づいて年表を作成します。

X線回折図

  • diffractometryパッケージには、X線回折図のベースラインの識別とピーク分解を提供しています。

天文学と天体物理学

  • astrodatRパッケージには、現代の天文学の研究から19のデータセットを収集しており、その多くは前述の教科書「Rアプリケーションとの天文学のための近代的な統計的方法」で説明されている。
  • astrolibRパッケージには、Interactive Data Language (IDL) Astronomy Users Libraryからの低レベルのユーティリティとコードへのRインターフェースを提供する。
  • CosmoPhotozパッケージには、一般化線形モデルを用いて測光赤方偏移の推定を行う。
  • CRACは、その主な機能はPythonライブラリ、cosmolopyに似た状態で、宇宙論研究のためのRの機能を収集します。
  • RobPerパッケージには、光の曲線に(確実に)フィッティング周期関数に基づいて、ピリオドグラムを計算します。
  • パッケージsnapshotは、宇宙論的N体/ SPHシミュレーションのためのガジェットコードからN体のスナップショットを読み書きするための関数が含まれています。
  • パッケージUPMASKは教師なし測光メンバーシップ例えば使用して恒星のクラスタ内の割り当て、測光、空間的な位置を実行します。
  • moonsunパッケージには、基本的な天文学の計算のための関数が用意されています。
  • solaRパッケージは、地球から太陽の動きを決定し、入射太陽放射を決定する機能を提供します。
  • FITSioパッケージは、FITS(フレキシブル・イメージ・交通システム)形式、天文学で標準形式のファイルを読み書きするためのユーティリティが用意されています。
  • stellaRパッケージはピサ低質量のデータベースから恒星トラックや等時線を管理し、表示します。
  • astroFnsは、その他の天文学の機能、ユーティリティ、およびデータを提供します。
  • cosmoFns、距離、時間、光度、および分子線観測など、観測宇宙論で有用な他の量、のための標準的な表現が含まれています。
  • astroパッケージには、天文学のためのツールが用意されています。提供される機能は、4つの主要分野にグループ化されることがあります。宇宙論、ファイル操作、Sersic機能および一般的な(プロットとスクリプト)ツールに適合します。
  • celestialパッケージには、一般的な天文学の変換ルーチン、特にHMSや学位制度が多数含まれています。
  • SCEPtERパッケージが恒星の質量と有効温度の観測データ指定された半径を推定するために使用される、[FE/H]、およびastroseismicパラメータ。
  • Astrostatistics and Astroinformatics Portal Software Forumは、天文学における統計分析のためのソフトウェアに関わる問題についてRを中心としたフォーラムです。

光学と散乱近似

  • planarなパッケージには、多層平面の界面で反射と透過をシミュレートするコードを提供する。
  • cdaパッケージには、楕円形ナノ粒子の集合に関連する双極子のための分極率テンソルを計算し、相互作用行列の直接の反転によって結合されたダイポール方程式を解きます。
  • dielectricパッケージは、一般的に光学とプラズモニクスで使用されるいくつかの物理定数と誘電関数を定義しています。

エネルギーのモデリング

  • solaRパッケージは、太陽光発電などの太陽エネルギーの捕捉および使用に関連するシステムをシミュレートし、モデル化するための機能が用意されています。

陽電子放射断層撮影

  • PETパッケージが異なるアナリ/直接及び陽電子放出断層撮影(PET)データのための反復再構成方法を実装する。

水、土壌の化学

  • AquaEnvパッケージ(海)の酸性化とCO2、空気と水の交換に焦点を当てた水生化学モデリングのためのツールボックスです。
  • 水と土壌の化学的性質に関連するさらなる関連したパッケージをEnvironmetricsタスク・ビューを参照してください。

滴定曲線

  • titrationCurves パッケージには、酸/塩基、錯体形成、酸化還元、及び沈殿滴定曲線をプロットする機能を提供します。
R言語 CRAN Task View:ケモメトリックスと計算物理学

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