CRAN Task View: Analysis of Pharmacokinetic Dataの英語での説明文をGoogle翻訳を使用させていただき機械的に翻訳したものを掲載しました。

Maintainer: Bill Denney
Contact: wdenney at humanpredictions.com
Version: 2022-12-05
URL: https://CRAN.R-project.org/view=Pharmacokinetics
Source: https://github.com/cran-task-views/Pharmacokinetics/
Contributions: このタスクビューに対する提案や改良は、GitHubのissueやpull request、またはメンテナのアドレスに電子メールで送ってください。詳しくはContributing guideをご覧ください。
Installation: このタスクビューのパッケージは、ctvパッケージを使用して自動的にインストールすることができます。例えば、ctv::install.views(“Pharmacokinetics”, coreOnly = TRUE)は全てのコアパッケージをインストールし、ctv::update.views(“Pharmacokinetics”)はまだインストールしていない全てのパッケージと最新のものをインストールします。詳しくは CRAN Task View Initiativeを参照してください。

薬物動態（PK）データの解析は、投与量を決定するための濃度時間曲線で示されるように、投与レジメンと薬物への身体の曝露との間の関係を定義することに関係しています。PKデータを解析するために、CRAN内には、ノンコンパートメント解析（NCA）、モデリング（通常コンパートメント解析を使用）、レポート（通常NCA用）の3つのカテゴリーのパッケージが用意されています。

薬物動態は、新薬の臨床試験中に収集されることが多い。臨床試験用のRパッケージの詳細については、ClinicalTrialsを参照してください。

ノン・コンパートメント・アナリシス（NCA）

NCA は、薬物の体内分布速度の仮定を最小限にした PK の記述法として使用される。NCAは、通常、同一日、連続した日に被験者ごとに多くのサンプルを採取する臨床試験において、薬物のPKを記述するために使用されます。

  • ncappc
    • NCAメトリックを使用して、母集団PKモデルの従来のNCAおよびシミュレーションベースの事後予測チェックを実行します。モデルフィットまたはシミュレーションソースからのデータの要約を対象としています。
  • NonCompart
    • NCAの基本的な計算機能を提供します。
  • PK
    • 非コンパートメント理論を用いて薬物動態パラメータの推定を可能にする。完全サンプリングと疎サンプリングの両方の設計が実装されています。このパッケージには、仮説検定の方法と、優越性と等価性に関する信頼区間があります。
  • PKNCA
    • 標準のNCAパラメータを計算し、観測された臨床データを取り込み、研究レポートや規制当局に提出できるように要約を提供するという目的でそれらを要約します。
  • qpNCA
    • qPharmetraによるノンコンパートメント薬物動態解析

ファーマコメトリクス・モデリング

PKデータのモデリングは、通常、薬剤が静脈内投与（IV）または血管外投与（多くの場合、経口または皮下、SC）により体内に入ることを想定したコンパートメント法を使用します。以下に挙げるパッケージは、PKモデリングに特化したパッケージに限定しており、PKデータに使用できるモデリングをサポートする（多くの）パッケージではありません。PKモデリングとシミュレーションのパッケージは、以下の通りです。

  • assemblerr (archived)
    • ファーマコメトリクス・モデルの構築
  • bayesnec
    • ベイズ型無影響濃度(NEC)アルゴリズム
  • clinPK
    • 用量の個別化、コンパートメント薬物動態、薬物曝露、擬人化計算、臨床化学、一般的な臨床パラメーターの変換など、臨床薬物動態学および臨床薬理学で一般的に使用される方程式を計算します。可能な場合および関連する場合は、それぞれのR関数内に複数の公開されたピアレビューされた方程式を提供します。
  • cpk
    • ポイントオブケアにおける投与計画の設計と修正のための簡略化された臨床薬物動態学的機能を提供します。
  • dfpk
    • 第1相臨床試験での用量測定のためのPK測定を含む統計的方法を提供します。
  • dr4pl
    • 4パラメータ・ロジスティック（4pl）モデルによる投与量反応データ解析
  • linpk
    • 線形PKシステムから濃度-時間プロフィールを生成
  • mrgsolve
    • 医薬品開発で一般的に採用されている階層的、常微分方程式（ODE）ベースのモデルからのシミュレーションを容易にします。
  • nlmixr2
    • 集団PK/PDにおける非線形混合効果モデル (nlmixrパッケージの後継)
  • nmw
    • NONMEMのアルゴリズムを理解するパッケージです。
  • PKconverter
    • 薬物動態モデルのパラメータコンバータ
  • pkdata
    • 薬物動態/薬力学（PK/PD）データの作成
  • PKPDmodels
    • 一般的な薬物動態/薬力学モデルおよびその勾配を評価する機能を提供します。
  • pmxTools
    • 一般的なデータ分析タスクのための薬理測定ツール。コンパートメントPKモデル（1コンパートメント、2コンパートメント、3コンパートメント、注入、ゼロおよび1次吸収、および遅延時間をカバーする、単回投与後および Bertrand＆Mentre（2008）による定常状態。 NONMEMで生成されたパラメーター推定とその他の出力からのパラメトリックシミュレーション。そして、Perl-speaks-NONMEM（PsN）によって生成された結果を解析、集計、プロットします。
  • ubiquity
    • PKPDおよびPBPK、システム薬理学モデリングツール
  • UnifiedDoseFinding
    • 非二元論的なアウトカムに対する用量設定法
  • wnl
    • 薬物動態・薬力学データ解析のための最小化ツール

ファーマコキネティクス・レポーティング

結果の伝達は、実際に解析を完了するのと同じくらい（あるいはそれ以上に）重要です。現在、多くのユーザーが一般的な報告にrmarkdownやknitrを使用していますが、PKデータの報告に重要なパッケージの機能は以下の通りです。

  • ncar
    • rtfとpdf出力を生成するレポート作成者にNCAを提供します。
  • pkr
    • CDISCおよびレビューアのための他の薬物動態学的機能に準拠するNCAデータセットを生成します。
  • PKreport
    • ユーザーが格子やggplot2に基づいて図やグラフの生成、保存、検索、修正を行うアーカイブ指向の管理ツールを使用して、データやモデルを視覚化するための自動パイプラインを提供します。
  • xpose
    • 「NONMEM」の非線形混合効果（母集団）モデルの診断。「xpose」は、データのインポート、数値実行サマリーの作成を容易にし、データ探索とモデル診断のための「ggplot2」ベースのグラフィックスを提供します。
  • xpose.nlmixr2
    • 薬理モデルのためのグラフィカルな診断法。nlmixr2’の拡張（xpose.nlmixrパッケージの後継）。

データセットまたは単一モデル

単一の薬物動態モデルまたはデータセットに焦点を当てたパッケージには、以下が含まれます。

  • caffsim
    • Lee、Kim、Perera、McLachlan、およびBae（2015）に記載されている母集団薬物動態モデルを使用して、血漿カフェイン濃度をシミュレートします。

研究デザイン

PK研究デザインに関連するパッケージには以下が含まれます。

  • microsamplingDesign
    • 一般的なシミュレーション手法を使用して、非コンパートメントのファラコキネティクス分析に最適なマイクロサンプリング設計を見つけます。この方法論は、次の通りです。デフォルトの設定は、使用されたデフォルトの薬物動態モデルおよび動物間の変動性のパラメーター化において、Barnettおよび他の記事とは異なります。
      • （1）動物間の変動性を含む薬物動態モデルを指定することで構成されます。
      • （2）可能なサンプリング時間を生成します。
      • （3）シミュレートされたデータに対する各時点の選択のパフォーマンスを評価します。
      • （4）時点の選択と追加の制約が与えられた場合に可能なスキームを生成します。
      • （5）シミュレーションされたデータに対するスキームのパフォーマンスを評価します。
  • PharmPow
    • PharmPowは、混合（スパース/デンスサンプリング）薬物動態研究デザインの検出力計算を実行する関数が含まれています。これらの関数の入力データは、NONMEM .phiファイル用に調整されています。
R言語 CRAN Task View：薬物動態データの解析

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